2AOJA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease with a substrate analog p6-pr
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aojA00
3OXXA 4Y9WA 1IBQA 3IXKA 3T7XA 2QP8A 2UPJA 4YD7A 5OZSA 4DFGA 5I3WA 5P0WA 1C6YA 1D4LA 1EPRE 2CEMA 3QROA 3S7MA 4Y41A 1HOSA 5P1OA 5P1ZA 1ZPAA 5P3QA 3UTLA 3EKWA 5OZLA 4ZPFA 3UF3A 3PM4A 5OYUA 2SAMA 5P05A 3WZ6A 3R0WA 2EWYA 3PBDA 5P4LA 2NXDA 4GB2A 4I0DA 5P53A 5OZEA 4GJ8A 1HVSA 3O9DA 4YOBA 5P59A 2QI3A 1ENTE 1ZAPA 5P4TA 5SY2A 4ZIPA 2RKGA 2VIYA 1EPOE 5P7QA 2QZWA 2UXZA 3LZVA 5C9FA 5HDUA 1PSOE 4XKXA 3S43A 5P4NA 2PK6A 3BUFA 4KE1A 5AGZA 5P1XA 2QCIA 4Y37A 5P72A 5ISJA 5BRYA 1YM2A 2CENA 4MC9A 3L58A 4QJ2A 4D83A 4Y4GA 2WF1A 5P3NA 5P6GA 4ZSMA 4FM7A 4CPWA 1BXOA 3EL1A 5P31A 2R38A 1Z1HA 4Y3RA 4I1CA 5OZTA 4Y56A 1UH7A 3OU3A 4D88A 5C9BA 3D91A 5P40A 5P3IA 1APWE 5CLMA 4D8CA 5P0NA 5P3EA 3RVIA 1ZP8A 4ACUA 3GGVA 2VA7A 1HVJA 3HAWA 4F73A 3QRMA 5ER2E 3BXRA 3GI6A 3LIXA 4DVFA 1FLHA 2O4LA 3U71A 2ZE1A 5OZKA 3BGBA 3LITA 4RZ1A 4JOOA 4DUSA 4XX3A 5OZ3A 1Q9PA 1FMXA 4QJ8A 2I0AA 3WB4A 1DMPA 1AJVA 3HAUA 1YTGA 3SA4A 3UQXA 1XL5A 5P7OA 4LBTA 4HDBA 4Y3HA 2WL0A 4YD6A 2FGVA 3QIHA 4L7JA 5P7XA 4DJRA 4AA9A 4E43A 2AIDA 2WECA 5JG1A 4Y44A 2VJ9A 5P42A 3EXOA 5P6DA 1QRPE 4B1DA 3S7LA 1QBSA 5AHCA 5P0PA 3BVBA 2NMYA 4J17A 1LYBB 5P1KA 4OBGA 3Q3TA 5P4YA 4Y51A 5DR4A 1BDRA 3OXCA 1B5FB 2Q63A 3MXEA 1GVTA 3G6ZA 3QPJA 1DW6C 1MRXA 4A4QA 1HHPA 4LXAA 4TRZA 5P1BA 1KJHA 5P57A 5P18A 1T7IA 1PFZA 2R3WA 5P7AA 5AH7A 5P12A 3SA3A 4HDFA 5P1MA 1HEGE 2VNMA 5P8LA 3I25A 2QNPA 4OBZA 3SQFA 1C70A 1SDUA 3CIDA 5P1HA 5P2JA 3HW1A 5P0EA 1PROA 5P1JA 1EPME 5P2QA 5P5IA 2ZJLA 4H3IA 3NU3A 3I8WA 2AOJA 5P77A 5P0RA 1FQ8A 1SH9A 5OZFA 4YD5A 3TPPA 3TKWA 1FEJC 1W50A 2RSPA 3ZPSA 3N3IA 5P01A 4Z4XA 2Q11A 4TVHA 2AVQA 4FLGA 2G1RA 4Z2ZA 2QI4A 3T6IA 2OHLA 5HU0A 4DPFA 3KT2A 2G27A 4Y3DA 4OD9A 2JE4A 5P88A 3UQPA 1YTIA 3NDTA 3PGIA 5P1EA 2IENA 3OQKA 2V13A 3CKTA 3NUJA 2FDDA 1B6KA 5DR0A 4J0PA 4FM6A 4J55A 1EAGA 3PLLA 1T6GA 4OBJA 5P3ZA 1NH0A 5JFPA 4Y39A 3OGPA 4JECA 4Q1WA 4GJBA 1EC0A 3DCKA 1YTHA 5OZZA 4GJDA 5P02A 5P6NA 5KR8A 2XFKA 5P1WA 5P3LA 1MSMA 3PBZA 3O9IA 1FIVA 5P3GA 5P09A 1HVLA 5OZ6A 5P08A 5P4WA 4RCDA 3SPKA 5HDXA 5P28A 3OTSA 1W51A 5HTZA 3URLA 4MC2A 4CPTA 4H3GA 5P2DA 3LHGA 5DPZA 1FGCC 1HIVA 4Y3NA 5HD0A 3TL9A 3VYDA 3ZKQA 5P00A 2OHTA 5P4IA 3PCWA 4FL8A 4PEPA 3EMYA 2QNQA 2PK5A 5P29A 1D4HA 4Y4EA 1FF0C 4ZEAA 5P3VA 4DJQA 5P3JA 4Y5KA 1LYAB 5P3XA 2F81A 3MXDA 3QN8A 2WF3A 3IN4A 5OZVA 3UDNA 5P58A 4YCYA 1TSQA 5P55A 1GVWA 3BXSA 4HLAA 4AZYA 4DJPA 2JXRA 4GJ6A 5P0IA 3QAAA 3EM3A 2ASIA 5P85A 5P54A 5P0AA 2FMBA 1QBTA 3L59A 4Y4UA 3GI0A 2ZGAA 5DR1A 3NWXA 5KOQA 3S2OA 3URJA 3LPIA 2XYFA 3VV6A 3FNSA 3OADB 2O40A 5P8PA 1GNNA 5AH8A 5JODA 2V0ZC 3OXVA 4GJ9A 1ME6A 5P1DA 2ZHUA 4EJLA 5P26A 3NDUA 2IKUA 4I8WA 1ER8E 2QMGA 2V11C 4I0FA 3OXWA 5OZBA 4K4PA 4Y3GA 4HZTA 7HVPA 2NTRA 1MT8A 5P86A 3S56A 2B7FA 2HB2A 5OZYA 1AAQA 3TOHA 4CKUA 1ODYA 2PWCA 4J1FA 3NXEA 3O9HA 3K5DA 3SABA 4B05A 5P0VA 3EL4A 1QS8A 2ER0E 3VF5A 4FM8A 4RVJA 3O9AA 4J54A 3SM2A 2J9KA 3KFRA 4EXHA 5OZ0A 2A4FA 4B78A 3HZCA 5P5EA 1KJ4A 3SA7A 3CYWA 4K4QA 3LIVA 5OYZA 5ER1E 4Q1XA 1KJ7A 3OAGA 5P5WA 5P45A 5HE7A 3IGBA 3DJKA 5P6WA 4ZSPA 1BVGA 4DV9A 1HPSA 2VIZA 5P38A 2G20A 5P1PA 3VFBA 1B6MA 3SKFA 3UDYA 5P6JA 5P5FA 5P0LA 5OZ8A 5P4RA 4PZXA 3LNKA 3BVAA 3JVYA 4FRSA 1T3RA 4B0QA 4BELA 1M0BA 2P83A 2ER9E 4S1GA 5P69A 3OQAA 4AMTA 4YBFA 5P7FA 1YT9A 3GGXA 4GJ5A 5OYQA 4NJUA 3IVHA 5P3BA 5P10A 4Y4TA 3DV5A 3PEPA 4HVPA 2G94A 4Y3YA 5IVTA 3OU4A 5P4EA 1D4SA 3DUYA 3VYFA 5P8QA 1HPXA 1HTEA 5P3OA 2R5PA 5P5PA 3OUAA 1GVVA 1SGZA 3K1WA 3OK9A 4U7VA 4APEA 3GI5A 5P30A 2FDPA 2QU3A 1A8KA 3PSYA 1ZJ7A 1LZQA 5P5MA 5OZMA 3OUDA 3HVPA 4WY1A 5OYWA 4Y4XA 1SP5A 5P65A 5P8EA 4EP2A 4M8XA 4FE6A 2WHHA 5P66A 3VV8A 3I7EA 3O9LA 2VS2A 4F74A 3LPKA 1BBSA 5DGUA 2OHSA 4Y5CA 1EC3A 1FQ7A 4EQ0A 3H0BA 5B18A 1TCWA 2APRA 3UFLA 2HS1A 1W5VA 4QLHA 4RRSA 5P8GA 1BV7A 2BKTA 1RQ9A 2AODA 5P7YA 2QMFA 1FFFC 3CYXA 5HU1A 5P8SA 2I4XA 4GIDA 3FIVA 1YG9A 4CMSA 4DQGA 4YA8A 5HCTA 5P32A 2V16C 1MUIA 1YM4A 1C6ZA 5OZCA 2B42A 1FQXA 1EPNE 5OZOA 5P8CA 5P24A 4Y43A 2G22A 3PWRA 2G26A 3U7SA 3OQDA 4ACXA 1OHRA 1MT9A 2ZYEA 1WBMA 2VA5A 4L1AA 3BUHA 5P46A 3CIBA 5P6RA 3FV3A 3PB5A 1IIQA 5P6CA 5SY3A 5P52A 1KJFA 2ER7E 2HM1A 1UH9A 3L5BA 4QJ7A 5KAOA 4X7IA 3CKPA 4Y38A 3ECGA 3KN0A 2JJJA 2AOFA 4J1EA 3NU4A 3UDKA 5P1LA 3BUGA 1HTRB 4HEGA 3PI0A 5P39A 5KR1A 5I3VA 1HXBA 5P4ZA 3ZOVA 2HB4A 1Z8CA 1HTGA 2H6TA 3O9CA 2R3TA 3LINA 1W6IA 5P2EA 5P7PA 2JYSA 4R5NA 1CZIE 1HVKA 3L5FA 3PLDA 4NKKA 2PSVA 5P16A 4TRWA 3R0YA 3T7QA 3TKGA 3VSXA 4Y3SA 5P22A 2Q55A 2QI6A 1IZHA 4XXSA 2G1OA 5OZXA 2FGUA 3PWWA 5P1IA 4RROA 3SAAA 5P5JA 4M8YA 3NUOA 3PHVA 1MPPA 4Y3FA 2P3AA 4I8ZA 4YCTA 5P13A 4QJ9A 5OYXA 4LXKA 5P6AA 2AZ9A 5P7KA 5P7EA 3KFPA 4Y3ZA 5P0JA 1APUE 5OZ9A 2QI5A 5P0CA 1BAIA 4OBFA 2OF0A 3LIQA 4U7QA 2HPFA 5P5GA 3S43B 5HE4A 2PYMA 3IVIA 5P2AA 5P6LA 3ZLQA 5P6HA 1EPPE 1OEWA 4Y3WA 1A94A 1AVFA 4Y5GA 3N4LA 3SLZA 3NU6A 5P8MA 2FNTA 4KUPA 1M4HA 3OOZA 4NJTA 4WTUA 1HVIA 2QK5A 5P1RA 4I11A 1A9MA 3BHEA 5HDVA 5P4QA 6UPJA 4GMIA 3RTNA 1G6LA 3L5EA 5OZ5A 4H1EA 3O9FA 1PSAA 5P5UA 4ER4E 4LAPA 4Y35A 4BEKA 5AH9A 2G1SA 1XN2A 4Y5LA 5OZ2A 2BBBA 5COKA 1TZSA 1RV7A 1QDMA 3O99A 3OOTA 2V12C 3MSKA 3I2LA 1T7JA 5P2VA 1D4JA 2QHZA 1N49A 2QZLA 4Q1NA 2PH8A 1XN3A 5P5YA 3NDWA 5P5XA 4RYCA 4WY6A 4NJSA 3KA2A 5IE1A 2FLEA 4ZPEA 2ZHRA 3U6AA 1NPVA 4GJCA 1WBKA 3ST5A 5P0OA 3RTMA 5P8TA 3UFNA 5P76A 1GNOA 3NSHA 5P1FA 5P48A 2ZJKA 4TRYA 5T4SA 1K6TA 4ZE6A 1IDAA 5OZ7A 3RSXA 3TPRA 4RCFA 4RCEA 4KE0A 2AZBA 2F3EA 1ZTZA 2R8NA 5P2KA 5P35A 3I6OA 4J1KA 5P5NA 5P0YA 4Y5AA 1T6EX 2G21A 5P5BA 5P75A 3EKVA 3PMYA 1AIDA 4HA5A 3T11A 5HDZA 1TQFA 4TVGA 2ZJJA 4CPXA 1B6JA 5P4XA 1EC1A 4Q1YA 5P25A 3MSJA 3OU1A 3ZKMA 5OYRA 4OBZB 4Y53A 1HSIA 4FSLA 2P3BA 3D20A 5P0FA 5P2NA 4YD4A 3LIZA 1HVHA 2QNNA 4Y48A 4Y6MA 1KZKA 2IL2A 3QS1A 4K4RA 3INFA 3IXJA 4CPUA 4N00A 3D1XA 4Y3LA 5OYVA 4Z50A 5OZUA 5P6KA 4F75A 5P3TA 5P7VA 1HVCA 3OGQA 5E5KA 5P2CA 2Z4OA 1C6XA 3L38A 4ZSQA 3PRSA 5DQ1A 5P67A 4Y3EA 1ODWA 4U8WA 2OHNA 3BC4A 3OY4A 3SA6A 5P4GA 4OD9B 1RPIA 2BB9A 1HWRA 3IN3A 2A1EA 3Q70A 4NJVA 2BJUA 4YCKA 5J25A 2R9BA 1MRWA 4GJ7A 2NNKA 3VFAA 2F8GA 2CEJA 4J0YA 5P8UA 3QBHA 5SXNA 2ZHTA 5P0TA 4XX4A 3ZKNA 3EC0A 1ZSFA 3KMXA 4RVIA 2QMDA 3ZL7A 3RU1A 3SA5A 3IA9A 4Y58A 1E82E 1G35A 3NDXA 1K2CA 4A6BA 3HLOA 3DOXA 5P6TA 2PC0A 5FIVA 1BWAA 5P2ZA 5I70A 2BPYA 4Y47A 4DH6A 5EZXA 1GNMA 2I4WA 2AVMA 5P8IA 3CKRA 1MERA 5P8DA 2Q5KA 4Y3TA 3Q5HA 5P8NA 2I4QA 3FSMA 5P15A 1G0VA 1W6HA 4DQCA 1K6VA 5P7ZA 2XYEA 3UCBA 1IVPA 5P6OA 4DQBA 5P5KA 5P7UA 1HVRA 1MIQA 4ZLSA 2RMPA 3OUCA 4Q5MA 2NPHA 1IZIA 3LZUA 5P44A 5P4UA 5P1TA 2HC0A 5P3HA 4EQJA 4YOAA 2QZKA 3K4VC 5P4AA 3RSVA 4EJKA 1W5WA 3GI4A 5DQCA 3UDPA 3UHLA 4B00A 3INEA 3NLSA 5P5CA 1FMUA 1YX9A 1DIFA 1MT7A 5C9DA 3NU9A 4Y3AA 2VJ7A 3LIYA 1HXWA 2VNNA 3TNEA 3CMSA 3PWMA 1LS5A 2NNPA 3HBOA 1SBGA 4Y4ZA 5HCOA 1EBZA 5P5AA 5OZGA 5P2OA 3KMYA 4Y5NA 5P2FA 3O9BA 5PEPA 2AVSA 2FXDA 2F80A 5OZNA 5P2SA 5OZIA 2WEDA 2VKMA 5P1AA 1HEFE 5P3SA 3K5CA 1FMBA 1RNEA 5P4BA 4Y45A 3HDKA 5P74A 5P62A 2Q64A 3KDDA 2V00A 1WKRA 5P41A 2F3FA 5P1VA 1HIIA 1K1UA 4J5JA 3UDRA 5P87A 5ENKA 4CP7A 4IVTA 4Y36A 1RL8A 6APRE 5OZHA 1CPIA 5P0BA 4FAEA 5P6BA 2BKSA 2ZHSA 2AOCA 2NXLA 4B1CA 4CPRA 4EP3A 4EWOA 3VCMA 3TLHA 5P5QA 4DQFA 5P7LA 4EJ8A 1M43A 5P7MA 1BWBA 1SIPA 2ANLA 3NWQA 5P78A 2ER6E 1Z1RA 3WB5A 5P7JA 3KYRA 4RYGA 1BVEA 5P4CA 2O4NA 4ZSRA 1SDVA 5P2MA 5COOA 2PWRA 5OZPA 3OAGB 3ZPUA 3UQUA 5P6ZA 3TPLA 1QBRA 4LHHA 3VEUA 1HPVA 3AIDA 5P5OA 5P0XA 1GVUA 1MESA 4RLDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OXX A;  4Y9W A;  1IBQ A;  3IXK A;  3T7X A;  2QP8 A;  2UPJ A;  4YD7 A;  5OZS A;  4DFG A;  5I3W A;  5P0W A;  1C6Y A;  1D4L A;  1EPR E;  2CEM A;  3QRO A;  3S7M A;  4Y41 A;  1HOS A;  5P1O A;  5P1Z A;  1ZPA A;  5P3Q A;  3UTL A;  3EKW A;  5OZL A;  4ZPF A;  3UF3 A;  3PM4 A;  5OYU A;  2SAM A;  5P05 A;  3WZ6 A;  3R0W A;  2EWY A;  3PBD A;  5P4L A;  2NXD A;  4GB2 A;  4I0D A;  5P53 A;  5OZE A;  4GJ8 A;  1HVS A;  3O9D A;  4YOB A;  5P59 A;  2QI3 A;  1ENT E;  1ZAP A;  5P4T A;  5SY2 A;  4ZIP A;  2RKG A;  2VIY A;  1EPO E;  5P7Q A;  2QZW A;  2UXZ A;  3LZV A;  5C9F A;  5HDU A;  1PSO E;  4XKX A;  3S43 A;  5P4N A;  2PK6 A;  3BUF A;  4KE1 A;  5AGZ A;  5P1X A;  2QCI A;  4Y37 A;  5P72 A;  5ISJ A;  5BRY A;  1YM2 A;  2CEN A;  4MC9 A;  3L58 A;  4QJ2 A;  4D83 A;  4Y4G A;  2WF1 A;  5P3N A;  5P6G A;  4ZSM A;  4FM7 A;  4CPW A;  1BXO A;  3EL1 A;  5P31 A;  2R38 A;  1Z1H A;  4Y3R A;  4I1C A;  5OZT A;  4Y56 A;  1UH7 A;  3OU3 A;  4D88 A;  5C9B A;  3D91 A;  5P40 A;  5P3I A;  1APW E;  5CLM A;  4D8C A;  5P0N A;  5P3E A;  3RVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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