2AVOA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALIDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avoA00
4Y5KA 5P1IA 2P3BB 2QMPA 5APRE 1RPIA 1UH8A 5P20A 3PGIA 3OAGA 2AOIA 3L38A 2QZXA 2BPXA 4K4RA 5P0EA 1SDTA 5T4SA 1T7KA 3S7MA 4KE1A 5P0WA 5COKA 4Y3FA 2VNNA 1XE5A 3LZYA 3WZ8A 3GI0A 1FEJC 3BGCA 4Y51A 1F34A 5P6NA 1NPAA 1SBGA 3S85A 5P03A 5P7MA 2UXZA 5P5HA 3PSUA 5P5VA 1EC1A 4F74A 3ER5E 1MT9A 2AZ9A 2AVQA 5P5UA 5P67A 1APWE 3OOTA 4X7IA 3GI5A 3I7EA 1YM4A 4RVIA 4Y3DA 3SKGA 2BPYA 1FFFC 1EPQE 2ZHTA 1EBYA 3OOZA 4NKKA 3NXNA 5P62A 3UCBA 5DR1A 5P68A 3ER3E 3GGVA 3TPRA 5AHAA 2FXEA 5P4PA 5P16A 2AZBA 4LL3A 1BVGA 3PWWA 4DQHA 5OYQA 2QI3A 3SA3A 1TW7A 5P54A 5KOQA 5OZ9A 5P2DA 5P3NA 4PEPA 5P14A 2J9JA 4CPRA 4GJ6A 1MVPA 2NXDA 1C6XA 2XFJA 2V00A 4QJ2A 4Y3PA 3U7SA 5P5KA 1E82E 4FM6A 3RTMA 1MIQA 5JFPA 2EWYA 2G1RA 3MWSA 4LHHA 1FG6C 1DP5A 3R4BA 2O4LA 2FGUA 1B5FB 5OZIA 2JXRA 3ZOVA 4HVPA 5P85A 3SA4A 5P1LA 5OZQA 3IVHA 3MSJA 1EPNE 4TVHA 2O40A 1MTBA 1XDHA 5ISJA 1W51A 2QMGA 5OYWA 1D4JA 5P4DA 4KE0A 5P8IA 7UPJA 1WBKA 4PPHA 5P6ZA 4LC7A 2QI1A 4Y5CA 5P4WA 2B8VA 3KA2A 2R43A 5OZTA 3IAWA 4Y56A 5P6AA 3SPKA 3VG1A 1UPJA 2WKZA 4FRIA 5BS4A 4ZPEA 3VSXA 3UDHA 1FIVA 3UQXA 2WF2A 3LHGA 5P8DA 4E43A 4A6BA 1XN3A 3EL1A 3PSYA 4QJ7A 3T11A 2NXMA 5E5JA 5P70A 2JJJA 1K6PA 2R38A 4Q1WA 4Y3ZA 1FKNA 5P6UA 5P4XA 1FG8C 4GJCA 5P38A 1YTIA 2ZHUA 4N00A 5P4IA 3NSHA 4RCDA 4Y3YA 5P2VA 3LIVA 5P09A 4DQGA 1HXBA 5P2YA 2XYFA 2IS0A 4FS4A 4OBZB 3I6OA 5P01A 4Y4EA 2HIZA 4GMIA 1BWBA 1FFIC 5P4AA 3VUCA 5OZAA 4YE3A 2MIPA 5P3YA 5P6TA 1Z8CA 5P3QA 5EZZA 4MC2A 5P49A 3MXEA 5P7IA 1K2CA 4J1CA 2PK5A 2P8HA 3NDTA 3Q6YA 2BPWA 5P6KA 3OQAA 1J71A 3NUOA 3OU4B 1GNNA 5P06A 1OEWA 1Z1HA 3U6AA 1A9MA 5P58A 3TPLA 1W6HA 2JJIA 3EL9A 1EC0A 5P47A 4D8CA 5P8KA 2V0ZC 5P40A 3T7QA 2QU2A 5P1NA 3PBDA 5P1AA 2F8GA 4DUSA 4Y3TA 4L1AB 5P48A 4F73A 3I2LA 4ZSQA 2PMAA 4J0ZA 4H3FA 2OHPA 2O4SA 3EL0A 3K4VC 2ZHSA 1OEXA 1A8KA 1KJHA 4I0EA 3FIVA 3OTSA 3K5DA 3NU6A 4Y45A 1IZEA 5P6DA 4RYCA 5P3IA 3NR6A 3NWXA 2R5PA 4GJ9A 2RKGA 1JLDA 1MEUA 3UPJA 2VNMA 1MSNA 1HTRB 5P0VA 5P28A 1M4HA 5P1ZA 4RVJA 1T6EX 4AZYA 2IGYA 3CICA 3LPJA 3UDPA 4DJYA 4GJ7A 4Y4DA 1HEGE 4I0DA 2QD7A 3AIDA 5DR3A 5P35A 5OZ8A 3OXVA 1SP5A 4CMSA 1SMEA 3ZKXA 3UTLA 1ZTZA 6UPJA 3B80A 5P3JA 2QZWA 4Y6MA 4Y36A 1T6GA 3VYEA 4OC6B 5P3XA 3SFCA 5I3XA 3DCRA 4RGHA 4YD4A 3G70A 1A30A 3DV5A 5OYRA 1F7AA 4I0HA 2VA6A 5P36A 5P71A 5ENMA 2IEOA 5P1FA 5OZUA 5OZWA 2ZYEA 3PCZA 5ISKA 1ODYA 4DPIA 3TKGA 3TTPA 5HCTA 4Q1NA 5IVTA 1IBQA 2HPFA 3MSKA 4FCOA 3R1GB 2HPEA 5P1BA 5P6YA 4Z50A 3R2FA 4YCTA 3IA9A 1BIMA 5OYXA 1HOSA 3DCKA 4HLAA 4NPUA 1GVUA 5P1KA 1LF3A 1K1UA 5P31A 3O9FA 1HPVA 4CPXA 5P3SA 4B00A 2WF1A 3T7XA 1K2BA 7HVPA 5P6WA 3K4VA 5P2LA 1VIJA 5P88A 2BQVA 2I4WA 5P0HA 2Q64A 3UDNA 4YD3A 3UQUA 4J0TA 3OADA 4J55A 5P2NA 2WEAA 1NPVA 5OZGA 5P5FA 5P4RA 3GI6A 3EL4A 5HVPA 3Q5HA 4U8WA 4Y4GA 3VYDA 5P4VA 5HCOA 4Y4ZA 1HVRA 3QVIA 4Y3WA 3QRMA 5P5XA 3OK9A 4DJPA 3APRE 1HSHA 4NJVA 4ER2E 5P4KA 5KOSA 1LYBB 3EKVA 4XX3A 4HZTA 5P5JA 1XL2A 5P6LA 4PHVA 3IXKA 4LXKA 1DPJA 3INDA 5P39A 5P3OA 1FGCC 4APEA 1Q9PA 2IDWA 3URIA 3Q3TA 1EPME 4B1EA 3DUYA 5P02A 5P25A 5P5YA 5P8GA 5P6JA 2F3KA 2O4PA 3GGXA 5P4QA 2HM1A 2Q63A 4F75A 1HVIA 4IVTA 3VLAA 5DR0A 4EPJA 4Y3LA 3L5CA 3NDXA 2V12C 2AVOA 2RENA 1QBSA 1XN2A 5P7TA 3ZKIA 2R3WA 2G21A 2ZJNA 4H1EA 5ENKA 2V13A 3HBOA 5HE4A 1GNOA 3EMYA 3KYRA 1WKRA 5P82A 3C9XA 3ST5A 3SACA 5P3WA 4YD7A 1MPPA 5P3DA 3S43B 2R5QA 5P83A 1YTHA 4FLGA 1PFZA 5P8EA 4CPUA 1FLHA 4I0FA 5P5SA 5P07A 5P3RA 5P0XA 4B72A 4FIVA 4YDGA 4R91A 2F3FA 3FV3A 4Y4WA 1QDMA 3D1YA 2PSVA 2IL2A 3I25A 4B70A 5OZFA 3VYFA 1GVTA 5OYVA 3QPJA 5OZLA 2V16C 1NPWA 5P1HA 3S45A 3O9IA 3L5FA 3NWQA 3BUHA 4Y44A 5P05A 3NU4A 5SY2A 5P1PA 2HB3A 5P34A 5P42A 1BBSA 2AVMA 2O4KA 4Y3MA 3QIHA 1BV9A 1HSGA 3UFNA 2FLEA 3SA6A 4Y3AA 4Y3XA 2G20A 3S56A 1HVSA 2VJ7A 5B18A 3PBZA 4D85A 3TL9A 2HB4A 5P8SA 3OUDA 5C9BA 4I0GA 3N3IA 1MRWA 2PYNA 5P7HA 4OBFA 4Y35A 1GNMA 4OBKA 2Q54A 5PEPA 4ZEAA 2WHHA 5HDZA 3OUCA 5P3BA 4JPCA 4CPWA 2PQZA 5P4MA 4DFGA 4WTUA 1FMXA 4LXMA 3TPJA 3NLSA 1FQ8A 2P3AA 1IVQA 3LZSA 4Y5NA 1IDAA 3NDUA 2VJ9A 4GJ5A 5JFUA 4OBJA 4HEGA 3VF5A 3NU3A 1K6VA 5DPZA 5P6HA 4H3IA 2NNKA 2QI6A 5P4JA 4ZSRA 4DH6A 3QI1A 2NXLA 1G2KA 3EKYA 5EZXA 5P3LA 2OHRA 2HC0A 5P2UA 4EXHA 4CPSA 5P2OA 1VIKA 2B8LA 4DI2A 5P08A 4EJ8A 5DQCA 5P45A 2QNNA 1OD1A 2VKMA 2R9BA 1TSQA 2P3BA 4J1HA 5CLMA 5P43A 1QBRA 2Q15A 5P7GA 4Y3QA 3T6IA 3L5DA 4RRNA 2OAHA 3QROA 2Q5KA 1RL8A 2J9KA 1EC2A 2G26A 2G1OA 5P6OA 5P1MA 3ZPUA 2OHQA 2OHMA 5P8AA 1LYWB 4Y3HA 1E81E 3WB4A 1HVCA 4Y57A 1SGUA 3PB5A 5P8UA 2ER9E 4BEKA 4FSEA 3VFAA 5P6BA 5P2GA 5P4GA 5P2MA 2AOEA 4ZSMA 5I3YA 3ZKNA 4S1GA 1HEFE 5P5PA 4QJ8A 2G69A 3OGPA 2CEMA 5P5TA 3ZMGA 3RTHA 4JP9A 3TOFA 4L6BA 2CEJA 3IN4A 5P75A 2I4QA 5P0CA 2R3TA 3QBHA 4QJ9A 3HAUA 3CIDA 2NMZA 5P6FA 1SMRA 4HDFA 2NPHA 5JG1A 4UPJA 1KZKA 5P59A 3UDMA 4FRSA 4OD9B 2VA5A 4MC6A 2G22A 1HVHA 2OHKA 1SGZA 3O9HA 2FNSA 4J1FA 1EPRE 5OZHA 5F00A 5KAOA 5P15A 4J54A 3LIYA 4J0PA 2QI7A 5P04A 1D4HA 2AZCA 1B5FA 3T3CA 3TOHA 1TQFA 1B11A 3TNEA 4B05A 1HXWA 2UY0A 5P5OA 3VF3A 4TRYA 5P52A 5SY3A 3KFPA 4AA8A 1LYAA 2R8NA 1MTRA 3ZKMA 3PI0A 4KUPA 4I0ZA 4X2LA 5P7XA 3OQ7A 4DJQA 4J1EA 3VV7A 3OUBA 1QS8A 1KJ4A 2QI5A 4NPTA 3KDCA 1W5XA 5P2WA 2PK6A 3RTNA 3ZKQA 2VJ6A 1E5OE 3SA9A 1M43A 2QZKA 4Y43A 4Y4TA 3LIQA 5HU1A 5P0YA 5P0KA 1YG9A 5P1JA 2Q3KA 5P4LA 3N4LA 1W5WA 5P8MA 5P8NA 5OZXA 3VV6A 3IGBA 3EM3A 1G6LA 3LZVA 4Y4BA 3S54A 3UDRA 4EHCA 2AVSA 4TRWA 1W5VA 2FNTA 1AJXA 3FNTA 4Y9WA 2BPZA 2IENA 5P18A 2VIZA 1SDVA 4H3JA 5OZKA 1PSOE 5P66A 1BDRA 5OZCA 1K6CA 3OQFA 5P1YA 3PVKA 2ZE1A 5HDVA 1RQ9A 5P1XA 3JVWA 4I1CA 2QCIA 4B0QA 4J1KA 3D1ZA 1HIHA 3O9AA 5KR8A 4OBZA 3PJ6A 1TZSA 4MC9A 4D88A 4ER1E 3EKPA 5OZYA 3PM4A 2OHTA 3NUJA 5IVRA 2RKFA 4EQ0A 3HD8A 1APVE 3D1XA 3OY4A 2RMPA 3WSJA 5P0UA 5P5AA 3URLA 4D83A 2BBBA 2AOHA 3O9DA 4JOOA 2WJOA 1EAGA 1XS7D 2APRA 2I1AA 3LZUA 4PZXA 2AOFA 5P0NA 2WF0A 2PWCA 3KFNA 1K1TA 5AGZA 4J17A 3K5CA 5P2FA 4TVGA 2QAKA 3R0WA 4IVSA 2PWRA 4YD6A 1HIIA 1CZIE 3LIZA 5COOA 5P0OA 1QBUA 4I0IA 4LXAA 1AM5A 5P8FA 3EXOA 2F81A 3EM4A 3QP0A 2VS2A 5P6IA 4L1AA 4FSLA 2QD8A 4WY6A 4J1IA 3APPA 1EPPE 2G1YA 3K5GA 5P73A 5FIVA 4RVXA 3H5BA 1HPOA 4L7HA 3ZL7A 1BAIA 4EP3A 4COEA 2PC0A 4RLDA 4CPTA 3LIXA 2G94A 4RYGA 5AH7A 3UF3A 5P00A 5P60A 2ER6E 5P4UA 4FAFA 1LZQA 3A2OA 4XKXA 1HPXA 2BPVA 2QMFA 4Y39A 2P83A 4Y54A 5P69A 5OYZA 2F80A 5P2TA 3G72A 4RZ1A 3VV8A 4NJUA 1LS5A 5P6VA 4GYEA 3OGQA 2QD6A 3OU1B 5IS4A 5P64A 3WZ7A 4CP7A 2HB2A 3KFSA 4HDBA 5OZ0A 2FS4A 3SA8A 1GVVA 2Q55A 4A6CA 4Q5MA 3OUAA 5HTZA 1AVFA 1LV1A 5DGWA 5P4EA 4Y58A 3TOGA 4BFBA 1NSOA 2WEDA 3BHEA 2Z4OA 5P1EA 2NNPA 2G24A 1BV7A 4HE9A 2ANLA 5OZNA 5OZ6A 3FKTA 1FB7A 2QNPA 5P5GA 1OHRA 3INEA 5P8QA 4R8YA 5P7ZA 2ZGAA 4FRJA 4XXSA 5P3EA 2JE4A 4K9HA 5P22A 3S8IA 5P89A 2ASIA 5DR4A 5P74A 1PPME 4Y41A 5SZ9A 4RROA 2VIJA 5P7JA 5P61A 1G35A 3BXRA 5P7AA 2OHSA 4XX4A 5OZJA 4JPEA 2QZLA 5P8PA 3SLZA 5I70A 4DVFA 3SQFA 4YDFA 5IVQA 3ZPSA 1ODXA 2QU3A 4Y4XA 5P3UA 4APRE 2I4XA 3O9BA 2XYEA 2B42A 5P7BA 2Z54A 5P8OA 5OZ2A 3INHA 4RCEA 4YA8A 1EEDP 1UH7A 4Y5AA 5P0DA 5AHCA 3FNSA 5P3FA 1PPLE 2I0AA 4FGXA 2HAHA 5P1GA 5P0JA 4LBTA 3L59A 3TH9A 4Q1XA 3HZCA 4I8WA 3MXDA 5P7PA 5P7VA 5P32A 3HDKA 1LYBA 3NXEA 3O9LA 3NYGA 5P0TA 3QAAA 3EM6A 2G1NA 4FM7A 1MUIA 5P6PA 5P1DA 3TLHA 2A1EA 1B6PA 4B1CA 1ZSRA 3BVBA 4Y38A 5P6EA 3PEPA 2QI4A 2H6SA 3DOXA 1UH9A 1T7JA 3QS1A 5P7UA 2BB9A 5DQ4A 1MT7A 1B6KA 3O9CA 5UPJA 4DJVA 3QBFA 3OU3A 3K5FA 4OBDA 5P3TA 6FIVA 2WEZA 1WBMA 1KJFA 3MSLA 5ER2E 3T7PA 1T7IA 1D4SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5K A;  5P1I A;  2P3B B;  2QMP A;  5APR E;  1RPI A;  1UH8 A;  5P20 A;  3PGI A;  3OAG A;  2AOI A;  3L38 A;  2QZX A;  2BPX A;  4K4R A;  5P0E A;  1SDT A;  5T4S A;  1T7K A;  3S7M A;  4KE1 A;  5P0W A;  5COK A;  4Y3F A;  2VNN A;  1XE5 A;  3LZY A;  3WZ8 A;  3GI0 A;  1FEJ C;  3BGC A;  4Y51 A;  1F34 A;  5P6N A;  1NPA A;  1SBG A;  3S85 A;  5P03 A;  5P7M A;  2UXZ A;  5P5H A;  3PSU A;  5P5V A;  1EC1 A;  4F74 A;  3ER5 E;  1MT9 A;  2AZ9 A;  2AVQ A;  5P5U A;  5P67 A;  1APW E;  3OOT A;  4X7I A;  3GI5 A;  3I7E A;  1YM4 A;  4RVI A;  4Y3D A;  3SKG A;  2BPY A;  1FFF C;  1EPQ E;  2ZHT A;  1EBY A;  3OOZ A;  4NKK A;  3NXN A;  5P62 A;  3UCB A;  5DR1 A;  5P68 A;  3ER3 E;  3GGV A;  3TPR A;  5AHA A;  2FXE A;  5P4P A;  5P16 A;  2AZB A;  4LL3 A;  1BVG A;  3PWW A;  4DQH A;  5OYQ A;  2QI3 A;  3SA3 A;  1TW7 A;  5P54 A;  5KOQ A;  5OZ9 A;  5P2D A;  5P3N A;  4PEP A;  5P14 A;  2J9J A;  4CPR A;  4GJ6 A;  1MVP A;  2NXD A;  1C6X A;  2XFJ A;  2V00 A;  4QJ2 A;  4Y3P A;  3U7S A;  5P5K A;  1E82 E;  4FM6 A;  3RTM A;  1MIQ A;  5JFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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