2CEJA

P1' extended hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol in the transition-state mimicking scaffold
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Microwave-Accelerated Synthesis of P1'-Extended HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol in the Transition-State Mimicking Scaffold
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL PROTEIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2cejA00
5P30A 1LYAB 1EPLE 4Q1NA 5P2NA 5OZGA 2VS2A 3S8IA 5ER1E 4GYEA 5P4GA 5TOLA 5OZEA 5OZJA 2NNKA 2Q55A 3AUPA 4RVIA 2AOHA 3U71A 2PK6A 4Y4TA 5P1RA 1HXBA 5P5YA 4PHVA 5P7FA 4L7GA 4FCOA 1MTRA 1IBQA 5P0FA 3O9CA 2QAKA 3ZPUA 3EMYA 2OF0A 5OZAA 3PJ6A 1PPME 2AOJA 4HDBA 5AH8A 2BBBA 5IS4A 5OZCA 3UF3A 3CYXA 1SMEA 4F76A 1HVRA 5P6NA 1IZEA 5DR3A 3LIVA 5P0BA 5P7YA 4DUSA 5P6AA 4L1AA 4NJVA 5P31A 4Y3GA 5P8TA 3ZOVA 3SPKA 1HWRA 3EKQA 3NDTA 1APTE 1FIVA 1XDHA 5P5QA 1KJFA 2I1AA 2VNMA 5P53A 5P2SA 2OHUA 5P32A 4OBJA 1EC2A 4ZSPA 5P2DA 5OYUA 1ZSRA 5P2IA 4F75A 3DK1A 3OTYA 3SA3A 5P76A 2F81A 1TW7A 3VSXA 5HDZA 5P7WA 1APWE 3UDNA 1GVUA 4YA8A 5P1QA 3ZL7A 5P4SA 3LZSA 3VG1A 3K4VC 2ZJIA 3N4LA 5P8LA 1PPKE 5C9BA 3D1YA 1LS5A 5OZZA 5P74A 4TRYA 3ZKSA 5KQXA 5HE4A 4Y45A 1WBMA 1T7IA 3QAAA 1FB7A 4Y5LA 5P52A 5P3JA 3H0BA 5P55A 5P4YA 5BRYA 4I0IA 4YD5A 1MTBA 1CPIA 3HZCA 4GMIA 3T11A 3CKTA 4GJ6A 2HAHA 5P5JA 3OK9A 2G94A 3NUOA 4EJLA 3DM6A 1BBSA 3VF3A 3AIDA 5P64A 3VFBA 1MT8A 1MUIA 5P1NA 4Y3YA 4Y4BA 5P0OA 3S7MA 2FXDA 2ZHVA 3LIQA 2V13A 1LF4A 2I4VA 2QMDA 3OU1B 2F3EA 3G70A 2I4XA 4DQHA 2I0DA 3Q6YA 3BGBA 5KR1A 5OYVA 4ER4E 1K1TA 2H6TA 3SAAA 4FAFA 2NNPA 1Q9PA 3H5BA 3IGBA 3I8WA 3UPJA 1RNEA 4HLAA 1D4IA 5P20A 3DJKA 4GJCA 5P5RA 4BFDA 2BQVA 4RRNA 2FLEA 5OZOA 5P18A 2ER0E 3R2FA 3NU4A 4J55A 2PSUA 3TL9A 1DMPA 2PSGA 1NH0A 4DJWA 2QMPA 2UXZA 4GJ8A 2OHNA 3KMYA 5P42A 3SA6A 3BUHA 4I12A 1MRWA 5P1XA 4Y4GA 5P1OA 3LITA 2QZWA 2IL2A 1ODYA 3WSJA 2CEMA 5P7QA 2R38A 5P0UA 5P4XA 4GJ7A 3G72A 4OD9B 5P8OA 2G26A 5P71A 3LNKA 2HB4A 2R3TA 5P7AA 2XFKA 5P37A 3S54A 1QBUA 5P89A 4Y9WA 2I4WA 3UQUA 5P1UA 4ZE6A 5P3NA 1Z1RA 4JECA 4WTUA 4XX3A 4NJSA 5P4EA 1KJ4A 3UDKA 3BUGA 3PGIA 3NDXA 5P29A 4GJDA 3UCBA 4DQBA 3EL1A 5P3IA 4YCTA 2P8HA 4J17A 4B0QA 2PWCA 3TOGA 3OU4B 5OZDA 1AZ5A 1F7AA 5P3WA 3DV5A 1FG6C 5P5MA 3QVIA 5COOA 5P3TA 2R5QA 5P2RA 2AVOA 3UDQA 2FGVA 5P6HA 3VV8A 5OYZA 5CLMA 3I2LA 2ZJKA 3I25A 3TPLA 1RQ9A 5IVQA 5P78A 3INHA 3NU3A 1DIFA 3SQFA 4MC1A 4R95A 5P3ZA 1K1UA 2QI0A 5P2QA 5P0ZA 4Y5MA 5HDUA 3B7VA 1D4LA 3OADB 4RCDA 3OADA 4TRWA 3TKGA 5P6FA 1EBZA 4XXSA 5I3WA 1BDLA 3QN8A 2NXDA 5P2FA 5P1PA 5P3XA 3UTLA 1GVVA 1XN2A 4JP9A 3TNEA 2SAMA 5P1FA 3VYDA 5ER2E 2AZ8A 4ZIPA 4E43A 3HW1A 3NWQA 2B7FA 4FE6A 3S56A 1YTHA 5DPZA 1HIIA 3VF5A 4Z22A 2OHKA 4ZEAA 1HOSA 4J0ZA 5P3GA 5P66A 2AZBA 3BC4A 4ACXA 1F34A 5P6ZA 1MSMA 4DJQA 1NSOA 3SFCA 5P8KA 1K6VA 3L5EA 5P4IA 4ZPGA 1GNMA 5OZPA 4DJRA 5P4VA 5P10A 5OZXA 5P6QA 5P6PA 5P3PA 4ZSMA 3OUCA 5COKA 1C6YA 3SA9A 2VIEA 3GGXA 5P28A 1HRNA 4Q1XA 4Y44A 5P47A 4DQCA 3FIVA 2F3FA 5I70A 3O9BA 1ER8E 2Q3KA 3UQRA 3O9GA 2BPVA 5P62A 1D4HA 5P63A 5P73A 3NU5A 4EP3A 4R91A 5DQ1A 1W6HA 1U8GA 3NXNA 2HS1A 2OHPA 3HLOA 2VA6A 3JW2A 2OHMA 5P4KA 1W51A 3IAWA 2IKOA 5P0DA 4PZXA 3T3CA 3BUFA 5P0XA 1B6KA 4N00A 5P5PA 4APEA 1ZP8A 1HVKA 3GGUA 3QRSA 5OZ2A 1QBTA 4I0HA 5OZFA 5OZ5A 4FGXA 5JFUA 1HIVA 3K5GA 3LPJA 1AAQA 3PWMA 1META 3RTMA 4OBFA 5OYQA 1MPPA 1GVWA 3MSJA 4YOAA 1AJVA 2BKTA 3PI5A 2QNNA 3INFA 4I8ZA 1D4JA 3OQDA 5P4LA 3OQKA 4EPJA 1E81E 5P3HA 1MSNA 4CPXA 3EL5A 2Q11A 2G1OA 2O4SA 5P2WA 5P4WA 4FRIA 5HDXA 5P3VA 1B6LA 2ER9E 3LPKA 5SXNA 3N3IA 1FEJC 4DJYA 3FNSA 5OZ3A 4Y3EA 5P3RA 3S43A 3OGQA 1YT9A 5KR2A 4DQEA 3A2OA 5P1YA 5P79A 5P22A 5P38A 1CZIE 5P25A 5KR0A 1ZAPA 3KDCA 3OQAA 3HAUA 1APVE 3IXJA 1EC3A 4B1DA 1E5OE 4OC6A 4CPRA 3R0WA 1G35A 3NDWA 3OAGA 5P4DA 2QHCA 4JOOA 4FRKA 1BDRA 4Y3HA 5P6BA 4U8WA 2IQGA 2Z4OA 5P4OA 5P3BA 2ER6E 5P06A 4FM8A 5P8JA 4K9HA 3BXSA 4D8CA 5P5LA 3NR6A 1UH9A 3JVWA 3K4VA 2XYEA 4CPSA 2WF4A 4Y5NA 4DPIA 4M8XA 1HPXA 3NU9A 5P1DA 5P8QA 4OBGA 2P83A 3G6ZA 2VJ9A 5P6SA 2OHLA 1EC0A 1YTIA 2QNPA 1BVGA 3DCKA 3ZKQA 1UPJA 1W5WA 4CKUA 2QI5A 5P6EA 3RTHA 5P6IA 4Y56A 1RL8A 5P8IA 1HPVA 5HD0A 2PH6A 3NSHA 2EWYA 3FKTA 5OYTA 2QZLA 3WB4A 1M4HA 1D4SA 8HVPA 1FG8C 3OXWA 4CP7A 4QJ9A 5OZ1A 2QI3A 5P1ZA 1G0VA 1Z1HA 2AOCA 3PWWA 4YD3A 4Y4UA 2NXMA 4Y4JA 3ZLQA 4NJTA 3Q5HA 1SDVA 5P7EA 4Y5PA 5UPJA 1W5YA 3NLSA 4EYRA 1TCXA 5P3CA 3L5FA 1UH7A 4LXKA 4DH6A 5OZTA 1FQ5A 2B42A 1FFFC 1PFZA 5HE5A 4DI2A 3TPRA 1XE6A 1LV1A 2HPEA 3OXXA 5P0PA 3APPA 4LC7A 1YG9A 4FRJA 3KFPA 4Y58A 4I8WA 5P5IA 5P6XA 3FV3A 3HVGA 2G21A 3UQWA 5P07A 5P7UA 4F74A 4AUCA 3L5DA 2A4FA 5P5SA 2WECA 5DQ4A 5P4CA 5KQZA 3UDYA 2G1RA 1K2BA 5EZXA 3SABA 2ZGAA 2AOFA 3UHLA 5P2EA 2B7ZA 5P4NA 4L1AB 3D91A 1ODXA 3O9IA 4LHHA 4RLDA 5DR0A 2G69A 2V10C 3BVBA 5P0AA 4H3FA 3OUAA 5OZMA 5P45A 3VV7A 2QU2A 3Q4BA 3NXEA 5P14A 2AOEA 5AH7A 3R0YA 4Y39A 4DJXA 3U6AA 5P4FA 3KT5A 3MXEA 3EKYA 3VFAA 4HZTA 5OZUA 5P8FA 3EKPA 1HVLA 5OYWA 4H3GA 2R8NA 4WY6A 2I4QA 5P7JA 4Y4AA 3PLDA 1IDBA 1EAGA 4HE9A 1W6IA 5I3VA 5B18A 5HCTA 1HTEA 4PZWA 2WEZA 2J9KA 3LZYA 2UPJA 5P3DA 5P5NA 2ASIA 3TTPA 4CMSA 5P7CA 3WZ8A 1ZBGA 1HVHA 1ZTZA 1FKNA 4L7HA 3IXKA 3SA5A 3MSKA 4H1EA 4EWOA 2QI7A 2XFJA 4CPQA 3K5CA 3EM6A 5P8VA 3CICA 1MEUA 3WZ7A 4Y57A 2IENA 2BPZA 2G1NA 4YBIA 3VSWA 4RVJA 5OZWA 1BV7A 4Y54A 5OZ0A 2AODA 4NKKA 1A9MA 2Q15A 3PRSA 3EM4A 2QZKA 3LHGA 5P1KA 5P8UA 1HSIA 1K6TA 5P5EA 1TSQA 5P35A 5AGZA 2ZDZA 1OD1A 3NWXA 4J0YA 5OZHA 4F73A 1TZSA 1KJGA 3BVAA 4I0JA 4COEA 1NPWA 2J9JA 2IGXA 5P39A 1ENTE 5P08A 3KYRA 5P3YA 4DPFA 5P49A 5P72A 5P4UA 3L3AA 1C6XA 2R9BA 4Y3FA 3SKGA 1W50A 3QIHA 4R8YA 3S85A 4U7VA 5P34A 4J0PA 1BDQA 4Y6MA 5P6VA 2Q64A 3VF7A 5P44A 1FQ7A 2QI6A 4X7IA 4APRE 5P4BA 5P8NA 3PCWA 1IVQA 3PI0A 2CENA 3LIZA 1XS7D 4B05A 5P02A 2B8LA 3T7PA 4M8YA 1SIVA 1FMUA 1CMSA 1EBYA 4D85A 5DQ5A 1D4KA 3APRE 5P1WA 4Y48A 3EXOA 4PPHA 5P0RA 2AOGA 3MWSA 1ODWA 1FMXA 2HC0A 4EQ0A 4FL8A 3DCRA 2ZJNA 3SACA 3ZKIA 3SM1A 2H6SA 3L38A 1M0BA 2BB9A 3QRMA 4Y5EA 3ECGA 2IGYA 5P0NA 2QCIA 3QI1A 4KE1A 4ER1E 4MC6A 5SZ9A 3S2OA 1HEFE 4Y36A 1DP5A 4YDFA 5P4QA 5P68A 1B6JA 4ZPFA 2WF3A 1XL2A 2ZHUA 1SGUA 5JFPA 3GGAA 3SM2A 3VUCA 5OZ4A 1E82E 5P0LA 1GKTA 1AXAA 5P50A 5P5KA 5P80A 4YHQA 2RENA 5P8CA 4OBDA 1PSNA 1T6GA 3LIXA 1HVCA 5ISKA 1B6MA 2PWRA 5P8SA 1SBGA 3D1XA 4B00A 4YD7A 1EC1A 4RVXA 5P26A 4AA8A 5P3MA 4J1HA 2QD7A 1FQ8A 4Y3JA 5P65A 2QI4A 4CPUA 4DJPA 5P2CA 1QDMA 3Q3TA 2Q5KA 3IVHA 4J0VA 3T7QA 3QROA 5P0MA 3S45A 1PROA 1KZKA 4B1EA 3F9QA 1W5XA 5P12A 2Q63A 5P0GA 5FIVA 5P8HA 2FMBA 3ER5E 3GI0A 1EEDP 2IRZA 5P8BA 1HPOA 3L5BA 3VYFA 2I0AA 4EJKA 2P3DA 5P4AA 2RKFA 4ZPEA 4Z50A 5OYXA 4D88A 2IEOA 4UPJA 1DW6C 4IVTA 1LYBA 1XE5A 5P3EA 1DPJA 3OU3A 4IVSA 1VIJA 1C6ZA 4Y5AA 3OY4A 4I0GA 4J54A 5OZYA 1ZSFA 3KMXA 3OOZA 5P82A 1A94A 2FDPA 5HTZA 4Y38A 5BWYA 3ZKMA 1IZHA 3SLZA 5P6GA 3QVCA 3FX5A 1Z8CA 3KFRA 1G6LA 2HIZA 1FGCC 2IDWA 1HTRB 3ZMGA 1K2CA 1SMRA 5P1EA 1HBVA 5P23A 2V00A 4Y43A 3TKWA 1B5FA 4KUPA 5HU0A 5P85A 1HTGA 2XFIA 2AOIA 5P04A 5P0VA 5P4ZA 4GB2A 5C9DA 2QHYA 3BXRA 3URLA 4EXHA 2AVMA 5ISJA 5P00A 4A6CA 2PYNA 5P6LA 5P59A 2WF2A 4HDPA 1TQFA 5DQ2A 4Y3RA 5ENMA 5P70A 4S1GA 5P0HA 4Y37A 3DUYA 5P1MA 3PBDA 2V12C 1LEEA 2G27A 1MRXA 4HA5A 4I11A 5P6RA 1EPOE 1JLDA 2JXRA 2PH8A 3LZVA 4OBZA 1OEXA 2PSVA 3L59A 3PSUA 4K8SA 3DV1A 2ZHRA 5P3QA 5P6JA 2P3BA 3PEPA 4Y4ZA 5OZVA 3URJA 5P0EA 4H3JA 5P2JA 2PC0A 3GI4A 4YCYA 3M9FA 3RTNA 4Y3TA 4D83A 2O4LA 5P0TA 3HDKA 3ZPTA 5DQCA 3RSVA 1WBKA 4TVGA 1T3RA 3IN3A 3DOXA 4J1KA 1HSHA 5P0SA 3KF0A 3UDJA 2Z54A 2WKZA 5P0JA 5P5HA 2QD8A 3INDA 1FQ6A 3UDPA 3S7LA 2R43A 2FGUA 3CYWA 5AH6A 5P2HA 3EL0A 3S43B 4BEKA 3R1GB 5SY2A 2VNNA 5AH9A 1TCWA 1QS8A 3PLLA 1ZPKA 5CONA 5P4JA 4I10A 3VYEA 5P5AA 7UPJA 2UY0A 4OC6B 1SP5A 3OAGB 3BRAA 1SGZA 2JJJA 4CPWA 2O4PA 5ENKA 5IE1A 6FIVA 2VIZA 4I0DA 5P5DA 4QJ6A 4DV9A 3GGVA 2O40A 3LIYA 4Y35A 4AMTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P30 A;  1LYA B;  1EPL E;  4Q1N A;  5P2N A;  5OZG A;  2VS2 A;  3S8I A;  5ER1 E;  4GYE A;  5P4G A;  5TOL A;  5OZE A;  5OZJ A;  2NNK A;  2Q55 A;  3AUP A;  4RVI A;  2AOH A;  3U71 A;  2PK6 A;  4Y4T A;  5P1R A;  1HXB A;  5P5Y A;  4PHV A;  5P7F A;  4L7G A;  4FCO A;  1MTR A;  1IBQ A;  5P0F A;  3O9C A;  2QAK A;  3ZPU A;  3EMY A;  2OF0 A;  5OZA A;  3PJ6 A;  1PPM E;  2AOJ A;  4HDB A;  5AH8 A;  2BBB A;  5IS4 A;  5OZC A;  3UF3 A;  3CYX A;  1SME A;  4F76 A;  1HVR A;  5P6N A;  1IZE A;  5DR3 A;  3LIV A;  5P0B A;  5P7Y A;  4DUS A;  5P6A A;  4L1A A;  4NJV A;  5P31 A;  4Y3G A;  5P8T A;  3ZOV A;  3SPK A;  1HWR A;  3EKQ A;  3NDT A;  1APT E;  1FIV A;  1XDH A;  5P5Q A;  1KJF A;  2I1A A;  2VNM A;  5P53 A;  5P2S A;  2OHU A;  5P32 A;  4OBJ A;  1EC2 A;  4ZSP A;  5P2D A;  5OYU A;  1ZSR A;  5P2I A;  4F75 A;  3DK1 A;  3OTY A;  3SA3 A;  5P76 A;  2F81 A;  1TW7 A;  3VSX A;  5HDZ A;  5P7W A;  1APW E;  3UDN A;  1GVU A;  4YA8 A;  5P1Q A;  3ZL7 A;  5P4S A;  3LZS A;  3VG1 A;  3K4V C;  2ZJI A;  3N4L A;  5P8L A;  1PPK E;  5C9B A; 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 5JFU A;  1HIV A;  3K5G A;  3LPJ A;  1AAQ A;  3PWM A;  1MET A;  3RTM A;  4OBF A;  5OYQ A;  1MPP A;  1GVW A;  3MSJ A;  4YOA A;  1AJV A;  2BKT A;  3PI5 A;  2QNN A;  3INF A;  4I8Z A;  1D4J A;  3OQD A;  5P4L A;  3OQK A;  4EPJ A;  1E81 E;  5P3H A;  1MSN A;  4CPX A;  3EL5 A;  2Q11 A;  2G1O A;  2O4S A;  5P2W A;  5P4W A;  4FRI A;  5HDX A;  5P3V A;  1B6L A;  2ER9 E;  3LPK A;  5SXN A;  3N3I A;  1FEJ C;  4DJY A;  3FNS A;  5OZ3 A;  4Y3E A;  5P3R A;  3S43 A;  3OGQ A;  1YT9 A;  5KR2 A;  4DQE A;  3A2O A;  5P1Y A;  5P79 A;  5P22 A;  5P38 A;  1CZI E;  5P25 A;  5KR0 A;  1ZAP A;  3KDC A;  3OQA A;  3HAU A;  1APV E;  3IXJ A;  1EC3 A;  4B1D A;  1E5O E;  4OC6 A;  4CPR A;  3R0W A;  1G35 A;  3NDW A;  3OAG A;  5P4D A;  2QHC A;  4JOO A;  4FRK A;  1BDR A;  4Y3H A;  5P6B A;  4U8W A;  2IQG A;  2Z4O A;  5P4O A;  5P3B A;  2ER6 E;  5P06 A;  4FM8 A;  5P8J A;  4K9H A;  3BXS A;  4D8C A;  5P5L A;  3NR6 A;  1UH9 A;  3JVW A;  3K4V A;  2XYE A;  4CPS A;  2WF4 A;  4Y5N A;  4DPI A;  4M8X A;  1HPX A;  3NU9 A;  5P1D A;  5P8Q A;  4OBG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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