1ZSFA

Crystal structure of complex of a hydroxyethylamine inhibitor with hiv-1 protease at 2.0a resolution
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title On the role of the R configuration of the reaction-intermediate isostere in HIV-1 protease-inhibitor binding: X-ray structure at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zsfA00
2ZJNA 5P5MA 3LIVA 3EXOA 4X2LA 2O4SA 1EPLE 3OU4A 3RSVA 3KN0A 5P4EA 4XKXA 5P8RA 2FNTA 1KJHA 2I1AA 4NJSA 4AUCA 2UXZA 5SZ9A 5P0LA 3OQFA 4QJ7A 2XFIA 5P3LA 3PCZA 1BV7A 5HDUA 2G69A 1LEEA 2PC0A 4EJKA 4Y5BA 4AZYA 5P64A 2O4KA 5P13A 4FAFA 5CONA 2NMZA 1ODYA 5P07A 5EZXA 2QI1A 5P24A 7UPJA 1G6LA 5P30A 2IENA 5P2TA 5P19A 1G35A 5P6KA 5COPA 4DQEA 5COKA 3FV3A 3BUFA 4J54A 5I3XA 5P15A 4NKKA 3OU1B 1AXAA 1BIMA 2QMGA 2FGVA 3MSLA 1ODXA 3MSKA 1BWBA 5P8AA 1MSMA 4Y35A 5P6YA 4L1AB 5KQZA 1AJXA 2QCIA 5IE1A 1XS7D 4YBIA 4TRYA 5P75A 2AZ8A 3OTYA 5P4AA 3GGXA 3U7SA 4HVPA 3PWMA 4HDBA 3NU4A 3OUBA 4APEA 2Q64A 3LINA 2VIZA 3OOTA 5IS4A 4Y36A 5P5TA 5P1XA 3OU1A 1GVWA 1HHPA 5P8VA 3OHHA 5PEPA 1FKNA 3UPJA 2G26A 2P4JA 1NPWA 4HDFA 2OHUA 4OC6B 3HVPA 4R91A 5P1GA 5P5KA 4L1AA 3PBDA 1EBZA 2QK5A 4I0FA 3LHGA 4Z4XA 3SKGA 4DPIA 3GGAA 4U7VA 2XFKA 2VKMA 5P16A 5P6UA 5P45A 2QMDA 1FIVA 1LF2A 4FRKA 2HB3A 5ENMA 4H1EA 4EXHA 5OZIA 1RL8A 4EP2A 4DJVA 4Y5KA 2I0DA 3LNKA 3VG1A 3QRVA 4J0TA 4GJCA 1NPAA 1MEUA 4H3IA 5P71A 5P7LA 5P39A 4F75A 4OC6A 4R95A 3AUPA 5P8DA 2P3AA 5OZ9A 1LYAB 5P5WA 5P40A 5P70A 2HM1A 2IGXA 5E5JA 5P0XA 4B72A 4DVFA 5P2SA 4Y3SA 5OYUA 3INEA 1FEJC 5P7VA 5P2KA 3KA2A 5P4IA 5OZXA 1HRNA 4D83A 3ZKIA 3O9BA 2H6SA 3OK9A 3JVYA 5P1KA 5ISJA 1LYAA 1FQXA 5P58A 3JVWA 1F34A 5P37A 3GI6A 4Q1YA 5DR7A 5P51A 5P3KA 5JG1A 1WBMA 3PMYA 5P4DA 4PHVA 4R93A 4MC1A 3T3CA 1SMEA 3D1XA 5OZSA 5P3IA 3OAGB 2G27A 3B7VA 1EBYA 4HZTA 4TVGA 4WY1A 4B05A 4JOOA 5P7JA 2FNSA 4Y3HA 2WF4A 3UDQA 4ACUA 6UPJA 3IVIA 3S2OA 5OZ4A 5P1MA 3EC0A 5P3TA 4L7JA 1HVIA 3EL0A 1OHRA 4I0DA 3VF3A 3BUHA 5OZHA 3OAGA 1BILA 5P28A 2G21A 3SA3A 4I0JA 5DR0A 3L5CA 3ER3E 2PMAA 5P2RA 2NR6A 2QNQA 3NU6A 5P3AA 4Q1WA 5P87A 2OHPA 2J9JA 3PI5A 3IGBA 2OHSA 4JPEA 5P6WA 5P5SA 5P7BA 5P77A 1AIDA 2I4VA 3KM4A 1HXWA 2F3EA 5P4PA 2QNPA 4EJDA 5P0QA 2Q3KA 3ZPTA 4APRE 4M8XA 1AJVA 1HWRA 3EL9A 4Y3WA 4FS4A 3PSGA 5P3GA 4N00A 5P0GA 2QHCA 5P6FA 2AVSA 5OZLA 1K6PA 2RKGA 3EM4A 1FFIC 4Y54A 5P1AA 4XX4A 1RV7A 5P6IA 5HDXA 5P7IA 3UDJA 3H5BA 1W6HA 5P0TA 1PPME 5P4VA 3GI4A 2HB2A 2JJIA 4Y53A 5P3CA 1TZSA 2ANLA 2WF0A 5P5UA 5P7ZA 3CKTA 5P4WA 5P2QA 1MERA 3O9IA 1TQFA 2R8NA 1D4HA 3BRAA 3S53A 5OZKA 1Z1RA 2AOFA 5P62A 5P6LA 1MTBA 2B8VA 3UDPA 5P0YA 5KR0A 3FNSA 3NLSA 1DPJA 1LZQA 4RRSA 3C9XA 2QHZA 5P0BA 5AH7A 1SDTA 4YD3A 9HVPA 4YOAA 3UHLA 1HVRA 5P6NA 2PWRA 2IGYA 4NJVA 3SAAA 6APRE 2JJJA 5P4YA 5P8JA 1HSGA 4CMSA 3L3AA 5P52A 2PH8A 5P5HA 5OZ1A 5P03A 3UDRA 2Q15A 2QD8A 5P4QA 3K1WA 5OYZA 1APTE 1MESA 5P7SA 1HBVA 2IDWA 4NPUA 5P3SA 2AODA 1ZPKA 3GGVA 3PM4A 3S54A 4B78A 3SKFA 5P8HA 1XE5A 4DFGA 4ER1E 5P60A 2QI4A 3T7QA 5P1JA 4EHCA 3D3TA 3OWNA 5P5DA 5HDVA 5P3ZA 4RVXA 1BAIA 4KE1A 4Y3XA 1D4IA 5P8PA 5P8QA 5I3VA 5P76A 3UDYA 5P7FA 1A30A 2JE4A 1ZSFA 3EKPA 2V11C 5P4TA 2NNKA 3Q4BA 4J55A 5P1NA 4CPQA 5P42A 2O40A 3LPJA 5P2JA 1BWAA 2R5PA 3TPJA 5OZRA 4NPTA 4U8WA 1DP5A 4I8WA 5OZQA 5P5QA 5P38A 1BXQA 4QGIA 3AIDA 4FRIA 5P1CA 5P6EA 3SA7A 1EC0A 3OGQA 5P0AA 4YE3A 2IS0A 4Y5LA 1EC3A 3T6IA 5P05A 5P35A 5BRYA 4WY6A 5P79A 2NTRA 3NR6A 2HS2A 4LAPA 5P4KA 5P20A 5P4SA 3BGCA 3TTPA 3WSJA 5IVRA 3URIA 4YDFA 1HVCA 3Q5HA 1META 3TNEA 3TOGA 5ER1E 4B0QA 1FQ4A 5P11A 1HIIA 3Q70A 5OZ6A 3NU5A 1ENTE 2I4XA 3QRSA 1W5VA 1C6ZA 4DJUA 5CLMA 3GI5A 4Y3PA 3CKPA 4YA8A 3I6OA 5P78A 3FNTA 5HCTA 2QZXA 3GGUA 4PZXA 5P7MA 1EPOE 3UDHA 3RSXA 2ZHRA 5JODA 3QN8A 1IZHA 1HVLA 2IEOA 4D89A 1D4KA 5P1UA 3OXXA 4L6BA 4B00A 3GI0A 4Y3NA 4I0IA 1A9MA 4F74A 1QBTA 2AOIA 4Y50A 4XX3A 4DPFA 3OQDA 5P2VA 1XN2A 4EWOA 4RCDA 3INDA 4Y9WA 2V16C 1MUIA 1FFFC 1IVPA 4HDPA 5P7PA 1FQ8A 4QJ2A 4RYGA 1ZBGA 3HLOA 4ZPEA 5P4XA 5P1OA 3EBZA 2ZGAA 5ISKA 2ZHVA 5P0PA 5OZGA 1QS8A 5P68A 4DQGA 5FIVA 5P7EA 3HAWA 4H3JA 3OXVA 3HW1A 5P4CA 3DCRA 5P6ZA 5HD0A 5P67A 2QZKA 2FXDA 3LPKA 2BPZA 2J9KA 1AZ5A 3GW5A 1EPQE 3KDDA 1ER8E 3UTLA 3D20A 1TSUA 4EP3A 1EAGA 3NDWA 5P7RA 3IXJA 4GB2A 4M8YA 3EKYA 4RVIA 2O4NA 2V10C 5P86A 3O9AA 2VJ7A 1HTGA 3TH9A 2NPHA 4Y3DA 3PBZA 1APVE 4GJAA 3L5EA 5P5EA 2BB9A 5P89A 2VJ9A 3TKGA 2I4QA 5P6JA 5P47A 1OD1A 5P5CA 4ZSPA 1QDMA 3LZYA 2QZWA 4GYEA 3O9HA 1APUE 5P7CA 4ER4E 2VIEA 3KMYA 5SY2A 2WEAA 5HU0A 3PHVA 2ZJLA 2Q11A 4Y3EA 2QI5A 3VLBA 2AZ9A 3TL9A 2ZJKA 5P0VA 1B6LA 3FIVA 2FXEA 4TRZA 1FB7A 3SM2A 4Y3JA 4ZSMA 3HD8A 3IXKA 3S7MA 1KJFA 1E80E 1B6KA 2HPEA 3NDTA 4I0HA 2FDEA 2CEMA 1M4HA 3LITA 2G1NA 3OQAA 5P1RA 3NDUA 4K4PA 3R0YA 5P2FA 3EL5A 5P4FA 5KOSA 1K6CA 4HE9A 2RMPA 1PSOE 1NH0A 5P54A 4B1EA 1HIVA 4Y5MA 2A1EA 4Y3RA 1K1TA 5P2IA 3T7PA 1HPXA 4AA8A 2P3BB 1MTRA 2ZYEA 1SIPA 4Y5GA 5P3EA 5P09A 5OYSA 4YDGA 2OHMA 3VUCA 4K4RA 3VFAA 3OUDB 1BDQA 3UFLA 4GJ9A 3TPLA 5IVTA 1LF4A 4J1FA 1ZJ7A 5P0WA 2P3BA 4Y4ZA 2V12C 4YD4A 5HCOA 5OZVA 5P1WA 2RSPA 5OZOA 3R2FA 5P5RA 3G72A 3QIHA 3PGIA 1C6YA 4YD5A 3OUDA 2R5QA 1D4SA 3PB5A 3NWXA 5P8NA 1Z1HA 2OHNA 5P4ZA 3K5CA 3UCBA 1MRWA 1SDVA 3SA9A 4AA9A 2AOGA 2BBBA 2PSUA 1SDUA 2HS1A 5P1BA 3TOFA 4IVSA 5P84A 3QBHA 1PFZA 3IVHA 3SO9A 1E5OE 1WBKA 3VEUA 3O9CA 3LIZA 4I0GA 5P34A 2OHLA 2FDDA 2OAHA 4ZIPA 3DK1A 5P0NA 3INHA 2QI6A 1CZIE 4GIDA 4YD7A 5P17A 4GJ5A 2CENA 1UH7A 4K8SA 5P8FA 4RVJA 3HDKA 5P49A 2FGUA 2G1SA 3OQKA 3IXOA 4FSLA 4I11A 3EKWA 2AVVA 3FX5A 3KDCA 4J0PA 3VSWA 3LIQA 4HA5A 3CIDA 5P1FA 1ZPAA 3WB5A 5P8MA 2ER6E 2PSVA 3K4VA 2QI7A 5P7HA 5OZZA 2MIPA 1W50A 4OBDA 3I8WA 5AHBA 4ZPGA 5P7QA 2WEDA 1EBWA 4YOBA 2WKZA 4Y4WA 2VJ6A 2B7FA 2BQVA 1APWE 1OEXA 5DQCA 5P3BA 4J1IA 2WF2A 1EPRE 5P2CA 2I4UA 3OADB 2H6TA 2ER9E 2Z54A 1W6IA 4J1KA 2ZJJA 5P02A 4Y39A 5P0SA 4KUPA 5P8KA 3I2LA 4A6BA 4Y4BA 4Y4AA 4FSEA 5AH9A 4PEPA 3O9LB 1RQ9A 1BV9A 1B5FB 1GVUA 5OZ8A 5P4HA 2OHQA 1T7JA 1DAZC 1ODWA 1T7KA 2HB4A 5B18A 3OADA 5P48A 5P1SA 5I3WA 4NJUA 4FAEA 5P7GA 4AMTA 1GNNA 4BEKA 4Y3FA 5OYVA 5OYTA 3O9LA 1B5FA 4DQHA 1E81E 2HAHA 5P6HA 1G2KA 5P06A 4WTUA 2R38A 4ZE6A 4LC7A 5P5GA 5OZ7A 4I1CA 4RLDA 5DR4A 3D91A 1KJGA 4R8YA 3RTHA 1QBSA 2AZCA 5OZWA 4J0YA 3O9FA 2FS4A 3NWQA 2VNNA 3OGPA 1GKTA 4FM6A 1XL5A 1YTJA 2WEZA 5DR3A 5P8OA 5P73A 2BPWA 1HVHA 2B60A 5HU1A 1BDLA 5P6SA 3TPRA 1EPNE 3R0WA 3DUYA 1DMPA 5KQYA 5P5FA 3UQXA 1SMRA 3SA8A 2BKSA 3NXEA 5P8CA 4GJDA 2QMPA 4GJ6A 5P31A 2NXDA 3ZPUA 3SA4A 1EC2A 2IL2A 4NJTA 4DI2A 1IZIA 3SQFA 1LYWB 1D4JA 1CPIA 3KMXA 2B42A 4JPCA 4F73A 5P82A 2PK5A 5AHAA 5P2BA 4DH6A 3BHEA 5P3XA 5OYYA 3TLHA 4Y4EA 3CYXA 5P3HA 4CP7A 3VLAA 5P7AA 5P0ZA 1IDAA 2F8GA 4K4QA 2AIDA 5OYQA 5P3RA 5P0JA 3H0BA 5P74A 5P4OA 4B1CA 3KT2A 3LZVA 2B8LA 5P5AA 1HVJA 3CMSA 4FCOA 5P6QA 5P1IA 2G22A 3F9QA 2Z4OA 4OBZB 2JXRA 2QU3A 3CICA 3VYDA 2BKTA 1BDRA 5P3OA 5P1ZA 4Z50A 3OU3A 2JYSA 2OHKA 2FIVA 1K6VA 1VIKA 5P6CA 4FL8A 3IN4A 5DPZA 5P1EA 1B11A 4QJ8A 5P18A 1W5YA 3KDBA 4Y3AA 5OZPA 3APRE 4OBZA 3VFBA 3NU9A 1N49A 2AOHA 1SP5A 3K5FA 4LP9A 4XXSA 3R1GB 5P5XA 3UQPA 1OEWA 1EPME 4DJPA 2AOEA 3APPA 1KJ7A 2QZLA 2BPVA 4B70A 5BWYA 1ME6A 5P7KA 3VSXA 4DJXA 1AM5A 4GJ8A 1C6XA 4FGXA 5P6XA 2ZDZA 3DV1A 5APRE 1HSHA 5P6OA 1K1UA 1PSNA 2G1YA 1F7AA 1K2BA 4Y4GA 5P2HA 1B6MA 2ASIA 5P6BA 1NPVA 4ZSQA 2FLEA 5P4NA 5P32A 3ZKXA 2R9BA 3IA9A 2V00A 3ZOVA 3DM6A 1HTRB 4Y3YA 3PSYA 5P3YA 4GJ7A 3R4BA 3EKXA 1TCWA 5P53A 1XE6A 3LIXA 3O9DA 5P4GA 1GVTA 5P5NA 1LV1A 4J0ZA 4Y51A 3LPIA 2Q55A 5HDZA 2AZBA 4COEA 3LZUA 5OZ0A 4Y4TA 5P4LA 1SBGA 5JFPA 1PSAA 3ZMGA 5DQ1A 4YHQA 4EXGA 4ZLSA 1GNMA 1QBUA 1Q9PA 5P0MA 2RKFA 5P3DA 1HPOA 1BVEA 1UPJA 5SY3A 3DOXA 3OUCA 4EQ0A 4F76A 3BVBA 1HPSA 3KFPA 4I12A 4LXAA 3UFNA 5DQ2A 3UQRA 4J5JA 4CPRA 1MSNA 5OZYA 6FIVA 3K5GA 4RRNA 5P81A 5DGWA 2WJOA 3B80A 3M9FA 3LIYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJN A;  5P5M A;  3LIV A;  3EXO A;  4X2L A;  2O4S A;  1EPL E;  3OU4 A;  3RSV A;  3KN0 A;  5P4E A;  4XKX A;  5P8R A;  2FNT A;  1KJH A;  2I1A A;  4NJS A;  4AUC A;  2UXZ A;  5SZ9 A;  5P0L A;  3OQF A;  4QJ7 A;  2XFI A;  5P3L A;  3PCZ A;  1BV7 A;  5HDU A;  2G69 A;  1LEE A;  2PC0 A;  4EJK A;  4Y5B A;  4AZY A;  5P64 A;  2O4K A;  5P13 A;  4FAF A;  5CON A;  2NMZ A;  1ODY A;  5P07 A;  5EZX A;  2QI1 A;  5P24 A;  7UPJ A;  1G6L A;  5P30 A;  2IEN A;  5P2T A;  5P19 A;  1G35 A;  5P6K A;  5COP A;  4DQE A;  5COK A;  3FV3 A;  3BUF A;  4J54 A;  5I3X A;  5P15 A;  4NKK A;  3OU1 B;  1AXA A;  1BIM A;  2QMG A;  2FGV A;  3MSL A;  1ODX A;  3MSK A;  1BWB A;  5P8A A;  1MSM A;  4Y35 A;  5P6Y A;  4L1A B;  5KQZ A;  1AJX A;  2QCI A;  5IE1 A;  1XS7 D;  4YBI A;  4TRY A;  5P75 A;  2AZ8 A;  3OTY A;  5P4A A;  3GGX A;  3U7S A;  4HVP A;  3PWM A;  4HDB A;  3NU4 A;  3OUB A;  4APE A;  2Q64 A;  3LIN A;  2VIZ A;  3OOT A;  5IS4 A;  4Y36 A;  5P5T A;  5P1X A;  3OU1 A;  1GVW A;  1HHP A;  5P8V A;  3OHH A;  5PEP A;  1FKN A;  3UPJ A;  2G26 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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