2AVSA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avsA00
3OXCA 4LHHA 4PPHA 1EC2A 1MVPA 2R38A 3LIVA 3TPLA 2QD7A 4DJUA 5P2MA 5P38A 2F3EA 1FF0C 5OZ1A 3GI5A 2HS2A 1A9MA 5P5GA 3MXEA 3NUOA 2QZKA 4WTUA 4K4QA 3OUDA 5OZ4A 4OBZA 1TQFA 1M43A 4RVIA 3SABA 5P7HA 2RMPA 1NH0A 3K5GA 3TPJA 5P30A 2NNKA 1W5XA 5P5CA 2QCIA 3GGXA 5P1UA 1ZP8A 1TCWA 2XYEA 3SKGA 4FM6A 5BS4A 5P7DA 4FCOA 1W50A 1QRPE 5KAOA 3ER3E 3ZPUA 1TZSA 1HVCA 3T7PA 1GVTA 3KYRA 1FG8C 1YT9A 1MRWA 3FV3A 2I4XA 2NMZA 5P63A 2QHCA 3WB5A 4FSEA 4I10A 3Q6YA 4J1KA 4J55A 3PMYA 5P22A 5P5OA 1GVUA 3OQFA 3IXOA 2HIZA 5P8OA 2QMPA 5P6NA 5HVPA 3B7VA 4CMSA 3IXKA 3K4VA 4EJKA 2SAMA 2ASIA 3H5BA 3HBOA 2OHPA 3PB5A 3KT2A 5P3AA 2PQZA 3TNEA 2QI4A 1GNNA 1BBSA 1OHRA 4Y58A 1EPLE 4D83A 1U8GA 5DGUA 5OZVA 3AIDA 4Q1YA 3EL5A 3JVWA 5P62A 5P31A 3UDYA 4B00A 2FXDA 4YD3A 5P3SA 1XE5A 5P3HA 4FIVA 5P5JA 2G20A 5HU0A 5P45A 1RQ9A 4GB2A 5P5AA 2I0DA 3NXNA 5P0KA 3BUHA 1KJ7A 2BKSA 2HPFA 5P27A 5P8QA 3LITA 5P2JA 1KZKA 3NU4A 5P2BA 5COKA 2EWYA 5OZ8A 5P14A 1EEDP 4RCDA 5P1OA 5P48A 2QK5A 2PYMA 5P8LA 5AH9A 1EPPE 5P42A 3KFSA 5P4UA 1TW7A 5OZIA 1FQ4A 3EL0A 5HE4A 5P43A 4FAEA 4OBKA 1UH7A 1FGCC 1QBRA 4FM8A 4CPRA 1YG9A 5P29A 3KMXA 3VSXA 1UPJA 1K6CA 1Q9PA 2I0AA 3TPRA 5P1KA 3MSJA 5P1AA 5P1TA 4Y3LA 4OBZB 3SFCA 2AOJA 3S56A 2UPJA 2FDDA 5P0DA 5P6JA 3O99A 1HPOA 2IKOA 5P4CA 1AJVA 5P1YA 3ZPTA 3UPJA 4LXAA 5P6KA 5P8HA 5P3XA 1FEJC 4KUPA 3KMYA 1MSNA 5OYXA 4YCKA 5P4ZA 2ZHTA 1LEEA 3ZKQA 5P6GA 5KOSA 3CYXA 1HVJA 2WEBA 5E5KA 2PH6A 5P1FA 3O9AA 2Q55A 3BXSA 3PBDA 1FQ6A 5P3TA 5HDXA 5P6YA 1MEUA 5JG1A 5I70A 5EZXA 1LYAA 5SY3A 5P1WA 2NXDA 5C9FA 4Y44A 3INHA 4EJ8A 4Y54A 4AMTA 1FMBA 1QBSA 5P8AA 4HZTA 4Y3TA 3KN0A 5OZPA 3MSLA 1J71A 5OZDA 5P6EA 3WB4A 4Y9WA 2ZE1A 3UQPA 2ZHVA 5OZLA 3EKTA 3VFAA 5P3WA 5P47A 2ZHSA 1LYBA 3RTHA 5P0TA 5P68A 4DJRA 4D89A 5P8GA 2VJ9A 5DQCA 2B8LA 2QMFA 1XL2A 5FIVA 5P06A 5P86A 4GJ5A 4ER4E 3EC0A 3NU3A 1HWRA 2A4FA 1ODWA 5P5ZA 2AOGA 5P40A 5P82A 3OXVA 4Y35A 5P49A 5P67A 1CPIA 4FRSA 2G26A 3PCWA 5P7TA 3DV5A 2V13A 5P2XA 5P7IA 4JP9A 2HB3A 3TOHA 2FNSA 5P7XA 2V11C 5CONA 2QMDA 4X2LA 4J0PA 4I8WA 5OYRA 3SA9A 2UY0A 3C9XA 5P0YA 3O9DA 3JVYA 2F3KA 1BIMA 4HDPA 3IGBA 3PMUA 4GYEA 4Y3XA 4EYRA 5P75A 5P4GA 4LL3A 4F73A 5P19A 1FQXA 3CKRA 3S85A 5OZOA 3OUAA 5P1HA 5P5YA 3EKXA 3D1XA 2O4PA 3CKPA 3OQAA 4EXGA 5P32A 5SXNA 3O9IA 2WJOA 5P53A 4JPEA 1LV1A 5P85A 5P5EA 3GW5A 4APEA 2ZYEA 4S1GA 3URJA 3I6OA 4QGIA 4U8WA 4EP2A 2Z4OA 4Y3ZA 5KR2A 2IQGA 4B78A 2ZHUA 5P46A 3PI5A 5P4TA 2WEZA 1WBMA 2PK6A 5P69A 1IZIA 5P2TA 2F8GA 5P3KA 5P0OA 5P4YA 1LYWA 2RSPA 1LYAB 1APWE 3SACA 2QI0A 4BEKA 5P20A 1AZ5A 5P4IA 3NDWA 5P7QA 5P6BA 5P2AA 5P07A 2AODA 3TTPA 4MC9A 5OZNA 5P6CA 1EC3A 3Q3TA 3R2FA 5P4OA 3R0YA 3K5FA 5OYWA 2XFJA 2R8NA 3T3CA 3HDKA 1ODYA 3OTYA 2BQVA 3SLZA 1YTHA 5P01A 5P8NA 4DVFA 1MTBA 2PMAA 3NDXA 2P83A 3UDPA 1Z1HA 5P8VA 5P4WA 3OY4A 2I4DA 1BXQA 3UDRA 3RU1A 5P1RA 3G70A 5P8PA 2QNPA 5AH7A 2OHMA 4I0EA 1BWAA 4J0YA 4EJLA 3U71A 2QZLA 4CPUA 4TRWA 4YD6A 4R92A 4DQFA 4ACXA 5P41A 5P1JA 5IVSA 5OYVA 1M4HA 4RVXA 5KOQA 2PSGA 4L7GA 5F01A 4DJVA 4E43A 2PK5A 2IGXA 1SP5A 1SGUA 5P3YA 1ZBGA 2P8HA 4IVTA 4OBFA 5IS4A 4FL8A 1XL5A 1OD1A 3LHGA 4I0ZA 5P11A 2NMYA 2ZDZA 3KFRA 4J0VA 1XN3A 3HW1A 4ZSQA 4I0FA 1MSMA 4U7QA 4APRE 5P7JA 5P0EA 2AOFA 1K1TA 3OAGB 4QJ2A 5KQFA 3PGIA 1KJHA 2QI7A 3IAWA 3NLSA 5P3LA 4FRKA 2F81A 1HTGA 5AH6A 4PHVA 2R3TA 2VIZA 3HZCA 3D3TA 5P0QA 2XFIA 4AA8A 4NJSA 4B1EA 4PZXA 5BWYA 1ZPKA 2ZGAA 1PSAA 4CPQA 3LIXA 5P3JA 3VF7A 2G27A 4FM7A 3PWWA 2AVOA 2ZJLA 2Q63A 5P5DA 5P7AA 2AOHA 3DJKA 5P3OA 5P1PA 1LYWB 4TRYA 5P4BA 4JPCA 5KR1A 5P0UA 4YD5A 2NTRA 4RVJA 1WBKA 2IKUA 1HTFA 5P2FA 2QI3A 3NU5A 5P8CA 3UQWA 1BV9A 2J9KA 1ME6A 1FQ7A 4AUCA 5OZZA 3FSMA 4Y41A 4OBJA 5OZKA 2Q5KA 4YD7A 4PYVA 2B7FA 3L3AA 1Z1RA 5P2IA 3PLDA 3ZOVA 2FDPA 3KFNA 5DR0A 4DQEA 3ZPSA 2WEAA 5KR0A 1DMPA 3UDJA 1GVVA 1JLDA 5P7OA 5P1CA 2AZBA 4Y4EA 5P8EA 5IVTA 3O9FA 5P3NA 4Z2ZA 1G35A 1HOSA 2R5QA 3VEUA 1SMEA 2VIYA 3O9CA 3DUYA 1E80E 3IN4A 3EM6A 5P64A 4YCTA 2PSVA 5KQYA 3RSXA 2O40A 4DJPA 1META 2ZJMA 3EM4A 1M0BA 4RCFA 2R3WA 4I0DA 4Y3PA 5HD0A 1MPPA 1HXWA 7UPJA 3QRVA 2QHYA 5P6ZA 1YM2A 1W51A 3OHHA 5P1MA 3RTNA 3ZKXA 1NSOA 4K4RA 1FG6C 3DOXA 3UFLA 1GNOA 3EKYA 1SGZA 3IVHA 3CIBA 4J1IA 5P26A 3GI6A 3LZVA 5ER1E 5ISKA 2JXRA 4GJDA 5OZ3A 5OZAA 4I1CA 3PLLA 2G1SA 3QN8A 5P5XA 1PPKE 1LS5A 4M8XA 3EL9A 1N49A 4Q1NA 3DCKA 3ZKIA 4B70A 3QP0A 1W6IA 1B6LA 3PVKA 2OHLA 3NYGA 3BUFA 5P0NA 5P54A 1T3RA 1YTJA 4I11A 4I0IA 4Y4UA 3GGVA 4FSLA 3FIVA 1HVRA 1MUIA 5OZSA 5P3PA 1T7JA 1AJXA 4TVGA 2FMBA 5P0IA 3TLHA 2ER6E 4XX3A 4GJAA 4PEPA 4RGHA 4Y4TA 3SKFA 3OXWA 1T6GA 5ENKA 5P4PA 3S2OA 2AVMA 5P1IA 5P4VA 4BELA 5P18A 4NPTA 2R9BA 5P35A 5B18A 3QVIA 3Q4BA 2HB2A 4ZPEA 2QI6A 5I3XA 5P25A 3S7MA 5P12A 5PEPA 4Y3FA 4CP7A 2PC0A 4Y3YA 1FFFC 3KDCA 4YBIA 5P5QA 2Q15A 4FS4A 4YCYA 3T6IA 1XS7D 5P6QA 2F80A 4GIDA 5APRE 1KJGA 2VJ6A 3SM1A 5P33A 5P39A 4DPIA 1EC1A 5P17A 2G1YA 5OZYA 3PSUA 3INFA 1SDVA 5P0WA 5OZWA 5OZHA 3EMYA 4KE0A 2FGUA 4H3IA 5P6UA 4B0QA 3QI1A 2IENA 3PHVA 5P71A 2A1EA 2ZJJA 1UH9A 3PWRA 5P5KA 5P36A 3UFNA 3I25A 5P6PA 5I3VA 2O4LA 4LP9A 3VYFA 5P04A 4Q1XA 2VA6A 5OZEA 5P6MA 2BPZA 3NDTA 4B1CA 2OF0A 3BVAA 5JODA 4ER2E 1IDAA 4GJ9A 4CPWA 1T6EX 4B72A 2QD6A 1B6MA 3KDDA 3LPKA 5P7YA 4YBFA 1MESA 1UH8A 2WF1A 3A2OA 5P8SA 4WY6A 4Q1WA 4QJ7A 5HCOA 2IL2A 2OHUA 4ZSRA 5P2RA 5P61A 2VA5A 1GVWA 3D91A 1AVFA 3INDA 5P7BA 4Y5NA 2WL0A 5P03A 2WEDA 4NKKA 3NDUA 4Y36A 1LZQA 4QJ6A 5P5PA 5P0JA 5OZ2A 4FRJA 5TOLA 4D88A 4Y4ZA 4FRIA 5DR4A 5P51A 4B1DA 5J25A 4K9HA 3IA9A 3L5EA 4DJWA 3NR6A 3CMSA 4Z22A 4H3JA 2HS1A 3ZL7A 5P3VA 5SY2A 5P7NA 4Y3WA 2CENA 1IZDA 4NJUA 3EKWA 3NUJA 3EL4A 3BHEA 4Y5GA 2HM1A 1NPAA 4Y39A 4PZWA 4DQHA 2H6TA 5P0CA 5HE5A 5P70A 3GGAA 5P5TA 1HVKA 4Y4WA 1DP5A 5P0GA 3EL1A 3KA2A 3S53A 3EKPA 2FS4A 5P6WA 5P8MA 1F34A 4RROA 5OZUA 3SA5A 3QIHA 3LIZA 5P09A 1FMXA 3LIQA 5P6AA 2V10C 5KQXA 4Y47A 1PFZA 3I2LA 5P7MA 5P5UA 4Z50A 5P57A 5OZ6A 2BPVA 5P2KA 2AOIA 1GVXA 4YDGA 5P3QA 2O4KA 5UPJA 1RL8A 4Y4AA 5P13A 3NU6A 5OZ7A 5HU1A 7HVPA 5P2VA 5HE7A 3UDNA 4EPJA 5IVRA 4Y57A 2RKFA 5P05A 1Z8CA 2Q64A 5P2SA 2QNQA 3LPJA 4NJTA 4NJVA 4Y53A 3OAGA 4RLDA 5DR7A 5P2UA 1MIQA 5OZCA 1TSQA 4EJDA 1HSHA 1QS8A 3FKTA 5T4SA 4ZSMA 1VIKA 5P1QA 3ER5E 1YTGA 4Y4JA 1PSNA 3UQUA 2BB9A 3ECGA 1B6PA 1HEFE 5P5HA 3SAAA 4RZ1A 3KF0A 4LXMA 5P55A 1MT7A 4XXSA 4J5JA 3VYDA 2G1RA 1OEWA 4J0ZA 2QZXA 2IEOA 1C6XA 4Y3JA 4DPFA 3BXRA 4DQBA 2I4VA 4ER1E 2VIJA 3O9GA 5P2DA 1XN2A 2I4UA 1BXOA 4HVPA 4YA8A 1APUE 3TOGA 4R5NA 3G6ZA 3GGUA 4HDFA 5DQ4A 4X7IA 1EBKC 4ZLSA 2AVSA 3KT5A 1PPME 5EZZA 3PSGA 4WY1A 3ZMGA 3VFBA 1HPXA 5P4LA 2WKZA 3UQXA 3L5BA 5P5SA 2QU2A 3DK1A 1K2CA 4L7JA 1C6YA 1LF3A 5P6SA 4K4PA 5P4KA 3HAUA 1FFIC 4Y51A 2XFKA 3ZKSA 4CPXA 2B42A 4A6BA 4ZIPA 1NPWA 2B7ZA 1TCXA 3QAAA 5P3IA 1PPLE 4AA9A 3U6AA 3URIA 3F9QA 5P2YA 1HIIA 4Y3GA 3TKWA 1EPRE 3INEA 1K6VA 4B77A 1F7AA 2IDWA 5P16A 2VNMA 5P5VA 1BVEA 4IVSA 4BFDA 3O9HA 5P77A 3ZKNA 4Y3NA 5P3MA 6APRE 1LF2A 4EQJA 5P6TA 4MC2A 4F74A 5IE1A 2WHHA 2AZCA 4J17A 3WZ6A 4Y4DA 1E5OE 5DR1A 5P5NA 2R5PA 5P5IA 3T11A 5P3CA 3KM4A 2PSUA 3NXEA 2HAHA 2AZ9A 3B80A 2HPEA 5OZMA 2B60A 5P3UA 1G0VA 3JW2A 2AIDA 1HIHA 4B05A 1E82E 3SA6A 1G2KA 3WZ8A 3KDBA 5P7CA 4OBDA 4I12A 3Q70A 2AOCA 4RCEA 4KE1A 1HRNA 3BC4A 4DH6A 2OHQA 5P4JA 3LZYA 1W5WA 3NSHA 3L5CA 3VV6A 4EWOA 4H3GA 1EC0A 5P7RA 3OGQA 3L58A 5AH8A 3FNSA 3O9EA 5P2EA 4Y50A 2O4NA 4L7HA 4K8SA 1HTEA 5P8BA 2AOEA 3IVIA 1QBTA 2QI5A 5F00A 5P4MA 4DQGA 5DQ2A 3L59A 5COPA 5P0RA 1BDQA 2APRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OXC A;  4LHH A;  4PPH A;  1EC2 A;  1MVP A;  2R38 A;  3LIV A;  3TPL A;  2QD7 A;  4DJU A;  5P2M A;  5P38 A;  2F3E A;  1FF0 C;  5OZ1 A;  3GI5 A;  2HS2 A;  1A9M A;  5P5G A;  3MXE A;  3NUO A;  2QZK A;  4WTU A;  4K4Q A;  3OUD A;  5OZ4 A;  4OBZ A;  1TQF A;  1M43 A;  4RVI A;  3SAB A;  5P7H A;  2RMP A;  1NH0 A;  3K5G A;  3TPJ A;  5P30 A;  2NNK A;  1W5X A;  5P5C A;  2QCI A;  3GGX A;  5P1U A;  1ZP8 A;  1TCW A;  2XYE A;  3SKG A;  4FM6 A;  5BS4 A;  5P7D A;  4FCO A;  1W50 A;  1QRP E;  5KAO A;  3ER3 E;  3ZPU A;  1TZS A;  1HVC A;  3T7P A;  1GVT A;  3KYR A;  1FG8 C;  1YT9 A;  1MRW A;  3FV3 A;  2I4X A;  2NMZ A;  5P63 A;  2QHC A;  3WB5 A;  4FSE A;  4I10 A;  3Q6Y A;  4J1K A;  4J55 A;  3PMY A;  5P22 A;  5P5O A;  1GVU A;  3OQF A;  3IXO A;  2HIZ A;  5P8O A;  2QMP A;  5P6N A;  5HVP A;  3B7V A;  4CMS A;  3IXK A;  3K4V A;  4EJK A;  2SAM A;  2ASI A;  3H5B A;  3HBO A;  2OHP A;  3PB5 A;  3KT2 A;  5P3A A;  2PQZ A;  3TNE A;  2QI4 A;  1GNN A;  1BBS A;  1OHR A;  4Y58 A;  1EPL E;  4D83 A;  1U8G A;  5DGU A;  5OZV A;  3AID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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