1YT9A

Hiv protease with oximinoarylsulfonamide bound
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Oximinoarylsulfonamides as potent HIV protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1yt9A00
5P4QA 1EC1A 5P76A 5P2GA 5SY3A 4ZPFA 4Q1WA 5ER2E 1PSOE 4Y4EA 5P3TA 5OZOA 3L38A 2NMZA 5ISJA 3VV6A 5EZXA 1BV9A 5P3IA 5I70A 2IRZA 2QMPA 5OZ6A 3ZOVA 1M4HA 5P28A 2V12C 3EKXA 1E5OE 4CPRA 1BDLA 2VA5A 4JOOA 5P0DA 3VF5A 4YD7A 2ASIA 5P0HA 5P7FA 5IVRA 2IGYA 5OZJA 1QS8A 4XKXA 3FNTA 3IVHA 3NWXA 4DQGA 3BRAA 1APVE 3PBZA 2I1AA 3OGPA 1MRXA 5P8FA 4Y5PA 4H3FA 4HA5A 1VIJA 1T6EX 5DQ1A 3ZKQA 5P8LA 5P81A 3NDXA 3OUCA 2G22A 1BV7A 1J71A 5P7RA 5P4FA 4H3GA 4F76A 5SY2A 3R4BA 3K5DA 4Y4TA 4Y4GA 5KR8A 2ZJHA 5OZEA 2VJ9A 1TZSA 1SGZA 3TOGA 3PSUA 5P6NA 3LZYA 1SH9A 4LAPA 4B1CA 3OXWA 5CONA 2F81A 5AH6A 4CPQA 2NXDA 1HXWA 2ER6E 3OQAA 4Y3DA 2BPVA 3PWRA 3QVIA 4RGHA 5DPZA 4ZSPA 3FX5A 4OC6A 3NUOA 1D4IA 3UFNA 4Y5EA 3UTLA 3Q70A 3D20A 5P3JA 3B80A 3S7MA 1Z1RA 2IQGA 6FIVA 5P5OA 2B8VA 5P64A 4B00A 3S53A 5P7CA 5OYRA 4Y5LA 4Y41A 3UDNA 2BB9A 2G1NA 2ZE1A 3PJ6A 4WTUA 5P2OA 5I3WA 1K6VA 5P10A 1A94A 2P3DA 3NYGA 4EXHA 4N00A 3U71A 2SAMA 5DGWA 5P00A 3O9IA 3FIVA 5P05A 2A1EA 5P38A 2B7ZA 6APRE 3KF0A 1B6KA 3PCZA 1ZP8A 4RLDA 2O4KA 1QDMA 1MVPA 2QU2A 2Q54A 3LZSA 5P0VA 5P4ZA 4FM6A 1FFIC 5P3EA 1EPOE 5P1JA 2R38A 3HLOA 3PGIA 3HD8A 2HAHA 3D1YA 3ECGA 3SM2A 5P1SA 5P2CA 2WJOA 4B05A 5AHBA 4LXAA 1W5WA 2AOFA 5P6UA 3INFA 3O9GA 4Y56A 3SA8A 5P2EA 1FQ7A 3O9HA 3CKPA 1PSNA 2WKZA 4OC6B 4Y48A 4HDBA 1LZQA 1HSHA 2OHNA 1IDBA 3D3TA 5P11A 5OYZA 5IVSA 5P4CA 1ZLFA 1KJFA 5P51A 2OHTA 1FF0C 5P1LA 3LHGA 1BBSA 4YA8A 4COEA 5P0NA 2NTRA 2OHMA 4DV9A 4JECA 5P69A 4AUCA 1XE5A 2NMYA 3EKWA 5P08A 2Z4OA 2I4VA 3SLZA 2G1RA 4EWOA 2G1SA 1VIKA 5P0BA 4J1CA 3OUBA 4Y3HA 4FRJA 5P5RA 1AJVA 2P4JA 4EJ8A 5P7SA 1SDTA 5P53A 5P5MA 3ZKGA 5P4LA 1D4SA 2XFKA 4RROA 3IGBA 5P5DA 4DVFA 4EPJA 4J17A 2F3FA 2I4DA 3QRSA 1C6ZA 2BKTA 5P1OA 5P4AA 5JFUA 2QMGA 5P1TA 2V00A 3APRE 5P7LA 4FRKA 4KUPA 2G21A 4NJVA 4BELA 1SGUA 1SBGA 5P43A 2CEJA 4HVPA 2P8HA 1CPIA 5P5PA 4IVTA 3EBZA 5P0OA 2OF0A 7HVPA 5P7WA 4FRIA 5P7VA 4QJ7A 5P0KA 3LPKA 4HE9A 4Y36A 5P06A 1IVQA 5OZTA 5P0UA 2IENA 2JXRA 3K4VA 1EPME 4FSLA 3TLHA 2PK6A 3N4LA 1HEFE 1B11A 5EZZA 5HD0A 1XE6A 3Q5HA 2WEDA 3LINA 5P4JA 5P4RA 2H6SA 3L58A 2WF2A 1QBTA 1HIHA 1F7AA 5P4OA 5P82A 4GJ9A 5HCOA 1MPPA 3OGQA 2NPHA 4GYEA 5P5KA 1LF4A 5P18A 3EL4A 3LIXA 5KQYA 5P5SA 2UXZA 1K6CA 5HU1A 5OZ5A 1HSIA 3HW1A 3T6IA 4EP2A 4Y3MA 2IGXA 4J1IA 1HTEA 4BEKA 3O99A 2I0AA 4B1EA 1T6GA 3S7LA 5P5HA 1KJGA 4ZSRA 5P0WA 2ZHSA 4GJDA 3TOFA 3NXNA 2G1OA 2PYNA 1IIQA 4ZPGA 1ER8E 5F00A 5J25A 3INDA 4QLHA 4FGXA 4Y5NA 4HEGA 1U8GA 5DR4A 2VKMA 2IKUA 4EJKA 5P1CA 5I3YA 3UQRA 5OZ3A 2WF1A 4YBFA 1LYWB 2AZ9A 2XYEA 4Y5CA 2AOGA 5P73A 1FQXA 4UPJA 1HVKA 1KJ4A 5OYWA 4QJ8A 1B6PA 2QZKA 4GJCA 2BQVA 1QRPE 3KA2A 5BWYA 3IXOA 5DR3A 1BVEA 8HVPA 4L1AB 1APUE 1XL2A 1E80E 3VV7A 5SXNA 1M43A 1AIDA 5OZYA 5P8HA 4FRSA 5P4BA 5DQ2A 5P1BA 5P8BA 3K4VC 4CPUA 3ER3E 2O4LA 3ZL7A 5P2FA 5P1EA 5P3AA 2BPXA 3RTNA 3CICA 3OUDA 1SDVA 4Q5MA 5P30A 4J0YA 3EKQA 3EKTA 4ZPEA 4OBHA 5P44A 5P3HA 5P62A 3JW2A 5IVTA 5C9DA 4F75A 4I1CA 1PROA 2PWRA 1YTIA 5P5GA 4B78A 1XN2A 4NJTA 4Y4DA 1MRWA 1OD1A 4J54A 4J1FA 5P4SA 5P86A 3OXCA 5P4VA 4R91A 1HEGE 3OQFA 4B77A 4Y4BA 5P33A 1BVGA 1LYBA 2P3CA 5P42A 3ZPUA 5OZRA 2NXMA 3DCKA 5P4HA 3VF3A 2HS2A 1W5YA 3FV3A 4GJBA 4ZE6A 4MC9A 3OADB 5P5VA 5P3GA 5P7NA 1EAGA 3K1WA 1CMSA 1EBWA 5OZIA 2ZJMA 5P0RA 1FG8C 4R93A 2B8LA 4DQBA 5P7QA 4J1HA 4RYCA 5P2ZA 4EHCA 5P07A 3TPRA 2P83A 1FIVA 4J5JA 3PI5A 2Z54A 4HLAA 5P6VA 4FM8A 3SPKA 5ISKA 5P8GA 3IA9A 2Q64A 4Y5GA 4Y4ZA 4Y5AA 4F74A 3FSMA 2APRA 4X7IA 3ZMGA 1SMEA 5P0AA 1BILA 1TCXA 5P79A 3EXOA 3OXXA 3IAWA 3UF3A 1EPLE 2H6TA 5P6JA 1HRNA 4DI2A 3URJA 2G69A 2AOEA 5I3XA 5OZKA 3MSLA 5P0QA 3NU4A 3PMYA 4LL3A 4I11A 4Y3RA 5ENKA 4K9HA 5T4SA 4AA9A 3L59A 1FKNA 3UDKA 5P5JA 3I7EA 5DR0A 5P1PA 1ODYA 2PH6A 1PPLE 1T3RA 5P0CA 3SA6A 5P39A 3QBHA 4AZYA 4BFDA 4IVSA 5P8RA 1D4HA 3ZPTA 3ZKNA 5P8IA 4R92A 4B1DA 5P5AA 2G26A 5P2TA 2BPWA 4GIDA 4APEA 4J0PA 2OHKA 3L3AA 3BVAA 4PHVA 4Y3PA 4Y5MA 5P1AA 5P37A 5P7BA 2PC0A 1ODWA 3QRMA 2PMAA 5HU0A 2QI3A 3LIZA 3R0YA 5P66A 3DOXA 2AQUA 1FEJC 1W50A 1GVUA 3UQPA 5AHCA 3TNEA 1HBVA 5OYTA 1HHPA 4Y3SA 1XL5A 3UDHA 5OZ7A 2O4NA 4OD9B 3GI0A 3LNKA 1HTFA 2QI6A 4RCDA 5P7MA 3RU1A 5KOSA 5P5YA 1FFFC 5P7DA 1G6LA 3KN0A 3OU1A 3SM1A 3EMYA 3HVPA 3QN8A 3SKGA 4I12A 1YTJA 3NU5A 3PCWA 5P89A 5P8MA 4X2LA 4CKUA 5OYUA 2JE4A 4OBKA 1HTRB 1NH0A 2VIJA 5P31A 4OBZA 5P6XA 3ZPSA 1D4JA 1E81E 3GI4A 3KT5A 4I0EA 3BVBA 3U7SA 4WY6A 4OBGA 4LC7A 5P7KA 1W6HA 1TW7A 1ZJ7A 5P7EA 5P5BA 2QZWA 4Y4JA 4Y9WA 2WECA 4FS4A 4XXSA 4Z2ZA 1META 2OAHA 3D1XA 3KDCA 3IXJA 2ER0E 5P6TA 3OQ7A 1KJHA 1BIMA 3L5FA 2ZJNA 2V13A 3SQFA 3T11A 3UDQA 5P1RA 3QAAA 2AZ8A 4LHHA 2HIZA 3TTPA 1LYAA 5P6OA 5P2YA 3UHLA 3HDKA 4K4RA 3CKTA 4JPCA 3VUCA 4Y54A 3CIBA 1K6PA 4DJOA 2ZHVA 2ZYEA 5OZFA 4J0VA 3O9CA 1RPIA 3GGAA 1IVPA 4I8WA 2WF3A 5P78A 3LIQA 1FQ8A 3FNUA 5P12A 5DR7A 5UPJA 4GB2A 4NKKA 2QI7A 4ZSQA 1DMPA 2PK5A 3OXVA 3R2FA 5P5QA 5P0PA 3ER5E 1AAQA 1UPJA 1ME6A 5P4WA 3MXDA 5HE4A 5HDXA 5P45A 2ZJIA 5I3VA 5P60A 4Y57A 3ZLQA 5OYSA 3QROA 5P1NA 1DW6C 1TSUA 4GJAA 3NDWA 2B42A 4CP7A 4YCKA 1MT7A 2QZLA 3OY4A 1M0BA 5P8KA 4D88A 5P22A 5P7XA 3WZ8A 4H1EA 3RSVA 5P36A 4L7HA 3MWSA 5P6PA 2WHHA 1LV1A 1HPVA 4Y3WA 3VG1A 3QPJA 2AZCA 2B60A 5ER1E 5P68A 2NXLA 4Y3QA 1HTGA 5P7JA 5OZZA 2OHUA 1LYAB 3QI1A 5OZQA 3SACA 1FLHA 4I0ZA 3TKGA 4I0IA 3WB4A 4DH6A 3HBOA 1KZKA 5P61A 5P8OA 2ZHUA 1G0VA 3VYDA 4FLGA 2OHPA 3O9BA 5P8UA 3QRVA 4PYVA 3VSXA 5P59A 1EBYA 1ZTZA 3JVWA 5P4XA 4Q1YA 5P15A 4ACXA 2AZBA 5TOLA 1BDRA 2Q3KA 4Y3YA 4Y4AA 1YM4A 4J55A 2G24A 5P0FA 5P6GA 4FSEA 4Y45A 5P4TA 3VSWA 1K1TA 2FXDA 4ZSMA 1AXAA 2WF0A 5KAOA 4DQHA 3OHHA 5HE5A 3URLA 2QNQA 5P47A 3T7QA 3VEUA 1G35A 3O9FA 2PH8A 5KOQA 5P50A 5AGZA 2R5QA 2AVVA 3M9FA 5P04A 3BXRA 5P2IA 5P2DA 3O9EA 5AH8A 2QI1A 3LIYA 2NNKA 3G6ZA 5P2QA 4B70A 5P40A 4Y51A 4GZFA 1FB7A 3VFBA 5P2HA 1YTHA 4YD5A 3VCMA 5P2LA 3VYFA 1DIFA 5P4EA 4Y37A 3INHA 5P7OA 4I0HA 3NR6A 3EKVA 4CPWA 3ZKSA 2AODA 3T7PA 1UH9A 2F3EA 5P88A 1WKRA 3NSHA 2J9JA 3OU3A 3G72A 4ACUA 2PQZA 1RNEA 1IZEA 2PYMA 3PRSA 3Q6YA 5P8DA 5HVPA 3SO9A 1BDQA 3O9LA 5OYXA 1Z1HA 4YD3A 3K5CA 2VIYA 4KE1A 3KDBA 3KFNA 4FM7A 2CEMA 2QHCA 1B6LA 3PLLA 1Z8CA 4RVJA 2HPEA 3QIHA 5P2MA 5P8EA 5JFPA 2R43A 4LP9A 3L5BA 5P8SA 1EC3A 3A2OA 3LZUA 4DJVA 1FMUA 5P0TA 4FIVA 3RTMA 3QBFA 3OQDA 2FDEA 3LITA 3S43A 3O9AA 2ZHTA 5P83A 5P3NA 4PZWA 3PM4A 5P7TA 5P74A 4XX3A 4KB9A 1C6YA 2VJ6A 5P87A 1ZSRA 3AIDA 3I6OA 5P1MA 1ZPKA 4M8YA 2VA7A 3OHFA 3I25A 3GW5A 5P1YA 3NDUA 2IS0A 1BWBA 3UDJA 4TRZA 5P1IA 1APTE 2WF4A 3OAGA 2MIPA 4U8WA 2QAKA 3UFLA 5AH7A 2FIVA 5P1WA 4I8ZA 4ER1E 2P3BA 1HPOA 3N3IA 4I0GA 1GNMA 2QZXA 4M8XA 4WY1A 5P7GA 5P72A 2AOJA 5HDUA 2AVQA 2V11C 4Y4XA 4TVHA 5KR1A 3KM4A 5P3FA 1C70A 4Z22A 5P5TA 1NPVA 3PWWA 2BBBA 4GJ8A 1LF2A 1FMXA 3TPPA 5ENMA 5P0JA 3PMUA 2BKSA 2FDPA 3T7XA 2I0DA 4YCYA 1T7IA 4Z50A 5OZXA 1K1UA 3PB5A 3BHEA 1TSQA 4DJQA 2QMFA 4MC1A 4OBDA 5OZPA 5P6LA 5P3VA 5P2UA 2ANLA 1ZSFA 2ZJJA 2ZHRA 5OZVA 2QD6A 1MSMA 5P6ZA 4HDFA 3CIDA 5P7PA 2QMDA 3UQXA 3IN4A 4Y3LA 5OZUA 5P03A 5P6QA 3OK9A 3F9QA 1RV7A 5P1DA 5P5IA 1HPSA 1MERA 4RRNA 5P02A 2R3WA 4B0QA 5P58A 4K4QA 1EEDP 2P3BB 2HB2A 4LXKA 3L5CA 2QK5A 1W5XA 5P3XA 1HIVA 5F01A 5HDVA 4F73A 2FGVA 1SDUA 5OZMA 2EWYA 3EC0A 1HPXA 5CLMA 2XFJA 4D85A 3TPLA 4Q1NA 4R5NA 1D4LA 3Q4BA 3URIA 1A8GA 4HDPA 5HDZA 7UPJA 3EKYA 5P1ZA 5P3MA 1HXBA 4YBIA 4H3IA 5P2WA 5P6YA 3WSJA 3NU6A 3UCBA 4QJ9A 5E5JA 3EL0A 1NPAA 5APRE 5P63A 2AOCA 2VJ7A 3FKTA 3HAWA 5P75A 5IVQA 2HC0A 5P5NA 5P3CA 3BXSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4Q A;  1EC1 A;  5P76 A;  5P2G A;  5SY3 A;  4ZPF A;  4Q1W A;  5ER2 E;  1PSO E;  4Y4E A;  5P3T A;  5OZO A;  3L38 A;  2NMZ A;  5ISJ A;  3VV6 A;  5EZX A;  1BV9 A;  5P3I A;  5I70 A;  2IRZ A;  2QMP A;  5OZ6 A;  3ZOV A;  1M4H A;  5P28 A;  2V12 C;  3EKX A;  1E5O E;  4CPR A;  1BDL A;  2VA5 A;  4JOO A;  5P0D A;  3VF5 A;  4YD7 A;  2ASI A;  5P0H A;  5P7F A;  5IVR A;  2IGY A;  5OZJ A;  1QS8 A;  4XKX A;  3FNT A;  3IVH A;  3NWX A;  4DQG A;  3BRA A;  1APV E;  3PBZ A;  2I1A A;  3OGP A;  1MRX A;  5P8F A;  4Y5P A;  4H3F A;  4HA5 A;  1VIJ A;  1T6E X;  5DQ1 A;  3ZKQ A;  5P8L A;  5P81 A;  3NDX A;  3OUC A;  2G22 A;  1BV7 A;  1J71 A;  5P7R A;  5P4F A;  4H3G A;  4F76 A;  5SY2 A;  3R4B A;  3K5D A;  4Y4T A;  4Y4G A;  5KR8 A;  2ZJH A;  5OZE A;  2VJ9 A;  1TZS A;  1SGZ A;  3TOG A;  3PSU A;  5P6N A;  3LZY A;  1SH9 A;  4LAP A;  4B1C A;  3OXW A;  5CON A;  2F81 A;  5AH6 A;  4CPQ A;  2NXD A;  1HXW A;  2ER6 E;  3OQA A;  4Y3D A;  2BPV A;  3PWR A;  3QVI A;  4RGH A;  5DPZ A;  4ZSP A;  3FX5 A;  4OC6 A;  3NUO A;  1D4I A;  3UFN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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