2BBBA

Structure of hiv1 protease and hh1_173_3a complex.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, synthesis, and biological evaluation of monopyrrolinone-based HIV-1 protease inhibitors possessing augmented P2' side chains
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bbbA00
5COOA 5P68A 5P7VA 2AVMA 4Y4DA 6FIVA 4ZIPA 5P4VA 4DFGA 3FX5A 2SAMA 3UFLA 4K9HA 3IN4A 2FXDA 4Z22A 5P2LA 1D4JA 4YCYA 4B78A 2WF3A 5P2RA 5P7KA 5DR0A 5P8KA 1W6IA 3G72A 5P58A 2VIYA 3OGPA 4B1DA 5P2KA 3SM1A 1A30A 2CEMA 5P3ZA 3UDMA 3UDPA 1UH7A 1C70A 5P6QA 1AVFA 1LZQA 3M9FA 5AH7A 4GIDA 5P5WA 3JW2A 5P2WA 4GJDA 4R8YA 2G24A 4Y3YA 1IZEA 3ZKMA 4R93A 3TPPA 2AZBA 5P36A 5P4WA 3OU1A 2WEZA 4HDPA 5P38A 2FS4A 1ZSFA 5P26A 2OF0A 1IZIA 5P3KA 1EC3A 4Y35A 1LF4A 5TOLA 1DAZC 2I4WA 4FSEA 4YBFA 1TCXA 4HLAA 2ZJNA 5P50A 4LXMA 2WEAA 5P3YA 1BDQA 3UCBA 5P5CA 5BWYA 1EBYA 3O9AA 5P5VA 1NSOA 2QZKA 4Y3MA 3RSXA 2F3KA 4Y41A 3TNEA 1NPWA 2PSUA 1BV9A 4OD9B 5P5KA 4OBHA 5P0YA 5P46A 5P8GA 3PWMA 1AIDA 1SGUA 3VV7A 1WBMA 3VYEA 1TW7A 3GI6A 1BWAA 2APRA 3KMXA 1FIVA 1LYWB 3L5FA 5P8IA 2AOGA 2NTRA 4QJAA 3MXEA 3BVAA 4ZSMA 3OK9A 4ZPFA 3OHHA 3SPKA 1KJGA 5DGUA 3KFSA 5P1XA 3K5CA 2HC0A 3VF7A 5P71A 5P63A 2RSPA 5OZ9A 5P60A 3TKGA 4AA8A 5P6DA 1ZPAA 5P4FA 5P3FA 3QIHA 3QP0A 5P01A 3LITA 1A94A 5P12A 1AJXA 1E80E 1PSNA 1ODYA 3K4VA 3TL9A 4FL8A 3UPJA 5P7QA 3OXVA 3UQUA 2ZE1A 5AH6A 1YT9A 4N00A 1ME6A 3VG1A 5OZ6A 5P06A 1ER8E 4HVPA 5P8TA 1FEJC 1QDMA 3DOXA 3UQWA 5P1HA 4DQGA 5SXNA 4PZXA 2G69A 8HVPA 3HW1A 4YD7A 4Y53A 3RU1A 1FMXA 5P4QA 5DGWA 4GYEA 2WEBA 4DPIA 2IKOA 1FF0C 1D4LA 1K2CA 1MT7A 1EPNE 3QVIA 1ZBGA 3CKRA 4ZSRA 5OZIA 5P7IA 3D3TA 4XXSA 3UDNA 4OBKA 4TRWA 4OC6A 5JFUA 4RRNA 5OZTA 4X7IA 1HVSA 2AOJA 2OHNA 5P4PA 2QNNA 3S2OA 4EHCA 5P62A 3TLHA 1T7JA 2OHPA 2QD6A 1K6VA 1BIMA 4ZPEA 5P4EA 2AVVA 5OYWA 5AH8A 2WF1A 3CYXA 5P15A 4R91A 5P3WA 3D20A 1W51A 3H0BA 1BV7A 2BPXA 3R0WA 2R5PA 3MSLA 1SH9A 5P6AA 2XYFA 2IENA 5COKA 1KJHA 1YG9A 2IGYA 3FNTA 5HD0A 5DPZA 5P0SA 2FIVA 5OZLA 3TOHA 4MC6A 1KJ4A 4YOBA 3DV1A 3KT2A 5P1SA 2AOHA 4KE0A 5P1FA 3ZKQA 4DJQA 1K6PA 4EJKA 1UPJA 2IS0A 1DMPA 5OZUA 4KUPA 2RKFA 5I3YA 4Z50A 1MTBA 1WKRA 1APWE 4Y4GA 3VYDA 3SACA 4OD9A 2G1SA 4Y3ZA 5IS4A 5P00A 3EM4A 4ER2E 2QHCA 4YCTA 3OAGA 3JVYA 1HWRA 5SY2A 5P2VA 3SO9A 3UDRA 1META 1TCWA 1XS7D 5P22A 3ZKIA 1J71A 4FAEA 5P5HA 5P6RA 3ER5E 5P6BA 5P76A 5P32A 4GJ7A 3VFBA 2FGVA 1W5XA 3LIQA 4PZWA 5P1LA 4H1EA 4IVTA 2CENA 4Y5CA 5CLMA 2P3AA 5OZ8A 5P3BA 1EBWA 5P5UA 3LHGA 5P0NA 1GKTA 5OZFA 4J5JA 5P0PA 2R8NA 3EKTA 5IVTA 3B80A 4RVJA 1BBSA 1AZ5A 3SA4A 2OHLA 3BC4A 2HB4A 2HS2A 5P6CA 5OZZA 2P4JA 5P4BA 2PK6A 4NJVA 1T3RA 5P7JA 2WEDA 2ER0E 4RVIA 5P1UA 1E82E 2BKSA 5P6VA 3S43B 3OADA 1HIIA 3L58A 2OHMA 4CPSA 3EL5A 5P0BA 4HE9A 5P5LA 3GI0A 4I0ZA 1B5FA 3NU3A 5P4YA 4EJLA 2PWCA 5P27A 1HVRA 2I4XA 5P2IA 5P7NA 1Z1RA 1UH8A 5P3VA 2NR6A 4R5NA 3LPKA 5EZZA 1HXBA 5P6YA 5P8FA 5P3NA 5P57A 5OZKA 2ZHRA 3VFAA 1IVPA 1HVKA 5P2AA 5P5TA 4EYRA 4QJ9A 1RV7A 5OZQA 5P4CA 5P66A 4K8SA 1MT9A 5P3AA 3NWQA 5P7LA 3HD8A 1EAGA 4DPFA 4Y37A 5P37A 5P5SA 5APRE 2P3CA 2VA5A 3D91A 3I2LA 5P6PA 5ER1E 3D1ZA 4WTUA 4RCDA 4FM6A 3KDBA 4J0YA 1AM5A 3EKPA 5P0AA 3ZKXA 4A6BA 2NXLA 3UQPA 3EMYA 3URJA 3SQFA 1M0BA 5P2NA 5P7RA 4I8ZA 1FG6C 4FRSA 5P18A 2Q64A 4RYGA 1MIQA 3ER3E 2WKZA 2PQZA 2B42A 5IVSA 1Z8CA 5P0EA 2R3TA 3OU3A 4J1HA 2A1EA 1C6ZA 4Y3PA 4RLDA 5P17A 5ISKA 3BGBA 5P2BA 3L5DA 5P8QA 3KT5A 5KQYA 3PSGA 5P0LA 1MPPA 2OAHA 2Q15A 4Y3RA 3RTMA 1EPQE 3OUDA 3N3IA 5OZOA 1TQFA 1HVIA 5P86A 3H5BA 5P6UA 5P4UA 2WF4A 3IN3A 3TOGA 1HTGA 1F7AA 5P5YA 5OYSA 5HDVA 3LZYA 1FKNA 3EKYA 2I4VA 5HE4A 4Y5LA 4YCKA 3OHFA 2VJ6A 2BPVA 5P0FA 3UQXA 4DJVA 2PH6A 2ER9E 4H3GA 3MXDA 2AZ8A 2ZYEA 4J0TA 5P8EA 3EL1A 4DH6A 2Q11A 1HRNA 3OXCA 5P29A 1D4HA 3S56A 5P8BA 3L38A 5P4MA 4Y57A 2IRZA 3NDTA 1PROA 4M8YA 5P4LA 4DJYA 4YA8A 4Y4BA 2UY0A 4F74A 5P14A 2G21A 1XDHA 1FQXA 3ZKGA 4D85A 1QS8A 5P80A 5P19A 1MT8A 5OZ5A 5P2ZA 1SDVA 3O9LA 5P3EA 4EXHA 2NNPA 3QROA 4ZPGA 5P11A 2AIDA 4LBTA 1QBTA 5P1TA 1GNMA 1QBRA 4JP9A 1FFFC 5P4GA 1HSHA 4ACUA 3URIA 1A9MA 1HTRB 4MC9A 4L1AB 5P0KA 4YD6A 5OZPA 2I4UA 4J54A 1ODWA 3KFPA 4Y3AA 5P5MA 5KQXA 4Y47A 3L5BA 4HZTA 2PSGA 2JJJA 3OGQA 2V13A 4J0PA 5T4SA 1SDTA 3DCRA 2P3BB 3VF5A 1KJFA 3TPJA 4Q1YA 5C9FA 5P1YA 3HZCA 1PFZA 3UFNA 2ER6E 1LYBB 4CPRA 2JJIA 3KA2A 5KQZA 5DR7A 5P82A 2AZCA 4Y3WA 2BQVA 1NPAA 3QRVA 5P2YA 5HCOA 3SABA 1TZSA 3OQ7A 5P04A 5P7XA 4DQCA 3S8IA 1YTIA 3UF3A 4LL3A 1HVCA 2FDEA 5P1ZA 2QCIA 1NH0A 5HTZA 5AGZA 4OBZA 5P4DA 1B6MA 1PPME 5P79A 3UDYA 2QAKA 5OYYA 3WZ7A 3O99A 1HOSA 5P0MA 5P8UA 5P0OA 4QLHA 5P70A 3LPJA 5OYXA 1CPIA 3QS1A 5P48A 4YDFA 2PK5A 2QI0A 3S53A 4APRE 1BAIA 4L6BA 3SA6A 5P4JA 3TPRA 2AOCA 5OZWA 1EPRE 4Y3QA 4R92A 3QRSA 5P5OA 3SM2A 5P7SA 1RNEA 5P53A 3VV8A 3JVWA 4OBDA 4GJ9A 3K1WA 4F75A 1APUE 1T6GA 5P7GA 1OEWA 1HEFE 3PMUA 5P84A 1LS5A 4EP2A 3U6AA 4Y3DA 4J1KA 1M4HA 3PCWA 1T7KA 1RQ9A 4Z2ZA 2OHKA 1SMEA 4GJ8A 4J1EA 2JYSA 4J17A 4DJRA 2WECA 3GGXA 3UDKA 2QMPA 4GJ5A 3VLBA 2I0AA 3EKXA 2PYMA 5P3JA 5EZXA 5P7MA 3OOTA 4TRYA 5C9BA 3VF3A 5OYTA 1APTE 3PSUA 4DI2A 2J9JB 2IGXA 3OXXA 4DJPA 2QNPA 4B0QA 2QP8A 1MRWA 5P73A 1GVXA 5P0UA 1YM4A 4DV9A 3SKGA 3OQFA 4J0VA 2G22A 2QMFA 5P2JA 3MSJA 5P8PA 4LXAA 4NKKA 3FKTA 3PI0A 3DCKA 3ZMGA 5AH9A 3PM4A 5P1VA 4EPJA 3BVBA 1ZSRA 5P49A 4GMIA 5P34A 1QBUA 3PI5A 3PRSA 2B8VA 5P5XA 4I0HA 3B7VA 5OZRA 2AODA 2ZGAA 4R95A 2O4LA 1GVTA 5AHBA 3OU4B 5OZNA 4RRSA 3VYFA 3QAAA 2R5QA 3VV6A 2R43A 1EBKC 5P2GA 4AA9A 1HHPA 1MSMA 1XN2A 1M43A 4I0IA 5OZ0A 4DQFA 5P1BA 5OYZA 5P6OA 4M8XA 5P2OA 5P6LA 5P03A 5P1KA 5P4XA 1AJVA 2AOIA 5OZAA 4I10A 2A4FA 3K5DA 4S1GA 2UXZA 3NDXA 4COEA 1XE6A 3GW5A 5P0TA 2B60A 3Q5HA 4GJBA 4YDGA 4LXKA 2WHHA 3QPJA 1ZJ7A 4J1IA 5P5IA 1CZIE 5P64A 4I0EA 4Y3NA 1LYAB 2ZHTA 5P8HA 5P1CA 4D88A 2F3FA 2AZ9A 5P40A 3FV3A 5P4NA 4Y43A 3INHA 1FQ4A 4YD5A 4TVHA 5OZ7A 4FSLA 4TVGA 5P28A 3K5GA 3KN0A 4Y58A 5P2TA 4EQ0A 1K1TA 1ZTZA 3NU6A 2VNMA 4HDFA 3GI5A 5P0DA 5P56A 3ZPTA 2QI6A 3VSXA 5P5RA 3PB5A 1Q9PA 5P4KA 1HVHA 5JG1A 5KOQA 5P6TA 3IXOA 4I11A 4Y4JA 1DP5A 5P6NA 1SP5A 4NJUA 2O4KA 4OBJA 3GGVA 5OZEA 5P20A 5P1EA 5JFPA 3EL4A 1Z1HA 4Q1XA 5P3GA 2VKMA 5UPJA 5HU0A 3QBHA 4H3JA 1HBVA 3HAUA 5DQ4A 3UDQA 2F3EA 3ST5A 4GZFA 1HPVA 1MTRA 4OBFA 1IVQA 5SY3A 2VA6A 1HXWA 3O9EA 5P4SA 2R9BA 4I0FA 4DQEA 5I70A 4YD4A 5P10A 2OHUA 1SBGA 3LIVA 4Y4EA 5F01A 3WZ8A 1LYWA 5C9DA 2JXRA 5P5FA 1G35A 2R38A 5P4IA 1FMUA 5P6FA 3WB5A 4B72A 3S7LA 2AQUA 2VNNA 2I1AA 5P7TA 5HDUA 2ZHVA 1A8KA 3L5EA 5P6MA 4QJ6A 3URLA 5IVQA 4Y5PA 2QNQA 1YTJA 1AAQA 4Y4TA 4Y3SA 5P3DA 1C6XA 2I4DA 5OZBA 5P05A 5P5JA 5OYQA 3PBDA 4Y3EA 4JPCA 3QBFA 2VA7A 3O9FA 2QI1A 4Y36A 4YE3A 2QHYA 3HLOA 5P02A 4Y4WA 3R4BA 5OZVA 4Y4UA 3PWRA 2G1NA 1MVPA 3G6ZA 5P7OA 4Y5KA 3Q3TA 4FM7A 2XFJA 2OHTA 1F34A 3DUYA 1HSGA 4U7VA 3Q6YA 3R2FA 4Y3XA 3WSJA 1VIKA 1K1UA 5HU1A 3GGUA 3I8WA 2PC0A 2FXEA 5P6JA 5P52A 5P4RA 1N49A 5P59A 4ZLSA 4Y3FA 2VIZA 3HVPA 3A2OA 1EPME 3D1YA 3BRAA 4Y5GA 5P47A 5PEPA 4CMSA 5P3XA 1HSIA 5I3WA 3FNSA 5P3OA 1HEGE 4CPXA 2XFKA 5P4HA 4ACXA 1AXAA 2AVSA 3HDKA 5KR8A 4E43A 1PSOE 3QRMA 3IVHA 5P0IA 4J0ZA 2BJUA 3EBZA 4RCFA 5OZJA 4QJ2A 4IVSA 4Y5MA 1LF2A 3INDA 2I4QA 3LZVA 2B7FA 3S54A 4DUSA 3EKQA 3T3CA 4PPHA 1HIHA 4I0JA 2FNSA 3RVIA 1BWBA 3OQKA 4D83A 5P67A 3WZ6A 1WBKA 1YM2A 2HAHA 3IAWA 5BRYA 2ZHUA 5P8SA 4DJOA 4I0GA 4RGHA 3G70A 2CEJA 3OWNA 5OZ4A 2VJ9A 3CKPA 2ZHSA 3SKFA 4RYCA 1E5OE 2H6TA 1HPOA 4H3IA 4AMTA 2B8LA 4NPTA 4RROA 3IA9A 5P25A 2AOFA 2IQGA 3BUGA 3AUPA 5DQCA 2RMPA 5P2CA 1W50A 2VJ7A 4FLGA 1FQ7A 4LP9A 4NJTA 4Y6MA 1SMRA 5P13A 4Y45A 3I25A 3KFRA 5P55A 2V16C 5P3HA 4RCEA 3CYWA 4FIVA 4Y3LA 5P2EA 2Q55A 3NU4A 4EWOA 4WY1A 5KAOA 4Y5BA 3O9DA 4Y5EA 3NXEA 2F80A 5P74A 1GNNA 4F73A 3O9IA 3UHLA 4LHHA 4A4QA 4FM8A 3S85A 3OOZA 4DJXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5COO A;  5P68 A;  5P7V A;  2AVM A;  4Y4D A;  6FIV A;  4ZIP A;  5P4V A;  4DFG A;  3FX5 A;  2SAM A;  3UFL A;  4K9H A;  3IN4 A;  2FXD A;  4Z22 A;  5P2L A;  1D4J A;  4YCY A;  4B78 A;  2WF3 A;  5P2R A;  5P7K A;  5DR0 A;  5P8K A;  1W6I A;  3G72 A;  5P58 A;  2VIY A;  3OGP A;  4B1D A;  5P2K A;  3SM1 A;  1A30 A;  2CEM A;  5P3Z A;  3UDM A;  3UDP A;  1UH7 A;  1C70 A;  5P6Q A;  1AVF A;  1LZQ A;  3M9F A;  5AH7 A;  4GID A;  5P5W A;  3JW2 A;  5P2W A;  4GJD A;  4R8Y A;  2G24 A;  4Y3Y A;  1IZE A;  3ZKM A;  4R93 A;  3TPP A;  2AZB A;  5P36 A;  5P4W A;  3OU1 A;  2WEZ A;  4HDP A;  5P38 A;  2FS4 A;  1ZSF A;  5P26 A;  2OF0 A;  1IZI A;  5P3K A;  1EC3 A;  4Y35 A;  1LF4 A;  5TOL A;  1DAZ C;  2I4W A;  4FSE A;  4YBF A;  1TCX A;  4HLA A;  2ZJN A;  5P50 A;  4LXM A;  2WEA A;  5P3Y A;  1BDQ A;  3UCB A;  5P5C A;  5BWY A;  1EBY A;  3O9A A;  5P5V A;  1NSO A;  2QZK A;  4Y3M A;  3RSX A;  2F3K A;  4Y41 A;  3TNE A;  1NPW A;  2PSU A;  1BV9 A;  4OD9 B;  5P5K A;  4OBH A;  5P0Y A;  5P46 A;  5P8G A;  3PWM A;  1AID A;  1SGU A;  3VV7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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