2AVVA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAISTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avvA00
1C6XA 1MPPA 4HDPA 5P3AA 4I10A 3NUJA 3U6AA 4DJPA 3SA3A 1SMEA 3NDUA 3CKPA 1B6JA 1TQFA 4WTUA 5P1SA 4NJSA 2ZE1A 4QJ9A 4RRSA 1EC2A 4Y37A 4YD3A 4ZSRA 2QMDA 3NWXA 1HWRA 1OHRA 3TPLA 5P7QA 4IVSA 3S7MA 4ZSMA 3K5FA 3QBHA 1TSUA 5DR0A 1EEDP 5OZ3A 5HE5A 4Z4XA 4YD7A 3ST5A 3UDJA 4HLAA 5P00A 4I0IA 3EL5A 3ZMGA 5P0IA 1FGCC 4I0GA 1BWBA 4MC1A 5I3WA 2P83A 1UH8A 5OZ2A 2PMAA 4YD5A 3NSHA 2HM1A 5P23A 3PM4A 3EC0A 5P81A 3OU1B 3URLA 4B70A 2Z4OA 5P7HA 1K6PA 4Y4WA 2EWYA 5OZ7A 5OZTA 5P2NA 3O9AA 1BDQA 4Q5MA 2PYMA 5P68A 4H1EA 4FLGA 3QVIA 4DI2A 3TH9A 2QHYA 2HB2A 5HCOA 5SXNA 5P62A 3ZPTA 2AIDA 3DM6A 4QJ8A 2J9KA 2OHSA 3ZKQA 6FIVA 3IXOA 3NWQA 3QRMA 1QS8A 1GNOA 4XX4A 5P51A 4OBKA 1ZSFA 3UQUA 5P3GA 3EKXA 3VF7A 5P2OA 4TRZA 4Y5KA 5AHBA 4FL8A 4DJVA 4YCTA 5P0PA 2QNPA 2I4DA 2ZJJA 4AUCA 5P6IA 1BAIA 5AH6A 1HVCA 5P69A 3A2OA 5P5SA 3TKWA 3S7LA 3VUCA 3IN3A 5P22A 1EPQE 5C9FA 4YBIA 3VFBA 1HRNA 1MT7A 5P1DA 3L5BA 5P64A 3BUFA 5P6CA 5P3HA 3HDKA 1BBSA 3PMYA 5P2BA 2G1OA 3FV3A 4Y3RA 1C70A 2RKFA 5P1PA 2AODA 1DMPA 4RCDA 2BKSA 4ZPGA 5PEPA 4J1KA 2R3TA 1WBKA 3PEPA 5P7KA 2QP8A 1XE6A 3R2FA 5P6VA 5P30A 3CYWA 5P6QA 3BXSA 5OZFA 1IZHA 1XN2A 2B8LA 2R9BA 2G94A 4FCOA 3UDMA 3BC4A 5P20A 5P4CA 1B6LA 3FNTA 4HVPA 5IS4A 1SDVA 3HLOA 1FFFC 5OZAA 4Y39A 2AVSA 4KUPA 4DPFA 5OZ8A 1AIDA 5E5JA 2FDEA 3NR6A 2PWRA 2PC0A 3INHA 5P02A 4XXSA 2AZCA 3BGCA 5P80A 2P3AA 2ZYEA 2P8HA 2PH8A 3QVCA 5P0OA 5P0NA 3QIHA 4FRSA 3LPIA 5P2SA 3FX5A 2RENA 1ZPKA 5P8EA 3GI0A 4YCKA 3PCZA 5P0JA 5P3XA 5OZXA 1FIVA 5OZ1A 2XFIA 5DR3A 5P1BA 3EL9A 2G22A 5P3ZA 3FKTA 5P4SA 1FMUA 3OQAA 5P74A 5OZIA 1KJ7A 5P0ZA 2O40A 3D1YA 4GJ5A 2Q55A 4HDFA 3OHHA 5P5MA 2PSGA 1GVUA 4EYRA 5P7NA 5KQFA 1YTGA 2WF4A 3HAWA 5P1EA 5P38A 4BFDA 5P83A 2AVQA 1TCWA 5P5LA 3T7XA 1T3RA 3K5CA 3GI4A 5P4WA 3Q6YA 1W5YA 2APRA 4J5JA 1HBVA 2BKTA 3ZKXA 1XS7D 5P7IA 3CIBA 5HDZA 1SBGA 1LS5A 2FXEA 4JPEA 3LIYA 2QI0A 3O9HA 4Y45A 3ECGA 3SLZA 4QJ2A 5P0WA 5P4AA 2Q15A 3EKYA 1W50A 3OK9A 2QD7A 4MC9A 1LYAB 5P6EA 3NXEA 4I11A 3TKGA 1A9MA 3VEUA 2V12C 2F8GA 4Z50A 1HTEA 5P3LA 3INFA 2QK5A 2Q5KA 3LZSA 4K4PA 4I0ZA 5P4RA 4Y48A 1LYWA 4ZE6A 1SIVA 5P4XA 5COPA 1KJHA 3SKFA 1MRXA 2OHNA 1HVIA 1XL5A 3LHGA 3KN0A 5P5WA 5P7WA 4I1CA 3NXNA 1IZDA 4YA8A 2BPVA 2G24A 3O9BA 1HHPA 5DR4A 3BVAA 4J0YA 5DQ1A 4LBTA 5P0RA 3UDYA 1W6HA 2Q54A 4APRE 5P3WA 1APUE 1J71A 7HVPA 5KQZA 5P4YA 1D4HA 3NU3A 5P72A 2WL0A 1KJFA 3QAAA 5OZNA 3S2OA 1IDAA 4J1CA 5AH8A 3MXDA 1G35A 5P09A 3HD8A 4ZSPA 2ZJLA 5JODA 5P2KA 1U8GA 3ZLQA 1HSGA 2IRZA 4DH6A 3DK1A 3ZKGA 3OTYA 2P3DA 5P2GA 3PSGA 1DPJA 4Y44A 5P2QA 2PYNA 1HTGA 2VNMA 5ENKA 4EQJA 4YDFA 1SGZA 2G1NA 4CPUA 4OC6B 3SA5A 2VS2A 3EKPA 2FGUA 4CP7A 5P1UA 2OHMA 4EJLA 1OEWA 5COOA 5OZEA 3EMYA 5P42A 3FNUA 4QJ7A 5P3JA 4Y4GA 5E5KA 4EJ8A 1PPKE 2I4UA 5OYUA 1HSIA 1D4LA 4EJDA 3WZ6A 3DUYA 5P32A 3TLHA 1A8KA 3ZKMA 2R3WA 5P8JA 1FQXA 1K6CA 5P7EA 5P7ZA 2QD8A 1MSNA 5P7DA 3PWMA 3OOTA 3SABA 3OUAA 2NNPA 3IXKA 4Q1XA 3NU6A 4YOBA 5P2AA 5P1VA 1YTJA 3SO9A 4Y4UA 1W5WA 4IVTA 2FDPA 5P3YA 2ZJNA 5P3UA 3IA9A 2Z54A 3BUGA 5P33A 2NXLA 1MRWA 2P3BB 4OC6A 1ZAPA 2JXRA 1D4YA 3URJA 4FRIA 1M0BA 3S43A 1C6YA 1RV7A 3SM2A 4LAPA 3MWSA 1E5OE 3EL4A 5P49A 4EPJA 3N3IA 2Q3KA 5OYWA 1GNMA 1LV1A 4RVJA 5P5UA 4ZPEA 2AOFA 3ZPUA 4NPTA 2JJJA 4AZYA 1BV9A 4J0PA 5P1ZA 5OZSA 4A6CA 5P0DA 5OZZA 9HVPA 3L5DA 2QHZA 3T3CA 5P5OA 5P0KA 3KDCA 4RRNA 3NU5A 5P04A 1MSMA 5P5HA 3KA2A 4FM7A 4OD9A 3Q5HA 5P7SA 5P31A 3S53A 4I12A 5P88A 5P7TA 4FAFA 2FS4A 4EP3A 3JW2A 5P0AA 3QI1A 1BWAA 4F74A 2WEZA 4QJ6A 1IVPA 5P0UA 3IGBA 3VV6A 1BXQA 1HVSA 5T4SA 5P2YA 5P3QA 5P5AA 5P5TA 5P1CA 4RROA 5P8LA 3PB5A 5P2LA 1ODYA 4EHCA 4YE3A 5P5KA 4Y3AA 5P87A 5P3SA 1K6TA 2AOIA 3OQKA 3O9DA 5P4MA 4DJOA 3G72A 3ER3E 4LP9A 1BDRA 4Y47A 3FSMA 3AUPA 5KQXA 3F9QA 2QZLA 3EL0A 4FM8A 1EBWA 4Y4ZA 5P7OA 5P50A 3L5CA 5P3FA 5KOSA 1EPOE 4OBFA 3RSVA 3PHVA 5P05A 2WHHA 3TPJA 2P4JA 3NDTA 1FG8C 3H5BA 4ER1E 3INEA 4Y4AA 1E80E 2AQUA 3DV5A 3D1XA 5EZZA 2BB9A 5P67A 2FGVA 3I25A 2QMPA 5P08A 2AOHA 3OAGA 4DQGA 5P27A 2NXMA 1EAGA 4AMTA 2ZHVA 2G1SA 1D4JA 1HIIA 5HVPA 1MT8A 5P2WA 5P0CA 3UQWA 3SQFA 2I4QA 1AZ5A 5P5YA 3PBDA 5P3RA 5KR8A 4Y5MA 1IVQA 2G20A 2FIVA 3WSJA 3PCWA 3L5EA 3QP0A 1LF4A 1MVPA 2UPJA 4Y3SA 5OZDA 5P6LA 4Y3XA 1SMRA 5P8KA 4OBHA 1GKTA 3PJ6A 4Y54A 2ZHRA 4I0HA 4J1HA 3ZL7A 3JVWA 2FXDA 3L59A 1YG9A 1OD1A 4J0VA 4XKXA 1FQ7A 3PWRA 5P3BA 4Y3HA 5P3TA 1YM4A 2WEBA 3LZVA 1NPAA 5P4HA 2PH6A 5P6FA 5KOQA 4TRWA 4CPWA 5P3OA 4HZTA 3K5DA 3NDWA 2IGXA 5P3PA 5P1MA 1B11A 2PSVA 1BILA 3LZUA 1Z8CA 4ZLSA 5P3IA 2NMYA 3BGBA 5P5QA 2PWCA 2ZJHA 5P57A 5P45A 5P1LA 4NJTA 2BQVA 2QZKA 3DOXA 1XE5A 4Y58A 5OZUA 4B72A 2BPZA 3UTLA 4CMSA 5P8IA 5P5PA 5P8SA 1EPNE 3UDPA 3TL9A 3GI5A 3IN4A 4D85A 3OU1A 2V10C 5P0VA 2VIYA 3TOFA 1APTE 4HEGA 6APRE 1HOSA 1MESA 3UDQA 1ZLFA 5P59A 1SGUA 3GGVA 2OHRA 2J9JB 1GVVA 5KR0A 1CZIE 2ZHUA 5P53A 3PRSA 1T7KA 3QN8A 4PHVA 2HC0A 5OZ5A 5P29A 2ER6E 3SKGA 5P3VA 4PZWA 5P35A 4YOAA 5P1XA 1T6EX 3O9LB 4Y3GA 5BRYA 3PLLA 4RGHA 2V00A 3SM1A 3OXXA 1YX9A 3LZYA 5P1TA 2VA6A 1QBTA 3HAUA 4GJ9A 4CPSA 1HVLA 5HDXA 3HBOA 1IDBA 3BVBA 5P82A 4TRYA 5DR1A 4R8YA 4NJUA 2IS0A 4D88A 2JJIA 3OWNA 3OADB 3HW1A 3Q3TA 3TOGA 2R43A 4ZSQA 1YM2A 2Q63A 2XFJA 5P1YA 5ER2E 1GVXA 4Y3NA 5P1JA 1PPME 4OBZB 1MTRA 2R5PA 1QBUA 4DJRA 3APRE 5P7VA 3LIXA 3B7VA 3R0WA 1FQ8A 1FQ6A 5P5RA 3G6ZA 5P5DA 5P24A 1BV7A 1HSHA 4F73A 4I0JA 5P3EA 1F7AA 4I8ZA 3QROA 2F3EA 2HS1A 1FMBA 4H3JA 5P40A 1RQ9A 1K1UA 3RTNA 2PQZA 3IXJA 4GYEA 1WBMA 3T7QA 3LNKA 4WY1A 4L1AB 5IVRA 5P7LA 5P8BA 2F81A 5P55A 4B78A 3OQDA 4CPTA 5CONA 5P4BA 1ENTE 3Q70A 4AA9A 5HE4A 2ER7E 2IEOA 3EM4A 3DJKA 1G2KA 4KE1A 2CEJA 2ZDZA 5P48A 3OOZA 1FQ5A 4QLHA 3NDXA 1G0VA 3KFPA 2CEMA 3OUBA 5DR8A 4Y4JA 3QRSA 4DQHA 2A1EA 3GGUA 1APWE 1LYBB 1CPIA 5JG1A 2AZ9A 3VCMA 4LHHA 4YCYA 3UQRA 2B7ZA 1YTHA 2OHTA 4R93A 5F01A 5P6UA 5P4VA 4ZEAA 4BEKA 1HTRB 5P5IA 5P6DA 5P6HA 2CENA 5P4ZA 2NPHA 5P6BA 3L3AA 5P4IA 1VIKA 4F76A 5SY3A 5IVTA 3ZKSA 5P1AA 5OZGA 1BIMA 2WF3A 1AJXA 4Y4EA 3K4VA 1TCXA 2G1RA 5AH9A 5P78A 3L58A 3EBZA 5P1FA 3QS1A 5P8CA 5P34A 5J25A 3MSLA 3LIZA 2BBBA 2UXZA 3I6OA 5P54A 4APEA 2I0AA 1LYAA 3CMSA 1XN3A 3C9XA 3OUDB 3D91A 3ZKNA 4K9HA 2AZ8A 3VLBA 1N49A 6UPJA 1HIVA 4Y35A 3O9FA 3NYGA 4U8WA 5P12A 1IIQA 5P63A 2NR6A 3DCRA 4Y3TA 2O4NA 2PSUA 5P65A 1FFIC 3PBZA 3OHFA 2WF1A 3INDA 5P6GA 3HVGA 5AHAA 2WF2A 4I0EA 1FF0C 1BVEA 1AM5A 5P73A 3AIDA 5COKA 5P37A 5P2MA 2IGYA 3S54A 4ACUA 5OZ9A 5P8TA 2Q64A 5DPZA 1B5FB 1W5XA 1ZP8A 1K1TA 1DW6C 1E82E 5P79A 2BPYA 4Y3YA 3URIA 1EPME 3OTSA 5IVQA 4E43A 3UPJA 5KQYA 3OU3A 4J0ZA 3SA6A 5P7YA 4GMIA 5P4NA 5P4EA 5JFPA 3WB5A 4Y3MA 3QPJA 5P19A 4Y9WA 1G6LA 5P6NA 5P01A 3NLSA 1E81E 2WJOA 1FMXA 3VYFA 3HZCA 1GNNA 2VIZA 5P25A 5SZ9A 1AJVA 3RTHA 4ER4E 1W6IA 5P52A 5P6KA 2O4LA 2IL2A 2A4FA 4RZ1A 1JLDA 4ZPFA 3L5FA 3KFRA 5OYRA 4RVIA 1B5FA 5DQCA 4Y5GA 4NPUA 4YD4A 5P1HA 4LXMA 3SPKA 4Y3LA 5HTZA 3MSKA 4J17A 4OBGA 5BWYA 3T7PA 2Q11A 5TOLA 3VV7A 1MEUA 5P0QA 3QRVA 2P3BA 1EC1A 5P6MA 5P39A 1YT9A 3KMXA 5OZVA 2QCIA 5C9BA 3GW5A 4R92A 1B6PA 4QJAA 4Y5PA 1ODWA 5P15A 2ER9E 1AXAA 2VKMA 2ZHTA 4GJ7A 3K5GA 4U7VA 5P8UA 5P5BA 4HDBA 4Y5AA 2QZXA 4Y3WA 4FAEA 1HEFE 5P3CA 3BXRA 5P8FA 2PK6A 4TVGA 3NU9A 1EC0A 4DJXA 4ACXA 1ZPAA 5P10A 1XL2A 2FNSA 3PVKA 4J1EA 3S45A 5HDVA 1MIQA 4HA5A 4M8YA 1PSAA 2I4VA 3UFLA 2I4WA 5P1QA 4ZIPA 5P7CA 5P84A 3GGAA 4Y53A 4FRKA 5P1NA 4KE0A 1HVJA 5P0GA 3B80A 3LIQA 5OZBA 5P8NA 3D20A 5P14A 1K2BA 1SH9A 5DR7A 2G21A 5P03A 4Y43A 5EZXA 4PYVA 4I8WA 3JVYA 2HIZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C6X A;  1MPP A;  4HDP A;  5P3A A;  4I10 A;  3NUJ A;  3U6A A;  4DJP A;  3SA3 A;  1SME A;  3NDU A;  3CKP A;  1B6J A;  1TQF A;  4WTU A;  5P1S A;  4NJS A;  2ZE1 A;  4QJ9 A;  4RRS A;  1EC2 A;  4Y37 A;  4YD3 A;  4ZSR A;  2QMD A;  3NWX A;  1HWR A;  1OHR A;  3TPL A;  5P7Q A;  4IVS A;  3S7M A;  4ZSM A;  3K5F A;  3QBH A;  1TSU A;  5DR0 A;  1EED P;  5OZ3 A;  5HE5 A;  4Z4X A;  4YD7 A;  3ST5 A;  3UDJ A;  4HLA A;  5P00 A;  4I0I A;  3EL5 A;  3ZMG A;  5P0I A;  1FGC C;  4I0G A;  1BWB A;  4MC1 A;  5I3W A;  2P83 A;  1UH8 A;  5OZ2 A;  2PMA A;  4YD5 A;  3NSH A;  2HM1 A;  5P23 A;  3PM4 A;  3EC0 A;  5P81 A;  3OU1 B;  3URL A;  4B70 A;  2Z4O A;  5P7H A;  1K6P A;  4Y4W A;  2EWY A;  5OZ7 A;  5OZT A;  5P2N A;  3O9A A;  1BDQ A;  4Q5M A;  2PYM A;  5P68 A;  4H1E A;  4FLG A;  3QVI A;  4DI2 A;  3TH9 A;  2QHY A;  2HB2 A;  5HCO A;  5SXN A;  5P62 A;  3ZPT A;  2AID A;  3DM6 A;  4QJ8 A;  2J9K A;  2OHS A;  3ZKQ A;  6FIV A;  3IXO A;  3NWQ A;  3QRM A;  1QS8 A;  1GNO A;  4XX4 A;  5P51 A;  4OBK A;  1ZSF A;  3UQU A;  5P3G A;  3EKX A; 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 1MSN A;  5P7D A;  3PWM A;  3OOT A;  3SAB A;  3OUA A;  2NNP A;  3IXK A;  4Q1X A;  3NU6 A;  4YOB A;  5P2A A;  5P1V A;  1YTJ A;  3SO9 A;  4Y4U A;  1W5W A;  4IVT A;  2FDP A;  5P3Y A;  2ZJN A;  5P3U A;  3IA9 A;  2Z54 A;  3BUG A;  5P33 A;  2NXL A;  1MRW A;  2P3B B;  4OC6 A;  1ZAP A;  2JXR A;  1D4Y A;  3URJ A;  4FRI A;  1M0B A;  3S43 A;  1C6Y A;  1RV7 A;  3SM2 A;  4LAP A;  3MWS A;  1E5O E;  3EL4 A;  5P49 A;  4EPJ A;  3N3I A;  2Q3K A;  5OYW A;  1GNM A;  1LV1 A;  4RVJ A;  5P5U A;  4ZPE A;  2AOF A;  3ZPU A;  4NPT A;  2JJJ A;  4AZY A;  1BV9 A;  4J0P A;  5P1Z A;  5OZS A;  4A6C A;  5P0D A;  5OZZ A;  9HVP A;  3L5D A;  2QHZ A;  3T3C A;  5P5O A;  5P0K A;  3KDC A;  4RRN A;  3NU5 A;  5P04 A;  1MSM A;  5P5H A;  3KA2 A;  4FM7 A;  4OD9 A;  3Q5H A;  5P7S A;  5P31 A;  3S53 A;  4I12 A;  5P88 A;  5P7T A;  4FAF A;  2FS4 A;  4EP3 A;  3JW2 A;  5P0A A;  3QI1 A;  1BWA A;  4F74 A;  2WEZ A;  4QJ6 A;  1IVP A;  5P0U A;  3IGB A;  3VV6 A;  1BXQ A;  1HVS A;  5T4S A;  5P2Y A;  5P3Q A;  5P5A A;  5P5T A;  5P1C A;  4RRO A;  5P8L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LF2 A;  5UPJ A;  4Z22 A;  2I1A A;  2AOC A;  3I8W A;  2OF0 A;  1F34 A;  1KJ4 A;  3KT5 A;  4L7H A;  4Y5B A;  4GJD A;  2B42 A;  2WEA A;  3PGI A;  1FG6 C;  5ER1 E;  4HE9 A;  1NPW A;  5P5F A;  5P6W A;  3L38 A;  2ZHS A;  4M8X A;  5BS4 A;  2XYE A;  3FNS A;  1GVT A;  5P2F A;  4D8C A;  5P8V A;  2QI5 A;  5OZW A;  2UY0 A;  1D4I A;  8HVP A;  4EJK A;  2OHQ A;  2WKZ A;  2QD6 A;  5P4Q A;  4Q1N A;  5OZM A;  4GJA A;  2AOJ A;  5P7G A;  1RL8 A;  5DQ5 A;  5P3N A;  5P2H A;  5OYX A;  2OAH A;  4JOO A;  5P16 A;  3S43 B;  3ZPS A;  1EBZ A;  3OUD A;  5P86 A;  1RNE A;  1TSQ A;  1NSO A;  2ANL A;  4WY6 A;  5P6J A;  2G27 A;  4RVX A;  4Y3Z A;  4A6B A;  3EXO A;  2HB3 A;  4Y3E A;  2OHP A;  1KZK A;  4EXG A;  1KJG A;  5OZY A;  1HXB A;  3TPR A;  4Y5C A;  1UPJ A;  4XX3 A;  4JP9 A;  1OEX A;  2F80 A;  3O99 A;  3SA9 A;  5OYQ A;  5HE7 A;  4B1C A;  4X7I A;  5P17 A;  4DFG A;  2MIP A;  3PI0 A;  4K8S A;  5P0F A;  3S56 A;  3UDK A;  2BPX A;  4EP2 A;  5P0M A;  1FEJ C;  1BVG A;  5OZR A;  5P61 A;  4MC2 A;  3LIN A;  3CKT A;  5P6X A;  1MT9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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