2B60A

Structure of hiv-1 protease mutant bound to ritonavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLREALLDTGADDTIFEEISLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPANIIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title In vivo, kinetic, and structural analysis of the development of ritonavir resistance
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2b60A00
5P23A 2V12C 1EPME 1YT9A 5P70A 5P5TA 5P5IA 5P69A 2FGVA 2OHNA 2Q15A 3SA8A 4RVXA 4H3IA 4RRSA 3NDUA 3NDXA 5DQ4A 4TRZA 3EL1A 3EC0A 2XYFA 3NU9A 3ZKGA 5KQXA 4FRSA 2F3EA 5P3KA 4D89A 1NPWA 2UXZA 5DR1A 5OZOA 4CKUA 1ZSRA 2HC0A 4Y6MA 1D4IA 2XFIA 1IBQA 3OADB 2PYMA 4Y36A 1PFZA 2A4FA 5P5SA 4FM8A 5P2HA 3EKPA 1ME6A 2I0DA 3AIDA 4Y5CA 3OAGA 4RLDA 2APRA 5P3OA 1W51A 5KOQA 4JPEA 3DV1A 5P0TA 1SGUA 2WEZA 5P4XA 1FLHA 5P06A 5OZ8A 1SDVA 5P6UA 1SDUA 2B7ZA 3LZYA 2ZHVA 2G1SA 5P6AA 4H3JA 1MUIA 5P1KA 5P8VA 1ZP8A 4FSLA 5COPA 5P1OA 5I3VA 3RSVA 3FNTA 5P20A 4HDFA 3H5BA 5P56A 3EXOA 4HDPA 3UPJA 3NLSA 5P7YA 5P50A 2VNMA 3WB4A 4LHHA 5P0PA 5OZUA 1NSOA 1Z8CA 1YTIA 2QI4A 1RQ9A 3LITA 5P27A 1MT8A 1D4LA 5P40A 5P4LA 3OOZA 3PM4A 1G6LA 3EKQA 5P61A 3BXRA 5HU1A 3D3TA 3D91A 4RYCA 3EL4A 1FMBA 3GI4A 1EAGA 3UQRA 5P2QA 5KR1A 3ZKIA 3LZUA 3U71A 4RRNA 4ZLSA 3FSMA 4F74A 5P46A 3K5FA 4MC9A 2ZJKA 5P4GA 1BVGA 5P3XA 4APRE 5P0UA 2G27A 3UQWA 1E5OE 5HE4A 5P8DA 2QHZA 3INEA 5EZXA 4KB9A 3KFPA 2JJIA 2ZE1A 5P66A 4Y9WA 3INFA 5P7GA 5P2DA 4Z50A 3DV5A 1GKTA 4AA8A 4Y3SA 5P8QA 4YA8A 2IKOA 2H6SA 5P41A 4RCEA 1PSAA 3R4BA 4RYGA 2BBBA 5BS4A 1YM4A 3SABA 2VNNA 2WF0A 5P4CA 5IS4A 5P5FA 5P5CA 2NNKA 1KJHA 2AOJA 2AZBA 2OHTA 1B6PA 4Y5BA 5PEPA 3ECGA 5P67A 4Y3YA 5P4YA 3K4VA 5P3HA 5P7SA 5ER1E 3IN4A 5OZEA 5P38A 5P1IA 5P7VA 3ZOVA 3UFNA 3L5BA 1YM2A 5P7HA 2VS2A 3HAWA 2BKSA 4YHQA 5P2KA 3EL0A 1FB7A 2FXDA 5P2BA 5P24A 5AHCA 3NXNA 3PBDA 4DI2A 5P6MA 6UPJA 5P4NA 1K2CA 5P2XA 2R5QA 3S7LA 3O9GA 1FG8C 3URJA 4I0GA 3SQFA 5P3AA 2ER6E 5P03A 4R8YA 5P8NA 1HVSA 4ZPFA 2WHHA 4NPTA 3TOFA 4BEKA 5P5QA 3KT2A 5OZ6A 5P81A 4RZ1A 3IXOA 5P5YA 5COOA 5P3GA 3TPRA 3D20A 4Q1WA 4Y4JA 1K6CA 1FMUA 2WEBA 5P58A 3L38A 5P4OA 4K4QA 1HVHA 5P8SA 3TOHA 2G1NA 3NU5A 5P1ZA 1D4HA 5OYTA 3BVAA 1HRNA 3EL9A 5DR0A 3CICA 4EXHA 4I11A 4EWOA 5FIVA 1K6VA 1K1UA 1SIVA 2VIJA 3CKTA 3DUYA 2R43A 3PLDA 4CPWA 1LYBB 2EWYA 5P53A 1T7IA 2RKFA 5OZFA 3ZMGA 5P28A 2G69A 5P6XA 1TW7A 2V0ZC 4PZXA 4DJOA 3PHVA 2P3BB 3CIDA 5P5KA 5OYRA 5P1HA 3QAAA 4RCDA 5P11A 1SDTA 5OZRA 3TKGA 1GVXA 3IXKA 3JW2A 5P3BA 3R1GB 1BBSA 1FQ4A 1GVVA 1GNOA 4YCTA 3B7VA 4Y4WA 2QMFA 5P0NA 4LXKA 3K5DA 1GVUA 5SY2A 3T6IA 5P05A 3LPJA 5P8LA 1A30A 3N4LA 1T6GA 5P7PA 5P36A 4JOOA 3O9DA 3PJ6A 3L5DA 3OUDB 3QVCA 5P87A 5P59A 4GJBA 2B42A 5KQYA 5P7BA 3OUBA 3TKWA 2OHPA 4Y4TA 4J1EA 2PH6A 2ZHTA 2QI3A 5P4AA 3O9HA 5P7ZA 1APWE 2AOCA 5P1LA 2ZYEA 1B6LA 3NU3A 2NXLA 1APVE 3MXDA 2R9BA 1E82E 3S53A 3UDRA 3VCMA 5P2NA 4H3GA 2VIZA 5P73A 5P7KA 3RTNA 5P29A 5P30A 2JE4A 1NH0A 4HDBA 1BAIA 3O9EA 2G94A 5P55A 5P89A 4FL8A 4J55A 5P6LA 4L1AB 3KFSA 5P48A 3SAAA 3H0BA 3KT5A 1QDMA 2OHQA 5P3PA 1HEFE 1T7JA 4J0YA 2NPHA 1HSGA 5IVQA 2VJ6A 4E43A 4YBIA 4Y3LA 5I3YA 1BWAA 3ZPUA 5P31A 4AMTA 4Y5GA 2G20A 2AQUA 5P0CA 2QD7A 4ER2E 2XFKA 4Y45A 4J1IA 2IGYA 3FNUA 2OHRA 5AH9A 1XN2A 1EC2A 3VYDA 1GNNA 1BDLA 4DQEA 1W5YA 4Y5AA 3G6ZA 2VKMA 5P3MA 4I8ZA 2I4DA 5AGZA 1META 4ZPEA 3I25A 2WJOA 5P6FA 1CMSA 5OZDA 5HTZA 3PWRA 2PQZA 5P7WA 3LPIA 5P7EA 2Q3KA 3O99A 5OZTA 4J1HA 1PSNA 1D4YA 2NXDA 4LP9A 5P2JA 1HTFA 3VUCA 3OQDA 3UF3A 3SO9A 4PHVA 2G1YA 3UDKA 4DJUA 5JFPA 5OZVA 5DPZA 1EC0A 4B78A 5P14A 2I4QA 1D4KA 4Y4UA 3VV6A 5P83A 4PPHA 1HVRA 5P5XA 2Q54A 4FM7A 4EXGA 3ST5A 2I4VA 5P63A 1SIPA 5P1VA 4Y5LA 5BRYA 4K4RA 2ER0E 4PEPA 3PRSA 5P1QA 2P8HA 5P2SA 3RVIA 5P2FA 5P5AA 5UPJA 3OOTA 3MXEA 3VEUA 1C6XA 5P45A 4J0PA 3SM2A 2VIEA 3QS1A 4B70A 2AOIA 3O9FA 3SACA 2QAKA 2OHSA 3GI6A 5P4WA 5I3XA 2OHLA 3DM6A 2NNPA 3WB5A 4I0EA 2JXRA 1LYWB 2Q63A 3KMYA 4MC6A 5P65A 3QN8A 4Y3TA 1EPLE 1VIJA 4Y48A 1AIDA 1W5VA 2HB2A 5ENKA 2QP8A 4EQJA 1AAQA 1UH8A 3WSJA 2AVSA 1F34A 4IVSA 1XS7D 3PWMA 5P1CA 5HD0A 4Y4BA 4X2LA 4L7HA 1EBWA 3HVPA 4M8XA 3OADA 3UDJA 3LIXA 2G1RA 4EQ0A 5OZMA 1EPPE 5OZNA 4BELA 4YCKA 5P17A 4Y4GA 3FX5A 1GNMA 5P6WA 2ZHUA 4ZSPA 1E80E 1HVIA 4EP2A 5P6DA 4Y4AA 3URIA 1MVPA 1LF2A 5P8HA 4FE6A 4FRKA 5HCTA 5P1RA 5P0EA 2BB9A 4Y54A 1AJXA 2QNNA 1RPIA 1OD1A 5P0HA 1EBKC 4Y58A 5P5GA 4RCFA 5F01A 5B18A 3KF0A 2WF3A 3JVYA 1ZBGA 3BUGA 3OHHA 3N3IA 1JLDA 4OD9B 4GJ8A 1FG6C 3BVBA 1RV7A 2ZJLA 5APRE 1HPVA 1FQ5A 2QMGA 4DUSA 2VJ7A 2ZDZA 3PSGA 5P42A 4HZTA 5P5JA 5P7MA 1TSUA 2QNPA 5P6IA 1HIVA 2VA5A 4D8CA 2HB4A 3RTMA 1FFFC 2HAHA 5AHAA 1HPXA 3T3CA 5P0JA 5P0GA 2HPEA 5P1FA 3TH9A 2QMPA 3NSHA 5P3VA 2I4WA 4GMIA 4OC6A 1XL2A 3OK9A 5P2OA 5P74A 2IDWA 4DJXA 3RSXA 1AZ5A 2HIZA 5P3YA 3NDTA 5P8KA 3ER3E 3CYXA 3ZKNA 3OU1B 2Q55A 1XDHA 1YX9A 3OWNA 5P1DA 5P1NA 5P8AA 5DR7A 4Y3DA 1K2BA 2QHCA 5P2AA 4OBZA 2IKUA 3APRE 1FMXA 4KUPA 1EC1A 5P7UA 1IZDA 4CP7A 5OZ0A 5OZCA 1D4JA 1WBKA 3ER5E 5P1WA 5P5DA 1SMEA 5KAOA 3OUCA 2QMDA 5HDVA 3CYWA 1SMRA 5T4SA 2FS4A 1T6EX 5P6VA 2PSVA 5P4SA 4LBTA 5P1XA 2HM1A 2PYNA 3KM4A 4OBDA 5P0FA 3OAGB 4TVGA 5OZJA 3APPA 3EKXA 4HEGA 1MT7A 4Y37A 1HVCA 2FNSA 5P4HA 1IZEA 2OHUA 4Y3QA 5P7TA 3SA6A 3NUOA 1SH9A 3S8IA 3OUAA 1EPOE 2O4KA 2FGUA 3BXSA 4B00A 5AHBA 1HSHA 3INHA 3BRAA 3EKWA 5P1SA 1PSOE 4F76A 4YD6A 2AIDA 5P16A 3QPJA 2I0AA 2WF2A 2FXEA 3ZKQA 2SAMA 1DPJA 4GYEA 1KJGA 5OZQA 3OTYA 3HDKA 4FCOA 3T7PA 2BJUA 4FAEA 5OZ1A 1UH7A 3EL5A 5JG1A 4AA9A 4DJRA 1C6YA 3VSXA 3PSYA 4U7QA 4B0QA 5P6BA 4CPRA 6APRE 4YD3A 1HEGE 5P0VA 4GB2A 5BWYA 5P12A 3OHFA 4PYVA 4EJDA 1UPJA 4GJ9A 4CPXA 2ZGAA 1IDBA 1NPAA 2FIVA 5HVPA 2AVQA 5P0OA 5OZ9A 5P75A 3Q5HA 1HTEA 1MIQA 2R5PA 3PMYA 5P13A 5P5VA 3QRVA 4Y3JA 1HVJA 4DFGA 3OQKA 5P3ZA 2FMBA 1KJ7A 2AVOA 5P0MA 5P71A 3GGXA 5P0RA 4DVFA 2QD8A 2UY0A 3LIQA 1RL8A 2G1OA 2I1AA 2AZ8A 2ZJIA 5P3FA 5OYZA 3I6OA 2QU3A 1B6JA 4D88A 3BUFA 3WZ7A 2QI1A 5AH6A 5P5NA 4I10A 2QHYA 5P88A 1SP5A 4EHCA 4DPFA 3TPPA 5P2EA 4J5JA 1ODYA 4LL3A 2BPXA 5DGUA 5P5UA 4XX4A 3S56A 4B1DA 5SXNA 2RMPA 1KZKA 5P0LA 4Q5MA 5P1JA 4Y3MA 4DJQA 4EPJA 4ACUA 4CMSA 1FEJC 3QRMA 4Y3PA 1HXBA 2QI6A 3I8WA 4CPSA 2ER9E 4I0IA 3OXCA 5OZKA 4Y56A 4I0JA 3O9CA 4AUCA 3UTLA 5OZLA 5OZGA 5P3QA 4NPUA 1AJVA 3BGCA 3MSLA 4RGHA 5P6CA 5ISKA 3VG1A 3ZKXA 2WF4A 1HXWA 3KYRA 5P34A 2ZJMA 4FRJA 4TRWA 1BV9A 2F81A 3EMYA 1J71A 1AXAA 5DR8A 3S7MA 1IVQA 2QD6A 3G72A 2O4SA 5F00A 2Q11A 5OZZA 3IVHA 1TQFA 3TPLA 5J25A 3OU3A 3PI5A 4GJ6A 1WKRA 4ZE6A 2QI5A 3UDHA 4B72A 4D83A 2OHMA 2NR6A 3O9LA 2F8GA 1LYAB 2R38A 3VSWA 5P04A 1OEXA 3K5GA 3VF3A 3UDPA 3HZCA 3BUHA 5DQ5A 3FKTA 4CPUA 5P0AA 4I0HA 4I0ZA 5P6TA 2I4UA 4OBGA 2RSPA 3QBFA 5KR8A 3KDDA 4J0VA 1BDRA 5C9FA 3GGUA 5P3SA 3VF7A 5OZ7A 2XYEA 2QI7A 1ENTE 5OYXA 5P5ZA 3KFNA 1BV7A 2FDDA 5P4VA 2QZKA 3UDMA 3B80A 4U7VA 3CIBA 4GJCA 4BFDA 5HCOA 2BPVA 4XX3A 3SA9A 1HOSA 1EPRE 4PZWA 1U8GA 3Q6YA 1YG9A 3L5CA 4Q1NA 4LAPA 3ZLQA 4B77A 3G70A 1B5FB 3PB5A 1N49A 3GI0A 3CKPA 3SPKA 3QIHA 5P1AA 2G22A 1IVPA 1W50A 3EM3A 5P4EA 1A9MA 5P4DA 4LC7A 4Y41A 4ZPGA 4DJWA 2IENA 4I8WA 4Y43A 2RENA 5OYWA 4DJVA 5P2GA 4Y35A 2BKTA 1E81E 2NMYA 3T7QA 3S43B 1XE6A 3UQXA 5HDZA 2P83A 2PSGA 4EP3A 3UFLA 2F3FA 1TSQA 4Y4ZA 4CPQA 5P4FA 3VF5A 3SKFA 5P7NA 4R93A 5P2VA 5P6PA 3PCWA 3TOGA 5KQZA 2R3TA 1XL5A 3S2OA 5P44A 5P00A 4FSEA 1HPSA 1ZAPA 4UPJA 3NR6A 2VJ9A 2J9JA 3SA3A 1EBZA 1W6IA 3GI5A 5P7FA 3PVKA 5ISJA 5I70A 3L59A 5P6ZA 3BGBA 1HVKA 4DJPA 5P3TA 3D1ZA 4F73A 2A1EA 1DW6C 5OZXA 4ZSRA 5P0KA 1TZSA 2QZLA 4RVJA 3QP0A 3DOXA 3SA4A 2O4PA 3Q3TA 4J1CA 1LYWA 1Q9PA 4Y3XA 1GVTA 1W5WA 5P0BA 5P1EA 4OBHA 3PLLA 5P0DA 4L7JA 4YOAA 5P22A 4KE1A 1K1TA 3BHEA 3OY4A 5P77A 3OGQA 4MC1A 2VIYA 1D4SA 3U6AA 4Y3NA 4YE3A 5P8IA 4Y3HA 1FQXA 2AOEA 3EM6A 3UCBA 1FGCC 1MESA 5OYUA 5OYVA 5P2ZA 1Z1RA 2V16C 5P7XA 3OU4A 1IZIA 1DAZC 4QGIA 5P5WA 5P3LA 3GGVA 2B7FA 3K4VC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P23 A;  2V12 C;  1EPM E;  1YT9 A;  5P70 A;  5P5T A;  5P5I A;  5P69 A;  2FGV A;  2OHN A;  2Q15 A;  3SA8 A;  4RVX A;  4H3I A;  4RRS A;  3NDU A;  3NDX A;  5DQ4 A;  4TRZ A;  3EL1 A;  3EC0 A;  2XYF A;  3NU9 A;  3ZKG A;  5KQX A;  4FRS A;  2F3E A;  5P3K A;  4D89 A;  1NPW A;  2UXZ A;  5DR1 A;  5OZO A;  4CKU A;  1ZSR A;  2HC0 A;  4Y6M A;  1D4I A;  2XFI A;  1IBQ A;  3OAD B;  2PYM A;  4Y36 A;  1PFZ A;  2A4F A;  5P5S A;  4FM8 A;  5P2H A;  3EKP A;  1ME6 A;  2I0D A;  3AID A;  4Y5C A;  3OAG A;  4RLD A;  2APR A;  5P3O A;  1W51 A;  5KOQ A;  4JPE A;  3DV1 A;  5P0T A;  1SGU A;  2WEZ A;  5P4X A;  1FLH A;  5P06 A;  5OZ8 A;  1SDV A;  5P6U A;  1SDU A;  2B7Z A;  3LZY A;  2ZHV A;  2G1S A;  5P6A A;  4H3J A;  1MUI A;  5P1K A;  5P8V A;  1ZP8 A;  4FSL A;  5COP A;  5P1O A;  5I3V A;  3RSV A;  3FNT A;  5P20 A;  4HDF A;  3H5B A;  5P56 A;  3EXO A;  4HDP A;  3UPJ A;  3NLS A;  5P7Y A;  5P50 A;  2VNM A;  3WB4 A;  4LHH A;  5P0P A;  5OZU A;  1NSO A;  1Z8C A;  1YTI A;  2QI4 A;  1RQ9 A;  3LIT A;  5P27 A;  1MT8 A;  1D4L A;  5P40 A;  5P4L A;  3OOZ A;  3PM4 A;  1G6L A;  3EKQ A;  5P61 A;  3BXR A;  5HU1 A;  3D3T A;  3D91 A;  4RYC A;  3EL4 A;  1FMB A;  3GI4 A;  1EAG A;  3UQR A;  5P2Q A;  5KR1 A;  3ZKI A;  3LZU A;  3U71 A;  4RRN A;  4ZLS A;  3FSM A;  4F74 A;  5P46 A;  3K5F A;  4MC9 A;  2ZJK A;  5P4G A;  1BVG A;  5P3X A;  4APR E;  5P0U A;  2G27 A;  3UQW A;  1E5O E;  5HE4 A;  5P8D A;  2QHZ A;  3INE A;  5EZX A;  4KB9 A;  3KFP A;  2JJI A;  2ZE1 A;  5P66 A;  4Y9W A;  3INF A;  5P7G A;  5P2D A;  4Z50 A;  3DV5 A;  1GKT A;  4AA8 A;  4Y3S A;  5P8Q A;  4YA8 A;  2IKO A;  2H6S A;  5P41 A;  4RCE A;  1PSA A;  3R4B A;  4RYG A;  2BBB A;  5BS4 A;  1YM4 A;  3SAB A;  2VNN A;  2WF0 A;  5P4C A;  5IS4 A;  5P5F A;  5P5C A;  2NNK A;  1KJH A;  2AOJ A;  2AZB A;  2OHT A;  1B6P A;  4Y5B A;  5PEP A;  3ECG A;  5P67 A;  4Y3Y A;  5P4Y A;  3K4V A;  5P3H A;  5P7S A;  5ER1 E;  3IN4 A;  5OZE A;  5P38 A;  5P1I A;  5P7V A;  3ZOV A;  3UFN A;  3L5B A;  1YM2 A;  5P7H A;  2VS2 A;  3HAW A;  2BKS A;  4YHQ A;  5P2K A;  3EL0 A;  1FB7 A;  2FXD A;  5P2B A;  5P24 A;  5AHC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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