1ZSFA

Crystal structure of complex of a hydroxyethylamine inhibitor with hiv-1 protease at 2.0a resolution
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title On the role of the R configuration of the reaction-intermediate isostere in HIV-1 protease-inhibitor binding: X-ray structure at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zsfA00
5P0KA 2VNMA 5P3QA 1F34A 1HTEA 3GI5A 1KJHA 3G6ZA 3INDA 2MIPA 1VIJA 4DQFA 3VFAA 1NPAA 5P2YA 5FIVA 1GVTA 5OZPA 4J54A 3ZKQA 3PHVA 5P3RA 5P3EA 1C70A 1IZDA 5HE5A 4YOBA 3L38A 2QHZA 2NXDA 1D4HA 5P1PA 3UQPA 3TH9A 1XL5A 5DGWA 1K6VA 3NYGA 4F74A 2QMDA 4PZWA 4Y5PA 5AHCA 4DUSA 5P0EA 5P1NA 5ISJA 2I4WA 5OZIA 2G22A 2P3DA 3ZKIA 4GJ6A 3TL9A 1PSAA 3KDDA 5OZJA 1G0VA 4I0JA 5P2IA 5P4AA 3ZKNA 4FSLA 5P5MA 4ER2E 2ZJIA 4YD6A 5HDXA 4YD5A 2FNSA 1GKTA 4K4PA 4U7VA 2P83A 3OADB 4QGIA 5P41A 3OGPA 4LHHA 1HTFA 1PFZA 2RKGA 5P4UA 1U8GA 1YM4A 3QAAA 1BXOA 4PHVA 2HS1A 5P3MA 1XS7D 4D89A 1W6HA 5P0VA 1G6LA 4Y37A 2QI6A 3T11A 5P8SA 5P38A 4Y3WA 1KJ4A 5P4OA 3D1YA 4Y3YA 1GNMA 3T6IA 3S2OA 3HD8A 3CKRA 1T6GA 5P2KA 4ZSMA 4EYRA 2ZJNA 1MVPA 5P4ZA 2ZJMA 5PEPA 3R1GB 4RVXA 2F80A 3MXEA 4Y3MA 5KQYA 2I0DA 5P5NA 3S85A 3EBZA 5OZYA 2PH6A 2CEJA 3PMYA 5P2OA 5I70A 3K5GA 1YG9A 1FG6C 3NR6A 4DFGA 2AODA 3ZKSA 4NPTA 2V00A 5P7IA 1APTE 4HLAA 3CKTA 4H3FA 2IQGA 4F76A 3O9BA 1IZEA 1NPVA 3OGQA 3GGUA 2OHKA 3SA4A 1GVUA 2J9JB 4FS4A 5P06A 5P0IA 1FQ6A 1BWBA 2Q64A 3HVPA 3MSLA 1MPPA 5P5FA 4ZPGA 5P7FA 1ODXA 3KDCA 5P73A 4HVPA 5P10A 5KR2A 3OUDB 5HCOA 5OZ8A 5P5DA 1GNOA 3F9QA 5P52A 5P5SA 1B6KA 1IBQA 3PB5A 5P8UA 3NWQA 3SQFA 2Q63A 3PJ6A 5P62A 4A6CA 5OZ3A 2O4LA 1IVQA 4I1CA 5OZ5A 1NSOA 3O99A 5P4VA 2Q55A 4JPEA 1KJFA 2OHPA 3PCWA 4Y4GA 1BXQA 3KDBA 5P67A 2ZHVA 2AOCA 5P3AA 5P66A 3SACA 5P77A 4B1CA 5P33A 4Y35A 3Q6YA 2VIZA 2VJ7A 1W51A 5P31A 5P7KA 5P3GA 4CPUA 4NJTA 5P0AA 1WKRA 5P6OA 2QI7A 2O4NA 5P0CA 4MC1A 5P1AA 2AZBA 5P8BA 1HVSA 1E81E 5CONA 1WBKA 5BWYA 5P0TA 5SXNA 5DQ5A 3NLSA 1B6LA 5P8TA 2QI3A 3SLZA 5BS4A 5P4DA 3PRSA 4CPXA 4DQBA 1UH9A 5P7LA 2JJIA 2PQZA 2JJJA 3L5BA 4DQCA 4IVTA 1TCXA 1QDMA 1EBWA 3TOHA 1LYWB 5OZXA 5P30A 3ZPUA 3EL5A 5P4EA 5P1TA 3LINA 5P36A 1JLDA 4COEA 1M43A 2R5QA 2WEDA 3PSGA 2ZHRA 4Y3SA 5P2HA 5OZEA 1MSNA 5OYRA 5P53A 5P85A 2FXDA 2B60A 4YE3A 1E82E 4DJOA 2FLEA 3FV3A 3UDPA 2BQVA 4Y48A 4Y4DA 2V11C 4Y5EA 3MSKA 1HVCA 3OU4A 1GVWA 1GVXA 1T7KA 2VJ6A 4LC7A 1FMXA 1HTRB 2F3FA 5P1RA 3LZUA 3B80A 2F8GA 5P1CA 4GIDA 4Y4WA 4Y9WA 2FGVA 2Z54A 4E43A 1K2BA 3GGXA 3LIQA 1FKNA 4KB9A 5OYQA 3EC0A 5P2SA 4Y3HA 3CMSA 5OZWA 3FSMA 1EC3A 5P4JA 3LIVA 1MT7A 1EPQE 4DQHA 3BUHA 4L7JA 1HEGE 3OUCA 4FRKA 3CICA 4XX4A 1Z1RA 1E80E 2AOIA 5KR8A 1D4JA 2ER7E 5P6WA 1XE5A 3OADA 3S54A 1OHRA 1HHPA 2Z4OA 5P12A 2O4SA 5P3SA 5P71A 1SIPA 4NJUA 4J0VA 4LL3A 3QN8A 3OY4A 5P16A 3TKWA 2ER9E 1YTGA 3ECGA 4DPIA 5HCTA 4K4RA 4Y39A 2VA6A 4Y3TA 5P0GA 5DQ2A 5DPZA 4YDFA 1M4HA 3LIXA 1HEFE 4FL8A 4EQ0A 3VV8A 5P4YA 5P0UA 1K2CA 5P3BA 5P0QA 1ZPKA 4HE9A 3D1XA 3D1ZA 3VUCA 6FIVA 3L5CA 3NU5A 4BEKA 5P34A 2RKFA 4J1IA 3OU1A 3S53A 1EPME 1BDRA 1AVFA 1LF4A 4H3GA 3OUBA 3URJA 1ZP8A 4RROA 4MC6A 5DQCA 2QZWA 3UDJA 5P0SA 1EPOE 1W50A 1TSUA 2QK5A 5AHAA 2ER6E 5DR4A 1K6CA 2RSPA 5OZOA 5P08A 5P1VA 4CMSA 2ZJJA 1MERA 5P1BA 4Q1WA 5I3YA 3L5EA 1KJGA 4YBFA 2PC0A 3UDYA 4Z50A 5P1KA 1PPME 3OOTA 4Y43A 5E5KA 3L5DA 5P8DA 2VS2A 3LPJA 4FAEA 2WL0A 5P1HA 2BBBA 5P8PA 1T3RA 5EZZA 3O9DA 1MRWA 3INHA 4ZLSA 1LEEA 5P4TA 5P7UA 2QNNA 5HE4A 2HB2A 4Z4XA 5HVPA 4Y50A 1FGCC 5P8FA 3ZKMA 3G70A 5P6CA 2PSVA 3LPKA 4EPJA 3RSVA 4R95A 1HSGA 3VLBA 5IS4A 5P7XA 3K4VC 5ENMA 5OZKA 3MWSA 1LS5A 4B0QA 1B5FB 5P4LA 4J0TA 3PBZA 2VA7A 5HD0A 3S7MA 4Y3DA 2OHNA 5P6RA 1HWRA 5P3LA 2P8HA 5P8EA 3I6OA 5OZRA 1F7AA 2ZGAA 3S43B 5P25A 4HA5A 4Y54A 1BV7A 1LYAB 3SPKA 4R93A 5COKA 1FMUA 4I0IA 5P3HA 4K8SA 4D8CA 5P5XA 2XYEA 2ZYEA 4NPUA 1XN2A 4AA8A 4OD9B 3K4VA 3SO9A 2R8NA 2AVMA 4Y5NA 1XE6A 2AVOA 3LHGA 4I0FA 4PYVA 2G1YA 1BV9A 3KFSA 5P7SA 2Q15A 4RYGA 2P4JA 3OAGB 5P5CA 1OEWA 5P05A 4UPJA 4R8YA 5KOSA 3L58A 2ANLA 2P3BB 9HVPA 1ZTZA 2XFJA 5P61A 2V0ZC 4EJLA 5HTZA 1HPSA 3EM3A 5P01A 2FDEA 5P5WA 5P6AA 3FNUA 4K4QA 4L1AB 4B1DA 4Y3EA 5P3TA 4OBFA 3TTPA 1SBGA 2QAKA 5P2FA 5P82A 3TPJA 5P8LA 5OZFA 1CMSA 3QVCA 4GJ8A 3HAWA 4RCEA 1SGZA 4CPTA 1DIFA 2Q5KA 5OYTA 4J1FA 1XN3A 2HPEA 3URIA 5P8MA 5P0XA 3BUFA 3RU1A 5P6ZA 1WBMA 3HZCA 2V10C 3WB4A 3O9FA 2BPXA 5P7BA 7UPJA 1LV1A 5P2RA 3UQXA 4YCTA 4PZXA 4ZSPA 5P0RA 4GZFA 5DGUA 8HVPA 3OXCA 3NXEA 5P1IA 2G1SA 5OYYA 4EJDA 2WKZA 3CYWA 2BPZA 5P6IA 4RGHA 3NU3A 1EBYA 5P3KA 3TLHA 5P0DA 4Y4ZA 2I4VA 3SM2A 2AZ8A 5P3XA 1B6MA 5ER1E 5AGZA 5P0PA 4Y3ZA 5HU0A 2BPWA 1LZQA 3ZKGA 2FMBA 4FRIA 2PK6A 2QNQA 5P1SA 4GJDA 4B05A 5P5JA 5OZBA 5DQ4A 4Y3GA 2VIYA 1W5XA 3BVAA 2V12C 1TQFA 3EKVA 1E5OE 2FIVA 3VF3A 5P7RA 2WF2A 2HM1A 4GJ5A 5P2BA 5KQFA 4Y3NA 5P75A 1EPLE 3D20A 4YA8A 5OZ7A 1YM2A 4OC6A 5C9BA 4Y5AA 5AH7A 1MT9A 5P26A 5P8HA 1B6PA 5P7WA 5P5GA 4TRZA 5P18A 1B6JA 3S7LA 2BKTA 2IEOA 4OBZA 5P11A 4HDPA 4RYCA 3URLA 5P45A 1MTRA 5P6TA 2WEBA 3KN0A 5P7VA 5P72A 3IXOA 3UQRA 5DQ1A 3PVKA 3EKTA 2IENA 3INFA 3O9LB 2I1AA 3EXOA 4ZIPA 5P8NA 5P15A 5P29A 3OXVA 1RNEA 5P4HA 2FXEA 3QPJA 1A30A 3RVIA 5OZ6A 4QJAA 2QHCA 2CENA 4I0GA 3KMYA 5P3UA 3I8WA 3HW1A 2AVQA 3PI5A 4J5JA 2HB3A 1TCWA 2UY0A 1EC0A 1APVE 3LZVA 4RZ1A 3UDNA 4Y5BA 3DCKA 1N49A 1LYBA 3SM1A 5P43A 3DOXA 2IGXA 4DJUA 2QHYA 4L7GA 1SMRA 3BXSA 4B1EA 1B5FA 4L7HA 4QJ6A 1VIKA 2G94A 2HC0A 4B77A 1D4SA 4LXAA 5OZVA 3ZMGA 3WZ6A 5DR8A 1TSQA 1IVPA 1G2KA 3U6AA 2QP8A 4MC2A 4OBGA 3ST5A 3BVBA 4I8WA 3UFNA 2O4PA 5OZUA 4JECA 4APRE 4QLHA 1KZKA 4LXKA 2VIEA 2WF1A 5P1DA 5P6UA 5P3YA 1MTBA 1SDTA 4DQGA 2FGUA 4NJSA 5OYVA 5T4SA 1YTJA 5OYZA 2R3WA 5P4MA 1EEDP 3KFNA 5P6GA 2I0AA 2IRZA 5P3OA 2NNKA 3N3IA 4I0HA 5P03A 4FE6A 5P0FA 5OZNA 3SA6A 3GI4A 3FX5A 2B7ZA 5P4BA 3OXWA 2QD6A 3KF0A 5P50A 2I4QA 3TPPA 3HLOA 2ZHUA 2QZLA 2PYMA 2UXZA 2WJOA 4TRWA 5C9FA 4EP3A 4ZPFA 1AXAA 4EHCA 1A8GA 1FG8C 2AOFA 5P42A 1C6XA 2QU2A 4PPHA 4R92A 5P6SA 5SZ9A 5P00A 4ZPEA 5HDUA 5P6LA 1HRNA 3Q70A 3O9HA 5P0WA 5P2DA 1PSOE 2Q3KA 5P2CA 5P87A 2P3AA 4TVHA 4Y3AA 4EJKA 3SABA 4RCFA 2JYSA 3QRSA 4FLGA 5P19A 4Y53A 3DK1A 5P1XA 3SA7A 1W5WA 1FFFC 3UDQA 1EAGA 1QRPE 5P83A 5P64A 5P8KA 5ENKA 5OZAA 5P0HA 5P3IA 5P60A 4GYEA 4LAPA 5P23A 2FDPA 3R0WA 4K9HA 5P7YA 1FB7A 1YX9A 3ZPSA 5P49A 1FQXA 2OHMA 5P4CA 5IVRA 4J17A 2NTRA 1FQ5A 3FKTA 2VNNA 5C9DA 1SMEA 4YD4A 3PSYA 3TNEA 3UPJA 1EC1A 1QBRA 2HPFA 5P1LA 1DW6C 2ZHSA 4HZTA 2QNPA 5P4QA 5IVQA 2AQUA 5P1YA 1LF3A 5KAOA 5P1JA 1QBSA 1HVIA 3QROA 3BRAA 5OZGA 4HEGA 1DAZC 4I0ZA 3EL4A 3TPRA 2RENA 4PEPA 3OOZA 3KA2A 3OWNA 4CPSA 3VG1A 2OHUA 1FIVA 4BFBA 4EQJA 3VFBA 4Y5CA 5P09A 3DCRA 3PCZA 2AOGA 3ZL7A 5P1EA 4APEA 3TPLA 3JVWA 4Y5MA 5P0JA 5P7OA 5P7AA 5P14A 4EJ8A 2OAHA 3NU6A 5J25A 1BDLA 3PI0A 1OEXA 4F75A 3IA9A 1K6PA 3VYDA 3NU4A 5IVSA 1EBZA 3K5CA 5ER2E 4TRYA 4Y4UA 2AVSA 3T7QA 3O9CA 2JXRA 4RVJA 3VF7A 5P6YA 4FGXA 5CLMA 2AZCA 5OZZA 3OK9A 1D4LA 5OYXA 5P1UA 5P6KA 5IVTA 5P24A 3IAWA 1SP5A 5P44A 2WF3A 4DI2A 3QVIA 2AOJA 3APPA 5P4RA 4EXGA 5P69A 2APRA 5P5UA 3O9IA 3OXXA 3QIHA 3LNKA 5P1QA 2OHLA 3NUJA 2ZDZA 4FM7A 5P78A 1MUIA 4Y4BA 1LF2A 2FS4A 5P0YA 4LXMA 3QBFA 1J71A 1A94A 2J9JA 2UPJA 4YDGA 3UQWA 1SH9A 1MT8A 5HE7A 4GJAA 3NXNA 3ZKXA 1IZHA 4FRJA 5P1GA 3PSUA 2R3TA 2V13A 4Y45A 5P81A 3K5DA 5DR1A 1UH7A 5P8VA 4M8XA 4ER4E 4Y44A 2BKSA 1MIQA 3OUDA 3O9GA 4Y5KA 5JG1A 1D4YA 3OQ7A 5P2GA 5OZSA 3EMYA 4Y41A 5P7CA 1ENTE 3WZ8A 2FNTA 1T6EX 4Q1XA 2AOHA 5P2TA 1BWAA 5OZ9A 3VEUA 2OHQA 3D3TA 3QRVA 5P0OA 5P7EA 5P4XA 5P48A 5P8RA 3Q5HA 3SKFA 2XFIA 5BRYA 5P5BA 5P2WA 1XL2A 3SA8A 4RLDA 5OZTA 5I3VA 1NH0A 4YBIA 5B18A 4JP9A 2ZJHA 1HVRA 5P7HA 1A9MA 2F3KA 5AH8A 3LPIA 1K6TA 5P1MA 2PSUA 3I7EA 5P27A 1ME6A 4M8YA 5DR3A 3NWXA 3CKPA 1XDHA 3DJKA 5P02A 3NDUA 4B78A 3FIVA 5P5YA 4Y4XA 3WSJA 5P7ZA 2R5PA 4ACUA 1GVVA 5P6HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0K A;  2VNM A;  5P3Q A;  1F34 A;  1HTE A;  3GI5 A;  1KJH A;  3G6Z A;  3IND A;  2MIP A;  1VIJ A;  4DQF A;  3VFA A;  1NPA A;  5P2Y A;  5FIV A;  1GVT A;  5OZP A;  4J54 A;  3ZKQ A;  3PHV A;  5P3R A;  5P3E A;  1C70 A;  1IZD A;  5HE5 A;  4YOB A;  3L38 A;  2QHZ A;  2NXD A;  1D4H A;  5P1P A;  3UQP A;  3TH9 A;  1XL5 A;  5DGW A;  1K6V A;  3NYG A;  4F74 A;  2QMD A;  4PZW A;  4Y5P A;  5AHC A;  4DUS A;  5P0E A;  5P1N A;  5ISJ A;  2I4W A;  5OZI A;  2G22 A;  2P3D A;  3ZKI A;  4GJ6 A;  3TL9 A;  1PSA A;  3KDD A;  5OZJ A;  1G0V A;  4I0J A;  5P2I A;  5P4A A;  3ZKN A;  4FSL A;  5P5M A;  4ER2 E;  2ZJI A;  4YD6 A;  5HDX A;  4YD5 A;  2FNS A;  1GKT A;  4K4P A;  4U7V A;  2P83 A;  3OAD B;  4QGI A;  5P41 A;  3OGP A;  4LHH A;  1HTF A;  1PFZ A;  2RKG A;  5P4U A;  1U8G A;  1YM4 A;  3QAA A;  1BXO A;  4PHV A;  2HS1 A;  5P3M A;  1XS7 D;  4D89 A;  1W6H A;  5P0V A;  1G6L A;  4Y37 A;  2QI6 A;  3T11 A;  5P8S A;  5P38 A;  4Y3W A;  1KJ4 A;  5P4O A;  3D1Y A;  4Y3Y A;  1GNM A;  3T6I A;  3S2O A;  3HD8 A;  3CKR A;  1T6G A;  5P2K A;  4ZSM A;  4EYR A;  2ZJN A;  1MVP A;  5P4Z A;  2ZJM A;  5PEP A;  3R1G B;  4RVX A;  2F80 A;  3MXE A;  4Y3M A;  5KQY A;  2I0D A;  5P5N A;  3S85 A;  3EBZ A;  5OZY A;  2PH6 A;  2CEJ A;  3PMY A;  5P2O A;  5I70 A;  3K5G A;  1YG9 A;  1FG6 C;  3NR6 A;  4DFG A;  2AOD A;  3ZKS A;  4NPT A;  2V00 A;  5P7I A;  1APT E;  4HLA A;  3CKT A;  4H3F A;  2IQG A;  4F76 A;  3O9B A;  1IZE A;  1NPV A;  3OGQ A;  3GGU A;  2OHK A;  3SA4 A;  1GVU A;  2J9J B;  4FS4 A;  5P06 A;  5P0I A;  1FQ6 A;  1BWB A;  2Q64 A;  3HVP A;  3MSL A;  1MPP A;  5P5F A;  4ZPG A;  5P7F A;  1ODX A;  3KDC A;  5P73 A;  4HVP A;  5P10 A;  5KR2 A;  3OUD B;  5HCO A;  5OZ8 A;  5P5D A;  1GNO A;  3F9Q A;  5P52 A;  5P5S A;  1B6K A;  1IBQ A;  3PB5 A;  5P8U A;  3NWQ A;  3SQF A;  2Q63 A;  3PJ6 A;  5P62 A;  4A6C A;  5OZ3 A;  2O4L A;  1IVQ A;  4I1C A;  5OZ5 A;  1NSO A;  3O99 A;  5P4V A;  2Q55 A;  4JPE A;  1KJF A;  2OHP A;  3PCW A;  4Y4G A;  1BXQ A;  3KDB A;  5P67 A;  2ZHV A;  2AOC A;  5P3A A;  5P66 A;  3SAC A;  5P77 A;  4B1C A;  5P33 A;  4Y35 A;  3Q6Y A;  2VIZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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