2CEMA

P1' extended hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol in the transition-state mimicking scaffold
Total Genus 14

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)EMPTYS4 (42-49)S6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)3H1 (91-93)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Microwave-Accelerated Synthesis of P1'-Extended HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol in the Transition-State Mimicking Scaffold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL PROTEIN
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2cemA00
1ODWA 5P8MA 4YOBA 4ZSQA 1BDRA 5P7NA 3NXNA 1E82E 1YTGA 3KDDA 4TVHA 4ZIPA 2PQZA 5P88A 4JPEA 1M4HA 5P1MA 2AZ8A 4JP9A 5DGWA 4YCTA 5P52A 3OUDB 5IE1A 3QRVA 3INDA 4H3JA 1HVLA 1W5VA 4XXSA 3GI6A 3TKGA 5P1GA 3ECGA 2BQVA 1D4HA 5P3NA 1AAQA 3VF5A 2QZWA 1GNOA 4ZEAA 1LS5A 3L3AA 5IVSA 2NNPA 4ZPFA 2OHMA 1IDAA 2FXEA 5P8QA 3EKWA 4Q1WA 5P5AA 1ZAPA 5P12A 1HOSA 4YDGA 3RTNA 1T7JA 2QU2A 2A4FA 3R2FA 2Z54A 5P4ZA 3LZSA 3I8WA 1EPQE 3OWNA 5HCTA 5P3BA 5P01A 1M0BA 4YCKA 1AJXA 2WJOA 5P5FA 5E5KA 6FIVA 5P7AA 3PSYA 1SBGA 2F3KA 4FRIA 3LIZA 4I0JA 4L1AA 1YM2A 2WF2A 3NU9A 1GNMA 3SQFA 2BJUA 3IA9A 1ZPAA 4GYEA 5P79A 1LYAB 3EKTA 2IL2A 3PLLA 2G1OA 5HE7A 5P19A 5J25A 4J0YA 1ER8E 5OZTA 4F75A 5P7MA 4QGIA 4J5JA 5P30A 5P35A 5P09A 2G1RA 1HEGE 5OZOA 2H6SA 1K6PA 3WB5A 3O9AA 3QP0A 2O4KA 5KQZA 5P0RA 1TQFA 4XKXA 2AOJA 1A94A 4EQ0A 1K1TA 5P6AA 4CP7A 4LXAA 5P6FA 3EMYA 1FQ5A 5P0AA 4K9HA 1HPXA 3KF0A 1APTE 3S7MA 4Q1YA 3QBFA 3UQRA 3UFLA 3OGPA 2HAHA 1FB7A 5P5XA 3CKRA 1ZLFA 3JVYA 1HIIA 3L5CA 4Y3RA 4Y4AA 5P75A 3OUBA 4EJLA 1HPOA 2PH8A 1CZIE 3Q3TA 4YD5A 4HE9A 5P4EA 2Q5KA 1HPVA 5P1UA 2VNNA 4YD6A 4GZFA 5P6EA 3JW2A 2HB2A 4LL3A 5HD0A 2ZJLA 4LP9A 4MC1A 3EM4A 5P6LA 5P5YA 2MIPA 2F81A 5P0NA 4AUCA 1G0VA 4Y4BA 5P7CA 1WBKA 5P42A 2QI0A 1FEJC 5P3GA 6APRE 1W5YA 4D83A 5KOSA 2B7ZA 2QNPA 4HVPA 2QNNA 4Y43A 2ZYEA 5P59A 1MTRA 3ER5E 4Y5BA 1SIPA 5P2SA 2XYEA 5P8RA 3S54A 5P2VA 5OZIA 2F8GA 4CKUA 5I3WA 2Q54A 5P0FA 5P1WA 5P2RA 1APUE 4OC6B 5P2WA 3PMUA 3NUOA 2PC0A 3PSUA 5P0CA 1RQ9A 5P0IA 2ANLA 5P7FA 2WECA 5P7KA 1FKNA 4CPUA 2IRZA 2AZ9A 5P8AA 3L5EA 4DQGA 5JFPA 5P81A 4Z50A 5P3YA 3TPRA 5AH6A 1CPIA 5T4SA 1KJFA 3LITA 4K4RA 1IZIA 4TRZA 5P24A 3QPJA 4TRWA 4FSLA 1LZQA 1Q9PA 5P2EA 3UQUA 1HRNA 3QBHA 5P1HA 5E5JA 3PEPA 5P6HA 2OHUA 1C6XA 1EC1A 1XN2A 3HW1A 5P3DA 5OZYA 5OZWA 4AMTA 2VA7A 4J0TA 4PHVA 4OBZA 5P8JA 5P3AA 4J1EA 3SA8A 1G35A 5P25A 4CPSA 3TKWA 5P67A 2FNTA 1GVTA 3MXEA 4RYCA 5P2MA 1YTJA 4NKKA 4FRSA 3CMSA 3O9GA 5P1SA 5P71A 1Z1HA 4M8XA 5P04A 4Y4EA 1NH0A 3SAAA 4Y58A 5P64A 1PSNA 3CIDA 4YE3A 5P5IA 4Z22A 2OHPA 4Y9WA 2AVSA 5P6XA 1YT9A 2G26A 1MT8A 3OU3A 1HXBA 2VIJA 4Y36A 5P2QA 5BS4A 5P03A 4LXMA 3FNTA 4WTUA 5P1NA 5P6ZA 3ZKXA 1HTRB 2IS0A 4Y3ZA 1HIHA 4ZPGA 1G6LA 2V11C 2R3WA 3VCMA 1ZSRA 3S85A 1W6HA 5OZKA 4EJ8A 5P1FA 2QD7A 5P2XA 2EWYA 4I0IA 2NTRA 3K5CA 3NYGA 5P20A 5OZHA 3D91A 2Q11A 4U7QA 5P1DA 2I4DA 5I70A 4DJXA 4D8CA 5KQFA 3SA7A 4X7IA 1TSUA 5HVPA 4Y54A 3TNEA 2ZE1A 5BWYA 3VEUA 5OZ0A 5P5DA 4Y3MA 5P78A 5P85A 4FGXA 2WEAA 1BAIA 5P2JA 1FQ7A 2JE4A 1YG9A 4Y57A 3KFSA 3WB4A 5P2UA 3KT5A 1HXWA 5P6NA 4YD3A 2I4WA 1SP5A 3UDHA 4OD9B 4X2LA 1APWE 5OZNA 3OQAA 5KOQA 3D1ZA 3BVBA 2G1NA 2QNQA 4EYRA 3OHHA 1AM5A 1YTIA 7HVPA 5P31A 4CPTA 1W5XA 2O4NA 5P36A 3IGBA 2Q55A 2R9BA 3CKPA 2P3BB 1MPPA 4Y4ZA 2P83A 4L7JA 5P10A 4HDFA 5HDVA 2FIVA 5P38A 2QI1A 4Y6MA 4I1CA 3ZPUA 4A4QA 5P1EA 5P3QA 3VV8A 2QI6A 2RKFA 5JODA 5P65A 2BPZA 5P3KA 5P5JA 5IS4A 3CKTA 4FM6A 5I3XA 5OZRA 3L5FA 5P1VA 4Y4JA 1LYWB 5OZ5A 4APEA 5P2TA 1EBWA 3O9LB 2QMPA 4FAFA 3R4BA 3MXDA 1RPIA 4L6BA 3L59A 3SO9A 4IVSA 1MRXA 5P50A 3G72A 5OZCA 3TH9A 2QHCA 2BKSA 4YD4A 4AA8A 5P7QA 5P0OA 1AVFA 2QU3A 4J1HA 3OADA 1RV7A 3IN3A 1LYBB 5P7GA 4J1IA 5P6GA 1DIFA 3D3TA 5DR1A 5P1XA 5P8KA 1EAGA 3H0BA 3NDWA 1ZTZA 1XE6A 3H5BA 3PMYA 3SKFA 3HAWA 3UQPA 3ZKMA 1PPME 4I0EA 1YTHA 3A2OA 2V00A 5P6UA 1QS8A 5P7UA 3NR6A 5SY3A 2WEBA 2I4VA 3NU6A 4S1GA 2F80A 2QHYA 3SA6A 2Q63A 1HIVA 5HE4A 2I0AA 4R8YA 4AZYA 2V10C 3UDJA 5P5BA 2AODA 3VSXA 1SGUA 3O9EA 2R5PA 3QI1A 3KN0A 1NPWA 5P8BA 5P2IA 4J1CA 4LXKA 1BWBA 2V0ZC 4DPIA 3HBOA 1KJHA 2B42A 5P8NA 4F73A 3NSHA 4FCOA 5P51A 3PM4A 2BBBA 2AQUA 3INEA 3VF3A 1B6KA 4D88A 5P83A 4DUSA 3GGXA 3DV5A 5OZGA 4Y47A 1MERA 4LC7A 4ZSPA 2B7FA 1T6GA 3IN4A 1QBRA 4I0GA 3ZPTA 5P5NA 2R8NA 5P66A 2ZHUA 2O4LA 4Y39A 3FNUA 4XX3A 5P7SA 3VFBA 2P8HA 2IKUA 5P6SA 4OBDA 5KR1A 1KJ4A 1OEWA 2PK5A 4MC6A 1SDTA 5P8IA 1HTEA 3N4LA 3F9QA 4Y4XA 2IGYA 2ZJIA 3K5FA 4ACXA 3QVIA 4OBFA 4XX4A 5EZZA 5P16A 3WZ6A 3EL4A 4Y3QA 3AUPA 5P5MA 4UPJA 3UTLA 1FG6C 4I8WA 4RCEA 4FAEA 2AOFA 3T6IA 3I2LA 1BVEA 5P0XA 3LHGA 4B0QA 2J9JA 2VA5A 5OZSA 3NXEA 3LNKA 1PSAA 1MT9A 3KA2A 1K1UA 3NUJA 5P2CA 5P08A 4Y5GA 3IAWA 4DJOA 1D4IA 3PI0A 5P8LA 3RU1A 2A1EA 3LZYA 3EKVA 5P1PA 1XS7D 3LINA 4U7VA 4DH6A 3TPPA 3R0YA 1JLDA 4QJ8A 5DR3A 1KJ7A 3BUFA 2UY0A 4HLAA 5P4YA 3FX5A 1K6TA 1FQ4A 3ZPSA 5C9DA 4U8WA 5P5GA 1FFFC 2VJ7A 2ZHTA 4Y3PA 1IIQA 1EC2A 3EKYA 3VV7A 5P1YA 2JYSA 4L1AB 4YHQA 1K6CA 3LPJA 4EQJA 4Y35A 3D1XA 3L58A 4DI2A 5OZQA 5P4NA 4NJUA 5P3SA 5P82A 3KFNA 2PWCA 5P1KA 5P6CA 3OTYA 3UQWA 2VIEA 3QAAA 4RVXA 5P5KA 2AOGA 4HDPA 2ER9E 2QP8A 4EP2A 2F3EA 1BV9A 4LAPA 5P3TA 3Q70A 5DR0A 5HTZA 4OBKA 4FIVA 4TRYA 4Y3TA 1HSGA 2FMBA 1OHRA 4Y3JA 4Y3AA 1J71A 3OK9A 5HDUA 4B05A 1HSIA 2ER0E 5KAOA 4Y4DA 4RGHA 5P4MA 3KYRA 5DQ4A 4I0DA 4Y5PA 4I8ZA 4F76A 5P68A 3GI4A 5P4UA 5P69A 1HTGA 2ZHSA 1QBSA 2QI3A 3B7VA 4R91A 4Y3NA 1EEDP 1A8KA 2FS4A 2JJJA 1QBTA 3K5DA 5OYYA 4MC2A 4H3GA 5P29A 1HWRA 1C6ZA 4QJ6A 5P1LA 5P2BA 2BPVA 1FG8C 3WZ7A 2PH6A 2AOIA 4B78A 4Y4WA 1LF3A 3G70A 2WEDA 3U6AA 3SA5A 1W5WA 3CYWA 1PPLE 4FM7A 3Q5HA 4Y48A 5P49A 1WBMA 4DQFA 5P1CA 3QRSA 2APRA 1FIVA 2R5QA 1T7KA 5CONA 5P0MA 5P2DA 5P58A 3DOXA 3OU4A 4Z4XA 2QD6A 1ODXA 1EPLE 4BFDA 3DCRA 4BELA 5P2ZA 5P7RA 5OZBA 5P7IA 4R95A 1W6IA 4BEKA 4GJBA 4B70A 4DQEA 2HS2A 3UCBA 3KFPA 5KR0A 5P0EA 5P1QA 5P3JA 4EJDA 1QRPE 2P4JA 4E43A 2OHLA 3URJA 4Y5EA 2G24A 3OGQA 1VIJA 3HAUA 4Y3GA 1HVIA 4GJDA 1DP5A 4OC6A 2J9KA 2O4SA 4Y4TA 1MIQA 3PVKA 3IXOA 1F34A 5OZ3A 4Y5KA 3EKPA 5P84A 4Y50A 2WF4A 2O4PA 3VUCA 1BXOA 1HSHA 1LF4A 3K5GA 4NJSA 3QRMA 2FNSA 3PWRA 5P4VA 5ISJA 1F7AA 5AH8A 3UDRA 1E5OE 4FSEA 2RENA 3GGAA 4GJ6A 3APPA 2VJ6A 5P5CA 5P4PA 1TSQA 2R38A 1BV7A 5P0QA 5P4FA 4ER2E 5P6BA 4FE6A 1FQ8A 4TVGA 5P48A 5AGZA 2QAKA 1UH8A 2VIYA 3KDBA 5OYTA 4B77A 5APRE 5OZXA 5P2HA 4J55A 4WY1A 3KM4A 4FM8A 2QCIA 5P86A 3T7PA 4FRJA 3TOFA 5P80A 3S43A 5P57A 4NPUA 3RSXA 2ER7E 1U8GA 3O99A 9HVPA 4FLGA 5P8CA 1MTBA 5P4TA 5F01A 4YA8A 3B80A 5OYWA 5P44A 1IZHA 5P1ZA 5P55A 2G20A 5P47A 1IVPA 5P54A 2ZDZA 2FDEA 3PCWA 5P3FA 4Q5MA 5P6VA 1A30A 5P89A 3HZCA 5P4QA 5ER1E 4APRE 3I7EA 1PROA 2QI7A 3T11A 3ZMGA 5P5RA 4HZTA 4EWOA 3KMYA 5C9BA 4N00A 1QDMA 3NLSA 3L5BA 4Y5NA 5DPZA 5P3XA 5DGUA 5ISKA 4Y3LA 5ENMA 1MT7A 1D4SA 3PI5A 2AZBA 1D4LA 1AIDA 3MSLA 4RVIA 1IZEA 1ZPKA 2FDPA 6UPJA 4J0VA 5P7HA 5P22A 2BPYA 2FDDA 3ZKIA 3SA3A 1B11A 4GB2A 5P4DA 4NJVA 1B5FA 1HVJA 4J0PA 2QI4A 5P4LA 4F74A 4H1EA 2QZXA 3IXJA 4Y44A 4RVJA 3BC4A 5P0VA 5P62A 5P3UA 4OBHA 1SIVA 5P40A 4Q1NA 2ASIA 5OZ4A 4Y51A 5P1RA 3DCKA 5P5SA 4QJ7A 2OHTA 4EHCA 2HPFA 3ZKGA 4PZXA 5I3YA 5P8UA 3SKGA 2QHZA 3PLDA 2OHKA 2AOEA 4OD9A 3OXXA 4Y5CA 3TPLA 5P3PA 4CPQA 4QLHA 2ZJHA 3BGCA 1KZKA 4DQCA 7UPJA 3OQKA 3ER3E 2B8VA 5OZVA 5P7WA 2IDWA 3OXWA 5P02A 1FMUA 3OU1B 5P8GA 1D4KA 2WF3A 3BUGA 5DQ1A 5P8VA 5TOLA 1EBZA 3PHVA 2V13A 3UQXA 1IZDA 1GVWA 4DJQA 2P3BA 3LZVA 4WY6A 3OUCA 3S2OA 2RMPA 3O9HA 1SGZA 3UFNA 3PSGA 4Y41A 1AZ5A 5COOA 5P87A 1ZSFA 5HDXA 5P6KA 1TW7A 3SLZA 3BHEA 5P3LA 4IVTA 5OZ2A 4LBTA 5P2YA 2AIDA 1LYWA 3FNSA 3IVIA 5P6IA 5OYUA 3O9LA 1RNEA 5DQCA 2HIZA 3PRSA 1B6JA 1T3RA 3KDCA 5P6DA 5BRYA 4NJTA 4I12A 2BB9A 3INFA 1EPOE 2RKGA 5P72A 4PEPA 3OUAA 3ZL7A 5P2NA 1FF0C 2VA6A 5P26A 5P8FA 2V16C 5P7DA 1QBUA 4A6CA 3UPJA 4CPRA 5P3ZA 5P3IA 1LYBA 1C70A 1GNNA 5OZEA 1Z1RA 3TOHA 1LF2A 2B8LA 5COKA 2AVOA 3NDUA 1EPNE 3U7SA 3NU3A 5P2KA 2G1YA 5ER2E 3UDNA 1B6MA 1ODYA 2G94A 3S53A 4YDFA 3LIXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ODW A;  5P8M A;  4YOB A;  4ZSQ A;  1BDR A;  5P7N A;  3NXN A;  1E82 E;  1YTG A;  3KDD A;  4TVH A;  4ZIP A;  2PQZ A;  5P88 A;  4JPE A;  1M4H A;  5P1M A;  2AZ8 A;  4JP9 A;  5DGW A;  4YCT A;  5P52 A;  3OUD B;  5IE1 A;  3QRV A;  3IND A;  4H3J A;  1HVL A;  1W5V A;  4XXS A;  3GI6 A;  3TKG A;  5P1G A;  3ECG A;  2BQV A;  1D4H A;  5P3N A;  1AAQ A;  3VF5 A;  2QZW A;  1GNO A;  4ZEA A;  1LS5 A;  3L3A A;  5IVS A;  2NNP A;  4ZPF A;  2OHM A;  1IDA A;  2FXE A;  5P8Q A;  3EKW A;  4Q1W A;  5P5A A;  1ZAP A;  5P12 A;  1HOS A;  4YDG A;  3RTN A;  1T7J A;  2QU2 A;  2A4F A;  3R2F A;  2Z54 A;  5P4Z A;  3LZS A;  3I8W A;  1EPQ E;  3OWN A;  5HCT A;  5P3B A;  5P01 A;  1M0B A;  4YCK A;  1AJX A;  2WJO A;  5P5F A;  5E5K A;  6FIV A;  5P7A A;  3PSY A;  1SBG A;  2F3K A;  4FRI A;  3LIZ A;  4I0J A;  4L1A A;  1YM2 A;  2WF2 A;  3NU9 A;  1GNM A;  3SQF A;  2BJU A;  3IA9 A;  1ZPA A;  4GYE A;  5P79 A;  1LYA B;  3EKT A;  2IL2 A;  3PLL A;  2G1O A;  5HE7 A;  5P19 A;  5J25 A;  4J0Y A;  1ER8 E;  5OZT A;  4F75 A;  5P7M A;  4QGI A;  4J5J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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