2CEMA

P1' extended hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol in the transition-state mimicking scaffold
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Microwave-Accelerated Synthesis of P1'-Extended HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol in the Transition-State Mimicking Scaffold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL PROTEIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2cemA00
5P4HA 3UQWA 2V11C 4J0ZA 3T6IA 3VYFA 4XXSA 4OD9A 5P6HA 2G1NA 4ER1E 1OEXA 4B78A 5P1FA 4AUCA 1Z1RA 3PGIA 4Z4XA 3CKTA 4J1IA 4Y4UA 5P2IA 1UH7A 4YD5A 4YD4A 4EYRA 3DJKA 5OZIA 4RROA 4K4RA 1RNEA 5P84A 4RVJA 4D85A 4EXHA 5CONA 3UDMA 3SA7A 1BV7A 3BGCA 5P5CA 1IZEA 1IZHA 2RSPA 5P5NA 1MT9A 3UQRA 4FRSA 5P0IA 5P11A 4Y45A 5P8KA 2B60A 4QGIA 4Y5GA 3GI0A 5P6UA 4LXKA 1XN2A 5OZ0A 1LZQA 1MVPA 3ZPTA 5HU1A 2FMBA 4GJ5A 3NU6A 5P1LA 3DCKA 4RVIA 4CPTA 1KJGA 2EWYA 1OHRA 3OQDA 5IVQA 1G6LA 3HAUA 2AOIA 5P07A 3EKTA 5P5IA 5P2SA 3OWNA 2VNNA 3EKYA 4CKUA 3UF3A 3OAGA 3KDDA 2QU3A 2QI6A 5P3CA 1EBYA 3BRAA 6APRE 4GZFA 1K1UA 1UH9A 2I1AA 5P2HA 2QCIA 3ZKSA 5P58A 3K5GA 5C9BA 1HEFE 5I70A 3OU1B 4HDPA 4ER4E 2G21A 5P7DA 2F81A 5P15A 2HM1A 2Q11A 5P5YA 2QK5A 5P0LA 3UDNA 5P1GA 1FMUA 3OGQA 5P46A 5P48A 2G1YA 3S54A 2Q63A 5P73A 3UQPA 2VJ9A 2QNQA 3OHFA 4R93A 4Y3NA 5P4TA 1QBUA 2XFIA 1SGUA 2QZLA 5P6IA 4Y3QA 5HE5A 5P2GA 5SZ9A 3EKXA 5P3MA 1HSGA 5P0OA 5IS4A 5P6TA 5P8NA 4FIVA 4RYGA 3TOFA 1ER8E 5P4EA 3URIA 4Y5LA 3NDWA 1K1TA 5I3WA 5P8TA 5HE4A 1HXBA 3O9FA 3MSKA 5DGUA 3ZKNA 5P6AA 5P7YA 4DQBA 2HAHA 2IKOA 5P3FA 4GIDA 5OZCA 3PSUA 1HVLA 4PEPA 4YD3A 4X7IA 2QMGA 5P7LA 3JVYA 1FLHA 3K4VC 3QRMA 5P1EA 1PPKE 5P7HA 5DGWA 5P6YA 4ZPEA 4L7GA 5P29A 1GNNA 2QMPA 3VV7A 5P7OA 5P77A 5P2YA 1FEJC 4RLDA 3WSJA 4Y3RA 3FX5A 5P5VA 3VLAA 4Y58A 2WF4A 2B42A 4B05A 5P6EA 1ZBGA 3CKRA 4Y4JA 4L7JA 1J71A 1IVQA 3R0WA 2ZJKA 1KZKA 3I6OA 3S85A 2AODA 5P5TA 5OYRA 2AOEA 5P7TA 4DJXA 1EPQE 3IA9A 2BPYA 2PK6A 4Y5KA 3CMSA 3UDPA 3NLSA 4FL8A 3IN3A 3QS1A 5ENKA 2ZJHA 5P8PA 3UHLA 5P4ZA 1EPOE 2HC0A 5P5KA 3LINA 1T7KA 3OADB 2XFKA 3L5FA 2AOJA 3GI5A 3I8WA 2QD8A 4GJAA 4FRIA 5OYYA 3D3TA 5I3XA 1AIDA 1FF0C 1A8GA 5KR0A 4RGHA 4J1KA 3PBZA 2WKZA 5P6PA 2Q15A 3KMXA 3I2LA 4Y3EA 3S45A 3EL9A 1FGCC 4DQGA 5P76A 5OZRA 5COPA 5KR8A 1AJXA 1VIJA 2PSVA 1K6PA 1LS5A 5P8VA 5J25A 5HDUA 5P5AA 1WBKA 2WEAA 3UDHA 1SGZA 3UDKA 1YTJA 4ACXA 4H3IA 4CPSA 2HB2A 3WZ8A 5P3XA 3NYGA 4OBZA 1HEGE 3NDTA 1SDTA 4Y57A 3ZPSA 1FQXA 2QI3A 4Y5BA 4H3JA 2QI5A 1B6JA 2QZXA 2P8HA 4M8XA 5OZLA 4APEA 1NPWA 3I25A 1LYWB 2RENA 4Y3LA 3SACA 1SDVA 4QJ2A 5OZUA 3TH9A 4Y3HA 3EXOA 4APRE 4K8SA 5HCOA 1W50A 4I8ZA 5KQZA 3PWWA 3LIQA 5KAOA 2QI0A 4FS4A 2F3EA 5E5KA 5HVPA 5P25A 4Q1XA 4LP9A 4AA9A 5P85A 2WF3A 1GVTA 2XYEA 2AZBA 3KN0A 5P4QA 4DQEA 3BVAA 4OBJA 1C6YA 3LPJA 5P19A 3HBOA 5OYQA 5P1PA 3UCBA 1FG6C 1WKRA 1YT9A 1D4IA 3OXXA 4RYCA 4Y5PA 1SMRA 2JXRA 4J54A 4Y3XA 3FNTA 5AH8A 1ODYA 5P6MA 1EPRE 5P1TA 5P7UA 4R5NA 5P12A 5P5LA 5HCTA 5P80A 1W5YA 2IENA 4Y4ZA 3R4BA 5P04A 1EC1A 5P65A 3Q3TA 3BUGA 5P08A 2OHRA 4DFGA 2OHSA 1LYBA 2V0ZC 4Y50A 5P5BA 2F80A 2AVQA 4Y54A 5OZ2A 4Z50A 5P8GA 3UFLA 4Y37A 1EBKC 2PMAA 2G22A 5P4CA 1MT8A 5P1ZA 5P53A 3DK1A 2F3KA 5P6DA 2NMZA 5ISKA 3TOHA 1BILA 1C70A 5OZ3A 4RZ1A 4D83A 4FAEA 5P4NA 3PM4A 5P3NA 5P3UA 2WECA 4CPUA 5P74A 4Q1YA 2BPVA 4GJ8A 5P39A 1IZIA 5P4OA 1QS8A 4Y41A 5P0BA 3OK9A 3L5BA 5P5XA 2HS1A 2G26A 3VUCA 1ZSFA 3LZYA 5P6OA 1CPIA 3PSGA 3B7VA 1AZ5A 3RU1A 3KFNA 3SA8A 5P7RA 3SA3A 3PSYA 1QBTA 4HEGA 5COKA 4DQHA 6FIVA 1BDQA 4WY6A 2IEOA 3SPKA 3APRE 4Y4TA 5P8EA 5AHCA 2ZHSA 4Y5MA 3UDRA 5P2QA 2PYMA 5EZXA 3L38A 2FLEA 3WZ6A 5ER1E 5FIVA 3PLDA 5BWYA 2OHQA 2ZJLA 5P3SA 5P72A 5P5RA 1BIMA 4I0JA 5P02A 5OZXA 1EPME 4DJWA 4NJTA 5P89A 2VA6A 1HVKA 2J9KA 5P3RA 4UPJA 5P7VA 1MESA 2AOFA 7UPJA 1YTIA 3PI0A 3KDCA 2FGVA 5P8LA 2BKTA 3HLOA 5P7IA 4GJ6A 3SO9A 1DP5A 2PSUA 5P2UA 3H0BA 2R5PA 1HPXA 3UTLA 3SQFA 5DQ5A 3HD8A 4Y5EA 3RTHA 4DQCA 3L59A 4IVTA 5OZ8A 1W5XA 3NUOA 5P3AA 4LXAA 4YOAA 4OC6A 5P2XA 4J1HA 5TOLA 3S43B 4Y35A 2O4PA 2ZYEA 1HVSA 4R95A 3SM1A 5C9DA 2FS4A 2ZHUA 5OZYA 2FDPA 5AH7A 5P33A 5JFUA 4YCKA 5AHAA 4Y36A 2ER6E 4A6BA 5DQ2A 5P0JA 4GB2A 3PCZA 5P3OA 2RKGA 4LHHA 2O40A 5P71A 5P0VA 4L6BA 2IGXA 5P8BA 5P2MA 2JYSA 4I8WA 3D1XA 3SAAA 3EM6A 3I7EA 5P1CA 3OTSA 5P2CA 1W5WA 2QZKA 3K5DA 3TKWA 5E5JA 1D4JA 5P6ZA 2AVMA 5P0DA 5P59A 2CEJA 5P5ZA 1FKNA 1IBQA 4I0DA 4YOBA 1HTFA 2F3FA 5P8DA 1W6HA 1QDMA 5P0AA 2AZ8A 5OZAA 1DMPA 5P0WA 3ZOVA 4Z2ZA 4ZPGA 5P26A 5P2AA 3PBDA 3SA4A 3WZ7A 1Q9PA 3MSJA 1SIPA 1YX9A 4GYEA 2WJOA 2XYFA 4YD6A 3FNSA 1K6VA 2PWRA 4PPHA 5P1RA 1PFZA 2NTRA 3EKPA 5P2DA 3HZCA 1JLDA 3ZPUA 1CMSA 1GKTA 4ZLSA 4LL3A 2NXMA 3PI5A 1E80E 3VG1A 4FM8A 4NJVA 4JECA 1EBZA 2ZHTA 1ZLFA 4Y3SA 1HIVA 2QI4A 5P4UA 1EEDP 5DQ4A 4CP7A 5OYSA 1FB7A 2O4NA 3EC0A 3ZKMA 4ZSPA 1PSNA 4BELA 5P1BA 1HIIA 2IS0A 5OZ7A 5P3VA 5P3QA 5AH6A 1D4LA 5P1XA 4TVGA 5P7NA 2IL2A 2PK5A 3Q5HA 2FIVA 5OZZA 1YG9A 2V12C 1B5FB 2WF2A 3EL1A 1SP5A 5P1KA 1DIFA 5P14A 3QRSA 1ODWA 1G0VA 3GW5A 5P6NA 1B6KA 2QNPA 3QN8A 4Y3DA 3HVGA 3RTNA 2P3BB 3OU4B 2VIYA 3QP0A 3BUFA 1YM2A 1QRPE 3LPIA 2I4XA 5P54A 4U8WA 8HVPA 5P61A 1XE5A 2AQUA 3QPJA 1C6XA 3SABA 4K4QA 5OZWA 2QP8A 2ZJNA 4Y3ZA 4B1CA 5P1YA 3B80A 3O9EA 4YBFA 4XX3A 4I0GA 5P43A 3ZKXA 1G2KA 1FQ7A 4Y3PA 2HPEA 1PPLE 5JODA 2ZHVA 4OBFA 9HVPA 1HBVA 4COEA 4WTUA 1BVEA 2G20A 5P2RA 2WL0A 2PH8A 1AAQA 4EQ0A 2Z54A 5P8FA 1YM4A 3LHGA 1HVJA 4EP3A 5IVSA 3N3IA 3O99A 5B18A 3VEUA 5P6FA 3GI6A 5P6GA 5P2KA 1KJFA 3EM3A 2QD6A 2F8GA 5P7XA 4D89A 5P4VA 4Y4GA 3VF5A 1YTHA 1Z1HA 4Y53A 4BFBA 1B11A 1LYAB 2B8VA 3NR6A 5P8UA 2NMYA 5P4MA 5JFPA 3PWMA 5P41A 4JPCA 4KB9A 4ZSRA 5P5FA 4IVSA 3G6ZA 5P0HA 4WY1A 1XN3A 3ER3E 4HVPA 5P0GA 3O9IA 3FNUA 5P27A 5P47A 4EXGA 4CMSA 4Y48A 5AH9A 4LXMA 4YCTA 4RRSA 5DR1A 5P55A 3RSXA 3VF7A 2VS2A 2AZCA 5IE1A 3L5DA 5P4KA 4BFDA 2FXEA 5P3LA 5P1QA 3H5BA 5P2OA 5P3EA 1SMEA 5P5EA 5P3TA 3FSMA 3SA6A 5OZNA 4DJVA 1T6EX 3EKWA 3OUDB 5P4DA 1C6ZA 3Q6YA 5KOQA 3OOTA 3OHHA 3OUAA 5OZ5A 3NU9A 4LBTA 2AOHA 1META 3UDQA 2QI7A 5P30A 2JJIA 2QMFA 3TPJA 1BBSA 2ANLA 5JG1A 2WEZA 1BWAA 1CZIE 2R5QA 3U71A 5P5PA 2B8LA 4QJ8A 4CPXA 3SM2A 5P5OA 4ZSQA 1TSUA 3NWQA 2BBBA 5P38A 4DJUA 4NJSA 5P0MA 5P4IA 3HVPA 5P83A 3EBZA 4HDBA 3IN4A 3O9HA 3GGAA 2I0DA 3VLBA 3T7QA 4EQJA 1VIKA 4MC2A 5P45A 4KUPA 3G72A 3BXRA 1BXOA 5P7MA 4AA8A 2P3AA 1LYWA 3S53A 4FLGA 4FCOA 1OD1A 3GGUA 5P88A 2G1SA 3T3CA 4DPFA 3S7LA 4ZPFA 5P62A 3SFCA 2G69A 5P7BA 1RPIA 4HDFA 2QHCA 4M8YA 5P5JA 1IIQA 2APRA 5P5WA 3TKGA 4HE9A 4B72A 1MSMA 4TVHA 4F76A 5IVRA 5P6SA 2AIDA 5P6KA 4J0PA 5OZ9A 4Z22A 5P4YA 4L1AB 5P06A 5P4XA 5P3JA 4B1DA 3QVIA 5OZHA 4I12A 3T11A 4YCYA 3KT2A 3EKQA 5BS4A 5P7QA 1FFFC 3KFPA 3D20A 3GGXA 3KF0A 5P1HA 4DJOA 3JVWA 3HW1A 4Y4BA 3BHEA 2G1OA 5P1MA 3VV8A 4NPTA 1ODXA 5P2ZA 2IKUA 1IZDA 3QAAA 4U7QA 5P1AA 5P0EA 5P51A 1E82E 4H3FA 4L7HA 1OEWA 3LIXA 1EC3A 5OZ1A 5P1OA 1T7IA 5OZBA 2G24A 3LZUA 4J5JA 2FGUA 3WB4A 5P49A 2OHUA 4X2LA 1HPOA 3O9LB 5P2WA 3ZKQA 2QNNA 1XS7D 3VF3A 1T3RA 4DJRA 2BKSA 5P4JA 1Z8CA 4F75A 3WB5A 5P1UA 2NXDA 3O9CA 2I0AA 4AZYA 2OHLA 3OQAA 1LYBB 4Y4AA 5P3KA 4Y3YA 3QVCA 2VIEA 4MC6A 1EC0A 3IAWA 3UQUA 5P7WA 4Y9WA 2Q64A 5HDXA 5P5HA 2OF0A 3O9AA 4EP2A 3MXEA 5P6WA 3S7MA 2PWCA 3IVHA 2VA5A 4YDGA 2WEBA 4GJ7A 3TPRA 5P4SA 2P83A 1PPME 1AJVA 1SDUA 5P0TA 4Y3MA 4D88A 2AZ9A 2I4QA 1ZPAA 4K9HA 2IQGA 1NPAA 3RVIA 5P4BA 3LZSA 4QJAA 3PHVA 1EAGA 4F73A 3ZKGA 4NPUA 3BVBA 3TTPA 1A30A 2BPWA 5OZVA 3CKPA 3K4VA 1DPJA 4OBGA 5P4FA 3LPKA 4I10A 3GI4A 1NPVA 3AIDA 3IXKA 3OUCA 5P8MA 2V10C 4FSLA 5P79A 5P57A 1HVHA 3U7SA 4Y5CA 5P8AA 2OHKA 5P3WA 2OHTA 4ER2E 2R38A 3FKTA 4AMTA 1E81E 5P3PA 5OZMA 3OQ7A 1HOSA 5P1WA 3EM4A 1A9MA 5P3IA 4Y5AA 5P18A 5P50A 3L5EA 3OGPA 1MTBA 5P05A 4YA8A 1BVGA 2I4UA 1FIVA 3ER5E 3IGBA 2V13A 1YTGA 5P16A 5DQCA 1BV9A 2AOGA 2P3CA 2JE4A 5P2EA 3BGBA 4H3GA 3NUJA 1BDLA 2ASIA 1WBMA 5ENMA 4S1GA 5AGZA 1APVE 1BDRA 3R2FA 1LF4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4H A;  3UQW A;  2V11 C;  4J0Z A;  3T6I A;  3VYF A;  4XXS A;  4OD9 A;  5P6H A;  2G1N A;  4ER1 E;  1OEX A;  4B78 A;  5P1F A;  4AUC A;  1Z1R A;  3PGI A;  4Z4X A;  3CKT A;  4J1I A;  4Y4U A;  5P2I A;  1UH7 A;  4YD5 A;  4YD4 A;  4EYR A;  3DJK A;  5OZI A;  4RRO A;  4K4R A;  1RNE A;  5P84 A;  4RVJ A;  4D85 A;  4EXH A;  5CON A;  3UDM A;  3SA7 A;  1BV7 A;  3BGC A;  5P5C A;  1IZE A;  1IZH A;  2RSP A;  5P5N A;  1MT9 A;  3UQR A;  4FRS A;  5P0I A;  5P11 A;  4Y45 A;  5P8K A;  2B60 A;  4QGI A;  4Y5G A;  3GI0 A;  5P6U A;  4LXK A;  1XN2 A;  5OZ0 A;  1LZQ A;  1MVP A;  3ZPT A;  5HU1 A;  2FMB A;  4GJ5 A;  3NU6 A;  5P1L A;  3DCK A;  4RVI A;  4CPT A;  1KJG A;  2EWY A;  1OHR A;  3OQD A;  5IVQ A;  1G6L A;  3HAU A;  2AOI A;  5P07 A;  3EKT A;  5P5I A;  5P2S A;  3OWN A;  2VNN A;  3EKY A;  4CKU A;  3UF3 A;  3OAG A;  3KDD A;  2QU3 A;  2QI6 A;  5P3C A;  1EBY A;  3BRA A;  6APR E;  4GZF A;  1K1U A;  1UH9 A;  2I1A A;  5P2H A;  2QCI A;  3ZKS A;  5P58 A;  3K5G A;  5C9B A;  1HEF E;  5I70 A;  3OU1 B;  4HDP A;  4ER4 E;  2G21 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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