2FGVA

X-ray crystal structure of hiv-1 protease t80n variant in complex with the inhibitor saquinavir used to explore the role of invariant thr80 in hiv-1 protease structure, function, and viral infectivity.
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPNPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Role of invariant Thr80 in human immunodeficiency virus type 1 protease structure, function, and viral infectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fgvA00
3UF3A 5P0PA 2R3TA 2QHZA 3S7MA 5I3VA 5P65A 2FLEA 3SKFA 3PCWA 4OBJA 5P6MA 5P7BA 1PPLE 5P3GA 2OAHA 5P2OA 1K2BA 4Y3ZA 5P1OA 5HDVA 1DAZC 1B6MA 3VV8A 5IS4A 5FIVA 4Y3JA 3TNEA 1Q9PA 5P59A 2V11C 1SMEA 5P8PA 3I7EA 4PYVA 4MC9A 2QI5A 1K2CA 4ZLSA 2EWYA 4FM8A 4Y56A 2WECA 1XS7D 4HDPA 1OHRA 1XDHA 4EWOA 5P61A 5P4YA 4LL3A 5P8KA 5OZ5A 3IN3A 1ODXA 3OU4B 3Q6YA 3QI1A 3T3CA 2IKUA 3LZUA 3BHEA 1IVPA 1PPME 5P6VA 3LIXA 3T6IA 1NSOA 1EEDP 2ZHUA 4BFBA 5ISJA 4I0GA 5P0BA 4Y5EA 4Z50A 5P3CA 5P4DA 2FNSA 5P2BA 3SPKA 3SA9A 4U8WA 5P10A 2B8LA 5P8NA 5P8FA 1PSOE 1EPOE 3ZOVA 6APRE 7HVPA 1KJ4A 4ZSPA 2QD7A 3T7XA 3EL1A 5P27A 4OBZA 4AA8A 1SGUA 1NPVA 5P1XA 4APEA 4CPSA 3KFPA 3EL4A 3T7PA 3L38A 3GW5A 2BPVA 5OZVA 3LIVA 4RCFA 3FV3A 4YBFA 4PEPA 5OYQA 5BS4A 4DH6A 5ER2E 4Y5KA 3NU9A 5P80A 3Q5HA 4S1GA 3QIHA 5P0HA 5APRE 2NXLA 2WEZA 2I4XA 5DQCA 5P15A 3EL0A 1HPXA 3OOTA 5AHAA 5OZIA 3WB5A 4Y57A 5P76A 4Y3LA 5P5MA 2A1EA 1SH9A 1BXQA 4K9HA 5P30A 3BGBA 4F74A 2IGYA 5P8VA 3BGCA 1BAIA 5P0FA 1FQ7A 3PEPA 5P81A 2JJIA 5HE4A 5IVTA 5HVPA 5P5OA 1MTRA 3VF7A 3OTSA 4JPCA 4KB9A 4CPXA 4H1EA 5EZZA 4FL8A 1CMSA 4J0YA 2Q15A 3IVHA 5ENMA 5P5NA 3QBHA 4RCDA 1QBRA 4Y3RA 5P5CA 4A6CA 3FNUA 5P5ZA 2IDWA 4DJRA 3BUFA 4Y3EA 4RGHA 5HTZA 3ZKQA 5I3YA 3AUPA 4J5JA 3NU4A 4DQCA 3KMYA 5P3EA 1SIVA 2WEBA 5P1YA 2Q63A 1KZKA 3OQ7A 3FX5A 4KUPA 2QCIA 1EC2A 3OUDA 1K6TA 2OHMA 1EC3A 1HOSA 3HAWA 1AJVA 4U7QA 2ZDZA 4XX3A 3UDMA 5P3OA 1RL8A 3ER5E 2QZWA 4Y4TA 1C70A 3QRVA 3PHVA 5C9BA 4YE3A 1M4HA 3MXDA 4ER4E 4FGXA 1N49A 5P4PA 3UDYA 1GNMA 4Y3FA 4DQEA 1HTRB 2R8NA 4NJVA 4Y4DA 1AM5A 4I8WA 2OHSA 4LAPA 1FFFC 2F3FA 5P4TA 2B7FA 3OU4A 2PWCA 3UDJA 1ZP8A 3QPJA 2BPXA 5P1AA 5P67A 3UCBA 5P28A 5P3ZA 5P52A 5P2AA 4OC6B 2FDDA 1MIQA 4M8XA 3OY4A 3PSUA 5P1RA 4Y41A 4GB2A 3S56A 1HSHA 4CKUA 4UPJA 3S45A 4DUSA 4WY1A 4GJ9A 3R4BA 5P8HA 5P82A 2HM1A 5P03A 5P5LA 3UQRA 1CPIA 1SBGA 5P5WA 1RPIA 5OZZA 4Y3WA 2CENA 1T7JA 4RLDA 2XFJA 4Y5BA 3INDA 2AOEA 5P0RA 1A94A 1HXWA 2NNKA 3CKRA 2QNNA 1D4LA 3SA7A 4LC7A 1YT9A 2HIZA 4EP3A 4D85A 1YX9A 5DQ4A 5DR3A 4Y3DA 4RCEA 4EYRA 1W51A 3F9QA 5P3MA 4Y4AA 5HCTA 2OHLA 1G0VA 3EKYA 5P3AA 1QBTA 5P3JA 4Y38A 5P86A 3EC0A 3SA4A 3O99A 2BPZA 5OZ2A 3IXOA 2F3KA 5OZMA 5P4ZA 4EXHA 2G27A 3RSXA 1MRXA 3ECGA 3S53A 3R0YA 5OYVA 2B7ZA 4Q5MA 4X7IA 5P14A 5AH9A 3QAAA 5P8CA 2BPYA 3OQKA 1AJXA 2PSGA 5EZXA 1MERA 5P17A 5P18A 2FDPA 2QI1A 1T3RA 4Y37A 1EBKC 3IGBA 2BQVA 4EJLA 3LIYA 4Y3NA 3NUJA 3QBFA 4I11A 8HVPA 4AA9A 5P2TA 4ZSRA 2AVSA 5AGZA 5P8TA 5P1QA 5P4UA 1M43A 4RRNA 4PPHA 3NXNA 2OF0A 1GVUA 3OUBA 1G6LA 2ZJNA 1FMXA 3RU1A 3ZKGA 1B6KA 2AODA 2CEJA 5SZ9A 5AHBA 2VA5A 4EJKA 2V10C 4PZWA 5P6SA 2O4LA 1DIFA 1APTE 1ZTZA 2AVQA 4FE6A 4QGIA 4Y5GA 1IDAA 1ME6A 5P49A 1MRWA 1K6VA 2G20A 4YDFA 5P8EA 5KOSA 2JE4A 1TCXA 4ZSQA 1W50A 2ER6E 5P7TA 2G1RA 5KOQA 3L58A 3DCRA 5KQZA 5P3UA 3NDXA 2IL2A 5P4CA 2PC0A 4GJ8A 5P89A 1BVEA 2XFKA 3CKPA 2AVMA 4XX4A 4F76A 5P0IA 4OBGA 5P4VA 1DPJA 3H0BA 5P2JA 3UQPA 4DQHA 2B8VA 1D4JA 5P0NA 4YCKA 3S2OA 1W5XA 5F00A 7UPJA 1UH7A 5P0VA 1HVHA 4Y48A 1EPLE 4RVJA 5P5GA 4DPFA 3PCZA 4Y4BA 1MVPA 3S7LA 2QI0A 2I0DA 5P0JA 4J1IA 1LYAB 3TOFA 3INHA 3G72A 3PI0A 4OC6A 4DJXA 5P0AA 3TH9A 3L5CA 3QS1A 5P4XA 2UXZA 5IE1A 2JJJA 4HEGA 5P5JA 5P3SA 5HE5A 1LEEA 1ZPAA 3HVPA 5OYTA 5P3PA 3C9XA 5P0OA 2G1YA 2AOGA 1HTEA 3UDHA 1D4KA 3OUAA 3VLBA 2FS4A 1GVVA 4Q1NA 2OHPA 3ZKIA 5DR4A 3WSJA 5P85A 2ZHTA 4Y9WA 3DK1A 1LYBB 5P7RA 2QNPA 2NNPA 1CZIE 2V00A 5P7MA 5P8MA 4XKXA 5P26A 4J0PA 5P6FA 2ZHVA 5P3FA 3OK9A 4WTUA 4IVTA 5P41A 2IEOA 2R3WA 5P7NA 4FSEA 5P6WA 4PZXA 5DR8A 4J1KA 5P68A 3NDWA 5P8UA 1WBMA 5P6PA 2QI4A 2QI7A 3DM6A 3IAWA 1HPSA 2VIYA 3LINA 1WKRA 3QP0A 2PQZA 3CIDA 5P6TA 3OU1B 4DFGA 5KQYA 5P1DA 3SQFA 1EBZA 3L5DA 4J1EA 5ISKA 2WF4A 4LXMA 5P5DA 5SXNA 4HVPA 1EBWA 4ZPFA 4D88A 2V16C 3SAAA 1MEUA 1HIHA 3O9GA 3VF5A 5OYSA 5P8DA 2HS1A 3DUYA 5P0MA 3PLDA 3KF0A 4LXKA 1JLDA 4TRYA 4Y47A 4AUCA 5P2HA 1FQ5A 2P3CA 3OUDB 1EC1A 1W6HA 2I1AA 2WEDA 4Z4XA 4FSLA 5P8GA 3PWRA 2RENA 5P32A 1ZJ7A 4Y53A 4NKKA 5OZ7A 5OZPA 4ZE6A 1XN3A 3N4LA 2NMZA 2QZXA 5P7VA 1META 5IVSA 1FQ8A 5P5YA 3JVYA 4QJ8A 1NPAA 4B1EA 1EPNE 5I3XA 5COKA 4HDBA 3TTPA 3L5FA 1MPPA 4HA5A 3EKWA 5P5IA 2MIPA 1XL2A 3CYWA 2I0AA 1RNEA 5P16A 4Q1WA 1J71A 5KR2A 1KJGA 4QJAA 5P7WA 5B18A 1FIVA 5P7HA 4Y45A 5ER1E 3EM4A 3KT2A 5P4IA 2F8GA 4ACUA 4I1CA 4B1CA 5HE7A 1ZSRA 4B00A 3MXEA 1TQFA 5P54A 3PB5A 3WZ7A 4NPTA 1QBSA 3SM1A 5P6KA 2NXMA 3K5CA 1TW7A 2QZKA 1HXBA 1HIIA 5HCOA 4J0TA 3SA6A 2QNQA 5P7AA 1LYAA 1QRPE 1MSNA 5P4BA 1FGCC 1IBQA 3APPA 4FRSA 5P83A 1BVGA 5P2DA 2IRZA 1IZIA 4BEKA 2I4VA 4DI2A 5P77A 2NR6A 2Q64A 4R5NA 5HD0A 5P2NA 4Y5NA 3D3TA 5P1IA 5P3WA 1YG9A 3S54A 4B0QA 2CEMA 3TPJA 1HWRA 3UTLA 5P8LA 3B80A 3EBZA 1LYBA 4J1CA 2WJOA 4Y3XA 5P7GA 2QMGA 3MSJA 4H3FA 5P05A 1E80E 1SIPA 3Q70A 4TRZA 4Y5LA 4D83A 3K1WA 5P5EA 2HS2A 5P44A 1LF3A 3SABA 5DR7A 5DR1A 3BVAA 1GVTA 4COEA 4YD3A 5P8IA 2WF3A 3QRSA 3TKGA 5OZLA 3UQWA 2B60A 3N3IA 4Y51A 1TZSA 3GI6A 3L5BA 1K1UA 5P2LA 3OU1A 2O4SA 5P6ZA 3O9EA 3BUGA 3UDNA 5P3XA 4B1DA 4FAFA 5P1TA 5E5KA 2RMPA 3MSKA 1K1TA 5OZDA 3IXKA 1BDLA 2WKZA 3ZL7A 3NUOA 5P0SA 3CICA 5P12A 4Q1YA 1HPVA 2AVOA 3BVBA 3KA2A 5P6CA 1APVE 1XL5A 4K4RA 3BRAA 3VCMA 5P53A 3OXXA 3KDBA 1IZEA 2G22A 2Z54A 5P5XA 4J17A 3O9IA 4ER1E 5P23A 3S8IA 3KYRA 4NJUA 1XE5A 4OBHA 4EXGA 5E5JA 5P43A 1PROA 1BXOA 4Y54A 1F34A 5P1UA 2OHNA 5P71A 1D4IA 5HDZA 1BDQA 3I6OA 2WEAA 1FMBA 5P3NA 3SA3A 1Z1RA 4F75A 3NYGA 4L1AB 5P5UA 3PGIA 1YM4A 3OU3A 3ST5A 3Q4BA 2VNMA 5P13A 4QJ6A 5P35A 1HPOA 5P20A 2AZ8A 2QU2A 5P62A 2AZ9A 5P8BA 3KFNA 4B77A 1FEJC 3VG1A 4TVHA 3O9HA 5P1JA 2R43A 2AOFA 2QU3A 1HBVA 1OD1A 2ZYEA 3IXJA 3RTMA 3BUHA 4GZFA 5P0XA 3GGXA 5P55A 3CYXA 5P6LA 4EHCA 3ZPTA 4GYEA 4RZ1A 1FQ4A 1PSNA 3EXOA 5P24A 3GGUA 5KR8A 3PLLA 5P08A 3NDTA 4I0IA 1BWAA 4EQJA 4Y6MA 5P87A 1ZPKA 2OHQA 2BBBA 3CIBA 1MESA 4OBKA 4HZTA 2ER9E 5OZSA 5COOA 2I4DA 5P7KA 3G70A 5P2IA 3OADB 2BB9A 3R2FA 4I0EA 4MC2A 4Y5CA 4Y3TA 5P79A 2AZBA 5P3TA 4GJBA 4J0VA 2QZLA 4K8SA 4RVIA 5HU0A 1ZSFA 1FF0C 3VF3A 3D1ZA 3ZPSA 2F81A 1HSGA 5OYYA 4FRKA 1C6XA 1HVIA 2R9BA 3HW1A 3ZKMA 2BPWA 5P69A 2HB4A 4RYCA 1IIQA 5P46A 4DJPA 1FKNA 2QHCA 4CPQA 5P5VA 5P57A 1E81E 5P6UA 1LF2A 1EAGA 1SGZA 5P7LA 2V13A 5P3VA 5P4RA 5P0CA 1A8KA 5P73A 4H3IA 1BWBA 2ANLA 5P6AA 5OZYA 2FMBA 2QMDA 5P6QA 5OZTA 3HBOA 2NPHA 5P1EA 3H5BA 5KQXA 5P34A 3VYDA 4Y58A 4DQGA 3VV7A 5HU1A 5P7YA 1IVQA 5OZAA 3IA9A 5P2GA 2AQUA 3RTNA 3SO9A 3VYFA 3U6AA 3FNTA 5J25A 4ER2E 5UPJA 5P4OA 5P4NA 4FM6A 1K6CA 4Z22A 5IVRA 4MC6A 3EKXA 5P4QA 5P4AA 5OZFA 2HC0A 3OQFA 5P1MA 4E43A 2AOJA 2P3AA 3ZPUA 5P42A 1BBSA 4J54A 4EP2A 2A4FA 5P2RA 3LPKA 5P6YA 5P6OA 4YHQA 5TOLA 2FNTA 4CPRA 2FGUA 3HLOA 3VEUA 3LZSA 3KT5A 1HVLA 3ZLQA 2AOHA 4ZPEA 3JW2A 5P4FA 3TOGA 1HTFA 5P1KA 5P7OA 5I3WA 1UH9A 3I8WA 4L1AA 1EPME 1EPPE 4YD6A 1KJFA 5P7DA 2UY0A 2VIJA 3PSYA 3OXVA 1LYWA 4KE0A 2ZJMA 5P5SA 4YCYA 1LZQA 5P7CA 3EL9A 1PFZA 2I4UA 2PH6A 3APRE 2JXRA 2P3DA 1MSMA 5P6NA 2XYFA 1XE6A 3GGAA 3QN8A 3EMYA 3PMYA 2G26A 3TOHA 4BFDA 1BDRA 3VSWA 1EC0A 3PRSA 5CLMA 4Z2ZA 5P0KA 1LF4A 4LHHA 1ZLFA 6UPJA 1FG8C 2WL0A 4QJ9A 1IZHA 1VIKA 5P2MA 3QROA 4Y35A 3TL9A 5P47A 3D91A 4LP9A 1Z1HA 4TVGA 4I0HA 2ZJKA 4FCOA 5JFPA 5P70A 5P0TA 5P3RA 3SFCA 1F7AA 1UH8A 2IQGA 4N00A 5OZEA 1GVWA 2B42A 4QLHA 3VSXA 1M0BA 5P31A 4FRJA 3OADA 4QJ2A 2QMFA 4DV9A 1D4YA 5P4LA 4CMSA 5P6JA 2QHYA 3NSHA 5KR0A 3K5FA 5P3YA 5P2YA 4ZSMA 2AZCA 1K6PA 4R8YA 1MT8A 5OYRA 3EKTA 5P5QA 3LHGA 4I8ZA 5P63A 3S85A 3INFA 1QS8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UF3 A;  5P0P A;  2R3T A;  2QHZ A;  3S7M A;  5I3V A;  5P65 A;  2FLE A;  3SKF A;  3PCW A;  4OBJ A;  5P6M A;  5P7B A;  1PPL E;  5P3G A;  2OAH A;  5P2O A;  1K2B A;  4Y3Z A;  5P1O A;  5HDV A;  1DAZ C;  1B6M A;  3VV8 A;  5IS4 A;  5FIV A;  4Y3J A;  3TNE A;  1Q9P A;  5P59 A;  2V11 C;  1SME A;  5P8P A;  3I7E A;  4PYV A;  4MC9 A;  2QI5 A;  1K2C A;  4ZLS A;  2EWY A;  4FM8 A;  4Y56 A;  2WEC A;  1XS7 D;  4HDP A;  1OHR A;  1XDH A;  4EWO A;  5P61 A;  5P4Y A;  4LL3 A;  5P8K A;  5OZ5 A;  3IN3 A;  1ODX A;  3OU4 B;  3Q6Y A;  3QI1 A;  3T3C A;  2IKU A;  3LZU A;  3BHE A;  1IVP A;  1PPM E;  5P6V A;  3LIX A;  3T6I A;  1NSO A;  1EED P;  2ZHU A;  4BFB A;  5ISJ A;  4I0G A;  5P0B A;  4Y5E A;  4Z50 A;  5P3C A;  5P4D A;  2FNS A;  5P2B A;  3SPK A;  3SA9 A;  4U8W A;  5P10 A;  2B8L A;  5P8N A;  5P8F A;  1PSO E;  1EPO E;  3ZOV A;  6APR E;  7HVP A;  1KJ4 A;  4ZSP A;  2QD7 A;  3T7X A;  3EL1 A;  5P27 A;  4OBZ A;  4AA8 A;  1SGU A;  1NPV A;  5P1X A;  4APE A;  4CPS A;  3KFP A;  3EL4 A;  3T7P A;  3L38 A;  3GW5 A;  2BPV A;  5OZV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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