2AIDA

Structure of a non-peptide inhibitor complexed with hiv-1 protease: developing a cycle of structure-based drug design
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of a non-peptide inhibitor complexed with HIV-1 protease. Developing a cycle of structure-based drug design.
pubmed rcsb
molecule keywords HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aidA00
2R9BA 1C6YA 2VA6A 2Z54A 5OZKA 1AM5A 3EL0A 4RROA 5P86A 5P6KA 4I0JA 5P0IA 5P1QA 4HE9A 4EXHA 4FAEA 4IVTA 1EBZA 3B7VA 3O9BA 2IGXA 4Q1WA 3ZKIA 3S43B 1YG9A 5P1TA 1PSAA 5HU0A 1BWAA 5P3BA 1HEFE 1EBKC 1UPJA 3Q6YA 3TOGA 3UDMA 4I1CA 5C9DA 3S45A 2WL0A 5P0HA 4GJ8A 2XFKA 1GNMA 5OZ1A 3FKTA 1J71A 4OBJA 1T7KA 5P39A 5KOSA 1BXOA 2QMPA 2F3FA 2OHKA 4QJ8A 3TNEA 2Q64A 4UPJA 5P6JA 5P4ZA 3NU3A 1U8GA 1D4YA 1RV7A 5P0QA 5P28A 5ISJA 4PEPA 4Y53A 1K2CA 2NXDA 5P1MA 5P0SA 3K5CA 4NKKA 4Y45A 1AJVA 2QU3A 5AH7A 1EBYA 4Y3QA 1E80E 1D4SA 3UTLA 1KJ4A 2HB4A 2WKZA 4DPFA 4EJDA 1FMXA 5P2UA 4OBKA 2G26A 5HCOA 2Q5KA 1BWBA 4RCEA 3SACA 1M0BA 5EZXA 1M4HA 5P0OA 4Y4ZA 1HWRA 5P5BA 3S54A 3L5FA 2SAMA 1EC2A 2ER7E 5P47A 5I3WA 2ER0E 5P3LA 1LYWA 4DUSA 4DPIA 1Z1HA 1TSUA 5DQ4A 3NU4A 2B7FA 2V12C 3PGIA 5P41A 2Q63A 4HDBA 3L38A 4LL3A 2R5PA 1ER8E 2Q15A 1FG6C 1ZPKA 5P5GA 5P4UA 1META 1RQ9A 5JG1A 5OZ0A 4D85A 3EL4A 3OU4B 1APUE 2J9KA 5P14A 5P6MA 4RLDA 5IVSA 5DR4A 3VFAA 1IZDA 1E82E 1TSQA 1BAIA 1BDRA 4DVFA 3KF0A 2VKMA 3MWSA 4K9HA 5P5FA 3IN4A 3OXXA 3SPKA 1HSGA 3BXSA 5P3JA 4AA8A 3FNUA 2IKUA 5P3YA 1QBRA 4DJUA 5P0GA 4Y4EA 1SDVA 2BPXA 2WF0A 4RVJA 5P5SA 5P3AA 1C6XA 5P25A 3BC4A 5P7LA 1HPXA 3UDPA 1M43A 1PFZA 1APVE 3O99A 2AOEA 1YX9A 4H1EA 5DGWA 3BUHA 5P42A 2PK6A 1HTRB 5P12A 4RCDA 1EPLE 5P1OA 1TQFA 3PWWA 2QZWA 4YDGA 1FG8C 3UDQA 4Y3LA 4I8ZA 3UQRA 2A1EA 5P6AA 4Z4XA 4I0ZA 1OHRA 1GVVA 2AVQA 2V16C 5P0RA 2JE4A 5P2ZA 1AIDA 5P0LA 5P1JA 1NSOA 1XDHA 3DM6A 4WY1A 4GJBA 5P8HA 3LHGA 4H3GA 1LYAA 5P62A 5OYTA 3U7SA 2ZJLA 5OYUA 3LPKA 5P1GA 3VV8A 2HPEA 1FEJC 5OYSA 5DR3A 1HPOA 5P7PA 4J0YA 5P4BA 2P83A 2BKTA 3ZPUA 4LXMA 4DJRA 1IZHA 5P33A 2R3WA 5P4GA 5P4VA 5P2KA 2NR6A 2G94A 4YHQA 3O9AA 3LNKA 4Q1XA 3RTHA 1EC0A 5P76A 5P4YA 5P8LA 4AZYA 3SO9A 3NXEA 3Q70A 3SFCA 5P09A 3UPJA 5P0CA 5HDXA 5P44A 5P8PA 4K4QA 2QU2A 1SMRA 1FLHA 3L5CA 2I4VA 4YOBA 4M8XA 5P2CA 1SIPA 2R38A 5OZFA 1SBGA 3PI0A 4JOOA 2FLEA 2V11C 3KYRA 5P2GA 2I4DA 1SMEA 4J17A 5P7GA 4NPTA 3PSGA 5P2WA 1HHPA 5P1RA 5P6ZA 5HDUA 1EPOE 5E5JA 3EM6A 3PBDA 3NDTA 2AODA 5P4NA 5P8MA 3S85A 3OTYA 4B72A 5P1AA 2QZXA 2IENA 4Y54A 1NPVA 3EMYA 5P4AA 3JVYA 2QI5A 4Y4UA 2O4SA 3GI0A 1MESA 2PC0A 3CKRA 5P1XA 5OYXA 3T7XA 2AZCA 5P7MA 3PWRA 5P5IA 5HE7A 4CP7A 3IN3A 3SA3A 3OXCA 3SA8A 3OU3A 2A4FA 3O9CA 2V10C 1E81E 3HZCA 1PSNA 4BELA 1CPIA 2I4WA 2FS4A 5P30A 1RNEA 3NLSA 5P1YA 5P4JA 5P0XA 3SM2A 5P6GA 5HU1A 2JYSA 3L5BA 3KN0A 4DFGA 2QP8A 4CMSA 2PH8A 5IE1A 1W5VA 1HVKA 1QBTA 1KJ7A 2HC0A 5P3XA 3QIHA 1EAGA 5P5AA 3TL9A 5SXNA 5HTZA 1E5OE 1YM4A 2QI1A 5P08A 2IRZA 5P7DA 4QJAA 4YE3A 5P4EA 3KFRA 4QJ2A 3OHHA 5P8OA 3LIQA 5P6YA 3TPPA 3SQFA 3D1XA 1VIKA 3AUPA 3QN8A 1T6EX 1HEGE 3SABA 4AUCA 3ER3E 5KR1A 4NJUA 4RZ1A 4Y3RA 4KE0A 5P7ZA 3S8IA 2Q11A 1QBUA 3TPLA 3OU1B 4DJWA 1APWE 4D8CA 3EL5A 3IVIA 3LIXA 2VNNA 3UCBA 2AVMA 4Y5CA 4S1GA 1BILA 2BBBA 2WEDA 5P69A 1B6JA 5P23A 2OHRA 3KFSA 2F3EA 4Y48A 4DJVA 5OZYA 2ZDZA 3G72A 4EQ0A 1TCWA 3NDXA 1NPAA 2OHUA 2VS2A 3LZVA 3HDKA 4QLHA 2HPFA 4B00A 5P8AA 3S2OA 3WZ6A 2NNKA 1HXBA 4COEA 2F80A 3GGUA 1HOSA 4Z50A 5P3WA 2G1YA 3CKTA 5P74A 4DQFA 4ZEAA 3OADA 2QK5A 2HAHA 5P0KA 5P1KA 2WEZA 4DJOA 1W50A 1QS8A 1MEUA 4DJYA 3NUJA 2ZJJA 1FB7A 3VV6A 2CENA 3NSHA 2QNQA 1GKTA 5P19A 5P43A 2OAHA 2JJIA 5OZ2A 3ZKNA 3GI4A 3CKPA 2XFJA 3QRSA 2QCIA 5OZCA 1ODWA 1MRXA 5P55A 4D89A 5PEPA 3NDWA 3PBZA 3H5BA 5P7BA 4HLAA 3CIBA 3OUDA 2G1OA 2ZJKA 3OUDB 5P6WA 2G20A 4FM7A 1D4KA 4U7QA 5P53A 3SA4A 5P26A 1HTGA 4LAPA 4Y4JA 3DCRA 5P2BA 3PEPA 5P4MA 4GJ9A 5OYZA 3CIDA 3MSLA 3VCMA 4H3FA 2ER6E 3UDHA 2OF0A 4HEGA 5P84A 3SKFA 2QHYA 5P05A 3OXVA 3EC0A 5P20A 2UXZA 2BKSA 1WBKA 1B11A 1NPWA 3LIZA 4NPUA 4YDFA 3DK1A 4ZSRA 5FIVA 2G1RA 5OZHA 1T3RA 4B0QA 4LP9A 3LIYA 4Q1NA 4Y3GA 4MC2A 4GJDA 4YCKA 5OZTA 2RENA 3K4VC 1HIHA 5P2VA 4Y36A 5P8BA 4OBZB 3BUGA 4NJVA 4X2LA 3HAUA 2Q3KA 1KJFA 4ZPFA 5OZRA 5P5DA 5P3TA 3TTPA 5JODA 1HSHA 2B8LA 4I0FA 4LXKA 3R4BA 5OZOA 1EPNE 3EKPA 4QJ6A 2APRA 4Y5MA 1G6LA 5P5OA 3HBOA 3DUYA 3EM3A 4YD4A 1G0VA 1DPJA 5P16A 2QMGA 5P3SA 1UH8A 5ENKA 5DQ1A 3Q5HA 2WF3A 5HE4A 4Y5EA 5P3DA 4I12A 4ACUA 2XYEA 5P2RA 5P4HA 3ZKMA 4FSEA 1PROA 4XXSA 1HTFA 5P70A 3BRAA 4ZPEA 4EWOA 4B78A 5ENMA 3OGPA 3JW2A 3LPIA 2I0DA 5P5RA 3DJKA 3EM4A 2I4UA 1W6IA 5P10A 1UH7A 4RVXA 5P6FA 4LHHA 5P0NA 5P6UA 3IXJA 5P46A 1OEWA 2VIJA 2ZE1A 4I8WA 4EHCA 3K5FA 5I3VA 1SIVA 6UPJA 3SKGA 1QRPE 3B80A 1G35A 3IAWA 4JP9A 3URJA 5P01A 5P2YA 4WTUA 2R5QA 3LITA 3QVCA 4ZSQA 1KJGA 1APTE 5P1LA 2AVVA 3LZSA 2QMDA 2QD8A 4FRIA 4QJ7A 4FRSA 4I0DA 5APRE 1LYWB 2V00A 1OEXA 1T7IA 3VLBA 2AZ9A 4J0TA 3T6IA 4L7JA 5P2SA 2RSPA 5P57A 2IS0A 3ZLQA 3OGQA 5P6IA 2PYMA 4EP2A 4Y38A 3QRVA 4D88A 5P6XA 5T4SA 5TOLA 1K2BA 4CPRA 5P36A 3AIDA 3WB4A 4F73A 5P49A 4Y41A 2F8GA 5P4IA 3EKQA 3QRMA 4EP3A 3NR6A 5P3IA 3OQKA 4PZWA 2ZHTA 4JPCA 5P5XA 3ST5A 3KDBA 4YD6A 9HVPA 2PYNA 2UPJA 3PB5A 3S7MA 1AZ5A 5P06A 3UFLA 3O9HA 5P78A 1F34A 5P5CA 5DQ2A 3ZKXA 4DJXA 4KB9A 4F76A 5P2HA 2FNTA 4FRKA 4Y43A 1MSMA 2VIEA 1ZJ7A 5OZ7A 2FGUA 1MERA 1YTHA 3M9FA 5P5ZA 3SAAA 5P6DA 5OZPA 1HVIA 5P5PA 4J55A 4J1KA 2QI6A 4EQJA 4R95A 4EYRA 3R0YA 5F01A 3EKVA 5OZQA 5KR0A 5ER2E 1UH9A 3WZ8A 1LZQA 2ASIA 5OZGA 3WB5A 4FE6A 5P89A 4Y3EA 4A4QA 5P8IA 2PSUA 5P3ZA 1GVXA 4HVPA 3CYWA 3UQUA 5P5LA 2V13A 5P0JA 5P1FA 5P64A 5P3FA 1LYAB 5P7YA 4I0EA 5KQFA 3VYEA 5P5UA 4LC7A 3BHEA 1WKRA 5P7KA 4NJSA 1IVQA 5P67A 1FQ5A 1A8KA 3ZL7A 3ZKSA 4ER1E 5ER1E 1FFFC 2NXMA 5P5WA 4B1CA 3DOXA 2ZHRA 4K4RA 5EZZA 3NWQA 5OZVA 2R43A 5P6VA 4I0GA 5P2LA 5P7UA 1TZSA 5OYQA 5P6HA 2PMAA 4Y4TA 3HD8A 4RGHA 2WJOA 1W6HA 3KMYA 5P0WA 5P0ZA 2AZBA 5P17A 3INDA 5OYRA 4KE1A 1IBQA 6APRE 5P0MA 3GGXA 4J1HA 2O40A 3NWXA 4DQGA 2ZJMA 3OWNA 2PSVA 1BDQA 5P0YA 4IVSA 2AOGA 1Q9PA 5P6QA 1B6MA 1SDUA 4I11A 1DMPA 5OZBA 3O9GA 5P2FA 3BUFA 1GVUA 3PRSA 1EPQE 3N4LA 1W5YA 1GVWA 1D4HA 1MIQA 4I0HA 4Y3MA 2AOHA 3NU6A 2PH6A 1HRNA 1AXAA 4Y9WA 4OC6A 2BPWA 5P3KA 5P40A 4XX4A 5P2TA 5P6PA 2CEMA 3UDNA 5SY3A 5CONA 2B42A 2O4PA 3G70A 3TH9A 5JFUA 3QP0A 3D3TA 3WZ7A 5P0TA 1B5FA 3PVKA 3L5EA 2G27A 4R93A 4RYGA 4CPSA 1AVFA 5P0EA 4YD3A 4E43A 5P7FA 1IZEA 5P56A 5P6EA 5P5QA 2VIZA 4BFDA 4Y5GA 4F75A 2P3CA 2RKFA 4I10A 5P4DA 4GJAA 2NMYA 1IDAA 5P4OA 2IKOA 5P71A 4L6BA 5P2DA 3OTSA 5P3HA 3QPJA 3RTMA 1FGCC 1HPVA 1HVHA 4OBFA 4Y5NA 1Z1RA 5P27A 3LINA 4PPHA 3T3CA 3PI5A 3WSJA 3EBZA 3QBHA 3ZKGA 4Y3NA 4Y3TA 5P7RA 3LIVA 1EPPE 4APEA 3EKWA 5P59A 1SGZA 3SA7A 1EEDP 1FQ7A 2P3BA 5C9BA 5AHAA 1YT9A 1W5WA 2PQZA 4Y5BA 4DJQA 4HZTA 1FQ4A 5OZ3A 5ISKA 3T7QA 2IEOA 3D1ZA 1YTGA 3PHVA 4DQEA 4J1CA 5P0BA 5P82A 1JLDA 3UFNA 4XKXA 2QMFA 3QVIA 5P81A 5J25A 2G1NA 2JXRA 5P2QA 5P5KA 4GJ7A 4Z22A 4TVGA 3S7LA 5P4SA 1ZLFA 3IXOA 2FGVA 4GJ5A 4Y4XA 3VEUA 1BBSA 2IQGA 5P72A 2FDDA 5P15A 5I70A 1MVPA 3D91A 2NPHA 2ZJHA 5P3RA 4ZLSA 5P4WA 5P51A 3O9DA 4DQHA 1ENTE 5P3OA 3VSXA 3APRE 1RPIA 4J0VA 3DV1A 5P5TA 4YBFA 2VA7A 1HXWA 2WEAA 1SDTA 4TRYA 1K6VA 5OZ5A 4JPEA 5P4CA 3OADB 1DIFA 1XL5A 5P00A 4QGIA 4Y5LA 2IL2A 4R91A 4RYCA 3PSYA 4H3JA 5P4LA 5P73A 3GGAA 5I3XA 1Z8CA 2MIPA 1IZIA 5IVQA 3SLZA 5P3QA 3INHA 5P3CA 3IGBA 5P2IA 5F00A 3T11A 3S53A 4Y3XA 2FIVA 4Y51A 4YCTA 3DCKA 3PMUA 4J5JA 4ACXA 3F9QA 2QNPA 3HW1A 1K6TA 4Y3FA 1LF4A 4Y44A 5P3VA 2ANLA 3A2OA 5DQ5A 3QAAA 5P6TA 2VIYA 3KDDA 3OQFA 5P24A 4B70A 1FMBA 1MT9A 1SP5A 5P0UA 2I4QA 3NUOA 4Y3SA 1HVJA 4X7IA 1ZSFA 4ZSPA 2IDWA 3UDRA 1AJXA 3ZPTA 5P8GA 2ZYEA 5CLMA 5P6OA 4RRSA 1DP5A 3INEA 3BGBA 1GNOA 3UDKA 5P50A 5P7HA 2WF1A 5P8FA 3CYXA 1ZPAA 5P48A 5P5MA 5OZUA 1PPME 5P5NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2R9B A;  1C6Y A;  2VA6 A;  2Z54 A;  5OZK A;  1AM5 A;  3EL0 A;  4RRO A;  5P86 A;  5P6K A;  4I0J A;  5P0I A;  5P1Q A;  4HE9 A;  4EXH A;  4FAE A;  4IVT A;  1EBZ A;  3B7V A;  3O9B A;  2IGX A;  4Q1W A;  3ZKI A;  3S43 B;  1YG9 A;  5P1T A;  1PSA A;  5HU0 A;  1BWA A;  5P3B A;  1HEF E;  1EBK C;  1UPJ A;  3Q6Y A;  3TOG A;  3UDM A;  4I1C A;  5C9D A;  3S45 A;  2WL0 A;  5P0H A;  4GJ8 A;  2XFK A;  1GNM A;  5OZ1 A;  3FKT A;  1J71 A;  4OBJ A;  1T7K A;  5P39 A;  5KOS A;  1BXO A;  2QMP A;  2F3F A;  2OHK A;  4QJ8 A;  3TNE A;  2Q64 A;  4UPJ A;  5P6J A;  5P4Z A;  3NU3 A;  1U8G A;  1D4Y A;  1RV7 A;  5P0Q A;  5P28 A;  5ISJ A;  4PEP A;  4Y53 A;  1K2C A;  2NXD A;  5P1M A;  5P0S A;  3K5C A;  4NKK A;  4Y45 A;  1AJV A;  2QU3 A;  5AH7 A;  1EBY A;  4Y3Q A;  1E80 E;  1D4S A;  3UTL A;  1KJ4 A;  2HB4 A;  2WKZ A;  4DPF A;  4EJD A;  1FMX A;  5P2U A;  4OBK A;  2G26 A;  5HCO A;  2Q5K A;  1BWB A;  4RCE A;  3SAC A;  1M0B A;  5EZX A;  1M4H A;  5P0O A;  4Y4Z A;  1HWR A;  5P5B A;  3S54 A;  3L5F A;  2SAM A;  1EC2 A;  2ER7 E;  5P47 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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