2AZBA

Hiv-1 protease nl4-3 3x mutant in complex with inhibitor, tl-3
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKIIGGIGIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Insights into the Mechanisms of Drug Resistance in HIV-1 Protease NL4-3
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 97
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2azbA00
3HD8A 5P1MA 4X7IA 3K4VA 3NU5A 5P8SA 2NMZA 3U71A 2VIZA 3K5CA 4EP2A 5AH6A 1BXQA 4K9HA 2BKTA 5P6IA 3SA7A 4NJSA 1EBKC 1E80E 1GKTA 3EL5A 1HPXA 4AMTA 2QMDA 3OAGA 3OU1A 5P4NA 4CPSA 4B0QA 1SDVA 1TSQA 3DCRA 5P3MA 3OY4A 4I12A 1EBYA 4DJOA 2IENA 2AVOA 3NSHA 5P5FA 1ER8E 1ZLFA 1LYWB 1NPWA 5P0KA 5P6KA 5OZIA 4D88A 2I4QA 4FSLA 5P59A 4RCDA 4B72A 3UDNA 5P0CA 2FDPA 5P82A 4EQJA 3K5GA 2VIJA 3PM4A 1IZEA 1YM2A 4D8CA 4Y3NA 4Y3GA 3S43A 2ZHSA 3LPKA 2F3KA 1QDMA 4J5JA 5P4IA 2IS0A 4J1CA 1AXAA 2AOJA 4DV9A 2QP8A 3OQ7A 4ACUA 4RLDA 5COKA 4QJAA 4Y37A 5P8PA 3EKWA 4TVGA 2AOEA 4LXMA 4QGIA 2ZJKA 1AJVA 3KFNA 5P0XA 5P56A 1APTE 4RCEA 1DP5A 1MSMA 1B6MA 5P22A 2FMBA 5P34A 3LZSA 5P4TA 1SDTA 3NDUA 4B1DA 1C6YA 2P3BB 3SKFA 5P1XA 3MWSA 1T3RA 5I3VA 3O9LB 5P5ZA 1K6CA 4Q1NA 1A8KA 5P2ZA 4QLHA 3O9AA 5P51A 1KJFA 5P3LA 3D3TA 4F76A 1HXBA 5ER1E 5P3DA 2Q55A 5P8MA 5OZWA 3C9XA 5P2WA 5P58A 2XFJA 5P7XA 5P6EA 5P15A 5KOQA 4LXKA 4XKXA 2B60A 5P20A 1FIVA 1ZTZA 3PCWA 3NXNA 3UQWA 3OK9A 5P36A 4NKKA 2PYMA 5P4UA 3B80A 1D4HA 3VV6A 4LP9A 3SA3A 3EM4A 2BPXA 2WF0A 3TOGA 3GW5A 1BXOA 4APRE 4Y5KA 3KFPA 4Y4TA 2PSVA 4JPCA 1G2KA 5OYSA 2AZBA 4Y3EA 1EC2A 2FXDA 5P3OA 1AJXA 5DQ2A 3NUJA 2OHMA 3PBDA 3OGPA 2V12C 3PSYA 3EKQA 3EL9A 3ER3E 5P76A 1VIJA 4OBJA 1XL2A 5P0TA 4Y43A 1TSUA 3KDCA 4Y3XA 3R1GB 4K4PA 4Y44A 5OZTA 4BEKA 5HE5A 1OHRA 3VFBA 5P6CA 4HDPA 1PPME 3EKTA 4Y5GA 3VF3A 2V0ZC 3GGAA 2BPYA 2QAKA 3JVYA 4ER1E 4ZE6A 5P5NA 2QZKA 4J1HA 3GI4A 1HVIA 2O4SA 3O9BA 3S45A 4M8YA 3OXXA 5P1VA 5P2KA 5KAOA 2HM1A 5P6HA 3QI1A 3DUYA 5P3CA 3HBOA 5P5BA 5P1AA 3IN3A 5P1DA 3OHHA 2R5QA 1HVHA 5P2XA 5IE1A 2G1RA 5P0AA 3LZYA 5HDZA 5P7GA 2ER0E 3OU1B 4ER4E 1EAGA 4Y45A 5OZJA 1YG9A 5P5AA 4IVTA 3EXOA 2R9BA 4J0VA 3KYRA 2OHLA 2H6TA 4DQBA 2I4DA 2PH6A 2SAMA 2ER9E 2NNKA 2PC0A 4J0YA 1W5VA 5P2RA 4DH6A 3BUHA 3OUCA 5P33A 5P0RA 4J17A 1PSAA 3KF0A 3VUCA 5P4AA 1C6XA 1NPVA 3WZ6A 2BPZA 5OZUA 2FDEA 2Q54A 4I0ZA 4NJUA 5P1RA 5P6PA 3RSXA 2AODA 2B42A 2AZ9A 3S43B 4YCYA 5P1KA 5P2AA 4GB2A 3ECGA 5OZ2A 3S54A 3SLZA 3U7SA 4OD9B 5BWYA 4I0HA 3QRSA 1EPPE 4MC1A 1BBSA 3NYGA 2HIZA 1J71A 4RYGA 3Q4BA 5OZAA 4EJ8A 5AH9A 5ISKA 2P8HA 5C9BA 4I10A 2UXZA 4Y4AA 3LIXA 5P4VA 3SA9A 5P85A 4K8SA 5EZXA 5P7TA 3CKTA 3AUPA 4DJVA 5P0IA 3JVWA 4I0EA 3QN8A 5ENMA 5P5LA 2ZJIA 1IBQA 1ZBGA 3VG1A 5P45A 5OYZA 5OYXA 5P2YA 4L1AB 5P6MA 3FNTA 3NXEA 4MC2A 1PPKE 1FQ5A 1QRPE 5P8LA 4Z50A 4BFBA 5P3RA 4DPIA 5P4QA 3UDRA 5P2EA 2PK6A 1U8GA 4Y5AA 2IGYA 1K2CA 3O9IA 4BELA 1FQXA 4GYEA 1F7AA 4RZ1A 2AVSA 2G1NA 2HPEA 4YD3A 4CMSA 1QS8A 1E5OE 2FNSA 3OOZA 2NXDA 4J1KA 1B6JA 3ZKSA 2R3WA 4Y58A 1BDRA 5P10A 4FGXA 1KJGA 5P31A 4TVHA 3PEPA 2VKMA 1A94A 2O40A 5P04A 5P72A 4LAPA 2IQGA 3OXCA 1Q9PA 5P01A 1AM5A 5KQZA 3O9DA 5P60A 3L38A 2ZDZA 5OYVA 5P8DA 3CIBA 1UH7A 2G1YA 3LIVA 1B6KA 1LYWA 1E82E 5C9FA 1EBZA 5P5TA 3K1WA 4Y3DA 5P87A 1FG8C 1AVFA 5P3XA 2AVMA 3LZVA 2G26A 3QVCA 3A2OA 5P7UA 1MERA 2R3TA 4Y4BA 2ER6E 5P68A 4XX4A 2RSPA 8HVPA 2NXLA 3TOHA 5P42A 5P8RA 2Z54A 2VJ7A 3WZ8A 1MVPA 1C6ZA 1APVE 5P49A 1XDHA 2OHSA 2V13A 2P4JA 2NPHA 5OZBA 5P62A 3TPRA 1PPLE 4H3JA 5PEPA 1EC3A 4Y54A 5P48A 5P0NA 3HZCA 5P0MA 5P2FA 1T6EX 4B05A 2ANLA 2XYEA 2VA6A 1UH8A 5OZRA 4RVXA 2VA5A 4J0PA 1MEUA 3O99A 5P81A 5P26A 3O9LA 3D91A 4QJ7A 1BAIA 3UDQA 1W5WA 2PSGA 4GJBA 5P1PA 4YHQA 5ENKA 1HSHA 3EKVA 3UCBA 2IKUA 5P06A 5P6ZA 3UQUA 4CPWA 5OZNA 3UDMA 5P83A 5P4GA 2P3CA 2AOCA 3Q5HA 3I6OA 5DR4A 4DQFA 4ZLSA 3LPJA 1MTRA 4ZSQA 2ZJJA 5P6LA 1BIMA 1HVJA 2QI7A 3L5CA 4Y4JA 1FG6C 5P1CA 1LF4A 1KJHA 3T7PA 3UFLA 1EPME 5P6QA 3BUGA 5P74A 2AOGA 5P4XA 3GI6A 4J0ZA 5OZZA 1M43A 3NWXA 4Y5CA 5P7KA 3BXSA 2FIVA 1G35A 4J1IA 1B5FA 5P6RA 1HRNA 3L59A 3O9HA 3OTYA 1YTJA 5P6FA 5C9DA 1HVSA 5P6YA 2F3FA 5OZ4A 4PPHA 5IVQA 5P7MA 4N00A 5HDUA 1D4KA 5HE7A 3LIQA 4EP3A 5OZKA 1CMSA 2Q11A 2AOHA 1QBRA 5P1LA 5P0DA 3GGUA 4GJ6A 4I0GA 5P05A 3TKGA 2AQUA 5P17A 3S7LA 5P2DA 2EWYA 5P3AA 3R2FA 4WTUA 1TCXA 4RROA 2RKFA 5KR8A 1ZAPA 3PBZA 3KT2A 3LIZA 3OXWA 2XFKA 1RPIA 4ZPGA 2QZLA 4JPEA 2PMAA 1UH9A 4X2LA 4YOAA 3SA6A 1M0BA 1FKNA 5DR1A 1XL5A 5P0BA 5P66A 4Y41A 4OBGA 4PYVA 5P52A 5P7LA 1G6LA 1CZIE 4RRNA 5HVPA 2G20A 1EPLE 4J0TA 6FIVA 3SA8A 1N49A 3BUFA 3R0YA 3BXRA 3PMYA 3D1ZA 3HAUA 5P1NA 4GJCA 3G6ZA 5P61A 2P3DA 2J9JB 4Y4UA 4D85A 3PB5A 2ZGAA 5P5SA 2JJIA 9HVPA 3VLAA 5P4OA 5P4BA 2VIEA 1Z8CA 3LINA 1HVRA 5P4DA 3IXJA 4PHVA 4FM7A 5P64A 2RKGA 1MT8A 4HDBA 2B8LA 1PFZA 5P8BA 5P0FA 3QROA 5P65A 2PQZA 5P6UA 4Y56A 3TLHA 4OD9A 5P3ZA 5P03A 2WJOA 5P3JA 5P3TA 4HEGA 5P1ZA 1NH0A 4AUCA 5P3BA 4HDFA 3N3IA 4WY6A 2PH8A 3OHFA 4DJWA 1HIIA 5HCOA 5P4MA 1PSNA 3ST5A 3QS1A 3D20A 2ZE1A 1T7IA 1IVQA 2IEOA 2AIDA 2WKZA 3S53A 1RV7A 2WF3A 5P2LA 5P6BA 4KUPA 4YD7A 1UPJA 4HVPA 5IS4A 4YCTA 3L5BA 1MT9A 4NPUA 3BVAA 3SKGA 3L5EA 2QD7A 5COOA 2VNMA 5P3PA 5P7PA 4H3GA 4LHHA 3EL4A 1FQ4A 5P27A 3I7EA 3B7VA 3O9CA 5HU0A 5P6AA 4B77A 4L1AA 5OZ1A 5IVSA 1FMXA 5OZLA 4Y3YA 4R95A 3DV1A 3PCZA 5P7OA 3EKXA 2H6SA 5HTZA 5P2SA 4RVIA 5P0ZA 3AIDA 4Q5MA 4B1EA 2PYNA 1HOSA 1EPRE 3L5FA 1TQFA 1KZKA 4J1FA 3HVPA 4Y4WA 1HEFE 3FX5A 3LZUA 4Y3JA 5P8KA 4FRJA 3O9FA 5P8TA 3RSVA 4Y39A 2QNNA 3EKPA 1MTBA 1IZHA 1SGZA 3TTPA 4D83A 5P7QA 5P0WA 1W6IA 2ZJLA 3TPJA 1B5FB 5OZHA 2QMFA 1GNOA 4MC6A 5P5OA 5P7RA 4RRSA 4DQCA 5P37A 1ODYA 4FS4A 2OHNA 3IXOA 3WB4A 5FIVA 3S56A 2ASIA 3VFAA 4E43A 1FMBA 5P7YA 4LXAA 5P39A 4GJ9A 1E81E 5F00A 1DAZC 4HA5A 2G69A 1SIPA 2QHCA 4Z22A 3KMXA 3VSXA 5P8GA 4D89A 3PI0A 5IVTA 1ZSFA 3FNUA 5AGZA 4CKUA 2ZHRA 2WEAA 1FEJC 2QI3A 1YM4A 2WECA 5P28A 5P2CA 4YBFA 5P88A 5SY3A 5CLMA 5P8AA 2F80A 2OHTA 4PEPA 3SQFA 3U6AA 1YTHA 1EC0A 4ZPEA 1DW6C 4DJRA 1D4JA 1APUE 1SP5A 2HB2A 2QU2A 2G22A 1YT9A 4L7HA 3NR6A 4Y3MA 3S7MA 5P5YA 1HSGA 2OAHA 5P8FA 3ZKIA 3I8WA 4Y47A 2Q15A 5OZ7A 3R0WA 5OZVA 3TKWA 4I8ZA 5P8IA 3CKPA 2WF4A 4YDGA 5P13A 3IGBA 5P1OA 4J54A 4OBKA 1DIFA 4Y36A 1ODXA 5P0SA 4K4QA 4DQHA 1AAQA 1ZPKA 5DR3A 3KFRA 3IAWA 1A8GA 4JP9A 3CKRA 1EBWA 5P4FA 5P44A 4DVFA 2I0AA 2AVQA 4LL3A 5P2QA 4U7QA 3OUDA 4Q1XA 5OZ5A 5AH8A 1HIHA 1XE5A 2FLEA 4Y51A 3NDTA 1LF2A 3UQPA 1GVVA 2OF0A 2WEZA 1MIQA 5P46A 3DM6A 3NU6A 5OZDA 4YD6A 5P1GA 1YTIA 4GJAA 5P78A 1NSOA 4UPJA 2ZHUA 3OTSA 4Y4XA 2OHPA 3QP0A 2APRA 3IVHA 3KFSA 5OZMA 3TPPA 5P5UA 3SACA 4Q1WA 4FRKA 4RVJA 3CMSA 5P16A 4XX3A 3VSWA 1MPPA 5P4WA 4F73A 5P5PA 5OZPA 5P0JA 1XE6A 5P7DA 3CICA 2QI1A 2OHRA 5SXNA 3SABA 3APRE 2NXMA 1SDUA 5DPZA 4H3IA 5SZ9A 5P73A 1NPAA 1GVUA 2HC0A 5P89A 4CPUA 3HVGA 5P3FA 1HPOA 2QD8A 5P7FA 3WZ7A 2QI5A 2JYSA 5P1JA 2AZ8A 4HE9A 5P4KA 4Y4ZA 3MSJA 4QJ2A 3K5FA 2NNPA 1CPIA 5P41A 4OBDA 4NJTA 4TRYA 2J9JA 5HDXA 4EJDA 5P7SA 3UF3A 3QRVA 3URIA 4R5NA 1BWBA 1BV9A 3H0BA 3MSLA 3TH9A 3SFCA 5P7AA 5P6OA 3EM6A 1MSNA 1WKRA 5P1UA 5P6SA 5P69A 3UDHA 5P5IA 1G0VA 4OBFA 4COEA 5P02A 2IKOA 5P5DA 5P5RA 4R8YA 1ME6A 3ZKQA 2JXRA 1HTRB 5P12A 5P7HA 4J1EA 2G21A 1K6VA 3KDBA 5P25A 4EYRA 2R8NA 3KM4A 3NDWA 4PZWA 3HW1A 5P5KA 1D4SA 3LIYA 5E5JA 3NU4A 1HVCA 1BVGA 2AOIA 3APPA 2Z4OA 4L7GA 4Y3RA 5DQCA 5P43A 1K2BA 5P8EA 5JFPA 5OYUA 5HU1A 5KR1A 1FGCC 3ZKMA 4YD4A 3IA9A 2OHUA 2P83A 3OGQA 5P54A 3SAAA 1T7JA 3O9EA 5IVRA 4OC6A 1OEWA 1OEXA 2QZXA 1K1TA 2B7ZA 4EPJA 2PSUA 4YOBA 5P3UA 4MC9A 4U8WA 2VJ9A 5P07A 1EPQE 4Y38A 4Y3LA 4JECA 3PLLA 1BV7A 3UHLA 1HTFA 1JLDA 3OWNA 4L7JA 4Y3FA 3Q70A 3IN4A 3OUDB 5P7JA 1WBMA 3PJ6A 4OBZA 4ZSRA 3FV3A 4I0JA 3QBHA 5COPA 3HAWA 4DUSA 1XS7D 3FKTA 4FL8A 4FM8A 5HDVA 2QI6A 3PHVA 2QNPA 3VV7A 3NLSA 5P3IA 2RENA 3VLBA 3HLOA 3S85A 3ZPSA 2HS1A 3INHA 1HHPA 5OZYA 3PWMA 4Y4EA 3VYEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HD8 A;  5P1M A;  4X7I A;  3K4V A;  3NU5 A;  5P8S A;  2NMZ A;  3U71 A;  2VIZ A;  3K5C A;  4EP2 A;  5AH6 A;  1BXQ A;  4K9H A;  2BKT A;  5P6I A;  3SA7 A;  4NJS A;  1EBK C;  1E80 E;  1GKT A;  3EL5 A;  1HPX A;  4AMT A;  2QMD A;  3OAG A;  3OU1 A;  5P4N A;  4CPS A;  4B0Q A;  1SDV A;  1TSQ A;  3DCR A;  5P3M A;  3OY4 A;  4I12 A;  1EBY A;  4DJO A;  2IEN A;  2AVO A;  3NSH A;  5P5F A;  1ER8 E;  1ZLF A;  1LYW B;  1NPW A;  5P0K A;  5P6K A;  5OZI A;  4D88 A;  2I4Q A;  4FSL A;  5P59 A;  4RCD A;  4B72 A;  3UDN A;  5P0C A;  2FDP A;  5P82 A;  4EQJ A;  3K5G A;  2VIJ A;  3PM4 A;  1IZE A;  1YM2 A;  4D8C A;  4Y3N A;  4Y3G A;  3S43 A;  2ZHS A;  3LPK A;  2F3K A;  1QDM A;  4J5J A;  5P4I A;  2IS0 A;  4J1C A;  1AXA A;  2AOJ A;  4DV9 A;  2QP8 A;  3OQ7 A;  4ACU A;  4RLD A;  5COK A;  4QJA A;  4Y37 A;  5P8P A;  3EKW A;  4TVG A;  2AOE A;  4LXM A;  4QGI A;  2ZJK A;  1AJV A;  3KFN A;  5P0X A;  5P56 A;  1APT E;  4RCE A;  1DP5 A;  1MSM A;  1B6M A;  5P22 A;  2FMB A;  5P34 A;  3LZS A;  5P4T A;  1SDT A;  3NDU A;  4B1D A;  1C6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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