2AVQA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avqA00
3GI6A 5P0XA 3LPKA 5P3XA 1BILA 2G27A 2VIYA 1NPAA 4AA9A 6APRE 4GJAA 1C70A 4ZIPA 3O9HA 3EKPA 3K5FA 1SDTA 2I0DA 1RQ9A 1F34A 1TSUA 4JPEA 4NPUA 5OZPA 3SLZA 4NJTA 1ZBGA 5P68A 4GB2A 4KE1A 3I6OA 5P8QA 4Y36A 4RYGA 3TH9A 1HHPA 5P3EA 3T7QA 2NXDA 1XL5A 5P2MA 5P1CA 3JVWA 2A1EA 3DV1A 3UCBA 3UPJA 4EQJA 5AH8A 4FSEA 5HDUA 4L1AA 3KYRA 2QD6A 2O4LA 2NMYA 2QI7A 4Y4JA 2QI6A 2NPHA 2WJOA 2AOIA 2ZDZA 5P75A 1D4YA 5P2JA 4L1AB 3LIYA 2AOGA 3U7SA 2Q3KA 2Q55A 1FLHA 3FKTA 5P3CA 5P3WA 1T3RA 1HTRB 1OEXA 1TW7A 3FX5A 3DM6A 4TRZA 5P89A 2BKTA 4DJQA 3DK1A 5P0NA 2AODA 5P3SA 1AM5A 2PH8A 4DQHA 4K4PA 4YD5A 4JPCA 3A2OA 1BXOA 2QD8A 3LZSA 4IVSA 3NUOA 2QZXA 3VF3A 1EAGA 4J0TA 1AIDA 2NTRA 1GNOA 2HAHA 3MSKA 5P0GA 2HPEA 1YX9A 3R0WA 4ZSMA 5P01A 3K1WA 1HPVA 5P20A 1APTE 5F01A 1B6PA 1BXQA 2HS2A 5DR4A 5P0EA 2P3BA 3QRSA 3ZKGA 5P6NA 4Y3PA 1GVXA 3L5CA 3OOTA 4LC7A 5P2RA 5P7XA 3UQPA 5P3GA 5P3NA 2QI4A 4JOOA 4B78A 3L5FA 1HVCA 3RTNA 2IEOA 3OUBA 4DVFA 4E43A 3NU6A 2IKOA 4LXAA 5P46A 3RVIA 5P5RA 3TL9A 2P3BB 5P47A 3T7XA 4YCKA 3EKVA 5IVSA 3OU1A 5KR2A 4Y57A 3OGQA 3ZLQA 3SM1A 2R8NA 5P4SA 3PGIA 4YA8A 4Y3ZA 2G69A 3INHA 2ZYEA 4H3FA 3K5DA 3KM4A 3OU1B 1FQ5A 4Y5MA 4BELA 1LF3A 1LV1A 2OHLA 1BV9A 3NU9A 5P27A 4Y50A 5P4PA 2QI1A 3N4LA 2UPJA 5P29A 3TNEA 1Z8CA 4DJYA 3LIXA 1EC2A 3QBFA 2QCIA 3OK9A 3NWXA 5AH6A 5P78A 3IN3A 5P4FA 1BWBA 2G1RA 5T4SA 1TSQA 4N00A 5P6PA 2G22A 5P31A 1ZJ7A 3IGBA 3UTLA 3Q5HA 3Q3TA 1PSAA 4I0ZA 2PC0A 5OZFA 2HB4A 5P4OA 4B72A 3GGUA 3VSXA 4DUSA 4Q1YA 2WF3A 4Y5AA 2I4UA 1HVKA 3RTHA 3VFAA 1OD1A 1XS7D 3KT2A 3B80A 5P32A 5P7CA 5KR1A 3LIZA 4Y35A 5P1SA 4WY6A 1HVSA 5KOSA 5P22A 3CIDA 2RKGA 5P5CA 5P6CA 1J71A 1SH9A 1Z1RA 3HBOA 2FXEA 2WEBA 3CKPA 4MC9A 4FIVA 4HDFA 5P1XA 3LHGA 2Z4OA 3PWRA 5P0WA 1HSIA 2JE4A 1UH9A 3PM4A 1HWRA 4I0HA 4EYRA 4D88A 4XKXA 2VJ9A 5P1OA 3BHEA 3D3TA 4Y37A 2ZJJA 5P19A 3TPLA 4UPJA 4NJVA 1SGUA 1B5FA 4CPTA 5P5YA 3T7PA 2VA7A 5P3PA 3PWWA 5C9DA 1HVIA 4H3IA 5P4RA 1HPXA 5P7GA 3VCMA 4TRYA 4GJ8A 2VA6A 5P5PA 1MIQA 1MUIA 3GI5A 1HRNA 1B5FB 3EKWA 5P5OA 1B6LA 1FMUA 5KAOA 1A8KA 5P41A 3LZVA 3NWQA 5P7DA 3PVKA 1PPME 2BKSA 2G1NA 5COOA 5P23A 2F81A 2VJ6A 5DQ4A 5P66A 5P53A 5P0FA 3VFBA 2IQGA 2OHRA 5P2TA 5I3YA 3EL9A 5HE7A 2QZLA 5P1GA 7HVPA 2IENA 1APVE 3PLDA 2G24A 4GZFA 4DQGA 3OY4A 3APRE 4QLHA 4X7IA 5P07A 4B05A 5P87A 2PH6A 1HVHA 5P3MA 5P7HA 4NKKA 2AVSA 3VSWA 1GVUA 1META 3SO9A 3SFCA 1SDVA 5P4NA 7UPJA 5P2GA 2HB2A 3KMYA 4I0DA 5F00A 4GJ5A 1ENTE 3DCRA 4CPWA 5OYXA 5P3ZA 1BAIA 5P05A 5P7ZA 4F73A 4PZWA 1ZP8A 3TOGA 4FRIA 3ECGA 2B8LA 2ZJLA 2Z54A 5P1QA 2H6TA 4ZSQA 4H1EA 2G20A 3GGAA 3VYFA 3QN8A 4ER2E 3VYEA 5P15A 4PZXA 2F3EA 3S43B 3EKYA 3F9QA 5P0AA 1KJHA 3QVIA 5HDVA 3O9CA 1K2CA 1T7IA 1D4IA 5OZGA 5P5HA 5P2UA 1SDUA 5P5EA 3H5BA 4Y53A 5P8EA 4J0ZA 1SBGA 1DIFA 5PEPA 5COPA 1A30A 4H3GA 2ZJKA 2IGXA 2V13A 5P4IA 5P37A 3IN4A 4I0FA 3WZ8A 4OBZA 5P45A 4U7VA 4Y3FA 3QROA 5HE4A 3FSMA 5OZSA 5OZ3A 3TPJA 4KE0A 3TKWA 1HIHA 5ER2E 1K2BA 4D83A 3PCZA 5OZHA 3UDHA 4OBZB 3G72A 5P7QA 3O9FA 2FNSA 5P4YA 4Y5LA 4R92A 1UH7A 5P1AA 4EWOA 4FCOA 1HSHA 5P28A 4Y4EA 5OYYA 5P12A 1G0VA 1FMXA 2HC0A 5P4EA 3QRMA 4DJRA 3SA3A 1ZSFA 4QGIA 3BRAA 2AZBA 2XFIA 5APRE 3NDWA 1D4LA 2J9JA 4LXMA 4RROA 3S7MA 3L59A 3O9LA 3LIQA 5P0PA 5P02A 5P1FA 5P6QA 1K6VA 4Y3HA 3FIVA 2CENA 4HA5A 4QJ2A 3INEA 1HTFA 2G1YA 1BDRA 2WF1A 5P80A 4Y3YA 3WB5A 5P3TA 3KFRA 2PSGA 1KJ7A 1QBSA 5SY2A 1LYBA 5P7VA 3OQKA 5P49A 3I25A 1QS8A 5P04A 2J9JB 4D89A 2PWRA 1MEUA 3O9LB 1K1TA 2VA5A 5P83A 3JVYA 4ZSRA 5I3VA 4J0PA 5OZEA 5P1VA 3OWNA 5COKA 4D8CA 1ODXA 4GYEA 2PK6A 1FF0C 1LYBB 3NUJA 5P8GA 2Q54A 4YD4A 5P7NA 3HDKA 4YE3A 2G1SA 4FS4A 1EC3A 4TRWA 3NU4A 5P03A 5P4CA 5P5VA 2FDEA 1PPKE 3SKFA 2ZJHA 1GVTA 3VG1A 2F8GA 5OZYA 5P8NA 4KB9A 2I4VA 5P50A 5DQ5A 1D4HA 5P1RA 3SPKA 1APWE 3PI0A 3ZOVA 1EBWA 2G94A 1LYWB 5OZVA 3C9XA 3QAAA 2PSUA 5OZOA 1YTJA 2VJ7A 1G6LA 1PSOE 1XN3A 4K8SA 5OZKA 2QAKA 1ODWA 5P1NA 5P1DA 5P5DA 3SABA 5P7LA 2G21A 3QPJA 5P18A 3WZ6A 1AJVA 1T6GA 5P6HA 1Q9PA 2QHZA 1HPSA 4HE9A 4Y4TA 4EXGA 4Y51A 5P6UA 4Y3SA 1YT9A 1EPOE 3SA9A 1W50A 5P4GA 2VIEA 4RVIA 1VIKA 5OYVA 4OC6A 5FIVA 5P1JA 5P76A 5P73A 5P84A 1MRWA 3OHFA 4XX4A 2NXLA 2UXZA 1A8GA 2NNPA 5HVPA 1M0BA 5P86A 4FM6A 4EJ8A 3UDKA 1FKNA 4J54A 2FMBA 4OC6B 3G70A 1RV7A 5IS4A 5P6RA 3UDNA 1LEEA 3I2LA 4CP7A 1PPLE 4A6CA 5P2FA 3NU3A 2ZHSA 3SAAA 5P0TA 3KN0A 3APPA 5P7EA 2WF4A 1BDLA 5KQYA 2V0ZC 5P5AA 5P33A 1XL2A 4GJ9A 5P8AA 5P0LA 1IIQA 3KFPA 3ZKMA 5DR0A 2V00A 3IXKA 4I12A 3IAWA 1EBKC 2WHHA 1W6IA 4B70A 3PCWA 5P8VA 3FNTA 1QDMA 3D91A 5P79A 4RCEA 3IXJA 4PEPA 4Y5BA 3OQDA 2JJIA 3O9GA 4XXSA 2UY0A 1BIMA 5P8TA 5P3BA 5P2NA 4DJPA 5P4XA 1W5WA 2QZWA 5ENMA 4EXHA 5P2CA 4OD9A 4L7GA 5P55A 5HTZA 2QMGA 5HU0A 3O9DA 4L6BA 1HVJA 5P0QA 5P64A 5P4AA 5JG1A 3FNSA 5OZTA 1PROA 5P2OA 3S8IA 4K9HA 3R0YA 2BPYA 5P5ZA 2ER9E 4RYCA 5KOQA 3NDTA 5P7BA 3TPPA 2QU3A 3S2OA 4OD9B 5P4JA 4DQCA 4LL3A 1YM2A 5P3JA 4Y41A 3EL4A 1TCXA 1FG6C 2BJUA 1D4SA 1YTGA 3S54A 4FRJA 5P1TA 5UPJA 1UPJA 3S53A 4DJOA 5DR7A 4Y5KA 4J1IA 1GNNA 1NH0A 4ACXA 5DGWA 3AUPA 4Y38A 3FNUA 2CEMA 1SP5A 1MPPA 1ZPKA 5P6KA 4MC6A 3SQFA 2OAHA 2APRA 4Y5EA 3RU1A 1IZDA 5P5GA 4FGXA 4Z4XA 2WF2A 2PK5A 3U6AA 4Y4GA 1MSMA 2BPZA 4U8WA 4EP3A 5P2LA 5AGZA 5TOLA 2AOCA 5P0BA 1ER8E 3GW5A 4J0VA 3UFLA 5P6WA 5P5JA 2QP8A 4ER4E 1A94A 4JECA 5P2QA 1EPLE 4IVTA 5HDZA 2ER0E 5EZXA 3CIBA 1AJXA 5P58A 3ER3E 4YD6A 4Y4AA 2VIJA 3I8WA 5P5NA 5P8JA 1MTBA 2R43A 3ZMGA 2QNQA 3R1GB 4PPHA 5P0JA 2ZHRA 4ACUA 3CYXA 3UDQA 5P16A 4B1CA 3EL5A 4D85A 2F3FA 2QMDA 2P83A 5DR3A 5P6SA 5P7SA 4QJ9A 5P1PA 1NPWA 3OTSA 1MRXA 3NLSA 4R91A 2G26A 1APUE 5OZWA 2PWCA 2FDDA 4Y43A 2P8HA 1YTIA 4HEGA 2R9BA 3S45A 3L5EA 5OZ9A 5P0OA 1YTHA 4MC1A 1IZHA 3QVCA 5P11A 5P2IA 1CZIE 5P8HA 3VF5A 3I7EA 3RSVA 4Q1XA 1A9MA 3HAWA 1F7AA 3TOHA 3HAUA 1BVGA 5P65A 4LXKA 5P38A 1W5XA 3BGBA 2QD7A 5P4KA 4DH6A 4QJAA 2AQUA 3SA5A 5E5KA 1NPVA 4ZPGA 1EBZA 1OEWA 1KZKA 2AOEA 4DJWA 2OHSA 4Q1WA 3EM3A 1E80E 3WSJA 5P5IA 3UFNA 1T7JA 5P4UA 3VV8A 5P62A 4LP9A 3MXDA 1WBKA 4Y3EA 4Y48A 2I1AA 4RVXA 2MIPA 1GVWA 5EZZA 5P0MA 5P14A 3GI4A 3OUDA 5P8KA 3UF3A 1C6YA 2QI0A 5P13A 3ZPUA 4YBFA 1G35A 1K1UA 1M4HA 3LPJA 5JFPA 5P2EA 3EXOA 1B6MA 5P56A 3OUDB 3OU3A 3JW2A 1K6TA 3IXOA 3UQRA 2CEJA 1E81E 2ZE1A 3UQUA 1NSOA 3S7LA 2I0AA 5P0CA 1FQ4A 3OHHA 5P81A 3SA7A 1FIVA 3SA4A 5P35A 3VYDA 2IS0A 5I70A 5P3AA 5P1HA 2B42A 3EKXA 5P4VA 4FAEA 1AAQA 4NPTA 2QK5A 5OZNA 5P0HA 5P6DA 2FDPA 3OAGA 3PBZA 4Z22A 2H6SA 2ASIA 3VLAA 2HPFA 1DMPA 5P2YA 2IRZA 2EWYA 5P4ZA 4TVGA 5C9FA 4Y3GA 1BV7A 2RENA 5DGUA 5P10A 1BWAA 3L5BA 4Y6MA 2HIZA 3WZ7A 3K5CA 3OAGB 2OHNA 4FE6A 5OZQA 4I1CA 1ODYA 3S43A 3Q70A 2P3AA 5P39A 5P7TA 5ISKA 5P3FA 5AH9A 3VUCA 5P1IA 2JXRA 1EEDP 4BFDA 2ANLA 5P36A 4DPFA 3O99A 1LZQA 5KQXA 4HDBA 2FGUA 2NR6A 3INDA 3UDMA 3EM6A 3EKTA 3HZCA 1E5OE 5P4MA 3OXCA 5OYRA 6UPJA 1KJGA 2OHQA 4B00A 3KFNA 5OZBA 1FQ7A 5HD0A 5P2XA 4A4QA 1VIJA 2R5QA 4M8XA 3K5GA 2QI5A 1B6JA 5P4LA 5P6AA 1QBUA 3UDRA 1XE5A 4DJVA 5P8MA 1HTGA 5P42A 5P17A 3ZKQA 1GKTA 4RCFA 5KQZA 2IGYA 5P0UA 1YM4A 2ZHUA 5HCTA 3L38A 3KFSA 3NR6A 2HB3A 5P85A 5P4DA 4DI2A 2F3KA 4X2LA 2BPXA 2NMZA 3QI1A 2O4PA 5P09A 3L3AA 4KUPA 1D4KA 5P25A 3TKGA 3OXWA 1SIPA 5P7KA 3BUFA 1DP5A 5P8CA 3WB4A 1C6ZA 5P6BA 5P3LA 5P6JA 4DJXA 3NSHA 2HM1A 5OYSA 5AH7A 5P40A 2BB9A 4Y4XA 4DJUA 1N49A 5P2HA 5P7OA 1HVRA 5P2ZA 2V16C 3T6IA 4GMIA 5DQ1A 5P0IA 5P54A 1BVEA 5P5BA 3VV7A 4CKUA 4Y5PA 3OQ7A 1MT9A 1QBTA 4MC2A 1XE6A 3O9EA 3QBHA 3T11A 3IA9A 1W5YA 3VF7A 4WY1A 4ZPFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GI6 A;  5P0X A;  3LPK A;  5P3X A;  1BIL A;  2G27 A;  2VIY A;  1NPA A;  4AA9 A;  6APR E;  4GJA A;  1C70 A;  4ZIP A;  3O9H A;  3EKP A;  3K5F A;  1SDT A;  2I0D A;  1RQ9 A;  1F34 A;  1TSU A;  4JPE A;  4NPU A;  5OZP A;  3SLZ A;  4NJT A;  1ZBG A;  5P68 A;  4GB2 A;  4KE1 A;  3I6O A;  5P8Q A;  4Y36 A;  4RYG A;  3TH9 A;  1HHP A;  5P3E A;  3T7Q A;  2NXD A;  1XL5 A;  5P2M A;  5P1C A;  3JVW A;  2A1E A;  3DV1 A;  3UCB A;  3UPJ A;  4EQJ A;  5AH8 A;  4FSE A;  5HDU A;  4L1A A;  3KYR A;  2QD6 A;  2O4L A;  2NMY A;  2QI7 A;  4Y4J A;  2QI6 A;  2NPH A;  2WJO A;  2AOI A;  2ZDZ A;  5P75 A;  1D4Y A;  5P2J A;  4L1A B;  3LIY A;  2AOG A;  3U7S A;  2Q3K A;  2Q55 A;  1FLH A;  3FKT A;  5P3C A;  5P3W A;  1T3R A;  1HTR B;  1OEX A;  1TW7 A;  3FX5 A;  3DM6 A;  4TRZ A;  5P89 A;  2BKT A;  4DJQ A;  3DK1 A;  5P0N A;  2AOD A;  5P3S A;  1AM5 A;  2PH8 A;  4DQH A;  4K4P A;  4YD5 A;  4JPC A;  3A2O A;  1BXO A;  2QD8 A;  3LZS A;  4IVS A;  3NUO A;  2QZX A;  3VF3 A;  1EAG A;  4J0T A;  1AID A;  2NTR A;  1GNO A;  2HAH A;  3MSK A;  5P0G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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