1YTHA

Siv protease crystallized with peptide product
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV PROTEASE
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ythA00
1FEJC 4Y3WA 5AH6A 2XYEA 4JOOA 2I0AA 3T6IA 2OHLA 2QI3A 4KUPA 5P33A 3D3TA 5OYRA 1PROA 2BPZA 4DQBA 1NH0A 4Y44A 5P0DA 1K6CA 4HA5A 3RU1A 1WKRA 3NU5A 3KDCA 5OZ7A 4CKUA 2QI7A 3Q4BA 1GNNA 2ER6E 2I1AA 2R3WA 1EC3A 5E5KA 2I4UA 2ASIA 2VJ6A 5IVSA 3OHFA 3O9AA 3IXOA 4HLAA 1YTIA 4OBFA 1E5OE 1PPLE 3MSJA 1FQXA 2P3BB 5P3DA 1YG9A 2HB3A 4DUSA 3SA5A 3R0WA 1ZSRA 4Y35A 3S53A 5OZQA 3D1YA 4H3IA 3SABA 2V00A 2QHYA 1W6IA 2AODA 4M8XA 3VG1A 5P2BA 3VEUA 4Y4DA 4J0TA 5P5MA 5DQCA 5P2TA 2V10C 2J9KA 4CPRA 4CPWA 3VFBA 1LEEA 2G22A 3NU6A 3INFA 2P3BA 2AOHA 2IDWA 5P66A 4I8ZA 5AHBA 3PBZA 3G70A 5OYQA 5I3XA 4DVFA 5P7IA 4PEPA 2WECA 4OBKA 2O4NA 1B6JA 1LF4A 5P11A 4GJAA 3EKYA 4Y4UA 5P6WA 3TPRA 1SGUA 3FNUA 5P2WA 4FL8A 2WF3A 5P2RA 2RKGA 5I70A 2OHKA 1XN3A 4AA9A 2ZJJA 1IZHA 5OZGA 3UCBA 2HPEA 2V11C 1ZBGA 3FNSA 3I6OA 3LIXA 5OYTA 5P75A 5P6RA 4U8WA 4Z2ZA 4Y51A 5P1UA 3QAAA 2VS2A 1DPJA 2ZGAA 3KT2A 4EP3A 3NDWA 2F3EA 1BILA 5P2UA 3NDXA 2CEMA 3HZCA 3SAAA 5APRE 5P4UA 5P76A 2IGXA 2AZCA 5P3TA 2FDEA 5COOA 3EKVA 4J0ZA 1AJVA 3GGXA 4NJSA 4OBZB 1LS5A 5P37A 4FE6A 1LYWB 2ZHUA 4RYCA 5P46A 5OYUA 1MRXA 2QHCA 1E81E 5P6YA 3PWWA 5P5OA 1HVSA 3SM2A 1T7JA 1HTEA 2UY0A 3PRSA 5P62A 5P5JA 1HIIA 3L59A 3I25A 2ER7E 2QCIA 5P6ZA 5DQ5A 2OHSA 1GVTA 1HVRA 3EL4A 5P3YA 5SY2A 1M4HA 2QAKA 4CMSA 1HIVA 4AUCA 2ER0E 2HB2A 1B6LA 3PLLA 3I2LA 5P4VA 5DR4A 5P36A 4OBZA 5OZ3A 2WF4A 5OZPA 2ZJKA 1LYWA 3KYRA 3LITA 5IVQA 3U71A 3B80A 5P7AA 5P3MA 3MXDA 1RV7A 5P7WA 5P4MA 2F80A 3PJ6A 4Y3FA 3ZKMA 1FGCC 2CENA 4J54A 5P3XA 2APRA 5JFPA 1ER8E 3KA2A 4DJWA 5OZEA 2G20A 2P3DA 5P1WA 4ER4E 1D4YA 1VIJA 1BXOA 1IZDA 5P1PA 5P81A 2WL0A 5P15A 4CP7A 1IIQA 4Y3MA 4Z22A 4RCEA 5OYZA 1IDBA 5P4PA 1B6KA 5P5SA 3KMXA 5P69A 2AOCA 5KR1A 3KFNA 2PH8A 4FSLA 3MSKA 5P1SA 1W6HA 2P4JA 2G24A 1K6VA 1EPPE 1ZJ7A 5OZ6A 3EBZA 4NJVA 2NNPA 1TCWA 5P4HA 5P8SA 2VJ7A 3UFLA 5P2HA 4YD7A 4I0DA 2IEOA 4QJ2A 4EWOA 2XFKA 1LF2A 5P8RA 5P7XA 5P2AA 5P65A 5P86A 5DR8A 5P03A 1Z1RA 5P4KA 4Z50A 3WSJA 4J17A 5P55A 3T7QA 1ZAPA 4FM7A 4DPIA 4F73A 3OWNA 5P7PA 5P4XA 2FIVA 5P1HA 5AH8A 4JPEA 2FNTA 3Q70A 4L6BA 4Y45A 2QMPA 2QI5A 5P3GA 5P09A 1W50A 5P0IA 5P4CA 1RPIA 5P1TA 1RNEA 1EPLE 5P4ZA 5P5UA 3OUDA 2HIZA 3OUAA 3UDRA 3ZMGA 3CICA 5P4YA 5P0WA 3UHLA 5P6AA 2G21A 3HVPA 4RYGA 1OD1A 5KAOA 3LIQA 5P71A 1K2CA 3K5GA 3B7VA 5P4GA 1W51A 3S43A 5DQ2A 2ZYEA 4FGXA 3VCMA 1KJGA 1YX9A 3PSUA 3TH9A 4DPFA 4Y3TA 1FB7A 5P14A 3H0BA 4XX4A 3SA9A 3BUHA 5P1IA 3VSWA 3OGPA 5P22A 5P4BA 5P8GA 1BAIA 1EPQE 3ST5A 4B1CA 4MC2A 5P1NA 3EL5A 3HDKA 2QI6A 5P3UA 1EPME 4TRWA 2QI4A 1ZP8A 3AIDA 5P7DA 3IXKA 3BVAA 3CYXA 4RVIA 4YDFA 5P02A 1MESA 3TL9A 2VIEA 5P4AA 3QS1A 3ZPSA 5P12A 5P8DA 5P3JA 1A8KA 3VFAA 5P0KA 5P19A 1BVEA 3G6ZA 3VYFA 5P6TA 5IS4A 4GJ9A 3KDBA 5C9DA 3NDUA 4ZSQA 1FQ4A 1MIQA 4J1HA 2OHUA 1EEDP 3ZOVA 5JODA 5P2ZA 3UQWA 5ISJA 4BEKA 5ER2E 1BDLA 3K4VC 3QVIA 5P0EA 4H1EA 4EHCA 5P6MA 2IQGA 5C9FA 3DM6A 5KR0A 3UQPA 4AZYA 5P18A 2O4LA 3NSHA 2JXRA 5OZWA 2OHPA 4DJXA 2FGUA 2B60A 5P0UA 5P60A 5P63A 4ZLSA 3NWQA 5P5EA 5P2XA 4FRJA 1N49A 1B6MA 5P3BA 2G1OA 4ZSMA 3K4VA 5P50A 4Y43A 4RVJA 1QBTA 5P0AA 1DW6C 1K1TA 2VNNA 1GVXA 4DQCA 1W5VA 4K9HA 2IS0A 3LIVA 2G1NA 3SA8A 2BPYA 1NPWA 5P1MA 1FF0C 4I0EA 1EBYA 2P3CA 4ZSPA 1FLHA 5P3SA 4I12A 1QS8A 4Q1YA 4NPTA 1NSOA 3Q3TA 4YBFA 4HDFA 3S85A 5E5JA 2Q55A 3PBDA 4Y39A 5COKA 2BJUA 3CIDA 5P6IA 3PMUA 1OHRA 4IVTA 4D88A 1META 4HDBA 5IVRA 3BHEA 3OOTA 4OC6B 1C6XA 3EL1A 2NR6A 5P64A 2NMZA 3O9DA 3K1WA 3L58A 5P79A 3INEA 4LBTA 1GVWA 3PI0A 1TCXA 3EKXA 4N00A 1HOSA 1SMEA 3FV3A 1EPRE 2BBBA 3GW5A 1LYAB 5P1LA 4EQJA 3VV8A 3SACA 3JW2A 2PSUA 1M43A 1DMPA 4MC9A 5P6JA 1ZPKA 2QZWA 5P4EA 5HE4A 3VLAA 5P3QA 3ZLQA 5P23A 3UQXA 3OADA 2VA5A 5P58A 1D4HA 4ZPFA 3HW1A 3RTMA 1FKNA 5P5KA 1K6PA 2HS2A 3L5DA 4B1EA 5AH9A 4QJ9A 4PZXA 5P8BA 4OC6A 5P5IA 4Y56A 3GGVA 5P51A 1HBVA 3D1ZA 3NR6A 1APUE 5FIVA 4BELA 4MC6A 3UDHA 5ENKA 2VIYA 2AOEA 5P3EA 1J71A 3EL9A 3O9BA 2QD8A 1LYAA 5P5FA 1HRNA 1SIVA 3KT5A 1DIFA 1QRPE 4WTUA 5P5RA 1RL8A 4J55A 4TVGA 3KFSA 3UF3A 4APEA 1YM4A 4B72A 3F9QA 4Y3JA 1PPME 2PK5A 1XN2A 3UDQA 1EC1A 2WEDA 3UDMA 5KOQA 3S7MA 4MC1A 1AAQA 5P8MA 5I3WA 3VUCA 6UPJA 3O9LB 2XFIA 3VF7A 5OZYA 1FQ5A 5P7YA 1D4JA 2Q15A 1W5WA 5P6LA 5OYWA 1FQ6A 1HXBA 3PMYA 3QRMA 4YCKA 4YCYA 1GNOA 4OBDA 3APRE 4B77A 4EJLA 2R9BA 4I0GA 3RSXA 2B42A 5P1CA 2PSVA 5P5AA 2P8HA 4NJTA 5P7MA 4GJ8A 5P7FA 5P7NA 4QGIA 3EKQA 1Z1HA 1QBRA 2OAHA 4F75A 4NPUA 2Q54A 3O9LA 2ZJHA 2AVSA 1HTGA 5P74A 2OHQA 5P4NA 2QNNA 2WJOA 5DR1A 2PSGA 5P1KA 4CPQA 5KQYA 4Y3PA 5KQFA 5OYXA 2QZXA 5P0QA 5OZRA 3SPKA 1SDTA 4D85A 5P72A 2FS4A 5HE5A 5OZLA 5P4SA 1D4KA 2G94A 4Y5MA 4YOAA 5SXNA 1EBZA 4Y38A 2RKFA 3CKRA 4GJCA 5DR0A 2ZHTA 4Y3SA 5P1EA 5BWYA 3DJKA 4EJ8A 3D20A 1BDQA 1IZEA 5P73A 2PWRA 4HE9A 1ZPAA 5P77A 5P2OA 5OYYA 4PZWA 2NXDA 5P5PA 2V13A 1OEXA 5P5NA 3OXXA 3NU4A 1HVIA 1LF3A 3C9XA 3ZKIA 2R5PA 5OZ4A 5P08A 3ER3E 1NPVA 4FLGA 3SA7A 2WF1A 4KE0A 3LZVA 2QNPA 2ZHVA 5P4QA 1FQ7A 5P1DA 3HBOA 5P26A 3R2FA 2BQVA 2VIZA 5SY3A 4GB2A 5P8IA 4Y41A 5P5YA 2B8VA 4TRYA 3PGIA 5HDZA 5P1YA 3QPJA 5P1GA 4F74A 4A4QA 1XL5A 5P6GA 4EYRA 5P8NA 3NXNA 3WB5A 2VIJA 4Y3ZA 4YBIA 3PWMA 1PPKE 4Y5BA 4YD3A 5P3OA 2JJJA 3KF0A 1BVGA 3OXVA 2O4PA 2WF0A 2OHNA 2IKOA 1HHPA 1QBSA 2NXLA 4Y4ZA 3SA6A 4L7GA 4RLDA 5P8JA 5ISKA 4H3FA 5P2EA 3DOXA 5P7VA 5TOLA 2HC0A 5P3ZA 5P3NA 3D91A 4NKKA 3TPJA 5C9BA 5P4WA 5P8UA 1BV7A 3HAUA 2RENA 4Y4GA 4DFGA 2G26A 2UXZA 3RSVA 2VKMA 5JFUA 5P84A 5COPA 2VA7A 3ZPTA 1EBWA 4B00A 3IN4A 1KZKA 5OZ9A 5P5LA 3IXJA 2J9JB 3OU1A 3BUGA 3NUOA 5P7KA 1M0BA 1TSQA 1XL2A 4EJKA 5OZFA 4Y5NA 5P6HA 5AHCA 2ZJNA 4EQ0A 2BKSA 3JVYA 1ME6A 3EM4A 5OZSA 3O9FA 3VF3A 5P78A 1UH9A 3L38A 3MXEA 3EC0A 3EKWA 3LIYA 5OZMA 1HVLA 3LZUA 4X7IA 4Y36A 5P85A 2Z54A 3TOHA 3APPA 3N3IA 3S56A 4F76A 1TSUA 1FMBA 5P6CA 1Z8CA 4A6BA 1G6LA 2WEZA 3PM4A 4LL3A 4I0FA 3LPIA 3UDPA 2QD7A 5P44A 4DJQA 5P1BA 4DQEA 4GJ5A 3UFNA 4GMIA 2J9JA 5P1QA 1HVCA 1T6GA 3TPPA 3SFCA 3TPLA 5OZDA 3LIZA 3VLBA 2H6TA 1HTFA 2HB4A 1D4IA 5P5DA 2RMPA 3NU3A 1C6YA 3O9GA 2P3AA 1PSOE 2HAHA 1UPJA 2AIDA 3BXRA 3OUDB 5P41A 2B8LA 5J25A 5P3VA 4E43A 3KFPA 1F34A 3VF5A 3QN8A 1SMRA 3OTYA 5P6PA 1W5XA 5P0JA 4RRNA 1MSNA 1RQ9A 1SGZA 1EBKC 4Y3QA 2QNQA 4YA8A 5ENMA 3S43B 2Q64A 5P59A 1W5YA 4Y6MA 2B7ZA 4DJOA 1T3RA 3I8WA 3NU9A 2NNKA 5P5BA 1AXAA 1HXWA 4JPCA 3T3CA 3KN0A 4Y5AA 2WHHA 4I11A 3OQAA 1K1UA 3BVBA 4DV9A 5P4OA 1T7KA 5P20A 1DP5A 1ODYA 4RCDA 2I4DA 4TRZA 5P2LA 5P5CA 4Q1XA 1OEWA 4GJDA 4RGHA 5P3KA 3VV7A 1T6EX 2F8GA 5OZBA 4QJAA 4DJPA 1QDMA 2O40A 3EL0A 3BC4A 4Q1NA 5P2VA 2IL2A 5P6XA 4QLHA 3TKWA 5P8VA 4I10A 5P53A 3NDTA 4HEGA 5AH7A 5P0MA 3OU3A 3SO9A 3IGBA 3DV5A 4I8WA 3URIA 2I4VA 3K5CA 5AHAA 4J1CA 4OBJA 4DQHA 3QRVA 1HWRA 5CLMA 2ZE1A 3DUYA 1ZLFA 4K4RA 4Y4XA 3EKTA 2JYSA 2G1SA 5IVTA 5P8QA 5HDXA 4ACXA 5P34A 4YHQA 1EC0A 4DJYA 4OD9B 1QBUA 3L5CA 4NJUA 5P8PA 1HPSA 2VNMA 4GJ6A 5OZXA 4L7JA 2PMAA 1C70A 2AVQA 4COEA 5P6NA 3WZ8A 5P54A 2Q11A 9HVPA 2G69A 1SH9A 2O4SA 5BS4A 3OQKA 3O9HA 2NXMA 3FKTA 2JJIA 2PWCA 4FM8A 2BB9A 4Q1WA 3S54A 3DK1A 1B11A 4YOBA 5P0GA 4FRIA 3L5EA 4XKXA 3LZYA 4OD9A 5P35A 5P40A 1MERA 4RRSA 2FLEA 5OZKA 5P2DA 2FXEA 4HDPA 1K6TA 3PB5A 1GNMA 5P1VA 1APVE 5P1OA 2O4KA 3QRSA 1SBGA 5P2YA 5HDUA 4ZSRA 2Q3KA 1G0VA 2JE4A 5P6SA 5HVPA 2PYMA 3ZKNA 5P3AA 2WEBA 3OADB 2QP8A 1ENTE 2NMYA 5DPZA 3URJA 1YT9A 4Y3YA 3IN3A 1LZQA 1HSHA 3O9CA 4ZEAA 5P27A 4L1AB 5P6VA 1MT8A 3LNKA 3A2OA 4DI2A 2QI0A 2AOGA 4FRKA 4FS4A 3G72A 4LXKA 1ODXA 2F3KA 1BWAA 2ZHRA 2ZHSA 5DGUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FEJ C;  4Y3W A;  5AH6 A;  2XYE A;  4JOO A;  2I0A A;  3T6I A;  2OHL A;  2QI3 A;  4KUP A;  5P33 A;  3D3T A;  5OYR A;  1PRO A;  2BPZ A;  4DQB A;  1NH0 A;  4Y44 A;  5P0D A;  1K6C A;  4HA5 A;  3RU1 A;  1WKR A;  3NU5 A;  3KDC A;  5OZ7 A;  4CKU A;  2QI7 A;  3Q4B A;  1GNN A;  2ER6 E;  2I1A A;  2R3W A;  1EC3 A;  5E5K A;  2I4U A;  2ASI A;  2VJ6 A;  5IVS A;  3OHF A;  3O9A A;  3IXO A;  4HLA A;  1YTI A;  4OBF A;  1E5O E;  1PPL E;  3MSJ A;  1FQX A;  2P3B B;  5P3D A;  1YG9 A;  2HB3 A;  4DUS A;  3SA5 A;  3R0W A;  1ZSR A;  4Y35 A;  3S53 A;  5OZQ A;  3D1Y A;  4H3I A;  3SAB A;  2V00 A;  2QHY A;  1W6I A;  2AOD A;  4M8X A;  3VG1 A;  5P2B A;  3VEU A;  4Y4D A;  4J0T A;  5P5M A;  5DQC A;  5P2T A;  2V10 C;  2J9K A;  4CPR A;  4CPW A;  3VFB A;  1LEE A;  2G22 A;  3NU6 A;  3INF A;  2P3B A;  2AOH A;  2IDW A;  5P66 A;  4I8Z A;  5AHB A;  3PBZ A;  3G70 A;  5OYQ A;  5I3X A;  4DVF A;  5P7I A;  4PEP A;  2WEC A;  4OBK A;  2O4N A;  1B6J A;  1LF4 A;  5P11 A;  4GJA A;  3EKY A;  4Y4U A;  5P6W A;  3TPR A;  1SGU A;  3FNU A;  5P2W A;  4FL8 A;  2WF3 A;  5P2R A;  2RKG A;  5I70 A;  2OHK A;  1XN3 A;  4AA9 A;  2ZJJ A;  1IZH A;  5OZG A;  3UCB A;  2HPE A;  2V11 C;  1ZBG A;  3FNS A;  3I6O A;  3LIX A;  5OYT A;  5P75 A;  5P6R A;  4U8W A;  4Z2Z A;  4Y51 A;  5P1U A;  3QAA A;  2VS2 A;  1DPJ A;  2ZGA A;  3KT2 A;  4EP3 A;  3NDW A;  2F3E A;  1BIL A;  5P2U A;  3NDX A;  2CEM A;  3HZC A;  3SAA A;  5APR E;  5P4U A;  5P76 A;  2IGX A;  2AZC A;  5P3T A;  2FDE A;  5COO A;  3EKV A;  4J0Z A;  1AJV A;  3GGX A;  4NJS A;  4OBZ B;  1LS5 A;  5P37 A;  4FE6 A;  1LYW B;  2ZHU A;  4RYC A;  5P46 A;  5OYU A;  1MRX A;  2QHC A;  1E81 E;  5P6Y A;  3PWW A;  5P5O A;  1HVS A;  3SM2 A;  1T7J A;  1HTE A;  2UY0 A;  3PRS A;  5P62 A;  5P5J A;  1HII A;  3L59 A;  3I25 A;  2ER7 E;  2QCI A;  5P6Z A;  5DQ5 A;  2OHS A;  1GVT A;  1HVR A;  3EL4 A;  5P3Y A;  5SY2 A;  1M4H A;  2QAK A;  4CMS A;  1HIV A;  4AUC A;  2ER0 E;  2HB2 A;  1B6L A;  3PLL A;  3I2L A;  5P4V A;  5DR4 A;  5P36 A;  4OBZ A;  5OZ3 A;  2WF4 A;  5OZP A;  2ZJK A;  1LYW A;  3KYR A;  3LIT A;  5IVQ A;  3U71 A;  3B80 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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