1YTGA

Siv protease crystallized with peptide product
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV PROTEASE
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ytgA00
1G6LA 2ZE1A 4WY6A 1NSOA 4DQHA 1NPWA 5P57A 2AQUA 5P35A 5FIVA 5P2JA 3PGIA 1META 5P6DA 5P42A 5P6OA 5P66A 5P6HA 2I1AA 5P7QA 1ODWA 3BHEA 3URLA 5P5LA 3IN4A 5P1SA 4Y5AA 4Y48A 3PLLA 3IGBA 4EXGA 4FSLA 4KE0A 2QI7A 2CEMA 5P6ZA 5P37A 3VYFA 3WZ8A 5OZCA 3PSUA 2NMYA 3VSXA 4Y3HA 2A1EA 2P3DA 1M4HA 3BVAA 4XX3A 3Q4BA 4EYRA 5P7HA 4CMSA 4PHVA 5P1FA 1HVRA 3BVBA 5P4RA 5P6LA 3TOGA 3TLHA 4ZE6A 3H0BA 1VIKA 2ZJHA 3KYRA 2PWRA 3OUAA 1FMXA 2MIPA 3VG1A 2OHKA 3OXWA 2Z54A 3PHVA 3IN3A 1EPPE 2ZJNA 4I0IA 4EWOA 4XX4A 1GNNA 5P2VA 2OHPA 5P4EA 5HU1A 1FQ7A 3QAAA 5P34A 4GYEA 5P3AA 2XFJA 3LPIA 4LAPA 4Y5CA 3OQFA 3TPJA 3VFBA 5AHBA 1PSOE 4WY1A 1FG6C 5P4JA 3D1ZA 3LNKA 3SPKA 1LYAA 2BPWA 1EC1A 2G24A 5P1YA 5OZ3A 5P2TA 2JXRA 3PVKA 5P23A 5P8IA 1OD1A 3LPKA 1EC2A 1FQXA 4B77A 2HPFA 1GVUA 1A94A 1APVE 4J1EA 4Y41A 3OAGB 3SLZA 5P7YA 3IVIA 3Q6YA 4ZEAA 1RNEA 4Y4AA 1D4YA 2ER0E 1E81E 4Y4TA 4GJ9A 5OZ1A 3WB5A 4KE1A 3U7SA 4LC7A 1W50A 4U8WA 4OBKA 5P0BA 1UH7A 5P5DA 4EXHA 4J1KA 2WF4A 1W5WA 2V12C 3EKXA 2QK5A 2ZJIA 2IS0A 5OZ7A 5P6CA 3KT2A 3VCMA 1VIJA 5P15A 3GGXA 4RCDA 4FRSA 3CIDA 4CPWA 5DR8A 5P69A 3HLOA 4H3JA 1QRPE 2VA7A 3KDBA 5P7FA 5P47A 4OBDA 5P6FA 3UDRA 1GVTA 3CYWA 1Z1HA 2G1OA 5DR1A 1RPIA 5P0EA 3K5CA 2IQGA 4TVGA 5F01A 5HE4A 5P8PA 1HXBA 2RSPA 3LZYA 3NUJA 5P19A 4I0GA 3R0WA 2BKTA 1UPJA 2AVMA 3LIVA 3SO9A 4GMIA 1E82E 4RROA 2QNPA 4F75A 4Y9WA 1HTFA 3QBHA 5P40A 5P3RA 4EJDA 2G1SA 4ZSPA 5OZGA 5P2GA 3TPRA 5P0FA 2CEJA 1HPXA 1LV1A 2JE4A 4TRYA 3ZKMA 3LIQA 5HCOA 2Q63A 4QJ8A 4M8XA 5C9FA 3VEUA 3ZKSA 3NDWA 2XFKA 3O9CA 5OYRA 5P3FA 5P3GA 4Y3ZA 3O9LA 3UTLA 2V11C 1HPSA 5P0ZA 3NR6A 5P4XA 5OZZA 4Y47A 2QCIA 2PYNA 4Y43A 5P0YA 3TNEA 5P5IA 5KQYA 2R5QA 4I10A 3D1XA 5P83A 5P24A 1NPVA 3WZ6A 1D4KA 4QJ6A 5P1QA 2ZHRA 3URJA 2IENA 3SKGA 2O4KA 1MESA 3F9QA 5P27A 1DAZC 5P5UA 5P6MA 3KA2A 1BV7A 2OHUA 3FX5A 4H3FA 1YG9A 2FIVA 5P7EA 2A4FA 1E80E 1KZKA 1DIFA 4X7IA 4Y3YA 4FM8A 2F3KA 4YDFA 5I3YA 5P46A 2OHMA 4OBGA 5J25A 1TW7A 3FV3A 4DQGA 1FQ8A 1LYBB 5HDVA 5AH7A 2PSVA 5P25A 1BAIA 1OEXA 3SM2A 3NDTA 3CKTA 4COEA 5HE7A 5P7SA 5UPJA 2QD6A 2ZJMA 1HTGA 1B5FB 5P8HA 4Y5MA 5P4VA 2QI5A 5P5QA 3UQRA 2O4SA 2F81A 3G6ZA 3CKPA 2XYEA 5P0IA 2RKGA 3IXKA 4NPUA 2ER7E 3OTSA 5P5TA 5P59A 1B6LA 2HB4A 5E5KA 5OZMA 1BWAA 1SDTA 3NLSA 1PSAA 4I8WA 3UHLA 1RQ9A 5P1NA 5P6EA 3HW1A 1KJ4A 1BWBA 4B00A 1SGUA 4FRIA 3APRE 5P0CA 3MWSA 4Y3XA 4Q5MA 5P85A 3VLBA 3ZKGA 1HIVA 3S45A 4LL3A 3HZCA 5P2NA 2QI0A 3OQKA 1MRWA 4FM6A 1YTJA 5B18A 2I0AA 4B72A 2FLEA 3S2OA 2OF0A 5C9DA 5P82A 5P2ZA 2QNQA 4D8CA 3QRVA 5P53A 5HE5A 5P18A 3KMXA 1U8GA 1IZEA 3PM4A 3OU3A 2IKUA 4K9HA 5P3KA 3ZMGA 2ANLA 1ZAPA 3LIXA 5JG1A 1EPRE 4OBZB 4HA5A 3EL5A 5P2YA 3QVCA 5P3TA 3ZKQA 3K4VA 3INDA 2BKSA 5P4UA 4HDPA 1MRXA 2AOGA 3DCKA 5HVPA 3DCRA 3BXRA 2R5PA 4YHQA 4Y4ZA 1MSNA 5P8FA 5P6WA 5COKA 4B78A 5OZLA 4ZPEA 4DJQA 2QMFA 1XN2A 2NMZA 5P1BA 5P3QA 1HPOA 4HEGA 4MC9A 3IVHA 5P1OA 4Y3SA 5P3SA 4Y39A 3RTMA 5OZPA 3DUYA 4YBFA 3GI5A 5ER2E 5HTZA 1T3RA 1DPJA 4I0HA 5P8MA 4I8ZA 4OD9B 1QDMA 5EZZA 2R43A 3OWNA 1GKTA 2R3WA 2QAKA 3FSMA 3G70A 4U7QA 5P00A 4I1CA 4Y53A 1F34A 4Y3EA 5P8LA 4GJ5A 2VNNA 5P0NA 5DQ1A 3EL9A 2NNKA 5SZ9A 4B0QA 4Z4XA 2XYFA 5EZXA 3KDDA 2BBBA 5P2FA 3EM6A 3O9EA 1HBVA 2B7FA 4FL8A 1Z8CA 5P4SA 3UFLA 4MC1A 5P2AA 5P4NA 3NU3A 3O9BA 4Y50A 3ZLQA 1FGCC 3GW5A 5P03A 3L38A 1MTBA 2ZDZA 1EBZA 1KJHA 3S85A 4ACXA 1B6PA 5P17A 3SKFA 5P29A 1PPKE 1TCXA 5P0KA 4M8YA 2VA5A 2BPYA 5P3JA 3CICA 5P77A 3PRSA 4Y3QA 5P44A 2V16C 4RCEA 4PZXA 3UFNA 3OXXA 4OBFA 4DJXA 3BUHA 1FG8C 3OTYA 5P4ZA 1TSUA 5P1AA 4L6BA 3GGVA 5P0MA 5P87A 2PSGA 4Y4WA 2P3AA 4NKKA 4KB9A 1A8KA 2HS1A 1OEWA 5JFPA 3L5BA 2NNPA 2B60A 1YTIA 4J0TA 2Q54A 4L1AB 3GI4A 5P2QA 3T11A 3ZPUA 2PSUA 1ZP8A 4RRNA 3A2OA 5P56A 5ISJA 1A9MA 5P11A 5IVQA 4R95A 4BELA 3EKTA 3EM4A 2OHSA 2ZHTA 4QGIA 4HE9A 7HVPA 2B7ZA 3S54A 5P09A 5DQ4A 5OZ8A 5P4DA 2WL0A 1XL2A 3OADA 1NPAA 2VIJA 3T6IA 4OBHA 1QBUA 2P83A 5P02A 5P2XA 4CPRA 4GJCA 1IVPA 1D4SA 5P0PA 5P6QA 2J9KA 3GI0A 1D4LA 1AJVA 4RGHA 5T4SA 4UPJA 2VNMA 1HHPA 4NJTA 3LPJA 4LBTA 3TH9A 5P5BA 5P2SA 1ZLFA 4RYGA 2P4JA 5P5MA 3FKTA 2VS2A 3SABA 5P7DA 4GZFA 2IGYA 5P20A 1D4JA 3S43B 1W5VA 5OYWA 2P3BB 1LEEA 2QP8A 2BQVA 5P49A 2AOEA 5JFUA 3SA9A 3T7QA 5P6UA 4YCTA 3OHHA 3GGUA 5OZVA 2Q11A 3KFPA 4Y3JA 3KFRA 4OC6B 3WZ7A 2RMPA 4Y5NA 5P1XA 5TOLA 5OYYA 5CONA 5P14A 4R8YA 4FAFA 5P6SA 5P38A 5HCTA 3PSGA 3ZPTA 3HAUA 1ZPAA 5P6RA 4Y38A 3VFAA 5P7AA 5OYSA 1YM2A 3D20A 1HEGE 4HZTA 5P7MA 1T7IA 5OZYA 1FIVA 3IXJA 4QLHA 5P4CA 1XDHA 1LYBA 4Y58A 5OYTA 5P1JA 1W5XA 5HDXA 2WF0A 3EL0A 3TL9A 4TRZA 3VF7A 2QD8A 3VYEA 5P5KA 5P4OA 1T6GA 4RLDA 2WF3A 4Y4EA 4DI2A 1LF3A 4DH6A 2I4DA 5P55A 5P1GA 5KAOA 2PC0A 5KR0A 6UPJA 5P1UA 3NU9A 4FLGA 2AZ9A 3JW2A 3MSLA 3OU1A 4YD4A 1EBWA 5P4IA 5P3MA 3U71A 3QN8A 2QNNA 4GB2A 4NJSA 3OQ7A 1K1TA 5P3IA 1EPNE 1ZSRA 3S56A 3MXEA 1KJGA 3FIVA 3UDJA 4KUPA 4Y51A 4AA9A 2J9JB 3PWMA 3S7MA 3TKGA 4DJRA 4L7JA 4JP9A 3R0YA 5P30A 2ZHSA 3OUDB 5P5FA 5KOSA 4CPXA 2FMBA 1ER8E 3D3TA 3HVGA 1UH8A 5P3UA 4EJLA 4ER1E 3KT5A 4Y3WA 4Y5BA 5P60A 3WB4A 5OZFA 2R8NA 5P7UA 2UXZA 5P2WA 2VKMA 5SY2A 4L7GA 3BGCA 1HIIA 5OZUA 4DQBA 2QI1A 5P0VA 5P7BA 2O4NA 3JVYA 4OBZA 5P63A 3KM4A 1EPME 4J1FA 4OBJA 4K8SA 5HD0A 3UPJA 3EKPA 4NPTA 3KFSA 1RL8A 2ER6E 4TRWA 4K4RA 5P1IA 4A4QA 1IZIA 4Y3AA 5OZDA 4ZIPA 1A8GA 2OHQA 3ER5E 1LF4A 4Y3RA 5P1RA 3NXEA 4FSEA 4F74A 3SM1A 3LITA 5P0WA 5P5XA 2AOHA 1B6MA 3EKVA 1D4HA 5P7KA 4RVJA 5P48A 4ZSMA 4B1DA 4FIVA 2I4WA 3NWQA 1Z1RA 4EQJA 4HDBA 5P39A 1HVJA 1FFIC 5P70A 5P81A 4E43A 4ACUA 5P0UA 3PMYA 5P3ZA 1IDAA 5OZOA 5P5AA 4R91A 1MEUA 3N4LA 4OD9A 1FMBA 2FXDA 5P7PA 5AGZA 4APEA 1TSQA 4GIDA 4QJ9A 4XKXA 3O9HA 4I12A 1IDBA 5P2KA 5P74A 1LYWB 1K2BA 4AZYA 5OZ5A 1CMSA 2AVSA 4J1HA 3TPLA 4PZWA 4Z50A 3NUOA 5P64A 1SGZA 1J71A 1TZSA 2EWYA 3DM6A 5P79A 1XN3A 4IVSA 5HDZA 4Y3PA 1HWRA 1DP5A 1ENTE 4GJDA 2WF1A 1GNMA 2PH6A 2P8HA 5P73A 5P52A 4QJ2A 5P3DA 3NWXA 5P7ZA 4ZPFA 5DQ5A 1B11A 3K5DA 4NJUA 2G1YA 5P5OA 1E5OE 3LHGA 2R3TA 5P1PA 2IL2A 3KFNA 2WECA 4J54A 2H6TA 2Q3KA 3SACA 1K6TA 4RYCA 5APRE 5OYZA 4Y4DA 2WEZA 2ZHVA 3UQUA 1FLHA 4RZ1A 3M9FA 5P32A 3K4VC 4Y35A 5ENMA 1K6PA 1BDRA 4AA8A 1K6CA 4Y4UA 4EPJA 6APRE 1LZQA 2QMDA 4YD5A 4Y3MA 1AVFA 3EMYA 5P3CA 2ZYEA 5KR8A 4L1AA 1BVGA 5P75A 1SH9A 5OZNA 1G35A 1BBSA 2AVVA 5P2OA 4Z2ZA 5P6GA 1EPQE 5P1WA 1EPLE 2G20A 4YOAA 5P13A 2ZGAA 3RSVA 2FDEA 4Q1WA 4HLAA 1AAQA 3FNUA 2QI4A 1EBKC 5ENKA 5P7OA 5P5SA 4D85A 2FDDA 3U6AA 5P2RA 3RU1A 3O99A 1PFZA 2PQZA 3OQDA 5P0RA 3SA7A 1EPOE 1MT8A 4JPCA 5P5PA 2WEDA 2F80A 4I0FA 5P8VA 1IZDA 2HM1A 1RV7A 4Y3LA 3GGAA 3LIZA 1GVXA 1GVWA 3ST5A 5KOQA 5P1VA 1BXOA 5OZ0A 1APWE 2B8VA 5P5CA 2ASIA 2ZJLA 3OU4B 3VYDA 2H6SA 1FF0C 2AODA 3PB5A 5ISKA 4RVIA 2QU3A 2QZLA 3S43A 3NDXA 3SQFA 2P3BA 4H3GA 5P7XA 2QHZA 5P2EA 1K2CA 4H1EA 4Q1NA 1HEFE 5P62A 3EXOA 3SA5A 1WBMA 2B8LA 4PEPA 5P10A 2VIYA 2AIDA 5KQZA 5P8KA 2PYMA 2BPVA 4RCFA 5P86A 4IVTA 5P2DA 5OYVA 1C6XA 5DGWA 5P76A 4J1IA 3UDMA 4B70A 1W6IA 1FQ4A 5P8BA 3Q70A 5P6IA 1AM5A 4DJUA 5DGUA 5DR0A 3G72A 4F73A 2G1NA 3QRMA 5P2IA 5P7WA 5OYQA 3QP0A 5P8RA 3OXCA 5P6AA 5P67A 4DJVA 5P78A 2AOIA 2IKOA 2IDWA 3EC0A 3EL4A 4FE6A 4K4PA 3ZKXA 1B6KA 2HB2A 5P4MA 1HVLA 3Q3TA 3N3IA 5P3PA 1ZSFA 2AZBA 3QRSA 4R5NA 2O4PA 4I11A 3INFA 3OOZA 4DJPA 5P7JA 2SAMA 4J5JA 5P4KA 4I0ZA 5P01A 4Y3GA 3I25A 4Y4BA 5OZHA 5DQCA 9HVPA 3UDQA 4J0PA 3O9AA 5I3VA 5OZTA 1Q9PA 3OAGA 1ZBGA 3ZOVA 4Y3NA 3O9GA 3CMSA 4ZLSA 5P8AA 1ODXA 1CPIA 1MT9A 1BDLA 3D1YA 3ZPSA 3BXSA 2J9JA 3OGPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G6L A;  2ZE1 A;  4WY6 A;  1NSO A;  4DQH A;  1NPW A;  5P57 A;  2AQU A;  5P35 A;  5FIV A;  5P2J A;  3PGI A;  1MET A;  5P6D A;  5P42 A;  5P6O A;  5P66 A;  5P6H A;  2I1A A;  5P7Q A;  1ODW A;  3BHE A;  3URL A;  5P5L A;  3IN4 A;  5P1S A;  4Y5A A;  4Y48 A;  3PLL A;  3IGB A;  4EXG A;  4FSL A;  4KE0 A;  2QI7 A;  2CEM A;  5P6Z A;  5P37 A;  3VYF A;  3WZ8 A;  5OZC A;  3PSU A;  2NMY A;  3VSX A;  4Y3H A;  2A1E A;  2P3D A;  1M4H A;  3BVA A;  4XX3 A;  3Q4B A;  4EYR A;  5P7H A;  4CMS A;  4PHV A;  5P1F A;  1HVR A;  3BVB A;  5P4R A;  5P6L A;  3TOG A;  3TLH A;  4ZE6 A;  3H0B A;  1VIK A;  2ZJH A;  3KYR A;  2PWR A;  3OUA A;  1FMX A;  2MIP A;  3VG1 A;  2OHK A;  3OXW A;  2Z54 A;  3PHV A;  3IN3 A;  1EPP E;  2ZJN A;  4I0I A;  4EWO A;  4XX4 A;  1GNN A;  5P2V A;  2OHP A;  5P4E A;  5HU1 A;  1FQ7 A;  3QAA A;  5P34 A;  4GYE A;  5P3A A;  2XFJ A;  3LPI A;  4LAP A;  4Y5C A;  3OQF A;  3TPJ A;  3VFB A;  5AHB A;  1PSO E;  4WY1 A;  1FG6 C;  5P4J A;  3D1Z A;  3LNK A;  3SPK A;  1LYA A;  2BPW A;  1EC1 A;  2G24 A;  5P1Y A;  5OZ3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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