2FIVA

Crystal structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
VGTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLNTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the inactive D30N mutant of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate and an inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 29
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fivA00
3MSKA 2IKUA 1BWAA 2F3KA 5OZ0A 5HCTA 1ME6A 1PROA 3I25A 5SY3A 3RVIA 2R5PA 3K4VA 4MC6A 4BEKA 3ZPUA 2AVOA 4EWOA 3OQ7A 5P0JA 2G94A 4FM7A 5OZ4A 4FSEA 1MERA 4ZIPA 5P3GA 2G69A 5I3WA 1T6EX 1IIQA 5P1BA 2PK6A 3JW2A 4QJ9A 5BS4A 2H6SA 7UPJA 1W5WA 3L5EA 1ZSRA 1EC0A 2ZGAA 4Y4JA 3UDPA 4DJXA 4Y4WA 3C9XA 1SMEA 3OK9A 2OHUA 3KM4A 2PMAA 1FB7A 4Q1XA 3M9FA 5HCOA 5P48A 1ODXA 2NXDA 4BFBA 5P52A 5P5TA 3K5DA 5P0DA 4I12A 3SA9A 1CMSA 5P5IA 5ENMA 5SY2A 5P4XA 5P6JA 1A9MA 4EJLA 4D88A 4NJSA 3DOXA 5DR7A 2RMPA 4B77A 5P74A 5P0EA 2WEAA 4Y3MA 3GGVA 1G35A 4Q1YA 5P4QA 1EPPE 2XFKA 4BFDA 5P0KA 4J54A 4COEA 3IVIA 5P8EA 3FNTA 5P0GA 1ZPAA 3OQDA 5P5PA 1HPXA 2G1OA 5KOQA 4Y3RA 1LV1A 4TRWA 1F34A 2AZ8A 5JFUA 2VJ7A 2OF0A 5P23A 5P8QA 4A4QA 5IE1A 2PH8A 5OZVA 5E5JA 3PSGA 4AA9A 1PSNA 1G0VA 3ZPSA 5SXNA 2P3AA 4Y4XA 3BXRA 1EPOE 1EC2A 1T7IA 4YCTA 5P7SA 2VIYA 2G1NA 5OZGA 1F7AA 5P56A 1MTRA 3SPKA 1C6YA 4FRKA 1HVCA 4TVHA 4YBFA 4LL3A 1G2KA 3UDKA 4Y54A 4DQFA 1LYBA 1RV7A 3TPPA 2J9KA 5P5BA 3LPKA 3PLDA 2VS2A 5T4SA 5OYYA 1YT9A 3D1XA 3NWQA 4OC6A 4Y35A 4Y47A 1W5XA 4Y5KA 1HPVA 4JOOA 5OYZA 5P2FA 1K2CA 3PB5A 2QMGA 3BUFA 1BVEA 3TKWA 4ZSMA 4CKUA 5P2GA 3WB5A 1W5VA 3EM4A 5P0YA 5P4WA 3FNSA 2CEMA 5KQFA 3VYFA 4EJDA 3K5GA 4WTUA 4RZ1A 4YD3A 1PPLE 4Y5NA 4YOAA 4EQ0A 1K1UA 4Y45A 5P4JA 4B1EA 3CYXA 5OZ8A 3CIDA 5P12A 4FRSA 1ZP8A 4Y4BA 4PZWA 2OAHA 5P8UA 2O4NA 2WKZA 4Y3AA 5OZTA 4ER4E 3DV5A 1PPME 5P6XA 4YOBA 1UH7A 5UPJA 4EPJA 1B11A 3HAWA 5P38A 2G24A 1SGUA 3EMYA 3PBDA 3ZKIA 5P4BA 3D20A 1HSGA 4QJ7A 2R43A 4DJPA 1APVE 3T3CA 3O9HA 5DQCA 3NU6A 5P5UA 5AHCA 4RROA 5P67A 2ZJLA 3LITA 3ZL7A 3ST5A 3OQFA 4CPTA 2FIVA 5SZ9A 3UPJA 4KE1A 4I0EA 2B8LA 1FQ6A 3VF5A 4XX4A 1QBUA 1Z1RA 2V11C 4OD9A 4YD6A 1QBTA 4I0DA 5P2AA 2FGVA 5P8OA 3AIDA 3T7XA 3S54A 2V00A 5P2EA 3G72A 1HVIA 1LEEA 5P1VA 4B72A 1FQ5A 3RTMA 5OYVA 3BVAA 3HD8A 3VG1A 1ER8E 1BWBA 3OGQA 5EZZA 3CKRA 4FM8A 3DUYA 2J9JA 2QD8A 2XYFA 1W6HA 4TRYA 5P1TA 1FQ8A 5P7WA 1UH8A 3OXVA 5P2WA 2WHHA 5P55A 4CP7A 4M8XA 5P7CA 2O4KA 2BPXA 4HEGA 4Y44A 5P6SA 4BELA 2VIEA 3VV6A 4Y5GA 1APTE 5P1ZA 5P3RA 4F76A 5P77A 5P61A 4ZSPA 5HTZA 4EP2A 5P3YA 5P50A 5IVQA 2F3FA 4D8CA 1B6PA 4J55A 5P7OA 4Z2ZA 1A8KA 2QZLA 4ACUA 1AXAA 1MVPA 5P7YA 3R2FA 2HC0A 4B78A 1B5FA 2QP8A 3OUCA 3GI6A 1LYWB 1T7KA 3IGBA 1U8GA 2P3DA 3EM3A 2FDDA 5P2ZA 2RENA 5P46A 3UQPA 4Y3JA 5P5MA 5P3CA 5CONA 2JYSA 3D1YA 4GYEA 3SQFA 3VEUA 1OEXA 2FGUA 2NXLA 5I70A 5KOSA 4OBHA 5P4NA 3WZ8A 5OZLA 5P5VA 2BJUA 3INFA 5OZHA 4PZXA 3R0WA 4H3IA 4Q5MA 1YTHA 3DK1A 2HB3A 5P7RA 4DJVA 3NXEA 3QRVA 3UQXA 5P6EA 5P1RA 1AM5A 4DJRA 4DQGA 5P0RA 1GNMA 1BILA 1IZIA 5P0MA 2AZBA 3K4VC 4APEA 3PBZA 1FMBA 4GZFA 3WSJA 2G1RA 1GVWA 2G27A 1XS7D 5OYUA 2HB4A 4Y3PA 3RU1A 1A30A 3OOZA 4NKKA 5P1JA 3OXWA 1FFIC 4Y3DA 5P2UA 5P73A 3U6AA 5P60A 2AVMA 2AIDA 4Y5BA 4CPWA 1DW6C 5P4SA 4EP3A 3QRMA 3PI5A 4OBJA 5P7BA 1HIHA 4AZYA 3NUJA 5P34A 4GJ5A 4K9HA 2NMZA 5P6MA 5KQZA 5ISJA 5P00A 4Y3QA 3HDKA 5P2JA 1YTGA 2QNNA 3LZVA 4A6BA 2JXRA 3NDXA 2JJJA 3D3TA 3EL5A 4FRJA 5P2TA 4QLHA 2BPWA 1EEDP 5P2QA 4I8WA 3BUHA 3KDBA 3S43B 5P43A 2UPJA 1DMPA 3KMYA 5OZAA 3B80A 5COKA 5BWYA 4I0IA 4J0YA 4Y4ZA 4ZPEA 4LAPA 1D4LA 5P81A 4H1EA 2FLEA 5P6RA 5P5OA 4B00A 2F8GA 2Q11A 1ENTE 1E82E 4U7QA 3H0BA 4Y5CA 3BC4A 2AZ9A 2OHLA 4YD7A 5P1CA 2Q3KA 1AJXA 2B60A 2PWRA 1ZPKA 1RNEA 5P4TA 1HSIA 3VLAA 5HDZA 3ZKGA 2UXZA 5AH9A 1HVSA 3OUDB 5OZZA 3EKYA 2R9BA 1FKNA 3QVIA 2WEZA 2ZJNA 4J1EA 5P3BA 5P8KA 4NJTA 5P71A 4Y5LA 2I0DA 1KJ7A 4XKXA 2G22A 1TSQA 5P1HA 1DPJA 5P7KA 3INHA 3Q5HA 3NYGA 4PYVA 4APRE 2AZCA 5P49A 4HVPA 3EL9A 1HPSA 1LYAB 3HVGA 5P6ZA 4RVXA 1J71A 3VLBA 3GI4A 1WKRA 4HZTA 5HDXA 5P0CA 3L38A 3IXKA 2ZHRA 5OYSA 4DV9A 5C9DA 3R4BA 4CPRA 5P04A 5P0IA 4DVFA 1CZIE 5P45A 1UPJA 5P7GA 3TOGA 5P2MA 2V16C 1KZKA 5P6NA 1EPLE 5P8LA 4B70A 2VJ9A 4B0QA 1WBKA 5P4DA 5KR0A 3HW1A 1UH9A 2BPYA 3VYDA 4Y50A 3MWSA 5OZOA 2HS2A 5KR1A 4I11A 1G6LA 5P1MA 3S7LA 2WEBA 3PGIA 4YHQA 4I0GA 2VIZA 4KB9A 2G20A 2OHPA 4Q1NA 2I4WA 4Y3NA 5C9FA 5P0LA 3S8IA 4B05A 2FNTA 3TPJA 5P2VA 1BXQA 3G70A 1YTIA 5I3YA 4YD5A 5P0TA 3O9FA 1M4HA 3IA9A 2NTRA 5KR2A 4HDFA 4YCKA 3VF7A 3OY4A 1QBRA 5OZRA 1HVKA 4J1FA 5P8MA 4GJ7A 3HZCA 5OZ1A 1BVGA 1E81E 3KMXA 5E5KA 2AVVA 5P2IA 1EPNE 3Q70A 1MESA 2PC0A 1ODWA 5P65A 3UFNA 3NDWA 1K6TA 4Y3WA 3FX5A 5P4RA 2V13A 4DQHA 3PHVA 4H3GA 5P7LA 3VSXA 5HE7A 5P6AA 1M0BA 3PSUA 2VA7A 2I4DA 2QZWA 1IVPA 3NLSA 3OQAA 3WB4A 5P6DA 3OQKA 1FMXA 2QHYA 3TOHA 5DQ1A 5P70A 3GGUA 5AH8A 2QU3A 2JE4A 4UPJA 4R5NA 2Q15A 4IVSA 5P6TA 2AOFA 3UDJA 3CICA 4X7IA 3QS1A 5P4AA 2A1EA 5P10A 3U71A 5P6HA 2R38A 5P3AA 5P6YA 1MPPA 4X2LA 1DIFA 1SP5A 4Y53A 4QJ8A 5P28A 2VNNA 1GVTA 5P8IA 4IVTA 1A94A 2B7ZA 1GNNA 3DCKA 3ZOVA 5P5HA 3ZKMA 2F3EA 4AA8A 4Y9WA 3EKXA 5OZ6A 3KT2A 3O9EA 1NPWA 4Y43A 4B1DA 5P8JA 1FF0C 4F75A 5P6PA 5P3OA 2Q5KA 4HLAA 2O40A 1HOSA 1IZEA 2IKOA 1C6ZA 3VYEA 5P8HA 3O9IA 4DJOA 1QS8A 4JECA 3URIA 3LZSA 5HU0A 5B18A 4U8WA 4HDBA 3LIYA 4Y3EA 5P2NA 3EKTA 4LXKA 5P07A 2QMPA 1BIMA 3ZKNA 3VV7A 2I1AA 1AVFA 3SA7A 5P01A 4Q1WA 1T7JA 2V12C 5P41A 2FXEA 2PYMA 5P6GA 1SGZA 4EJKA 3TOFA 5C9BA 2VA5A 2I4QA 1B6KA 3DM6A 2I4VA 5P3HA 3IXOA 2QD6A 4YBIA 3GI5A 5P80A 2AOCA 4WY1A 8HVPA 2PYNA 2CENA 3QP0A 1BAIA 1NH0A 5P8SA 5P1AA 1HSHA 3DV1A 1BV7A 2QZXA 3LINA 5P2HA 2WJOA 2P83A 1YTJA 5P5NA 5P69A 5P72A 5P63A 2BB9A 3T11A 3INDA 2QCIA 1D4JA 4I1CA 5P5YA 3MXDA 1E5OE 2Q54A 3A2OA 5P3MA 1SBGA 3R1GB 4LHHA 3UDNA 2XYEA 4N00A 3OGPA 3CKPA 4TRZA 3PCZA 5P4KA 3LHGA 4EYRA 2IEOA 5P5GA 4Y3YA 2QAKA 5DQ2A 1MUIA 4OBZB 5P3FA 2HM1A 3S7MA 1XL5A 2VJ6A 5DR4A 5P4PA 5FIVA 1D4IA 3K5FA 5P0PA 3KFSA 4ZLSA 3UDMA 5P59A 3SACA 2Z54A 1LYWA 3NU5A 4Y51A 4ER1E 2WF1A 4RVIA 4L7HA 5P7VA 5P7IA 1SH9A 4CPSA 4J0VA 1D4KA 5OZ2A 5P4FA 5F01A 3O9LB 3BXSA 3RTNA 5P1GA 5P85A 4Y3SA 5P7ZA 5P6OA 5P3KA 2PWCA 5DR8A 2FS4A 5P40A 5P0NA 3K1WA 4Y4TA 5P8GA 1PFZA 2RKGA 1EBYA 5F00A 3BVBA 3IVHA 5P36A 2HAHA 2BKSA 5P2KA 4Y3FA 1GVVA 5P14A 3BGCA 3OAGB 3TPLA 2NXMA 3GI0A 2QD7A 4Y4DA 2QZKA 3UQRA 5P3TA 2PH6A 5HDVA 5P1WA 1MEUA 3OOTA 2MIPA 3RSVA 2VKMA 3EM6A 5P1LA 3KFRA 5P76A 5P1XA 5TOLA 1KJGA 5P2RA 3TTPA 2R3TA 2OHKA 3PLLA 4FSLA 3UDYA 3T6IA 1XN3A 2ZHSA 2BKTA 1T3RA 2VA6A 3WZ7A 1AIDA 2FDPA 5P0ZA 2IS0A 3G6ZA 5DR3A 4J0PA 3OU1B 5OZXA 3ZKXA 2AVQA 5P1SA 1RQ9A 3MSLA 1DAZC 3PWMA 2NR6A 4Y5PA 4KUPA 5P30A 3TL9A 3EKQA 3KDCA 4YD4A 2QI4A 5IVSA 3EXOA 4Y56A 4Y36A 1XL2A 3OU4B 1ZAPA 2B8VA 3URLA 1NPAA 1MT9A 2AOGA 3IN4A 4K4RA 5P5QA 1FQXA 3S43A 5JODA 3NU4A 3SAAA 5P54A 2QMDA 3OADB 3OWNA 5P4CA 5DPZA 2ANLA 3OTSA 3DJKA 4K4PA 1Z8CA 5P7AA 5P5LA 2PK5A 4HE9A 5P8FA 5P8NA 2AOEA 4RCFA 4Y37A 1VIJA 5HDUA 1BDRA 3S45A 5P7QA 1SIVA 4FM6A 3OUAA 2WF4A 5P2DA 5P87A 3OUDA 5P5SA 1GVXA 5P4UA 3SM1A 2B42A 5P39A 3LPJA 4DJYA 3T7QA 4Y4GA 2ER7E 5APRE 4Y6MA 5OZDA 4LXAA 4Y41A 3PMUA 4PHVA 2AOHA 2IGYA 3ZKSA 3BRAA 4CPUA 3Q6YA 2HPFA 4FIVA 4FE6A 3EL1A 4J0TA 4Y39A 1DP5A 5P1IA 3APPA 4Y5MA 5P32A 1LYAA 4FRIA 5HE4A 3INEA 3K5CA 2ZYEA 4I10A 1XE6A 2G1YA 5I3XA 2ZJMA 4D83A 5ER2E 5OZJA 3TKGA 2OHMA 4YA8A 4Y5EA 1HBVA 3QBFA 5P1KA 1EPRE 5P22A 3PMYA 4LC7A 5P1DA 5IVTA 4AUCA 5P5AA 1EC1A 5OZ5A 3B7VA 5AHBA 3QRSA 5P0AA 2OHNA 4ZSQA 5P5CA 5P20A 1HVJA 1Z1HA 3LIXA 2IGXA 4NJVA 5P53A 5P5FA 2V10C 2ZJKA 3UHLA 5COPA 1SDUA 6FIVA 5P1NA 2BBBA 5P2BA 4D85A 2G1SA 4RCDA 3NUOA 2PSUA 3PEPA 2H6TA 1EBWA 1B6JA 2CEJA 5ISKA 3O9AA 3N3IA 3SABA 5P35A 1TCXA 2WECA 3D1ZA 3L59A 5P5KA 1MSNA 1RPIA 2RSPA 3CYWA 4Y58A 5ENKA 5KR8A 3EKWA 5P3LA 5P33A 5P03A 5P3IA 4GJ9A 4H3JA 3PJ6A 4I0JA 5P31A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MSK A;  2IKU A;  1BWA A;  2F3K A;  5OZ0 A;  5HCT A;  1ME6 A;  1PRO A;  3I25 A;  5SY3 A;  3RVI A;  2R5P A;  3K4V A;  4MC6 A;  4BEK A;  3ZPU A;  2AVO A;  4EWO A;  3OQ7 A;  5P0J A;  2G94 A;  4FM7 A;  5OZ4 A;  4FSE A;  1MER A;  4ZIP A;  5P3G A;  2G69 A;  5I3W A;  1T6E X;  1IIQ A;  5P1B A;  2PK6 A;  3JW2 A;  4QJ9 A;  5BS4 A;  2H6S A;  7UPJ A;  1W5W A;  3L5E A;  1ZSR A;  1EC0 A;  2ZGA A;  4Y4J A;  3UDP A;  4DJX A;  4Y4W A;  3C9X A;  1SME A;  3OK9 A;  2OHU A;  3KM4 A;  2PMA A;  1FB7 A;  4Q1X A;  3M9F A;  5HCO A;  5P48 A;  1ODX A;  2NXD A;  4BFB A;  5P52 A;  5P5T A;  3K5D A;  5P0D A;  4I12 A;  3SA9 A;  1CMS A;  5P5I A;  5ENM A;  5SY2 A;  5P4X A;  5P6J A;  1A9M A;  4EJL A;  4D88 A;  4NJS A;  3DOX A;  5DR7 A;  2RMP A;  4B77 A;  5P74 A;  5P0E A;  2WEA A;  4Y3M A;  3GGV A;  1G35 A;  4Q1Y A;  5P4Q A;  1EPP E;  2XFK A;  4BFD A;  5P0K A;  4J54 A;  4COE A;  3IVI A;  5P8E A;  3FNT A;  5P0G A;  1ZPA A;  3OQD A;  5P5P A;  1HPX A;  2G1O A;  5KOQ A;  4Y3R A;  1LV1 A;  4TRW A;  1F34 A;  2AZ8 A;  5JFU A;  2VJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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