2AOCA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant i84v with a substrate analog p2-nc
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aocA00
5P15A 2QNNA 5P32A 2QD6A 1PPLE 3ZKGA 5P0KA 5P1IA 2QP8A 4LHHA 1SH9A 2FMBA 5P60A 5P86A 4HLAA 5HCTA 4D83A 5OZIA 2V10C 4R93A 4Y4XA 3L58A 3RU1A 3UDKA 5KOQA 3BVBA 3KFSA 2ZJMA 3WB4A 3BGBA 3IA9A 5P5WA 5P0BA 5P4BA 2JJJA 3BVAA 3SO9A 2NPHA 4Y5LA 4Q5MA 2I4WA 4TVGA 3APPA 3SA6A 5HD0A 3L3AA 3IVHA 2PYMA 1HVRA 2Q3KA 5P57A 4RVXA 1Z1RA 1TSUA 2QZKA 2QU3A 1T7JA 3KFNA 2P83A 1OD1A 3UQUA 3DV1A 5P0IA 1HBVA 3CIDA 2QD8A 5OZEA 4D8CA 2VNMA 2ER9E 4Y45A 5P05A 4FS4A 1MIQA 3KDBA 5P7XA 4DQGA 3O9HA 1MT7A 3S85A 3JVYA 4EP2A 3CYWA 3TOHA 3UDNA 4I1CA 1W5YA 5P2YA 3MSJA 5P7NA 1RQ9A 1BVEA 5E5JA 3S2OA 5DR3A 4KE1A 5P0TA 5P44A 4EHCA 4Y5EA 2WEAA 2PSUA 4GZFA 1FQ4A 2FDDA 6FIVA 2B60A 2UY0A 3PMUA 1SIPA 2QHYA 1HVKA 2G20A 5P6LA 5P3FA 4DPIA 5P4RA 4N00A 4XKXA 3PWRA 4RGHA 3NDTA 5P7IA 5P8IA 5BRYA 1MTBA 4TRYA 5OZPA 3OADB 3RTMA 5OZLA 3QBHA 3K5FA 4HEGA 3PJ6A 5P4VA 5P3XA 3OADA 1YM2A 1M43A 3U6AA 4I8ZA 4NPUA 5P7SA 2AOCA 3UQXA 2AVOA 3KYRA 4RLDA 5P0GA 4Y4AA 2V00A 2I4UA 3UFNA 5P0NA 4GMIA 3QBFA 3LIZA 3BXSA 2B7FA 3WB5A 1PSAA 4I8WA 3BRAA 3WZ8A 5P4GA 1E80E 5P39A 4OBGA 3WSJA 3OHFA 5OYXA 1IVQA 3I2LA 4YD4A 5HE4A 5OZDA 3TPRA 1WBMA 4RVIA 1TQFA 5P6VA 2B42A 4YD5A 2O4LA 5DR4A 3PWMA 3INDA 3VSXA 4FSLA 2OHUA 4ER2E 3NDWA 4H3GA 4CPQA 5P1NA 5F01A 3TTPA 3O9EA 4Y3MA 2I4XA 3Q70A 5P6QA 2NMZA 3VF3A 4X7IA 1D4SA 3NU9A 5P50A 3K4VC 3S7MA 1HVCA 5DR8A 3KM4A 4B1EA 3DM6A 3SLZA 2FNSA 2FLEA 1RL8A 2AVMA 5P0DA 4Z2ZA 5P6TA 1HIHA 5P2FA 5OZSA 3QVCA 2P3DA 5OZCA 5SZ9A 5P7CA 2ASIA 4J1IA 5P4OA 3KN0A 4Y58A 5CLMA 4AZYA 4DUSA 2OHMA 3MSKA 5OZ5A 4FSEA 5P1RA 1SGZA 3S56A 1DW6C 3GGVA 1NPVA 5OZWA 3ZPUA 4YDGA 3NUOA 4PPHA 5P1JA 3VEUA 5AH7A 5KQFA 5P5IA 5P8AA 5KR2A 4Y57A 4Y3EA 5P1WA 4Y43A 5DR7A 5KQXA 5P16A 3T7PA 3RTNA 4Y3GA 4EXHA 3H0BA 5P58A 4Z4XA 4DQEA 4QJ7A 3VV6A 5SXNA 2PH8A 4DJYA 4B72A 3UDYA 4DI2A 5P3JA 2AZCA 5P77A 1T7KA 3NU5A 3H5BA 2AQUA 4YCKA 4Y48A 1HIVA 3I7EA 2WF2A 3O9CA 4Z22A 4GYEA 5KOSA 1IDAA 3O9LA 1PSOE 3TL9A 4Y3TA 2F80A 4KB9A 5DQ2A 2ZHVA 1K6PA 5P4CA 5P55A 3OXXA 4Y37A 3T3CA 5P72A 4RCDA 5P65A 2RKGA 3VV7A 5P2KA 5P2AA 3BC4A 3OQ7A 5P8NA 1EPPE 1NH0A 5P8MA 5P7ZA 3NR6A 5P6WA 4R95A 2I0AA 4Y4GA 4RRSA 1LF2A 3GI5A 4DV9A 5P8OA 3NU6A 5OYWA 3RSXA 3NSHA 3QROA 4A6CA 3VFAA 2AIDA 4DJWA 1MRWA 4PYVA 4RRNA 5P26A 3MWSA 3GW5A 5OZ1A 4B1DA 4OBKA 1WKRA 2RKFA 4B00A 3UDPA 2QD7A 3CKPA 4Q1XA 4RYGA 2IL2A 5P2DA 5OYTA 4F76A 4QJ6A 2HB2A 1HOSA 5P7OA 4Q1YA 4GJ5A 3TH9A 1ZLFA 1F7AA 4Y38A 3IN4A 3QP0A 3OTYA 1MTRA 3FNUA 5KR8A 3ZL7A 2G24A 3GI4A 5KR1A 4APRE 3TPLA 5F00A 2OHKA 4J0PA 2ER6E 4Y3JA 5P3IA 3OK9A 4Y51A 4OBZA 3QN8A 5P37A 3K5CA 5COKA 1B6LA 5OYQA 5P4SA 2ZJLA 1ZPKA 3BHEA 4Y5MA 4FAFA 5P6OA 4QJAA 4LP9A 3KT5A 4J55A 3ZLQA 1HTEA 5P4MA 2ANLA 1XL5A 1MESA 5OZQA 1T3RA 3HDKA 4Y9WA 3SM2A 3WZ7A 1IZHA 4CPWA 4FRSA 5DGWA 4D85A 5P2XA 4ZPFA 1GVTA 4I0DA 1W6IA 3FNTA 1IZDA 5EZXA 2XFIA 4DJQA 5P8CA 1UH9A 1JLDA 3OU3A 1ZP8A 3CKTA 1ER8E 3D20A 4L6BA 5P2HA 2RENA 2R3TA 1FEJC 1CPIA 1BIMA 2NXDA 5SY3A 3UDMA 3UFLA 1LV1A 1LYBB 2HS1A 1SMEA 5P1DA 3UQPA 4GJDA 3CIBA 4L7HA 3OAGB 4APEA 1LYBA 4DQCA 4ZSRA 1T6GA 3ECGA 1EC3A 3LITA 5P5YA 2HB4A 4J1CA 1HVSA 1G35A 6UPJA 5P23A 5P1GA 1EPME 3OXWA 1ODWA 1DIFA 3DOXA 1FQ8A 5P7AA 3UHLA 1OEWA 5OZGA 1G0VA 3ZKNA 5P6UA 4DVFA 3QI1A 5ENKA 5P0HA 4RCEA 5P0QA 2G69A 3OU4B 5P0EA 1B6PA 1ODXA 1LEEA 2HPEA 2AVVA 2V13A 4J5JA 1EC1A 3O9IA 4Y3RA 2FGUA 3DCKA 4FIVA 5P0UA 2AOJA 2VJ6A 5P5EA 4HVPA 5P88A 5P71A 5OYUA 4BFBA 3LPIA 2EWYA 1OEXA 5P5QA 1BILA 5P8JA 5P2CA 3VSWA 2ZHRA 5P59A 3EMYA 5P7BA 4I0HA 4ZIPA 2QHZA 2WEZA 5P7RA 3OUDB 5P0OA 5P1XA 5OZXA 3PI5A 4U8WA 3S43B 4MC9A 1K1TA 5ER1E 3QIHA 1HEFE 3LINA 5P09A 7HVPA 3OUDA 3S43A 1K2BA 5P6KA 3SAAA 1FGCC 5P62A 2G21A 2OHPA 1G2KA 2VA6A 5KR0A 5P3GA 1DPJA 1W5VA 2VIYA 4YDFA 3UDHA 5P6CA 2Q63A 2RMPA 2O40A 4GJBA 3K4VA 3QPJA 1GVXA 5HDUA 5DQ1A 5P5ZA 5ISKA 5P5GA 4RCFA 3NYGA 3INFA 4I0GA 1EPNE 4K8SA 4Y36A 2G1OA 4J1HA 1B5FB 2QHCA 4TRZA 3PGIA 5P2WA 1AVFA 3SA9A 2QI1A 3KFPA 1CZIE 1KJ4A 1A8GA 2AOIA 5OZRA 3HVPA 1EAGA 5OZ6A 3INEA 5P64A 1QBUA 1UPJA 4RYCA 4Y4JA 3TPPA 5P2TA 5P8TA 1XE5A 3NWQA 3LHGA 3PVKA 2OHLA 4TVHA 3VCMA 1K2CA 1EPOE 4QLHA 4DFGA 2G1RA 4B1CA 5P79A 2F3FA 5P3CA 3GGUA 1FMUA 4YD6A 1T7IA 3RVIA 5AH8A 4YOAA 1AZ5A 4ZEAA 5P5FA 1KJHA 4D89A 3PI0A 2JJIA 5P5TA 5OZBA 2P3BB 1HVHA 4KE0A 5AGZA 3VLAA 2BPVA 4IVSA 1HXWA 4H3FA 2P3BA 2PMAA 4B70A 3TLHA 2NNKA 2PK5A 3KFRA 5P41A 5P8HA 3PSUA 5P18A 1HTGA 4PHVA 4OD9B 5P08A 3OWNA 2PSVA 3OU1A 3FSMA 5KAOA 4OD9A 3D1XA 5P43A 4I12A 3FX5A 7UPJA 5P1FA 2AOFA 4OBHA 4Y56A 4Y4DA 3URIA 5P85A 1IZEA 3APRE 3N4LA 5HCOA 1EEDP 5P30A 2IKUA 5P2IA 4Y39A 1FQ5A 1FB7A 3QVIA 2BPYA 4LBTA 4B77A 4AUCA 2ZHTA 4U7VA 3OXCA 1ME6A 4ZPGA 4CPTA 2B8VA 3LIVA 5P4PA 5TOLA 3S53A 2NTRA 2FDEA 2Q5KA 2WF1A 5FIVA 3OUAA 5P25A 1IDBA 1D4LA 4FCOA 3PSGA 1B6JA 2CEJA 3ZMGA 1GKTA 2R38A 5OZ0A 3SKGA 3R1GB 2Q55A 5P84A 1NSOA 4BEKA 5P02A 1FF0C 3OOTA 3IXJA 3NDUA 5P3WA 3ZKXA 3GGXA 4Q1NA 5P47A 5C9DA 1EBKC 1EPRE 2Q15A 5P27A 2G27A 5IVQA 3HW1A 5P6JA 2VS2A 4DQHA 4IVTA 4FM8A 1ODYA 1W6HA 3GI0A 3UDRA 1E5OE 3ZPTA 1APWE 3LZUA 1HPVA 4LC7A 1HPXA 1PSNA 4J17A 5P7JA 5P6EA 1BDRA 1HXBA 3S54A 1XL2A 3OQFA 4DJOA 5P53A 2PH6A 1BBSA 5COOA 1FG6C 1WBKA 3URJA 4TRWA 1APUE 1YG9A 4COEA 4Y3AA 3G6ZA 5P51A 1HSHA 4PZXA 1E81E 5P5AA 1EBWA 2PWCA 3RTHA 1G6LA 4Y4BA 1BDQA 2F8GA 3BUGA 2G1SA 1ZSRA 1BWAA 3DK1A 4Y44A 2HC0A 2A4FA 5OYYA 5OZZA 1GNMA 2ZE1A 3IN3A 4FM6A 3LIXA 4AA9A 4K4QA 4Y41A 1D4IA 4JPCA 3UCBA 3S7LA 4R91A 3UQRA 4QJ9A 5P7DA 2BBBA 3NXNA 1D4KA 1FLHA 2AVQA 3EL1A 3O99A 2JE4A 5OZUA 5IE1A 5P56A 4Y6MA 1FMXA 1FFFC 4D88A 5P04A 1ZBGA 2QI0A 3PWWA 5P4DA 3LPKA 1HPSA 1BAIA 2BPWA 5HDZA 4K4PA 1K1UA 2BJUA 3NLSA 5P1YA 2VIJA 5AHAA 4LAPA 1XN3A 3GI6A 3VYEA 2IDWA 1C6ZA 5JODA 4I0JA 5P07A 4B05A 3T6IA 1LYWA 2IQGA 4BELA 5DR0A 2OHTA 5P46A 5J25A 1EBZA 1META 1MRXA 1KZKA 1ZAPA 5P7KA 3PLDA 3NWXA 3O9LB 5OYRA 1SGUA 5P4YA 4FRKA 2J9JA 3PB5A 1QBSA 3O9FA 4Y3XA 1GNOA 5P01A 5P76A 5ISJA 2QZXA 5AH9A 1FQ7A 2H6SA 3FV3A 4GJ8A 5P1UA 5P24A 4Y54A 5E5KA 4I0EA 3QRSA 3HD8A 5P5DA 3L5FA 2R43A 1TSQA 5OZ4A 2IKOA 2IS0A 2Z54A 3LNKA 1EBYA 2FXEA 3QRMA 1W51A 3FNSA 1ZTZA 3EKWA 4GJ7A 3L5EA 1HSGA 5P0FA 1FG8C 1MPPA 4YCYA 5P4WA 2ZHSA 1QS8A 2G1NA 2F3EA 1B6KA 5P1MA 2NNPA 2IRZA 2P3CA 1RV7A 5P0WA 5P14A 4Y5KA 3QAAA 4QJ2A 1PPME 8HVPA 4EJLA 5P45A 3UPJA 3EXOA 1HEGE 3VF5A 2OHRA 4WY6A 2V12C 5P80A 4I0IA 4Q1WA 3Q6YA 5C9BA 3QS1A 5P5HA 2OHSA 5P4IA 2QZLA 4RROA 1N49A 5P17A 4PEPA 4YD7A 3ZPSA 3AUPA 5P2SA 5P5RA 3L5DA 4Y4ZA 1SBGA 3KF0A 4Y5NA 3PM4A 5P4UA 1Q9PA 4Y3PA 2NXLA 1W5WA 5P34A 3O9GA 1M0BA 2APRA 3EM6A 4GIDA 4OBZB 1FQXA 5P8GA 4HDBA 2FGVA 4MC6A 4FL8A 5P2OA 5APRE 2Q11A 4BFDA 1XS7D 5P8FA 3VG1A 3JVWA 1TCWA 5HU1A 1HWRA 3VF7A 5HDVA 1FKNA 5P5CA 1AJXA 3M9FA 3LPJA 2XYEA 5P12A 3T11A 3TOGA 3KDDA 5P7YA 2OHNA 2PK6A 5P06A 3D91A 1M4HA 1SDUA 1DP5A 1OHRA 2QI7A 3EM4A 2F81A 1CMSA 4J1KA 3U7SA 1Z1HA 2A1EA 3VFBA 1TW7A 5P1PA 2V0ZC 5P0JA 5I70A 3B80A 2V16C 3JW2A 5P7LA 5P8KA 4R5NA 3EKXA 2FIVA 3I25A 4NJTA 4Y3YA 4KUPA 1SDVA 2WF4A 3OUBA 5B18A 3MXDA 3UDJA 2AOGA 4EYRA 3ER3E 5P3EA 5P7PA 4LXKA 2BKSA 2I1AA 5P3MA 1B11A 1A8KA 1GVVA 1BWBA 3K5DA 5P7TA 3LZSA 2R3WA 1AIDA 5I3XA 4F74A 5P0LA 2AODA 3Q3TA 2F3KA 5DR1A 5P0YA 4GJ9A 5P0RA 3PLLA 5P68A 3HBOA 5P4KA 4OC6B 5P7VA 1FIVA 2WKZA 4RZ1A 5P6BA 2BPZA 5P4QA 4FGXA 5P7WA 3F9QA 3A2OA 5OZFA 2Z4OA 4OC6A 2QZWA 1QDMA 5C9FA 1DMPA 3K1WA 4Y3HA 1UH8A 4L1AA 5P6HA 4ZSQA 3OXVA 1AAQA 1GNNA 2FNTA 4EWOA 1W50A 1K6CA 1K6TA 1YTIA 1KJ7A 3TPJA 3EBZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P15 A;  2QNN A;  5P32 A;  2QD6 A;  1PPL E;  3ZKG A;  5P0K A;  5P1I A;  2QP8 A;  4LHH A;  1SH9 A;  2FMB A;  5P60 A;  5P86 A;  4HLA A;  5HCT A;  4D83 A;  5OZI A;  2V10 C;  4R93 A;  4Y4X A;  3L58 A;  3RU1 A;  3UDK A;  5KOQ A;  3BVB A;  3KFS A;  2ZJM A;  3WB4 A;  3BGB A;  3IA9 A;  5P5W A;  5P0B A;  5P4B A;  2JJJ A;  3BVA A;  3SO9 A;  2NPH A;  4Y5L A;  4Q5M A;  2I4W A;  4TVG A;  3APP A;  3SA6 A;  5HD0 A;  3L3A A;  3IVH A;  2PYM A;  1HVR A;  2Q3K A;  5P57 A;  4RVX A;  1Z1R A;  1TSU A;  2QZK A;  2QU3 A;  1T7J A;  3KFN A;  2P83 A;  1OD1 A;  3UQU A;  3DV1 A;  5P0I A;  1HBV A;  3CID A;  2QD8 A;  5OZE A;  4D8C A;  2VNM A;  2ER9 E;  4Y45 A;  5P05 A;  4FS4 A;  1MIQ A;  3KDB A;  5P7X A;  4DQG A;  3O9H A;  1MT7 A;  3S85 A;  3JVY A;  4EP2 A;  3CYW A;  3TOH A;  3UDN A;  4I1C A;  1W5Y A;  5P2Y A;  3MSJ A;  5P7N A;  1RQ9 A;  1BVE A;  5E5J A;  3S2O A;  5DR3 A;  4KE1 A;  5P0T A;  5P44 A;  4EHC A;  4Y5E A;  2WEA A;  2PSU A;  4GZF A;  1FQ4 A;  2FDD A;  6FIV A;  2B60 A;  2UY0 A;  3PMU A;  1SIP A;  2QHY A;  1HVK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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