2FXEA

X-ray crystal structure of hiv-1 protease crm mutant complexed with atazanavir (bms-232632)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystal structures of human immunodeficiency virus type 1 protease mutants complexed with atazanavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords pol protein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fxeA00
5E5JA 4GJAA 2IS0A 1MT8A 3LPJA 4NJSA 4PYVA 4OD9B 4OBGA 3PMYA 3OQKA 2BPXA 2QNQA 5OZAA 5P6ZA 2WEAA 3KDBA 3VEUA 1ODWA 4Y45A 1SMEA 4KE0A 1FQ8A 1EPNE 3U6AA 4NJVA 5P8LA 1K2CA 4U8WA 3S7MA 3R1GB 1MESA 2PSUA 3LNKA 5P14A 1IVPA 2HPEA 4FE6A 4Y4GA 3EXOA 4J5JA 5P7EA 5P4BA 1UH9A 4LAPA 4WY6A 3EL4A 5P0HA 5P1AA 3EKYA 3T7PA 4Y3YA 2A4FA 2AODA 4Y4EA 4APRE 4KE1A 2WF3A 5P7OA 4LXAA 3EBZA 3NXEA 3T6IA 3QRVA 5P1PA 4B1DA 4BFDA 4DPFA 1IZDA 4EQ0A 1BILA 5HE5A 1M0BA 1HOSA 3EM3A 1HTEA 1OHRA 5P1QA 3NU4A 1BV7A 5P5TA 2JYSA 1W5XA 1M43A 5P3MA 2ZHSA 4Y3XA 4DJQA 1SDVA 3UQPA 5P6OA 2BPZA 4CKUA 1M4HA 4I0HA 4FSLA 2F3KA 5P0MA 1OD1A 5P8RA 4D88A 1VIKA 3EKTA 2QMFA 4H3IA 2ZHVA 5P3XA 5P1UA 4J1EA 4Y5MA 2F3FA 4Z22A 5P0JA 3QROA 4Z50A 4AUCA 2OHRA 4CPQA 2V13A 1LYBB 1QRPE 3O9IA 4GJBA 2VNNA 5COPA 4Y5CA 3HDKA 5BWYA 4Y3FA 5P50A 5P4GA 5SY3A 1EC3A 3NU6A 2WECA 2ZJMA 5OZ8A 3R0YA 5P6UA 5P3KA 5P39A 1B11A 4ER4E 5OZ5A 5P34A 5P7IA 1SMRA 1SIVA 3I8WA 5P2UA 4EJDA 4RRSA 1SDTA 2VA6A 5P8JA 2JE4A 3C9XA 1FQ7A 2QCIA 3HVGA 5P3LA 3PEPA 4ZE6A 2Q55A 3VSWA 2BKSA 3GW5A 3HAWA 5P6IA 1FEJC 2P3CA 4LBTA 1HVCA 4Y48A 5DR3A 1YM2A 1W5VA 5P0AA 4GB2A 1B5FA 5HE7A 3QBFA 4YD5A 4AA9A 2AIDA 2B42A 1W51A 2ZJIA 5P7SA 5HDZA 5P79A 5P29A 3T7XA 4RYCA 3INFA 4IVTA 1FFIC 4DQEA 2QD6A 2ER0E 3BGCA 1HTFA 2WJOA 2XYEA 4OBKA 5KQYA 1N49A 5P82A 2R5PA 3RTMA 3PLDA 5ISKA 3PVKA 3SA4A 1GVWA 2NNPA 5OZ0A 1BDLA 5OZHA 5P11A 2QZWA 2F80A 3EKPA 5OZYA 4YDGA 4Y36A 2I4UA 1EPPE 3KF0A 1EAGA 5P0KA 5P09A 2F81A 4I10A 5DQ1A 4E43A 1SDUA 3GGAA 3HLOA 4FM6A 3S54A 5OZWA 5P1MA 3WSJA 3MSJA 1MPPA 4B05A 3I6OA 2QI4A 2AZBA 3KFRA 2ZJKA 2IKUA 2QI0A 2H6SA 4NJTA 2QZLA 3NXNA 1IZEA 5P71A 1ZTZA 4Y3TA 5P2DA 5P8MA 3FV3A 3GI6A 5P6FA 5OYUA 3S56A 5OZKA 3LIXA 2G1YA 5OZCA 4J1HA 4YE3A 4XKXA 3I7EA 2NMYA 4I0JA 2BJUA 1ZSFA 5OZRA 5COOA 1HBVA 5P1JA 1K1UA 5P0UA 3UDYA 3OU4B 5OZ3A 3PI0A 5OZQA 5KQFA 1OEWA 4Y53A 5JODA 4UPJA 4L1AA 3OQFA 3TOFA 3LPKA 1LZQA 4YOAA 1LS5A 4J54A 4D85A 4FAEA 2Q11A 5P4VA 3SA6A 4Y3PA 4GZFA 5P3IA 3OUDA 3UDQA 4I0DA 5P60A 2FS4A 5I3WA 3FIVA 2R9BA 1XL2A 3KFSA 4EYRA 4AMTA 2ER6E 1AZ5A 5SY2A 2HM1A 1WBKA 3B7VA 4DJUA 4YHQA 2ZJLA 1UH8A 4RRNA 5P2WA 4F76A 5P2MA 3CIDA 5HDVA 1BVGA 2ZYEA 3FNUA 5P5PA 2AZCA 3EKVA 3PWWA 5P76A 4GMIA 5DQ5A 3SKFA 4D83A 3ZPTA 3UQRA 5P8EA 3D1ZA 3LIZA 4LP9A 5P6QA 5P69A 1IDAA 5IS4A 5P2QA 3TOHA 1RNEA 1BDQA 3CIBA 5P1TA 2O4SA 1FMUA 4LHHA 1A8GA 5P72A 4I8WA 1CMSA 2NR6A 4FM7A 1VIJA 5P19A 5P4CA 3B80A 2I4QA 1DP5A 4YA8A 2WF2A 3UDNA 1T6EX 1LEEA 5P26A 4YD6A 1IBQA 1EBKC 3ZKSA 2JXRA 5P2FA 3O9CA 4DJXA 5OYXA 3NR6A 1ZBGA 2BPYA 4LXMA 4J55A 2V11C 2PK5A 3OUCA 3PSUA 5P85A 1K6VA 2RENA 3QRMA 1B6LA 3LITA 3TH9A 5AHCA 4Y4DA 5P0PA 5P3YA 5P8FA 9HVPA 2WF1A 3LPIA 3O9HA 3PCWA 5P03A 3U71A 2P3AA 4RGHA 4J0ZA 5P1SA 4Y3MA 1FMXA 4Y38A 3JVYA 5P3RA 5P33A 2AVOA 3GGXA 3L38A 5B18A 1Z8CA 3CICA 2OHLA 3LZYA 2QI3A 3IN4A 5KR1A 1IVQA 4H3FA 5IE1A 5P3JA 5IVRA 5P6NA 2OHNA 3BUHA 2FXEA 3OY4A 4FIVA 3Q70A 5P3HA 4ACUA 3URJA 3AIDA 1PPKE 2VJ9A 4J0VA 2OHMA 4DQBA 4HDFA 3D1YA 5P10A 3UDMA 3Q6YA 5P1YA 5P3NA 5P7QA 3MSLA 4Y4WA 4NPTA 3SKGA 3TTPA 4RCDA 2QHZA 2IQGA 5P4RA 5P6JA 4ER1E 5P8CA 4ZPFA 3SFCA 5P0VA 5OZ6A 3CMSA 2WKZA 1Z1RA 3DCKA 1SBGA 3LIYA 3OWNA 5P05A 2XFKA 3KMXA 3NDUA 4EWOA 1MTRA 5P6TA 2H6TA 1K6TA 3HBOA 4Y54A 3PMUA 5P0TA 5P2IA 5P5IA 3S8IA 1FGCC 4K8SA 4Q1NA 2VKMA 4F74A 5OZDA 2NNKA 3OGPA 4J1FA 4MC6A 2ZHUA 5P80A 5P5AA 5KR0A 4J1CA 3Q5HA 4DJPA 3JW2A 2R3TA 1HEGE 4MC2A 1B6KA 5P4WA 3A2OA 4I12A 5P88A 4DJYA 2V12C 3UHLA 3BXRA 4Z4XA 4OBZB 5F00A 4DJRA 5P0LA 3U7SA 5I3VA 3QPJA 2OF0A 5P1WA 2V16C 3OAGA 2G22A 4U7QA 3VCMA 2P3BB 5OZJA 3OQDA 3VG1A 3TLHA 1EPME 3EC0A 4XXSA 5CLMA 1ZLFA 4ZSPA 2AOJA 3GI4A 5P0RA 3KA2A 5P6LA 3BHEA 1K2BA 2XFJA 5P6VA 5FIVA 2HC0A 3WZ8A 3IAWA 3D91A 1IZHA 3ZMGA 6FIVA 4R93A 3ZKMA 5P87A 5P46A 4Q5MA 4Y4UA 2O4NA 3SAAA 4Y4ZA 5P1BA 4QGIA 4GJ6A 5P74A 1Z1HA 4FM8A 4RVIA 3SA5A 4EP3A 3OOTA 3L5FA 3L59A 3DOXA 3MWSA 2WF0A 3CYXA 3DCRA 5OZ2A 3EL9A 2Q5KA 3UQWA 5P1OA 3KM4A 4CPTA 1PSNA 4F75A 3OADB 5OZUA 5OZTA 3O9GA 4HVPA 4Y58A 5P1GA 5P3BA 5P7MA 4I0FA 1HVKA 2R3WA 4FRIA 3VSXA 2APRA 5OYVA 1PROA 5AH7A 3OXWA 5OZLA 2B7FA 3L5BA 3OXVA 5AH9A 5P36A 5P3AA 3G70A 4U7VA 3ZOVA 2Q63A 3VV8A 2FDPA 1HEFE 1AAQA 5P2OA 4YBFA 1FB7A 3R2FA 1GKTA 2HB2A 5OYQA 4Y3DA 4HDPA 1RL8A 3VLAA 2VIJA 2ZJHA 1QS8A 2FMBA 5P77A 1AM5A 5P4XA 1FMBA 2HIZA 1KJFA 3ECGA 3OK9A 4Y3NA 1FQ5A 2PWRA 2VJ6A 2HPFA 1WBMA 4Y3AA 2Q54A 5P61A 3IVIA 1BBSA 2JJIA 5P0XA 3Q4BA 1WKRA 5P07A 5P5DA 3SA8A 1BV9A 3IVHA 5P8QA 5P7PA 1D4IA 3UDHA 2QU3A 5P1RA 2XFIA 5P6XA 2G20A 5IVQA 5P04A 3UFLA 5HU0A 1G0VA 3UPJA 3ST5A 1YG9A 1XE6A 4DQCA 5P67A 4OBFA 1PSOE 2B8VA 5P0YA 3TL9A 2I4WA 5P6YA 5P5JA 5HCTA 5P7VA 4DFGA 3BXSA 5P83A 3UDKA 5P38A 5P2TA 3HD8A 5P5LA 5P40A 5DR4A 1SGZA 1TSQA 2NXMA 1G35A 2AVSA 2XYFA 5P25A 1LYAB 2FLEA 5P1ZA 5T4SA 5OZIA 1MEUA 2B7ZA 2VIZA 3ZKIA 5P7ZA 2ASIA 1ENTE 3QAAA 4ZEAA 4OC6B 1ZSRA 1YM4A 5C9DA 1CZIE 1EPQE 5P73A 3PWMA 1AJVA 2HB4A 5UPJA 5DR8A 1DMPA 4MC1A 3S45A 3OTYA 7UPJA 4EXHA 5P59A 3LIVA 4J0TA 4CPWA 4F73A 5P7KA 3VF5A 3FSMA 1D4LA 1KJ4A 4YD4A 4PZWA 5HTZA 3VFAA 1DW6C 3O9FA 4FS4A 2QI5A 5P43A 1A30A 4EXGA 3VV7A 1LYBA 2FGUA 1K6CA 1GNOA 2CEJA 3DM6A 5P5QA 2Q64A 2I4DA 2V0ZC 4OBJA 4H3GA 5P3CA 2RKFA 2WF4A 3BGBA 3O9LB 4GJ8A 5P5WA 4I8ZA 5P2ZA 3K5FA 2WEDA 4HLAA 2QMGA 2ER9E 5P6CA 5AH6A 5SXNA 2V00A 3VUCA 2OAHA 1QBTA 5P7UA 2AOEA 2WHHA 2QMDA 1T7IA 3SLZA 1GVVA 5P4TA 5BS4A 4ER2E 1D4YA 1XN3A 4YD3A 3PLLA 5P8VA 1Q9PA 2JJJA 4M8XA 5P51A 4LXKA 3EM4A 5P5XA 5P2KA 2IEOA 5OZOA 1HSIA 3R4BA 4Z2ZA 1HTGA 4A6CA 4Y56A 3DK1A 3HW1A 2PMAA 5P4OA 3I25A 5P1EA 2V10C 1BDRA 2G26A 5DQ4A 4DV9A 2P3DA 5P1KA 3UDRA 4EJKA 3ER5E 4B77A 3TPJA 3OXCA 5P53A 3PWRA 4GIDA 1FQ6A 4J0YA 1TCWA 3ZKNA 3INHA 3TPRA 1W5YA 1SH9A 5P4IA 1D4HA 5OZZA 3IXJA 5P5ZA 2VIEA 1KJ7A 5P8BA 5P30A 1D4KA 3S85A 1DIFA 3BVAA 5DGWA 4OBDA 2VS2A 3PHVA 1HIHA 5OZSA 5P47A 4IVSA 3DV5A 3L3AA 3T7QA 5P4AA 4Y9WA 1T7JA 5P4HA 2G69A 4B70A 1GVTA 2NXDA 1FG6C 5P37A 4HDBA 2QI1A 2AQUA 1BXOA 5OZNA 3OU1B 3L5CA 2R8NA 3EMYA 4Y3LA 3PB5A 3DV1A 4JOOA 5OZGA 4J17A 4DI2A 3KDCA 4ZSQA 1MTBA 3PSYA 4M8YA 5P52A 5OYRA 4B1EA 2ZE1A 4ZPGA 4B72A 4L7HA 1T3RA 2VJ7A 1MT7A 5OZFA 4Y43A 3SA7A 4Y47A 1ZP8A 2HAHA 3M9FA 1NPWA 3K5CA 3OU4A 4JECA 5F01A 5P6SA 5P0CA 3JVWA 4FRSA 2PH6A 2NTRA 3WZ7A 1LV1A 3HAUA 3SA3A 3WB5A 2OHTA 2OHSA 5P7YA 1SIPA 1META 2QK5A 2G21A 3FX5A 3QP0A 4Y5KA 5P2BA 2WEBA 2J9JB 5HDXA 3INDA 5P3WA 5P54A 3S43B 1LF2A 4KB9A 4Y5GA 4QJ8A 4H3JA 4DJOA 3L5DA 3D3TA 5KR8A 6APRE 4Q1WA 1FQXA 5P1XA 3IA9A 1E82E 1BXQA 5P12A 4X7IA 4RVJA 2NMZA 3EL0A 3LINA 4Y4XA 4FGXA 2ZHRA 4ZSRA 2IGXA 2OHKA 1C6XA 4A6BA 5OYWA 4I0GA 4NPUA 1ODYA 5P2SA 1HPVA 5P4FA 1A94A 2AVMA 5IVSA 5P20A 4TRWA 5P49A 4EP2A 4PEPA 1TQFA 4YDFA 2AZ9A 1RV7A 3K1WA 1HIVA 5P8SA 1U8GA 5AGZA 3IN3A 4DH6A 4Y3ZA 5P02A 3APRE 4EPJA 4FRKA 3NLSA 5P7NA 5P84A 3PBDA 1IDBA 2I0AA 3D20A 5OZBA 4K9HA 5E5KA 4A4QA 1APWE 2P83A 1ME6A 3IXOA 1TSUA 3QS1A 5P2YA 3GGVA 5P68A 3T3CA 2ANLA 2QI7A 2QNPA 3NSHA 2RMPA 2F3EA 1PPLE 3URLA 4H1EA 5P4MA 5P7GA 3IXKA 4B78A 5P6AA 1D4JA 5P5YA 2UPJA 2G27A 3KFNA 5P57A 4COEA 4Y5NA 3ZKGA 4QJ7A 3QIHA 3NWQA 2I4XA 5P6HA 4WTUA 4RCEA 1HHPA 5P3QA 1RPIA 5P6BA 3NDXA 4L7JA 5TOLA 1ZPAA 1HVLA 2ZHTA 2OHUA 2R5QA 2ZDZA 1HVRA 3ZPUA 3OAGB 1ER8E 1PPME 5P8PA 1ZJ7A 5OYTA 4J1IA 3NU3A 5OZ9A 1F7AA 4JPEA 4HE9A 5HU1A 1LYWB 3N3IA 5P7CA 5ER2E 4OBHA 2O4KA 5P63A 3VYFA 1KJGA 4YCTA 5P2VA 5DR0A 4RCFA 3KFPA 3GGUA 4DQGA 3K4VA 4BFBA 1C6YA 2OHQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E5J A;  4GJA A;  2IS0 A;  1MT8 A;  3LPJ A;  4NJS A;  4PYV A;  4OD9 B;  4OBG A;  3PMY A;  3OQK A;  2BPX A;  2QNQ A;  5OZA A;  5P6Z A;  2WEA A;  3KDB A;  3VEU A;  1ODW A;  4Y45 A;  1SME A;  4KE0 A;  1FQ8 A;  1EPN E;  3U6A A;  4NJV A;  5P8L A;  1K2C A;  4U8W A;  3S7M A;  3R1G B;  1MES A;  2PSU A;  3LNK A;  5P14 A;  1IVP A;  2HPE A;  4FE6 A;  4Y4G A;  3EXO A;  4J5J A;  5P7E A;  5P4B A;  1UH9 A;  4LAP A;  4WY6 A;  3EL4 A;  5P0H A;  5P1A A;  3EKY A;  3T7P A;  4Y3Y A;  2A4F A;  2AOD A;  4Y4E A;  4APR E;  4KE1 A;  2WF3 A;  5P7O A;  4LXA A;  3EBZ A;  3NXE A;  3T6I A;  3QRV A;  5P1P A;  4B1D A;  4BFD A;  4DPF A;  1IZD A;  4EQ0 A;  1BIL A;  5HE5 A;  1M0B A;  1HOS A;  3EM3 A;  1HTE A;  1OHR A;  5P1Q A;  3NU4 A;  1BV7 A;  5P5T A;  2JYS A;  1W5X A;  1M43 A;  5P3M A;  2ZHS A;  4Y3X A;  4DJQ A;  1SDV A;  3UQP A;  5P6O A;  2BPZ A;  4CKU A;  1M4H A;  4I0H A;  4FSL A;  2F3K A;  5P0M A;  1OD1 A;  5P8R A;  4D88 A;  1VIK A;  3EKT A;  2QMF A;  4H3I A;  2ZHV A;  5P3X A;  5P1U A;  4J1E A;  4Y5M A;  2F3F A;  4Z22 A; 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 4YDG A;  4Y36 A;  2I4U A;  1EPP E;  3KF0 A;  1EAG A;  5P0K A;  5P09 A;  2F81 A;  4I10 A;  5DQ1 A;  4E43 A;  1SDU A;  3GGA A;  3HLO A;  4FM6 A;  3S54 A;  5OZW A;  5P1M A;  3WSJ A;  3MSJ A;  1MPP A;  4B05 A;  3I6O A;  2QI4 A;  2AZB A;  3KFR A;  2ZJK A;  2IKU A;  2QI0 A;  2H6S A;  4NJT A;  2QZL A;  3NXN A;  1IZE A;  5P71 A;  1ZTZ A;  4Y3T A;  5P2D A;  5P8M A;  3FV3 A;  3GI6 A;  5P6F A;  5OYU A;  3S56 A;  5OZK A;  3LIX A;  2G1Y A;  5OZC A;  4J1H A;  4YE3 A;  4XKX A;  3I7E A;  2NMY A;  4I0J A;  2BJU A;  1ZSF A;  5OZR A;  5COO A;  1HBV A;  5P1J A;  1K1U A;  5P0U A;  3UDY A;  3OU4 B;  5OZ3 A;  3PI0 A;  5OZQ A;  5KQF A;  1OEW A;  4Y53 A;  5JOD A;  4UPJ A;  4L1A A;  3OQF A;  3TOF A;  3LPK A;  1LZQ A;  4YOA A;  1LS5 A;  4J54 A;  4D85 A;  4FAE A;  2Q11 A;  5P4V A;  3SA6 A;  4Y3P A;  4GZF A;  5P3I A;  3OUD A;  3UDQ A;  4I0D A;  5P60 A;  2FS4 A;  5I3W A;  3FIV A;  2R9B A;  1XL2 A;  3KFS A;  4EYR A;  4AMT A;  2ER6 E;  1AZ5 A;  5SY2 A;  2HM1 A;  1WBK A;  3B7V A;  4DJU A;  4YHQ A;  2ZJL A;  1UH8 A;  4RRN A; 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 2FMB A;  5P77 A;  1AM5 A;  5P4X A;  1FMB A;  2HIZ A;  1KJF A;  3ECG A;  3OK9 A;  4Y3N A;  1FQ5 A;  2PWR A;  2VJ6 A;  2HPF A;  1WBM A;  4Y3A A;  2Q54 A;  5P61 A;  3IVI A;  1BBS A;  2JJI A;  5P0X A;  3Q4B A;  1WKR A;  5P07 A;  5P5D A;  3SA8 A;  1BV9 A;  3IVH A;  5P8Q A;  5P7P A;  1D4I A;  3UDH A;  2QU3 A;  5P1R A;  2XFI A;  5P6X A;  2G20 A;  5IVQ A;  5P04 A;  3UFL A;  5HU0 A;  1G0V A;  3UPJ A;  3ST5 A;  1YG9 A;  1XE6 A;  4DQC A;  5P67 A;  4OBF A;  1PSO E;  2B8V A;  5P0Y A;  3TL9 A;  2I4W A;  5P6Y A;  5P5J A;  5HCT A;  5P7V A;  4DFG A;  3BXS A;  5P83 A;  3UDK A;  5P38 A;  5P2T A;  3HD8 A;  5P5L A;  5P40 A;  5DR4 A;  1SGZ A;  1TSQ A;  2NXM A;  1G35 A;  2AVS A;  2XYF A;  5P25 A;  1LYA B;  2FLE A;  5P1Z A;  5T4S A;  5OZI A;  1MEU A;  2B7Z A;  2VIZ A;  3ZKI A;  5P7Z A;  2ASI A;  1ENT E;  3QAA A;  4ZEA A;  4OC6 B;  1ZSR A;  1YM4 A;  5C9D A;  1CZI E;  1EPQ E;  5P73 A;  3PWM A;  1AJV A;  2HB4 A;  5UPJ A;  5DR8 A;  1DMP A;  4MC1 A;  3S45 A;  3OTY A;  7UPJ A;  4EXH A;  5P59 A;  3LIV A;  4J0T A;  4CPW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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