2BPZA

Hiv-1 protease-inhibitor complex
Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV3 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)EMPTYS6 (69-78)S3 (32-34)TVIII1 (80-83)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bpzA00
1APVE 1EPNE 4LAPA 5P55A 2OHLA 2JYSA 1T7JA 1LF3A 3HVGA 5P6VA 3MSKA 3EL0A 3ZPUA 2QAKA 2VS2A 1W5XA 3MWSA 1D4LA 1TZSA 3OTYA 5P2NA 5P02A 4DVFA 1B5FA 4RYCA 3OUDA 1XN3A 2O40A 5P64A 2XYFA 5P35A 3SFCA 2ZJKA 3OADA 5P0RA 3BXRA 1PPKE 2NMZA 3RU1A 4AUCA 4ZE6A 2ER6E 4DUSA 1W5YA 2QNNA 4Y5NA 3URLA 5P06A 2ZGAA 3I2LA 5DQ2A 5P4KA 1M4HA 1EPRE 2R3WA 3ZPSA 4EP3A 3ZPTA 4ZSQA 1IBQA 2QZXA 2EWYA 3OQAA 2ANLA 5P16A 3UDRA 1B6LA 5P8JA 5EZXA 2NNPA 2QI0A 3VV7A 3UDJA 1NH0A 4J55A 5P5QA 5P81A 1HWRA 1LYWA 5E5KA 5OZ3A 3R0YA 5P1UA 3EC0A 2CENA 5OZJA 3ZKQA 4YOBA 1SGZA 1G0VA 3K5GA 3PEPA 5P11A 1ODWA 2HB2A 5P0GA 3ZKMA 4L1AA 4MC1A 5P22A 3BGBA 3VYFA 4EQ0A 4J0YA 4B05A 1BBSA 4R93A 1HRNA 1UH7A 5P8MA 2AVOA 1ENTE 5HDUA 3B80A 3GI0A 3BUFA 5P77A 1IVQA 1G35A 2IRZA 2F3EA 4F76A 1TCWA 5P4AA 1HSIA 3AIDA 2PK6A 5P43A 5OZ2A 2FGVA 1QRPE 2AOIA 3EKXA 4K8SA 5P5DA 3G72A 4Q1YA 3RSXA 5P07A 2HIZA 3B7VA 5P1MA 3UQWA 3LPJA 1LS5A 3NLSA 5OZ5A 4EWOA 1YT9A 4Y39A 3T11A 1LF4A 3QRMA 4DJPA 4Y3TA 2G1RA 5P7JA 5P7MA 4Y4BA 2AVSA 4E43A 5P3OA 5P2VA 4KUPA 4I10A 5P0PA 4CMSA 5P6DA 2IL2A 4GIDA 1RV7A 4I0HA 2R3TA 2ZJNA 3OU3A 3D1XA 3IXOA 3O9IA 3HLOA 5P66A 1VIJA 4S1GA 3PJ6A 1EBKC 2P4JA 5P15A 5P2YA 1PPLE 4EXGA 3A2OA 5P8LA 3ST5A 4Y4GA 2QD8A 3ZMGA 1HTGA 1MRWA 5P44A 1HVIA 3EKWA 2I4VA 1HXBA 1SMEA 5P3IA 5P65A 5P89A 2P3AA 5P8UA 2QMGA 3GI6A 2VIEA 4UPJA 3CYWA 4D88A 5CONA 5HVPA 5P18A 2O4KA 1PROA 5P4JA 5P5HA 2QZWA 3VUCA 2Q63A 4B1DA 2F80A 3WZ6A 4DJVA 4EJ8A 3SA4A 5P3TA 5P75A 2NPHA 4FRSA 5P5CA 1W51A 5P57A 1DMPA 2Z54A 4EJKA 3SACA 4RZ1A 1KJ7A 5P0MA 5P39A 1W6IA 3NXNA 1Q9PA 3JW2A 2ASIA 4YE3A 1HIVA 2IS0A 2P83A 2PSVA 5P1YA 1LZQA 4TVGA 4Y5LA 1BVGA 5OZDA 5IVTA 3QBFA 5P1VA 3EL4A 1BXOA 1JLDA 5P04A 2RKFA 4EHCA 5DGUA 5P8IA 4OC6B 4NPUA 1RPIA 5KOSA 3I6OA 4GJ5A 1YM4A 4GJCA 1QBRA 4IVSA 4OBFA 2ZHTA 4H3FA 4K4PA 3WZ7A 4WY6A 4I0JA 2FXDA 3RTHA 5I3XA 4Y5KA 3D3TA 5P6LA 5P2GA 4DI2A 1FMUA 5KQYA 3KT5A 2O4PA 1LYBB 4YCKA 4PYVA 3T3CA 1AJXA 4LBTA 1FGCC 3KFPA 2WF1A 3HVPA 1N49A 3UQPA 3KN0A 4FRIA 5P6GA 3QRSA 5IS4A 5P5ZA 3SKGA 2VIYA 2RMPA 5P0BA 5P4RA 4QLHA 4NJSA 1MVPA 4Y3DA 5SXNA 5P4PA 2ZJIA 2OF0A 2BPZA 4RLDA 5P6ZA 4Y3AA 1RNEA 2P3BB 4YBIA 4QJAA 4JECA 1HIIA 3SO9A 3QS1A 4Y53A 1YG9A 5P17A 3TOHA 3TTPA 5P5TA 1TW7A 1K2BA 3ER3E 5P1LA 3S53A 3VSXA 4HVPA 1EC1A 5P2JA 3K4VC 3TH9A 1PPME 5IVRA 3U71A 2QZLA 4CKUA 4DQEA 3L5FA 2PSGA 2Q54A 3F9QA 2H6TA 5AGZA 1QBSA 1T6EX 1WBKA 5P8OA 2SAMA 1ZP8A 3QVIA 2BKSA 1W5VA 4Y4ZA 5COOA 2O4NA 3PVKA 2QI5A 3IVHA 3SA5A 2R38A 4FE6A 5P52A 2ZJHA 3NU9A 4JOOA 5OZUA 2AZ9A 1Z8CA 4HDBA 1ZPAA 3GW5A 1IDAA 2JJIA 4B00A 3IGBA 1SIVA 5DR1A 1XL2A 5KQXA 2B7ZA 5P05A 3EM6A 5P3XA 3LPIA 5DR0A 4PEPA 4B0QA 2I1AA 1EC2A 3VV8A 2V12C 5OYTA 3EKYA 4B1CA 2QNPA 1BVEA 1EEDP 3VF7A 5KAOA 3OHFA 1FQ7A 5P5XA 2AODA 2BPWA 3NDWA 5P71A 4FAFA 5P6SA 5P4HA 3S7LA 4A6CA 2I4UA 4ZPEA 2OHQA 3CIBA 1K6PA 3T7PA 1MUIA 3PCZA 4H3IA 3O9CA 2IQGA 3PSUA 5JFPA 4EJLA 2I4QA 4XKXA 4BEKA 3NU5A 3DCRA 1FIVA 3INEA 5P72A 5P3PA 2VA6A 4RYGA 5I3VA 2IENA 3L58A 4Q1WA 1HPXA 3FNTA 3NDTA 5P6XA 5P1PA 1GNNA 4PZWA 3WZ8A 3SABA 1M43A 1TSUA 2XFIA 2ZJLA 4ZSRA 4DJQA 3TPRA 2APRA 5P6WA 2FNSA 2G20A 1D4KA 5AH8A 4FM6A 4WY1A 2AVVA 5HE7A 5ER1E 4DQFA 2AOJA 1SP5A 3KFRA 5P0CA 1DP5A 5JG1A 5P33A 3RSVA 2B8VA 4Y4EA 5COKA 5P5OA 1BXQA 4OBGA 2Q11A 4OBKA 4FIVA 3FX5A 1EPME 3BGCA 4DPFA 2OHNA 5P5GA 4FM7A 4GJAA 1C6XA 2AQUA 5P4UA 3CKPA 3D1YA 5P4BA 4DQGA 4EYRA 5P2IA 5P5AA 1FKNA 3INFA 1APUE 1HSHA 1FMBA 2FNTA 5P1ZA 5P1KA 4ER2E 5P3JA 2G1OA 1HVCA 1HPVA 3KMXA 5P29A 5P6CA 2F3FA 1A30A 4A6BA 2Q64A 2J9KA 4Y47A 4Z22A 5P4ZA 1OEWA 3NDXA 4F73A 4JPEA 5P7RA 3CIDA 3KDBA 3VYDA 4B1EA 3U7SA 1ODYA 3DV5A 5P3EA 1HTRB 4JP9A 1EPOE 5P12A 6UPJA 4BFBA 3IAWA 1EPQE 4OBZB 2UPJA 1HEGE 3O9HA 5P0NA 3VCMA 5P37A 5P8GA 3VLBA 3H5BA 2OHMA 5P0YA 2F81A 2WEAA 1APTE 1PSAA 3ZKGA 5P45A 4F75A 4Y3SA 5SY2A 3KYRA 3EL1A 4I0GA 2IKUA 2HPEA 3QPJA 5P3HA 3IVIA 3T7QA 3VF5A 5P0DA 4GYEA 2RSPA 1IVPA 2PH6A 5P51A 3ZL7A 5P27A 5P4SA 5P6PA 5P88A 4Y3GA 3KMYA 5OZHA 5P4FA 3RTNA 1AXAA 4KB9A 9HVPA 4I0EA 5OZKA 3PBZA 3DM6A 5P3DA 4X7IA 3DJKA 8HVPA 5P3RA 1OHRA 3K4VA 4OBHA 4QJ7A 5OZRA 3EKPA 5OZIA 5P1OA 4R95A 4GMIA 4FS4A 1TCXA 3MXEA 1AJVA 4EPJA 4OD9B 3K1WA 5P0XA 2QU2A 5P6IA 3OGQA 5P5VA 3KF0A 4Y36A 3G6ZA 1DIFA 5AHBA 5P5FA 1K1UA 5P53A 3DOXA 4Y41A 4LXMA 2P3BA 5P24A 2HB4A 4GZFA 4RGHA 4M8XA 3GI4A 1CPIA 3R2FA 5OYVA 3S43A 4WTUA 4Y45A 5P2OA 1D4SA 5P7AA 3OXVA 5C9FA 5P69A 3I8WA 1ZSRA 4H1EA 2UY0A 5P7UA 3L38A 1BDQA 4Q1XA 5P73A 5P7KA 1K2CA 3N4LA 4R8YA 3NU3A 3PWRA 1BDRA 1ME6A 2R5QA 1BV9A 5P2WA 2RKGA 5P6BA 4LC7A 5P6JA 2G1SA 2FDEA 3VEUA 2J9JB 3O9FA 5KQFA 4GJ7A 3OU4A 4JPCA 5P87A 4EJDA 3NSHA 5P0WA 5ENKA 4ACXA 5P74A 5P4XA 4U7VA 4AA8A 3DK1A 4D89A 3VF3A 4APEA 2OHPA 5P1DA 2AZCA 1K6TA 5ER2E 5P79A 1GVTA 4HE9A 5P47A 5P68A 5P0JA 1YX9A 2OHRA 1T6GA 4IVTA 1NPWA 3O9DA 1EC0A 5P7FA 1B6JA 5P7LA 5P4DA 4HZTA 4PPHA 3QP0A 4QJ8A 5OYSA 4NJUA 3TPPA 4Y56A 5P3KA 1W5WA 3CKRA 5DQ4A 3UFNA 5OZXA 5P48A 3UDHA 3EBZA 5C9BA 1META 1LYAB 1BILA 2HM1A 5P8TA 3S8IA 4F74A 5P8FA 4RRNA 2NNKA 4J1FA 5P4IA 3S2OA 2WJOA 3UTLA 5OZWA 1CMSA 2BPVA 3HDKA 3Q4BA 4QGIA 4B72A 5KR8A 3Q70A 3PWWA 3NUOA 4K4QA 5KQZA 4Y51A 4EP2A 4MC9A 2FS4A 5ISJA 5P0SA 5P3ZA 6APRE 1LF2A 5P0EA 1RQ9A 3HBOA 1FG6C 5DR7A 1MT7A 5P2SA 1Z1HA 5P3FA 4KE0A 5P7GA 2OHKA 3OXWA 1ZBGA 5P0KA 1YTHA 2V13A 4DQBA 5HU1A 3L5BA 5P5RA 3OUBA 2JE4A 1IZEA 1NPAA 2R9BA 5SZ9A 2ZE1A 3L5DA 5I3WA 3RVIA 4YDGA 3S85A 3D1ZA 4J1KA 4I0DA 2QNQA 1SDVA 1MSMA 4Y50A 2QMPA 4D83A 1HTFA 2VA5A 4FCOA 3NXEA 4LP9A 2O4SA 4Y3HA 5P2ZA 5P56A 1MTBA 5P6UA 5P8PA 5P0VA 4XX3A 3OUAA 5P61A 3SA6A 3UDQA 4BELA 1IZDA 3ECGA 4Y5MA 2OHUA 2HS1A 3FNSA 1MERA 2WF2A 3S45A 3SPKA 4CP7A 3UPJA 4ZSPA 5FIVA 2WECA 2HB3A 3OU1B 1M0BA 1NPVA 3ER5E 5OZOA 3O9LA 4DQCA 3VYEA 3PRSA 2V11C 3PMYA 5P7CA 2JXRA 2QHCA 4ZPGA 4AZYA 3N3IA 3APPA 3NU6A 2V00A 2AZBA 2QI4A 3LPKA 2I0DA 5P1IA 3QI1A 5KR1A 5P5KA 3OHHA 2P3CA 5OYQA 4B77A 3QROA 5PEPA 5P50A 4J54A 2AOCA 3I7EA 4Y3RA 3UDKA 2AVMA 1T7KA 3VLAA 2HPFA 3DCKA 5DR3A 5P09A 5P46A 4Y4JA 1OD1A 4TVHA 2FLEA 5P0HA 5P40A 3FV3A 4CPSA 2G21A 1TQFA 2PK5A 3INHA 4YD6A 4L7JA 2B60A 2PC0A 5P03A 3OADB 3OQ7A 2G22A 2I4XA 1XL5A 4TRZA 4DQHA 5OZ8A 4TRYA 5APRE 2QP8A 1E82E 4ER4E 5P2QA 2BQVA 1FQ4A 5DR8A 5P83A 4YD3A 3Q6YA 3KDCA 3FIVA 1FMXA 6FIVA 1YM2A 5OZFA 4Y4UA 3PB5A 3PI0A 4Y54A 5SY3A 3L59A 3TOFA 4I11A 3BVBA 4I0FA 4Y9WA 3KDDA 1ZTZA 1HOSA 2BJUA 1MEUA 2WEDA 4Y3FA 3TKGA 3SM2A 3PMUA 1LYWB 4GJ9A 4NKKA 4OD9A 5P6AA 5KR2A 4DJWA 4BFDA 2QK5A 4Y5GA 4Y58A 3T6IA 5HU0A 5AHCA 5P2CA 1HVLA 3O9GA 4Y3WA 5P0LA 3OWNA 3VG1A 3EKTA 4ER1E 1IIQA 4Z50A 1XS7D 3KFSA 1GNMA 5P3UA 5P4MA 2VJ7A 1W6HA 4GJBA 4U7QA 2VIJA 3K5FA 3IN3A 4DJXA 3LIQA 5HTZA 5P5BA 5TOLA 2FIVA 3S7MA 1TSQA 1FQ5A 4Y3YA 1BWAA 1W50A 1DW6C 3ZOVA 4Y6MA 4YOAA 1D4HA 5OZ1A 5OZLA 1B11A 4FRKA 2WHHA 2H6SA 4Y3NA 2J9JA 2IGXA 5JFUA 4FRJA 1EBWA 1SH9A 4CPXA 5P4LA 3UDMA 4GJ6A 1B6KA 2Q55A 2QZKA 3QBHA 5P4WA 5P4GA 5P1WA 3IXKA 4DV9A 5P5NA 2G26A 2AOEA 4L7GA 4LL3A 5P08A 5P85A 3WB4A 5P4OA 2QHYA 1GNOA 2ZJJA 5P1GA 5HDXA 5P0AA 4Y4WA 5IVSA 3HD8A 4Y5BA 2VA7A 5P26A 1EAGA 1HVHA 4Y3PA 3WSJA 4D85A 3QAAA 1KJGA 5EZZA 1FF0C 3APRE 3MXDA 3OXCA 5P8NA 3UDNA 5P3MA 5P0ZA 5OYZA 5HE5A 4Y37A 5P7OA 1U8GA 5DQ1A 1BV7A 4Z2ZA 1A8GA 5P2RA 4B78A 2WF0A 3GI5A 5P4CA 1ZSFA 5BS4A 1YTJA 3PGIA 2F8GA 2PMAA 1MT8A 3EMYA 4HEGA 1UPJA 1DAZC 2O4LA 5OZ4A 3TPLA 7HVPA 3KA2A 5P6QA 2NXMA 3BVAA 3UQUA 2ZHVA 5AH6A 1NSOA 5P1CA 4NJTA 3UDPA 4K9HA 2WKZA 2AOHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1APV E;  1EPN E;  4LAP A;  5P55 A;  2OHL A;  2JYS A;  1T7J A;  1LF3 A;  3HVG A;  5P6V A;  3MSK A;  3EL0 A;  3ZPU A;  2QAK A;  2VS2 A;  1W5X A;  3MWS A;  1D4L A;  1TZS A;  3OTY A;  5P2N A;  5P02 A;  4DVF A;  1B5F A;  4RYC A;  3OUD A;  1XN3 A;  2O40 A;  5P64 A;  2XYF A;  5P35 A;  3SFC A;  2ZJK A;  3OAD A;  5P0R A;  3BXR A;  1PPK E;  2NMZ A;  3RU1 A;  4AUC A;  4ZE6 A;  2ER6 E;  4DUS A;  1W5Y A;  2QNN A;  4Y5N A;  3URL A;  5P06 A;  2ZGA A;  3I2L A;  5DQ2 A;  5P4K A;  1M4H A;  1EPR E;  2R3W A;  3ZPS A;  4EP3 A;  3ZPT A;  4ZSQ A;  1IBQ A;  2QZX A;  2EWY A;  3OQA A;  2ANL A;  5P16 A;  3UDR A;  1B6L A;  5P8J A;  5EZX A;  2NNP A;  2QI0 A;  3VV7 A;  3UDJ A;  1NH0 A;  4J55 A;  5P5Q A;  5P81 A;  1HWR A;  1LYW A;  5E5K A;  5OZ3 A;  3R0Y A;  5P1U A;  3EC0 A;  2CEN A;  5OZJ A;  3ZKQ A;  4YOB A;  1SGZ A;  1G0V A;  3K5G A;  3PEP A;  5P11 A;  1ODW A;  2HB2 A;  5P0G A;  3ZKM A;  4L1A A;  4MC1 A;  5P22 A;  3BGB A;  3VYF A;  4EQ0 A;  4J0Y A;  4B05 A;  1BBS A;  4R93 A;  1HRN A;  1UH7 A;  5P8M A;  2AVO A;  1ENT E;  5HDU A;  3B80 A;  3GI0 A;  3BUF A;  5P77 A;  1IVQ A;  1G35 A;  2IRZ A;  2F3E A;  4F76 A;  1TCW A;  5P4A A;  1HSI A;  3AID A;  2PK6 A;  5P43 A;  5OZ2 A;  2FGV A;  1QRP E;  2AOI A;  3EKX A;  4K8S A;  5P5D A;  3G72 A;  4Q1Y A;  3RSX A;  5P07 A;  2HIZ A;  3B7V A;  5P1M A;  3UQW A;  3LPJ A;  1LS5 A;  3NLS A;  5OZ5 A;  4EWO A;  1YT9 A;  4Y39 A;  3T11 A;  1LF4 A;  3QRM A;  4DJP A;  4Y3T A;  2G1R A;  5P7J A;  5P7M A;  4Y4B A;  2AVS A;  4E43 A;  5P3O A;  5P2V A;  4KUP A;  4I10 A;  5P0P A;  4CMS A;  5P6D A;  2IL2 A;  4GID A;  1RV7 A;  4I0H A;  2R3T A;  2ZJN A;  3OU3 A;  3D1X A;  3IXO A;  3O9I A;  3HLO A;  5P66 A;  1VIJ A;  4S1G A;  3PJ6 A;  1EBK C;  2P4J A;  5P15 A;  5P2Y A;  1PPL E;  4EXG A;  3A2O A;  5P8L A;  3ST5 A;  4Y4G A;  2QD8 A;  3ZMG A;  1HTG A;  1MRW A;  5P44 A;  1HVI A;  3EKW A;  2I4V A;  1HXB A;  1SME A;  5P3I A;  5P65 A;  5P89 A;  2P3A A;  5P8U A;  2QMG A;  3GI6 A;  2VIE A;  4UPJ A;  3CYW A;  4D88 A;  5CON A;  5HVP A;  5P18 A;  2O4K A;  1PRO A;  5P4J A;  5P5H A;  2QZW A;  3VUC A;  2Q63 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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