2FNSA

Crystal structure of wild-type inactive (d25n) hiv-1 protease complexed with wild-type hiv-1 nc-p1 substrate.
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of substrate recognition by drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease variants revealed by a novel structural intermediate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fnsA00
5SY2A 5P50A 1QS8A 2OHQA 5P36A 1TCWA 4D85A 5P5GA 5B18A 5HDUA 5OZPA 4Q5MA 3EM4A 2SAMA 4Y3JA 5P8NA 3UDMA 4CPQA 1HVRA 4Q1WA 4TRWA 5P40A 5P13A 4J0ZA 2WEZA 5P01A 5KR1A 3O9BA 1K2CA 1QBUA 3EM3A 4Y3EA 5IVSA 1PSAA 5P6TA 2WF4A 3L5EA 5P0IA 2QZLA 1K6PA 3WB5A 1SH9A 5P7NA 3OQFA 4H3IA 3SKFA 5P74A 1G6LA 1E80E 2ANLA 4Y3NA 5P0NA 3TPPA 5P2WA 5P3QA 4Y4GA 5HTZA 3K5DA 5P41A 3SA8A 2NMZA 5ENKA 4H3FA 5P7RA 2AOJA 5DPZA 4Y47A 4RZ1A 1B6PA 3OADA 1DMPA 4OBDA 5P5KA 3GI6A 3WB4A 5OYVA 3EL0A 3K5GA 5P2YA 2Q54A 4Y5EA 3ZPUA 3VYDA 1TQFA 3OXWA 5OZSA 2AODA 4QJ8A 4I0DA 5P3AA 5P2IA 4NJTA 5P1LA 4X7IA 2O4NA 5P6EA 2V0ZC 4JPEA 3EKXA 4NPTA 3EL9A 1CZIE 2XFIA 2H6SA 3BVBA 1YTJA 1EC0A 3VYFA 4Y5GA 3OQAA 5P4FA 3PWWA 3HAWA 1K1TA 1GVTA 4Q1NA 5IE1A 3ZKGA 1ODYA 2NPHA 2QNQA 4I11A 3S43A 5P6KA 3T7QA 5P3ZA 5P4EA 1UH7A 1K2BA 5AH9A 3LHGA 2QD6A 5P0AA 5P5ZA 5OZJA 1SIVA 4I1CA 3VF7A 4Y4WA 1BXQA 3PRSA 1D4HA 1EBYA 4R91A 3S54A 1SDUA 3NWXA 4FM7A 4Y3RA 3TOHA 5P8RA 3TH9A 5P78A 4RCFA 4M8YA 3IXKA 5P3TA 5P5NA 3PGIA 4QJ7A 3LIXA 3S56A 4FLGA 4Y37A 5P07A 4DPIA 5P42A 4J5JA 2AOEA 5P3EA 7UPJA 4Y4BA 2G22A 5P5AA 4GJ6A 1B6MA 5P75A 5OZZA 5P7HA 5P3IA 2PSGA 1SGUA 3VFBA 3UDPA 4DQFA 5E5JA 1Z1HA 3GI4A 5DR7A 3S2OA 2ASIA 3A2OA 5P46A 1FQ6A 4J54A 5APRE 5P3OA 5P8FA 5P4AA 1LYBB 4Y6MA 4DQBA 2FNSA 1IIQA 1ZJ7A 5P7FA 1RL8A 5P6IA 3GGUA 3VLAA 1EBZA 3T11A 2WF1A 1BDRA 5P6XA 2AQUA 4DJUA 4Y5CA 1TW7A 5OYTA 4FRJA 4Y43A 5P0JA 2P3AA 1FMUA 3UFLA 4HZTA 5HCOA 2G1OA 3I8WA 5P19A 5T4SA 1F7AA 5OYWA 3EKVA 4FCOA 4YBFA 2QMDA 2ZYEA 2BPYA 3VV8A 3WZ7A 3CYXA 3HDKA 1SMEA 2AOCA 2HPEA 4U8WA 2QI1A 1UH8A 5P8GA 2FGVA 2G69A 4K8SA 5P5YA 1QDMA 4B0QA 5P0EA 4EP2A 4J55A 4Q1XA 4QJAA 3SM2A 5P3KA 4RROA 5P1CA 4H3JA 2F8GA 5C9BA 5P4TA 3SQFA 4DJVA 4Y58A 3OUDB 1T6EX 5P8VA 5P87A 4I0EA 5DGWA 4Y38A 2QHYA 2BPXA 5P65A 5P7MA 2WHHA 3NXEA 5P3BA 5DGUA 1ZAPA 2OHRA 4Y3WA 5DR4A 3T6IA 1ZPKA 2F81A 1KZKA 5P6QA 1MESA 5P8IA 4JPCA 2NXDA 4Y4JA 1HPVA 3OUCA 5P5QA 1B5FA 3EL5A 5P51A 5P33A 3U7SA 3SPKA 5OZ1A 1HOSA 2WJOA 1KJ4A 3Q5HA 5P1PA 2HB4A 5P8OA 4ZPEA 4FM6A 4GIDA 5P6DA 1FF0C 1XL5A 2P3BB 4DI2A 1HHPA 4R5NA 3S8IA 4AMTA 4GJCA 2RKGA 5OZ7A 4RCDA 4AUCA 5OZUA 2OHSA 2AIDA 4Y4UA 3VUCA 4OBHA 2RSPA 4ZE6A 4DQGA 4OC6B 4B05A 2AVOA 4D83A 2G1SA 2MIPA 2AVQA 3NDUA 5SZ9A 4HA5A 5P7QA 5P6OA 4OD9B 1YTIA 3OXXA 5P43A 5HDZA 4I0HA 2O4SA 4GJDA 3KFSA 1LYAB 3PEPA 3BXRA 1LS5A 3S7LA 5P1QA 4NKKA 3FX5A 3UCBA 4EPJA 2Z54A 4HDPA 2HM1A 2AVSA 5OYXA 5P5VA 5P2SA 2G94A 2G26A 4Y5BA 5P88A 2ZJJA 4F74A 4R92A 1PPKE 4ACXA 5P4MA 1MVPA 2VNMA 1ZTZA 2FDEA 1EC3A 5JFPA 2OHNA 3RTMA 2I4UA 4FM8A 2WEDA 5P7ZA 1HBVA 3S7MA 5P1IA 4Y3ZA 3D20A 1HTEA 4DJOA 5P7PA 1FFFC 1W5WA 4RCEA 1EPOE 1HVHA 5COPA 5P86A 2Q15A 4IVSA 4YOAA 3PLLA 3DCRA 1YX9A 2ZJIA 3OU4A 1FQXA 5P4NA 5TOLA 3B7VA 3ZKIA 4J0TA 3R4BA 4B77A 1MIQA 3S53A 3JVYA 4YD3A 2I4XA 2BPVA 3FKTA 2PYMA 3SA6A 5P8CA 1EC1A 1DIFA 4B1DA 3ER3E 4Y44A 1MT7A 3RSXA 4APRE 2FLEA 4ZIPA 3OQDA 3U71A 5P5SA 5P7EA 3OU1A 2VA6A 4F73A 3CKTA 3O9CA 3VCMA 5P5TA 2G21A 1LV1A 3KDDA 5P15A 3TPRA 1MPPA 3HVGA 1LF2A 4OBZA 2VJ9A 5P39A 4Y3SA 3PSYA 5HDVA 4IVTA 3B80A 2IEOA 2ER6E 1GKTA 1GNMA 4BELA 2PSUA 1FFIC 5P10A 4J1FA 5P3YA 5P18A 4TVGA 5AH8A 5P4LA 2ZGAA 4Y53A 5P5FA 5OZLA 5P2MA 2QP8A 2JXRA 3GGVA 5BS4A 3DCKA 3VV6A 3FNTA 5P8DA 3K1WA 4I10A 3R0YA 3PHVA 3NDWA 5P0RA 5P4BA 5P52A 3UPJA 1W51A 1A8KA 5P8MA 5E5KA 3OGQA 3OGPA 5OZYA 1SIPA 3FV3A 5P6SA 5P2NA 5P5UA 4Y56A 5P6JA 3UQUA 1HEGE 4WTUA 2AOIA 2I0AA 4I12A 5P28A 2R5QA 1LZQA 3FNSA 3LZSA 5OZ9A 2CENA 2B60A 1YG9A 4GJ7A 5P6PA 4DJXA 2QHZA 5P3DA 3RSVA 3URLA 5P3WA 5P3SA 5HD0A 3MWSA 4NPUA 2ER7E 5P64A 3OU1B 1M43A 3KYRA 1HPOA 4DJWA 3IVHA 4FRIA 2VNNA 4OBZB 4N00A 5P7JA 1XL2A 3IXJA 2WF0A 1PPLE 5P29A 5P5OA 4EXHA 1IDBA 5P45A 2VKMA 1SP5A 3TPLA 2IENA 5P1OA 5P0TA 2B8LA 5P58A 4Y3GA 4U7QA 5AH6A 1E82E 2QK5A 5ER1E 3H5BA 1QRPE 3I2LA 4YA8A 3T3CA 1IZHA 3CYWA 3KFPA 5P2LA 3O9FA 3NU3A 5P68A 5P4YA 3H0BA 5P44A 5ISKA 3ZOVA 5OZTA 2OHUA 2ZJNA 2QZWA 3D3TA 3OAGA 3EKTA 1LYWB 5P5IA 3K4VA 4KUPA 4GB2A 2ZHSA 1HVIA 1XE6A 3PJ6A 2AZBA 4Y4DA 3SO9A 2G20A 2FXDA 5P49A 3EXOA 3SFCA 2B8VA 4Y57A 3L59A 5P4QA 2JJIA 5P4VA 1RPIA 1ZPAA 5P3NA 3INFA 3CKPA 4LAPA 3UDHA 3KN0A 5P7YA 1WKRA 1T6GA 5KOSA 2UXZA 5P8LA 7HVPA 3LIQA 3MSJA 2OHMA 1FMBA 1C6XA 1B6LA 2WF2A 3WZ8A 5HE7A 3EKQA 1QBTA 3UDYA 2OHLA 5P7AA 2BB9A 2PWCA 3TOFA 1BDLA 3O9IA 1HIIA 1HVLA 3LPJA 1SDVA 5P1BA 5P4DA 3OUAA 5P79A 1SBGA 3OQ7A 1Z8CA 2I1AA 4DFGA 2ZHVA 4LXAA 1PROA 2PK6A 2IGXA 4DQHA 4UPJA 3TOGA 4ZPFA 5P2XA 3ZPSA 3Q4BA 3ZKNA 3NXNA 1PFZA 4U7VA 4NJSA 3PM4A 4I8ZA 2QI7A 5P6HA 5HDXA 4Z22A 2I4DA 4CPXA 5P0FA 2I4VA 1OD1A 4OBJA 3D1ZA 3G6ZA 2PQZA 4QGIA 4EYRA 4Y5KA 4BFBA 2PK5A 2ZJHA 5P54A 1D4YA 4GJ9A 5P1JA 1B6KA 1SDTA 2B7FA 3Q3TA 2VIEA 3INDA 4EQ0A 4RYCA 2IGYA 4DJRA 3QRVA 4FRKA 4L1AA 5P20A 3MSKA 3LZVA 5BWYA 4LL3A 2IS0A 4FAEA 1HVKA 4PZXA 4Y39A 3L5BA 1G0VA 1W50A 5OZFA 1HPSA 2VIZA 4Y4XA 3N4LA 5P5PA 5P05A 5P1TA 1HTGA 2FXEA 3S45A 3OADB 5HU1A 5P0VA 5P5EA 4CP7A 5IVTA 4K4QA 2PMAA 3INHA 3DUYA 2ZHUA 2QMGA 5P4HA 1DW6C 3ER5E 3D1YA 1T7IA 5P6GA 3VG1A 5P70A 5IVQA 5P06A 3K5FA 5P0HA 1D4LA 2PYNA 3M9FA 2V10C 4RVJA 4DQCA 5P63A 3ZKQA 1E81E 3UFNA 4I0GA 4DJPA 1D4JA 3O9EA 1IZIA 4ZSQA 5DR0A 4RLDA 2XYEA 5P30A 2O4LA 4GJ5A 2AVVA 3O99A 3APRE 2Q11A 2WEAA 3QRSA 3S43B 5OZRA 3NYGA 1ODWA 3OUBA 5P14A 4NJVA 4FRSA 2P3CA 3KFNA 5HCTA 3UDNA 2QU2A 5HE5A 3HBOA 5P6BA 2PC0A 3PWMA 1F34A 1CMSA 5C9FA 1NPAA 5P8JA 3VEUA 2R5PA 4ACUA 5I3WA 5JODA 4ZLSA 5P60A 3T7XA 1TSUA 4Q1YA 1M0BA 5OZWA 2QNPA 2WEBA 5P2GA 2OHTA 2AZCA 2ZJLA 3LINA 4DPFA 5COKA 2IKUA 1EAGA 3VV7A 1HSHA 3PCZA 1AVFA 4QLHA 1Q9PA 1MTBA 2WF3A 4Y4TA 5P2JA 2I4WA 4ZSPA 4FS4A 2VIYA 3IN3A 1FQ7A 3R2FA 1W6HA 3O9AA 1BBSA 5P4ZA 3EKPA 3KFRA 5P8UA 3DV5A 1XN2A 5P0QA 5P89A 3SA4A 2G1YA 1PSNA 4Y51A 5P4RA 5P25A 3LZUA 3QP0A 5P0BA 5P5LA 2A1EA 6APRE 3U6AA 4RRNA 3BUFA 1FEJC 1NH0A 4FSLA 5P2DA 2BPWA 5P7DA 4BEKA 5P85A 3L5FA 2G1RA 3URJA 5P0CA 3GGXA 4PEPA 4B78A 5P04A 2QHCA 1A30A 1DPJA 4TRZA 4Y54A 4D88A 5P4KA 3KMYA 4EJ8A 2Q55A 5P83A 5OZQA 1YTGA 1HSGA 3EKWA 3SA9A 1E5OE 2QMPA 5P16A 5P26A 5P5XA 1U8GA 4FE6A 5P77A 4YOBA 1HTRB 3UTLA 3IN4A 2FDPA 9HVPA 3EBZA 5I3XA 2ZJMA 1CPIA 2IRZA 5P1RA 5P7IA 5P47A 4BFDA 1NPVA 5P5HA 2R38A 5P2CA 2BKSA 4EP3A 1D4SA 5P53A 4Y3HA 2G24A 3O9LA 2VA7A 4S1GA 1G35A 5P1WA 5P02A 4CPTA 4Y3QA 1FQ8A 5P59A 5P3HA 4CKUA 1MSNA 3OTYA 5DQ1A 1B5FB 5OZ6A 2R3TA 3PBDA 3QBHA 5IVRA 4EJLA 1HVCA 2A4FA 3UQRA 5P4SA 2V00A 1HXBA 1YM4A 8HVPA 1J71A 4JP9A 4J1CA 5OZ0A 1NSOA 4Y4AA 5AGZA 3UQWA 3LZYA 3IA9A 1ZBGA 2BJUA 4D89A 3BUGA 4FL8A 1FG8C 5P1MA 4F75A 4Y3TA 2QCIA 1OHRA 5KQFA 3LPKA 3KDBA 3N3IA 2V16C 2J9JA 3VSWA 1T7JA 2CEMA 5P1KA 4B1EA 1HPXA 1B11A 3PSUA 1EPPE 2Z4OA 4YCTA 4R93A 2QZKA 5P4IA 1GVVA 3FNUA 3QRMA 5DR1A 3Q6YA 3QS1A 2AOFA 3FIVA 4Y5PA 3HAUA 1FQ5A 2NXMA 3HZCA 3KT2A 3WZ6A 5P3PA 4QJ9A 5P2FA 1XN3A 1RV7A 4DV9A 2BPZA 3GW5A 3OHHA 5AHAA 5OYUA 1APWE 4GYEA 5CONA 3NLSA 4EJKA 5P6VA 5P55A 4EJDA 2Q3KA 5OYSA 1HVSA 4Y48A 5OZOA 4CPWA 1SGZA 4B00A 1TZSA 2IDWA 1VIJA 4LP9A 5P7SA 5KQZA 5SXNA 1UH9A 5P2TA 4CPUA 5P5BA 3SA7A 1A94A 1FLHA 1K6TA 5P7GA 4FSEA 3HW1A 1MRXA 3TPJA 5P7LA 5P2ZA 4J0YA 2G27A 5F01A 3UDJA 1NPWA 5P7KA 5P00A 4L7GA 5P4WA 1YTHA 3EC0A 2Q64A 5P4XA 2HS2A 3UDRA 1BV9A 4EQJA 2AOHA 5P6FA 5P7BA 4Y5MA 5P6NA 4RVIA 4DUSA 3OU4B 3VYEA 5P0GA 5KR0A 5P31A 2J9JB 1MEUA 5KOQA 5HE4A 4LHHA 3KF0A 5P5MA 4J1EA 5P4PA 5DQ2A 4YDFA 2IKOA 1HIVA 3SLZA 5P4JA 3UDKA 4EWOA 5P27A 4OBGA 5P2UA 1EPNE 3PB5A 6UPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SY2 A;  5P50 A;  1QS8 A;  2OHQ A;  5P36 A;  1TCW A;  4D85 A;  5P5G A;  5B18 A;  5HDU A;  5OZP A;  4Q5M A;  3EM4 A;  2SAM A;  4Y3J A;  5P8N A;  3UDM A;  4CPQ A;  1HVR A;  4Q1W A;  4TRW A;  5P40 A;  5P13 A;  4J0Z A;  2WEZ A;  5P01 A;  5KR1 A;  3O9B A;  1K2C A;  1QBU A;  3EM3 A;  4Y3E A;  5IVS A;  1PSA A;  5P6T A;  2WF4 A;  3L5E A;  5P0I A;  2QZL A;  1K6P A;  3WB5 A;  1SH9 A;  5P7N A;  3OQF A;  4H3I A;  3SKF A;  5P74 A;  1G6L A;  1E80 E;  2ANL A;  4Y3N A;  5P0N A;  3TPP A;  5P2W A;  5P3Q A;  4Y4G A;  5HTZ A;  3K5D A;  5P41 A;  3SA8 A;  2NMZ A;  5ENK A;  4H3F A;  5P7R A;  2AOJ A;  5DPZ A;  4Y47 A;  4RZ1 A;  1B6P A;  3OAD A;  1DMP A;  4OBD A;  5P5K A;  3GI6 A;  3WB4 A;  5OYV A;  3EL0 A;  3K5G A;  5P2Y A;  2Q54 A;  4Y5E A;  3ZPU A;  3VYD A;  1TQF A;  3OXW A;  5OZS A;  2AOD A;  4QJ8 A;  4I0D A;  5P3A A;  5P2I A;  4NJT A;  5P1L A;  4X7I A;  2O4N A;  5P6E A;  2V0Z C;  4JPE A;  3EKX A;  4NPT A;  3EL9 A;  1CZI E;  2XFI A;  2H6S A;  3BVB A;  1YTJ A;  1EC0 A;  3VYF A;  4Y5G A;  3OQA A;  5P4F A;  3PWW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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