2G1N | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	333
structure length	333
Chain Sequence	SSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__604529932478749__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__604529932478749__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2G1N/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__604529932478749__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"604529932478749","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2G1N/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__604529932478749__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd0802798eae897ca860bc/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd0802798eae897ca860bc/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd0802798eae897ca860bc/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd0802798eae897ca860bc/pdb.gz): 218 ms

reading 333 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

333 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:332});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Ketopiperazine-based renin inhibitors: Optimization of the "C" ring pubmed doi rcsb
molecule keywords	Renin
total genus	82
structure length	333
sequence length	333
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date	2006-02-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2g1nA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2g1nA01

3K5CA 1YM4A 2WHHA 5P0QA 1G35A 4FSLA 1IZDA 5P3SA 1QBRA 3LIYA 1YTHA 3KFNA 3QVCA 3MSJA 5ER2E 3PI0A 1W51A 5I3WA 1HPVA 4Y5EA 3PWWA 2PMAA 6UPJA 3L3AA 5OZ3A 3U7SA 1SIPA 4RVIA 5P7MA 2WJOA 5IE1A 4DJPA 5OZHA 4COEA 1ME6A 1SDVA 1SP5A 1C70A 1MT7A 4OBZB 3DV1A 2P4JA 5P1LA 2HB4A 1WBMA 4J1FA 4FM7A 5P0TA 3ST5A 4JECA 1GKTA 2F8GA 4HDBA 4Y3FA 1HVRA 4Y56A 4FM8A 5KR1A 2ZGAA 4I0ZA 5P7OA 5DR0A 2OHKA 3EKPA 2V12C 3VYFA 2MIPA 1ER8E 2J9JB 2WEBA 1TCXA 1T7JA 4I8ZA 1QRPE 5OYZA 4FE6A 3SAAA 3DJKA 5P3TA 1HVJA 4HA5A 5UPJA 3ZKGA 5P6EA 4B77A 5P0MA 1G2KA 4YBFA 3LZSA 5P2IA 3OQDA 1ZPKA 5P1VA 5P8FA 2J9KA 3KT5A 3LIQA 1RNEA 5JG1A 3VV8A 5P2YA 4CMSA 4FAFA 2R3WA 2P3CA 5DQ1A 3MXDA 3O9LA 1HVLA 3TOGA 2WECA 3OUCA 3DCKA 5OZ7A 3ER5E 5P47A 3LNKA 4Z22A 5P4EA 5P7WA 3NDXA 3VLAA 5P4PA 4ZE6A 1CMSA 2WEAA 5P8VA 1RV7A 4DJUA 2OHRA 3L5DA 3UDPA 2PK5A 4GB2A 2P8HA 5KQFA 3I8WA 4LBTA 2B7ZA 1BVEA 1KJ4A 7HVPA 4Q1XA 2OAHA 5P12A 5P3BA 1LYAA 3HW1A 3A2OA 4TRWA 5P3EA 5P18A 4QJ8A 5P5UA 3FSMA 4KE0A 3OUDB 5OZTA 4IVSA 4CPXA 3QP0A 3TPPA 2G22A 2VS2A 1K1TA 2PWRA 5P1XA 2V00A 1NSOA 1K6CA 5HCTA 4OBGA 3S43B 1D4SA 2ZE1A 1XL5A 3FIVA 2H6TA 3BXSA 3PM4A 3NDUA 3CYXA 3GI0A 1ZAPA 4L6BA 5P62A 2WF1A 4DFGA 1FMBA 3KN0A 3O9EA 5DR7A 1HXBA 2R8NA 3KT2A 5P0XA 2AOJA 5P1MA 1HPSA 1M43A 2G1OA 5P25A 5P3OA 5I3VA 1MUIA 3K5FA 2NTRA 1B11A 2VIYA 5OZ8A 3GI4A 2V11C 3OQAA 5P1UA 5P64A 3GGXA 4A6BA 4K4QA 4JPEA 3FKTA 4J0TA 5OZNA 5AHAA 5P6CA 3ZOVA 1YX9A 4Y3AA 2PYMA 4EQJA 3SO9A 2EWYA 3OGQA 5P3NA 5P2ZA 5P3AA 4QJAA 5P8RA 5P6NA 5P2WA 1FB7A 4DJOA 4PZXA 3KYRA 1TW7A 3IXJA 1SMEA 3EKXA 4DV9A 3O9IA 5P33A 5P2XA 4QJ7A 5OZGA 5DQ4A 3UQPA 5P6OA 4Y4DA 4B00A 5P1JA 5OZXA 5P6DA 5P4XA 1MTRA 2QI1A 4EP2A 3VSXA 2WEZA 5P1PA 1EBWA 4Y45A 4YDFA 4AMTA 2QP8A 3SFCA 4R8YA 2FGUA 1B6LA 1HSGA 1NPWA 4Y4WA 5AGZA 5AH7A 1EPPE 5P5TA 1FIVA 4NJVA 3INEA 3BXRA 5P59A 4YD4A 3IN3A 4Y36A 1K6PA 3NDWA 4RCEA 5OZZA 1QBUA 4RYCA 3HVGA 4MC2A 4OBKA 4GMIA 4FAEA 3EL5A 1PSOE 3IAWA 2QI0A 5P50A 4Y39A 5DR3A 5HU1A 5KR2A 3HD8A 2PC0A 5P6VA 1ODWA 5KR8A 3UQRA 3RU1A 5P1CA 1BWBA 1HXWA 1BILA 1ZPAA 3LZUA 5P0JA 1FFFC 5HD0A 5P7FA 5P1HA 2I4XA 4Y37A 5P8KA 2NNKA 3SKGA 2VJ6A 1MSNA 1SGZA 5P7RA 4J0VA 3R0WA 3ER3E 1W5VA 2NPHA 4OD9A 3FNSA 2RSPA 4HDFA 2AOEA 3NYGA 2QHZA 1AVFA 3OTYA 3SABA 1FGCC 3SACA 3EM6A 4QJ2A 5P2BA 1OEXA 5COOA 2P3AA 1BV9A 5P4OA 4Y3GA 3DM6A 1F34A 2V16C 3PCWA 3K1WA 3T11A 5P5QA 5P5NA 5BS4A 4E43A 2AOHA 3INFA 2VA5A 3PGIA 5P1YA 5DR4A 2OHSA 3AIDA 1GVWA 5P55A 5P8IA 4PZWA 1Z1RA 2QHYA 3UDYA 2F81A 2QMFA 5ENKA 5P7DA 4ACUA 4LXMA 3SA5A 3OXCA 5P7QA 2Z54A 3IXOA 4K9HA 1MPPA 3ZL7A 2IL2A 1DAZC 5P65A 3PWMA 3D20A 2RKGA 3LIZA 5P0HA 4BELA 3ZMGA 3T7QA 2ER0E 5P3VA 3NDTA 4D85A 4FLGA 4OBHA 2QI7A 5P1ZA 1FEJC 5SY2A 5I3YA 5P10A 3TOFA 4Y5BA 4EJ8A 2V13A 1DW6C 2OHNA 5P31A 2IENA 3S7LA 3UF3A 3HAWA 5P7BA 3QN8A 1FQ6A 3WZ6A 3TH9A 4DH6A 5P34A 3KMXA 5P78A 5P86A 5P04A 4EJDA 4F76A 4YCKA 2O4LA 3URIA 2FIVA 4Y5AA 2NXDA 4QJ9A 4D83A 4K4RA 5OZJA 5P0OA 1FQ4A 3VF7A 1EBKC 3T7XA 2UXZA 5OZ2A 2QCIA 4B1CA 5OZ1A 1ENTE 5OYRA 3S85A 5P4DA 4DJYA 4ER2E 5P37A 1B6JA 5P5YA 3TTPA 2F3FA 5P2FA 4DPIA 5P20A 5P42A 1ZTZA 3R4BA 3GGUA 3GGAA 2P3BB 5P0PA 4EJLA 3NWXA 5P8GA 5P08A 1IIQA 1IVQA 2VJ9A 2NNPA 2QZLA 5P5SA 5P7YA 3TPLA 1LYBB 3NUJA 4YCYA 1UH7A 4TVHA 5P5XA 4FM6A 2I4VA 5P63A 4J5JA 4AUCA 3BUGA 1LYWA 5OZOA 1OD1A 4NKKA 5HDUA 5DR8A 5OYVA 1SBGA 1HBVA 3LPIA 5P3JA 1VIJA 5P89A 5P3MA 4Y9WA 3NR6A 5IVRA 5P05A 3SPKA 4GJ5A 3RTMA 2G94A 4JPCA 1KZKA 2VA6A 1AXAA 3IA9A 5P72A 4CKUA 4Y5CA 5AH6A 3PJ6A 3KDCA 5KR0A 4GZFA 3EM3A 4Y51A 2QI4A 3INDA 2QI3A 3TLHA 5OYTA 4HDPA 3CKPA 4Y3HA 2Q5KA 3VEUA 1KJFA 2IKUA 4FIVA 4EXGA 3JVWA 1M0BA 1W50A 2AQUA 3C9XA 4J1EA 4GJ9A 5P51A 4A6CA 4D89A 5COKA 1C6ZA 5PEPA 3GI6A 4GJ6A 5ISKA 4MC9A 4NJTA 3T3CA 5P3RA 1BV7A 1EPQE 3VUCA 3NLSA 5P5EA 5AH9A 2BPVA 5AHBA 2ZYEA 5DPZA 9HVPA 4ZPEA 5P3HA 3I6OA 4RRNA 2AOFA 5P4YA 5J25A 2PK6A 4WTUA 2ER7E 1YTJA 2FNSA 3VYDA 5P6WA 2FXEA 2ZJLA 4U7QA 3PRSA 1B6PA 5P8AA 2G24A 3OU4B 5P6LA 5P0AA 5P0DA 1SGUA 5P15A 1FG6C 4J17A 4AA9A 2PSGA 2IQGA 5P5OA 2V0ZC 5JODA 2BKTA 5P6JA 5P3WA 1MT8A 4RZ1A 2B8VA 1AAQA 1HHPA 4DJXA 1FKNA 5P4BA 4LC7A 3N4LA 1C6XA 2FDDA 3Q3TA 5P68A 3VLBA 5P66A 4MC6A 1IDAA 1HTRB 4B0QA 3OAGA 4Y5KA 2PQZA 3U6AA 1VIKA 3H0BA 1ODXA 1LF2A 4DJRA 1A94A 5P70A 3O9GA 3UTLA 3NXNA 1LYAB 4RGHA 5DQCA 2QI6A 5ENMA 5OZIA 4DQEA 2Q63A 5P2JA 4QLHA 1FQ7A 4L1AA 1B5FA 1HWRA 5P26A 2AZ8A 3QBFA 3WSJA 1HEGE 1N49A 4OC6A 5P0CA 5OZYA 1D4LA 2BB9A 4EQ0A 5B18A 1T6EX 4CP7A 4YD6A 3SLZA 3QRVA 2QI5A 1MT9A 5P6BA 3KFSA 3L5EA 3OU1B 3BUFA 3OGPA 5P0VA 2BKSA 1DIFA 2I0DA 2BPZA 4PHVA 1G6LA 4Q1YA 4Y3MA 5P2LA 5P2AA 5AHCA 4GJBA 4OBJA 1IZEA 4ZPFA 3PBDA 2JYSA 5P5HA 1F7AA 1MRXA 4H1EA 2ZJNA 4CPRA 5P4CA 1WKRA 4I0FA 3AUPA 1WBKA 3QRMA 4YA8A 3VV7A 2XYEA 2P3DA 5P02A 4D88A 3KFPA 5P6UA 5P09A 5P46A 1BDRA 2NMYA 4TVGA 3LINA 3TPJA 4J0PA 3EC0A 1MVPA 4Y4XA 5KAOA 4H3JA 3KM4A 5P4VA 3EKYA 5OZBA 5P2CA 2ZJKA 5P4NA 3L5CA 3HDKA 4RVJA 1PSAA 4F75A 2NR6A 5P2EA 1GNOA 4KB9A 3TNEA 3MXEA 2JJIA 2FDPA 5P2SA 1SDUA 3QVIA 5HCOA 5P88A 4R95A 3FNTA 4XXSA 3EKTA 4Y5PA 4OBZA 2A1EA 4Y4JA 1TCWA 4FS4A 5P3YA 5P87A 5P1KA 3O9FA 5P30A 4ACXA 3CYWA 1DP5A 3OUAA 5P24A 5ISJA 5P16A 2IGYA 2Q64A 1PFZA 2F3KA 4I0GA 2Q11A 1QS8A 3ZKIA 4Y3DA 1PSNA 3O9CA 5DGWA 3UCBA 3M9FA 5P07A 3INHA 5P2TA 3TPRA 1FLHA 1NPVA 3PVKA 4ER1E 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5P5M A;  3QI1 A;  1IZH A;  4TRY A;  5EZZ A;  1E5O E;  2BBB A;  5P0W A;  2BPW A;  1EAG A;  2VJ7 A;  4XX4 A;  3D1X A;  3SA6 A;  3IXK A;  5OZW A;  5KQX A;  3TKG A;  1W5X A;  5P5L A;  5P57 A;  2G27 A;  5COP A;  5HE5 A;  5P8L A;  5P5R A;  4XX3 A;  5P4A A;  4CPW A;  4CPT A;  2FMB A;  4FRS A;  2BPX A;  3IVI A;  3TOH A;  4XKX A;  4YOB A;  4FRI A;  4J1H A;  5C9F A;  1TSQ A;  4Y3E A;  2R3T A;  5OZ9 A;  4FCO A;  5SXN A;  1FF0 C;  1LV1 A;  3LIT A;  5OZD A;  1MTB A;  4ZPG A;  2WF4 A;  5DR1 A;  3SA4 A;  5P3P A;  2QU2 A;  1AJX A;  2HPE A;  1A8K A;  4RYG A;  1HSH A;  1QBT A;  3APR E;  5P79 A;  4Y4U A;  1EPL E;  3LIX A;  2QMG A;  1ZJ7 A;  4R93 A;  5F01 A;  4GJC A;  1W6I A;  5FIV A;  1FMX A;  5P73 A;  1HTG A;  3OXX A;  5IVQ A;  5P5D A;  5P7G A;  4B78 A;  2ZJH A;  5E5K A;  3K4V C;  4K8S A;  2Q15 A;  1HEF E;  2B8L A;  3LZY A;  2OHP A;  5P5A A;  4Y4Z A;  5P3L A;  3Q6Y A;  4I12 A;  5F00 A;  1EC3 A;  3I7E A;  1YT9 A;  3OAG B;  2I1A A;  3VF5 A;  2ZHS A;  3O9A A;  4YBI A;  1A9M A;  1FFI C;  4Y3S A;  5P8Q A;  5JFP A;  2ZHV A;  4HLA A;  4N00 A;  2CEM A;  3UFN A;  2AOI A;  2VIE A;  1FQ8 A;  4I0D A;  4ZSR A;  1QBS A;  2QMD A;  2JJJ A;  5P4M A;  4Y47 A;  3EM4 A;  3ZKN A;  1W5W A;  5P0Y A;  2VNM A;  1B5F B;  3APP A;  5P14 A;  1HIH A;  4LHH A;  4DJV A;  3PEP A;  7UPJ A;  1APV E;  3S8I A;  4TRZ A;  4EXH A;  4OC6 B;  5P3Q A;  5P7L A;  5P5C A;  2QNQ A;  1MET A;  5P5Z A;  5P44 A;  4I8W A;  4APE A;  2QHC A;  4YHQ A;  5P54 A;  3L59 A;  3BHE A;  1C6Y A;  2HM1 A;  1NH0 A;  2O40 A;  5P06 A;  1ZP8 A;  2XFI A;  4DVF A;  5IVT A;  5P0B A;  1TSU A;  5P7J A;  1BBS A;  3IN4 A;  3HZC A;  3IGB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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