2H6TA

Secreted aspartic proteinase (sap) 3 from candida albicans complexed with pepstatin a
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
340
structure length
340
Chain Sequence
QTVPVKLINEQVSYASDITVGSNKQKLTVVIDTGSSDLWVPDSQVSCQAGQGQDPNFCKNEGTYSPSSSSSSQNLNSPFSIEYGDGTTSQGTWYKDTIGFGGISITKQQFADVTSTSVDQGILGIGYKTHEAEGNYDNVPVTLKNQGIISKNAYSLYLNSRQATSGQIIFGGVDNAKYSGTLIALPVTSDNELRIHLNTVKVAGQSINADVDVLLDSGTTITYLQQGVADQVISAFNGQETYDANGNLFYLVDCNLSGSVDFAFDKNAKISVPASEFTAPLYTEDGQVYDQCQLLFGTSDYNILGDNFLRSAYIVYDLDDNEISLAQVKYTTASNIAALT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the secreted aspartic proteinase 3 from Candida albicans and its complex with pepstatin A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Candidapepsin-3
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Candida albicans
total genus 94
structure length 340
sequence length 340
ec nomenclature ec 3.4.23.24: Candidapepsin.
pdb deposition date 2006-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2h6tA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2h6tA01
4RVJA 4Y39A 5P5IA 4Y3PA 3FIVA 2FDDA 1MTBA 1W51A 3FNSA 2VKMA 4FSEA 4ACUA 2NXLA 2NNKA 2I4DA 2Q11A 4GYEA 1B6JA 1GVWA 3DV1A 5P5ZA 4HDBA 3T11A 5P41A 2FXDA 4Y3AA 1K2BA 3EKVA 2O4LA 1LYWB 4CPRA 3OTSA 1UH9A 1RPIA 3LZUA 5KQYA 1LYAB 2I1AA 4OBDA 5HD0A 2R43A 3O9BA 3KFPA 2QHZA 3NSHA 2BPXA 1BV7A 3O9EA 3L3AA 3SACA 5DQ1A 5P4CA 4Y5EA 5IVSA 2QI7A 5P74A 1AAQA 4J1CA 5OYVA 1META 4Q1WA 5COKA 4GJ5A 1K1UA 4I0DA 5P23A 3G70A 2ZE1A 2G94A 5P84A 3HDKA 5SZ9A 1HVKA 5P8RA 5P7CA 2O40A 3OQFA 3K4VC 5P3EA 4GIDA 4LXAA 3OQKA 3DOXA 3OOZA 5P86A 3GI5A 2XFJA 4J17A 5P4VA 4EJ8A 2FNTA 5OZAA 1EC0A 4YHQA 1IDBA 4F73A 4FSLA 4DJRA 3VSWA 3OXVA 3DCRA 4R95A 4I0GA 2RKGA 4CPQA 1FLHA 5OZ4A 3OUCA 4B77A 1HPOA 2HS1A 5B18A 4OBKA 1B6PA 5P0ZA 2G1YA 3TKGA 5P2UA 2AOCA 5P45A 2VA5A 3SA9A 3PWRA 4JPCA 4L6BA 3IGBA 2HIZA 1MUIA 4DPFA 3OGPA 2BKTA 1VIKA 2XFIA 4EXGA 3SM2A 3OAGB 4APEA 1FMUA 3ZOVA 3IVIA 5P4IA 5P0BA 4Y3QA 2UY0A 4H3GA 5HE5A 5P24A 2G26A 1B11A 5OZMA 4F75A 5AH9A 5P46A 2QI3A 4FAFA 3EKPA 5P0FA 5P08A 1LS5A 4Y56A 3EMYA 4DQBA 3LIZA 3GGAA 3HVGA 5P1IA 5P4OA 1AZ5A 5P6XA 4YBFA 3DCKA 1ZPAA 5P5TA 1FB7A 1PROA 1GVUA 1QS8A 3WSJA 4FM6A 5P68A 5P3QA 4R8YA 2QMPA 4ZPGA 3OTYA 3PWMA 3CICA 1SDUA 1OEWA 2WEDA 5P7AA 4J1FA 2FMBA 5P5QA 3OHFA 4OC6B 5DQ5A 4AZYA 3UTLA 3HAWA 5P7BA 3Q5HA 4BELA 1XL2A 5OYQA 4WTUA 1U8GA 5DPZA 4L7JA 1PPLE 1PSOE 1FQXA 1K6PA 1EBWA 4FM7A 3PWWA 5P1UA 3S45A 1G2KA 1EEDP 4ER4E 4YD7A 2HB4A 4U7QA 5P4BA 4DQHA 4D8CA 2AOHA 5P2JA 5P63A 4X7IA 3RSVA 3NUJA 5P4SA 5P64A 1MSMA 2JJJA 2FGVA 4FLGA 5OZEA 5P4QA 5P26A 3OUDA 5P3AA 2PYMA 1XE5A 5OZ5A 5P3SA 5OZ1A 1MRXA 4OD9B 4J1HA 3U71A 5P29A 5AHAA 3D20A 2AIDA 4EQJA 2PC0A 4Y4UA 2HS2A 4M8XA 4R91A 1HVIA 5OZVA 4FIVA 5DQ4A 2XYFA 2V11C 1HTGA 3RSXA 4HDFA 1LF3A 1SMEA 2FS4A 3NDWA 5P1PA 4KE1A 3RVIA 4J54A 3KF0A 2VJ9A 3K5FA 3L58A 5KOQA 5P6QA 2BJUA 3OADA 5P6HA 3TKWA 5C9DA 5P4TA 3UQXA 5P4GA 4GJ7A 3UDRA 5P55A 4Y5NA 1APTE 1LZQA 1A8GA 5P7XA 5P7NA 1ZAPA 5P51A 4TRZA 5P8NA 3WB4A 1EPQE 3TPRA 3KMYA 1TZSA 1C6XA 5P83A 2RSPA 4L7HA 2SAMA 3HZCA 1B5FB 5P4NA 4MC1A 2QHYA 3NR6A 4GJ8A 5P72A 3S53A 5P7WA 5KQXA 2BPYA 5P4AA 4RVXA 5P8UA 3IAWA 5P4EA 5P04A 4B78A 4Y3GA 4Y3RA 3VV7A 4Y5PA 4ZSPA 4QJ6A 4YCKA 4MC9A 5P8QA 1PFZA 3PBZA 1HWRA 2QD7A 4HEGA 1E82E 3OU1B 4Q5MA 4YDGA 2WEBA 5OZ6A 5UPJA 5P2RA 2AOEA 2IGYA 3ZLQA 5P5KA 1MPPA 2R3TA 5P1DA 3LITA 3OXCA 4X2LA 2ZJKA 3OWNA 1MSNA 5P5CA 1BVEA 5P8LA 3EKQA 1BBSA 5P0YA 5ISJA 4QGIA 1IZDA 4Y6MA 3UDMA 2ZJJA 3URLA 1APUE 1ZBGA 5P0RA 4H1EA 5P5AA 5P4FA 3SA4A 5P7GA 3LZSA 5JG1A 4DI2A 3NWQA 2UPJA 5I3WA 5P2EA 1LF2A 5F01A 3VF7A 3UFLA 1HIIA 5P0OA 2QU3A 2ZGAA 3UDPA 1UPJA 2G69A 4MC2A 5P00A 5P5HA 3RU1A 3K5GA 5P4HA 1KJHA 3ZKSA 1HTFA 4PEPA 4LHHA 3VF3A 3LPKA 3OU3A 3BVAA 5P5OA 4Y3HA 1EPPE 3FKTA 3EKYA 4K4QA 4RRNA 3VV6A 3S7MA 5IVQA 4B72A 1HIVA 3VSXA 4Y36A 3RTMA 2P3BA 2QI0A 3CKRA 5P6OA 3D1XA 5ISKA 2FLEA 5P65A 2BPWA 3LPIA 4Y5KA 3OU4B 5P3BA 1D4HA 3SABA 3NXNA 5KR8A 2HPEA 5OYWA 5P80A 3LIQA 4Y3DA 5P56A 1TQFA 5P2ZA 5P7JA 4DJXA 3L5FA 4DJQA 4Y3FA 1BXOA 5P57A 1IVPA 5OZSA 4ZIPA 5P6AA 3KA2A 3UDHA 2QZKA 3ZPSA 3PI5A 3SM1A 1KJ7A 1LF4A 5P6ZA 2IDWA 3U6AA 3APPA 5P0IA 2PQZA 3D3TA 3EL4A 3HVPA 4RYGA 2IKUA 4I1CA 5P31A 2WKZA 4Y50A 4DQGA 2F3FA 4NPUA 1AIDA 5P6SA 5OZ8A 2FDPA 4OBZA 3R0YA 3SO9A 2RENA 2G22A 3BUHA 4B1DA 3OY4A 4Y38A 2VA6A 4JOOA 3ZPTA 3KFRA 4K4PA 4GJ6A 3ECGA 1HPXA 1YX9A 2PH6A 2QD6A 5P61A 5IVRA 4TVGA 5CLMA 1DMPA 2WF4A 1AXAA 3EKXA 5ENMA 3QIHA 5P15A 2CENA 2IL2A 4L1AA 2AOFA 5P0AA 4RCDA 1CMSA 1A30A 3O9FA 1NPWA 4JPEA 3JVYA 1K2CA 2QI4A 3HAUA 5P3ZA 3UDNA 3LZVA 3QROA 2J9JA 2I4QA 2G24A 5P8HA 1W5WA 2JYSA 4DVFA 4Y3MA 5BRYA 5P2CA 4LP9A 5P60A 4DUSA 1Q9PA 5P0HA 4YD3A 2Z54A 1BVGA 5P5UA 3TPLA 5IS4A 3WZ7A 1PSAA 2WF2A 3TLHA 4FRKA 1APWE 1Z1HA 3O99A 5IE1A 6FIVA 1IZHA 1MIQA 5P5VA 5P2LA 5P58A 5P2XA 3LNKA 5HE4A 3T7XA 1EBZA 4BEKA 2P3DA 3GI0A 5P5PA 5P1KA 1AJXA 5P7PA 5T4SA 5P02A 5P01A 4I0FA 3N3IA 3O9IA 5DR3A 4RCFA 3L5EA 3I25A 4FE6A 3K1WA 4ZSRA 5P7SA 4PPHA 3VCMA 2P8HA 3MWSA 5P7KA 1GVTA 4WY1A 5P4PA 4XXSA 3WZ6A 1KJ4A 4DJUA 3INDA 3FV3A 4YA8A 3S85A 2O4SA 4Y41A 5P3JA 3R1GB 4NJVA 1E80E 3BGCA 4GJDA 5P87A 2Q55A 1YM4A 5P3MA 3S43B 3HD8A 4Y4ZA 2F8GA 2OHRA 5P11A 1DIFA 1QBTA 2ER9E 2IGXA 1D4IA 2NMYA 5ENKA 1FGCC 5P3YA 5P71A 1IIQA 4YDFA 5P7UA 1M43A 5P47A 5P1TA 2ZJLA 1RL8A 5P05A 3SKFA 3LIYA 5PEPA 5P82A 4BFBA 5P8CA 3ZKMA 3OQ7A 3NU3A 4FGXA 3ER5E 2G27A 4PHVA 5P0NA 4RLDA 5AH8A 5P59A 2QI1A 1W5XA 1AJVA 5P2MA 2J9KA 4AUCA 5P4ZA 3RTNA 1B6KA 2QZLA 2AZCA 5OZTA 5P6IA 3G6ZA 4Z2ZA 2HPFA 4Z50A 3VG1A 4YOAA 4Y3LA 3QVCA 2I4XA 4WY6A 1YT9A 2QHCA 5P09A 5P6NA 3NDTA 3LHGA 4Y3ZA 5P34A 3Q6YA 5P1YA 1RV7A 2Q54A 5P50A 4Q1NA 3PBDA 2B8LA 4KB9A 2PK6A 5P8EA 1E5OE 1HVRA 1SBGA 4ZEAA 3BHEA 2I0DA 1YTGA 5P06A 4J0VA 5OZGA 5P8JA 5EZZA 2VJ7A 1C6YA 3MSKA 4FRJA 4I0ZA 3CKPA 2OHMA 3TOFA 5P3RA 4N00A 3SKGA 5P6JA 1FEJC 1QBRA 2B7FA 5P5BA 2NR6A 2VIYA 3O9LA 4RCEA 2OHSA 1FFFC 1RNEA 3UFNA 3DUYA 4Y35A 5BS4A 1HRNA 1W6HA 1HSIA 3QBHA 5OZWA 3BUFA 3INHA 3PGIA 4J5JA 5P6UA 2F3KA 5P2DA 5ER2E 3NYGA 1WKRA 2IQGA 5P8PA 4ACXA 3L38A 1HPSA 5P2IA 1K6TA 2R38A 3OHHA 5P52A 1SDTA 4Y3EA 3OADB 5P67A 2QP8A 5P54A 5P3IA 2G21A 1UH8A 3OXXA 4J0ZA 4Z4XA 3QPJA 3TOGA 1HPVA 2WECA 5OYRA 1HIHA 5P7DA 5OZCA 4Y5MA 1EPME 4EHCA 5P6WA 1LYAA 1NPVA 3KYRA 1YTJA 3EKTA 3EL9A 4R5NA 5P6DA 4ZPFA 5P8SA 3NLSA 3R4BA 2OHKA 3S8IA 2QNQA 7UPJA 5P0UA 3APRE 5OZKA 4YD6A 5P6YA 1ODYA 1EPRE 3GI4A 3KDCA 4K4RA 2WEAA 4CPUA 1IVQA 4Y51A 2APRA 2BB9A 2IS0A 1QDMA 2RKFA 3UHLA 1VIJA 2HB2A 5P8FA 3CYWA 3I7EA 2PWCA 2IRZA 2PMAA 3JW2A 3O9CA 4DJYA 2OHQA 5P73A 5P3TA 5P2GA 4QJ2A 5P2AA 2QMDA 2FXEA 3H0BA 4DJVA 5OZRA 4I8WA 5P1WA 4FCOA 2FDEA 2V13A 5P3LA 3B7VA 2NPHA 3S54A 1HXBA 2QK5A 4QJAA 3UQWA 5P7QA 5P13A 3INEA 1YM2A 5P3GA 1A8KA 5KAOA 5P5EA 2G1RA 4RVIA 4CMSA 2O4KA 5P28A 2HM1A 1OHRA 3EL0A 4NPTA 2B42A 3QS1A 4OBJA 4D88A 2XFKA 3DK1A 5P43A 3LPJA 5P75A 3OOTA 5P5YA 5P6BA 3OAGA 2WJOA 1HBVA 5AHCA 5P3VA 2ANLA 1LYBA 5FIVA 4Y3SA 1FQ4A 5P7MA 4R93A 1ENTE 1FKNA 1TCXA 2IKOA 5KQZA 2G1OA 5P1OA 4Y4TA 4A6CA 3QVIA 2AOIA 1TCWA 1ZP8A 1LV1A 3EL5A 1KJFA 5P4RA 2VNNA 1SGZA 5HCTA 5DGUA 3VYDA 5P25A 3L59A 2PSVA 2AVMA 5I3VA 1EPLE 5P62A 1GNMA 4PYVA 4EJLA 2AVVA 3NDXA 2P3CA 3PHVA 2WF0A 2A1EA 4QLHA 3JVWA 4Y4JA 5P85A 3SPKA 4OC6A 4CPWA 3QI1A 4GB2A 2BPZA 1T7IA 2PSGA 5OZOA 3ZKGA 5P2KA 3OGQA 1HSGA 2BKSA 5P0LA 3SA3A 2R5PA 4XX4A 5P6CA 1CPIA 2QI5A 3CMSA 3DM6A 5P0PA 6APRE 1BDQA 1C70A 4L7GA 5P7EA 4OBFA 1NH0A 1EC3A 3GI6A 4H3FA 4KUPA 1MVPA 3T7PA 4ER1E 5P0CA 5P33A 1FG6C 5P16A 3L5CA 5AHBA 2A4FA 2R9BA 4D83A 4GJ9A 5P6FA 4GMIA 1T6EX 5P3DA 5P8AA 2IENA 5P7TA 2B7ZA 4J55A 4Y58A 3TOHA 1SH9A 3EKWA 1Z8CA 4HDPA 3PLDA 2H6SA 4L1AB 4NJUA 5P0SA 2AZBA 3INFA 3TH9A 3L5DA 1PPKE 3UPJA 3DV5A 4QJ7A 3TPPA 5HVPA 4I8ZA 1EAGA 4CP7A 5IVTA 1BDLA 5P37A 5DR7A 5P77A 5HDVA 5P1RA 5OZFA 5P0DA 2OHNA 2WEZA 3EM4A 3MXEA 2QNNA 2WF3A 5P4JA 2QD8A 3T6IA 3IVHA 3KFSA 1B6MA 2WL0A 1FQ8A 3FNTA 4ZE6A 5P0KA 1A94A 3PEPA 4Y4EA 5P3UA 1AVFA 1D4KA 5OYYA 5P6PA 2FNSA 3ER3E 5P3XA 3ST5A 1HEGE 5JFUA 1D4JA 4GJCA 5P4DA 1B5FA 4J1IA 4B1CA 5P6KA 4I11A 1T6GA 5P8MA 1HXWA 5C9FA 2VA7A 2QZXA 3DJKA 5COOA 1FQ7A 2OAHA 3UQRA 1T7JA 3KT5A 3HLOA 2G1NA 2NTRA 3KMXA 2O4PA 2H6TA 2AVOA 3QAAA 5P14A 5P2OA 3OU1A 5P6LA 5HTZA 5I70A 5P38A 3R0WA 5HDZA 1AM5A 3SAAA 5P18A 5P7IA 5J25A 5P5SA 5KR1A 5P1XA 4J0YA 4GJBA 4GZFA 4LC7A 4Y37A 1N49A 1NSOA 3Q70A 1MTRA 1SP5A 4A4QA 4Y57A 2JJIA 4S1GA 5OYTA 3NU5A 1TW7A 3WZ8A 2OF0A 2QZWA 5I3XA 2AOJA 2HAHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RVJ A;  4Y39 A;  5P5I A;  4Y3P A;  3FIV A;  2FDD A;  1MTB A;  1W51 A;  3FNS A;  2VKM A;  4FSE A;  4ACU A;  2NXL A;  2NNK A;  2I4D A;  2Q11 A;  4GYE A;  1B6J A;  1GVW A;  3DV1 A;  5P5Z A;  4HDB A;  3T11 A;  5P41 A;  2FXD A;  4Y3A A;  1K2B A;  3EKV A;  2O4L A;  1LYW B;  4CPR A;  3OTS A;  1UH9 A;  1RPI A;  3LZU A;  5KQY A;  1LYA B;  2I1A A;  4OBD A;  5HD0 A;  2R43 A;  3O9B A;  3KFP A;  2QHZ A;  3NSH A;  2BPX A;  1BV7 A;  3O9E A;  3L3A A;  3SAC A;  5DQ1 A;  5P4C A;  4Y5E A;  5IVS A;  2QI7 A;  5P74 A;  1AAQ A;  4J1C A;  5OYV A;  1MET A;  4Q1W A;  5COK A;  4GJ5 A;  1K1U A;  4I0D A;  5P23 A;  3G70 A;  2ZE1 A;  2G94 A;  5P84 A;  3HDK A;  5SZ9 A;  1HVK A;  5P8R A;  5P7C A;  2O40 A;  3OQF A;  3K4V C;  5P3E A;  4GID A;  4LXA A;  3OQK A;  3DOX A;  3OOZ A;  5P86 A;  3GI5 A;  2XFJ A;  4J17 A;  5P4V A;  4EJ8 A;  2FNT A;  5OZA A;  1EC0 A;  4YHQ A;  1IDB A;  4F73 A;  4FSL A;  4DJR A;  3VSW A;  3OXV A;  3DCR A;  4R95 A;  4I0G A;  2RKG A;  4CPQ A;  1FLH A;  5OZ4 A;  3OUC A;  4B77 A;  1HPO A;  2HS1 A;  5B18 A;  4OBK A;  1B6P A;  5P0Z A;  2G1Y A;  3TKG A;  5P2U A;  2AOC A;  5P45 A;  2VA5 A;  3SA9 A;  3PWR A;  4JPC A;  4L6B A;  3IGB A;  2HIZ A;  1MUI A;  4DPF A;  3OGP A;  2BKT A;  1VIK A;  2XFI A;  4EXG A;  3SM2 A;  3OAG B;  4APE A;  1FMU A;  3ZOV A;  3IVI A;  5P4I A;  5P0B A;  4Y3Q A;  2UY0 A;  4H3G A;  5HE5 A;  5P24 A;  2G26 A;  1B11 A;  5OZM A;  4F75 A;  5AH9 A;  5P46 A;  2QI3 A;  4FAF A;  3EKP A;  5P0F A;  5P08 A;  1LS5 A;  4Y56 A;  3EMY A;  4DQB A;  3LIZ A;  3GGA A;  3HVG A;  5P1I A;  5P4O A;  1AZ5 A;  5P6X A;  4YBF A;  3DCK A;  1ZPA A;  5P5T A;  1FB7 A;  1PRO A;  1GVU A;  1QS8 A;  3WSJ A;  4FM6 A;  5P68 A;  5P3Q A;  4R8Y A;  2QMP A;  4ZPG A;  3OTY A;  3PWM A;  3CIC A;  1SDU A;  1OEW A;  2WED A;  5P7A A;  4J1F A;  2FMB A;  5P5Q A;  3OHF A;  4OC6 B;  5DQ5 A;  4AZY A;  3UTL A;  3HAW A;  5P7B A;  3Q5H A;  4BEL A;  1XL2 A;  5OYQ A;  4WTU A;  1U8G A;  5DPZ A;  4L7J A;  1PPL E;  1PSO E;  1FQX A;  1K6P A;  1EBW A;  4FM7 A;  3PWW A;  5P1U A;  3S45 A;  1G2K A;  1EED P;  4ER4 E;  4YD7 A;  2HB4 A;  4U7Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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