1YTJA

Siv protease crystallized with peptide product
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFHLWKRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVEVEVLGKRIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Simian immunodeficiency virus
molecule keywords SIV PROTEASE
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ytjA00
3LNKA 4HEGA 3QRMA 2ER7E 4APEA 7UPJA 1YTIA 5P3VA 5I3WA 4NJUA 1NPWA 3LZYA 1LS5A 1FEJC 4FM7A 4OC6A 4N00A 3O9HA 2FGVA 4HZTA 3LPIA 3QAAA 5P2AA 3N4LA 1HVCA 1YTGA 5P04A 4Y3RA 3NUOA 5P88A 3IVIA 2AOIA 5DR0A 5P25A 4FAFA 2FXDA 1PSOE 4RRSA 2PYMA 4J0TA 5E5JA 5KQYA 2OHQA 4Q1YA 5ENKA 1APTE 1HEFE 1TW7A 5CLMA 2VA6A 4I0HA 3EKXA 1QBTA 4MC2A 4TRZA 1ODWA 4R95A 4J0YA 1DIFA 3O9CA 5P7OA 4Y4XA 2QMDA 3KT5A 1Z1HA 3WZ8A 5UPJA 4DVFA 4Y4ZA 4Y35A 5P7GA 4YCYA 3G6ZA 3QI1A 4RLDA 5P4VA 5P3SA 3SA8A 4B77A 5P81A 5P8AA 1ZBGA 4RGHA 5P0LA 1AVFA 3I8WA 2NR6A 3KA2A 5P1MA 2B7ZA 2HS2A 5P3GA 4EQJA 1XDHA 4U7QA 2BPZA 3VV7A 3D1YA 4B00A 3Q6YA 4GJ8A 1FKNA 1MSNA 2BJUA 5AH6A 5P2DA 4I10A 1HVHA 4GJ9A 5P1DA 5COPA 5OZZA 3D3TA 2QK5A 1EC0A 3FNTA 3T7PA 3VLBA 3OY4A 3QBFA 2I4UA 4I0ZA 2NXDA 5P7RA 3SA6A 3L5DA 1T7KA 3R4BA 1ME6A 4EP2A 2PYNA 5P2KA 2VNMA 4LBTA 1SGUA 1K1UA 3OTYA 5P6ZA 3L5EA 5OZ4A 4Y36A 2BKSA 5P56A 1K6CA 3KDBA 5BRYA 1NPVA 5J25A 2AQUA 4R5NA 1K6VA 2AOFA 3NU5A 5P4WA 1W5VA 4B72A 4WY6A 2FS4A 2FDEA 2FDDA 4ACXA 1DPJA 4Y3QA 3NWXA 1LV1A 4Y3YA 4BELA 2QI0A 4J1HA 3VEUA 3SKFA 5AH7A 5P2ZA 4LXMA 2PSVA 5P5AA 2AOCA 5OZTA 5P7AA 5P6OA 4GMIA 4DFGA 2HB2A 1HPVA 5P47A 1LYBA 3O9DA 1B6PA 4J1CA 4Y3JA 4LP9A 1SMRA 4YCTA 3OXXA 1RL8A 5OZGA 3VF3A 4YBIA 5I70A 5P3DA 3OU1B 1G6LA 4I0GA 2AZ8A 2OF0A 5P6RA 1BV7A 2QNQA 3SM2A 5OYVA 4WY1A 5P6SA 2AOJA 2VKMA 5P41A 2OHTA 5P2SA 4OBZB 3L59A 4Y5NA 3S56A 5P53A 4DQFA 5P4UA 3VSWA 3BXSA 2O4LA 3I6OA 2JXRA 5DR7A 5HVPA 2I0DA 3QIHA 2QI3A 4I12A 3ST5A 1TCXA 4CPXA 3IVHA 5P8HA 3OQDA 5P6LA 2QD8A 1ZLFA 3IXKA 5P7KA 2PQZA 2H6SA 1LYAB 4Q1WA 5P1VA 4Y45A 5P0YA 4J0PA 5P0FA 3KYRA 4YOBA 1HSHA 5OZXA 4R8YA 1ZP8A 5DQ2A 4NJVA 5P5MA 5P62A 5P0JA 3CYXA 1FF0C 2QU2A 2AZCA 1E82E 3ZKNA 2WF2A 5AH9A 1EEDP 5P17A 3B80A 3PSUA 4EHCA 1K2CA 3R1GB 5P40A 2VNNA 3LIYA 5P7MA 2UY0A 1BXOA 3IN3A 4Y44A 4I0JA 2I4WA 4Y3NA 3S45A 4DI2A 1GNOA 4CPQA 4PZXA 1J71A 3LHGA 4Y5KA 3SPKA 1G2KA 5P14A 4J17A 2QU3A 4FRJA 3QRVA 4J1FA 4ZPFA 5DPZA 5P33A 4OD9A 5P0ZA 3PB5A 4B1CA 2HS1A 3EXOA 5P1AA 3QN8A 2VIJA 1FB7A 2BPYA 3BUHA 5IVTA 5P5VA 3RTHA 3NDTA 1ZPKA 5P7CA 3DV5A 3EC0A 2XYEA 4EXHA 5P1WA 3OU4A 3DK1A 1BWBA 4YD6A 4WTUA 1TSQA 5P2LA 3INEA 5P6DA 4DV9A 3CMSA 2OHSA 3LIXA 3LZUA 4LC7A 3ZKXA 4FSLA 1W5WA 5KR1A 3EL0A 3WSJA 1A8KA 1D4LA 1BILA 3SFCA 2ER6E 5OZEA 4AUCA 4YDGA 4PHVA 4FL8A 2IKOA 4B0QA 4X2LA 2RENA 1GNNA 4QJ7A 1YT9A 4CPUA 3GW5A 1T7JA 3DOXA 3A2OA 1IZHA 4Y57A 4U8WA 5OZYA 3SA3A 1FMBA 2WF3A 1CPIA 1GVTA 5P2IA 1XN2A 4JOOA 5OZ9A 1QBUA 3EM4A 2Q11A 2V11C 5P7QA 1QS8A 3O9LA 4KB9A 4FRSA 1YG9A 5IVQA 2QCIA 5P6GA 5P36A 5P6BA 4Y3AA 4ER2E 3VSXA 3TOHA 3OQKA 1HSIA 2PH8A 4EWOA 4Q1NA 2NPHA 1HTRB 5P79A 1MPPA 5OYXA 3TNEA 2VIEA 2OHKA 2ANLA 3QRSA 1W51A 5P3XA 5P55A 4FCOA 4YCKA 5P4RA 2XFJA 4NPTA 3ECGA 5OYTA 2Q5KA 5JFPA 1XE6A 5P66A 1KZKA 3U6AA 5P6FA 1A9MA 2QHCA 5P06A 2QNPA 3VYFA 3HDKA 5P3EA 4GYEA 4NKKA 1MTBA 3ZKSA 5P3FA 3R0YA 4FSEA 5P4SA 5P6MA 4Y4AA 5F01A 1FFFC 5P30A 4A6CA 3QVCA 4AMTA 2O4PA 5P5IA 5HU1A 2FNTA 4H1EA 5DR1A 2G21A 4J5JA 5P4CA 3RSVA 5P0QA 5OZNA 1C6ZA 3EL4A 3S43B 3Q5HA 4J0ZA 3DCRA 2ZJHA 4Y4DA 3TH9A 3O99A 5BWYA 5P0BA 5P5EA 3UTLA 1PSNA 1HIVA 1LEEA 4K4RA 1E81E 1A30A 1RPIA 5P8IA 5FIVA 2V16C 2P3BA 5P63A 2VA7A 4A6BA 5P5PA 3OUDB 3U7SA 4AZYA 1EPNE 2I1AA 4K8SA 3EKVA 3PI0A 5P58A 3UF3A 1D4JA 5HE4A 4OBJA 3PSGA 2VS2A 5P12A 2QMFA 4I8WA 2MIPA 3INFA 4K4PA 1W6HA 4AA9A 4EJKA 5P54A 2AVVA 3UPJA 5P89A 2RMPA 3FX5A 2G22A 1EPPE 2JJIA 5P5TA 5JFUA 4I0EA 5OZUA 5P26A 5P4MA 4B70A 2NXLA 1SIVA 1SP5A 5KAOA 2UXZA 2I4XA 3S8IA 4LHHA 2Z4OA 4CKUA 2PWRA 4FGXA 3QPJA 5P8KA 3OXWA 3D20A 3IXOA 3PMUA 5P0EA 1W5YA 3DJKA 3OXCA 3TTPA 1LYWB 4FAEA 5P8FA 5P60A 1T6EX 3MWSA 2FXEA 3NXEA 5HE5A 5P1YA 3ZL7A 3NUJA 5P1PA 1LF4A 2R9BA 4FM6A 5P1LA 3Q4BA 3VG1A 5P3YA 3BVAA 2BKTA 5ER2E 5KOQA 5P6EA 1K1TA 3UDKA 5P13A 2Z54A 3GGUA 4L7HA 1FQ6A 4I0DA 5P7PA 3Q70A 4J0VA 5P0PA 3OOTA 5P1GA 2IQGA 4GIDA 5ENMA 5B18A 3UQUA 3MSJA 4Y41A 4Y47A 3O9EA 4TRYA 1GVUA 3VV6A 5P0GA 5P38A 4IVTA 2V12C 3OXVA 5OZHA 1HTFA 2I4QA 4DJOA 5P48A 3AUPA 4NPUA 4TVHA 3BHEA 4ZPEA 5P8PA 4DJVA 4DJXA 1MSMA 3MSKA 4KE0A 3KMXA 4H3IA 4Y53A 5OYWA 3I7EA 5IVSA 5P5CA 4LXAA 3EMYA 3LITA 3HBOA 5OZ8A 5P3NA 5P78A 1UH7A 5OZLA 2QD6A 5P00A 4DQBA 5P8RA 1HOSA 2HB3A 2OHNA 3NYGA 3HW1A 4IVSA 2JJJA 1AJXA 1QBRA 1PFZA 2FNSA 1BDRA 4Y3FA 3TOFA 4XKXA 1EBYA 1FFIC 2G26A 5P3KA 5P15A 4HDPA 4FE6A 5SXNA 1PPKE 2WEBA 5COOA 2IEOA 4FRIA 3S53A 3LPKA 4YA8A 4PZWA 1D4IA 3BGBA 3OADB 3O9AA 4ZLSA 2B7FA 3F9QA 1Q9PA 5P37A 4K4QA 2FIVA 3EL5A 3KFPA 5P2NA 3CKTA 3DV1A 5P74A 4FRKA 1APVE 5OZAA 5COKA 5OZJA 2QMGA 1Z8CA 3OU1A 4J55A 3PGIA 3LINA 2QP8A 2QZXA 5SY3A 1MT8A 3RTMA 1TQFA 2V13A 5P4KA 4Y4BA 3T7QA 2P3AA 2ZE1A 5P0SA 5OYZA 3WZ7A 5ER1E 5P4JA 1XL5A 4OBZA 5P19A 4Y39A 3KN0A 5P2HA 3UFLA 5SY2A 1HVJA 6APRE 4YHQA 1FQ5A 1XL2A 3BRAA 5P7FA 1VIJA 5P27A 5P3MA 1BAIA 5P1FA 5P1JA 4YD3A 1A8GA 2AODA 1K2BA 3OHFA 3SO9A 5DGUA 2AVQA 5P2TA 5P51A 1LYAA 3CKPA 3KFRA 5DQCA 3FNUA 5P69A 4QJ8A 1IZDA 4Y4TA 2QI5A 4BEKA 4F75A 5P4OA 3URIA 1EBZA 3BVBA 4DJPA 2AVMA 5P07A 2J9JB 5P39A 3T7XA 4DJRA 1MUIA 4CPTA 5P2GA 4Y5CA 5P5RA 4Z50A 5P6QA 1YX9A 4R91A 5P8SA 3ER3E 2WEDA 2VJ6A 3B7VA 2CENA 5P49A 4DQEA 4HDBA 5OZFA 3TKGA 4MC9A 4Y5EA 1SBGA 5P7HA 3R2FA 5OZSA 1HBVA 3PLDA 4DJQA 2AZBA 3TPLA 3BUFA 5P28A 1ZAPA 2I4VA 3NLSA 1SMEA 4Y3ZA 4YDFA 3EKPA 3KF0A 1BDLA 5P7ZA 5P0AA 1IIQA 3LPJA 3EL1A 2IGYA 2VIYA 4GJAA 3HVGA 5P2UA 1SDVA 3PMYA 4B1DA 2PSGA 2O4KA 3OTSA 2PK5A 5P2QA 4QJ6A 1FMUA 5TOLA 1MIQA 4GZFA 1SDUA 3RVIA 2QI6A 5OZMA 3JVWA 5P8DA 5P8TA 4HE9A 3CIBA 4TVGA 2PH6A 1UH9A 3AIDA 5OZ5A 4RCDA 3BGCA 5P1QA 3NXNA 4APRE 1YM4A 2ZHSA 3MXDA 4CMSA 5IVRA 1KJGA 2Q3KA 4Y5AA 4QJ2A 1OD1A 1BBSA 1IDBA 5P6IA 5P0OA 4FIVA 5P08A 3PSYA 1IDAA 2P8HA 2G94A 3L5BA 4L1AB 4PPHA 2WF1A 3WZ6A 4S1GA 2WF4A 2QNNA 5P3OA 1AM5A 2HB4A 4Y4UA 5P70A 5P7NA 4ZE6A 2A4FA 3WB5A 5OZVA 4LXKA 2WEZA 3SAAA 2FDPA 2EWYA 3S54A 5P5GA 3K5GA 5P52A 2SAMA 3ZMGA 2QZLA 3ZKMA 3UDJA 4EJLA 5P5NA 1D4YA 5P4AA 1B6MA 3NSHA 3TL9A 5P16A 5P45A 2G24A 2FLEA 4FLGA 3QROA 4Y54A 5CONA 4EJDA 1Z1RA 5P57A 4EYRA 3D1ZA 3KDCA 4J1IA 5P7VA 2WEAA 1EBKC 1HHPA 3FNSA 5JODA 2QZKA 3EKYA 4Y43A 3PWWA 3APRE 1F34A 4H3JA 5OZCA 5OZ6A 2J9KA 3G72A 4JECA 2ZHUA 1RQ9A 5P0UA 5P4HA 2QI7A 5OYYA 4YOAA 3TPPA 2Q64A 4Q5MA 5P8JA 2OHPA 4RCEA 3EL9A 4RVJA 5P22A 1N49A 2BBBA 5P6CA 3URLA 5P4NA 3TOGA 3GI5A 1AZ5A 1IBQA 3VFBA 2G69A 4Y4WA 4A4QA 5ISJA 3JW2A 3VV8A 2WHHA 3LZSA 5OZ0A 4Q1XA 3UCBA 3ER5E 1HTEA 2ZGAA 5P1UA 3S43A 4GJ7A 4ZSQA 3PRSA 3ZKQA 3M9FA 3EBZA 1G35A 5P7YA 1HIIA 3PVKA 4Y5MA 5OZQA 5P5HA 2ZJMA 2AOEA 1CMSA 4J1EA 3UDMA 1BDQA 5KR0A 1MT9A 5P0WA 1B5FB 2UPJA 3NWQA 4RYCA 3JVYA 1HPXA 5OZ7A 2PMAA 2PC0A 3NR6A 1F7AA 5P5BA 3NDWA 3OUDA 5P5SA 5P5YA 5P6TA 5ISKA 1MT7A 1YTJA 5EZXA 9HVPA 5DQ5A 2P4JA 4YE3A 2P3CA 5P6YA 1MESA 4OBGA 3BUGA 3OUBA 5P03A 2XYFA 2ZYEA 4H3GA 3EKQA 2V00A 2AOGA 1APWE 5P83A 2AVSA 4L7JA 5BS4A 4I8ZA 3OAGB 5P2BA 4GJCA 2ZJLA 2G1SA 2NMYA 3H5BA 3CICA 5P2MA 2AIDA 4Y3HA 2OHMA 1HVSA 4JP9A 2B60A 5HDZA 2NNKA 5DR4A 1FQ4A 1K6PA 3SM1A 5P2RA 4NJSA 5E5KA 1LYWA 4TRWA 5P31A 5APRE 4LAPA 5P09A 1D4HA 4ZSPA 1C6XA 5P7JA 2R5PA 2IRZA 5P68A 2PWCA 3ZKGA 1EPME 1LZQA 3IGBA 1FG6C 3SABA 3CKRA 2G1NA 1FG8C 5P75A 3O9IA 3TPRA 2QI4A 2Q55A 1GVVA 2WJOA 1T6GA 2HAHA 1QRPE 3GI0A 4Y5BA 4Y5PA 5P4DA 1AAQA 1FIVA 5P2VA 5DR8A 2PSUA 5P0CA 5P5FA 4QJ9A 1C70A 4DH6A 5P6UA 5AHBA 1BXQA 5P1IA 2VIZA 5P0XA 2RSPA 5HDUA 5P6JA 3TLHA 2ZHVA 4HDFA 4D83A 1HVIA 1META 3UDYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LNK A;  4HEG A;  3QRM A;  2ER7 E;  4APE A;  7UPJ A;  1YTI A;  5P3V A;  5I3W A;  4NJU A;  1NPW A;  3LZY A;  1LS5 A;  1FEJ C;  4FM7 A;  4OC6 A;  4N00 A;  3O9H A;  2FGV A;  4HZT A;  3LPI A;  3QAA A;  5P2A A;  3N4L A;  1HVC A;  1YTG A;  5P04 A;  4Y3R A;  3NUO A;  5P88 A;  3IVI A;  2AOI A;  5DR0 A;  5P25 A;  4FAF A;  2FXD A;  1PSO E;  4RRS A;  2PYM A;  4J0T A;  5E5J A;  5KQY A;  2OHQ A;  4Q1Y A;  5ENK A;  1APT E;  1HEF E;  1TW7 A;  5CLM A;  2VA6 A;  4I0H A;  3EKX A;  1QBT A;  4MC2 A;  4TRZ A;  1ODW A;  4R95 A;  4J0Y A;  1DIF A;  3O9C A;  5P7O A;  4Y4X A;  2QMD A;  3KT5 A;  1Z1H A;  3WZ8 A;  5UPJ A;  4DVF A;  4Y4Z A;  4Y35 A;  5P7G A;  4YCY A;  3G6Z A;  3QI1 A;  4RLD A;  5P4V A;  5P3S A;  3SA8 A;  4B77 A;  5P81 A;  5P8A A;  1ZBG A;  4RGH A;  5P0L A;  1AVF A;  3I8W A;  2NR6 A;  3KA2 A;  5P1M A;  2B7Z A;  2HS2 A;  5P3G A;  4EQJ A;  1XDH A;  4U7Q A;  2BPZ A;  3VV7 A;  3D1Y A;  4B00 A;  3Q6Y A;  4GJ8 A;  1FKN A;  1MSN A;  2BJU A;  5AH6 A;  5P2D A;  4I10 A;  1HVH A;  4GJ9 A;  5P1D A;  5COP A;  5OZZ A;  3D3T A;  2QK5 A;  1EC0 A;  3FNT A;  3T7P A;  3VLB A;  3OY4 A;  3QBF A;  2I4U A;  4I0Z A;  2NXD A;  5P7R A;  3SA6 A;  3L5D A;  1T7K A;  3R4B A;  1ME6 A;  4EP2 A;  2PYN A;  5P2K A;  2VNM A;  4LBT A;  1SGU A;  1K1U A;  3OTY A;  5P6Z A;  3L5E A;  5OZ4 A;  4Y36 A;  2BKS A;  5P56 A;  1K6C A;  3KDB A;  5BRY A;  1NPV A;  5J25 A;  2AQU A;  4R5N A;  1K6V A;  2AOF A;  3NU5 A;  5P4W A;  1W5V A;  4B72 A;  4WY6 A;  2FS4 A;  2FDE A;  2FDD A;  4ACX A;  1DPJ A;  4Y3Q A;  3NWX A;  1LV1 A;  4Y3Y A;  4BEL A;  2QI0 A;  4J1H A;  3VEU A;  3SKF A;  5AH7 A;  5P2Z A;  4LXM A;  2PSV A;  5P5A A;  2AOC A;  5OZT A;  5P7A A;  5P6O A;  4GMI A;  4DFG A;  2HB2 A;  1HPV A;  5P47 A;  1LYB A;  3O9D A;  1B6P A;  4J1C A;  4Y3J A;  4LP9 A;  1SMR A;  4YCT A;  3OXX A;  1RL8 A;  5OZG A;  3VF3 A;  4YBI A;  5I70 A;  5P3D A;  3OU1 B;  1G6L A;  4I0G A;  2AZ8 A;  2OF0 A;  5P6R A;  1BV7 A;  2QNQ A;  3SM2 A;  5OYV A;  4WY1 A;  5P6S A;  2AOJ A;  2VKM A;  5P41 A;  2OHT A;  5P2S A;  4OBZ B;  3L59 A;  4Y5N A;  3S56 A;  5P53 A;  4DQF A;  5P4U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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