2AZCA

Hiv-1 protease nl4-3 6x mutant
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALIDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKIIGGIGGLIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLIGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Insights into the Mechanisms of Drug Resistance in HIV-1 Protease NL4-3
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2azcA00
5P43A 3SA6A 4CMSA 3O9LB 4X2LA 5C9DA 3EXOA 4I0IA 2G69A 3B80A 3EBZA 2PWCA 5P2EA 4Y3TA 4Z22A 5P6YA 4NPTA 3QBHA 4NJVA 5P03A 3QI1A 4MC6A 5ENKA 1F34A 5OZPA 4FS4A 2IRZA 4I10A 3SKGA 1PSAA 3OGPA 1G0VA 1D4YA 3UHLA 5P30A 1SIPA 4DPFA 1EPNE 3UDMA 2VA7A 3KFRA 5P8BA 3QVIA 2Q5KA 3UFLA 5HTZA 2ZDZA 5OZZA 5P7RA 5P6BA 3TPPA 5OZ0A 4M8XA 4TRYA 2FDPA 1A94A 5P5FA 3ZL7A 2Q11A 3K4VC 5B18A 2ASIA 5P1HA 5OYZA 5P3FA 1ODXA 3IXKA 5HD0A 5HU1A 5ISKA 3BVAA 1YM4A 5P7JA 6APRE 3OY4A 4Y4BA 2XFIA 1YTIA 3I6OA 1HXBA 1TZSA 1QBUA 2AZ9A 5F00A 5P0MA 5P0SA 1EBZA 3L58A 1LF2A 1EPRE 5BS4A 2G26A 5P2VA 3S54A 5TOLA 5P7VA 5P0OA 1K2BA 3ZOVA 3SAAA 4K4RA 1D4LA 5P1NA 1NSOA 1IDAA 2O4KA 3K5DA 2JJIA 5P2NA 3Q5HA 2OHNA 3SM2A 3PMUA 3VLAA 3UTLA 5DR0A 3TPJA 4LP9A 3INEA 5P8FA 3WSJA 4B05A 1G2KA 5P6CA 4AA8A 2WKZA 5P6RA 5P4IA 5P1DA 4L7GA 4YOAA 5P4RA 1MSMA 1XL5A 3EMYA 5P36A 3ZKIA 3CICA 5P6NA 1GVVA 5P3CA 1EPPE 3K4VA 5P1CA 3Q3TA 3PWRA 5P59A 1FMBA 2OHLA 5P2QA 3SA8A 1TCXA 1IBQA 5OZDA 3S53A 5P54A 4FSEA 2CEMA 5P38A 1Q9PA 5P7MA 1GKTA 4LL3A 4AA9A 4Y47A 3GGAA 2PSVA 4D88A 4GB2A 2P8HA 1ME6A 5KQXA 3I2LA 1META 4Q1YA 5P55A 3URIA 5I3VA 3QRVA 4J1CA 5P0ZA 3GW5A 4ZSMA 5P5QA 5P74A 1BDRA 5EZXA 4Y3DA 4LXKA 1AIDA 2BKSA 2A1EA 1WBKA 1BVGA 5FIVA 5P7YA 2VA6A 5P0BA 5P05A 5P00A 3ZKNA 3OOTA 4J0VA 5C9BA 3OU1A 3QBFA 3QROA 4S1GA 4I0DA 4DVFA 4Y3RA 1T6EX 4R91A 3U7SA 2G1RA 2B8VA 5P1UA 4GYEA 1NH0A 3VSWA 1FIVA 4BEKA 1PPME 5E5JA 5P8NA 1YM2A 4K8SA 5OZ5A 3APPA 5P69A 2AOJA 3LINA 4Y3NA 5P6UA 1SH9A 2JJJA 3VV6A 3CIDA 3KYRA 3O9AA 5OZ3A 5P2DA 5JFUA 4Y39A 5DQ2A 2I4UA 4GJDA 4H3FA 3OU4B 2Q55A 3O9CA 5P3WA 5P88A 3ZKGA 3FIVA 3LIYA 1WBMA 1EBWA 3PM4A 5P79A 1FB7A 4XXSA 2R3TA 3OUAA 4FAFA 3LZVA 2VJ9A 5P3ZA 5OZ6A 2BB9A 3BVBA 3O99A 4R8YA 5P11A 1PSOE 1T7IA 5P2KA 3BC4A 1EAGA 5P53A 2Q54A 2V10C 3OU1B 2OHKA 1BIMA 1ZAPA 4GJ6A 5I70A 1XDHA 2O4LA 2FDEA 3OK9A 4Q1XA 3UDJA 2VJ6A 4J55A 5P3IA 5P4FA 4HDFA 1MUIA 5ISJA 3OXCA 3C9XA 2XYFA 3S85A 1DP5A 1MRWA 1FG6C 4QLHA 4YDFA 1SP5A 3I8WA 4R5NA 1T3RA 5IVRA 3KFNA 4BFBA 2QI6A 5P3NA 4RCEA 4J0YA 5P3XA 5P5HA 3ECGA 5OZOA 1ZSFA 1MSNA 3OU3A 1HVRA 1TSQA 3VCMA 4L6BA 4ER2E 3MSLA 2ZGAA 4Y4DA 2IENA 2R3WA 3UDKA 2CEJA 3EKTA 3FKTA 4Y4TA 5P0NA 1T7KA 2NR6A 3M9FA 3IN4A 4KB9A 4OBDA 5P52A 4OC6B 2WF3A 4CPXA 1IZDA 2VJ7A 3BXSA 2HM1A 1PPLE 5P6GA 3QPJA 3JVWA 3PCZA 5P1VA 5P7EA 1GVXA 2G1SA 2R43A 1FLHA 3SACA 4I0ZA 3UQXA 3T6IA 5OZMA 4B1EA 4TRWA 5DR1A 4QJ9A 1M43A 5P2TA 4FE6A 2PSGA 4Y3PA 5P5TA 2RSPA 4WY1A 4Y48A 3H5BA 3EL9A 3OUCA 2AQUA 3MXDA 3OQFA 5P5VA 1HVIA 1PROA 2FIVA 2I4VA 2QNQA 5P0CA 1SGUA 5P8EA 2HPFA 2BKTA 1SDUA 3DV1A 4RCFA 3OXWA 5P8LA 3R1GB 1M0BA 4K9HA 3INHA 1HPOA 4Y5PA 3OQ7A 1B6PA 1RNEA 4LXAA 2APRA 4RZ1A 5AHBA 4HVPA 5DQ4A 1HVSA 4LHHA 1DMPA 3WZ8A 5P5GA 4Y5LA 3PSYA 3SA4A 2QD7A 5DQ5A 5P7UA 1B6JA 1SBGA 4Y4AA 2ZHSA 3Q4BA 5P4NA 3NDUA 4J17A 1EPME 3DCRA 5AGZA 4EHCA 5AH9A 3BUGA 5OYUA 4Y3HA 1T7JA 5P0XA 4L1AA 2UY0A 2QK5A 3HZCA 1MVPA 5HCTA 2AOHA 2JYSA 5KR1A 5P3MA 1NPVA 1LEEA 4YCYA 3OAGA 1HVKA 3NR6A 4HLAA 3RSVA 1KJ4A 5IVTA 3UQUA 2PWRA 5P4MA 4CP7A 4DJUA 3HVPA 2FGUA 5P7OA 4B0QA 2I4WA 1PSNA 4Y41A 4Y3XA 5P1PA 4YCTA 1AJVA 2QMDA 2QI4A 4QJ6A 2AZ8A 5UPJA 2B42A 4Y4ZA 1SDVA 3APRE 2PYMA 1LS5A 3FNUA 2PH8A 5P45A 5P71A 1LYAA 1IZEA 4ER4E 1YTGA 1PPKE 5P07A 4RGHA 2UPJA 2XYEA 5P6OA 4R95A 3U71A 1RQ9A 2ZJMA 3PWMA 3PRSA 1FFIC 4I0FA 5P2MA 2QD6A 3D3TA 1MESA 1U8GA 4EQJA 1BAIA 3OAGB 4Y5KA 5C9FA 3QAAA 1G6LA 2BBBA 4DQHA 2QMPA 4XX4A 5P5SA 5P0GA 6UPJA 2SAMA 1HPVA 1WKRA 4R92A 5P3EA 1NPAA 3UCBA 3VSXA 4CPRA 1B11A 1HVCA 1FQ4A 1C6ZA 2H6SA 5P5NA 4GJ7A 4DJWA 3NDWA 2JE4A 2WF2A 5OYXA 4WY6A 4RYGA 3RTNA 1K1UA 2OHQA 5P56A 3QVCA 2AODA 1HSIA 1IVQA 5P0FA 2IKUA 3PGIA 1LYAB 5KQYA 5P48A 3OHHA 5P1MA 5P26A 1LYWB 3B7VA 5COPA 3CIBA 5OZVA 2V12C 1BILA 4ZLSA 5P12A 7HVPA 3EM6A 4GJBA 2H6TA 1AAQA 5P7TA 2FS4A 2Z54A 2NNKA 3H0BA 4KE0A 2ZJKA 5OZ2A 5P0YA 3OXVA 5P0EA 1IVPA 1AM5A 1EBYA 4LC7A 2F3EA 1ZPKA 5P42A 1D4JA 1ODYA 3NYGA 5OZXA 5P58A 2I4QA 4J0ZA 5IE1A 3VF3A 5P1FA 5DGUA 1UPJA 4OBJA 1BXOA 1YTJA 5P3GA 5P60A 3T11A 5P5CA 1VIJA 4F75A 5OZTA 2Q3KA 3EC0A 5P86A 3URLA 5P7NA 5P04A 4Y3FA 3IVHA 5OZLA 1C6XA 2I1AA 5OZ8A 3EKXA 5P7CA 3TOFA 4J1EA 4DQCA 2QAKA 3HD8A 5SY3A 3EKPA 3GGUA 4FRIA 1LZQA 4Y3AA 3T7XA 3GGVA 2QI3A 4CPQA 3VYDA 3ZKMA 3WZ6A 4Y36A 5P73A 3HDKA 1E5OE 2F3FA 2V0ZC 1KJFA 3SA5A 2IKOA 1TSUA 5JG1A 1HIIA 5P5WA 3S43A 5IS4A 4DI2A 2VKMA 4B1DA 3SA7A 4J1FA 2AOCA 5P4ZA 3LIQA 3EL0A 5P4TA 3D1YA 4NJTA 1XN3A 4PYVA 3PI5A 1EPQE 2V00A 5P1WA 8HVPA 5KQZA 5HU0A 3G70A 1XN2A 1MTBA 2G21A 5P2CA 2AZBA 5P7GA 4RLDA 1W6IA 5P6SA 4JP9A 4J1HA 5P57A 3D1XA 4BELA 4JOOA 5P3OA 5P35A 1D4SA 1F7AA 2FGVA 2OHTA 5P6AA 4Y58A 1JLDA 5P0QA 5P7HA 4Y4JA 4Y3GA 4D89A 5HDVA 4YBFA 1CZIE 4Z4XA 3SQFA 4QJAA 3TTPA 3S43B 4M8YA 5P37A 3EKVA 1BWBA 4TVGA 3ZPUA 4DQGA 3JVYA 5P2OA 2B60A 3LPIA 3S8IA 3ZPSA 3OU4A 2PYNA 3CKRA 1K2CA 5IVSA 4RRSA 5P2GA 3UDRA 7UPJA 5P3TA 2RKFA 5P87A 1SDTA 3OTYA 4FSLA 2OHSA 3NDTA 1Z8CA 5OZUA 1CPIA 1MTRA 4FRJA 3ST5A 4FLGA 3SA3A 4Y56A 2OF0A 1ZBGA 3O9BA 1QS8A 5P1TA 5P5PA 3I25A 3TKGA 3L5EA 3CKTA 2QNNA 3NSHA 4GJ9A 4Y3QA 3SO9A 5P4EA 3TKWA 1DW6C 5P0WA 4XKXA 1OEWA 2QHZA 3GI0A 1XE6A 5P68A 4RRNA 2BQVA 4Q1WA 4FAEA 4YD3A 2WEBA 3PB5A 5P6PA 2P3DA 1KZKA 5P7QA 4QJ7A 4B1CA 5P0IA 4EXHA 5I3YA 5PEPA 3GGXA 3BHEA 1MRXA 1B6LA 1A8KA 2BPWA 1ZTZA 4MC1A 5P8MA 1FQXA 3BRAA 1UH7A 1W5VA 1HIHA 5P8KA 2FNSA 5KQFA 5P81A 3LPKA 1EEDP 2ANLA 5P4SA 3UDNA 3O9HA 3PSGA 1ZP8A 3ZMGA 3NWQA 2HC0A 4OC6A 5P3PA 4DJOA 1HPSA 4EJKA 4FRSA 4NJSA 4PHVA 4H3JA 4Y4UA 3PSUA 4UPJA 3KMYA 4Y57A 5HE4A 5P8PA 5P6ZA 5P15A 1MPPA 4Y5CA 1FGCC 2ER9E 2WEDA 1MERA 1HWRA 4L7HA 2MIPA 2WECA 3KT5A 3O9DA 3TOHA 3NU9A 3T7QA 2OHMA 5P3QA 3QS1A 3OTSA 3NDXA 2ER7E 2P3BA 5OZSA 2VIYA 3PCWA 3GI6A 4Y3WA 3DOXA 2R5QA 3R2FA 5DGWA 2QMFA 3ER5E 4H3GA 5P44A 4YD4A 2NXDA 3D1ZA 1HOSA 5P3HA 5P5MA 3EKQA 1AVFA 5COKA 4Y4GA 1ZPAA 5P6XA 5P66A 1NPWA 4EP2A 4DQFA 5P8IA 3EM4A 3OXXA 3WZ7A 5P1AA 5P29A 5P7WA 5P46A 5JFPA 1LV1A 1J71A 3VLBA 3PLDA 2RMPA 4APEA 5P7PA 4Y3SA 5P0PA 5KOSA 5F01A 3KA2A 4CPWA 5P1KA 4Y51A 3BXRA 1FFFC 5P7SA 4WTUA 2G1OA 5P0RA 5P64A 4PPHA 2QMGA 2HB3A 4XX3A 5P3RA 4Y4WA 4Z2ZA 2R5PA 2A4FA 3N3IA 2P3BB 4A6CA 2VNMA 2QD8A 3RTHA 3ZKSA 4LBTA 4Y9WA 4EXGA 3OOZA 4HA5A 4A6BA 4F76A 3KDCA 5OYRA 5P39A 5P89A 1HTGA 2XFJA 2QZLA 5P7LA 1A9MA 1XL2A 2P83A 2V16C 5P25A 3L5FA 5OZEA 4MC2A 3PMYA 5P4OA 1DPJA 2OAHA 5P4WA 4Y5MA 1A8GA 2P3CA 3SKFA 1MT7A 2AIDA 5P77A 1C6YA 3BUFA 2PH6A 5P6WA 5SXNA 5P8DA 2HAHA 5P67A 4B77A 2ZHTA 4LXMA 4ACUA 2ZE1A 2Q63A 2ZHRA 3DUYA 5P8GA 4R93A 5OZRA 4J0TA 4I0GA 4TRZA 4ZEAA 3NUOA 4CPUA 4J5JA 3OGQA 4YOBA 3INDA 1E81E 2BJUA 5P7AA 5P82A 5OZNA 2G20A 2QI0A 3ZPTA 4DV9A 4B70A 5P7IA 4FRKA 5P5JA 5P6VA 3VYEA 1UH9A 3CMSA 4YE3A 5P20A 5P4GA 3JW2A 1LF4A 2WHHA 4AUCA 4FL8A 1GVUA 5HCOA 3FSMA 2ZJHA 1YG9A 3Q70A 2FXDA 5P0HA 1HVJA 5P6MA 4Y44A 3R4BA 2ER0E 5OZ9A 3K5CA 2G94A 2G1YA 4DJXA 1LYWA 5J25A 4OD9A 4Y38A 5E5KA 5P1IA 3UQWA 4Y5NA 2ZJJA 1RPIA 5OYVA 5OZJA 4FCOA 4DJRA 4EWOA 3D91A 4YD5A 5P1GA 2F81A 2I4XA 5AH6A 3EL1A 4JECA 1T6GA 3KDDA 3NWXA 3IA9A 4LAPA 3MWSA 3K5FA 5P22A 1APUE 3PEPA 4Q5MA 4Q1NA 5P4CA 3HLOA 4DJYA 1W5YA 3KN0A 1GNOA 3UDYA 1YX9A 3L3AA 1D4HA 3S7MA 3ZKQA 2AVSA 1BBSA 1HPXA 5P6FA 3CYXA 5OYTA 4E43A 4EYRA 2CENA 5P5DA 2IL2A 5OZHA 5P5BA 1FMXA 3O9IA 2FMBA 4RVIA 2F3KA 1EC0A 5P2XA 5P3SA 3BGCA 2Z4OA 3DM6A 1W5WA 4GIDA 4ZSQA 4OD9B 5P2SA 2AOGA 5P2IA 1BV7A 5ER1E 4HDPA 5CONA 5P3UA 5P5UA 5OZIA 1DAZC 2F8GA 1LYBB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P43 A;  3SA6 A;  4CMS A;  3O9L B;  4X2L A;  5C9D A;  3EXO A;  4I0I A;  2G69 A;  3B80 A;  3EBZ A;  2PWC A;  5P2E A;  4Y3T A;  4Z22 A;  5P6Y A;  4NPT A;  3QBH A;  4NJV A;  5P03 A;  3QI1 A;  4MC6 A;  5ENK A;  1F34 A;  5OZP A;  4FS4 A;  2IRZ A;  4I10 A;  3SKG A;  1PSA A;  3OGP A;  1G0V A;  1D4Y A;  3UHL A;  5P30 A;  1SIP A;  4DPF A;  1EPN E;  3UDM A;  2VA7 A;  3KFR A;  5P8B A;  3QVI A;  2Q5K A;  3UFL A;  5HTZ A;  2ZDZ A;  5OZZ A;  5P7R A;  5P6B A;  3TPP A;  5OZ0 A;  4M8X A;  4TRY A;  2FDP A;  1A94 A;  5P5F A;  3ZL7 A;  2Q11 A;  3K4V C;  5B18 A;  2ASI A;  5P1H A;  5OYZ A;  5P3F A;  1ODX A;  3IXK A;  5HD0 A;  5HU1 A;  5ISK A;  3BVA A;  1YM4 A;  5P7J A;  6APR E;  3OY4 A;  4Y4B A;  2XFI A;  1YTI A;  3I6O A;  1HXB A;  1TZS A;  1QBU A;  2AZ9 A;  5F00 A;  5P0M A;  5P0S A;  1EBZ A;  3L58 A;  1LF2 A;  1EPR E;  5BS4 A;  2G26 A;  5P2V A;  3S54 A;  5TOL A;  5P7V A;  5P0O A;  1K2B A;  3ZOV A;  3SAA A;  4K4R A;  1D4L A;  5P1N A;  1NSO A;  1IDA A;  2O4K A;  3K5D A;  2JJI A;  5P2N A;  3Q5H A;  2OHN A;  3SM2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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