1ZPAA

Hiv protease with scripps ab-3 inhibitor
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1,2,3-triazole as a peptide surrogate in the rapid synthesis of HIV-1 protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zpaA00
3OK9A 1META 5P87A 1EPRE 5P41A 3INFA 3ZKMA 3QRMA 3R1GB 5P34A 5P1BA 2BKSA 3RVIA 4R91A 5P6OA 4A6BA 2PSUA 3KN0A 5P13A 5P2XA 3TH9A 3DV5A 5P3GA 3JW2A 2AVMA 2F3FA 2Q11A 5P6RA 2A1EA 5P5NA 4J1CA 4F75A 2HS1A 3I8WA 3DM6A 5P5IA 2Q5KA 5P8DA 3NU4A 5AHAA 3SA7A 5P8GA 1RNEA 2ZGAA 1MTBA 3QP0A 5P00A 2ZDZA 4I1CA 3VF3A 2WEAA 2RMPA 4GYEA 5P10A 2P8HA 3OU1A 1APUE 5KQZA 4RRNA 5P5VA 3OOTA 1TCXA 5P0TA 5OZEA 4J54A 2G1RA 4LC7A 3OU4B 3JVWA 5P3DA 3HDKA 3VLBA 4Y51A 4Y58A 5P08A 3PI5A 5OZLA 3B7VA 5P19A 2PH8A 1BV9A 4D83A 2VJ9A 1XN2A 3IXJA 5OYQA 1TW7A 5P6QA 3T7XA 3O9LB 1QRPE 1G0VA 4CPRA 5P6YA 5P5OA 1K1TA 3NU9A 2MIPA 5P49A 5EZXA 3OY4A 2QD7A 2G26A 2VKMA 3L5BA 1ENTE 5P8UA 2PSGA 2AOGA 2ASIA 2QI1A 5JG1A 5OZPA 3UDRA 1YTIA 5P38A 3EKWA 3D91A 4I0ZA 5P4DA 1IDBA 3U71A 3UDPA 2QP8A 3B80A 3KDBA 5P8IA 4GIDA 2BB9A 5P5GA 4R8YA 3QBFA 2QZLA 4KE0A 5P3BA 3IAWA 2AZCA 1ZSFA 5P18A 1T7JA 1XN3A 1B5FA 2V00A 1TSUA 1FF0C 2I1AA 5P17A 5DR0A 4HDBA 1Z1RA 5P24A 4I0IA 5P1GA 2F8GA 5P3SA 4ER2E 5P7OA 3OUDA 5OZUA 3NUJA 3GGAA 4FGXA 2ER6E 3SM2A 5P5DA 2WEDA 2ZJLA 4GJBA 5P71A 3ZLQA 4BFBA 3Q5HA 5OZDA 4CPTA 3SACA 2H6TA 5P58A 3EKYA 4AA8A 5HDZA 5C9DA 1LF3A 5P2OA 2JXRA 2VA5A 1HTRB 3WZ8A 4CPSA 3KM4A 5P3HA 3KFPA 1BV7A 5CONA 3EM6A 5TOLA 1ZJ7A 1U8GA 4YA8A 5P86A 3L58A 3CKRA 4PZWA 4B78A 2OHPA 3VFAA 2AVSA 4TRYA 1BBSA 1MT9A 4XXSA 5OZIA 2NMYA 3MSJA 5AHCA 3VSWA 3WZ6A 4EJ8A 1APWE 3UDKA 3EKPA 5T4SA 5SZ9A 5ER2E 3TKWA 3LZSA 1HVJA 4QJ7A 3OOZA 4CPWA 4DV9A 3LNKA 5P85A 4CKUA 1EPPE 3PBZA 4BELA 1FEJC 3EM4A 5P1JA 1SBGA 3BUHA 5P25A 5OZZA 2R38A 4ZPFA 3Q6YA 5OZBA 4I11A 1MRWA 4Y44A 1LF2A 1Q9PA 3QVIA 3IVHA 4UPJA 5P0VA 5KR8A 1EPME 1HEFE 5P3KA 1PSAA 2AOCA 5P0BA 3L59A 2IEOA 2QMDA 5P3WA 4YCTA 4YD5A 4YDGA 5OZWA 3PB5A 1EC0A 3QN8A 2AQUA 5P77A 5COOA 4K4QA 3BVBA 5P0OA 5P12A 1YM4A 4RVJA 1B11A 2BQVA 3IA9A 2P3BA 3NDTA 3NWXA 5OZ0A 3EMYA 4B70A 2G22A 3UF3A 4K8SA 3L5DA 3DJKA 4Y4UA 1BVEA 2AZ9A 5AHBA 3OUDB 5P1KA 2AVQA 1SDVA 1HXBA 1SMRA 1MEUA 3APPA 2EWYA 4LAPA 4I0DA 2QMPA 3PGIA 5P1YA 4ER4E 4HZTA 3IN4A 1GNMA 3C9XA 4ZPGA 3CYXA 5P40A 4HDFA 5IVSA 5P6BA 1HPOA 5P3UA 4I0EA 4HEGA 6FIVA 5P52A 3EKTA 4PPHA 3SFCA 3HBOA 2ZJJA 1SGUA 3PCZA 4Y5PA 3OADA 5OZMA 2PWRA 3D1YA 5P1EA 2OHMA 3Q4BA 5P1QA 2G69A 3LZYA 3R0WA 3FV3A 3L38A 1GNNA 3Q3TA 4YCKA 5P2DA 4FIVA 1K2CA 5P7GA 3O9BA 2FIVA 5DR4A 4DFGA 5OZKA 2SAMA 5FIVA 1C6XA 2BPVA 3L5EA 3UFLA 4DJVA 5P48A 2R9BA 4YOAA 5OZGA 5P2KA 5P57A 5P7AA 5HDUA 4NJUA 4FAEA 1DMPA 1HBVA 1ODYA 3GI0A 1XE6A 5P8SA 4J1KA 5P5RA 2OHTA 1KJGA 5P69A 1KJFA 4JPEA 2RKFA 1UH7A 2I0AA 5P8JA 5P53A 5OZQA 5P6UA 1MESA 2B7FA 4Y3PA 1NPAA 1GVVA 3O99A 5P0DA 5P65A 2NPHA 4Y4XA 3NDXA 4I0GA 3UQWA 3JVYA 1T7KA 2I4VA 2G24A 1PPLE 4CP7A 2P3BB 2R3TA 5OZTA 5P4WA 1W5XA 5P8BA 1ZPKA 3BC4A 2V11C 2NNKA 2WF1A 3LPJA 4GJ8A 5P4LA 3OAGB 7HVPA 4OBJA 4I0FA 4KUPA 2BPYA 3A2OA 1HSGA 1LYBA 4MC1A 3CICA 5P5QA 4HLAA 1FMBA 4YDFA 3UDJA 4U7VA 3OXWA 5P0YA 5B18A 5OYSA 3KT5A 3SO9A 1GVUA 2OHSA 2G1OA 5P3ZA 1M43A 4EP3A 3AIDA 5P0QA 2VNMA 4I0HA 1MVPA 2ANLA 3N4LA 4RZ1A 4YCYA 5IVTA 3VEUA 4RCFA 2QD8A 5P2WA 5P1TA 4LXKA 3ZKGA 1NPVA 2O4SA 2V10C 4YD7A 2RENA 3PMUA 5P1XA 5SY2A 5P68A 1RL8A 5P43A 3LIQA 4DUSA 4HE9A 4L7GA 3LZUA 4I10A 4NJSA 5OZNA 5P4ZA 5KR1A 4XX3A 5OZRA 5DQ4A 5P54A 4Y53A 2FLEA 4Y3LA 1Z1HA 4B1CA 3QBHA 3EL4A 1LYAA 1BVGA 3DCKA 3NDWA 5P8AA 5P4KA 3U7SA 4DH6A 1BXQA 1QS8A 4I8ZA 5P46A 3VFBA 2B42A 1LZQA 4L1AA 3LPKA 5P3RA 3UQPA 5KQFA 5P4GA 1A9MA 3ZKSA 2ZHSA 3PJ6A 5P88A 4FM7A 1HVKA 3GW5A 5OYXA 4KE1A 2WF4A 4J1HA 3HD8A 3BHEA 3PRSA 1K2BA 2XYEA 4R5NA 1WBMA 1FMXA 5P81A 4Y37A 5P0NA 3R2FA 3S53A 2G21A 2BJUA 4D8CA 5P4PA 1GVTA 4XX4A 4F74A 4MC9A 1B6PA 1CPIA 3EL0A 3OXVA 2AIDA 5P7NA 2QI6A 4J1IA 4N00A 3GGXA 4ZLSA 2QD6A 4OC6B 1HOSA 1K6VA 3TLHA 3O9IA 2HIZA 4Z50A 3ZKQA 4R95A 5P6GA 1ZLFA 2WECA 4H1EA 5P5CA 1B6KA 2ER0E 2G1YA 2QNPA 3BXRA 3KYRA 1HTFA 4NJTA 4ZIPA 4YD3A 5I3VA 4Y5EA 3K5GA 4HA5A 4Y41A 2CENA 5ISJA 5P3TA 3DOXA 4Q1YA 2PWCA 3TKGA 3NYGA 3QPJA 1LYWB 5P26A 2IDWA 4Y56A 1ZBGA 4JECA 5OZSA 5P76A 5OZ7A 3UQRA 5P0FA 5P16A 1ME6A 4Y3TA 4OD9B 1GVWA 4Y54A 4FRKA 5P4IA 5DR8A 5P7PA 4NJVA 4FSEA 4JPCA 2ER9E 4Y3GA 4YBIA 3ZKXA 5P3NA 5P1PA 1G35A 3IXKA 2I4DA 1DP5A 3MSKA 2Q64A 1TQFA 2G1NA 3PLLA 2BPWA 3IXOA 4XKXA 4H3GA 5P8LA 3PI0A 5OZCA 5P4EA 4GJ6A 2F80A 3PLDA 2PK5A 5P7SA 1MSMA 5OZ3A 2IL2A 4OBZB 5P2AA 1IZHA 5HE5A 1EEDP 1ZPAA 4Y3ZA 5P0SA 3UDYA 4J0VA 5OYTA 5P3IA 4LHHA 3CKTA 2Q54A 5KQXA 3NR6A 5P0CA 3LIZA 3TL9A 5P4QA 3S54A 4Y3SA 3UTLA 3RSXA 4ACUA 1HVCA 5P6MA 1WKRA 4B00A 3G72A 3T7QA 5P6NA 4U7QA 1VIJA 2FMBA 2ER7E 5P74A 3UDHA 4FM6A 5P64A 5P7VA 5HE7A 4M8XA 3PWMA 4L7JA 4DJOA 2WEBA 2RKGA 5P7IA 5P1OA 3M9FA 4APEA 1BAIA 1EBKC 5P50A 2Z54A 1ZSRA 2WL0A 2VA7A 2P3AA 5OZ8A 5SXNA 3INHA 3PSUA 1DIFA 5P35A 3CYWA 2FNTA 5P1WA 4DI2A 4ER1E 5KOSA 5P45A 2IRZA 4DPIA 1MPPA 4EQ0A 5HE4A 3PMYA 5P03A 5P3MA 1FFFC 2ZHVA 3K5CA 4Y38A 2BBBA 3SLZA 5DQ1A 5P7FA 1DPJA 2QHZA 3UFNA 1WBKA 3ZPSA 4EQJA 1KZKA 4Z4XA 1AVFA 5P79A 3S43A 2QI5A 3PBDA 4Y4EA 4Y3RA 1LV1A 5P3LA 4Q5MA 2PMAA 5HD0A 3KFNA 4Y3EA 2VIZA 1KJ4A 4B72A 3HAUA 3NU5A 5P47A 5P6AA 3VG1A 3LIXA 2WKZA 3OHFA 1J71A 1FQ6A 4GJ9A 2FGUA 3MXEA 2NXDA 4H3FA 1SH9A 5P5UA 4AUCA 1OEXA 1FQ7A 4FCOA 1SDUA 1SP5A 4L7HA 4FLGA 3G6ZA 4J1FA 4WTUA 4Y3JA 3FNUA 1BWBA 3OU1B 3HVGA 5UPJA 5AH7A 1BXOA 5OYZA 5I3XA 5P55A 1FB7A 4KB9A 2QU3A 5P1VA 2QHYA 5P36A 4Y4WA 1K1UA 3INEA 3EL1A 3UQXA 4QJ8A 1IZIA 4QJAA 2B8LA 1K6PA 2P83A 2ZE1A 1D4JA 3K1WA 2WF0A 4MC6A 3QIHA 5P3XA 4Y5BA 3VSXA 1G2KA 1XDHA 5P6EA 1M4HA 5P7TA 5P73A 4Q1XA 1KJHA 1T7IA 1OEWA 5P7RA 2OHKA 1GNOA 4OBFA 1FG6C 5HDVA 2IENA 5P8QA 1EPNE 5P6IA 4RCDA 2NXLA 3BUFA 1YG9A 5DR3A 5P09A 1MT7A 5P1NA 2OHUA 3NXEA 1EPLE 2PSVA 4TVGA 5P2UA 2JE4A 3U6AA 4K9HA 3TOHA 4RLDA 3I25A 2WF2A 2UXZA 5P4OA 2J9KA 4Y6MA 3S43B 2ZJMA 3EKXA 5P04A 6APRE 1ODXA 1HTEA 2QAKA 1HSHA 3ZMGA 1UH8A 5P7MA 2Z4OA 4Y3AA 4BFDA 2VNNA 3SA4A 4R93A 1B5FB 4QJ6A 1HXWA 2I4UA 5P7UA 4Q1NA 2ZJKA 2Q3KA 1HVIA 2QI7A 5AH6A 5P14A 5P6DA 1CZIE 4J55A 4EXGA 1FMUA 5P0EA 5P7EA 1FKNA 1MT8A 3MWSA 1FQ4A 4DJWA 1BDQA 1OHRA 5P1LA 5P6LA 1MSNA 1HVRA 4Y5NA 1BDRA 5P3OA 3QRVA 5COKA 3NLSA 1FLHA 3QVCA 3L3AA 2A4FA 5P6HA 4Y35A 3SKFA 4Y39A 4Y5KA 5P5BA 3VYDA 4Y5GA 5P1RA 1KJ7A 1QDMA 2OAHA 5P8VA 3SM1A 2I4WA 3KT2A 2AOIA 5IVRA 3WB4A 4PEPA 4Y3DA 5P1ZA 3O9GA 1A94A 3SQFA 3GI4A 2QMGA 5P6WA 4CPUA 2O4LA 4Y4TA 4DQFA 3EKVA 4FE6A 2VJ6A 3GGVA 2HC0A 5P4RA 1D4KA 4RRSA 3WZ7A 5DQ2A 4B77A 3RTMA 3TTPA 2J9JA 3QROA 3CMSA 5P6VA 5P42A 2PH6A 3PVKA 4BEKA 5P5AA 1EPQE 3SAAA 1Z8CA 4J0ZA 3RU1A 1HIHA 5DQ5A 5P0MA 5P2EA 2IKOA 5P2JA 2OF0A 4I8WA 5OZXA 1IBQA 4J1EA 4GZFA 1MRXA 5P3YA 2R43A 4Y3HA 4H3IA 5P6KA 4HDPA 4QLHA 1BDLA 2QMFA 2IQGA 4EJLA 5P7XA 5COPA 4GJ5A 4Y3WA 5HVPA 5P0KA 5ISKA 2PYNA 3VYFA 3VLAA 1AAQA 3BGCA 5P83A 1T6EX 4D85A 1EC1A 5APRE 5P8MA 1MUIA 3O9DA 1E80E 5P2SA 4RGHA 4TRWA 2AOFA 2OHNA 3OHHA 5P5ZA 1PROA 4ZE6A 4M8YA 5CLMA 5P27A 4Y9WA 5OZ5A 4FRJA 5P5KA 1OD1A 3K4VA 1QBUA 5P8CA 5P3VA 4WY1A 2QZKA 5C9FA 5DPZA 5P70A 3ZPTA 3D1ZA 2QI0A 4DJXA 3OADB 3H0BA 1BIMA 3OQAA 3FNTA 1NSOA 2BKTA 1EC2A 4Y3YA 1SIPA 5P20A 5OYWA 3LPIA 5P1AA 2AVVA 5DGWA 3K4VC 4CPXA 3LZVA 3SA3A 3UQUA 1YTJA 1QBSA 4GJCA 1M0BA 4YBFA 4DPFA 4OBKA 2ZJHA 1C6YA 1EPOE 1IZEA 3K5FA 5P22A 5P4HA 2R5PA 5P2TA 5P2RA 4LXMA 1W6HA 1PSNA 3D3TA 5P4AA 5F00A 5P33A 2XFKA 5OZAA 2G94A 4RYCA 2NTRA 3EC0A 3VF7A 5P23A 5P28A 4COEA 3ST5A 3TOFA 1K6CA 5P6PA 3KDDA 1SDTA 4DQCA 5DR1A 3VYEA 4RVIA 1HWRA 3UCBA 3OQ7A 3PCWA 4PHVA 3ECGA 2NR6A 4APRE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OK9 A;  1MET A;  5P87 A;  1EPR E;  5P41 A;  3INF A;  3ZKM A;  3QRM A;  3R1G B;  5P34 A;  5P1B A;  2BKS A;  3RVI A;  4R91 A;  5P6O A;  4A6B A;  2PSU A;  3KN0 A;  5P13 A;  5P2X A;  3TH9 A;  3DV5 A;  5P3G A;  3JW2 A;  2AVM A;  2F3F A;  2Q11 A;  5P6R A;  2A1E A;  5P5N A;  4J1C A;  4F75 A;  2HS1 A;  3I8W A;  3DM6 A;  5P5I A;  2Q5K A;  5P8D A;  3NU4 A;  5AHA A;  3SA7 A;  5P8G A;  1RNE A;  2ZGA A;  1MTB A;  3QP0 A;  5P00 A;  2ZDZ A;  4I1C A;  3VF3 A;  2WEA A;  2RMP A;  4GYE A;  5P10 A;  2P8H A;  3OU1 A;  1APU E;  5KQZ A;  4RRN A;  5P5V A;  3OOT A;  1TCX A;  5P0T A;  5OZE A;  4J54 A;  2G1R A;  4LC7 A;  3OU4 B;  3JVW A;  5P3D A;  3HDK A;  3VLB A;  4Y51 A;  4Y58 A;  5P08 A;  3PI5 A;  5OZL A;  3B7V A;  5P19 A;  2PH8 A;  1BV9 A;  4D83 A;  2VJ9 A;  1XN2 A;  3IXJ A;  5OYQ A;  1TW7 A;  5P6Q A;  3T7X A;  3O9L B;  1QRP E;  1G0V A;  4CPR A;  5P6Y A;  5P5O A;  1K1T A;  3NU9 A;  2MIP A;  5P49 A;  5EZX A;  3OY4 A;  2QD7 A;  2G26 A;  2VKM A;  3L5B A;  1ENT E;  5P8U A;  2PSG A;  2AOG A;  2ASI A;  2QI1 A;  5JG1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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