2AZ8A

Hiv-1 protease nl4-3 in complex with inhibitor, tl-3
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structural Insights into the Mechanisms of Drug Resistance in HIV-1 Protease NL4-3
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2az8A00
3PWRA 4Y35A 5P5OA 1T6EX 3WZ6A 2ER0E 4OD9A 5P1QA 1B6LA 5P68A 5P37A 3WB4A 5KQZA 4OC6B 1YTHA 3AIDA 5OZ4A 3D20A 2QMPA 3O9FA 3OHFA 5P6OA 4DPFA 2ZHUA 3PCWA 3GW5A 3T7XA 2FDEA 4OBZA 2Q64A 4L1AA 4DJOA 4B0QA 3IN3A 3URJA 3L58A 5P7EA 4GJCA 2BBBA 3G70A 3IXJA 6APRE 4Y6MA 4HDFA 3S45A 1AXAA 2G1NA 3KT2A 2R8NA 3HAUA 4FCOA 4EQJA 5P00A 1B6JA 4K9HA 3QIHA 5P7OA 5P8EA 2G22A 4L6BA 1W50A 3OUCA 4Y5GA 5BWYA 3OUBA 3NU5A 1OHRA 4J1CA 4RVJA 3UDYA 5P5ZA 2ZE1A 4EPJA 4Y3AA 3DK1A 3D91A 4H3IA 1E82E 3L59A 1IDAA 2FNSA 4Y37A 3GGVA 1G2KA 1OEXA 2AZ8A 5P5MA 4Y56A 3BUGA 1HVIA 4Y5EA 1OD1A 2QK5A 2F81A 4I0ZA 4YD5A 5IVSA 2G1YA 4FAFA 4PYVA 1U8GA 1CZIE 2MIPA 3S2OA 2AODA 4FM8A 2QD6A 4JOOA 3INDA 4I0JA 3T6IA 1W5VA 4ZSPA 3O9EA 2I4VA 1UH7A 1AIDA 4PZXA 1ZLFA 5P33A 1A9MA 2H6SA 4B1DA 4GJ7A 5P6SA 3O99A 3H0BA 5P50A 3EKVA 5AH7A 5OZ0A 3BRAA 5OZIA 1YT9A 4COEA 3IA9A 3O9GA 5PEPA 4ZPGA 2UPJA 1BV7A 5OZTA 3S54A 2HPFA 3MXEA 5KR0A 1ENTE 5P0IA 1GNOA 3URLA 5OZSA 3LINA 2QD8A 1YTGA 4YCYA 3O9CA 3MSLA 5P5CA 3EL1A 3O9DA 4OBZB 2FNTA 5P52A 4L1AB 3SLZA 3UDRA 1MT9A 4Y3RA 3TPLA 1ZAPA 4J55A 4PHVA 1HVKA 5P89A 5P36A 5P7PA 1FMUA 4FRIA 1OEWA 1APWE 5P0EA 5P7MA 4GJDA 2WF3A 5P0KA 2IRZA 3UPJA 5P7UA 4ACXA 3HZCA 5P25A 1NPWA 2BB9A 3PCZA 1BWAA 5DPZA 3DV5A 1KZKA 3TTPA 5P1MA 5P8VA 5IE1A 5P66A 1MT7A 1SP5A 2V13A 1ZPKA 3DOXA 3KFNA 4Y47A 1QS8A 3OQDA 3ZL7A 2P3BB 1HVCA 4AUCA 4RVIA 1PSOE 3PMYA 2PK6A 4YD6A 4Y3XA 3JVYA 1SDVA 5P87A 3AUPA 3SFCA 5P7TA 3ER3E 3ZPUA 1EPLE 5P34A 1MEUA 3QP0A 1MRWA 2AZBA 2G26A 2BQVA 4OBHA 5OZ3A 1GNMA 4Y5BA 1M0BA 4AZYA 5P2BA 3DCKA 3PGIA 2JXRA 4MC6A 4F76A 5P7KA 3QBFA 4EYRA 4GJBA 2WEDA 1IZHA 3R0YA 5P3XA 4J1IA 3OQAA 5HDZA 1K6CA 3GI6A 1ZPAA 4J17A 4QJAA 1JLDA 5P7NA 2V16C 4DVFA 5P8LA 2I4XA 1QBTA 3VV6A 1BV9A 5P6CA 5OZEA 2APRA 3PLLA 3NDXA 3UQRA 1HXWA 3CIBA 2R5QA 3CIDA 4YBFA 5P5JA 2XYEA 1HVRA 3VUCA 5P5TA 4TRWA 1SH9A 1EPQE 5E5JA 2HB3A 3NU6A 2UXZA 3EMYA 5P79A 2ZJLA 2VJ9A 3VFAA 4I10A 2B7ZA 5P4LA 4LHHA 5P0SA 3NR6A 5P0HA 4EXGA 3EKYA 5DR3A 2AOJA 2G21A 4I0DA 1HTFA 5P2GA 4GZFA 4HVPA 4J0VA 4JPEA 1PPLE 1HSHA 2BKTA 4LXMA 3I7EA 4K4PA 4XX4A 5P26A 3UTLA 3Q4BA 2AZ9A 3I6OA 4Y3HA 2Q15A 3APRE 5P3HA 2WEZA 3LNKA 5P7GA 2SAMA 5DR1A 1LEEA 5P0UA 1FQ7A 5P7LA 4FRJA 3QAAA 5IVTA 1IZDA 2VJ7A 3UDNA 5P0TA 2WEAA 2IKOA 4DH6A 5P83A 4A6CA 2V11C 2XYFA 1MSNA 4EP2A 3T7QA 1TQFA 3EKPA 4AMTA 4QJ8A 5E5KA 3QRMA 5P0DA 3ER5E 5P3OA 9HVPA 2PMAA 5P46A 4Y3EA 3RTNA 3VYEA 6UPJA 2O40A 5P5GA 5P6RA 2O4LA 5JFPA 2FGUA 3S7MA 1DPJA 5P6PA 4Y4TA 5P5NA 4GJ9A 5P11A 3QI1A 3QN8A 5KOSA 4LP9A 1FB7A 2IGXA 3CKRA 2VNMA 4GB2A 4RRSA 1D4JA 5P71A 3NDWA 4BFBA 3MXDA 5DQ5A 2A1EA 2OAHA 6FIVA 5IVRA 1SGZA 1HEGE 2G94A 2QMDA 4GYEA 1TSUA 2FXDA 2AVSA 1K1UA 1IIQA 1PROA 3S8IA 4A4QA 2OHKA 1VIJA 2ZDZA 2G1SA 5P6YA 2OHRA 5P4BA 3ZKXA 5P7IA 4Y41A 3EM4A 4WY6A 5P60A 3PWMA 5P3UA 4NJVA 3TPPA 1N49A 2B7FA 3CKTA 2ER6E 1ZP8A 5KOQA 4Y51A 3T11A 5P8BA 3D1XA 5B18A 2J9KA 1EC3A 3CYWA 2QZLA 3LZVA 5P5KA 1FQ4A 2JJIA 4EJKA 1TSQA 2QZXA 1K6TA 1YM2A 5AH6A 8HVPA 5P62A 3LIYA 3ZPTA 3ST5A 5P8RA 3PSGA 3QS1A 5COOA 5P5FA 3IVHA 5OYYA 1LF2A 2AOCA 3K4VA 2QI5A 5P2OA 3BVAA 5CLMA 2ZJNA 2B8VA 4J1KA 5P7WA 3VLBA 4E43A 4Y5KA 3NUJA 4K8SA 5OZ1A 5P06A 3SAAA 1NSOA 1EC1A 5P8CA 5P45A 5P6TA 2O4NA 3IN4A 3LIXA 4GJ5A 1FEJC 1ZTZA 1YX9A 4IVSA 3LPJA 5COPA 5P7SA 5KAOA 5P6GA 3VV7A 3OU4A 5P8KA 4CKUA 2AIDA 1YM4A 4HA5A 3PRSA 5P48A 3VCMA 4Z50A 4BFDA 2QI0A 5ENMA 1EBKC 4J54A 5P84A 5AGZA 3OAGA 3OGPA 5P3MA 3NWQA 5P7VA 3HVPA 2V12C 1HXBA 5P10A 5P80A 2WF4A 3IVIA 4B1EA 3ECGA 5P5VA 1QBSA 5P29A 3VSXA 4YD4A 3LZUA 4OBDA 1KJGA 2OHQA 5P4JA 1SDUA 4I0EA 4YOAA 5P59A 5OZ7A 1GVVA 4Y3WA 1BDQA 1ZSFA 2NNPA 5P74A 4DQHA 1D4IA 5P4VA 2CEMA 7UPJA 5P8IA 4Y4ZA 4CPTA 3INHA 4B78A 4DI2A 1T7IA 2PWCA 3TPRA 5P3PA 2P83A 2HIZA 5P13A 1W5YA 4Y36A 5P3TA 3KDDA 4D85A 1C70A 4Y3LA 3EL4A 4QLHA 5C9FA 3RTMA 4QJ2A 5P8TA 1MERA 1B6MA 1DIFA 5OZQA 2QNPA 3EL9A 2XFKA 2F3KA 5HDXA 2AOEA 4RYCA 2G1OA 3APPA 4J5JA 5OZWA 2R3WA 3DV1A 5AH9A 4EQ0A 3FNTA 2BPVA 1BILA 2P3DA 4MC1A 3URIA 3OXVA 4U8WA 3TOFA 1MUIA 5P54A 3SKGA 1LYAB 1FQXA 2PH8A 3SABA 4DV9A 5P55A 4CPQA 5P03A 3VEUA 4QJ7A 2ZGAA 4Y5PA 5P6EA 5P4GA 5AHCA 5DQ4A 2FLEA 3KMXA 2ZHRA 4FIVA 1IVPA 5P1JA 4RGHA 5DR8A 5P0MA 4F75A 5OZMA 2XFIA 1SIPA 2NPHA 3OU4B 2OHSA 4Y48A 4K4QA 5P8JA 1FKNA 3NSHA 3LITA 4Y43A 1EPPE 5HU0A 4FGXA 3OAGB 5P88A 3TKWA 2V0ZC 1NPVA 3FNUA 2P3BA 3FV3A 3OY4A 3VG1A 2NR6A 3KYRA 5HE4A 5P41A 3OWNA 5P12A 4ZE6A 4EJDA 1UH9A 1NPAA 1MPPA 5P4EA 1T6GA 5EZZA 5P2LA 1PSNA 1XE6A 3L38A 4XKXA 3HVGA 4Y4UA 2BJUA 5P6QA 4EP3A 1T3RA 5SZ9A 3UFLA 4F73A 2AOIA 3TH9A 3BUFA 1DMPA 2HS2A 4GJAA 4N00A 5P78A 5P1ZA 4M8YA 5HE7A 5P4AA 5P76A 2IDWA 3WSJA 2FIVA 3GGXA 3OADB 4YCTA 4B77A 1XE5A 4L7HA 4MC2A 3SACA 5P4RA 1MTBA 3NU3A 5P4MA 5P08A 3SKFA 3JVWA 5P0VA 5P1AA 4Z2ZA 1ZJ7A 2B42A 1BVGA 3QVCA 5I3YA 1KJFA 3HBOA 5P1FA 5P1TA 4TVGA 5P20A 4NKKA 5P2WA 5KR2A 5DR7A 5P81A 1T7JA 5P2TA 5I3VA 4QGIA 1HTGA 1RQ9A 3UF3A 2WF0A 2OHMA 1SMRA 1LZQA 1SGUA 5FIVA 5P32A 5COKA 5P3GA 1FFFC 5P2HA 5HDUA 2OHLA 2ZJIA 3KA2A 3WB5A 4Y3PA 4Y5MA 2VIJA 4CPUA 3PBZA 3O9AA 2IENA 1C6YA 1ODYA 2RKFA 3FX5A 4FL8A 2CENA 3HD8A 5P2FA 3OHHA 5P8UA 3VV8A 4B1CA 3EL0A 3KF0A 5OZUA 3SA5A 5P4OA 3HAWA 1Z1RA 5P65A 5P8SA 4Y50A 5P2JA 1APUE 3OQKA 2QHCA 1BBSA 1GVTA 1A94A 2HB4A 2VA7A 1AJXA 2O4KA 5P2YA 2WEBA 5IS4A 5P69A 4OBGA 1FMXA 1LV1A 3IAWA 5P7FA 4B72A 4ZLSA 3ZKQA 5OYUA 3KN0A 5P7JA 1HVHA 1HPSA 4GJ6A 3VF3A 1YG9A 1K1TA 5P6WA 4I0GA 1D4SA 2VJ6A 4R5NA 4I0IA 1HTRB 2WF2A 3N3IA 4ZPEA 5P70A 3KFRA 2H6TA 5P4IA 5P6FA 1BVEA 4QJ6A 2F3FA 5P2XA 2ER9E 4L7GA 5P8PA 5HU1A 2QZKA 4Y44A 4R92A 5P1LA 4DQEA 1BIMA 3VYDA 1RPIA 3BXSA 3QVIA 5HVPA 5P5AA 2I4WA 2AOGA 2HB2A 5I3XA 1BWBA 3VF7A 4PEPA 3FIVA 5SXNA 1A8GA 3EKXA 3TLHA 5DGUA 3SM1A 5P39A 1MRXA 5P02A 4Y4JA 1QRPE 5P1CA 4LXAA 5P7CA 5ER2E 5P8AA 1XL2A 3UQWA 4Y5CA 5P6HA 4Y54A 5KR8A 1D4KA 3PWWA 3D1YA 3KFPA 4ZEAA 5P63A 1EBWA 5P01A 5DQ1A 2Q63A 4B00A 1Z8CA 4FAEA 3L5CA 5P4CA 1RNEA 3D1ZA 1FG6C 1SDTA 2ZHSA 4WTUA 1GKTA 4Q5MA 2WECA 3ZKNA 5DQCA 1K2CA 4L7JA 5P3KA 4RYGA 2ASIA 1W6IA 1HPXA 5P38A 1BDRA 5TOLA 3KFSA 2QMFA 4H1EA 3INEA 4WY1A 3QRSA 2F3EA 3Q6YA 5P0XA 2FMBA 3OQ7A 5P72A 4RLDA 3KT5A 1TCXA 5P8FA 2PYMA 7HVPA 1AVFA 1DAZC 4J1FA 1FGCC 4RRNA 3QBHA 3L5FA 4Y5LA 2VA5A 3TKGA 4Y58A 5P6BA 3EC0A 5KQXA 3ZKIA 3LPKA 5P1HA 3VFBA 3U6AA 5OYTA 4NJSA 4Y3MA 5OZFA 3SPKA 5P0BA 3I25A 4U7VA 3L5DA 1AAQA 1WBMA 4X7IA 3EKTA 5P6LA 4YDGA 3S7LA 1KJ4A 4Y3NA 1LYWB 5OZNA 3KMYA 3VLAA 4NPUA 2RENA 3OU1A 1HPOA 2ZJMA 1HIHA 5P4DA 5CONA 3NUOA 2Q3KA 5P44A 2Z54A 3LZYA 5HTZA 5P2CA 2PQZA 2AOHA 1J71A 2B8LA 4LC7A 5P3LA 1ZSRA 5P82A 5HDVA 3PBDA 4Z22A 1SBGA 2WF1A 4Y5AA 2P8HA 1D4LA 5P3AA 5P85A 2FGVA 5P2MA 4DJYA 1RV7A 4UPJA 3WZ7A 5P2UA 2QZWA 2NMZA 1AZ5A 1XS7D 4LBTA 5P67A 5P5EA 4EWOA 1PFZA 4RROA 2BPXA 3FSMA 1HVJA 2G69A 4I0HA 3F9QA 5OZ8A 1T7KA 5P0CA 1APVE 1BAIA 5OZXA 4CPXA 3SA3A 3FNSA 3O9HA 5OZVA 4KE1A 1IBQA 5OZZA 3TL9A 5P4ZA 3SM2A 2V10C 5P2KA 1QDMA 2V00A 3OXXA 1FLHA 1RL8A 3TNEA 5DGWA 5P7RA 4HDPA 2AOFA 1MSMA 4OBJA 5DR4A 4MC9A 4R91A 5P23A 4FS4A 2VIEA 1EC2A 4LL3A 4GJ8A 5P1WA 4U7QA 1LYAA 3R2FA 5P1EA 1KJHA 5P77A 3ZKGA 4A6BA 1HTEA 4M8XA 3D3TA 1B6PA 3L5EA 5C9DA 4RCFA 3BXRA 3K5GA 1GVXA 1WBKA 3K4VC 5P2IA 1EPOE 5P7DA 1FQ8A 3MWSA 5P75A 1EC0A 1HIIA 2R38A 4J0PA 5P14A 3LZSA 4OBFA 3BC4A 5C9BA 5OZGA 2QMGA 5P0NA 1B5FA 3DM6A 3VF5A 2IS0A 2QNQA 1EPNE 5P6KA 5P04A 1GNNA 3GI4A 3Q3TA 1LS5A 5JODA 2XFJA 4Z4XA 1C6XA 5OZCA 4Y3ZA 4I12A 4J0TA 3OUDB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PWR A;  4Y35 A;  5P5O A;  1T6E X;  3WZ6 A;  2ER0 E;  4OD9 A;  5P1Q A;  1B6L A;  5P68 A;  5P37 A;  3WB4 A;  5KQZ A;  4OC6 B;  1YTH A;  3AID A;  5OZ4 A;  3D20 A;  2QMP A;  3O9F A;  3OHF A;  5P6O A;  4DPF A;  2ZHU A;  3PCW A;  3GW5 A;  3T7X A;  2FDE A;  4OBZ A;  2Q64 A;  4L1A A;  4DJO A;  4B0Q A;  3IN3 A;  3URJ A;  3L58 A;  5P7E A;  4GJC A;  2BBB A;  3G70 A;  3IXJ A;  6APR E;  4Y6M A;  4HDF A;  3S45 A;  1AXA A;  2G1N A;  3KT2 A;  2R8N A;  3HAU A;  4FCO A;  4EQJ A;  5P00 A;  1B6J A;  4K9H A;  3QIH A;  5P7O A;  5P8E A;  2G22 A;  4L6B A;  1W50 A;  3OUC A;  4Y5G A;  5BWY A;  3OUB A;  3NU5 A;  1OHR A;  4J1C A;  4RVJ A;  3UDY A;  5P5Z A;  2ZE1 A;  4EPJ A;  4Y3A A;  3DK1 A;  3D91 A;  4H3I A;  1E82 E;  3L59 A;  1IDA A;  2FNS A;  4Y37 A;  3GGV A;  1G2K A;  1OEX A;  2AZ8 A;  5P5M A;  4Y56 A;  3BUG A;  1HVI A;  4Y5E A;  1OD1 A;  2QK5 A;  2F81 A;  4I0Z A;  4YD5 A;  5IVS A;  2G1Y A;  4FAF A;  4PYV A;  1U8G A;  1CZI E;  2MIP A;  3S2O A;  2AOD A;  4FM8 A;  2QD6 A;  4JOO A;  3IND A;  4I0J A;  3T6I A;  1W5V A;  4ZSP A;  3O9E A;  2I4V A;  1UH7 A;  1AID A;  4PZX A;  1ZLF A;  5P33 A;  1A9M A;  2H6S A;  4B1D A;  4GJ7 A;  5P6S A;  3O99 A;  3H0B A;  5P50 A;  3EKV A;  5AH7 A;  5OZ0 A;  3BRA A;  5OZI A;  1YT9 A;  4COE A;  3IA9 A;  3O9G A;  5PEP A;  4ZPG A;  2UPJ A;  1BV7 A;  5OZT A;  3S54 A;  2HPF A;  3MXE A;  5KR0 A;  1ENT E;  5P0I A;  1GNO A;  3URL A;  5OZS A;  3LIN A;  2QD8 A;  1YTG A;  4YCY A;  3O9C A;  3MSL A;  5P5C A;  3EL1 A;  3O9D A;  4OBZ B;  2FNT A;  5P52 A;  4L1A B;  3SLZ A;  3UDR A;  1MT9 A;  4Y3R A;  3TPL A;  1ZAP A;  4J55 A;  4PHV A;  1HVK A;  5P89 A;  5P36 A;  5P7P A;  1FMU A;  4FRI A;  1OEW A;  1APW E;  5P0E A;  5P7M A;  4GJD A;  2WF3 A;  5P0K A;  2IRZ A;  3UPJ A;  5P7U A;  4ACX A;  3HZC A;  5P25 A;  1NPW A;  2BB9 A;  3PCZ A;  1BWA A;  5DPZ A;  3DV5 A;  1KZK A;  3TTP A;  5P1M A;  5P8V A;  5IE1 A;  5P66 A;  1MT7 A;  1SP5 A;  2V13 A;  1ZPK A;  3DOX A;  3KFN A;  4Y47 A;  1QS8 A;  3OQD A;  3ZL7 A;  2P3B B;  1HVC A;  4AUC A;  4RVI A;  1PSO E;  3PMY A;  2PK6 A;  4YD6 A;  4Y3X A;  3JVY A;  1SDV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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