2BBBA

Structure of hiv1 protease and hh1_173_3a complex.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, synthesis, and biological evaluation of monopyrrolinone-based HIV-1 protease inhibitors possessing augmented P2' side chains
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bbbA00
1LYBA 3KYRA 3PCWA 3ZKGA 4Y3WA 5DR8A 4RYCA 4DQHA 1FG6C 3RSXA 3PSGA 2H6TA 1IBQA 5P6DA 2UPJA 3LPIA 5P6EA 3GI5A 3IXOA 3I7EA 3CIBA 3KDDA 4Y5EA 4L1AA 4I12A 5P58A 3FX5A 5DQ2A 4J17A 4EXGA 1TCWA 4Y4AA 1U8GA 3ZKQA 5P40A 5P4GA 1MERA 4M8YA 2FNTA 3APPA 3GI4A 5P7GA 3QVCA 2QI7A 1EPRE 2ZJLA 1G0VA 2H6SA 1APVE 2QI6A 3EBZA 1GVVA 3S43B 3GGXA 3H0BA 4NJUA 5P5VA 4ZE6A 1LZQA 2R8NA 3HW1A 3D1YA 3HZCA 4RCEA 5P2LA 3PWMA 2G1OA 2SAMA 5P1WA 2OHQA 1D4LA 5P5NA 2F3KA 2QD6A 4APEA 2VIJA 1FQ6A 1YG9A 3CKPA 5P0RA 3PI5A 4FS4A 4UPJA 2AVOA 4DJVA 5C9BA 1SDUA 4PEPA 3LPKA 5P4DA 4LXKA 1KJGA 2I4WA 4HE9A 4Y48A 5P20A 3UDYA 5P2MA 3O9LA 2ZHUA 3L59A 5P4FA 5C9FA 1RV7A 4JP9A 2IKOA 5P7QA 4J1FA 5P3GA 2OAHA 4I0GA 5ER1E 7HVPA 2I4UA 3OQFA 5P3JA 2QZLA 3VEUA 3TLHA 3VLBA 4OBHA 5P8TA 2ZHRA 3LHGA 4B77A 3L38A 3D3TA 5P3OA 5COPA 4NPUA 1Q9PA 1F34A 4YBIA 1A9MA 1NPWA 4FM8A 4Y47A 4OBFA 5P3MA 5P5GA 2OHKA 2WJOA 4GZFA 2Q64A 4RYGA 5P06A 1B6MA 1HHPA 2I4XA 3SKGA 1QBUA 2AZBA 4KE0A 1XL2A 3AIDA 5P5MA 1W51A 5P0KA 3IN3A 3K4VA 3ZKNA 5P7LA 2ZE1A 3EL0A 3S2OA 5P4NA 1LS5A 3APRE 1T6EX 5KR8A 3TL9A 5BS4A 3OUDA 1FMUA 2QD7A 1HIVA 4CPWA 5P5SA 5P3HA 2J9KA 5P0MA 1MTRA 1QBSA 1WBMA 5P7BA 2V10C 5P4WA 2Q5KA 4Z2ZA 5P5YA 4Y35A 4RZ1A 4R93A 3FSMA 1B5FB 4YOBA 4DUSA 5AH7A 3PEPA 2VA6A 4X2LA 3UFLA 3BXRA 1BV9A 3OHFA 5P5JA 5P43A 4AZYA 1A8GA 4RLDA 4X7IA 5OZXA 1SDVA 4ZEAA 3OAGB 3UDKA 4HLAA 3EM3A 5P6CA 5HCTA 2P3CA 5P2RA 5P7OA 5COOA 5I70A 3NDWA 1W5WA 5P0ZA 4J1CA 1WKRA 4FAEA 3Q4BA 2WEZA 1D4SA 1GVTA 5P0HA 3D91A 4L7GA 1IZEA 5P5ZA 4Y4BA 5P64A 4D85A 3SM2A 3QRSA 5P5LA 3DCKA 2F3EA 3TOFA 4I0DA 2R3WA 5HU0A 5P6MA 1LV1A 1HSIA 4YCYA 2QZKA 2WEBA 4ER2E 5P0PA 4RRNA 1LYBB 4Y5CA 2O4NA 4YD5A 2HB4A 1KZKA 2CEMA 5P0NA 3BUHA 1KJ7A 4Y54A 5JODA 1YX9A 3EKPA 4YCTA 1VIJA 1EAGA 4GYEA 3PCZA 5P8KA 5P7AA 3UQRA 2VJ7A 4EJ8A 5P0YA 5P6IA 4GJ5A 2BQVA 3KFSA 5P72A 4Y4ZA 3INFA 1QRPE 7UPJA 4L1AB 4DVFA 3OXVA 4Q1NA 3KN0A 5P84A 2WF4A 1SP5A 5P2DA 3OK9A 5IVQA 5P4TA 2O40A 4CMSA 3O9FA 3DM6A 4Y3SA 5P27A 5IS4A 5OZTA 5P1HA 1E5OE 5HDXA 5P1NA 2FGUA 4Y6MA 3TNEA 3VFAA 3ZKSA 4GMIA 4CPTA 2P8HA 1BBSA 2R43A 4Y3ZA 3TKWA 4EPJA 4DFGA 5AHBA 2OHSA 3VSXA 4Y44A 5P3AA 1G2KA 4JPCA 5P6SA 5P7NA 5P3KA 5P29A 1F7AA 3BVAA 2O4LA 4B70A 3ZPTA 5P1YA 2IS0A 1HTFA 4L7JA 2I4QA 5ISJA 3O9LB 2RMPA 2WHHA 2G24A 1ZJ7A 5P3XA 3VLAA 2I0DA 4B00A 5P4IA 1GNNA 6UPJA 5P1GA 1MESA 4Y37A 4CPXA 2G21A 5P4MA 4GJ7A 1IVPA 2I4DA 5P0LA 4DJUA 1UPJA 4ACUA 4EHCA 3VV6A 5P8VA 5P6PA 1FF0C 2ASIA 2V11C 4J1HA 4Y3LA 4WY6A 1FQ4A 5P13A 3G6ZA 5P0WA 4Y57A 3NWXA 1LEEA 2VNNA 1B6LA 1ENTE 2ZJNA 4Y56A 1QDMA 3ZKIA 5P8UA 4RCFA 4QJ9A 1EPNE 5OZ0A 5KR0A 5E5KA 2XFKA 5KOQA 1EPME 5P5QA 1HPSA 1K6VA 5P1AA 5P7YA 4Y3JA 4J1EA 5BRYA 1TSUA 2QCIA 2P3BB 2HIZA 5CLMA 2QAKA 3ER3E 3OUDB 3K5DA 2ZHSA 5P4LA 4FIVA 1SDTA 4XX3A 3QBFA 3ECGA 3NLSA 5P7WA 2VS2A 1HVIA 3KM4A 1YTHA 4Y3GA 3DV1A 5P7RA 4Y3MA 3UDQA 5P63A 1FKNA 5P3VA 3MXEA 2FXEA 3IVHA 5P2AA 1MUIA 4ACXA 3Q5HA 3EXOA 4Y5GA 4LHHA 3KDBA 3RTNA 1HVCA 1FFIC 5P30A 2P3AA 6FIVA 1YT9A 5KQZA 4Y3TA 5OYVA 4TVGA 4Y4DA 4I1CA 2G69A 3GI6A 1MVPA 3KFNA 3DUYA 5TOLA 5I3VA 5P5AA 4GB2A 3TPLA 3L5EA 4FAFA 3ZPSA 2RSPA 3LZUA 5P47A 5P1PA 2JXRA 3OQKA 2BJUA 3HBOA 2FIVA 5P3WA 2HPEA 3NDTA 4FRJA 2BB9A 1HVRA 3L5DA 2FDEA 5DGUA 1ZSFA 5P4HA 1M4HA 5P7EA 3KF0A 3R1GB 1EPPE 1ER8E 2PH8A 1T3RA 3CYXA 4ZPGA 2JYSA 3MSLA 4KB9A 5P2NA 1YM4A 4WY1A 2JJIA 3T7PA 4PZWA 4ZPFA 3KT5A 3S45A 5P2FA 5P66A 3UDMA 3VCMA 5P6GA 1NPAA 4FRKA 1GVWA 5P59A 4N00A 1APUE 4K9HA 2V13A 4MC1A 3SQFA 5P73A 1K1TA 1MRXA 3N3IA 5P89A 1W5YA 4DQEA 4RVXA 5F01A 3KFRA 3DJKA 4DPIA 2Q15A 1T6GA 1ZTZA 5P6TA 3ER5E 5P8DA 1RNEA 2UY0A 5P5TA 3MWSA 2HB2A 4J0TA 3EL5A 3IAWA 2BPYA 3L58A 3VFBA 5P8FA 2PC0A 3NUJA 5EZZA 1HWRA 4ZSMA 5P3UA 2AVQA 1SMEA 1M43A 1C6YA 4Y3AA 3IGBA 3NWQA 5OZZA 1NSOA 3MSJA 5P76A 4YDFA 3SABA 1KJ4A 5DR7A 1FIVA 5OZ9A 5OZ3A 1IZIA 1BIMA 5P7CA 3WZ6A 2AZCA 4OD9A 3U6AA 2QZXA 5OYQA 4IVSA 3UTLA 2PYMA 2AZ9A 3UHLA 5P85A 5OYYA 1AAQA 4ZIPA 2PWCA 4MC6A 1C6ZA 2B8VA 1SIPA 2R38A 4XX4A 2G20A 3S53A 1HTGA 3RVIA 1HIIA 3OU4A 1FMXA 5P4RA 3OGPA 4FE6A 3SA8A 1TQFA 2WEDA 5P0AA 4QJ2A 2JE4A 3I8WA 4CPQA 4DJQA 3VF7A 5P56A 5OYUA 5P41A 4QGIA 3O9BA 3OTYA 3S8IA 3K5FA 3PGIA 5DQ1A 5P2OA 5P48A 4F75A 2QMDA 2QI0A 5JG1A 5JFUA 3WB4A 1ZPKA 3R2FA 1D4YA 4YD6A 1T7JA 5P15A 5P78A 3VV7A 4TRWA 5OZAA 5P6UA 5P1CA 1FQXA 5P2KA 3U71A 4J1KA 5P5UA 3CKRA 1GNOA 3OU1B 5P4EA 1B6PA 5AH6A 5P57A 1E81E 5OZ6A 1PROA 3FNTA 2NXLA 4BEKA 5P3CA 1CPIA 5P6NA 3I25A 5OYTA 3PLLA 1YTGA 3FNSA 3BHEA 3OOZA 4H3IA 1EEDP 1HIHA 3AUPA 3PBZA 2F80A 3OQAA 3SA6A 5OZ2A 3GI0A 3LIZA 3PI0A 2FNSA 1FGCC 5P2YA 2P4JA 1DP5A 3WSJA 3NU5A 5P5EA 2ZJHA 3EKWA 5P1OA 5P08A 3UCBA 3URIA 5P03A 3QPJA 5P8SA 5P0BA 5OYSA 4NJVA 2AODA 1HXBA 4B0QA 3Q70A 1VIKA 3K1WA 4Y5BA 1OEWA 4RCDA 4Q5MA 5P7MA 5P4SA 5P7ZA 2AOJA 1XL5A 5P26A 5HDUA 4YD3A 3OY4A 4Y9WA 3UDPA 5P2JA 5P1KA 5HDVA 5P8OA 3QRVA 5P53A 1HSHA 1ODYA 3NU4A 1QS8A 3IXJA 5P2UA 3QAAA 2G94A 5ENKA 1FG8C 5UPJA 3O9DA 2AOIA 3HVGA 5OYZA 5P05A 2VIYA 3PVKA 2WF1A 4Y5LA 5P3YA 4DJOA 2Q63A 3B7VA 4FGXA 5OZEA 5P74A 1TW7A 2P3BA 1NPVA 4LXMA 5P02A 4OC6B 5P5CA 5P7SA 2FXDA 5P1TA 3VSWA 5P14A 5KQXA 2QU2A 2XYFA 4ER1E 5P50A 2HB3A 1RQ9A 1HEGE 3O9IA 4Y5PA 3EL9A 2RENA 5P28A 3S7MA 1D4JA 4QJ8A 3CYWA 1EBKC 3QN8A 2V00A 5HTZA 1BVGA 4CPRA 5OZPA 2QI4A 5P83A 2VIZA 2BBBA 5P0CA 5P5FA 4XXSA 4Y51A 3ST5A 1DIFA 2NNKA 4GJCA 2Q11A 5F00A 5P3DA 5P36A 5P4OA 5P25A 5KR1A 2I0AA 3ZL7A 3EC0A 1EPOE 4R91A 5KQYA 4RVIA 1Z1HA 4TRYA 5P8HA 4EJLA 3UDNA 5P6YA 1BDQA 1FQ8A 1B11A 1AXAA 1HVHA 3CKTA 1XN2A 5P55A 4Y50A 4GJ6A 1DW6C 5P11A 2I4VA 3LIXA 5P0TA 2CEJA 5I3XA 4OD9B 4DQGA 4J0PA 5P0EA 3EL1A 4M8XA 5P18A 3FNUA 3QRMA 3T3CA 3SPKA 5IVTA 5HDZA 3F9QA 5SZ9A 2VA7A 4GJ9A 3OU4B 5P5DA 3CICA 1ZBGA 2AOEA 2V16C 3INEA 4BFBA 2WECA 5EZXA 4Z22A 1HRNA 3NXNA 4LC7A 3SA7A 3TKGA 5P6HA 3SM1A 5P34A 3VYEA 2VJ9A 1Z8CA 3UPJA 2CENA 4YA8A 5OZ4A 5P12A 4CKUA 2XFJA 4HDFA 2BKSA 5P35A 1PPLE 5P5HA 4DQBA 3OXXA 5HVPA 3T6IA 1K6CA 1A8KA 3QIHA 1BXOA 3LIQA 1HTEA 2QHZA 3PLDA 4JECA 1LF4A 5HE4A 3UQUA 2PQZA 1UH7A 3KMYA 3EKQA 3EKYA 1XDHA 2BPXA 3OOTA 4D88A 3L5FA 5P8BA 5P1VA 4YBFA 3D1ZA 4YHQA 2ER7E 3DCRA 2R3TA 2IQGA 5P8CA 4A4QA 4DJRA 3UFNA 4OBGA 5OZ5A 3U7SA 4EQJA 5P8EA 3SA3A 5P7PA 2BPVA 1KJFA 3ZPUA 2O4SA 1SMRA 1JLDA 3G72A 5OZJA 1W6IA 1IIQA 2WF0A 3IVIA 2OHTA 4HZTA 2QU3A 3PRSA 3TOGA 4B72A 5P1XA 4NKKA 1BWBA 5OZQA 1LYWA 1HPXA 3HDKA 5BWYA 5P0SA 4U7QA 8HVPA 1SIVA 4Y4GA 5P82A 2B42A 1LYAA 2IKUA 5ISKA 2IGYA 3PBDA 2OHMA 4K4QA 1HPOA 5HE5A 4Y3FA 1PPME 3JVWA 4E43A 2AVSA 3ZMGA 4D8CA 2O4PA 1HTRB 4OBJA 4Y4WA 2FDPA 4HEGA 1TSQA 4AUCA 1GVXA 5DR1A 4Y4JA 2NPHA 4DQCA 3SA9A 3LZSA 3CIDA 5PEPA 1AM5A 3NU6A 4HVPA 4NPTA 4Y43A 3OUAA 1K2BA 3OU1A 5IE1A 3ZKMA 4H3JA 4J0YA 1AJVA 4I0JA 1C6XA 1IDBA 3LPJA 2OHNA 2HPFA 3TTPA 2IGXA 2OF0A 5P0UA 1ZLFA 5P1QA 3PB5A 4QLHA 5HCOA 4AA9A 4B1EA 2VKMA 3VF5A 4B1CA 5P7HA 1SH9A 5P0JA 4EP3A 5P4PA 5DQ5A 5P2ZA 3D20A 4AMTA 3IN4A 3PSUA 3OUCA 4YD4A 5P1BA 2AOCA 5OZRA 5P7DA 3QBHA 4F73A 2AOHA 4Q1WA 5P2IA 3PSYA 4L7HA 5P46A 2FDDA 1W5VA 2VJ6A 2PSUA 5P1ZA 3GGVA 2G27A 5KR2A 3SA4A 5P62A 1MT8A 1AVFA 3DV5A 2PK5A 2PYNA 4FLGA 2P83A 3I2LA 1E82E 3OU3A 2HS2A 3INDA 5P86A 5P3SA 5OZOA 5P0DA 1AJXA 5P0GA 3PWRA 3TPRA 4HDPA 5P5RA 1FB7A 2Q54A 3NUOA 5P04A 5AGZA 5AH8A 5P3RA 3S54A 2QHYA 5P81A 3OQDA 5P22A 5P1JA 3QS1A 3Q6YA 4IVTA 5P5BA 2B8LA 4J0ZA 1EBWA 5P87A 2PSGA 2F3FA 1ZSRA 3KMXA 5HU1A 5KOSA 1MSMA 4OC6A 3INHA 2OHPA 2HAHA 4YOAA 2ZHVA 4DQFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LYB A;  3KYR A;  3PCW A;  3ZKG A;  4Y3W A;  5DR8 A;  4RYC A;  4DQH A;  1FG6 C;  3RSX A;  3PSG A;  2H6T A;  1IBQ A;  5P6D A;  2UPJ A;  3LPI A;  5P6E A;  3GI5 A;  3IXO A;  3I7E A;  3CIB A;  3KDD A;  4Y5E A;  4L1A A;  4I12 A;  5P58 A;  3FX5 A;  5DQ2 A;  4J17 A;  4EXG A;  1TCW A;  4Y4A A;  1U8G A;  3ZKQ A;  5P40 A;  5P4G A;  1MER A;  4M8Y A;  2FNT A;  3APP A;  3GI4 A;  5P7G A;  3QVC A;  2QI7 A;  1EPR E;  2ZJL A;  1G0V A;  2H6S A;  1APV E;  2QI6 A;  3EBZ A;  1GVV A;  3S43 B;  3GGX A;  3H0B A;  4NJU A;  5P5V A;  4ZE6 A;  1LZQ A;  2R8N A;  3HW1 A;  3D1Y A;  3HZC A;  4RCE A;  5P2L A;  3PWM A;  2G1O A;  2SAM A;  5P1W A;  2OHQ A;  1D4L A;  5P5N A;  2F3K A;  2QD6 A;  4APE A;  2VIJ A;  1FQ6 A;  1YG9 A;  3CKP A;  5P0R A;  3PI5 A;  4FS4 A;  4UPJ A;  2AVO A;  4DJV A;  5C9B A;  1SDU A;  4PEP A;  3LPK A;  5P4D A;  4LXK A;  1KJG A;  2I4W A;  4HE9 A;  4Y48 A;  5P20 A;  3UDY A;  5P2M A;  3O9L A;  2ZHU A;  3L59 A;  5P4F A;  5C9F A;  1RV7 A;  4JP9 A;  2IKO A;  5P7Q A;  4J1F A;  5P3G A;  2OAH A;  4I0G A;  5ER1 E;  7HVP A;  2I4U A;  3OQF A;  5P3J A;  2QZL A;  3VEU A;  3TLH A;  3VLB A;  4OBH A;  5P8T A;  2ZHR A;  3LHG A;  4B77 A;  3L38 A;  3D3T A;  5P3O A;  5COP A;  4NPU A;  1Q9P A;  1F34 A;  4YBI A;  1A9M A;  1NPW A;  4FM8 A;  4Y47 A;  4OBF A;  5P3M A;  5P5G A;  2OHK A;  2WJO A;  4GZF A;  2Q64 A;  4RYG A;  5P06 A;  1B6M A;  1HHP A;  2I4X A;  3SKG A;  1QBU A;  2AZB A;  4KE0 A;  1XL2 A;  3AID A;  5P5M A;  1W51 A;  5P0K A;  3IN3 A;  3K4V A;  3ZKN A;  5P7L A;  2ZE1 A;  3EL0 A;  3S2O A;  5P4N A;  1LS5 A;  3APR E;  1T6E X;  5KR8 A;  3TL9 A;  5BS4 A;  3OUD A;  1FMU A;  2QD7 A;  1HIV A;  4CPW A;  5P5S A;  5P3H A;  2J9K A;  5P0M A;  1MTR A;  1QBS A;  1WBM A;  5P7B A;  2V10 C;  5P4W A;  2Q5K A;  4Z2Z A;  5P5Y A;  4Y35 A;  4RZ1 A;  4R93 A;  3FSM A;  1B5F B;  4YOB A;  4DUS A;  5AH7 A;  3PEP A;  2VA6 A;  4X2L A;  3UFL A;  3BXR A;  1BV9 A;  3OHF A;  5P5J A;  5P43 A;  4AZY A;  1A8G A;  4RLD A;  4X7I A;  5OZX A;  1SDV A;  4ZEA A;  3OAG B;  3UDK A;  4HLA A;  3EM3 A;  5P6C A;  5HCT A;  2P3C A;  5P2R A;  5P7O A;  5COO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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