2AOJA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease with a substrate analog p6-pr
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aojA00
4B1DA 1HXWA 1D4JA 5P5OA 4HDBA 3CMSA 4R93A 2FLEA 5OZ8A 4F73A 4Y3DA 5AHBA 1C6XA 3L5EA 1K6CA 5OZFA 3GI4A 4WY1A 2WF3A 1PROA 1YM2A 2BQVA 2F3EA 5P8IA 4ZEAA 2R5PA 3EL4A 3ER3E 1LYBB 2ZHSA 2NTRA 3VF7A 1CZIE 1XS7D 5P8JA 3Q4BA 5P04A 2AZBA 2QI5A 7UPJA 4EYRA 3VYDA 1PSOE 3BVBA 4K4PA 3R0WA 4YCTA 2QMDA 3QBHA 2NNKA 4R91A 1A9MA 2NPHA 1BXOA 4RCFA 4YDGA 5P1LA 2VIJA 5OZCA 3FNTA 5P6PA 3KMXA 5P3WA 3ZPUA 3UDJA 3D3TA 5P01A 4U7QA 1HTGA 2B7FA 3OUCA 5AH9A 3OUAA 4FL8A 3ZKXA 2P8HA 2Q63A 3L5DA 5P1ZA 2JJIA 4GJ5A 3INFA 9HVPA 5P0CA 3QBFA 3T3CA 4QJ2A 3OTYA 5P53A 5OZSA 5P2VA 2BBBA 1HPSA 3LIVA 1EC1A 1UH9A 1HSIA 5BWYA 2Q11A 1UH8A 2PYNA 5P7HA 5DGUA 3EM4A 2FNSA 3ZPSA 4DUSA 5P0VA 5P5EA 3K1WA 3EKQA 5P5SA 2PH8A 2G27A 4CKUA 5P80A 1HVIA 1TCXA 5P4BA 3G6ZA 3K4VC 1GNOA 1SGUA 2QU2A 4Y36A 1QBSA 1TW7A 3EBZA 5OZ1A 5P88A 3FSMA 4L7JA 3TKWA 5HCOA 5P06A 1MRXA 3GI6A 4RVIA 3LZUA 3VEUA 3TPRA 2PMAA 4X2LA 4DPFA 5P67A 1B5FA 4YD6A 1ODXA 3NXEA 3FKTA 4K8SA 2VIYA 5P4QA 2V16C 5P5FA 3ZPTA 4OBDA 5P0ZA 5P87A 2I1AA 5HTZA 5P6BA 2HC0A 3APPA 3OADA 5KQXA 4DJWA 5JFPA 1HIVA 2QMPA 2ANLA 5ENKA 4HVPA 1K1UA 3KFSA 5E5JA 5P08A 4M8XA 2P3BA 5T4SA 3PLLA 4J17A 4DQEA 1PPME 3ZKQA 3K5GA 1Q9PA 5P3CA 4Y3XA 1IZIA 2AVQA 2MIPA 2WEBA 5P6TA 1MRWA 3PLDA 2F3KA 2O4LA 1DIFA 1BILA 2HIZA 5DR3A 1DW6C 1W50A 4Y3HA 3OHHA 3URIA 5P4HA 5JG1A 5P7NA 2IKOA 3HAUA 3LZYA 5OZXA 4Y58A 5SY3A 4EP2A 3T7PA 1META 4WTUA 1W5VA 4FRSA 5P6KA 1FQ8A 4I0GA 4JECA 4F75A 3LITA 5P1RA 1SIVA 1YG9A 3KFRA 4LP9A 5P2EA 3K5CA 5P6GA 5ENMA 4L7GA 1XN2A 4KUPA 5HDUA 3TNEA 3HVPA 3IXJA 4Y5EA 2PK6A 3VCMA 5P5WA 1GNMA 4Z2ZA 3FX5A 1F34A 3K5FA 5HE4A 5P11A 2OAHA 3VF5A 5AHCA 3VLAA 2A1EA 2V0ZC 5OZ4A 2HS1A 3DV5A 5P4UA 2JJJA 5P6XA 5P4OA 5P7EA 3KYRA 5P8VA 2QZKA 2ZE1A 5P0SA 2OHUA 2OHTA 5P0QA 3QRMA 5P0XA 4YE3A 4MC6A 1SDTA 3JVYA 3KN0A 4B05A 7HVPA 5JFUA 1D4YA 3HLOA 2ER9E 1B5FB 1C6YA 1TZSA 1QDMA 1TCWA 5P83A 5P31A 1EPME 3OQFA 5P6MA 5KR8A 2BKSA 1HIIA 4Q1XA 3OADB 4XX3A 4CPRA 3OQ7A 4R95A 3KA2A 5P07A 5DR1A 2NNPA 5P7IA 3TOHA 2WF2A 5P03A 3LPIA 1SDUA 4FM8A 3QS1A 4OD9A 4A6CA 3MXEA 1EBWA 1EC2A 5P77A 5IVRA 3I25A 4KE1A 5IVSA 3R2FA 4BFDA 2P3BB 3UDMA 3GI5A 3OAGA 5P34A 1EPOE 5P3ZA 5P78A 5HD0A 2JE4A 5P2YA 5P5UA 1FG6C 2EWYA 4EJKA 2BPWA 1ZPAA 2NMYA 3SQFA 5P3QA 2ZJLA 5P0MA 5P1BA 4Q1NA 5P1DA 2P3DA 3SA9A 4DQFA 1U8GA 2I4XA 4H3IA 4XKXA 4DJYA 3OHFA 3HD8A 1C6ZA 5COOA 1Z1HA 4QJ9A 3INEA 3M9FA 2VNNA 1GVUA 4Y3MA 3LIQA 1GKTA 2AVMA 5P0DA 5P0BA 1HSGA 1MESA 3HW1A 3WB5A 1NPAA 5AH7A 2WHHA 3SA8A 1IZDA 3OU1B 1K2CA 5P0RA 4Q1WA 1SIPA 1FF0C 3OWNA 3QROA 5P65A 1SMRA 1FEJC 4MC1A 5P61A 5P27A 3PSYA 5P6SA 2WEDA 3KFPA 2R3TA 5DR0A 3APRE 4Y5BA 2WL0A 2HB3A 1SP5A 2PSGA 1RPIA 5P50A 2QZWA 1HSHA 3URJA 4YOBA 1MTRA 5P8OA 5ER2E 1GNNA 5P8DA 3OU4A 5EZXA 3EKWA 2ZJNA 5P0EA 4A6BA 3S43A 2FDEA 5P7XA 5DR4A 5OZEA 1LF3A 5P1HA 2Z54A 3WB4A 1OEWA 4FSEA 5P7DA 5P0AA 1NSOA 5P76A 3IVHA 1ODYA 5P74A 3GGXA 2WF0A 3ECGA 3DJKA 5P46A 3MSLA 1DMPA 1WKRA 5P8AA 4KB9A 1G0VA 3OAGB 4GJ9A 5HU0A 5P6OA 2O4PA 3O9DA 5OZ5A 3CKTA 5OZ6A 1EPQE 3PWWA 1B6LA 5P3PA 4EPJA 2I0AA 2QHYA 2H6TA 5P6RA 3UQUA 1B11A 3AUPA 4DQHA 1IZHA 1AM5A 3PHVA 4ZSPA 1D4LA 3KDDA 3SKFA 2OHRA 2CEMA 2PWCA 3N3IA 4CPWA 2QMGA 5P6YA 2G69A 1D4IA 2PYMA 2O4KA 3VYFA 5OZKA 5HE5A 5P40A 5OZ3A 4Y39A 2AVVA 5OZVA 5OYRA 5P47A 4L1AA 5DQCA 2ZJJA 3EL5A 4Y54A 5P4FA 5P22A 2I4VA 1BBSA 3PVKA 2BPYA 3UTLA 5OZDA 3T7XA 1IZEA 3HDKA 3NR6A 2G94A 1HTFA 3BUGA 3CICA 5P5YA 2VS2A 2HAHA 2V11C 1G35A 3GGUA 4EWOA 2Q55A 1LF4A 6UPJA 5P8PA 5P6AA 4RZ1A 4KE0A 2XYFA 2Z4OA 3R1GB 2B7ZA 4FS4A 2ASIA 4GMIA 5P3EA 5OZNA 3EL0A 3O9LB 5KR0A 1BWAA 1EBKC 4NPTA 2ER6E 3O9AA 5OZTA 1LS5A 5P3JA 2CEJA 2UY0A 3PBZA 4I0FA 5P56A 2FIVA 5P2TA 4Q1YA 1HEFE 5P6QA 3R0YA 5P32A 1BV7A 1C70A 4RLDA 5DPZA 5OZQA 5P5QA 1HXBA 1EPRE 3K5DA 1M0BA 3RSVA 3O9IA 1SMEA 3BGBA 2QAKA 1OD1A 4RVJA 4Y4GA 3TL9A 3L58A 5SZ9A 1LYWA 5P3HA 2QD6A 4Q5MA 3KT2A 4QGIA 3KDCA 2PSVA 4Y48A 3CYXA 4B77A 4J1CA 5OZIA 2ZHUA 1FQXA 4B1EA 1A94A 1AZ5A 3OQAA 1HBVA 5OYVA 5C9FA 2HS2A 3FIVA 5I3WA 2P3CA 1EEDP 4Y35A 2QMFA 3RTHA 5P2ZA 3NU6A 5P81A 4Z4XA 2F80A 4PYVA 5P3OA 4I11A 4OC6B 5P1EA 5HCTA 1HTRB 5OZUA 1EC3A 3BC4A 3TKGA 4GYEA 5P75A 4YCYA 2WF4A 4Y57A 4LHHA 4NKKA 3ZL7A 2J9JA 4D89A 2XFIA 3OU3A 1AJXA 4BFBA 4FAEA 5P8SA 5P7UA 3UPJA 4Y45A 1XL5A 3EMYA 3IAWA 4JPEA 1IDBA 4S1GA 4DV9A 3KMYA 2WKZA 5I3YA 3OXCA 2FMBA 3Q5HA 5P33A 3LIXA 1TSQA 5OYSA 2NMZA 1NH0A 3SAAA 4HZTA 1ZSRA 2AOGA 3G72A 5KAOA 4B00A 2ER0E 4B72A 3ZKSA 3OK9A 5P3KA 2Q5KA 4RYCA 1Z1RA 4ZLSA 5P8FA 5EZZA 1HWRA 1QRPE 5P2JA 3FV3A 4YD7A 5P6VA 1GVXA 1MSMA 3SA6A 5HDZA 4I0HA 4R5NA 3UDPA 5ISJA 1WBKA 2P4JA 5B18A 2BPXA 4CPSA 2HPEA 3LINA 3UQWA 4D83A 3TLHA 5CONA 1EPPE 3KF0A 1BAIA 4AA8A 3NWQA 4LC7A 3DCRA 2IKUA 4Y5PA 5P3VA 3MXDA 3CKPA 1LYWB 3OXXA 1KJGA 5P3IA 2IGYA 5P7YA 5P35A 3QVCA 5P36A 1SDVA 5P7AA 4RROA 4Y41A 5HDVA 5P8NA 1B6MA 2B8VA 1HPVA 5P1MA 4I0DA 5P4XA 4DQGA 5P05A 3ST5A 1AAQA 1TSUA 2ZJMA 2PWRA 4Y5KA 1FQ7A 4ZSQA 5HE7A 2AQUA 1AJVA 2RSPA 1T6EX 2R8NA 4NPUA 2G24A 5P4CA 1APVE 3OOTA 3VV8A 3LPKA 4DJRA 1A30A 5P09A 4NJVA 4PEPA 3IVIA 4RCDA 5P5KA 2QNQA 1ENTE 4D88A 5P41A 3S85A 5P7BA 4RGHA 5P2AA 3GI0A 2AZCA 5P0NA 2OHPA 2G21A 1BWBA 4F74A 2I4QA 1M43A 4EXHA 3DUYA 1T6GA 5P3DA 2R38A 5P1PA 5P25A 1MVPA 2QD8A 5P1QA 4WY6A 5P7KA 4TVGA 3PRSA 5P0KA 4Y3NA 1ZJ7A 2V13A 2VA6A 2VNMA 3B80A 5I3VA 5P5NA 2ZGAA 3I2LA 5P1CA 3EM3A 5IE1A 1WBMA 1APUE 3UDYA 3NU9A 5P7GA 1K1TA 4K4RA 2ZJHA 4ER1E 5P5ZA 4PZWA 3ZKMA 5P42A 5P3YA 5P5BA 2V12C 3I6OA 4NJUA 4YBIA 5P2WA 1YTIA 4GJDA 2AOCA 1BV9A 5P2CA 1FMXA 5P0PA 3IN4A 5P66A 1T7JA 5BS4A 4J1KA 5OYYA 5P5AA 3SPKA 3VYEA 2RKFA 3WSJA 3PI0A 3FNUA 4FIVA 1HVSA 4H3JA 4J54A 5JODA 4HLAA 4J0ZA 1IVQA 5P1UA 3EL9A 5I70A 2AOEA 2AODA 3UHLA 5P6DA 3MSKA 4Y4WA 3KT5A 1IDAA 5P69A 1BIMA 5OYWA 5P85A 4UPJA 4Y4ZA 3Q70A 5P29A 3L3AA 2WEZA 4Y4XA 4Y4EA 2BKTA 3VV6A 4J0TA 3LPJA 5P7SA 2B8LA 3D91A 5P28A 2RMPA 1J71A 1UPJA 5P2XA 4HA5A 2QNNA 3O9GA 3QN8A 5P5TA 3S2OA 5P8UA 1LF2A 4Y3ZA 4FRIA 2IGXA 5P2QA 4DQBA 1XE5A 5P16A 1K6TA 1HPOA 3D1ZA 3KFNA 5P00A 1MT9A 5P0HA 5P45A 5KQZA 4CPUA 1Z8CA 4Y3RA 3DCKA 3HZCA 4Y4UA 3GW5A 1DP5A 5P1WA 5ISKA 5P6HA 3NDXA 5P2FA 2IS0A 4YBFA 2R3WA 2O4SA 3VLBA 4YOAA 3PJ6A 3OUBA 1MT8A 5P2RA 3EM6A 2AOJA 3RU1A 5P4PA 3WZ6A 1HTEA 5P24A 1AIDA 3RVIA 1OEXA 1EC0A 4Y4AA 5OZLA 1QBUA 1HVKA 4OBZA 3OGPA 5OZ0A 5P0JA 2CENA 5P4SA 3SABA 4Y3PA 3LZSA 2ZHRA 5COPA 4Y5LA 2XFKA 4FE6A 3BXRA 3NU3A 3C9XA 2APRA 5P57A 2G1OA 5P4AA 3Q3TA 2I0DA 2P83A 4APEA 3OTSA 4I12A 3TH9A 5P5PA 5P39A 1ODWA 3RSXA 3BUFA 5P4JA 5OYXA 3ZKNA 4YDFA 5F01A 1XL2A 2BJUA 4F76A 1YT9A 3H0BA 2B42A 4J1IA 5P8RA 4JOOA 5DQ2A 5P5JA 2BB9A 2G1RA 1FQ4A 1ZSFA 1HOSA 3DK1A 2ZJKA 4X7IA 4HDFA 3U7SA 1W5YA 3PMUA 5P0GA 4Y51A 4AUCA 4ZE6A 5BRYA 2VA7A 3PM4A 2XFJA 3L5BA 1KJ7A 3QIHA 5P6LA 1CPIA 2VJ6A 5DR8A 4Y3JA 3DOXA 3TPLA 5P7WA 2Q54A 5P1IA 4IVSA 2WF1A 5P7QA 3ZKGA 5P2KA 1BDLA 4QLHA 1K6VA 5P18A 4GJ6A 5P4DA 1AXAA 4L6BA 5P4TA 3A2OA 1YM4A 3MWSA 1F7AA 1G6LA 5OZRA 3SFCA 3ZKIA 4OD9B 2PSUA 4OBKA 3L59A 4Y5GA 5OYQA 5P0YA 3VG1A 2OF0A 5SXNA 3QVIA 4H3FA 5P12A 4R92A 4YA8A 4K9HA 4D85A 5C9BA 5P3BA 3HVGA 5P64A 2OHKA 1APTE 2NR6A 2AIDA 6APRE 1PSNA 4Y3WA 1HVHA 1KJHA 3UFLA 2A4FA 5P6NA 3PB5A 5AH8A 2QHZA 3INHA 4CP7A 1NPWA 1NPVA 3QAAA 3BRAA 4OBZB 3PGIA 5APRE 4Y3GA 3NLSA 4CPTA 3SKGA 3SM1A 1CMSA 1EPNE 1HHPA 3OUDA 5P23A 3JVWA 4MC9A 2FDDA 5P3LA 5P20A 1ME6A 3EKTA 3VUCA 4GIDA 4COEA 2UXZA 3NDTA 5P1KA 2V10C 3T11A 5P5HA 3TOFA 4YCKA 5P44A 1BVGA 4FCOA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B1D A;  1HXW A;  1D4J A;  5P5O A;  4HDB A;  3CMS A;  4R93 A;  2FLE A;  5OZ8 A;  4F73 A;  4Y3D A;  5AHB A;  1C6X A;  3L5E A;  1K6C A;  5OZF A;  3GI4 A;  4WY1 A;  2WF3 A;  1PRO A;  1YM2 A;  2BQV A;  2F3E A;  5P8I A;  4ZEA A;  2R5P A;  3EL4 A;  3ER3 E;  1LYB B;  2ZHS A;  2NTR A;  3VF7 A;  1CZI E;  1XS7 D;  5P8J A;  3Q4B A;  5P04 A;  2AZB A;  2QI5 A;  7UPJ A;  4EYR A;  3VYD A;  1PSO E;  3BVB A;  4K4P A;  3R0W A;  4YCT A;  2QMD A;  3QBH A;  2NNK A;  4R91 A;  1A9M A;  2NPH A;  1BXO A;  4RCF A;  4YDG A;  5P1L A;  2VIJ A;  5OZC A;  3FNT A;  5P6P A;  3KMX A;  5P3W A;  3ZPU A;  3UDJ A;  3D3T A;  5P01 A;  4U7Q A;  1HTG A;  2B7F A;  3OUC A;  5AH9 A;  3OUA A;  4FL8 A;  3ZKX A;  2P8H A;  2Q63 A;  3L5D A;  5P1Z A;  2JJI A;  4GJ5 A;  3INF A;  9HVP A;  5P0C A;  3QBF A;  3T3C A;  4QJ2 A;  3OTY A;  5P53 A;  5OZS A;  5P2V A;  2BBB A;  1HPS A;  3LIV A;  1EC1 A;  1UH9 A;  1HSI A;  5BWY A;  2Q11 A;  1UH8 A;  2PYN A;  5P7H A;  5DGU A;  3EM4 A;  2FNS A;  3ZPS A;  4DUS A;  5P0V A;  5P5E A;  3K1W A;  3EKQ A;  5P5S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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