2BJUA

Plasmepsin ii complexed with a highly active achiral inhibitor
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-Ray Structure of Plasmepsin II Complexed with a Potent Achiral Inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PLASMEPSIN II
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 92
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2005-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bjuA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bjuA01
3VF3A 2UPJA 3RTNA 5IVQA 4Y4GA 5P3BA 1MT8A 2G27A 4Y3QA 3HBOA 5P2RA 3UF3A 4Q1XA 4XX3A 5P1DA 3O9IA 3OU1A 3QBFA 3U6AA 5P1WA 5P1FA 3SACA 4D89A 2AZBA 5P6XA 5P3CA 1QBSA 2ZJLA 5P1AA 3S85A 5EZXA 1SMEA 3L5CA 4WY6A 5P4ZA 1ZSRA 5OZMA 5P5OA 4NPTA 2PC0A 3EKQA 2BKSA 1HBVA 1W50A 3TTPA 3UDNA 5P5XA 1HSHA 4GJBA 4UPJA 4DQCA 2ZJIA 1MESA 1FMBA 1MSMA 2B8LA 5E5KA 2QZLA 1B6LA 2QCIA 1J71A 4I0EA 3UQRA 1MPPA 3UDJA 4YHQA 4GJ5A 3CICA 1WBMA 2IQGA 5KQZA 1G2KA 3IA9A 2Q64A 3L5FA 5P7HA 2UXZA 4FLGA 2G24A 1B6PA 2PH6A 1HEGE 2B8VA 3EM3A 5OZ8A 4DQGA 4RVIA 5DPZA 5P6KA 4GJAA 3ZKIA 5P68A 3IXOA 3TPJA 3T11A 4J1FA 3UDMA 3LIXA 2QD8A 3QS1A 5P8EA 1D4SA 1HTFA 3WSJA 4K9HA 3KT2A 4FCOA 2HPEA 4YA8A 5OZBA 4DJRA 2V00A 5P3KA 5P5GA 2QHCA 3DCRA 4YBIA 4KE1A 5P2FA 3EL9A 5DGWA 2QMPA 5P5SA 3S7LA 5P18A 3EXOA 5OZLA 5P0BA 2BJUA 5P1NA 3H0BA 5HE7A 2PYMA 3QP0A 4PYVA 5P2NA 3OUDB 4LXMA 3D1XA 4Y4JA 4L7GA 5COOA 5P7MA 5P60A 1C70A 5P2QA 2G21A 3QN8A 5P7IA 4DFGA 2VA7A 4JOOA 5P7XA 3S7MA 2G22A 1AM5A 2G1OA 5P14A 1C6YA 2AVQA 3OAGB 1LYWB 4YCKA 5KQYA 5COPA 4J0VA 1U8GA 4D8CA 4YOBA 5DQ4A 3PGIA 2QZXA 3NU6A 4Y48A 5P73A 4DQBA 1ZTZA 4CKUA 3EM4A 2ZHRA 3JVYA 4Y36A 1LYBB 1B5FB 3N4LA 3LIVA 2PSGA 5P7WA 4RYCA 5P66A 3IVIA 5KQFA 2IKUA 2G94A 4Y3TA 1ZPKA 1SDVA 2HS2A 2PQZA 3OU4B 4CP7A 2AVSA 4LHHA 3F9QA 5P7TA 5AGZA 5P1KA 1PFZA 4FE6A 3EL5A 4NPUA 1IZEA 1ER8E 4EJLA 5P3GA 2WF1A 2IEOA 2OHMA 3LZVA 4CPRA 3OADA 1BXOA 1K1TA 2R43A 5OYYA 3O99A 5KR1A 5P22A 4EP3A 2Q54A 2JXRA 1ZLFA 5OZ7A 4CMSA 1G35A 1UH7A 3RSVA 4Y4WA 3URJA 1DAZC 1IBQA 4Y5MA 3T7PA 2B7ZA 5IS4A 4Y3YA 2FDDA 2ASIA 5P8QA 5DQ2A 3PLLA 4DQHA 1PSNA 5P8AA 2JYSA 5P3FA 3PI5A 3OWNA 5P2XA 2XFIA 2Q11A 3WZ8A 4ZIPA 3OXXA 1WBKA 5P88A 1HVLA 2ZDZA 1BV7A 5P64A 5KOQA 5P7BA 3ZPTA 5KOSA 4I11A 5P4XA 4ZSMA 4FSEA 1GNMA 5AH8A 4DJWA 5P5HA 3RSXA 3S54A 4ZPFA 4J1IA 4J1CA 4J55A 3RU1A 4HVPA 3S45A 1FFIC 4Y4XA 4GJCA 5B18A 2PWCA 5P6JA 5P51A 3FX5A 1GNOA 5OZ4A 3VV6A 3SA4A 2JJIA 5OYSA 5P7FA 1M43A 1B6MA 4TVHA 3OHHA 5P2HA 1MEUA 3SKFA 3VFAA 3UFLA 4L1AA 2Z54A 5P1XA 4F76A 4U8WA 2ZJMA 5P2LA 1EC1A 3Q5HA 5P7LA 2QHZA 5P37A 1AIDA 5P5CA 3SABA 2QI1A 3PVKA 3BC4A 4HLAA 3UDQA 5P7YA 4Y3SA 4Y3ZA 3DOXA 5P06A 3TKWA 5P2SA 1K6VA 5ISKA 5P20A 3OU1B 4QJ7A 4WY1A 1EBWA 5P35A 1EBYA 4MC1A 3SA7A 4TRZA 4Y3DA 5P5MA 1ODWA 4HDPA 3A2OA 5P0PA 3BHEA 5P07A 3FV3A 3ZKQA 5P1MA 3D91A 3TOGA 4RZ1A 5OZIA 4XKXA 2A1EA 5OYVA 2BKTA 4DJQA 1HTEA 3SKGA 5P8FA 2QMGA 2OHUA 5P13A 5P4YA 5P3RA 1T3RA 1META 1XE5A 5HCTA 5P62A 3IVHA 3L5BA 1Q9PA 5BRYA 2IL2A 3EL0A 4CPQA 3GI0A 5P2VA 2QI3A 5P2EA 2G1YA 5DR3A 5P4AA 5PEPA 2I0AA 5P4DA 3URIA 3UPJA 2PSUA 5P1BA 2H6TA 5P0UA 3LINA 3KFRA 4HDBA 2FNTA 2NMYA 4KB9A 5P17A 3IN3A 5JODA 4D85A 3SA6A 5P85A 3OXVA 3SO9A 3HAWA 5P3TA 4QGIA 3SM1A 1UPJA 3K5CA 5P0OA 1HIIA 4ZPEA 5P3EA 5P4OA 5P7NA 2OHTA 1EPQE 3OU3A 2AOJA 4Y3PA 4ZPGA 6UPJA 1ZBGA 1HVIA 5HDZA 5P7UA 4Y4ZA 1D4KA 5OYXA 3ZMGA 5I3XA 3SAAA 1BILA 4N00A 2P8HA 5P0SA 4MC2A 1B6JA 4DQEA 4I8ZA 3C9XA 2ZJHA 4I0JA 1FQ4A 4R5NA 2PMAA 2I4UA 4YD7A 3TKGA 1QBRA 2A4FA 4PZXA 4FRSA 3BGCA 2RKGA 3O9BA 2VJ7A 3EKTA 3QPJA 1D4HA 4ZEAA 4A6CA 5I3YA 5P7VA 3MSLA 1MVPA 2V10C 5I70A 4OC6A 3RTMA 5OZAA 4Z2ZA 3INFA 4H3IA 2ER9E 5P0HA 5P8LA 4LBTA 3PSGA 1G6LA 3OXCA 2R38A 3O9FA 2PH8A 4Y5KA 1MTBA 3T7QA 2WKZA 1D4IA 5HU0A 2IGYA 5P6VA 5P2ZA 1FKNA 1RQ9A 3OADB 3APRE 5P0CA 5P4LA 4J54A 4YBFA 4DJPA 3VSXA 2G1RA 2QI5A 5P0MA 2BQVA 5HVPA 3MSKA 5P0FA 3L58A 3K5FA 2IKOA 5P0GA 2WECA 2Q15A 5P6RA 5P56A 5P10A 3H5BA 5P77A 2WEBA 5P61A 5OZNA 2VJ9A 3G70A 4U7VA 2AZ8A 1EAGA 1HVCA 1APVE 4B78A 5APRE 5P1GA 5P46A 4Y5EA 5P8TA 5P8VA 1TZSA 5OYWA 4AA8A 1BDRA 2B42A 1HRNA 1FQXA 3KDDA 3SFCA 4QJ6A 1Z1HA 3N3IA 3IN4A 3PEPA 3K5GA 4J1KA 5AHAA 1M0BA 2AQUA 3HDKA 5SY2A 4ER1E 5P36A 5P89A 6APRE 1A94A 3QI1A 5P3UA 5P6EA 2AVVA 5P42A 3KFSA 3EMYA 5P72A 5OZWA 5P1YA 2BPXA 5KQXA 1W6HA 1F7AA 2P4JA 3LHGA 4JPCA 4L1AB 3EKXA 2FNSA 3LZSA 2FLEA 5P5RA 2AIDA 3DK1A 1W51A 3DCKA 4XX4A 5P3DA 4EPJA 2NXLA 2VS2A 3ZPSA 2NR6A 5P8CA 1PSAA 3ZKXA 5T4SA 2R5PA 5P2JA 4I8WA 1APUE 3R0WA 1E81E 2NNKA 5IVSA 1RNEA 5C9FA 3KYRA 4E43A 2B60A 3ST5A 3L5EA 4GJ6A 4YD5A 4Y5BA 1ZPAA 5OZQA 4Y4EA 5P54A 4GB2A 4D88A 2IGXA 3BUGA 1FIVA 1PROA 4JPEA 5P6UA 5OZ1A 4Y4BA 2RSPA 5AHCA 5P2AA 4A4QA 1SBGA 5P8HA 5P4UA 3OK9A 4Y44A 5P6LA 4GJ9A 4R93A 5DGUA 2PYNA 3NDWA 5P79A 3NWQA 5P4JA 3BVAA 5P4NA 4J0TA 4NJSA 3Q70A 5P00A 3FNTA 1PPME 4DVFA 2QD6A 4KUPA 3VV7A 1EBKC 4FIVA 3CIBA 2AVMA 5P1LA 4AUCA 1ZSFA 1JLDA 1NPAA 3KDCA 2PWRA 4TRWA 1FF0C 1SDTA 4ZSRA 5P1SA 3GGXA 5P4RA 3DJKA 3KN0A 3BVBA 1LF4A 1MRXA 5P2IA 1QRPE 2OHRA 7UPJA 5P86A 5P3OA 1TSQA 3O9LA 5P7SA 4YD3A 5P05A 5I3VA 5P12A 1YTHA 2O4SA 5P30A 3OQAA 5P45A 5P3SA 1T7IA 2EWYA 3KDBA 5P34A 5OZTA 1TCWA 3CKPA 5HTZA 5P1TA 3TL9A 3EKYA 5E5JA 1HOSA 1AJVA 2J9JA 5P3MA 5P7CA 1APTE 5AH6A 3WZ7A 2QNNA 1OEWA 5P5KA 5P0VA 3NXNA 3QIHA 1FQ5A 5P0NA 2VNMA 2VJ6A 2JJJA 1YTGA 2I4DA 5P70A 1CPIA 3HVGA 3VF5A 3ZKSA 5HE5A 4Y38A 5OZHA 3VYEA 2NPHA 4RRNA 3NUOA 4AA9A 2P3DA 4CPUA 3URLA 4FL8A 4DI2A 1FQ6A 4DJYA 5P44A 1BDLA 4EWOA 5P8OA 5P4HA 4Y3GA 2AOHA 4OC6B 2RENA 5P1HA 5F01A 1QBTA 3INHA 3M9FA 1KZKA 2G69A 4FM6A 2HPFA 1FEJC 4ZE6A 1MIQA 4HEGA 5KAOA 2XFJA 3IXKA 2QMDA 2R5QA 3PMYA 2F80A 4L7HA 2VA6A 3SLZA 5P24A 1ENTE 2HC0A 2V16C 2HB2A 3OQFA 2QMFA 1EPRE 5P3LA 5P3JA 1A9MA 4J1EA 3D20A 5P55A 3GW5A 5P0DA 5P2MA 1ODXA 5CONA 4Z22A 3T7XA 3NU3A 1ZP8A 2HB3A 2ZJNA 1BVEA 3OUAA 3Q6YA 4XXSA 1E82E 5P7QA 3VG1A 1NSOA 1TCXA 3QRVA 2Q55A 5OZPA 3EM6A 5P8JA 2F8GA 4Y5LA 4LL3A 4GIDA 5SY3A 5P0ZA 4PHVA 5P0IA 2RKFA 4K4RA 4L7JA 3I6OA 4H3JA 2G1NA 1KJ4A 1W5XA 2HIZA 4I0HA 3KFNA 1IDAA 1PPLE 3IXJA 2NTRA 1BAIA 4J0ZA 4MC6A 3FIVA 3NLSA 5P78A 5P8GA 3PLDA 4J1HA 2IDWA 4K4PA 4B72A 2O4NA 3PBDA 3Q4BA 5DQ1A 3SA9A 1K1UA 4EJDA 1GVXA 4FRIA 2NMZA 5P2OA 4FAFA 2AOIA 4Y47A 5P4BA 1LEEA 3CKRA 5BS4A 5P0AA 4Y43A 4OBZB 1APWE 4AMTA 2PK5A 1W6IA 2ZJJA 3D1ZA 4FS4A 2ZHUA 4Y5AA 5P8DA 5P3ZA 4Y3FA 5P7AA 4BELA 5IVRA 3EL4A 5OZ3A 5HD0A 2NXMA 3R4BA 2VIJA 3PSUA 3DM6A 1M4HA 3KF0A 5OYZA 3O9GA 3UQXA 1EPOE 3ZKGA 1TQFA 4B1DA 1HTGA 4I0GA 5P71A 5SXNA 1XDHA 1LZQA 1B11A 3EKWA 2WEDA 2JE4A 4Q1WA 4NKKA 1ZAPA 5P0RA 5P02A 2RMPA 5P09A 2R9BA 3VF7A 5OZDA 5P6CA 1IDBA 3VV8A 3LIQA 5P26A 1E5OE 3KM4A 3K1WA 3NXEA 3PHVA 5P31A 4CPXA 5P5WA 1AZ5A 1NPVA 1N49A 3JW2A 5P4MA 4I0IA 4DV9A 4Y54A 5OZ5A 3OOZA 5P43A 4GJ7A 3NWXA 5TOLA 2Q63A 2QI0A 3S56A 4QJ2A 5P5PA 3HLOA 5AHBA 9HVPA 1OEXA 5P5VA 5OZ2A 4EP2A 1MRWA 5P33A 5P0KA 1HXBA 3HAUA 5HDVA 4PEPA 2PSVA 4Y35A 4RRSA 4EQJA 5P5BA 1W5VA 1LYAA 3R0YA 5P65A 3TH9A 3JVWA 4H1EA 4OBKA 3S43A 2J9JB 2NNPA 5P47A 2VIEA 1NPWA 5OZ0A 2QHYA 2HB4A 1ODYA 1FGCC 4LAPA 4R92A 2H6SA 3KA2A 2OHNA 3PI0A 5P39A 5P4PA 2F3KA 5OZCA 2Q5KA 3CMSA 3L59A 5BWYA 3VLBA 5P1RA 5P84A 5P6YA 2HM1A 3VUCA 5P87A 2I4XA 4JP9A 3UQPA 1GVTA 4M8YA 4I0ZA 3TLHA 5P6AA 2OHSA 2P3AA 3OTSA 2F81A 5P2GA 2AOFA 4RLDA 4TVGA 5P1OA 5P6WA 3KMXA 3FSMA 1IZIA 2ER0E 4ACUA 3SA5A 4CPSA 4ZLSA 5OZUA 5P1JA 5P4TA 5DR4A 4F73A 1LYWA 4EYRA 1HPOA 1A8GA 3ZKMA 2P3BA 2Z4OA 4GJ8A 5P3HA 1MT9A 3OUCA 3PWRA 1HVJA 4NJUA 2ZE1A 3TPLA 4Y37A 4HE9A 5P7KA 1IZDA 4Y3NA 1BBSA 1AJXA 3UDPA 1BDQA 3R1GB 4FRKA 1MTRA 4H3FA 1YM4A 2XYFA 1FG8C 3ECGA 3HD8A 3O9DA 3CIDA 2BPZA 1PPKE 3UDYA 4B70A 4OBJA 5P8NA 4Y3WA 5OZ6A 2QD7A 3NDTA 2NXDA 3AUPA 1AXAA 3PWWA 2FS4A 3NU5A 3ER5E 1BV9A 1FG6C 5P5YA 5HDUA 3FNUA 5P82A 3LIYA 8HVPA 5KR2A 3MSJA 4YD4A 3WB4A 4Y3RA 5JFUA 2ZYEA 3DV5A 3ER3E 1HXWA 4MC9A 2O4KA 4I0DA 3QRMA 4RVJA 3GGVA 5P8PA 4Y53A 2G1SA 1GVWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VF3 A;  2UPJ A;  3RTN A;  5IVQ A;  4Y4G A;  5P3B A;  1MT8 A;  2G27 A;  4Y3Q A;  3HBO A;  5P2R A;  3UF3 A;  4Q1X A;  4XX3 A;  5P1D A;  3O9I A;  3OU1 A;  3QBF A;  3U6A A;  5P1W A;  5P1F A;  3SAC A;  4D89 A;  2AZB A;  5P6X A;  5P3C A;  1QBS A;  2ZJL A;  5P1A A;  3S85 A;  5EZX A;  1SME A;  3L5C A;  4WY6 A;  5P4Z A;  1ZSR A;  5OZM A;  5P5O A;  4NPT A;  2PC0 A;  3EKQ A;  2BKS A;  1HBV A;  1W50 A;  3TTP A;  3UDN A;  5P5X A;  1HSH A;  4GJB A;  4UPJ A;  4DQC A;  2ZJI A;  1MES A;  1FMB A;  1MSM A;  2B8L A;  5E5K A;  2QZL A;  1B6L A;  2QCI A;  1J71 A;  4I0E A;  3UQR A;  1MPP A;  3UDJ A;  4YHQ A;  4GJ5 A;  3CIC A;  1WBM A;  2IQG A;  5KQZ A;  1G2K A;  3IA9 A;  2Q64 A;  3L5F A;  5P7H A;  2UXZ A;  4FLG A;  2G24 A;  1B6P A;  2PH6 A;  1HEG E;  2B8V A;  3EM3 A;  5OZ8 A;  4DQG A;  4RVI A;  5DPZ A;  5P6K A;  4GJA A;  3ZKI A;  5P68 A;  3IXO A;  3TPJ A;  3T11 A;  4J1F A;  3UDM A;  3LIX A;  2QD8 A;  3QS1 A;  5P8E A;  1D4S A;  1HTF A;  3WSJ A;  4K9H A;  3KT2 A;  4FCO A;  2HPE A;  4YA8 A;  5OZB A;  4DJR A;  2V00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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