1ZPAA

Hiv protease with scripps ab-3 inhibitor
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1,2,3-triazole as a peptide surrogate in the rapid synthesis of HIV-1 protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zpaA00
2IRZA 4GJAA 2AOIA 1G0VA 2AOFA 3EL9A 2VA5A 5P2UA 5P0UA 4RCEA 1UH7A 4HDPA 2ZHVA 1B6KA 4Y4ZA 1SBGA 5P1LA 4D85A 3OAGB 2WECA 5P0QA 3PWWA 4EP2A 3QVCA 3L5FA 2V16C 5P6CA 1GNNA 1LF2A 5P3VA 5P78A 3PCZA 5P51A 3GGAA 4I11A 4Y3SA 5P3EA 5BWYA 3UFNA 1OEXA 4Y3AA 3Q4BA 3O9FA 2JXRA 1W5XA 5P5RA 3ZL7A 3MSKA 5COOA 3OQDA 5P4WA 1M4HA 2ANLA 1W50A 1FQXA 5SY2A 2B8LA 3NYGA 3HAWA 2FS4A 5P7JA 3RTNA 1E81E 1XL2A 5P2QA 5P5WA 3I6OA 3O9EA 4PEPA 1EPQE 4B70A 4DQHA 2AQUA 4LXKA 1HPXA 2IDWA 3NU9A 3T11A 4GMIA 3BXRA 3VYEA 3O9BA 4NPTA 1ODYA 1BILA 3ZKNA 2HS2A 4Y3YA 1D4YA 4Y5BA 2BPXA 5P85A 4GJDA 5DQCA 5I3VA 1IVPA 2AOHA 5P0ZA 5P4UA 3LPIA 3EM6A 5P11A 1B6MA 2AODA 5P63A 3UPJA 3DM6A 5P04A 3EL1A 2V0ZC 1XN2A 3D1ZA 3TKWA 3L58A 1SDTA 5P3UA 1DAZC 3LZUA 4PZXA 2B42A 5P83A 5P0SA 3SFCA 2F3FA 3KM4A 5P69A 5P3SA 3R0YA 4OC6B 1EPNE 1HIHA 3ZPUA 3UDHA 5P40A 5ENKA 5P1DA 2JE4A 3O9HA 5P4QA 3KDCA 4Y3JA 5P4CA 1LYWA 2HM1A 3S54A 4OBKA 3LIZA 4Y3QA 3NDWA 5P1GA 2QZWA 4Y5NA 4FGXA 1FB7A 2R3TA 5OYTA 1U8GA 5P1JA 1CMSA 1RPIA 5P3BA 5P56A 2UXZA 2IENA 4ZPGA 5KOQA 4H3GA 4Q1YA 5P42A 3PJ6A 5IVTA 3PMUA 1HIIA 4J0PA 2ZHTA 5DR8A 1D4JA 5P6GA 1KZKA 5P4VA 2WF0A 5P77A 4ER4E 3H0BA 5P0KA 5P6EA 3VLBA 1PPLE 3LITA 4BEKA 2A4FA 3OU1B 2P3AA 2QHCA 5OZFA 5CLMA 6APRE 4RROA 3L5CA 2G94A 3O9IA 2PQZA 1KJHA 1MUIA 2IKOA 2NMZA 5DR3A 1HVRA 1FQ8A 3CKPA 5P5MA 4B1EA 3LZYA 3GW5A 5HDXA 5P6NA 5DGWA 3UDPA 4R8YA 5P64A 4FE6A 4DQFA 5C9FA 5P6PA 2G24A 3VYFA 5P00A 4ZPEA 3VF7A 2QMDA 3CIBA 3LINA 3OADB 4Z50A 2JJJA 1RV7A 2VA6A 5P3AA 3VEUA 4NJVA 3QBFA 3VSXA 1YT9A 2QZXA 4Y4UA 5P10A 4YDGA 4QJAA 4L6BA 3NR6A 1PFZA 3UQRA 5DR7A 5P3ZA 3S85A 4ER2E 2ZHRA 3KDDA 3S7MA 3PLLA 3ZKIA 5P4IA 5P1EA 5P7OA 4DV9A 1LS5A 5F00A 1AJVA 2QAKA 4EXGA 5OZZA 1SH9A 3LZSA 2J9JB 1WBMA 3EL4A 2QHZA 5P6AA 3OOZA 5BS4A 3VFBA 4FAFA 3LHGA 5P13A 5P8KA 3Q5HA 5P75A 5P7GA 2P3DA 2QZKA 3QI1A 3PRSA 3OHHA 4YD4A 5HDZA 5JODA 1QBUA 4B77A 3EKYA 5DQ5A 2BQVA 5OZDA 2NPHA 5T4SA 3S56A 5P1ZA 1MSMA 4DJPA 5P4ZA 5KR2A 2G1YA 3SA3A 2RSPA 3KDBA 2OHLA 1F7AA 5P4AA 5P6WA 3S7LA 1ENTE 4XX4A 5I3XA 3CIDA 5P7PA 2CENA 4LXAA 1PSOE 5P76A 3OADA 4ZLSA 2IEOA 5P74A 3D1YA 4OBJA 4CP7A 4ZIPA 1NPVA 5P68A 1MT9A 1GVVA 2XFKA 3R2FA 4QJ6A 5FIVA 5P7TA 5P4XA 3PM4A 5P2TA 5P67A 4CPQA 2AVSA 5I3YA 3OHFA 5P6UA 3SQFA 5OZEA 3T7XA 2PSUA 5P5BA 2R9BA 4FRSA 1MRXA 1HSIA 5P6LA 1OHRA 5P6OA 5P6FA 5P3WA 1WKRA 3CICA 4J1IA 2J9JA 5P25A 4I0IA 1PSNA 4Y37A 5OZ7A 1G35A 5IS4A 1HVJA 1MT8A 3NDUA 4APEA 4DJYA 3PCWA 2FDPA 4GIDA 5P4LA 5P58A 4Y3RA 3U7SA 4Y3LA 3RVIA 3NLSA 4J54A 1XS7D 3K1WA 4CPTA 5P8RA 5P2BA 1C70A 4I8ZA 2VJ6A 1K6PA 2AOCA 3VUCA 2R38A 4Y5MA 4YD6A 2Z4OA 4RVIA 5P7CA 3G70A 5KQXA 1HRNA 4A6BA 3PB5A 3PSGA 3D3TA 1IZEA 4Y5KA 3RU1A 1W51A 2B60A 1MERA 5P57A 5P5GA 3NDTA 2AZCA 3K5DA 1BDRA 4DJXA 5P5PA 3INFA 2Q11A 2OF0A 3LIVA 5P19A 3URLA 5P8NA 4I0HA 5P5NA 1TCXA 2I0AA 3QPJA 1EPOE 1APTE 5P4HA 4I8WA 5P46A 3INDA 2FLEA 4HEGA 1ODXA 2R5PA 5P5ZA 4GJ9A 2BKTA 1HVHA 3VCMA 2PH6A 2G26A 1ZP8A 3KN0A 5P23A 5PEPA 1MPPA 3PGIA 1W5VA 5OZQA 3I25A 3NU4A 2F80A 4OBZA 4Y36A 3OUCA 4J1FA 5P15A 1APVE 4DQCA 3KT5A 1G6LA 4YE3A 4JPEA 4Y4XA 5P44A 2WJOA 3HBOA 4Y3FA 5P8OA 3SA5A 2VJ7A 4FSEA 3WB5A 3PEPA 4J1HA 1FIVA 1GNMA 4WY1A 4YCKA 3ZLQA 3OTYA 3KT2A 1C6YA 4F73A 5P8QA 5P2IA 4DJWA 1YM4A 1Z1RA 5DGUA 4Y3TA 1FLHA 3PVKA 2I4UA 3UDMA 3FIVA 2P3BA 3NU5A 5JG1A 4RRSA 4FM7A 5P6XA 4NPUA 4Y48A 5P5VA 5P3QA 3L5BA 5HE5A 2ZJMA 3SA6A 5P6TA 4DJQA 1AAQA 1CZIE 1Q9PA 2QHYA 5P30A 3DUYA 2AVMA 1LYBA 4EJLA 2Q64A 3O9LB 5P88A 1HSHA 1D4KA 4YHQA 5P2FA 3TPJA 5P2NA 3L3AA 3OXXA 1LV1A 5P0OA 3OUBA 5OZIA 4YOBA 5P6BA 1HOSA 5OZOA 5JFUA 1A8GA 1HVSA 4L7JA 3EMYA 4M8YA 4I0GA 1LF4A 1FMUA 5P3MA 3APPA 1W5WA 1KJ7A 5OYRA 3MSLA 4MC1A 2QI6A 2ZGAA 4DPIA 1QBRA 4HE9A 2OHKA 1HIVA 3RSVA 2HC0A 5P2AA 5P50A 4L7GA 5P3RA 4RVJA 2AIDA 3B80A 5P6IA 1DMPA 5P8SA 4BFBA 4Y3ZA 5P32A 1W6IA 5KAOA 1EC3A 5P5HA 4FRKA 5P0AA 4J1CA 3UDRA 2Q15A 1UPJA 5P7YA 1HHPA 5DQ2A 5P0RA 4J0ZA 5P5LA 2HAHA 5P16A 4Y3NA 2VKMA 5B18A 2APRA 2H6TA 4D89A 5P2HA 4YDFA 4MC9A 3CMSA 2NNPA 3IAWA 1HTFA 3MSJA 5P20A 3DCKA 3VV8A 4GJ8A 2R43A 1LEEA 4AZYA 1PPME 5KQFA 2WL0A 3PSYA 2ZDZA 1FMBA 4I0DA 5P4TA 1TQFA 5P70A 5P01A 5P1XA 1ODWA 5P31A 5P5XA 5P7FA 3B7VA 4JECA 4FS4A 5KQZA 5P5QA 4ACUA 4Y5PA 1RNEA 4ZPFA 4DJUA 2JYSA 3VV7A 5HE4A 1FG6C 3T7PA 2QK5A 3DK1A 2FDEA 3I7EA 3PHVA 1D4HA 2WF4A 3PSUA 4LP9A 4DFGA 5P65A 4EJKA 2BJUA 4IVSA 3LNKA 4Y3XA 5OZGA 1HVCA 3SA4A 1HVIA 5P0YA 2VA7A 3S45A 3UQXA 5HDUA 4QJ2A 2QU2A 2AOGA 1TSQA 2VIZA 3DCRA 2WF3A 5HCOA 2CEMA 5OZVA 5P2YA 1T6EX 1BBSA 1A8KA 1HVLA 2PSGA 5DR0A 3TLHA 4S1GA 3FNSA 5P54A 4H3JA 5JFPA 4COEA 2QMGA 2PWCA 1SGZA 4GJBA 4R5NA 2I1AA 3KMXA 2MIPA 3EBZA 3U6AA 1IDAA 1G2KA 2WEDA 4GJCA 5P7MA 1IBQA 2WF2A 5P7HA 4Y9WA 3OAGA 2QU3A 5P1CA 5P48A 2B7ZA 3PWRA 5OZ6A 2FNTA 1K6CA 1ZTZA 5P1TA 3NU6A 4EWOA 3O9CA 4LBTA 5P4GA 5P6RA 3K5FA 5P2OA 4Y4EA 5P4EA 4TRZA 4Y56A 5P5UA 2WKZA 2IKUA 3G72A 5P4OA 5AHBA 5P8LA 4DQEA 4FAEA 2QP8A 3URIA 2IGYA 2FGUA 5P05A 4YD5A 3KFPA 5SY3A 5P0HA 5P2CA 4FRIA 3WSJA 4Y3DA 4HDFA 1Z1HA 1ZPAA 4CKUA 1A9MA 5OZLA 2PH8A 1ZPKA 1NPWA 3ZMGA 4J0YA 2RMPA 3TPLA 5P53A 5P1SA 3GGXA 3VF3A 3DV5A 5P07A 3NUJA 2FGVA 5P55A 3OXVA 3OGQA 5AH9A 4Y54A 1ZSRA 2G1NA 1HPVA 2HPEA 2JJIA 5P1MA 1HXWA 1YTIA 3SO9A 2PC0A 2V13A 4LAPA 4MC2A 4ZE6A 4DQBA 1FQ6A 3TH9A 1MTBA 5P0MA 3NXNA 5P4DA 4EPJA 3D91A 4DVFA 1C6XA 1EPRE 1ZBGA 3INHA 5OZ9A 2PYMA 5P2WA 4YA8A 2PWRA 3Q6YA 3L5EA 1LF3A 1MSNA 4OC6A 3UHLA 2AVOA 3OK9A 5P4FA 2NXDA 7HVPA 3ZKMA 3HLOA 3PLDA 1FKNA 3HDKA 1ZAPA 5OZMA 1EBZA 3BGCA 3WZ8A 3R4BA 5P5CA 5OYSA 3BXSA 4QJ9A 3ER3E 4RYCA 5P8JA 3MXDA 4Y3HA 5AH6A 4B00A 3K4VC 2Q3KA 4PPHA 5P43A 5I3WA 1W6HA 3HZCA 5P5FA 5P5YA 5P3CA 4OD9B 3OWNA 5P09A 1BAIA 4Z2ZA 1AZ5A 5OZUA 3GI5A 5P2ZA 4CPSA 5F01A 3SABA 3K5CA 3NXEA 2QZLA 5P3TA 5P8DA 4RZ1A 5P8TA 5AGZA 3QAAA 1J71A 4L1AB 1ZLFA 2FXDA 2Q5KA 3OU1A 4D88A 3O9AA 5P0CA 5P4MA 1DW6C 3CKRA 2IQGA 2P8HA 1BWAA 3F9QA 1OEWA 5P2JA 3OQAA 4NJSA 1MIQA 3N4LA 5TOLA 3BUGA 4QGIA 2P83A 3UQUA 1K2BA 5P2LA 1B6JA 3ER5E 3S43B 4GJ7A 3MXEA 4Y4AA 5P89A 3ST5A 1XN3A 2V12C 4K9HA 4PYVA 3LZVA 3LPKA 3UDKA 2VJ9A 7UPJA 1EC2A 2IS0A 2NXMA 3PBDA 5HCTA 3HW1A 5P1OA 5OZ0A 4Y4GA 1ZJ7A 5P7EA 2BBBA 2XFJA 5P0FA 4MC6A 3CKTA 1BV9A 3SAAA 4HVPA 5KR1A 4DQGA 5P1HA 2NR6A 5P24A 4QJ7A 1XE5A 3SA7A 5P1VA 4YD7A 4Y43A 4FIVA 1VIJA 5P8CA 3KFRA 3TL9A 1DPJA 3M9FA 5P6KA 1K2CA 3OU4B 5P1NA 5P35A 2QMPA 5P1YA 1FEJC 2BPVA 5E5JA 1UH8A 5KOSA 3KMYA 4OBFA 5P8HA 4R95A 4Q5MA 2H6SA 5P28A 4FLGA 5CONA 5P2GA 4A6CA 2OHNA 2WEAA 5OZAA 2QI7A 4DJRA 4L1AA 3WZ6A 1GVTA 2OHMA 5P3YA 3A2OA 3IN4A 3G6ZA 3S2OA 3RTHA 5HVPA 2PK6A 5P7SA 4Y41A 5DQ1A 5P3KA 1IIQA 1FF0C 4Y5LA 4FM6A 2CEJA 2P3CA 5P45A 1VIKA 5P47A 2EWYA 5IE1A 1GVXA 1IVQA 3LIYA 1YX9A 3BRAA 5P5SA 2XYFA 2AOEA 3OUDB 4Y3WA 5HDVA 2O4LA 3OGPA 5OZYA 1TZSA 4JOOA 3C9XA 4LHHA 5P3OA 1YTHA 4YBFA 1EC0A 2B8VA 4OBGA 4EYRA 3UDYA 4Y5GA 5OYWA 2QMFA 5AHCA 5P7UA 5OZCA 3OTSA 6FIVA 2ER6E 2I4XA 3CYWA 5P3NA 3D20A 1F34A 3EKPA 4F76A 2RENA 1HVKA 5P5JA 5P38A 1C6ZA 1KJFA 5APRE 4A4QA 2QNPA 4KUPA 3GGVA 4LC7A 5P5TA 4XX3A 5P79A 1DIFA 3BVBA 4DPFA 2VNNA 4U8WA 4Q1WA 4GJ5A 2QNNA 2ASIA 3JVWA 4KB9A 3NWXA 3ZPSA 2F8GA 3TNEA 1GKTA 3BVAA 2HB3A 5OYXA 2AZ8A 4Y38A 5P7IA 4TVGA 4AUCA 5P12A 4Q1NA 2A1EA 1DP5A 5P41A 4J0TA 1IZHA 1EEDP 4Y5EA 2G21A 3T6IA 1QRPE 3DJKA 1SGUA 1BXQA 4DJOA 1IZIA 5P6JA 5P7DA 3TKGA 4B0QA 4K4QA 4EJ8A 5P3PA 1HPSA 2V11C 4EJDA 5P3LA 2R5QA 2UPJA 4RLDA 3R0WA 4EQJA 3FKTA 1HTRB 5P3XA 4GB2A 5P0WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IRZ A;  4GJA A;  2AOI A;  1G0V A;  2AOF A;  3EL9 A;  2VA5 A;  5P2U A;  5P0U A;  4RCE A;  1UH7 A;  4HDP A;  2ZHV A;  1B6K A;  4Y4Z A;  1SBG A;  5P1L A;  4D85 A;  3OAG B;  2WEC A;  5P0Q A;  3PWW A;  4EP2 A;  3QVC A;  3L5F A;  2V16 C;  5P6C A;  1GNN A;  1LF2 A;  5P3V A;  5P78 A;  3PCZ A;  5P51 A;  3GGA A;  4I11 A;  4Y3S A;  5P3E A;  5BWY A;  3UFN A;  1OEX A;  4Y3A A;  3Q4B A;  3O9F A;  2JXR A;  1W5X A;  5P5R A;  3ZL7 A;  3MSK A;  5COO A;  3OQD A;  5P4W A;  1M4H A;  2ANL A;  1W50 A;  1FQX A;  5SY2 A;  2B8L A;  3NYG A;  3HAW A;  2FS4 A;  5P7J A;  3RTN A;  1E81 E;  1XL2 A;  5P2Q A;  5P5W A;  3I6O A;  3O9E A;  4PEP A;  1EPQ E;  4B70 A;  4DQH A;  2AQU A;  4LXK A;  1HPX A;  2IDW A;  3NU9 A;  3T11 A;  4GMI A;  3BXR A;  3VYE A;  3O9B A;  4NPT A;  1ODY A;  1BIL A;  3ZKN A;  2HS2 A;  4Y3Y A;  1D4Y A;  4Y5B A;  2BPX A;  5P85 A;  4GJD A;  5DQC A;  5I3V A;  1IVP A;  2AOH A;  5P0Z A;  5P4U A;  3LPI A;  3EM6 A;  5P11 A;  1B6M A;  2AOD A;  5P63 A;  3UPJ A;  3DM6 A;  5P04 A;  3EL1 A;  2V0Z C;  1XN2 A;  3D1Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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