2FXDA

X-ray crystal structure of hiv-1 protease irm mutant complexed with atazanavir (bms-232632)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKIIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title X-ray crystal structures of human immunodeficiency virus type 1 protease mutants complexed with atazanavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords pol protein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fxdA00
4OBJA 5JFPA 5DGWA 1HEFE 1KJFA 4DVFA 1E80E 5HDZA 4ZPGA 3ZL7A 5P5EA 5OZ9A 3UHLA 1NPWA 2HAHA 4EHCA 3INEA 4NPTA 1XN3A 4YD6A 5P10A 5P4DA 4RYCA 2PH6A 5P8VA 3O99A 3UQXA 4I0EA 2RKGA 4FAFA 2B8VA 5IE1A 4YCYA 5P67A 4Y3QA 3K5DA 1GNNA 3GGXA 3EKQA 5P65A 5P0XA 4I11A 1B6MA 1AIDA 5P8IA 5P7FA 3WB4A 3KF0A 2QMPA 2AOCA 2CENA 3FKTA 1YTJA 3OAGB 4I0DA 4GJ8A 5P4TA 3WZ7A 3NSHA 1ZPKA 1TQFA 5JG1A 5HVPA 2R9BA 3PLDA 2Q64A 3LPKA 4Y3XA 3LZVA 1B6JA 2QK5A 1B6LA 5P2EA 5P7QA 3UQWA 3OAGA 2V10C 4KB9A 2O4SA 5P56A 2QZLA 3L5CA 4YOAA 5P4OA 4J0ZA 3KT5A 5BS4A 2R38A 4X2LA 1MVPA 5P2IA 5OZEA 3KFRA 1UH7A 1XDHA 4J0PA 4B0QA 3ZKSA 6APRE 5P0TA 1SMEA 1YTIA 2OHUA 5SXNA 4QJ2A 4EXGA 3LIZA 2PC0A 3HVGA 5P0YA 3CYXA 1T3RA 5OZTA 1FMBA 5P6NA 1IVQA 5DR8A 4PEPA 4WY1A 5COKA 5P2OA 4I0HA 5P7OA 4EP3A 1OHRA 5P8DA 3SA6A 5P07A 5IVQA 2F3KA 2ZHUA 4OBHA 3O9BA 5P74A 3S8IA 4Y5AA 3APPA 5OZLA 3T3CA 3BXSA 5P05A 5P5ZA 1GVVA 3RSVA 5P0MA 4BELA 3TOGA 2Z54A 2RSPA 2WF1A 5P3IA 4NJUA 1T6GA 2B7ZA 2I4QA 2AOEA 3NUJA 1FGCC 2QMGA 5P4AA 1SDVA 5P4JA 1XE6A 3URIA 2VA6A 3OTYA 4DQBA 1WBMA 3B80A 4HLAA 5AHAA 2UY0A 5P2TA 1EC1A 3NU3A 5P45A 3UFNA 4DJQA 1K1TA 3UTLA 3T11A 3K4VC 5OYXA 3VLBA 5P6MA 3QRVA 3HW1A 3O9FA 4L1AB 5P8GA 1EBZA 3G70A 1IIQA 4GYEA 1SBGA 1ZJ7A 3S53A 4OBZB 1NPAA 2G22A 2P8HA 1ZSFA 5P6VA 2VNNA 3VYEA 3UCBA 5P6AA 4L1AA 4RLDA 5AHBA 2G26A 1W6HA 3GGUA 3GGAA 3PWWA 5P0RA 5P7NA 4GJ6A 2AOHA 2NNPA 2HIZA 4I12A 2J9JB 4OBZA 5IS4A 4YHQA 1DAZC 5P64A 4NJVA 4B70A 4CPQA 4U8WA 4Y4DA 3T7PA 1MRXA 2QP8A 2BBBA 3OXXA 5P5XA 2ZHSA 3Q4BA 5P7IA 3NU6A 5DQCA 4BEKA 3DK1A 1GVTA 5HD0A 4J55A 1M43A 3QS1A 5P7UA 5P0SA 2AVQA 2WJOA 2ZGAA 4Y3WA 2ZJIA 5P6OA 4FS4A 3OUDB 5I3WA 3O9IA 3EM6A 3T7QA 2AZBA 1DMPA 4J0YA 4I10A 2BQVA 3OHFA 4Y3EA 1PFZA 4F75A 1BWAA 2OHSA 1C6XA 1A9MA 4RZ1A 3SACA 1PPLE 4I8WA 3OUDA 3Q3TA 5P88A 3SLZA 3SPKA 5P4PA 5P3NA 4F76A 5P8FA 4Y47A 3C9XA 1AJXA 3R1GB 2AOJA 2AVOA 4B00A 2PWRA 4K4QA 2IKUA 5IVSA 3PMUA 5P69A 1BVGA 1EPME 4GJDA 5P58A 5P2UA 3ZMGA 4ER4E 4APEA 5P4XA 3OOZA 4Y3DA 3LIXA 5P7RA 5ISJA 1C70A 2AVVA 5BWYA 1BWBA 5P5GA 1HVSA 1HSHA 2HB3A 2NTRA 3UDMA 5P6SA 1XL2A 2EWYA 2ZYEA 5P1XA 1EBYA 5P8OA 5KR1A 2OHPA 1HVJA 5P03A 4Y3NA 5OYSA 5P8PA 1FG6C 1T6EX 5P0UA 1MERA 1FG8C 1QDMA 4K9HA 3SQFA 4Y4UA 4Z4XA 1EAGA 5P3YA 4YD4A 5P3PA 3T7XA 3KYRA 4AA9A 2A4FA 5P3TA 1YM2A 5OZXA 5P1GA 4H3IA 5KR2A 4S1GA 3FNUA 3HDKA 5P3EA 1G2KA 2OHKA 4Y43A 3HAWA 5P8CA 2MIPA 3IN3A 4DQEA 4PZXA 1W5WA 3QRSA 3QRMA 2QU3A 3D1YA 4ZIPA 5P08A 3SA4A 1D4KA 5P5JA 4DQGA 4PYVA 3QROA 4ZSMA 5OZ5A 2NNKA 1IZEA 5P80A 3OU4A 2JJJA 3UDKA 5P18A 5P6PA 5P1SA 3OXVA 5KAOA 3URJA 2F80A 2ZDZA 1AXAA 4TRYA 4WTUA 2HS2A 4QJ8A 4XX3A 1B11A 2UPJA 4FCOA 1QBUA 5KQZA 3L58A 4FM6A 4BFDA 3NDWA 3UF3A 1CMSA 3HBOA 5P5LA 4Y3MA 4DJOA 1C6YA 3I2LA 4ZLSA 2JXRA 2XFJA 3CKRA 3U6AA 2I1AA 1IDAA 3IA9A 5P2VA 3EM4A 5P38A 5OZ8A 5I3XA 4FAEA 3EKPA 5P3FA 3CMSA 5P5WA 4Y5NA 3HZCA 1GNOA 4D88A 3UQRA 3D3TA 1JLDA 3SA9A 4J1EA 5P7TA 1U8GA 5P2QA 4Y4EA 4B1DA 1YTHA 2QZWA 1HEGE 3TKWA 1FEJC 3PM4A 4ZE6A 5P0KA 2F3FA 4DI2A 4DQCA 5HE7A 1E5OE 1QBSA 5P2MA 4RYGA 5P1UA 5P55A 1Z1HA 1NSOA 1A30A 5OZZA 3APRE 5EZZA 3TOFA 5HE5A 1ZBGA 2PSUA 5P3DA 1GVUA 3SKGA 2FDEA 1SGZA 3TNEA 5P3WA 6FIVA 2QU2A 5EZXA 4Y44A 3VUCA 2RKFA 3BVBA 3PJ6A 3NUOA 1E82E 4LHHA 3ZLQA 1HXBA 1HSGA 4K8SA 5OYRA 2FXDA 1RL8A 1EPPE 1XS7D 5DR7A 4Y3AA 5P8LA 5DPZA 4CPRA 3EL5A 4J54A 5P2FA 5P6YA 3O9LB 3NWQA 3OQDA 3PEPA 2HPFA 5P62A 3NR6A 4Y3SA 3VLAA 5P3OA 3RTHA 4RVIA 1BV7A 3FX5A 2NXDA 3MXEA 1K6PA 3VF7A 4Y4WA 4K4RA 3M9FA 4DV9A 3O9LA 5HU0A 4YD5A 3R0WA 3QVCA 3NXEA 3HVPA 2QI4A 3VYFA 5P1OA 5P1CA 2ER6E 5OZSA 5P1EA 5P3ZA 5PEPA 5P0WA 2QD6A 3BC4A 3OADB 2VJ9A 5B18A 5KR8A 4FIVA 4CPWA 1IZIA 5P8RA 3B7VA 1MTBA 3TKGA 1SDTA 5P7JA 2HPEA 5P04A 5P3MA 5P0AA 3DCKA 3O9HA 3ZKNA 4D83A 3VV7A 2R5QA 2NMYA 1C6ZA 3LIVA 5OZFA 4Y5GA 5P42A 5P8NA 2QI1A 3UQUA 5P1TA 2G1OA 5E5JA 4GJAA 5P28A 4DFGA 3L5DA 4PZWA 5P06A 1GNMA 2V13A 4U7VA 1ZLFA 5P34A 4PPHA 3Q6YA 5P1PA 1NPVA 3BGBA 4NKKA 3OTSA 3NWXA 4J1HA 1K1UA 3FV3A 4CPXA 1PSOE 1N49A 4LP9A 5OZVA 4B72A 5FIVA 5P2JA 3TH9A 2FDDA 2FIVA 1HXWA 5P2DA 5P0VA 2VIJA 4QJAA 5P48A 3PWMA 1ER8E 3PSYA 2IQGA 2PYMA 3OU1B 4DUSA 2WL0A 3EL4A 4IVSA 4GJCA 3EXOA 4ZPFA 3TOHA 5P1DA 3PBDA 1G6LA 4FRIA 5P4GA 1AAQA 1TCWA 3G6ZA 3SKFA 5C9FA 1BDQA 2P3AA 4EWOA 4J1CA 1EC0A 3OU1A 3IN4A 2PK6A 1BXOA 2G20A 3K1WA 3L38A 2UXZA 5OZ4A 3L59A 4XX4A 1HVLA 2V0ZC 3PBZA 3JVWA 3WB5A 4DJUA 5P1VA 3N4LA 5P7YA 4TRWA 5P09A 5P7PA 5P57A 2NR6A 1ZTZA 3BRAA 4J5JA 3H5BA 4Y41A 1IDBA 1W5XA 1BDLA 3Q5HA 5P41A 5KQXA 5P8MA 4MC9A 2QI7A 4J0VA 3L5EA 5AGZA 1KJHA 5P20A 1MEUA 5P0PA 3VSWA 4B1EA 1T7KA 5P0ZA 5P4CA 4LXKA 3VF5A 1W50A 4LC7A 5SY3A 1WBKA 1FQ8A 2QMFA 1HSIA 4X7IA 3S56A 4DJYA 3ZKIA 3WZ8A 3FSMA 5P2HA 3FNTA 2WECA 5P16A 1RNEA 4Y6MA 5P72A 5P4SA 4Y38A 5P4FA 3RU1A 1BV9A 1ME6A 2P4JA 4FE6A 5J25A 4JP9A 5COOA 5P6WA 1EPOE 1EC3A 3PLLA 3MSLA 5P8JA 4Z2ZA 5P4YA 1LYAB 4RCEA 5P0EA 1LF3A 1QS8A 5P8UA 4Y51A 3TL9A 4DJXA 4J1FA 2XFIA 5OZYA 5P7DA 5DQ2A 5OZIA 5P2KA 4GZFA 4RRSA 3SFCA 5OZ6A 1LYAA 1WKRA 1YG9A 2Q54A 5P5VA 5P33A 1EBKC 2VJ6A 3RTMA 5P68A 5P27A 4H3GA 1EPNE 5COPA 5DQ4A 3MSKA 3NU5A 3OGPA 2IS0A 5P3BA 4J17A 3MWSA 1OEWA 4RROA 4XKXA 4F74A 1LEEA 4XXSA 2ZHTA 2AOIA 5P5YA 5P1HA 3TTPA 3WZ6A 2CEJA 3LPJA 5P2LA 5P26A 2QZKA 3TLHA 5P5UA 3L5BA 5OZRA 1M0BA 5P85A 3TPRA 1SDUA 2PMAA 5P01A 5P24A 3VFAA 1A8GA 1ZP8A 5P6QA 2FNTA 2WHHA 3UDYA 2IDWA 5P8HA 4GB2A 5OZBA 5P4EA 3R4BA 1XL5A 1FQ5A 5P1BA 1YTGA 5KQFA 3U7SA 3I6OA 4YCTA 5P19A 3QIHA 3O9GA 1IBQA 4Y9WA 2QD8A 4Y3HA 3SA8A 4ZSRA 2O4PA 5P8EA 2J9JA 3PMYA 3BGCA 3QBHA 4AA8A 3SO9A 3K5CA 4Y54A 1EC2A 4Q1WA 3BXRA 1ODWA 2AOFA 5P6TA 5OYZA 3PRSA 3KN0A 1D4SA 4YCKA 5P7EA 5OZNA 3INHA 1MSMA 5OYYA 2R5PA 5P54A 3EC0A 2Q63A 4RVJA 1B6PA 4YE3A 1APVE 3K5GA 5KQYA 5P5CA 4ER1E 2XFKA 1W5YA 4FLGA 5P1NA 4OD9B 3D1ZA 3DCRA 5P0JA 4B05A 1IVPA 5P6CA 2ZHVA 1META 4LAPA 3SA7A 2WKZA 5DR3A 3NU4A 1D4YA 3PWRA 3S85A 4LL3A 1W6IA 5OZ3A 2QI6A 5P1AA 3JVYA 3KMYA 4Y3ZA 4A4QA 1APUE 1PPKE 5P7GA 4OD9A 4Y45A 4FM7A 4Y58A 2WEDA 4R93A 1LV1A 4Y36A 2FGVA 4NJSA 1PROA 2F8GA 2BB9A 4ZEAA 5DR0A 3LZSA 5OZKA 3VSXA 1FQ6A 3MXDA 4TRZA 1FQ7A 1T7IA 1VIJA 2AQUA 5P39A 4M8XA 1HBVA 3QAAA 2VA5A 4EJKA 2NPHA 1FLHA 5UPJA 1MRWA 4R91A 2FLEA 2IENA 7UPJA 1XE5A 2I4UA 4J0TA 1B5FB 3LINA 2ZJJA 4CMSA 3NDUA 4M8YA 2ANLA 4NPUA 3OQFA 3AUPA 3O9EA 5OZWA 1HRNA 5P7HA 5P6XA 4Y3PA 1EEDP 4Z22A 5P1LA 3GI6A 2QI5A 3HAUA 5IVRA 3ZPUA 3KDCA 1AJVA 1B5FA 5BRYA 3S43B 5P60A 3KDDA 2PQZA 4D8CA 1SH9A 5P0CA 1BILA 1VIKA 2G27A 2G1NA 4DPIA 5P6RA 4B78A 4LXAA 5P7XA 4Q1YA 3S43A 5P12A 5P44A 3SA5A 2PH8A 5P5OA 1HIVA 3BUGA 5P4RA 5OZ2A 3R0YA 4FM8A 5HCOA 3OQAA 4Y4TA 4D89A 1TSUA 2F81A 2FMBA 3PB5A 3S7MA 3ECGA 5CLMA 5P82A 4Y50A 4OBDA 5P2NA 3OQ7A 2O4KA 3EKWA 5P51A 3UPJA 1K6CA 5AHCA 5P3XA 4HE9A 3OGQA 3PCZA 3D1XA 1YM4A 1XN2A 4HEGA 1BIMA 3EBZA 5OZ1A 1FIVA 2QZXA 4HDFA 4OBFA 2B42A 5P50A 4Y35A 5T4SA 4AMTA 2Q15A 2P3BB 4LBTA 1MESA 3BVAA 3KT2A 4H1EA 1EPRE 3URLA 4K4PA 3EL0A 3O9DA 1MT7A 2QHCA 2V00A 4I0GA 5P5AA 3UDNA 4RCDA 5P11A 1IZDA 3LHGA 4ACUA 3IVHA 5KR0A 5OZJA 2VIYA 2P3BA 2JE4A 3NYGA 4KE1A 2VS2A 1W51A 5P4LA 5P5DA 4B77A 5DGUA 1QRPE 3UFLA 5AH8A 3GW5A 3QVIA 2QNPA 3QN8A 1BAIA 3N3IA 5P5FA 3VG1A 1MT8A 5F01A 5P7SA 4Y4XA 4Y4ZA 5P32A 1CZIE 1BDRA 2HS1A 4Y4AA 5IVTA 4FGXA 4CP7A 2QI0A 3IGBA 5P5RA 1FFFC 5P6ZA 5P6DA 2IL2A 4KUPA 3O9AA 4GJ7A 2ER9E 4DQFA 5P31A 2ZJMA 3OK9A 2JYSA 5P6UA 4EQ0A 5OZOA 3RTNA 2B60A 3S45A 5HU1A 3AIDA 3ER3E 4Y5CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBJ A;  5JFP A;  5DGW A;  1HEF E;  1KJF A;  4DVF A;  1E80 E;  5HDZ A;  4ZPG A;  3ZL7 A;  5P5E A;  5OZ9 A;  3UHL A;  1NPW A;  2HAH A;  4EHC A;  3INE A;  4NPT A;  1XN3 A;  4YD6 A;  5P10 A;  5P4D A;  4RYC A;  2PH6 A;  5P8V A;  3O99 A;  3UQX A;  4I0E A;  2RKG A;  4FAF A;  2B8V A;  5IE1 A;  4YCY A;  5P67 A;  4Y3Q A;  3K5D A;  1GNN A;  3GGX A;  3EKQ A;  5P65 A;  5P0X A;  4I11 A;  1B6M A;  1AID A;  5P8I A;  5P7F A;  3WB4 A;  3KF0 A;  2QMP A;  2AOC A;  2CEN A;  3FKT A;  1YTJ A;  3OAG B;  4I0D A;  4GJ8 A;  5P4T A;  3WZ7 A;  3NSH A;  1ZPK A;  1TQF A;  5JG1 A;  5HVP A;  2R9B A;  3PLD A;  2Q64 A;  3LPK A;  4Y3X A;  3LZV A;  1B6J A;  2QK5 A;  1B6L A;  5P2E A;  5P7Q A;  3UQW A;  3OAG A;  2V10 C;  4KB9 A;  2O4S A;  5P56 A;  2QZL A;  3L5C A;  4YOA A;  5P4O A;  4J0Z A;  3KT5 A;  5BS4 A;  2R38 A;  4X2L A;  1MVP A;  5P2I A;  5OZE A;  3KFR A;  1UH7 A;  1XDH A;  4J0P A;  4B0Q A;  3ZKS A;  6APR E;  5P0T A;  1SME A;  1YTI A;  2OHU A;  5SXN A;  4QJ2 A;  4EXG A;  3LIZ A;  2PC0 A;  3HVG A;  5P0Y A;  3CYX A;  1T3R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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