2FNSA

Crystal structure of wild-type inactive (d25n) hiv-1 protease complexed with wild-type hiv-1 nc-p1 substrate.
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of substrate recognition by drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease variants revealed by a novel structural intermediate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fnsA00
3OHHA 3HBOA 1D4YA 3OU1B 3EL5A 2JE4A 2UXZA 2B8VA 5C9FA 4Y3DA 4GJ9A 3OUDB 5P0DA 3EL4A 1D4SA 1EPLE 5P62A 1HOSA 4Y3TA 5OYYA 4Y3XA 3VV6A 2I0AA 4OBZA 3O9LB 5P7DA 3OQAA 3CIDA 4J5JA 2P3DA 3FIVA 3RTNA 3G72A 5IVSA 2Q15A 2NNKA 2ZHRA 1AVFA 5HDZA 5P2EA 1T3RA 5P7JA 2PMAA 5P4TA 4Q1XA 2BPWA 5P1ZA 2QNQA 5AHCA 3TTPA 3LIVA 8HVPA 5OZNA 4WY6A 3KN0A 1RL8A 3PWWA 2QMGA 1HEGE 2VNNA 1AAQA 4AMTA 2V10C 3BUHA 2ZHSA 3PMUA 3FNUA 3PI5A 3QBFA 2NXLA 5P44A 1VIKA 1E5OE 4HDBA 3NWXA 2G21A 1FQ8A 3VV8A 3S7MA 4Q1NA 1SDTA 3QVCA 5P1DA 5P3VA 5P41A 4DJUA 4I0IA 1D4HA 2F3FA 3KT5A 4XX3A 2Q5KA 2F3EA 3EKTA 5P7KA 4ER1E 4FRKA 5P8MA 5P6BA 4Y50A 4LXKA 5OZWA 2OHNA 2WL0A 3UPJA 1SGZA 4LAPA 1BVEA 2FDPA 2HAHA 2HPEA 1AXAA 5OZAA 5P28A 4ZPFA 5P56A 4J0ZA 2OHRA 5P3ZA 2VIEA 3URLA 1OEXA 5P31A 2MIPA 1BXQA 4I8WA 1ODXA 3UFLA 5P2BA 4HVPA 4Q5MA 1LYAB 2J9JA 5OZMA 1FMXA 5P1YA 3BVBA 3ER3E 3LZUA 3IN4A 3DK1A 2AIDA 1MIQA 1AJVA 4N00A 1W5WA 4B77A 5P45A 5DQ4A 4DJRA 3C9XA 5P38A 2P3BA 4DPIA 3K5CA 3ZPTA 4QJAA 4RRSA 3S85A 1IZDA 3BXRA 4ZSQA 5P8BA 2BKTA 2ASIA 5P1SA 4X2LA 4K4RA 4BELA 5P1UA 5OZ4A 3INEA 1HHPA 5P25A 4XXSA 5P3HA 5OYXA 2FDDA 1ZSFA 3D20A 4QJ8A 3EL1A 1YX9A 4Y3YA 5ISKA 1NH0A 2IRZA 2ZJMA 2ER0E 3PVKA 5P2IA 1XE5A 2G24A 4H1EA 4J1IA 4J0VA 5P4VA 5P32A 3T6IA 1IDBA 3OXXA 4UPJA 3SQFA 3NDXA 1CPIA 1SP5A 2CENA 3EBZA 3EKYA 1EC3A 5P1XA 2AOHA 2HS2A 2QZKA 2PSGA 5P3FA 3L5FA 4Y5NA 4EHCA 4RRNA 2P3CA 3PI0A 3DCRA 3DUYA 5P10A 3EKWA 1HTGA 3OGPA 1B6KA 4D89A 1IVPA 3LPJA 3OADA 3NLSA 4OBJA 5P5IA 4I0HA 6UPJA 2PYNA 5EZZA 5P2RA 1KJ7A 6FIVA 5BRYA 1MT8A 2R3WA 3VLAA 3KFRA 5P8PA 2G26A 3KFNA 1APVE 4KB9A 5P37A 1QBRA 5OZKA 2ER6E 5KAOA 3ZL7A 5P2ZA 3K1WA 1K2CA 5P53A 5P6WA 2PK6A 4R92A 4Y4ZA 3LZSA 3OAGB 5OYQA 3QROA 2QU2A 4U7VA 3NDTA 3HD8A 2ZJIA 4JP9A 5P0MA 5P6HA 4CP7A 1MTBA 4Y3RA 2I4WA 5P81A 2QNNA 3ZPSA 5IS4A 4DQHA 3HVPA 1EC1A 1ZP8A 1BBSA 1QBTA 2F8GA 3LIXA 1EEDP 3K5GA 3QPJA 3IVHA 5P63A 7UPJA 5P7EA 5P5QA 2UPJA 3ZLQA 1DW6C 3OTSA 3LITA 2WECA 3TOHA 4B0QA 2R5PA 3CYWA 5P5GA 1BVGA 3S7LA 3IN3A 1ZPKA 4Y3SA 5P3AA 4EJKA 2FS4A 2G1SA 3D91A 4APEA 1ZJ7A 2ER9E 4FAFA 4R8YA 5P03A 2FLEA 3O9FA 5PEPA 4YBIA 5P55A 2O4KA 5AH7A 5P5AA 4EWOA 4H3IA 5P0TA 5P0FA 5P4XA 5P6RA 5P3OA 5P3UA 3KYRA 3GGAA 4D8CA 3S2OA 5P8OA 5OZEA 2IENA 2AZCA 5OZ5A 5P3GA 1LS5A 5P5EA 3NUOA 4FSLA 5P43A 1NPVA 3CYXA 5HD0A 2WHHA 2VIYA 5P74A 3D1ZA 3OY4A 4B00A 4PZXA 5P5HA 1F7AA 1A94A 1B6JA 2RENA 4Y6MA 5P4GA 4J1EA 5P2KA 2FXEA 2QZWA 4Z50A 1UPJA 3NUJA 2FDEA 2IGYA 4HEGA 3GI4A 4Y5MA 3SA9A 4Y4GA 2V13A 4RROA 2OF0A 2VKMA 2ZHUA 5P1BA 5P0QA 4D88A 4E43A 3OU4A 4Z22A 5P5WA 3OHFA 2FXDA 4F73A 4OC6A 3NWQA 3OU3A 5I3XA 3UQRA 1TZSA 5HE7A 3KFPA 2WEAA 4I0JA 5P7QA 3D3TA 5P8CA 4PHVA 5AH6A 3TL9A 5P8HA 2VJ7A 5OZFA 5P2JA 2PWCA 4DUSA 5P4JA 4Y3NA 5TOLA 4L1AB 3K5DA 5SY2A 2WJOA 4U8WA 4EXHA 3SO9A 1EC2A 5OYUA 3KT2A 5P76A 5P6IA 1YTHA 6APRE 3BXSA 5P3NA 3TPJA 5P00A 5P5YA 3S43A 3UQWA 5OZ3A 1LF2A 1LV1A 4J1FA 3OXWA 4YHQA 1K1UA 5P49A 4I0GA 3ZKMA 5P6TA 5P0EA 5P1FA 1SMEA 1HVCA 2AOFA 1MEUA 4JECA 5P73A 3NU3A 4B1EA 2QD7A 3VYDA 2B7ZA 2QHZA 5P07A 2OHPA 4DVFA 3DM6A 3LPIA 3T11A 3BGCA 4J1CA 4I0ZA 5DQCA 2P3AA 5P2VA 5OZUA 5DR1A 4Y56A 1EBZA 5KR2A 4X7IA 3MWSA 3JVYA 2VA7A 1FMUA 5OZSA 5P5BA 4CPSA 2A4FA 1ENTE 3ER5E 4GB2A 1C6YA 1PPKE 1M0BA 3TOGA 2NNPA 1FQ6A 5P3TA 2XFIA 4TRWA 5OZYA 2A1EA 2FNSA 5OZ7A 2PH6A 3UDMA 2BJUA 1KJHA 3L5BA 3EXOA 3D1YA 5OZOA 4F75A 4RZ1A 2BQVA 5T4SA 5OZ6A 1ODWA 1SIVA 2Q3KA 1HXBA 1WBKA 4R95A 5P1WA 4Y3FA 4WTUA 3FV3A 2AVQA 2B8LA 4H3FA 4I0FA 5P0GA 1FQXA 3L59A 5COPA 1A8KA 2R9BA 1A8GA 1TCWA 3SA6A 2VA5A 1FG8C 5DR7A 5P1NA 5P4RA 4EYRA 5P6PA 3UQXA 4B72A 1DPJA 4QJ9A 2QMFA 4Y4JA 2R5QA 3ECGA 4KE1A 5P0CA 4LBTA 3L5DA 2IQGA 4Y48A 3R2FA 1LYBA 3Q70A 3TLHA 4GJ6A 4Q1WA 4AA8A 1W51A 5P8RA 2AOEA 1HEFE 3FX5A 4NPTA 4Y36A 3U71A 1HVKA 4AUCA 3TPPA 1KJ4A 4I10A 1BWAA 3NYGA 3UDPA 5P1QA 1APWE 1B5FA 1MRXA 1AZ5A 2WF0A 4Y53A 2Z4OA 1FF0C 5P2QA 2BPXA 3BRAA 2WEZA 1IDAA 3WZ8A 4J1HA 2P83A 4RGHA 3PGIA 5KQXA 5KQYA 4ZPGA 5P80A 3O9IA 5P09A 2BB9A 3Q4BA 4DJOA 1LYWB 4GJCA 5P71A 3UDRA 4J0TA 5P4DA 4DH6A 3ST5A 4Y41A 4OBZB 3EC0A 5FIVA 2ZJHA 4NJSA 1YTGA 5E5JA 4D83A 1QDMA 4NPUA 3PWRA 1YM2A 1D4KA 4JOOA 4U7QA 1GVWA 4FM6A 3GGUA 1XL5A 5P2MA 1EPOE 4QGIA 5OZXA 5P65A 4Y4AA 1F34A 2ZJNA 2HB2A 5P20A 3RVIA 4GMIA 3OUDA 5P6NA 3QS1A 2IKOA 2JJIA 5P0ZA 3EKQA 5C9DA 5HCOA 5P42A 1FFFC 1MERA 5P4UA 1PSNA 2ZHTA 4GJ8A 1AJXA 5EZXA 1QS8A 3L5CA 2PSUA 3NXNA 3VEUA 3PEPA 3L38A 4XKXA 5AHBA 3ZKNA 1DIFA 3O9AA 4K4QA 4EQ0A 4FGXA 2EWYA 5IVRA 4PZWA 5P7UA 3BGBA 2WKZA 5UPJA 4TVHA 2FNTA 5OYTA 4Y3QA 4ZEAA 5P6OA 5OZ1A 5P8VA 5J25A 5P8EA 2O4PA 4FCOA 3LHGA 1XN3A 1HTEA 3S8IA 1YT9A 3SKGA 5P5PA 4DJPA 3NDUA 5HVPA 4I0EA 5CONA 3SFCA 2I4DA 5P6UA 2FMBA 2J9JB 2AODA 5P1PA 1FQ5A 3UDNA 2WF1A 4Y5EA 1W6IA 2BPZA 1BDRA 1HXWA 3SM2A 3NR6A 2P8HA 1EBWA 5P0SA 5P0BA 4B1CA 1CMSA 4CMSA 1K6TA 2AVVA 5OZ2A 3SLZA 5P6YA 1ZSRA 2R43A 3MXDA 4DQEA 3EM6A 4Y3MA 2NPHA 4Y47A 3QAAA 2FGVA 3KDCA 3ZPUA 1BIMA 5P86A 4K8SA 5DQ2A 3UDKA 5P17A 2G27A 2IS0A 4LHHA 3EM4A 4Y58A 1MSNA 4GJAA 5P4LA 2OHQA 5P1MA 5P52A 1HIHA 2QD6A 1MVPA 1YTIA 5P7HA 5OYZA 4RLDA 3Q5HA 1A30A 3VF7A 3SM1A 5P40A 1K6VA 1YTJA 3VV7A 5P5CA 2G94A 1K6PA 3BC4A 1SGUA 5P83A 5P6SA 1PROA 3LPKA 4FE6A 5P4CA 5P82A 3RTHA 3DV5A 5OZVA 3GW5A 1D4LA 4Y38A 1GVXA 3OWNA 5P5FA 3VFBA 1W5YA 5P77A 3WSJA 2XFJA 2RSPA 1DMPA 1MRWA 3SABA 4GZFA 2AZ9A 4Y5PA 1PPLE 2Q64A 5P5NA 2R38A 1RV7A 3L58A 4YD5A 4RCDA 5P7TA 2ZGAA 4DI2A 4DQGA 3OADB 4YCKA 5P1KA 5P0HA 3PCWA 5P4MA 5AGZA 1SMRA 5P3SA 3ZOVA 5P4SA 4J54A 3QN8A 5DR8A 5P72A 5P23A 5P04A 1SIPA 3EL0A 3UDHA 2QNPA 5P54A 3PCZA 5AH9A 3URIA 3VF3A 3ZKGA 2ZJKA 5P8JA 1A9MA 5COKA 5OZBA 5P57A 4J0YA 5P6AA 1EPME 3CMSA 1ODYA 4M8YA 4Y4BA 2ZJLA 1HIIA 5P2DA 3ZMGA 5P7LA 5CLMA 4QJ7A 5P8IA 3TKWA 3OUAA 2WF3A 2QI1A 1GKTA 2AVMA 1EAGA 1M43A 3VF5A 5P4FA 5P3CA 5OZLA 5OYWA 3UFNA 5P4OA 5P3JA 3OAGA 3TPRA 3NU4A 3CKTA 1B11A 5P13A 5OZZA 1LZQA 1TCXA 1ER8E 2G1OA 2I4QA 4BFBA 4LC7A 3EKVA 1WKRA 1N49A 4ZIPA 2PSVA 3S56A 5P5LA 2QZXA 3HZCA 4GJBA 5P0NA 1HRNA 2H6TA 5COOA 1GNOA 1MTRA 3MSJA 4ACXA 2QCIA 3DJKA 3BUFA 5P6QA 2AOGA 3SAAA 3RTMA 4CKUA 5P0UA 4RVJA 5P7VA 5P6VA 5P3IA 1Z1RA 5P88A 3G70A 2BPYA 2WF2A 3OQ7A 5P1OA 4MC1A 4IVSA 3CICA 1B6PA 4Y5AA 4EJLA 5ER1E 5P5DA 4DJWA 4MC9A 5DQ1A 1GVUA 5P4YA 3F9QA 3UCBA 3URJA 5P8TA 3ZKXA 4LXAA 1T6GA 2PQZA 5APRE 4I12A 4RYCA 5P7YA 3TNEA 4KUPA 3UQUA 2QHYA 4Y44A 5KOQA 3IAWA 3VFAA 4LL3A 2HC0A 5F01A 5P84A 5P58A 3IA9A 1EPRE 2CEMA 3FNTA 5P0LA 5HU1A 4FAEA 5P89A 3SKFA 4DJXA 1KZKA 1K2BA 5P2SA 4EP2A 4MC6A 4Y3ZA 1E80E 1XS7D 5P67A 5P79A 2PYMA 2I0DA 4I8ZA 5P5JA 1E81E 2QMDA 3GGVA 5P6KA 3AIDA 3QI1A 5P33A 2QI5A 3CKPA 4CPWA 3PHVA 3I6OA 1LF4A 2ZYEA 5P4PA 5P2TA 5P7SA 1QBSA 1W5XA 2JYSA 1C70A 1KJFA 4Y37A 4CPQA 2UY0A 4FSEA 5P6XA 2G1RA 4HE9A 4B78A 5OZ0A 2F81A 2G69A 1TSQA 3MXEA 4L1AA 5P2UA 4Y4TA 4Y3JA 5P1EA 3OUCA 1PSOE 2BKSA 2ANLA 3EKXA 5P0IA 1UH8A 1BV9A 3FSMA 4ACUA 1FFIC 4GJDA 4DQBA 2V11C 2PC0A 1HPXA 2VIJA 4Y5CA 5P39A 5P4AA 5P3LA 3I2LA 4YCTA 2F80A 5JG1A 3PSUA 5DQ5A 2VIZA 5P7XA 2B60A 4B05A 3TPLA 1HBVA 4FIVA 3IGBA 5P85A 3QIHA 2V12C 3PRSA 5P3YA 2RKFA 5OZHA 2JXRA 1IIQA 3HVGA 4CPUA 2RKGA 3GGXA 2APRA 2WF4A 3I8WA 5KOSA 2NXMA 5P05A 2QD8A 3I25A 1ZBGA 3NDWA 4PEPA 3U7SA 5AH8A 4OD9B 1GVTA 2AVSA 4B1DA 5P0OA 1DP5A 5P5TA 4LXMA 2IEOA 3K4VC 5ISJA 3R0WA 5HU0A 3INFA 4Y35A 2HS1A 2VJ6A 5OZ9A 5P7AA 1AIDA 4S1GA 4QJ2A 4D85A 1BAIA 5P2GA 4J0PA 5P7PA 1GNMA 2WEDA 5IVTA 4TRZA 5P8LA 1EPPE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OHH A;  3HBO A;  1D4Y A;  3OU1 B;  3EL5 A;  2JE4 A;  2UXZ A;  2B8V A;  5C9F A;  4Y3D A;  4GJ9 A;  3OUD B;  5P0D A;  3EL4 A;  1D4S A;  1EPL E;  5P62 A;  1HOS A;  4Y3T A;  5OYY A;  4Y3X A;  3VV6 A;  2I0A A;  4OBZ A;  3O9L B;  5P7D A;  3OQA A;  3CID A;  4J5J A;  2P3D A;  3FIV A;  3RTN A;  3G72 A;  5IVS A;  2Q15 A;  2NNK A;  2ZHR A;  1AVF A;  5HDZ A;  5P2E A;  1T3R A;  5P7J A;  2PMA A;  5P4T A;  4Q1X A;  2BPW A;  5P1Z A;  2QNQ A;  5AHC A;  3TTP A;  3LIV A;  8HVP A;  5OZN A;  4WY6 A;  3KN0 A;  1RL8 A;  3PWW A;  2QMG A;  1HEG E;  2VNN A;  1AAQ A;  4AMT A;  2V10 C;  3BUH A;  2ZHS A;  3PMU A;  3FNU A;  3PI5 A;  3QBF A;  2NXL A;  5P44 A;  1VIK A;  1E5O E;  4HDB A;  3NWX A;  2G21 A;  1FQ8 A;  3VV8 A;  3S7M A;  4Q1N A;  1SDT A;  3QVC A;  5P1D A;  5P3V A;  5P41 A;  4DJU A;  4I0I A;  1D4H A;  2F3F A;  3KT5 A;  4XX3 A;  2Q5K A;  2F3E A;  3EKT A;  5P7K A;  4ER1 E;  4FRK A;  5P8M A;  5P6B A;  4Y50 A;  4LXK A;  5OZW A;  2OHN A;  2WL0 A;  3UPJ A;  1SGZ A;  4LAP A;  1BVE A;  2FDP A;  2HAH A;  2HPE A;  1AXA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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