2AVVA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAISTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avvA00
2P3BA 2F80A 3TL9A 3LPJA 1WBMA 5OZFA 3QVCA 3LZSA 5P1FA 4YBIA 5KAOA 5P85A 4Z4XA 3UDQA 5T4SA 3ZKMA 3ZL7A 4BFDA 1QBUA 3I6OA 4RYGA 3IXJA 4DPFA 3SKFA 5P1LA 5P47A 1DMPA 3L5BA 1LV1A 4FM6A 4K4QA 3URIA 1GVXA 3ZKQA 3L5FA 1LYBA 3UDPA 5P84A 2B7ZA 4J0YA 4H3IA 3DUYA 4I0FA 3MSLA 3GI5A 4K9HA 1D4KA 1FQ6A 1DW6C 3ER3E 3FNSA 4NKKA 4YCTA 3APRE 2R43A 2G20A 4CPQA 4Y3GA 1EPLE 5P4KA 2ZJMA 5P6PA 1D4LA 3KMXA 4R5NA 2VJ9A 3KFPA 4LXKA 3MSKA 4Y3JA 2FIVA 4I8WA 3OU1A 3O9LA 4NJSA 3PWWA 4Y6MA 5P7AA 5P5GA 1BDQA 2VS2A 4AA8A 4YD3A 2WL0A 5AHBA 2Q3KA 5P8PA 5AH7A 3EKXA 3RU1A 4FLGA 5P8FA 5P1JA 5P8QA 2JJJA 3S43A 2PH6A 3DV5A 2WEBA 4ZPEA 3CYXA 3PWRA 3QI1A 4ZSQA 5I3WA 1HPVA 4ACXA 1K6CA 5P3BA 2G21A 3ZOVA 3TTPA 4FAEA 3O9FA 5P5IA 3IA9A 4A6BA 3PSUA 3FSMA 4OC6B 2IENA 5P1OA 2ZHTA 2G94A 4Z50A 3GGVA 4Y9WA 5I70A 5P78A 5P44A 3RTHA 2WF4A 3NUOA 5P1NA 5P5OA 3KM4A 4RCDA 1OHRA 4DJQA 3K4VA 4CP7A 4CPTA 1BIMA 3LIVA 1BVEA 3OOTA 5OZTA 3CMSA 4EQ0A 2O4PA 3INFA 1HIHA 2NMZA 2I4DA 5P3HA 1UH7A 3OAGA 4Y4TA 4Y45A 3INHA 5P83A 1EBYA 4Y3SA 1MUIA 5P07A 2R38A 4Y3RA 3UDJA 2O4LA 5P4YA 3S7LA 2R3TA 5COOA 1G6LA 3BUHA 5P0IA 2VJ7A 2P4JA 4YA8A 4NJVA 2QMGA 5OZNA 5P6NA 4QJAA 5OYXA 4K4RA 4TVGA 5HDXA 5KOQA 2WF0A 5P7BA 3PLDA 3LZYA 4QLHA 5P31A 5P1CA 1W6IA 3HVPA 3Q5HA 5P1KA 5HDVA 2Q15A 1HVHA 2QP8A 2Q63A 1EBKC 1VIKA 4I0GA 2I4QA 4Y3TA 4YCKA 5P1DA 3TLHA 1IZDA 1FIVA 2BQVA 2V00A 5P5WA 2VA6A 4Y54A 2PQZA 2Q11A 5P41A 4UPJA 1LYAB 5P6DA 1TQFA 5P8CA 2QAKA 5OZGA 9HVPA 5P18A 2B8LA 4ACUA 1MERA 2WHHA 3SFCA 3SA9A 4U7VA 5OZ9A 3R0YA 3NLSA 5KOSA 2FS4A 3CICA 4DJOA 4TRZA 5P70A 3CYWA 5P3PA 3VV8A 3SA6A 1QBTA 4ZPFA 2QU2A 2ZJLA 3SA5A 4OBZA 3PCWA 5OZZA 4D89A 3NR6A 3KT2A 2OHSA 4F76A 4B00A 1B6LA 2AQUA 5P2UA 3UQPA 5P0HA 5OZHA 4EJLA 5P2SA 4BELA 5P89A 2G1NA 3PGIA 5P1MA 1VIJA 1KZKA 3D91A 1T3RA 4D83A 4I0ZA 1B5FB 5AH6A 4LHHA 2HPEA 2Q54A 3IXKA 2G1OA 1G0VA 2HIZA 3EL1A 5P4SA 2PK6A 2RKFA 2OHPA 5P49A 3O9EA 3L59A 5P7CA 3NWQA 3PEPA 3T7QA 2HC0A 4Y5CA 3IAWA 4Y4BA 2R8NA 3U7SA 3D1XA 5P7KA 3R0WA 3ZKXA 4Y58A 1PPME 5P22A 4QJ7A 4PZWA 3R2FA 5P15A 5P2MA 1SGZA 5P6IA 2Z4OA 2EWYA 2QD6A 1E81E 2FDDA 5P2LA 3NSHA 3T7PA 4B05A 1BWBA 4XXSA 2HB3A 1C6XA 5P81A 3VF3A 4Y41A 5P50A 5P3FA 1AJXA 2AZCA 1IZEA 4I1CA 5P23A 2CEMA 2ZJNA 4EQJA 4KE0A 2AOCA 2CENA 4KE1A 5I3XA 4FRIA 5P5VA 3IN3A 4YD7A 1HSHA 5P4ZA 1GNMA 1FFIC 1ME6A 1BXQA 1HTRB 4QJ6A 3HW1A 5CLMA 3I25A 2QHYA 3RTNA 5P0ZA 4QJ8A 5P1AA 5P3LA 1RPIA 3UQWA 3RTMA 1UPJA 5P5TA 5P0LA 5P0RA 3NXEA 1BDLA 4FGXA 5JODA 1ZBGA 2AVSA 1Z1HA 2R9BA 2Q5KA 1K1UA 2ZHVA 4ZPGA 2PWRA 5P0TA 4CPSA 1SH9A 5E5JA 5OZ7A 4OC6A 5P8UA 5P2NA 2P83A 3OU4B 5P20A 1OEXA 5P7UA 3PBZA 4GMIA 3SPKA 3OADA 2NXDA 5SY2A 4GZFA 4GJBA 3UQXA 1A30A 4RRSA 1LZQA 4MC2A 4NJTA 5P4TA 2UY0A 5P5AA 1PFZA 2ZJIA 5OYUA 1ENTE 3EL5A 4ER4E 5P8LA 2VNMA 1RNEA 4HEGA 5P01A 5P4OA 5P25A 5HDUA 5P1BA 4DH6A 1EPOE 5P3SA 2IDWA 2AIDA 5P71A 3OXWA 3FNUA 3EXOA 1HVCA 3L5DA 5OZ0A 1MESA 1A8GA 3C9XA 5P7MA 1FMXA 2VA7A 4Y3ZA 1GVVA 2CEJA 1FQ4A 6FIVA 2VIZA 4S1GA 3MWSA 2PSVA 3EKWA 4Y3EA 1IBQA 5DR7A 5P86A 1FB7A 4EWOA 1G2KA 1T6EX 2PYMA 5P0GA 2IKUA 1W5YA 5DGUA 3UDRA 1HWRA 5HU0A 4D85A 4B1CA 4I12A 4XX3A 3OXXA 3OHFA 1SDVA 2P3CA 2QHZA 4RZ1A 5P27A 4RVJA 5UPJA 1IVQA 4J1EA 5OYYA 5P6MA 3DJKA 4GJ5A 5P40A 3SA8A 5P1IA 4TRWA 3LZVA 5ISJA 5OZYA 1LYAA 5P1PA 4K4PA 5P3MA 1HOSA 3PLLA 4I8ZA 1BILA 2OHRA 4WY6A 4Y4ZA 3UDMA 1FMUA 4KB9A 4CPRA 2OHKA 3I8WA 1HPXA 1IDAA 2VNNA 5P37A 1E5OE 2V13A 3DK1A 2QD7A 1LS5A 3PB5A 1XN2A 4CPUA 3H0BA 3SLZA 1XDHA 1NPWA 5P12A 3GI6A 1D4SA 5P7XA 2WF1A 4GYEA 3TPLA 1ZTZA 5DR1A 5OZSA 1WKRA 2ER7E 4Y57A 4Y5LA 1M4HA 5J25A 3VSWA 5P57A 2G69A 4AUCA 2NNKA 4PPHA 3VLBA 5P52A 5OYQA 1HTGA 4J5JA 5P5KA 5P6WA 3KFSA 1B5FA 3VV6A 5PEPA 2NXMA 3KFNA 2BBBA 3BGCA 5P7PA 5P0EA 4F73A 2ZHRA 3KDDA 3KYRA 3OXVA 3BXSA 4NPTA 2VJ6A 3LPKA 1DIFA 2QZWA 5P5RA 1KJFA 5P7VA 5P08A 2NR6A 1FG8C 5P69A 2BJUA 1N49A 4K8SA 4COEA 2V16C 5P09A 1ZPKA 3UFNA 5P76A 1SIPA 3G6ZA 5KR8A 3INEA 3EBZA 1T7IA 5CONA 4I10A 2QMPA 2QI3A 1PSOE 5P5FA 1B6PA 3PWMA 1W50A 3KT5A 3QPJA 3N4LA 1GNOA 4DQFA 5ENMA 5P4XA 3NU3A 2A4FA 5P2QA 4NJUA 5P2OA 4GJ6A 2ZGAA 1LF4A 3DOXA 3HVGA 2QU3A 5P4LA 2JE4A 1FEJC 4Y39A 5OYTA 4J1KA 2I4UA 3WZ7A 2AODA 5P1EA 1D4JA 5P82A 5P6TA 2QZLA 3LHGA 5APRE 3L58A 1MT7A 1NSOA 4GJ8A 2AZ8A 3PSYA 1YT9A 5BS4A 5P17A 3NDXA 2ER0E 2QI0A 1MTRA 2B8VA 1TSUA 5P0OA 5P5LA 5F00A 5P67A 4H3GA 4Y51A 1PSAA 2F3FA 1SMRA 5P6UA 5B18A 5P00A 5P0XA 1HVIA 5P7WA 1C6ZA 5OZUA 3EC0A 5JG1A 3OUDB 1SBGA 3BXRA 5P7ZA 4DQBA 3CKPA 4OBFA 4J0PA 4Y5GA 5IS4A 3QIHA 2VKMA 3G70A 5OZMA 3VYEA 2HS1A 5P45A 1BV9A 3HAWA 3OU4A 3GGAA 4BFBA 1HPOA 4Y5AA 5IVTA 5P7EA 2WKZA 5P7YA 5HE7A 2PH8A 5P6HA 3VV7A 3ZKIA 3VCMA 3WZ6A 2AZ9A 4B70A 5P6YA 4Y47A 1PPKE 3UDNA 5P3CA 2G24A 5P6SA 1W51A 3QP0A 4MC9A 1D4IA 4R92A 4QJ2A 5P1GA 5P7JA 2QD8A 3EM6A 4L1AB 4IVSA 2FDPA 2B60A 2FLEA 1EPPE 3TNEA 4XKXA 5P72A 2AZBA 5P8OA 1W5XA 2I0DA 5C9FA 3URLA 5P5MA 5BRYA 5ER1E 4MC6A 4H3FA 3CKTA 1D4HA 3DCRA 4R8YA 3UFLA 5P3GA 4TRYA 4X2LA 2I4XA 5P1WA 4B77A 5P8GA 4BEKA 2B7FA 1UH8A 3URJA 4GJCA 4AA9A 4FRSA 4I0IA 1MEUA 2APRA 4D8CA 3K5GA 2OHUA 5P53A 3UCBA 4DJXA 5DR0A 1A9MA 2XFKA 1GVTA 3K5DA 4LC7A 5P3XA 5KQZA 5P06A 2AOIA 5P42A 2IL2A 5DR8A 1BAIA 3EKYA 1EC3A 4APRE 3TPPA 1ODYA 3OXCA 1IDBA 2XYEA 3PVKA 4AMTA 1ZJ7A 3BVBA 2VIJA 3OU3A 5P6ZA 5P2JA 5P7OA 1EC1A 5P7IA 4DV9A 1YM4A 1XS7D 2BKSA 5OZ5A 1U8GA 3ZLQA 1A8KA 5P7QA 3FKTA 3ZKNA 4Y5EA 5P2ZA 1HRNA 3OWNA 3PRSA 2WF2A 5P05A 3BUFA 4D88A 4Y4WA 1EPRE 3O9DA 4GJAA 3SA3A 5P6AA 1MIQA 5P8TA 1FKNA 4A6CA 5P55A 1PPLE 2NXLA 3Q70A 1C70A 1F34A 5P3UA 2VIEA 4FRJA 2QMDA 1HIIA 2QCIA 4Y5BA 5BWYA 5AH9A 5P8EA 1MVPA 1W5VA 1MRWA 2BPXA 3LIQA 1HIVA 4L7HA 4TVHA 3WSJA 3KF0A 5OZ1A 2WJOA 5SXNA 4Y56A 3TKWA 1HVJA 2O4SA 5P7GA 3T7XA 4I0DA 2A1EA 2FGVA 3Q6YA 1JLDA 5P1TA 5P4MA 5P5SA 3QRVA 5P6BA 1F7AA 2G1SA 5JFPA 3EKVA 5P24A 5P4PA 3VG1A 4Y5PA 3PI5A 2BPZA 4WY1A 2HS2A 4Y3XA 2NTRA 5OZLA 5P5EA 1FQ7A 4RVIA 5P8BA 5P8DA 5P3QA 2RKGA 3B80A 4PHVA 3CKRA 3PM4A 2OHQA 2QZXA 4FS4A 3APPA 2QI1A 7UPJA 2HM1A 1J71A 1NPVA 5P19A 3PSGA 3NXNA 5HD0A 3UQRA 1DPJA 4JP9A 5P4CA 3K5FA 1FG6C 5P8HA 3TOFA 1AIDA 3HLOA 3S7MA 4Z2ZA 1NPAA 2VIYA 1BBSA 3UQUA 1MSMA 5C9DA 1CZIE 1QDMA 4HDFA 5P3WA 5P2WA 2RSPA 3DV1A 3OQAA 3IVIA 2I0AA 1QRPE 3TOGA 4FAFA 1LEEA 2QHCA 2XFIA 1HXBA 4Y3HA 3UTLA 5P2FA 3SM2A 5P80A 4Q1NA 1APVE 1SGUA 5P59A 5P48A 5P3ZA 2FXEA 3EKQA 2R5QA 3S2OA 1QS8A 3QN8A 1BWAA 4OBHA 2QZKA 5P5YA 4J0ZA 3F9QA 3LIXA 5P5QA 4NPUA 3B7VA 1ZP8A 2R3WA 3O9LB 5P87A 2V12C 3LITA 5P7NA 5P4FA 1E80E 3ZPUA 3OQKA 1SP5A 2BB9A 1APWE 2F3KA 2OAHA 3O9CA 4LL3A 1FQ8A 1OD1A 2IKOA 2QNNA 2BKTA 1TSQA 5E5KA 3OK9A 2H6SA 4GJ7A 1OEWA 5IVSA 4DI2A 5P4RA 2MIPA 4DUSA 4I11A 5P13A 3KDBA 5P34A 5P0JA 4DJRA 1HHPA 5P5DA 4M8YA 5P38A 5P36A 3AUPA 5OZJA 3LZUA 5OZ2A 5P4BA 5I3YA 1K6PA 5P4EA 2ZE1A 6APRE 1GNNA 1B6JA 5P7LA 5P5JA 1APUE 3U6AA 3QAAA 4Y48A 4FSLA 4ZEAA 5P03A 5P51A 3AIDA 4RGHA 5P8SA 3LIYA 5P3KA 3NU5A 3Q4BA 3OUBA 2F3EA 4YOAA 1ZPAA 1HEGE 4DJUA 1MT9A 2Q55A 1TZSA 5P2VA 2AVQA 1Z1RA 3VEUA 4HLAA 3MSJA 1AAQA 2OHLA 1BVGA 1HBVA 1EAGA 2ZJJA 5P5BA 3FNTA 3S45A 4FRKA 5P6GA 4HDBA 1HTEA 1LYWB 5JFUA 1D4YA 3EKTA 3QVIA 5P6JA 1RQ9A 4Y3LA 5P2IA 3K1WA 4Z22A 5KR0A 5DQ1A 3D20A 5TOLA 5P29A 1YX9A 3CIDA 5P74A 1XE6A 3DM6A 5DPZA 2J9KA 1K2BA 1TW7A 2UXZA 5P46A 5OYVA 3RSVA 3LPIA 5P2AA 3FIVA 3HAUA 3SQFA 5P8JA 1IIQA 3ZMGA 4ZSPA 3R4BA 3QRSA 4Y38A 3SA4A 5P2XA 2FGUA 3OTSA 1IZHA 4FE6A 3PHVA 3N3IA 2QI7A 2ER9E 1CMSA 4Q5MA 4PYVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3B A;  2F80 A;  3TL9 A;  3LPJ A;  1WBM A;  5OZF A;  3QVC A;  3LZS A;  5P1F A;  4YBI A;  5KAO A;  5P85 A;  4Z4X A;  3UDQ A;  5T4S A;  3ZKM A;  3ZL7 A;  4BFD A;  1QBU A;  3I6O A;  4RYG A;  3IXJ A;  4DPF A;  3SKF A;  5P1L A;  5P47 A;  1DMP A;  3L5B A;  1LV1 A;  4FM6 A;  4K4Q A;  3URI A;  1GVX A;  3ZKQ A;  3L5F A;  1LYB A;  3UDP A;  5P84 A;  2B7Z A;  4J0Y A;  4H3I A;  3DUY A;  4I0F A;  3MSL A;  3GI5 A;  4K9H A;  1D4K A;  1FQ6 A;  1DW6 C;  3ER3 E;  3FNS A;  4NKK A;  4YCT A;  3APR E;  2R43 A;  2G20 A;  4CPQ A;  4Y3G A;  1EPL E;  5P4K A;  2ZJM A;  5P6P A;  1D4L A;  3KMX A;  4R5N A;  2VJ9 A;  3KFP A;  4LXK A;  3MSK A;  4Y3J A;  2FIV A;  4I8W A;  3OU1 A;  3O9L A;  4NJS A;  3PWW A;  4Y6M A;  5P7A A;  5P5G A;  1BDQ A;  2VS2 A;  4AA8 A;  4YD3 A;  2WL0 A;  5AHB A;  2Q3K A;  5P8P A;  5AH7 A;  3EKX A;  3RU1 A;  4FLG A;  5P8F A;  5P1J A;  5P8Q A;  2JJJ A;  3S43 A;  2PH6 A;  3DV5 A;  2WEB A;  4ZPE A;  3CYX A;  3PWR A;  3QI1 A;  4ZSQ A;  5I3W A;  1HPV A;  4ACX A;  1K6C A;  5P3B A;  2G21 A;  3ZOV A;  3TTP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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