1Z1HA

Hiv-1 protease complexed with macrocyclic peptidomimetic inhibitor 3
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular recognition of macrocyclic peptidomimetic inhibitors by HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 16
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1z1hA00
5AH8A 3O9FA 5P1LA 4DQGA 2G1RA 5F01A 1FFFC 2WEBA 5P0AA 3TPJA 3FV3A 3D3TA 1BVEA 5HCOA 4QLHA 1EPNE 3HD8A 4Y37A 4ZSMA 5P4AA 3DOXA 5P1JA 4OBFA 2QZKA 4XKXA 1HXWA 5P3RA 3QPJA 2AZ9A 3RTNA 2I4XA 5P1GA 1GVVA 3O9HA 3I6OA 2ZHSA 3KM4A 5P52A 5I3XA 4F74A 2IEOA 4WTUA 1AZ5A 5P0GA 5F00A 4DV9A 4N00A 2Q11A 4OBDA 1ZPAA 2VJ9A 5UPJA 2HC0A 5P5IA 5P2JA 3L3AA 5AH9A 3R4BA 5DQCA 4QJ2A 4LAPA 1ZSFA 1W50A 3OXVA 3PMUA 4Y5CA 1MERA 5I70A 4EJ8A 1LEEA 1G2KA 3ZKNA 3LPJA 5P6WA 2QD8A 1C6YA 5P25A 3BVAA 3S45A 3WZ6A 4RRSA 5CLMA 3VF3A 1XS7D 4Y44A 5P1DA 2AZCA 3MXDA 5P8RA 3OY4A 2Q63A 3L5EA 5P2FA 5P5SA 5P68A 2H6TA 1E5OE 5P1CA 1M43A 5P5LA 1IDAA 4M8XA 5P7BA 5P3YA 5P48A 4CPXA 4NJSA 5P6YA 3LZVA 2ZDZA 2QNPA 5P8VA 3NDXA 1GVXA 4ER4E 2G27A 3INDA 1C6ZA 2RENA 3CYXA 2AVMA 3SLZA 5DR4A 5P66A 5P4JA 3OU1B 1K6VA 5P6BA 5P4WA 4OC6A 5BRYA 3UDNA 2OHPA 4YD5A 4MC9A 3KDCA 3NLSA 1LYWA 5C9BA 1LS5A 1KJFA 3R0WA 4GJ9A 3KT5A 3UF3A 4U7QA 2RKGA 5P5NA 3QN8A 2A1EA 4D83A 1G6LA 1XDHA 3SQFA 2AVOA 2VS2A 4NJUA 5P8CA 4QJ7A 1CPIA 1NPWA 3GW5A 3LIYA 4LC7A 3GGUA 4ZEAA 4GMIA 3PLDA 5P5CA 4Y5BA 2JE4A 2PK6A 1HTEA 1SIPA 4Y3QA 5P2OA 2ER0E 1FF0C 5JODA 4J0PA 4J1EA 5P7VA 3N4LA 5COKA 2P3DA 4DVFA 1IBQA 1DW6C 5OZPA 5P4HA 2J9JB 5P86A 1PSNA 5P6CA 5P5UA 3ZPSA 4RCFA 1MIQA 5P3BA 5HU1A 1T7KA 2OHUA 5P1UA 2WF2A 5OZ8A 1PPME 4AUCA 4J0TA 4S1GA 3M9FA 3OOZA 1LYAB 3VSXA 5P4RA 2R5QA 1TSQA 3ECGA 2WF4A 3O9CA 3R2FA 3QVIA 4LXAA 3O9LA 5P6DA 5P7EA 3L5BA 5P5ZA 3L59A 3GI6A 3PWWA 1MT7A 3LIZA 2FXEA 4D8CA 5P1KA 3SA7A 4J1IA 2VJ7A 5P4ZA 2WHHA 5P37A 2QNNA 5IE1A 2XFJA 4B00A 4XXSA 1SIVA 1B6JA 3KN0A 1PROA 3TPLA 3BRAA 2BKTA 5P7CA 1HVIA 3U7SA 4FM7A 5P5QA 4ZIPA 4J1CA 5P8TA 3VF5A 2OHSA 4GZFA 3OQAA 4OBKA 2RKFA 4RGHA 1IZHA 1FMUA 3HW1A 3LINA 5P38A 3OU1A 3SA6A 1AXAA 4H3GA 3SO9A 3Q3TA 2QMFA 2AIDA 4PYVA 3MSKA 5KAOA 4Y3YA 4Z4XA 1KJ4A 5P29A 1KZKA 5P3GA 2HAHA 5P1BA 2O4LA 3TPRA 2WL0A 5KQZA 5AHCA 4ZPFA 2UXZA 5P7QA 3PEPA 2FGUA 5P11A 4TRZA 5P1HA 2O4KA 3INHA 4YCTA 4A6BA 1CZIE 4RYGA 4Y5KA 3GGAA 5OYQA 4APEA 2OHKA 1KJ7A 2G1SA 4HE9A 5P6VA 1YTGA 1KJHA 5SY2A 5P1SA 3LHGA 3URIA 3PI0A 5DGWA 5OZOA 5OZIA 5P5WA 2AODA 2AOGA 1GVWA 3BUHA 5IS4A 4DJOA 4Y3FA 2HS2A 4YDFA 1SP5A 3EM3A 3LZSA 1HIHA 2MIPA 3PWMA 2NNPA 4EQJA 3QRMA 5P8OA 4QGIA 2IKUA 2G22A 2ZHTA 5P0VA 3OHHA 5OZ5A 5HDUA 4L7GA 3I25A 5OZHA 3KFSA 2WKZA 4Z22A 5P0QA 4DJVA 3IVHA 4RRNA 3NU3A 1LYAA 2FXDA 2PWRA 1MTBA 3EKYA 2O4SA 1WKRA 2FS4A 5DQ4A 4DJWA 2OHTA 5P1WA 3CKPA 3OQDA 1ZJ7A 1TCWA 5P2RA 3TTPA 3HAWA 5P8BA 4Y3NA 5P0RA 2G26A 4RVIA 5P1QA 2AOIA 3OTSA 1D4SA 5I3YA 1F7AA 5C9DA 2XFKA 1BV7A 2P3CA 5OZ1A 2WF3A 5P41A 5P33A 1MRWA 3VUCA 3PSYA 5P6NA 5OZ2A 5P7ZA 5P6LA 1BXQA 4OD9B 3SAAA 1Q9PA 3Q70A 4FS4A 5P0UA 1ER8E 5P4UA 2I4DA 2ZJNA 5IVSA 1UPJA 4IVSA 3CKRA 3NXNA 3PSUA 5DQ2A 4FRIA 1D4LA 1SH9A 3D1ZA 3NSHA 3GI0A 3VEUA 5P5DA 1HVHA 1IVQA 5P0XA 4Y5PA 3SFCA 4YD6A 4KE0A 1BDLA 3NU6A 2QMPA 2P4JA 4X2LA 1LF4A 1YX9A 3KA2A 4BELA 4FRSA 5KQXA 2H6SA 6UPJA 5OZAA 5KR8A 4I0DA 4FGXA 1QBSA 2QMGA 5P6FA 1BDQA 5OZEA 3VLAA 4ZPEA 1HEGE 1LZQA 5P3UA 5P82A 5P3CA 3QP0A 5P56A 4DI2A 2QHZA 3CMSA 3GGVA 3G72A 2B8VA 3UDMA 5P0CA 5P2YA 5B18A 2Z54A 5AHBA 1MESA 5P09A 1AJVA 4F73A 5P4BA 2XYEA 1EBYA 2FIVA 1EC1A 5ENMA 4CP7A 4L1AB 5COPA 3BUGA 5P35A 3SACA 2BPYA 3UCBA 5OZNA 1EPME 2G1OA 2VA5A 4Z2ZA 3OQ7A 2AVSA 4Y4AA 4YA8A 3L5CA 5P2LA 1W5WA 3ER5E 1YTJA 5P5XA 5P0FA 3QIHA 2WF0A 4JOOA 3OUAA 4L7HA 5AHAA 1SGUA 2CEJA 2QD6A 5E5JA 2JJJA 5P4GA 4KUPA 1ENTE 3WSJA 1HBVA 3OU4A 3APPA 4B1CA 4LHHA 4U7VA 5P83A 3OADB 2R8NA 5P2AA 2AOHA 2PYMA 2QZWA 5P63A 1FG6C 1GNMA 2G20A 2Z4OA 3TOFA 4FLGA 1DP5A 5P88A 4Y3LA 3HVPA 1HVJA 1SGZA 2VA6A 1M0BA 2ZHVA 3SKFA 1LYBB 5P64A 3BGCA 1W51A 2R3TA 5P5KA 4EWOA 3O9IA 4OD9A 2AOJA 5OZXA 4JPCA 3TH9A 4Y5LA 3DCRA 5P0EA 4Y3XA 3QRSA 1K2BA 5P2GA 5P46A 5P6IA 1HHPA 5P76A 4Y3GA 3IAWA 1FKNA 2J9KA 5DGUA 8HVPA 5P3AA 4B77A 2JJIA 2WF1A 3OXCA 1TQFA 3FSMA 2HB2A 4I0EA 3OAGB 4Y50A 4H3JA 2VNMA 2HS1A 4RCDA 2O4NA 3APRE 4B1EA 2NTRA 1APWE 2PH6A 5P08A 3Q6YA 2OHMA 5P4PA 5P7OA 5P7RA 2HM1A 1IDBA 5OZMA 5JG1A 3K5FA 2HIZA 5P4XA 4XX3A 3TOHA 5P53A 1NH0A 3BGBA 2F81A 4Y53A 1MT9A 1ODWA 2IGYA 4YBIA 4HA5A 3S53A 4QJAA 1FG8C 5P04A 4PHVA 4FM6A 4OBGA 1AAQA 1ODYA 2V11C 2PSVA 5EZXA 3MXEA 4Y3SA 1B6PA 1HPVA 4I0IA 5P6SA 3ZKMA 5OZZA 1D4HA 5HU0A 1HOSA 5IVQA 4GJ5A 5P72A 4L1AA 2F3FA 4I8WA 1AM5A 5P42A 3VYEA 4Y35A 1JLDA 5P26A 4HVPA 3HBOA 1EBKC 4GJCA 4EQ0A 1K2CA 4GJBA 4HDFA 2IGXA 2G24A 3U6AA 3OXWA 1UH7A 2NNKA 4DJUA 4TRYA 5C9FA 4J54A 5P7YA 5E5KA 3NYGA 3B80A 5BS4A 3D20A 1RPIA 5P02A 4CKUA 3OADA 3FIVA 4WY1A 2OHRA 3JVYA 4RYCA 3VG1A 5P24A 2VIZA 3Q4BA 4D88A 2G1NA 5DR0A 4GJDA 1FLHA 4Y4UA 3OGQA 3NU9A 4R93A 5P3HA 3KDBA 1PPLE 4H3FA 2ZHUA 1LYBA 4FRJA 2AOCA 2WEZA 2I1AA 1BILA 1ME6A 3UDPA 4DQHA 1GNOA 3K5DA 5P7JA 4Y45A 4APRE 4I12A 3QBHA 5ER1E 2F3KA 5P05A 5P0WA 1A30A 4J1KA 5P2QA 5P2CA 3MSJA 4EXGA 5OZKA 2VA7A 2FDEA 1A94A 1HIVA 5P4EA 2I4VA 1EC2A 3RSXA 4B72A 3ER3E 4ER2E 2SAMA 3IA9A 2ASIA 3OK9A 1BXOA 3IXJA 2AVVA 3O99A 5P36A 1B6KA 5P4DA 2B7ZA 3OQFA 4HZTA 2XFIA 5P17A 4RLDA 3TL9A 3EL9A 4Y4JA 3AIDA 4HLAA 5P79A 1HVLA 1META 2OAHA 4J1FA 3LPKA 4I11A 1NPAA 5P7KA 2R43A 2QI1A 2NPHA 1HTGA 3HVGA 3KT2A 5P0NA 2VKMA 1YTHA 3A2OA 4GYEA 4I0FA 2AQUA 1FQ4A 5P1MA 1IIQA 5P2TA 1G35A 3SM1A 5OYYA 1SBGA 5P45A 2UY0A 4GJ6A 3EKQA 5P5HA 3KYRA 2G21A 5P47A 4RROA 5P4IA 3T6IA 4F75A 4AMTA 1D4YA 1A8KA 3R0YA 5P4OA 1FB7A 5KOQA 3ZKGA 2P83A 5P0OA 3IVIA 5P1AA 4I1CA 3UDYA 3EBZA 4TRWA 3LNKA 4MC6A 5P6TA 4Y47A 5P77A 5P3LA 3IN4A 2ZE1A 2NXLA 2QCIA 4EP2A 2OHLA 1SDTA 5P1EA 1J71A 1APVE 2V16C 5P4CA 5P0HA 3DUYA 5P7DA 5OZQA 5P7LA 3K4VA 2I4QA 2ZJKA 1OEWA 5P89A 2F80A 1EPLE 5P7TA 3PWRA 5P3QA 4ZSQA 3QROA 3PCZA 5P1OA 5P30A 4J5JA 1T3RA 1F34A 2PQZA 2FLEA 1MEUA 3KFPA 5P1NA 3BC4A 4B78A 4Y4EA 5KOSA 6FIVA 2XYFA 2ZJHA 2BPWA 4Y5MA 4CPUA 4RVJA 3ST5A 3VSWA 3S7MA 4BEKA 5P4MA 5OYTA 1W5YA 5OZVA 1C6XA 3UQXA 2HPFA 2HB4A 2V0ZC 5P4LA 3S43B 1NPVA 3IXKA 4Y3DA 3G6ZA 3SABA 5P4TA 1EPQE 5P3JA 4PZWA 5P5JA 5P43A 2J9JA 4H3IA 4R91A 1FQ6A 4D89A 3CIDA 4TVHA 5P84A 5P7NA 5OZYA 5P0LA 1YG9A 5P2IA 5P0MA 1W5XA 4K4PA 1DIFA 1XN2A 4OBZB 3WB4A 3PRSA 1OEXA 5P7XA 4RZ1A 5P20A 1ZPKA 4GJAA 1QBTA 2QK5A 3TKGA 1GNNA 4A4QA 5P0PA 4MC2A 4GJ7A 5OZ4A 3EC0A 1W5VA 1AVFA 3NWXA 1B6MA 3DJKA 1B5FB 3HZCA 5SY3A 3HAUA 1ZP8A 2HB3A 1XL5A 2FDDA 4B0QA 5P5OA 5P7MA 3CIBA 1GVUA 4J17A 1ZTZA 5P2XA 3OUBA 5P2HA 2HPEA 5OYZA 3RU1A 3UDHA 5P8JA 5P18A 1VIJA 2PK5A 5P2WA 1B11A 4L7JA 1IZEA 2P8HA 1IZDA 1BIMA 3QS1A 4HEGA 4Y54A 4Y3PA 1BDRA 2BJUA 3OWNA 1T6GA 3VV7A 4YOBA 4J0VA 1EBZA 5BWYA 3ZPTA 4J1HA 3MSLA 3SA4A 3LZYA 1BWBA 4FAFA 4PPHA 2QI7A 3OHFA 3U71A 1QRPE 5OYXA 1TZSA 5OZWA 1K1TA 4ACUA 5AH7A 2BPVA 5P6MA 4E43A 1EEDP 3N3IA 1XN3A 3EM6A 3UTLA 3QAAA 4ER1E 4LXMA 4J0ZA 1AIDA 3KMYA 3DK1A 3KFRA 1HSIA 5HVPA 4HDBA 3PBZA 5P2DA 9HVPA 4YOAA 4CPSA 2QU3A 3L5FA 3O9BA 5OZCA 3G70A 4NPTA 5P1XA 5DR1A 5ER2E 2PC0A 3EL0A 2Q3KA 2VIEA 3JW2A 4Y5NA 3WZ8A 2VNNA 4FM8A 4LBTA 2CEMA 1HVSA 3PLLA 4D85A 1HPXA 7HVPA 2OF0A 1E82E 5P5PA 3FNTA 3TOGA 1HVRA 2Q54A 5KR0A 5AH6A 3L5DA 2IQGA 3EL4A 5P6ZA 5P5EA 1EPOE 1T7IA 1Z8CA 3IN3A 4DQBA 4PZXA 4Y4TA 3ZOVA 5P3WA 4NPUA 1M4HA 4B1DA 3R1GB 4FE6A 5DQ1A 1SDVA 5P2UA 4OBZA 3T7XA 2UPJA 4M8YA 1KJGA 5P8IA 5P8UA 1FQXA 5OZUA 1MRXA 4Y4ZA 1FGCC 5OZ3A 4DFGA 2PYNA 4YD3A 5P55A 4I0HA 5P6AA 2ZHRA 4Y4BA 5P70A 3S8IA 3VCMA 5P5TA 4Y3TA 2F3EA 1PFZA 2QI5A 3PB5A 5P67A 1DMPA 5DQ5A 2QD7A 5P0SA 3INFA 2ER6E 1D4IA 3NDWA 1B5FA 4DJYA 3PSGA 3EMYA 4Y3AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AH8 A;  3O9F A;  5P1L A;  4DQG A;  2G1R A;  5F01 A;  1FFF C;  2WEB A;  5P0A A;  3TPJ A;  3FV3 A;  3D3T A;  1BVE A;  5HCO A;  4QLH A;  1EPN E;  3HD8 A;  4Y37 A;  4ZSM A;  5P4A A;  3DOX A;  5P1J A;  4OBF A;  2QZK A;  4XKX A;  1HXW A;  5P3R A;  3QPJ A;  2AZ9 A;  3RTN A;  2I4X A;  5P1G A;  1GVV A;  3O9H A;  3I6O A;  2ZHS A;  3KM4 A;  5P52 A;  5I3X A;  4F74 A;  2IEO A;  4WTU A;  1AZ5 A;  5P0G A;  5F00 A;  4DV9 A;  4N00 A;  2Q11 A;  4OBD A;  1ZPA A;  2VJ9 A;  5UPJ A;  2HC0 A;  5P5I A;  5P2J A;  3L3A A;  5AH9 A;  3R4B A;  5DQC A;  4QJ2 A;  4LAP A;  1ZSF A;  1W50 A;  3OXV A;  3PMU A;  4Y5C A;  1MER A;  5I70 A;  4EJ8 A;  1LEE A;  1G2K A;  3ZKN A;  3LPJ A;  5P6W A;  2QD8 A;  1C6Y A;  5P25 A;  3BVA A;  3S45 A;  3WZ6 A;  4RRS A;  5CLM A;  3VF3 A;  1XS7 D;  4Y44 A;  5P1D A;  2AZC A;  3MXD A;  5P8R A;  3OY4 A;  2Q63 A;  3L5E A;  5P2F A;  5P5S A;  5P68 A;  2H6T A;  1E5O E;  5P1C A;  1M43 A;  5P5L A;  1IDA A;  4M8X A;  5P7B A;  5P3Y A;  5P48 A;  4CPX A;  4NJS A;  5P6Y A;  3LZV A;  2ZDZ A;  2QNP A;  5P8V A;  3NDX A;  1GVX A;  4ER4 E;  2G27 A;  3IND A;  1C6Z A;  2REN A;  3CYX A;  2AVM A;  3SLZ A;  5DR4 A;  5P66 A;  5P4J A;  3OU1 B;  1K6V A;  5P6B A;  5P4W A;  4OC6 A;  5BRY A;  3UDN A;  2OHP A;  4YD5 A;  4MC9 A;  3KDC A;  3NLS A;  1LYW A;  5C9B A;  1LS5 A;  1KJF A;  3R0W A;  4GJ9 A;  3KT5 A;  3UF3 A;  4U7Q A;  2RKG A;  5P5N A;  3QN8 A;  2A1E A;  4D83 A;  1G6L A;  1XDH A;  3SQF A;  2AVO A;  2VS2 A;  4NJU A;  5P8C A;  4QJ7 A;  1CPI A;  1NPW A;  3GW5 A;  3LIY A;  4LC7 A;  3GGU A;  4ZEA A;  4GMI A;  3PLD A;  5P5C A;  4Y5B A;  2JE4 A;  2PK6 A;  1HTE A;  1SIP A;  4Y3Q A;  5P2O A;  2ER0 E;  1FF0 C;  5JOD A;  4J0P A;  4J1E A;  5P7V A;  3N4L A;  5COK A;  2P3D A;  4DVF A;  1IBQ A;  1DW6 C;  5OZP A;  5P4H A;  2J9J B;  5P86 A;  1PSN A;  5P6C A;  5P5U A;  3ZPS A;  4RCF A;  1MIQ A;  5P3B A;  5HU1 A;  1T7K A;  2OHU A;  5P1U A;  2WF2 A;  5OZ8 A;  1PPM E;  4AUC A;  4J0T A;  4S1G A;  3M9F A;  3OOZ A;  1LYA B;  3VSX A;  5P4R A;  2R5Q A;  1TSQ A;  3ECG A;  2WF4 A;  3O9C A;  3R2F A;  3QVI A;  4LXA A;  3O9L A;  5P6D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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