2APRA

Structure and refinement at 1.8 angstroms resolution of the aspartic proteinase from rhizopus chinensis
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
AGVGTVPMTDYGNDIEYYGQVTIGTPGKKFNLDFDTGSSDLWIASTLCTNCGSGQTKYDPNQSSTYQADGRTWSISYGDGSSASGILAKDNVNLGGLLIKGQTIELAKREAASFASGPNDGLLGLGFDTITTVRGVKTPMDNLISQGLISRPIFGVYLGKAKNGGGGEYIFGGYDSTKFKGSLTTVPIDNSRGWWGITVDRATVGTSTVASSFDGILDTGTTLLILPNNIAASVARAYGASDNGDGTYTISCDTSAFKPLVFSINGASFQVSPDSLVFEEFQGQCIAGFGYGNWGFAIIGDTFLKNNYVVFNQGVPEVQIAPVAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and refinement at 1.8 A resolution of the aspartic proteinase from Rhizopus chinensis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RHIZOPUSPEPSIN
molecule tags Hydrolase (aspartic proteinase)
source organism Rhizopus microsporus var. chinensis
total genus 92
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 3.4.23.21: Rhizopuspepsin.
pdb deposition date 1987-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aprA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aprA02
2WEBA 2F3EA 1DIFA 5P86A 3R2FA 3IXJA 5OZWA 1D4SA 4CPTA 2Q55A 3OU3A 2O40A 4F73A 5KQZA 2VS2A 2B7ZA 1RPIA 3KDDA 1GNOA 9HVPA 2QMPA 2VIJA 4Y3LA 3L59A 3BVAA 3VV8A 2WEDA 1SDVA 5P0IA 3OU4A 2RKFA 5P10A 4Y3NA 1BWBA 4B1DA 4Y47A 4K4PA 2HS2A 3SO9A 1LS5A 4Y3HA 4NPTA 1GNNA 5OZ6A 4EJLA 3KMYA 3VEUA 1C6XA 2NTRA 5P04A 1BVEA 5OYWA 5P3MA 5COPA 4JOOA 4NJSA 5OZPA 4H3GA 3PWRA 2UPJA 4Y5LA 3FIVA 1VIJA 2ZHTA 2ZHVA 3VLBA 4J0PA 4Y3QA 5AH6A 4J1HA 5P7IA 5P3UA 5P1PA 2F81A 1MT9A 5P73A 3L5CA 3OQ7A 5P41A 5P2DA 1K6CA 1HPXA 5P5EA 4FM8A 5P03A 5HDXA 3SM1A 2NXLA 5P0EA 4LXKA 3O9DA 1BXOA 2XFKA 4HEGA 5OZVA 4RCDA 1C70A 3IGBA 1HVRA 3I25A 5P0YA 5P0BA 5P29A 2FGVA 4EQJA 4Z50A 4HDFA 2ZYEA 2ZJJA 4ZEAA 2NPHA 4F76A 1B6LA 1HRNA 3C9XA 5P0FA 4NJTA 2P3BA 5P4SA 1K2CA 5P6FA 1LF2A 2CENA 4Q5MA 4RVJA 5OZCA 3OTYA 2QD6A 3FNSA 4Y3SA 3OAGB 5P38A 3UDJA 5P5RA 2ASIA 5OZIA 5P3ZA 1IBQA 3PEPA 1BBSA 3OUBA 3UF3A 1OD1A 1C6YA 4EXHA 5P0XA 4OBGA 2OHRA 2G69A 3BUFA 1EBYA 4Y4JA 4DJQA 1AIDA 3FNTA 3IN4A 3IXKA 4MC1A 1ENTE 1GNMA 4R93A 2OHQA 4Q1YA 2ZJMA 5P5IA 5P5DA 2FNSA 4TRYA 4HE9A 3O9AA 5P2KA 5P2FA 5P42A 5TOLA 5AHAA 4NKKA 3TOGA 1LYBB 2QI0A 3TPJA 5P8LA 5KQXA 5IVTA 2G21A 3MXDA 2I1AA 2FS4A 3GI6A 4FSLA 4YD3A 4WTUA 5P30A 5JFPA 5OZBA 2QU2A 1ZSFA 4HA5A 5P1YA 3UQPA 4Y3TA 5P0DA 5P4CA 3RVIA 5OZ8A 2V12C 4I0FA 4R92A 5P16A 5P6DA 2IS0A 2HM1A 5P2EA 3GGVA 3D3TA 3L3AA 4FM7A 5P2QA 4DJPA 1HXWA 5P6HA 1TSUA 3EL4A 1YTGA 1ZLFA 5P4TA 5T4SA 5P2IA 1GVWA 5P4BA 5P3TA 3NXNA 3T7PA 1HVHA 5HDUA 3HLOA 1FB7A 1F34A 2AOHA 2QHCA 3SA3A 5P31A 5P6KA 3S43A 5P15A 5P6LA 5P4FA 5P50A 2VJ6A 5P8AA 3WZ7A 1APWE 1JLDA 2ZHUA 3CYWA 2A4FA 5P0KA 5P5CA 4DV9A 5P05A 5P0ZA 5P6MA 4F74A 3OOZA 2QZXA 4NPUA 3AUPA 6FIVA 5P3YA 4ER2E 2AVMA 3MWSA 1EBWA 2QK5A 3SA6A 4HDBA 2WHHA 3CKPA 3VV6A 5P55A 4B1CA 1CZIE 4L7JA 1EPME 2OHNA 3GGUA 5I3YA 4FAFA 4Y45A 4GMIA 5P4RA 5P0VA 3DOXA 5P3EA 2PSVA 5P7FA 4BEKA 1TCXA 3NR6A 3O9CA 1T3RA 2IGYA 5P6YA 3T3CA 3LPJA 5OYTA 5P8CA 3PBZA 2H6TA 1FG8C 3SA9A 3N3IA 1FMBA 1GVXA 5P1KA 5B18A 5P1HA 5P0SA 5P3SA 1PROA 1Q9PA 1T6EX 3R1GB 3UDQA 3ZPSA 2QNPA 5OZTA 3UQXA 4EWOA 3SLZA 4K9HA 1D4JA 2I4UA 2ZHSA 1HVCA 5P5OA 3HD8A 1KJGA 1SGUA 4F75A 3K5GA 5P7ZA 1ZBGA 2Q3KA 4Y44A 4Y39A 1EPNE 2AOJA 1GVTA 5I3XA 3BUHA 2WKZA 1MESA 1YG9A 2FXDA 4OD9B 1PSNA 3OOTA 4LC7A 5P34A 5P6CA 3ZMGA 5P2NA 1K6PA 4Y43A 4OBHA 5KR0A 5OZXA 2R3TA 2NXDA 5OZNA 2ER9E 1FGCC 1OEXA 4L7GA 5P4PA 4H3JA 5P7LA 4DQFA 5KR8A 1ZP8A 4Y41A 1APTE 3KM4A 3K5CA 5P27A 1YT9A 5P5PA 3K1WA 3ZKSA 5P57A 1HTGA 3KFSA 4RVIA 1PFZA 1HVSA 4Y5MA 1E81E 4FSEA 1M0BA 5P4VA 3GI5A 5SY3A 3G6ZA 1ODYA 5P0GA 4CPRA 1G0VA 3S7LA 3PCWA 2QMDA 3EL1A 5P0QA 5OYUA 2FIVA 3IXOA 5HE7A 4COEA 1FQ4A 1HPOA 5APRE 5P6IA 4RYCA 4NJVA 1W5YA 1UH9A 5KOSA 1ZTZA 3SM2A 1IDBA 1GVUA 3BXRA 5P19A 5P26A 3DCKA 3EKVA 4YDFA 4CPUA 5EZXA 1G6LA 3DCRA 3NU5A 2HB3A 3NSHA 3EL5A 4EJ8A 2P8HA 5P2BA 2ER6E 1HXBA 2BKSA 4PZWA 3CKTA 3QIHA 1K2BA 1QS8A 5DGWA 2JYSA 1RV7A 3OQAA 5P48A 1ODXA 5P09A 4Y5NA 1QBSA 4RVXA 4Y3PA 5P13A 5P4EA 2P3BB 3KYRA 1EPQE 3R4BA 5DR4A 2Q54A 1EEDP 7HVPA 3PJ6A 2VA7A 4J55A 1FQ6A 5P7KA 2G1NA 2F80A 3QVIA 4BELA 3IN3A 1DPJA 2P3DA 3PCZA 1FLHA 3OUCA 4QJ9A 3UDNA 3OGPA 5P4KA 5P1VA 3UDMA 1E82E 5COKA 2BJUA 4Y56A 3SFCA 5P8IA 5P5TA 1ZPKA 2G1YA 4A4QA 5P80A 5P8VA 4ZLSA 3O99A 5DQ5A 4Y4BA 2G24A 2I4VA 1U8GA 5F01A 5P12A 5P8BA 4B0QA 5KAOA 2G27A 5OZSA 4DJOA 4Y4AA 2J9JA 2WF3A 4Y5PA 2V16C 4DPIA 5P83A 5P7DA 2AZCA 2AOEA 5P7TA 1HVIA 1BAIA 2VA6A 1YM4A 3TH9A 5HVPA 2VNMA 4IVSA 5P4DA 5P0HA 5P0WA 1HPVA 1PPLE 4I0HA 1Z1HA 2IRZA 4CPQA 1YX9A 3S53A 3KFNA 4RCFA 5P6WA 2BKTA 3S43B 2UY0A 5OYZA 2BQVA 3TLHA 1AM5A 4PZXA 5P44A 5P02A 2WJOA 5SZ9A 5P77A 1OHRA 1W6IA 3OY4A 5DR8A 3MSJA 3LPKA 4LXAA 5P8KA 1M4HA 5P74A 3LIVA 4U7QA 4DJYA 3JVWA 2Z54A 1RQ9A 5P2CA 3NU9A 5P71A 5P7JA 2R5QA 4YD7A 2AOFA 3TPRA 4BFBA 2Q64A 5AH9A 3KT5A 5P1SA 1G2KA 3UCBA 5P7UA 1W5XA 5P1XA 5P3FA 2QHZA 3OXVA 5BS4A 3ZL7A 3O9BA 2OHUA 5P4LA 3HDKA 2B8LA 1SMEA 1KJHA 4QJ2A 5P7XA 3WB4A 3URIA 4GJCA 3LZUA 4TRZA 5P06A 3G70A 3VF7A 4NJUA 1QBRA 1B6JA 5P76A 5HCTA 4YA8A 3ZPUA 2IQGA 3GI4A 5J25A 1LEEA 1XE6A 1SDTA 5P2ZA 1DAZC 3UFNA 5P1NA 1CPIA 4J1KA 5P1BA 5IVQA 5P1UA 3MSLA 5P1LA 5P65A 4D83A 1E5OE 3K5FA 3B80A 5OZ5A 5DPZA 5P3AA 4YD6A 2FLEA 1LYAA 1YTJA 2H6SA 1NPAA 5AH7A 4H3IA 5P3WA 3QP0A 2FDPA 4Y9WA 5P2AA 3S2OA 4I0IA 4ZSPA 1UH8A 2FGUA 4B00A 5P87A 3IVIA 3PMUA 3VSWA 5OZMA 3SA8A 5OYVA 4M8YA 2V13A 3QI1A 4GJAA 4RRNA 5P3DA 1D4IA 4YD5A 4GJ5A 3S54A 2NMZA 5P5BA 1EC1A 3HVPA 4TRWA 3URJA 2Q63A 4H3FA 4QJ7A 5P7HA 3SKGA 5P22A 4ZSRA 2V10C 4L1AA 3OUDA 3PSGA 4H1EA 5HU0A 2OHSA 4FRJA 3VF5A 4DJXA 5DR1A 3BUGA 2IENA 3QAAA 4FRIA 2V0ZC 3HAUA 4Y50A 2PWRA 4Y4UA 5P4XA 5C9BA 3PHVA 5HDVA 1UH7A 2ZJKA 2CEJA 3LZYA 5OYSA 4Y5BA 3PLDA 3EKQA 5P69A 4OBDA 3T11A 3PLLA 4GJ6A 5P8OA 5P8QA 4Y4EA 4RRSA 5P7MA 1GKTA 2PSUA 4XXSA 4R8YA 1ME6A 1FQ7A 3RTHA 5P67A 4ZPFA 2SAMA 4Y3MA 4DQGA 4PHVA 5P8EA 5OYXA 5F00A 3WSJA 4FS4A 5OZ3A 3KDBA 2IKUA 2ZGAA 4Y35A 5P2HA 3SAAA 2PYMA 3ZLQA 5OZ1A 5P1WA 3RTMA 1BDLA 2BPWA 2I4QA 5UPJA 5JFUA 5P4MA 3S7MA 2WF2A 1W5WA 1MSMA 5CONA 5P66A 5P6NA 5P43A 1HEGE 4LBTA 4J0VA 4LL3A 5HD0A 5P60A 1EC0A 5P4QA 5P1FA 1EPOE 5P3BA 1FMXA 5P7NA 4X2LA 5P2YA 5DGUA 5IVRA 2R3WA 3OXWA 2G1SA 3TL9A 3KMXA 4LXMA 1FKNA 5P5WA 1MSNA 4I0GA 5P6ZA 2HAHA 1MTBA 3LZSA 1BXQA 3H5BA 5I70A 3QPJA 3SABA 4Y38A 5DQ4A 4MC2A 5P07A 4N00A 4AMTA 5P2XA 3D1YA 4J1IA 4Q1NA 1HIIA 2B8VA 1F7AA 2WF4A 2AVSA 3HVGA 3JW2A 4Y4ZA 5C9FA 4DUSA 5P0PA 4Y53A 5P4NA 1EBZA 2F8GA 3A2OA 3KFRA 3LINA 4YBFA 4EHCA 4Y58A 3T7XA 2J9JB 2AZ8A 1PSOE 4Y3EA 3Q6YA 5P8HA 3I8WA 2FNTA 5P1IA 5ENKA 1MERA 1IDAA 3T6IA 3URLA 1FFIC 4D85A 3SKFA 1XS7D 5P7CA 5P7SA 1B6KA 2I0DA 2AOCA 4J1EA 5SXNA 3GGAA 3FNUA 5P6PA 4EQ0A 2QCIA 4FIVA 2AOIA 1XL5A 5P0LA 3BGBA 3S85A 2VIEA 3NWXA 4Y3ZA 2QI6A 1SGZA 1FQ5A 3BVBA 4WY1A 5P3RA 3Q70A 2WEAA 2PYNA 3VCMA 2Q15A 1BWAA 3WZ6A 4L7HA 1HOSA 3QRVA 1WKRA 2AZ9A 1HWRA 4YBIA 1IIQA 1PPME 5P51A 3NUJA 4GIDA 4Y6MA 3DJKA 5P3IA 5P0UA 5HE5A 5I3VA 1EAGA 3UDYA 4B1EA 5OZAA 2AVQA 4R5NA 5P8SA 4J54A 3NYGA 2QZLA 5OZ4A 3SACA 4LHHA 5OZOA 4YE3A 1Z1RA 4CPSA 3SQFA 4Y3RA 5IS4A 5P3OA 2R9BA 2V11C 5OZJA 3QS1A 4PEPA 4FL8A 3UPJA 4GB2A 4I0EA 5P8RA 2JJIA 5P3NA 4TVHA 1HIVA 2FDEA 3D91A 4HVPA 3SPKA 5OZHA 2P3CA 3LPIA 4D89A 3L5BA 1T7IA 3DV1A 2QI7A 3Q4BA 4ZIPA 5C9DA 5DQCA 1LF3A 2P3AA 5SY2A 3OU4B 2HPEA 3SA7A 2BPXA 2PWCA 1LV1A 1C6ZA 3ZKIA 5P58A 4OBKA 3SA5A 5KOQA 3CIBA 3NUOA 1RL8A 4CPWA 5ISJA 5P33A 3UDKA 5P1DA 3VSXA 2ZE1A 4B72A 5P32A 3OK9A 4ZSMA 5P37A 2RMPA 1B6PA 5P3JA 3O9HA 3S8IA 5P8NA 3MXEA 5OZRA 5P14A 5P7BA 1AJXA 4KB9A 4Y51A 1W6HA 1XDHA 2RKGA 5OZEA 1ZAPA 3LITA 4Y4TA 3T7QA 1CMSA 1HHPA 3CKRA 5ENMA 4PPHA 5P54A 5IE1A 1LYBA 5COOA 5P7RA 1QBUA 3RTNA 5P1EA 1KJFA 1RNEA 4Y3GA 2QHYA 3L5FA 4FCOA 4Y3XA 3KN0A 2ZDZA 4CP7A 4B05A 5P17A 3I2LA 5HCOA 4L1AB 2WL0A 3OUDB 4MC6A 4QJ6A 5P72A 2XYEA 3BC4A 4XX3A 3QBHA 4B78A 1D4YA 1A9MA 1XE5A 1N49A 5OZUA 5P84A 1K6VA 4HDPA 1D4KA 1E80E 5P7OA 3QRMA 3N4LA 5P7PA 3R0WA 5P1GA 5P5LA 4DJRA 4IVTA 1LYWA 2V00A 2AOGA 2HB4A 4EP3A 1HSGA 2G94A 4GJ7A 3D1ZA 5P5UA 5P2RA 4DQBA 2P83A 4FAEA 2AVOA 1MTRA 4J1CA 4FRSA 3D20A 1B5FA 2Q5KA 1FQ8A 1QBTA 4JPCA 5OZZA 1APVE 1EC3A 3U6AA 1BV9A 5P8JA 1HSHA 3S45A 2NNKA 5P6BA 5KQYA 2J9KA 3HBOA 1MUIA 1A8GA 3O9LA 5P0MA 4U7VA 5P1RA 5P3PA 1AJVA 4RYGA 3ER5E 2ZJNA 5P6EA 5P89A 5PEPA 2I4WA 3G72A 2OHPA 2OHLA 2IDWA 1YM2A 4I8ZA 2NR6A 5OZGA 5DR3A 2JJJA 2XFJA 4K4RA 4I0ZA 4AZYA 4KE1A 3EMYA 5P82A 3MSKA 5OZDA 5OYRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WEB A;  2F3E A;  1DIF A;  5P86 A;  3R2F A;  3IXJ A;  5OZW A;  1D4S A;  4CPT A;  2Q55 A;  3OU3 A;  2O40 A;  4F73 A;  5KQZ A;  2VS2 A;  2B7Z A;  1RPI A;  3KDD A;  1GNO A;  9HVP A;  2QMP A;  2VIJ A;  4Y3L A;  3L59 A;  3BVA A;  3VV8 A;  2WED A;  1SDV A;  5P0I A;  3OU4 A;  2RKF A;  5P10 A;  4Y3N A;  1BWB A;  4B1D A;  4Y47 A;  4K4P A;  2HS2 A;  3SO9 A;  1LS5 A;  4Y3H A;  4NPT A;  1GNN A;  5OZ6 A;  4EJL A;  3KMY A;  3VEU A;  1C6X A;  2NTR A;  5P04 A;  1BVE A;  5OYW A;  5P3M A;  5COP A;  4JOO A;  4NJS A;  5OZP A;  4H3G A;  3PWR A;  2UPJ A;  4Y5L A;  3FIV A;  1VIJ A;  2ZHT A;  2ZHV A;  3VLB A;  4J0P A;  4Y3Q A;  5AH6 A;  4J1H A;  5P7I A;  5P3U A;  5P1P A;  2F81 A;  1MT9 A;  5P73 A;  3L5C A;  3OQ7 A;  5P41 A;  5P2D A;  1K6C A;  1HPX A;  5P5E A;  4FM8 A;  5P03 A;  5HDX A;  3SM1 A;  2NXL A;  5P0E A;  4LXK A;  3O9D A;  1BXO A;  2XFK A;  4HEG A;  5OZV A;  4RCD A;  1C70 A;  3IGB A;  1HVR A;  3I25 A;  5P0Y A;  5P0B A;  5P29 A;  2FGV A;  4EQJ A;  4Z50 A;  4HDF A;  2ZYE A;  2ZJJ A;  4ZEA A;  2NPH A;  4F76 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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