2BPYA

Hiv-1 protease-inhibitor complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bpyA00
1JLDA 5OZ8A 1F34A 2PWRA 4EQJA 4J1IA 2QP8A 4CP7A 7UPJA 4K4QA 4B05A 3LZSA 5P18A 5P3SA 4YHQA 2VKMA 3OY4A 5P5LA 3LPKA 4FM8A 5OZEA 5P28A 1XDHA 3ER3E 5P3FA 1FEJC 2QNPA 2ZJLA 3NU9A 5P0UA 5P7KA 3VFAA 1ZBGA 5P6CA 4ZSPA 1EC2A 3K5GA 2NMZA 4FIVA 3FV3A 3DJKA 3EL1A 5P1XA 3F9QA 3Q3TA 5P8KA 5JFPA 1K2CA 3O9BA 4Y3GA 5P7HA 1HTRB 5P0OA 5P56A 4ZIPA 1K2BA 3PI0A 3R2FA 4L6BA 1HWRA 5OZ9A 1UH7A 5P7DA 1IIQA 3INFA 2ER7E 3OXXA 5P3HA 4CPXA 2ZHRA 4DQGA 3ZKXA 1FQ4A 5KQXA 4JPCA 5UPJA 3VLAA 3VV6A 5P39A 2BQVA 3CYWA 3OOZA 3BXRA 4L7JA 5P77A 4A6BA 1K6VA 3I2LA 4ZLSA 4QJ9A 2V0ZC 3LZYA 5P0ZA 4Y5NA 5I70A 3H5BA 4R8YA 2VIZA 3UQXA 1G2KA 2V00A 1SDTA 3HW1A 5P1IA 3CMSA 1MVPA 2VA6A 2AOHA 5P61A 3IAWA 4FRJA 2OHQA 1CZIE 3NU5A 2OHRA 1GVXA 3PSUA 1TQFA 4FM7A 2I4VA 4JPEA 5DR7A 4FM6A 4I0EA 1ZTZA 4CPRA 4ER4E 5P0DA 5P7NA 3EKPA 3I25A 1D4JA 4FL8A 5HVPA 4Y9WA 5OYZA 4GJ7A 5P24A 5KR1A 5SZ9A 3KDDA 4YD5A 1YM2A 4GJCA 1J71A 1SP5A 1C6ZA 3FNTA 3I6OA 1IBQA 5OZOA 5P89A 3QRVA 4LHHA 4OD9A 5P0AA 4F75A 5P06A 5P40A 5P3CA 3VUCA 5P7AA 2HB4A 3LIYA 4KE0A 2WEZA 5P78A 2BPZA 5P3DA 6UPJA 4ACUA 4LBTA 5DGWA 4H3IA 5AHCA 3GI0A 2EWYA 1SIPA 4EJ8A 3TH9A 4F76A 4TVGA 4DJWA 4Y4AA 4R92A 5P47A 3VCMA 2XYFA 4LAPA 5P6HA 3S7LA 2FS4A 4Y3XA 2I0DA 4Y38A 2SAMA 4Y48A 5P2YA 1QS8A 5P0FA 3WZ7A 5P46A 1K1TA 1XS7D 4D83A 4AZYA 5P4HA 4Y3YA 4HDBA 2R43A 5P2VA 3TKGA 2Z54A 2I0AA 5P3PA 5P1UA 1W5WA 3KMXA 5P7CA 3U7SA 1BV7A 1WKRA 2VJ6A 3SAAA 2ZJNA 5KR0A 4J54A 1K6TA 2BKSA 5P8PA 3SA5A 4Y5EA 1HVKA 2J9JB 4DVFA 5P4ZA 1ODXA 4Y3SA 5OZDA 3UQWA 1D4LA 2ZHVA 4YDGA 2P8HA 1FG8C 5P8BA 5P3OA 3T6IA 5P10A 5P6FA 3ZKGA 3MSLA 5P04A 5OZPA 1ZPAA 1B6KA 3Q5HA 3MXEA 5P1EA 1APWE 2FGUA 2WF4A 4DUSA 5P2RA 5P5NA 3ST5A 2AOIA 5HDVA 2HS2A 5P8HA 5P6MA 5KOQA 4COEA 3PBZA 1G35A 5P5IA 5P3WA 2B8LA 3ZOVA 5P5PA 3QIHA 3NU6A 1A9MA 4XX4A 4I0GA 5P2FA 5P4GA 5P3ZA 3UF3A 1IZIA 3OU1A 2P4JA 2OF0A 3EMYA 3PCZA 5DR4A 4M8YA 5P6NA 3S54A 3SKGA 4KUPA 2B7ZA 4YD6A 3O9EA 3PM4A 4OBDA 4Y3AA 5P0GA 3S56A 3K5FA 3PCWA 4OBJA 5P6TA 5P5HA 5OZ5A 5P2UA 4E43A 2QI0A 1EPQE 5OYRA 1MT8A 3BGBA 4YE3A 1SBGA 2QNQA 4Y3DA 1MIQA 6FIVA 4YDFA 3O9GA 3LHGA 1BWBA 1T6GA 5P7WA 4Y41A 1IVPA 2WEBA 4DJRA 4U7QA 4HDPA 5DR0A 2WEDA 5P5AA 5JODA 3SA3A 4DI2A 5AHAA 3WB5A 5P7JA 5KQYA 2ZJJA 3JVWA 3PBDA 5I3YA 1OHRA 5P7XA 5P6PA 1GVUA 4ZEAA 1HVJA 5OZRA 3ER5E 4FE6A 1C6XA 4CKUA 3APRE 4QGIA 1FQ6A 2QI3A 1EC3A 3U6AA 1CMSA 3KFSA 3PWWA 5P0BA 3BXSA 3IN3A 2HPEA 4FSLA 2R9BA 5P2DA 2RKGA 5P74A 4EWOA 4QLHA 2XFIA 5P4CA 1MERA 2P83A 1SDVA 3UDHA 5P43A 5P4TA 5JFUA 5P1MA 1BDRA 1TSQA 4LP9A 3QAAA 4RGHA 5P6DA 4I12A 4HLAA 2J9JA 4Y4GA 1K6CA 3O9FA 2OHLA 5OZ3A 1HIHA 3VV8A 4DPIA 2QHZA 5EZZA 1TSUA 4D88A 5P2JA 3EKTA 3LPJA 3GI5A 4DQEA 1W6HA 4I0DA 1EPNE 2CEJA 1QBSA 4R95A 3UDJA 1SDUA 4Q1NA 1EPLE 2VJ7A 1PPLE 3B80A 2ZHTA 2OHSA 3DK1A 3FSMA 3OOTA 4Y36A 4XXSA 5P4MA 1XN3A 5P0TA 3HAUA 5P2EA 2PWCA 3INDA 5COPA 3UDRA 1SH9A 3AUPA 3BUHA 4CMSA 5P34A 3A2OA 4YD3A 5ISKA 1B5FB 3INEA 2RENA 4PYVA 5P2LA 2BBBA 3GI4A 2ZYEA 4HDFA 3BVBA 1MRXA 4OBFA 2VS2A 5P8RA 3T3CA 3TNEA 3TOGA 4Z50A 5FIVA 5ER2E 3JVYA 3L5DA 5P63A 2NXDA 3SM2A 4YBIA 2G1YA 1OEXA 2H6TA 3LZUA 5P22A 1HTGA 3S45A 1LF3A 1T6EX 4GJ5A 2F3KA 1XN2A 3KYRA 4EYRA 3D3TA 3PSGA 4RLDA 1GVVA 2A1EA 3DUYA 2G94A 2ZGAA 2F80A 1BDLA 1EBKC 4XKXA 3TPLA 2F3FA 5OZ2A 1Z1HA 5DQCA 3PJ6A 4WY6A 5P7PA 4AA9A 5P2HA 1SGZA 5P0PA 5HCOA 5P2BA 1FQ5A 2RKFA 1XE6A 1E80E 5P4LA 1DIFA 2RMPA 4Q1XA 3OAGB 5DGUA 4OBHA 1GNOA 3UFLA 5P25A 5P79A 2QMPA 5P03A 1K1UA 3BVAA 4ZPGA 5PEPA 5P6OA 1E82E 3NU4A 4Z22A 4NKKA 4DPFA 5P38A 4FAFA 3PI5A 3VF3A 3O9AA 2XYEA 3UHLA 3QRSA 4WTUA 2VNMA 1LYBB 3NU3A 4DJYA 4I0ZA 5COOA 5P1HA 3DM6A 3OXCA 5P51A 5IVRA 4RYGA 1RPIA 3VLBA 1BWAA 2P3BB 5P55A 2AOEA 1UH9A 5P26A 3QBHA 3NDWA 2G20A 2NXMA 5P7QA 2QZWA 2IKUA 2QD6A 2WEAA 3KF0A 1KZKA 2G1SA 3GGAA 5P76A 2QHCA 4Q5MA 3EL4A 5P3TA 5P73A 1BXQA 1G6LA 5OYYA 1EPME 4J1CA 5P1FA 1CPIA 3SA7A 3PB5A 5P5FA 5DQ4A 2AQUA 5P8AA 4EQ0A 1SMRA 5BS4A 3UDKA 3URJA 5P52A 3L58A 3EM3A 1PFZA 5J25A 2V13A 3BHEA 2NTRA 5I3WA 5P8FA 1RQ9A 5P86A 5P23A 2FGVA 1D4HA 5P37A 5P6QA 5HE4A 1HVIA 5P8MA 5HU1A 1HHPA 3OUAA 4Y4DA 3OQ7A 4M8XA 3URLA 5P82A 5P69A 2PYMA 5P5OA 1QBUA 5P36A 2O4NA 5OZFA 1B6JA 3RSVA 1DW6C 1B5FA 1GVTA 1W6IA 3LNKA 2IEOA 1MSMA 5OZCA 2RSPA 5OZUA 5P2SA 1A94A 3KDBA 5P83A 4DH6A 3UQUA 5OZVA 3R0WA 2A4FA 2NNKA 4F74A 4CPUA 5P8OA 5P1BA 1D4KA 3OK9A 5OZKA 4FRKA 1PSAA 1VIJA 5P16A 3UPJA 1NH0A 5P3GA 1Z8CA 4Y5GA 5TOLA 3D20A 3L38A 3OQKA 3OWNA 5IS4A 1BVEA 4RROA 3FKTA 5IVQA 4LC7A 5P5DA 4RZ1A 2HB2A 1OEWA 2ANLA 4Y5KA 2NPHA 5IVSA 3Q6YA 2OHMA 5P0WA 5P6AA 5CLMA 3NR6A 3T7PA 5OZ1A 4Y4TA 2XFJA 2QCIA 2MIPA 1HBVA 1EC1A 3WZ6A 4DJOA 4YOAA 1D4SA 1AAQA 5P3MA 4D89A 5P62A 4K9HA 3QP0A 3RTHA 3OAGA 5IE1A 1LEEA 1WBMA 5P4FA 2V11C 1OD1A 1LS5A 2JJIA 3QRMA 2V10C 2VIYA 4JECA 5F00A 3VF5A 3OUDB 4Y3NA 5C9DA 2IRZA 2VA7A 5P4YA 3M9FA 2VJ9A 1LYBA 1HVHA 4GJ6A 3FX5A 5P3EA 3IXJA 4Y5PA 3IXKA 3QPJA 2G26A 5OZHA 3EKYA 4Y4BA 5P8LA 3D1ZA 3PMUA 3PWMA 4B78A 2IGYA 3CICA 2PYNA 2AOFA 5P2CA 3PHVA 5P5JA 4BELA 5OZYA 2ASIA 5P1OA 5P6SA 1B6MA 3S43B 1APUE 3IVIA 5P8QA 5P15A 2BPYA 2R38A 5P1QA 2QAKA 1HSIA 5P4KA 4Y4WA 5OZWA 3OHFA 5DPZA 3SACA 2UY0A 1T7KA 5P45A 5P0NA 5P65A 2FIVA 4A4QA 2AZCA 5P4IA 3CKTA 1FIVA 3EKVA 3PSYA 2QD8A 4RVJA 2WL0A 1GNMA 1EBWA 3EBZA 1BIMA 5OZGA 5P87A 4J0VA 3WZ8A 1DP5A 4AMTA 2Z4OA 4Y3ZA 5P8NA 1HSHA 2ZJHA 5P29A 1Z1RA 2QZKA 5P6VA 5P4UA 1EAGA 5P7LA 2QD7A 2PK6A 4NPTA 3O9LB 5P6ZA 5P1DA 1HVLA 3HVPA 3KFRA 5P0IA 2I4DA 1ZPKA 3AIDA 3K1WA 4FRSA 1FQ8A 5AH6A 5P85A 5P5WA 2FLEA 3TPPA 3LITA 5P4OA 1MUIA 5SXNA 4FGXA 5P27A 4H3GA 1HEGE 1LF4A 3T11A 1DPJA 2VIEA 5P4RA 4H3JA 2IQGA 1MEUA 1FLHA 2G24A 1ER8E 4FRIA 3TPJA 5P2XA 5P1PA 1EPPE 4GYEA 2PQZA 5P02A 1KJHA 2PH8A 4RVIA 3UDNA 1YTIA 4LXAA 3DOXA 2CEMA 5P2ZA 5P48A 2I4QA 4R93A 4OC6B 5P0VA 5P33A 3VYFA 3EKQA 4Y3HA 1YTGA 4TRZA 3O99A 1IZDA 5P1GA 1ZJ7A 4HZTA 3T7XA 3DV5A 5KAOA 1KJGA 5P5CA 4IVTA 3APPA 5E5KA 5HE5A 4RYCA 2BPWA 5C9FA 4KB9A 2QI4A 2QI5A 4X2LA 1MRWA 1HIIA 4B00A 4Y4XA 1MPPA 5OYXA 1KJ4A 3TOFA 3CYXA 4Y5LA 4Y4ZA 1ODWA 1EBZA 5P8DA 3PGIA 1C6YA 1LF2A 1GNNA 1HTEA 2P3DA 3L59A 4FS4A 1YX9A 3PVKA 4F73A 1QBRA 4Q1YA 5P20A 1NPVA 3S43A 4CPTA 2Q55A 5P4JA 5P3IA 3MXDA 1MTRA 1YG9A 2VNNA 4QJ2A 2AVMA 5P5BA 5P71A 1LYAB 5P0RA 5P7EA 1MSNA 5P7VA 4ER1E 1D4IA 5ENKA 5E5JA 3BGCA 2IL2A 5P1WA 5P7GA 3L5BA 1M4HA 1G0VA 3IA9A 4QJ8A 1APVE 3D91A 5P5XA 2QMDA 1HOSA 3L5FA 2I4XA 4ZPEA 4Y3LA 4B72A 4Y3PA 5P7SA 3NLSA 1HPVA 1F7AA 4DFGA 2G1NA 2BPVA 4EJDA 3DV1A 4AUCA 2R8NA 3R0YA 4L7GA 1BDQA 3JW2A 4J1KA 2OAHA 1ZP8A 4Y57A 2PH6A 3N3IA 1HEFE 1UPJA 2NNPA 4PHVA 1SIVA 1IVQA 2CENA 3OHHA 5P6EA 4ACXA 3GI6A 2B60A 2R5QA 2I4WA 5OZLA 3S53A 4Y50A 3N4LA 5I3VA 3NYGA 4MC9A 1META 2AVVA 3NXEA 4B1CA 3LIZA 5P66A 5OZAA 4FCOA 2WF3A 4YA8A 5P30A 3RTMA 1A8GA 5OZ0A 5P3BA 5P49A 5P8GA 5P6BA 3KFNA 5COKA 2FMBA 2XFKA 3OU4B 5P54A 5P0XA 2I1AA 1NPWA 5P68A 2AVQA 9HVPA 2OHNA 4K4PA 4YOBA 4OC6A 1IZHA 4Y3JA 3SFCA 1A30A 5AH7A 4JP9A 4N00A 1ME6A 3TKWA 5HCTA 5P67A 4ZE6A 2OHTA 4AA8A 2AVSA 1B11A 2IDWA 1HRNA 5AH8A 2QMFA 5P00A 5P8SA 1W5YA 3D1XA 4CPSA 4Y4JA 3VYEA 1C70A 1ZLFA 4Z4XA 5P2KA 4EJLA 5P1SA 2IGXA 5HE7A 5P0QA 3S8IA 3O9CA 1B6LA 2FNTA 1YTJA 5P6YA 5JG1A 5P19A 1M0BA 5P1TA 4EP2A 2BB9A 2QMGA 4Y58A 4UPJA 4I0JA 5P1JA 2PSUA 4Y5BA 3B7VA 3INHA 2PMAA 1B6PA 4HA5A 2WHHA 4RCFA 4S1GA 2G21A 1FQXA 2HAHA 3LZVA 2IS0A 1T7IA 5KQFA 4BEKA 5P2WA 5P11A 1T7JA 3LIVA 2QZLA 4OBGA 2JJJA 5P7OA 2G22A 2PSGA 5KR2A 2FDPA 5P17A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JLD A;  5OZ8 A;  1F34 A;  2PWR A;  4EQJ A;  4J1I A;  2QP8 A;  4CP7 A;  7UPJ A;  4K4Q A;  4B05 A;  3LZS A;  5P18 A;  5P3S A;  4YHQ A;  2VKM A;  3OY4 A;  5P5L A;  3LPK A;  4FM8 A;  5OZE A;  5P28 A;  1XDH A;  3ER3 E;  5P3F A;  1FEJ C;  2QNP A;  2ZJL A;  3NU9 A;  5P0U A;  5P7K A;  3VFA A;  1ZBG A;  5P6C A;  4ZSP A;  1EC2 A;  3K5G A;  2NMZ A;  4FIV A;  3FV3 A;  3DJK A;  3EL1 A;  5P1X A;  3F9Q A;  3Q3T A;  5P8K A;  5JFP A;  1K2C A;  3O9B A;  4Y3G A;  5P7H A;  1HTR B;  5P0O A;  5P56 A;  4ZIP A;  1K2B A;  3PI0 A;  3R2F A;  4L6B A;  1HWR A;  5OZ9 A;  1UH7 A;  5P7D A;  1IIQ A;  3INF A;  2ER7 E;  3OXX A;  5P3H A;  4CPX A;  2ZHR A;  4DQG A;  3ZKX A;  1FQ4 A;  5KQX A;  4JPC A;  5UPJ A;  3VLA A;  3VV6 A;  5P39 A;  2BQV A;  3CYW A;  3OOZ A;  3BXR A;  4L7J A;  5P77 A;  4A6B A;  1K6V A;  3I2L A;  4ZLS A;  4QJ9 A;  2V0Z C;  3LZY A;  5P0Z A;  4Y5N A;  5I70 A;  3H5B A;  4R8Y A;  2VIZ A;  3UQX A;  1G2K A;  2V00 A;  1SDT A;  3HW1 A;  5P1I A;  3CMS A;  1MVP A;  2VA6 A;  2AOH A;  5P61 A;  3IAW A;  4FRJ A;  2OHQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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