2AZ9A

Hiv-1 protease nl4-3 1x mutant
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Insights into the Mechanisms of Drug Resistance in HIV-1 Protease NL4-3
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2az9A00
5ISKA 3T11A 1A8GA 9HVPA 4H3IA 2ZJNA 5P01A 5P1DA 4Y3SA 3DV5A 3VF3A 5IVTA 2NTRA 5P4WA 5P40A 2AQUA 2AOJA 5P2BA 1T7IA 4DQFA 5P62A 5ISJA 5P6BA 5HU0A 3PBDA 4GJ5A 2QI1A 5JFUA 4Y3XA 4OC6B 4MC2A 1SP5A 5P5NA 1LYAA 5P1BA 2QZKA 1ZPKA 5P5ZA 5P1NA 4OBZB 5P6ZA 1BXQA 3QBFA 1HPVA 4I10A 1KJFA 5P25A 3RSVA 4YBIA 5P4EA 1MT9A 5P30A 5P5RA 2G1OA 5P63A 1CMSA 5P50A 4OBDA 1YTIA 5OZ7A 5COPA 2V11C 2XYEA 4R93A 3KFPA 4YD6A 1HTFA 1ME6A 3ZPSA 2F3FA 2IDWA 1AIDA 2AZBA 2PQZA 4Y5AA 4AMTA 4DH6A 2WEZA 2NNPA 4I8WA 1RV7A 1TSQA 2HM1A 3SO9A 3NDTA 4Q1YA 4YCTA 3GW5A 2J9KA 5P2QA 4DJYA 2P3DA 3U6AA 5P4ZA 2QZWA 3RTMA 4CMSA 2OHNA 2CEMA 5HDZA 3VFAA 4F74A 3URLA 3APRE 5P6LA 3IXJA 5P81A 5P2DA 1TW7A 1BWBA 3VLBA 1KJHA 4Y36A 1HBVA 4QJ9A 3LIVA 3NSHA 1BBSA 2BKSA 4FRSA 2WECA 1MT7A 3KFNA 5E5KA 4QJAA 3PCZA 4F76A 1B6JA 1XDHA 2IRZA 4Y53A 5OZOA 2G27A 3OUCA 5P8BA 1M4HA 1MPPA 3D20A 3L3AA 3VF5A 1GVTA 1APTE 1UH7A 1A94A 2OHUA 2BPYA 1TZSA 2VNMA 4L7JA 1MVPA 1NPVA 1AJVA 1SDTA 2JE4A 5P7UA 5P6DA 2WF0A 2ZHUA 3QVCA 3INEA 3T3CA 4K4RA 5P8HA 4UPJA 5P00A 1FQ6A 4I0IA 1XS7D 2NNKA 5P0DA 3NU3A 1A8KA 2BPVA 5P51A 3RSXA 1EPRE 3OXCA 4EP2A 3HZCA 4Y3GA 2IQGA 3KT5A 3INDA 5P7IA 5P4HA 1RL8A 4TVGA 5P0TA 2QD8A 3TPRA 1LYAB 4GMIA 2FLEA 5SY3A 1BDQA 5P3IA 5OYQA 1YTJA 3JVYA 5P83A 2QD6A 1BDRA 1PSNA 1FG6C 2ZYEA 3G70A 3OAGB 5TOLA 3L58A 4FSLA 5P06A 4CPWA 1FQ5A 1DIFA 4RYCA 4D89A 4RCDA 2OHMA 5P6IA 2VA6A 4GJAA 4Y3HA 1BAIA 5P7ZA 5P4NA 5OZNA 5OYZA 1Z8CA 2V16C 1F34A 3IAWA 2O4NA 1G35A 4JOOA 4LP9A 3ECGA 5P2FA 3SA6A 2WF2A 5P4IA 5HE7A 5P6VA 2OHTA 3OY4A 5P4QA 1DP5A 1B5FB 5P4FA 5P7XA 5P4KA 4Y58A 4J1IA 3ZKIA 4YA8A 4M8XA 4Y51A 4Y4ZA 4DQHA 2QCIA 2R3WA 4HDFA 5P0AA 1FQ7A 3BHEA 3NDWA 5P23A 3PJ6A 5IVSA 1HTGA 1AVFA 5ENMA 3R4BA 2FMBA 5P75A 4U8WA 2NR6A 5P0YA 3EKTA 5KQYA 4KB9A 3IXKA 4JPCA 2HB4A 5OYTA 4JPEA 3O9BA 1ODYA 3MSJA 2APRA 2QMGA 4FAEA 3ZKQA 2AOIA 4RROA 1FQ8A 2AIDA 2IGYA 1HVSA 5OYVA 2QZXA 5P1QA 1VIKA 5P6HA 3S2OA 3K1WA 3QIHA 1ZBGA 4L1AA 3BUFA 5P1EA 2P8HA 3EKWA 4Y5PA 2R43A 3SACA 2FXDA 5P6NA 5P7SA 5KR8A 2WF1A 5P3BA 2WEBA 2O4PA 3K4VA 5P7BA 5P2WA 5OYYA 4HA5A 3NU9A 3CKPA 5P0RA 5P10A 2ZHVA 4QJ7A 1RPIA 1Z1RA 1FQ4A 3WZ7A 4I1CA 4Y41A 2IKOA 5P8AA 4BFBA 2NXMA 2F80A 1K2BA 3OU3A 5P7VA 3O9GA 3UQWA 2AOFA 5P7QA 1ZJ7A 3Q5HA 4DJWA 3ER5E 2G22A 3TOHA 5P22A 1KJGA 2CENA 4PZWA 3KYRA 5OZ0A 5OZYA 5P80A 3KM4A 5T4SA 1SMEA 5P3PA 1FGCC 4Q1WA 2VKMA 4Y5KA 5P8PA 3SA7A 5AH9A 3VCMA 1MTBA 2VA5A 5P2JA 2VA7A 4DQEA 4K4PA 5P73A 3UDKA 2QHCA 3R0YA 2FDEA 3PCWA 1HIIA 4COEA 4RVIA 3QI1A 1C6YA 2F8GA 2ER7E 2OAHA 2ZJKA 2O40A 5E5JA 3KF0A 3BXSA 5P4JA 1SIPA 1BILA 2IS0A 2AVQA 5P27A 5OZBA 2QAKA 4YBFA 5P0BA 3HAWA 1BVGA 3VG1A 2IL2A 4HE9A 1K6CA 3FV3A 5B18A 5P6GA 4F75A 3S45A 3LPKA 5DQ5A 5DR1A 2HC0A 4TRWA 5OZEA 5P6JA 1FF0C 4YOBA 5P4VA 3WB4A 1HPOA 4XXSA 5P6XA 4EXGA 1DAZC 5P7YA 1GVWA 4Y50A 4ZPEA 4DJUA 3PRSA 4R92A 2ZHSA 4A6BA 3S85A 5DR3A 2QD7A 5KAOA 5P0OA 6FIVA 4L1AB 3KFSA 5P6FA 1W5XA 5P36A 1IZHA 3LIYA 5OZUA 5OZTA 5P11A 1DPJA 5P1IA 5P68A 3UFNA 1KJ7A 1XE6A 1F7AA 5P5JA 3I7EA 1EC3A 5KOQA 3FX5A 3NDUA 5P58A 1EC1A 4YCKA 3FNTA 4DJPA 1META 2JJIA 1VIJA 2WEAA 5P7AA 1ODXA 2NMZA 2R38A 3OUDA 4NJUA 3PSUA 2ZE1A 4I12A 2ER9E 1A30A 4LL3A 5P66A 4I0HA 5AHAA 4BFDA 1BV9A 3NWXA 4APEA 4DPFA 5C9FA 1EPNE 4HDBA 1T6GA 4Y35A 5P71A 5P19A 4RVJA 1ODWA 4H3GA 3IVHA 3OHFA 5DR7A 4FL8A 2R5QA 3SKGA 1EPQE 3UDPA 2XYFA 5OZHA 3CMSA 1OHRA 3BUGA 2WJOA 2ZJHA 5P0XA 5P09A 3CYXA 4FM7A 2PYMA 1IBQA 2PWCA 1K2CA 4Y4DA 5J25A 3F9QA 5OZ6A 2I1AA 3LZVA 1HVLA 1E82E 5EZZA 3MSKA 4OBZA 5P42A 1NPAA 5P5HA 5P5VA 2AOHA 5P1YA 4YCYA 4HDPA 2EWYA 3OK9A 3SLZA 3U7SA 1DW6C 2Q5KA 4R5NA 3UCBA 1HVRA 5OZ9A 3QBHA 2VIYA 4OD9A 5P3ZA 3S53A 4QGIA 1MRWA 1Z1HA 4FLGA 5P86A 5P70A 5OZIA 5P6TA 2G1SA 3SAAA 1AJXA 1K1UA 4Y5CA 5P2HA 5P0VA 5P4SA 4RRSA 3Q4BA 5P48A 5P3QA 3VV8A 1LF2A 3GGVA 4FS4A 3VUCA 2QZLA 2SAMA 4LXKA 5P2SA 2P3CA 4DV9A 2PK6A 1GNNA 2BQVA 3CIDA 1G6LA 5P2TA 5P1AA 3NXEA 5OYUA 5P5QA 1UPJA 1T7JA 5P2MA 2JYSA 5P3EA 4DUSA 5F00A 4J1EA 4Y3ZA 5P0CA 5P0WA 3MWSA 3Q6YA 4Y39A 3QRVA 2P4JA 4TVHA 5P7KA 5P6KA 5ER2E 3OUDB 5P84A 2P83A 4J0TA 3FNUA 4J0PA 5P60A 4XKXA 3ZKGA 2V12C 3INHA 3VV7A 2P3BA 5P5WA 3IVIA 1YM4A 2Z4OA 4I0EA 4GJ8A 3EL4A 4AA8A 3LIQA 2O4LA 2IEOA 5BRYA 3T7QA 5P8TA 5P1WA 3IGBA 4H1EA 4U7QA 1NPWA 4YDGA 1K6VA 4FAFA 1HHPA 3OQDA 4K9HA 5P29A 1E80E 4E43A 4OBJA 4Y5BA 3QN8A 5ENKA 2V10C 2IKUA 3VYEA 3QRMA 5SXNA 5DQ4A 5OZ8A 2ASIA 4BEKA 1HVCA 5P8GA 3EMYA 2B60A 2QHYA 4CPRA 2I4UA 5P39A 5DR8A 4HZTA 3PMUA 3AIDA 5OZZA 1HIHA 3OAGA 4Q1XA 5OZPA 4I11A 4HEGA 5HVPA 3OQKA 5P3TA 5P6YA 4OD9B 4Y3FA 6APRE 2I0DA 3RTHA 5APRE 3DUYA 2O4SA 3HD8A 5P45A 5P07A 5HTZA 5P5YA 4FSEA 4GB2A 4PPHA 3L5EA 1QRPE 5P74A 2QU2A 4FM8A 2QI7A 5DR4A 5P4XA 3R0WA 4IVSA 5P3XA 3UDHA 4DPIA 5IS4A 1B5FA 3EL0A 5P3WA 4XX3A 4J0ZA 1B11A 3R1GB 3ZKSA 1MESA 4J1FA 4GZFA 3SM1A 5OZ5A 5OZGA 2Q55A 1Q9PA 4D8CA 5P4UA 2BJUA 1MERA 2BPXA 5P8EA 1GVUA 1D4JA 1LF3A 2QMPA 5P03A 3OU4A 2J9JB 3UQPA 4TRYA 3OU1A 4YD3A 4FRIA 1SIVA 3UF3A 5P3KA 1HVKA 5DR0A 2V0ZC 1LEEA 5P52A 3VSXA 4CPXA 3ZMGA 4Y5MA 5P55A 3WZ8A 5P1SA 4WTUA 1K6PA 1APUE 1B6PA 1MRXA 3O9EA 1HTRB 3UQRA 2P3BB 1BVEA 4Y4EA 5P1KA 3LPIA 5P1XA 5P5CA 1AXAA 2QI0A 4Y37A 2MIPA 5AHBA 3OXWA 5P79A 3BUHA 1APWE 2A4FA 5P5IA 5P20A 2ZJMA 5P43A 5P77A 4ER1E 4LXMA 5P0GA 1RNEA 2AOCA 3GI4A 5P4AA 1M0BA 5SY2A 4Y48A 1E5OE 5P0UA 5P02A 5P1OA 1QDMA 6UPJA 5COOA 1A9MA 1G0VA 5P37A 5P8LA 1D4LA 4DJXA 4LXAA 3TH9A 5P4CA 3DCKA 2FDDA 5P8RA 2OHSA 5P46A 3SA3A 5I3VA 3K5CA 1M43A 2G69A 3O9FA 2PYNA 1RQ9A 5P32A 5P08A 4I0DA 1ENTE 1PROA 2XFIA 3QRSA 1DMPA 5P3MA 1LZQA 2Q63A 5FIVA 3G72A 1ZAPA 4FGXA 1HOSA 1ZTZA 3SQFA 4DVFA 1OD1A 5P2VA 5P7LA 2B8VA 2FGVA 3LINA 4MC6A 4HVPA 3B7VA 4ZPFA 3OU4B 1GKTA 3OU1B 5P4RA 3CKRA 3CYWA 3KMYA 3QP0A 3TTPA 4AA9A 4NJVA 3VYFA 5P8KA 2QK5A 4Z2ZA 3NLSA 1XL2A 4OBGA 1QBRA 5P76A 2OHLA 4DQBA 3LPJA 3L5DA 1MUIA 1QS8A 4Y3RA 3TPLA 4Y44A 4CPTA 5P1UA 2R5PA 5P5MA 3BRAA 5KQZA 3DV1A 3KMXA 5P1HA 3RVIA 5HE5A 3QVIA 5HE4A 2RKGA 3N3IA 5P2RA 1W5WA 3DCRA 3OGQA 1ZSFA 3BGBA 3I25A 3EM4A 3RU1A 5P8MA 3O9LA 3KT2A 2QI4A 5OZ3A 3H5BA 5P3GA 5P0ZA 5SZ9A 1PPKE 4KE1A 1LYBA 4OBFA 5P0KA 4DJQA 2FS4A 2VJ6A 3UTLA 2ER6E 4YD4A 5P5AA 4DJOA 1D4YA 2UY0A 1PSOE 4PHVA 3LNKA 4Y43A 2HAHA 5C9DA 5OZLA 5P14A 3UDRA 4OBKA 3L38A 3L5CA 5OZKA 4B1EA 2Q64A 5OZAA 3C9XA 5P7CA 1WKRA 4A4QA 4PZXA 5P7FA 5P7HA 2RENA 2Q3KA 3TL9A 5OZVA 2O4KA 3UDQA 3DOXA 5P47A 5P8VA 1W5VA 3L5FA 4WY1A 5P24A 5JODA 3NDXA 5P5SA 4Y5NA 5P8QA 4Y4AA 5P3NA 3PM4A 3EKXA 5P6PA 5OZRA 5P26A 5P57A 1HSHA 5I3XA 4J17A 5P7NA 2I4QA 4Y38A 4L7GA 5P8JA 3VYDA 2IENA 5P5EA 4ER4E 3EM6A 3GI0A 3IN4A 5P69A 1YTHA 2NPHA 3EC0A 4LBTA 5JFPA 4ZIPA 1HEFE 4EQ0A 3FIVA 5C9BA 5P1CA 4YDFA 5P7RA 3SA8A 2F3EA 4EP3A 2BBBA 5P0LA 4DQGA 2RMPA 2H6TA 5P4BA 4WY6A 3UPJA 2QHZA 4YD7A 2I4DA 3LHGA 2G94A 4M8YA 5CONA 3OGPA 5P7EA 5BWYA 2ZDZA 3ZKMA 5P5UA 3MXDA 5OZJA 4B0QA 3O9LB 5P7WA 1OEWA 4Q5MA 1CPIA 1XN2A 2R8NA 5P0JA 5I70A 2PMAA 5P13A 4Z50A 4N00A 4YHQA 5DQ1A 1LYBB 2WL0A 4Y4UA 1UH8A 3H0BA 5P34A 4S1GA 2ANLA 4NPTA 4EJ8A 5P5GA 4Y3PA 5P3RA 5P89A 2PH6A 1LV1A 4YD5A 5P1PA 3S7LA 2VIJA 3LIZA 3VFBA 4ACXA 3DJKA 1T7KA 5P38A 4B70A 1FG8C 5F01A 1T6EX 1MEUA 4I0FA 4Y3QA 2FNTA 5P2IA 1E81E 3ST5A 3NUOA 5P7MA 1NH0A 4JP9A 5P87A 2FGUA 3LZYA 4L7HA 3S8IA 5P6SA 2H6SA 5I3WA 4DJRA 3QROA 3EKYA 3TOGA 4B77A 3D1YA 3VLAA 3SKFA 2NXLA 3HLOA 1PFZA 2AZ9A 4Y3WA 1AAQA 4DI2A 5P3YA 3N4LA 5P3VA 5P4MA 3EKQA 5P6UA 4J55A 5ER1E 4Z4XA 2G1NA 3K5DA 1IIQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ISK A;  3T11 A;  1A8G A;  9HVP A;  4H3I A;  2ZJN A;  5P01 A;  5P1D A;  4Y3S A;  3DV5 A;  3VF3 A;  5IVT A;  2NTR A;  5P4W A;  5P40 A;  2AQU A;  2AOJ A;  5P2B A;  1T7I A;  4DQF A;  5P62 A;  5ISJ A;  5P6B A;  5HU0 A;  3PBD A;  4GJ5 A;  2QI1 A;  5JFU A;  4Y3X A;  4OC6 B;  4MC2 A;  1SP5 A;  5P5N A;  1LYA A;  5P1B A;  2QZK A;  1ZPK A;  5P5Z A;  5P1N A;  4OBZ B;  5P6Z A;  1BXQ A;  3QBF A;  1HPV A;  4I10 A;  1KJF A;  5P25 A;  3RSV A;  4YBI A;  5P4E A;  1MT9 A;  5P30 A;  5P5R A;  2G1O A;  5P63 A;  1CMS A;  5P50 A;  4OBD A;  1YTI A;  5OZ7 A;  5COP A;  2V11 C;  2XYE A;  4R93 A;  3KFP A;  4YD6 A;  1HTF A;  1ME6 A;  3ZPS A;  2F3F A;  2IDW A;  1AID A;  2AZB A;  2PQZ A;  4Y5A A;  4AMT A;  4DH6 A;  2WEZ A;  2NNP A;  4I8W A;  1RV7 A;  1TSQ A;  2HM1 A;  3SO9 A;  3NDT A;  4Q1Y A;  4YCT A;  3GW5 A;  2J9K A;  5P2Q A;  4DJY A;  2P3D A;  3U6A A;  5P4Z A;  2QZW A;  3RTM A;  4CMS A;  2OHN A;  2CEM A;  5HDZ A;  3VFA A;  4F74 A;  3URL A;  3APR E;  5P6L A;  3IXJ A;  5P81 A;  5P2D A;  1TW7 A;  1BWB A;  3VLB A;  1KJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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