2FIVA

Crystal structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
VGTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLNTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the inactive D30N mutant of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate and an inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 29
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fivA00
1SGUA 2ANLA 2EWYA 3OOZA 3GW5A 2ZDZA 3D91A 5P63A 3NLSA 2BB9A 2NTRA 5IS4A 3HDKA 2QI0A 5P6GA 5P5XA 5P1PA 3K5DA 5AH7A 4DJOA 4CPWA 5OZXA 3QRVA 3PVKA 3O9LB 4FRJA 4KE1A 3KFPA 5DQ4A 1EEDP 2I0AA 2PH8A 1K1UA 2BQVA 3LPKA 2G1NA 3L3AA 4XKXA 4EHCA 1HIVA 1LV1A 2IEOA 2P3BA 4FRSA 5P23A 1MTBA 5P16A 4Y3RA 4OBZB 1K2CA 1ZP8A 4N00A 5P5AA 2VA5A 2QNQA 5HU0A 5P5CA 2VKMA 5JG1A 5P7WA 5P3DA 2R9BA 2OHUA 2I4QA 3ZKMA 1E82E 2FIVA 5DQCA 4F73A 3I8WA 3PSGA 4M8YA 3UQXA 5P7YA 2V10C 4B77A 5HE5A 2ZHVA 4DQHA 4Y4DA 3T7PA 5P4KA 4Y9WA 4EJKA 1K2BA 4I12A 3LZYA 5BS4A 4OBGA 4ZPGA 1PSAA 4I0IA 1ZPAA 4AA9A 3HW1A 4YD7A 5P4QA 3UDQA 3HBOA 4FE6A 5EZZA 4PZXA 4R92A 1RQ9A 5OYZA 3SAAA 1MESA 4K4PA 1LYWB 1FFIC 2RKGA 5P6WA 5KR1A 4PZWA 1E80E 2QHCA 5P2SA 1LEEA 4Z50A 1NPWA 1RPIA 2P8HA 1PSNA 4Y48A 2V16C 1GVTA 1SIPA 5P5VA 5AHBA 5OZ0A 4GJ5A 5P1SA 5P2UA 3OQKA 2G1RA 5P6KA 2JYSA 2HM1A 1EPLE 1ZSRA 4JECA 3PGIA 5P25A 3OQFA 4Y53A 3VYDA 2R38A 2V00A 2ZYEA 3R2FA 5P7UA 2JXRA 2AVVA 5P7VA 2QI1A 3S56A 4L1AA 4Y47A 1EPME 3TKGA 3T7XA 5P8SA 3OUCA 4RVIA 5HTZA 2PWCA 4Y3PA 5P3MA 2NR6A 3BC4A 2G21A 3OQAA 4EP3A 5P4JA 3UFLA 4FM7A 4X7IA 1FIVA 2IGXA 3BVAA 1FQ8A 1EBZA 5P5FA 3M9FA 3PLDA 4OBDA 1HTFA 5P3BA 5P43A 1LYAA 5P4MA 3ZMGA 5P3IA 3O9BA 5P4EA 4B1EA 3VUCA 4EP2A 2I4WA 4PEPA 1VIKA 5P1WA 5P01A 3JW2A 4CMSA 4PHVA 4FL8A 5P6DA 3HAWA 3QAAA 1PROA 4Y4BA 5P1GA 5P3XA 2OHMA 5P3JA 2VJ6A 4FRKA 3ST5A 2ER0E 4Y5MA 5P33A 2B8LA 1HVHA 3Q70A 2QD8A 3HD8A 2F80A 3VG1A 4LC7A 1APUE 3OAGB 3VLAA 5OZ2A 4YD4A 3BGCA 2RKFA 3UDMA 5P4VA 2QZXA 5P4OA 2HPFA 3G70A 3UHLA 4Y3JA 2A4FA 3O9CA 2BKTA 5KAOA 2ZHRA 3O9LA 4D8CA 3O9EA 4Y4AA 1UH9A 5P7LA 2PK6A 4Y5BA 3BUFA 4YOBA 4RYGA 4NJUA 2BPXA 4RGHA 4Q1XA 3UDPA 3PB5A 4GYEA 5OZ7A 3QS1A 5OZSA 2UPJA 4L7JA 1BWAA 1W5YA 4CKUA 5JODA 2VJ9A 4YD6A 1K6CA 5P2LA 4GB2A 4A6BA 1D4LA 5P87A 7UPJA 3VF7A 2OHTA 4MC9A 5ENMA 5HDXA 4DH6A 4Q5MA 3BHEA 2ZGAA 3EL5A 4Y3DA 5P1QA 2PSVA 4X2LA 2I0DA 5FIVA 2HPEA 2CEJA 3BVBA 3QROA 2HB3A 1A8KA 2J9JB 3OADA 4Y4WA 1IDBA 3OU4A 5P2HA 5P4HA 3QP0A 5AH8A 5P8LA 5P0CA 5OZCA 3OGPA 2VIJA 3PMYA 3WZ8A 4Y3FA 1HSGA 2WEZA 1HRNA 1GVXA 5P0LA 1BDLA 1GVVA 4Y3TA 5P4IA 4H3GA 1SGZA 5P5UA 5P8TA 2HS1A 3C9XA 1XE5A 2FXDA 3FIVA 3KFNA 3KF0A 4GZFA 2AOCA 3INHA 1HIHA 1SMRA 1FG8C 3APRE 5SZ9A 3U7SA 3R1GB 5P2KA 3NU4A 4Y3WA 2Q11A 1BVEA 3LIVA 5OZAA 4ER4E 3PSYA 1NH0A 5HDZA 1QBSA 4B1DA 4GIDA 1FMUA 5F00A 3PMUA 2NXLA 5P2JA 2WECA 5P7QA 1B6MA 3ZOVA 1NSOA 4RLDA 1OEWA 5P2FA 5P0MA 4IVSA 1B6LA 1HVIA 5CLMA 4DJYA 5DGUA 1ODYA 1AVFA 3EM3A 5P88A 5HCOA 5OYYA 5P3LA 5P54A 1FQ5A 1BAIA 5OZ4A 5P6AA 5P35A 3UQWA 4K9HA 3S2OA 4TRWA 2QHZA 3KFSA 4H3FA 1T6EX 5P0AA 5P62A 4Y5GA 4Z22A 5P5RA 5P69A 1T7IA 4FSLA 1HVRA 5P8UA 3MXEA 3OHFA 5I3XA 5P6EA 3GGAA 3DUYA 3H5BA 3ER3E 5COOA 5P4DA 5HD0A 3UTLA 5OZ8A 2FNSA 1HTGA 4I0ZA 1D4SA 4TVHA 2QI7A 2B7ZA 2ER7E 2PSGA 3L59A 4Y58A 1PPKE 2VS2A 3IA9A 3QBHA 2AOHA 3QBFA 2FMBA 2Z54A 1B5FB 1ZTZA 5DR1A 5P0SA 5DR4A 5P0DA 3VV7A 5P7IA 5PEPA 1IBQA 5P6NA 3SA6A 5P3AA 5P27A 2QU3A 3OQ7A 4Y56A 5P38A 3CKTA 4GJ9A 4DUSA 4OC6B 3DV5A 1HPXA 5P68A 5P0JA 1LS5A 5IVRA 2RSPA 3VFBA 2OHLA 4QGIA 5P40A 1F34A 3PI0A 1D4IA 1PSOE 3OU1A 4U7QA 4KUPA 3PEPA 1W6HA 4LXMA 4BELA 2NNPA 2ZHUA 5P04A 3LIZA 5P06A 5P3FA 5P4PA 2AOIA 4L7GA 1ZJ7A 2IDWA 1B6KA 4J54A 3LIYA 3GGXA 5P31A 1BWBA 3D1YA 1E81E 2QNNA 2AOGA 5P0UA 5P0BA 1XL5A 1NPVA 1BXQA 5AHCA 5AGZA 4CPQA 4Y36A 2IS0A 5P6UA 1M4HA 3IVHA 5P10A 4DJUA 1MVPA 3TPRA 5P58A 5IVQA 5P67A 4A6CA 4RRNA 4CPRA 3VSWA 3O9HA 4DQGA 3TL9A 5P4CA 3L5CA 5AH6A 2AVQA 3NYGA 1DPJA 5P3EA 4B70A 2NNKA 4LHHA 2B42A 3PSUA 3KT2A 4Y5LA 4LP9A 3DK1A 5P7EA 4Y57A 3FNUA 3SA7A 4PPHA 3I25A 5P5SA 2H6TA 1EPRE 4K4QA 5DQ1A 4DJRA 5P22A 1LYBA 2OHQA 5P6PA 3O99A 3LIQA 3DM6A 4OBFA 3NWQA 3GI0A 3LNKA 2FNTA 3ZPTA 1EC0A 1KJFA 1W51A 5P29A 3BRAA 5HVPA 2Q3KA 3LIXA 2RENA 3T11A 3PCZA 5OZQA 2Q54A 4MC1A 1N49A 4FRIA 2IRZA 1D4JA 1HWRA 1APVE 1TSQA 2JJIA 5P02A 5C9DA 1FMXA 3DV1A 5HU1A 1D4YA 1T7KA 3NU6A 2BPYA 1F7AA 1AM5A 4EJLA 5P2BA 4Y3LA 4RCEA 3S8IA 3UDYA 2F8GA 1YTJA 2QCIA 2QMGA 5P3CA 1W6IA 5P6TA 3OHHA 2Q5KA 5ISJA 5OZ1A 4TRZA 1IVQA 5P7NA 5P7HA 5P0PA 4CPXA 3SA9A 5P6IA 2QI5A 3D3TA 1FQ7A 5ER1E 3VFAA 1IZIA 5OZ9A 1HVCA 1ODWA 1T6GA 3INEA 1XL2A 5OZDA 1KJ7A 5P18A 1W50A 3TPLA 5E5KA 4I0EA 4GJAA 5P6SA 1DAZC 2WEBA 4Y3AA 2FLEA 2QI4A 4HVPA 1A8GA 1GNMA 4LAPA 5P32A 1B11A 3FV3A 2P3AA 4J1EA 5P0QA 1BV7A 1UPJA 5I3WA 1AAQA 3LPIA 1HXWA 5P3WA 2UY0A 3AUPA 5P72A 5P71A 3ZPUA 3SPKA 4J0PA 1QS8A 5P3HA 5P8VA 5P85A 5P81A 5P7ZA 4F75A 4Y4GA 4BEKA 4DJVA 4FSEA 2G1SA 5P49A 3LINA 2PYNA 5AHAA 3UDKA 1DMPA 1HSHA 3R4BA 2IENA 5P56A 5P8GA 3ZKIA 1HTRB 5P5MA 2WF0A 1DIFA 3KDCA 1EC3A 1QBUA 4ZE6A 5P8JA 1XN3A 3S7MA 4YDFA 4J0TA 5B18A 4FLGA 3EXOA 2WF1A 5P1AA 3WZ6A 2O4KA 3PRSA 5P6YA 5P1OA 3OXCA 5P30A 5HE7A 3HLOA 2AOJA 2WF3A 4LBTA 5P00A 4D85A 4Y3MA 3SA8A 2Q55A 3CYWA 4Y4ZA 1RL8A 5OZKA 1EC1A 2V11C 5P6VA 1EBKC 3DJKA 1YM2A 1Z1HA 3EKTA 3DCRA 3CICA 5P8HA 1ZSFA 3SA4A 4MC2A 2XYFA 2O40A 5P7XA 3T6IA 5HDVA 1HXBA 5P1NA 3BUGA 5C9BA 2I4UA 3HVPA 3LZVA 5P5DA 5P7DA 2WF4A 3ZKGA 5P41A 4I8WA 4CPUA 4R91A 5P2OA 5OZOA 5P3GA 4J0ZA 5P65A 2OHNA 7HVPA 5T4SA 5P4NA 3OTSA 5P0YA 5E5JA 2VNNA 5OZ6A 2ZJLA 5P7GA 4JP9A 4J1KA 4XX3A 3INFA 3EKWA 3Q3TA 2OHKA 5P66A 3OXVA 3N4LA 4Z4XA 5P0XA 1ODXA 2NMYA 5P4BA 5P0WA 3MSLA 5P82A 1D4KA 3MSJA 5P59A 5P4WA 3VF3A 4RRSA 2UXZA 4FAFA 3PHVA 4ZSPA 5OYXA 3KMYA 1MSNA 5P46A 3SM2A 3VYFA 3HVGA 3S43B 1FLHA 5P70A 4EJDA 4J17A 2QMFA 2AVSA 5P7BA 3NUOA 5P4SA 4KE0A 5P4TA 5P53A 2VA7A 1IVPA 5P7JA 3OUDB 1TZSA 4K4RA 1YTGA 2O4LA 1GVUA 3URIA 2AZ8A 3KYRA 5P1ZA 4Q1WA 4OBZA 5HDUA 2XFKA 1IZDA 2F3FA 5OYSA 4I1CA 4JOOA 1C70A 2Z4OA 1MSMA 3ECGA 2R5PA 3EKVA 4Y3SA 3VSXA 2XFJA 4EYRA 2Q15A 3MSKA 5COPA 4IVTA 3I6OA 3IXJA 5P80A 5P44A 1FEJC 5P5YA 4GMIA 2V12C 4I8ZA 4Y39A 1BVGA 5P2VA 4B0QA 1SDUA 4I10A 4I0GA 1HVJA 1DW6C 4HEGA 3IN4A 5P5TA 4Y41A 5P77A 5P13A 3UDJA 1APWE 3LPJA 3OK9A 5P50A 5P4RA 4OBJA 3CKRA 5BRYA 1HSIA 4J5JA 4E43A 2OHSA 4Y3NA 2ZJIA 1BDQA 4F74A 4EXHA 2R3WA 4TRYA 3L5DA 1BBSA 4TVGA 4APRE 2HB2A 2B8VA 5DR0A 1LYWA 3O9DA 3GI6A 5OZFA 4EXGA 2OAHA 1KJGA 4FCOA 1JLDA 1K1TA 5ENKA 4FM8A 2R5QA 2PWRA 5ISKA 3UQUA 3VF5A 3IVIA 3KT5A 5P5BA 4COEA 3EM6A 3SFCA 1EAGA 1T3RA 4WTUA 5SXNA 1C6YA 3S7LA 2PQZA 5P2AA 5P15A 5P7AA 5P8PA 5P8DA 3WZ7A 3EKYA 5P3VA 5OYQA 1E5OE 5P6LA 3BXSA 3K5FA 2ZJNA 2VA6A 5P20A 3O9IA 5SY3A 4WY6A 1YX9A 1ZAPA 3G6ZA 1QRPE 2VIYA 1IZHA 1GVWA 2B60A 3I2LA 5P73A 3BXRA 5P3NA 3UF3A 1MRWA 2O4SA 5P5WA 3OUAA 5P52A 5OZPA 1FQ6A 5P1XA 2PSUA 2ZE1A 2WF2A 5P3RA 1EBYA 1RV7A 2P3CA 4DQCA 2NMZA 1FF0C 1B6PA 4ZEAA 3NU5A 5AH9A 4HLAA 4I11A 5KR8A 1C6XA 5P34A 5IE1A 5P0TA 1NPAA 1AIDA 5P55A 5P0NA 4GJ6A 3EKPA 3I7EA 4YOAA 3PWWA 1W5WA 2P3BB 3OWNA 2XYEA 3ZL7A 3QRMA 5P3ZA 5KOSA 5OZZA 1YTIA 1BIMA 1U8GA 4YBIA 4AUCA 4M8XA 1YG9A 4Y43A 5P09A 1MERA 2BJUA 2IQGA 3H0BA 3WB5A 5J25A 2G24A 4J1IA 5P2QA 1SIVA 3UDNA 3JVWA 5P1HA 4I0JA 1META 3FKTA 3OAGA 4ER1E 2G1YA 1EPPE 2PK5A 5P0OA 4DJWA 3TPPA 4HA5A 5KQZA 2HS2A 4Y4XA 4OD9B 1GKTA 4YHQA 5P74A 4Y5NA 5P11A 5P14A 2ZJHA 4NPTA 4QLHA 1AJXA 2BKSA 2FDDA 4RZ1A 4KB9A 1Q9PA 4ZLSA 5P4LA 3PLLA 4H3IA 4R8YA 2WKZA 1HEGE 2WL0A 5P03A 1SP5A 1SDVA 1A9MA 4CPSA 2QNPA 4Y6MA 2NXMA 5P8NA 2AIDA 5OYVA 2G27A 1QBTA 1IZEA 5IVTA 5SY2A 1LF3A 5OZNA 3O9GA 5P6ZA 4YA8A 3U71A 5OZJA 5P4UA 1FB7A 3WSJA 4NJVA 3FNSA 5P8IA 5P0KA 5P7PA 5P57A 3VCMA 2ER6E 2QHYA 3QVIA 5P7RA 5P5NA 6APRE 2J9JA 2MIPA 5P2IA 4CPTA 2PH6A 5P7OA 5F01A 5P8CA 1IDAA 3NR6A 2AQUA 1HVSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SGU A;  2ANL A;  2EWY A;  3OOZ A;  3GW5 A;  2ZDZ A;  3D91 A;  5P63 A;  3NLS A;  2BB9 A;  2NTR A;  5IS4 A;  3HDK A;  2QI0 A;  5P6G A;  5P5X A;  5P1P A;  3K5D A;  5AH7 A;  4DJO A;  4CPW A;  5OZX A;  3QRV A;  3PVK A;  3O9L B;  4FRJ A;  4KE1 A;  3KFP A;  5DQ4 A;  1EED P;  2I0A A;  2PH8 A;  1K1U A;  2BQV A;  3LPK A;  2G1N A;  3L3A A;  4XKX A;  4EHC A;  1HIV A;  1LV1 A;  2IEO A;  2P3B A;  4FRS A;  5P23 A;  1MTB A;  5P16 A;  4Y3R A;  4OBZ B;  1K2C A;  1ZP8 A;  4N00 A;  5P5A A;  2VA5 A;  2QNQ A;  5HU0 A;  5P5C A;  2VKM A;  5JG1 A;  5P7W A;  5P3D A;  2R9B A;  2OHU A;  2I4Q A;  3ZKM A;  1E82 E;  2FIV A;  5DQC A;  4F73 A;  3I8W A;  3PSG A;  4M8Y A;  3UQX A;  5P7Y A;  2V10 C;  4B77 A;  5HE5 A;  2ZHV A;  4DQH A;  4Y4D A;  3T7P A;  5P4K A;  4Y9W A;  4EJK A;  1K2B A;  4I12 A;  3LZY A;  5BS4 A;  4OBG A;  4ZPG A;  1PSA A;  4I0I A;  1ZPA A;  4AA9 A;  3HW1 A;  4YD7 A;  5P4Q A;  3UDQ A;  3HBO A;  4FE6 A;  5EZZ A;  4PZX A;  4R92 A;  1RQ9 A;  5OYZ A;  3SAA A;  1MES A;  4K4P A;  1LYW B;  1FFI C;  2RKG A;  5P6W A;  5KR1 A;  4PZW A;  1E80 E;  2QHC A;  5P2S A;  1LEE A;  4Z50 A;  1NPW A;  1RPI A;  2P8H A;  1PSN A;  4Y48 A;  2V16 C;  1GVT A;  1SIP A;  5P5V A;  5AHB A;  5OZ0 A;  4GJ5 A;  5P1S A;  5P2U A;  3OQK A;  2G1R A;  5P6K A;  2JYS A;  2HM1 A;  1EPL E;  1ZSR A;  4JEC A;  3PGI A;  5P25 A;  3OQF A;  4Y53 A;  3VYD A;  2R38 A;  2V00 A;  2ZYE A;  3R2F A;  5P7U A;  2JXR A;  2AVV A;  5P7V A;  2QI1 A;  3S56 A;  4L1A A;  4Y47 A;  1EPM E;  3TKG A;  3T7X A;  5P8S A;  3OUC A;  4RVI A;  5HTZ A;  2PWC A;  4Y3P A;  5P3M A;  2NR6 A;  3BC4 A;  2G21 A;  3OQA A;  4EP3 A;  5P4J A;  3UFL A;  4FM7 A;  4X7I A;  1FIV A;  2IGX A;  3BVA A;  1FQ8 A;  1EBZ A;  5P5F A;  3M9F A;  3PLD A;  4OBD A;  1HTF A;  5P3B A;  5P43 A;  1LYA A;  5P4M A;  3ZMG A;  5P3I A;  3O9B A;  5P4E A;  4B1E A;  3VUC A;  4EP2 A;  2I4W A;  4PEP A;  1VIK A;  5P1W A;  5P01 A;  3JW2 A;  4CMS A;  4PHV A;  4FL8 A;  5P6D A;  3HAW A;  3QAA A;  1PRO A;  4Y4B A;  5P1G A;  5P3X A;  2OHM A;  5P3J A;  2VJ6 A;  4FRK A;  3ST5 A;  2ER0 E;  4Y5M A;  5P33 A;  2B8L A;  1HVH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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