2H6T | Genus

Total Genus 94

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	340
structure length	340
Chain Sequence	QTVPVKLINEQVSYASDITVGSNKQKLTVVIDTGSSDLWVPDSQVSCQAGQGQDPNFCKNEGTYSPSSSSSSQNLNSPFSIEYGDGTTSQGTWYKDTIGFGGISITKQQFADVTSTSVDQGILGIGYKTHEAEGNYDNVPVTLKNQGIISKNAYSLYLNSRQATSGQIIFGGVDNAKYSGTLIALPVTSDNELRIHLNTVKVAGQSINADVDVLLDSGTTITYLQQGVADQVISAFNGQETYDANGNLFYLVDCNLSGSVDFAFDKNAKISVPASEFTAPLYTEDGQVYDQCQLLFGTSDYNILGDNFLRSAYIVYDLDDNEISLAQVKYTTASNIAALT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__978948359642936__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__978948359642936__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2H6T/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__978948359642936__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"978948359642936","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2H6T/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__978948359642936__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd1e808199e9cd72c2acee/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd1e808199e9cd72c2acee/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Candida albicans
publication title	The crystal structure of the secreted aspartic proteinase 3 from Candida albicans and its complex with pepstatin A. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Candidapepsin-3
total genus	94
structure length	340
sequence length	340
ec nomenclature	ec 3.4.23.24: Candidapepsin.
pdb deposition date	2006-06-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2h6tA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2h6tA01

5IVSA 5P14A 1HVLA 5P0EA 3UTLA 4B1DA 3HAWA 1AM5A 4LL3A 3M9FA 5BRYA 5P62A 5OZJA 4OBZA 5P0HA 4FRKA 5P7GA 3BHEA 2AOJA 3LZVA 5OZQA 2VKMA 3L3AA 5P2CA 3O9IA 3PLLA 2JXRA 2VJ9A 3D1ZA 5P8PA 2OAHA 4RZ1A 5P7EA 2BKSA 5P24A 1YM2A 5COPA 1HVRA 1M0BA 2ZGAA 1LZQA 1K6TA 1FQ7A 1SH9A 2PH8A 2QMDA 4LHHA 2WEZA 5B18A 4R5NA 1LS5A 2V16C 5P41A 4Y4EA 2PH6A 1QBRA 3VFBA 4RLDA 2VIYA 4Y3MA 5P1IA 5P6UA 2G94A 4RVJA 3K1WA 1MERA 1F7AA 5P2EA 3SLZA 3EKPA 5P1ZA 5P6NA 3WB4A 2NR6A 3EM3A 3OXWA 3ST5A 4EYRA 2Q63A 5P52A 2JJJA 2G20A 3KM4A 2FDDA 5P4BA 4AA9A 5HTZA 4FM7A 1PPKE 4I0IA 5P09A 4EJ8A 5P1VA 5P32A 2O40A 4EPJA 2WF4A 3OGPA 3EL5A 4Y4DA 3OADA 5P81A 3OUDA 2XFIA 5P38A 4Q1YA 3ZOVA 3WSJA 3CYWA 2QZKA 5HDVA 1G6LA 2QHCA 1T7IA 4CPSA 1TQFA 4Y3RA 3SA7A 1ME6A 2PK6A 3ECGA 3S7MA 3K5DA 5P4HA 3TLHA 5P4YA 3EKVA 3OTYA 2RMPA 4Y4AA 2ZHVA 1N49A 5P7XA 4Y57A 2Z54A 1FB7A 5P2AA 3SABA 2HB3A 5EZXA 1W6IA 1LYAB 4L7HA 3BGBA 3OQFA 4B05A 5OZBA 3EM4A 1A9MA 4HDBA 5P7FA 1RV7A 1BXQA 5P11A 1DIFA 3L5EA 2FNSA 5P39A 3OU3A 2I0AA 5P7HA 2QI3A 2HC0A 1BXOA 4Y4UA 5P48A 1HRNA 2QI6A 4ZSMA 5P0CA 4L7GA 1GNMA 1XN2A 1J71A 5AHAA 1W51A 1TSQA 3HLOA 4ZE6A 5P4KA 3CIDA 1SDUA 4FCOA 5P8LA 1C6XA 5P3NA 3URIA 3VEUA 3PMUA 2AZ9A 5P05A 5P5DA 1DAZC 5OZ6A 5OZWA 3R0WA 5P8OA 2F3EA 5P7QA 4S1GA 5P34A 2IDWA 5P80A 2JJIA 4J55A 3O9CA 1YTJA 5P5YA 5P64A 4EHCA 3UDYA 5KOQA 2F3KA 1FQXA 3UDNA 4DJOA 5P1LA 5P2XA 4GJ9A 5P3KA 2V13A 5P6YA 1FG8C 3KMXA 2ZJJA 4D85A 2J9JA 4Y54A 2VA6A 5OZ7A 1ZP8A 5P7BA 2UY0A 1QDMA 1FGCC 5P26A 1YT9A 2QP8A 4QGIA 5P2TA 4Y3EA 4R95A 5P3EA 4I10A 4HE9A 5P69A 5DQCA 3PJ6A 3QRMA 5P5CA 4DPIA 2R9BA 2VNNA 4B77A 5P4ZA 5E5KA 5KR1A 5OZ3A 3LINA 2PSVA 1EPNE 3RTHA 2R3WA 2G1NA 3CKTA 5P0WA 3PSYA 4L6BA 5OZSA 2QZWA 5P3PA 3QVCA 4Q1NA 4N00A 4TRYA 2ZJHA 2IKOA 1B11A 4Y4GA 3WZ8A 5P78A 5P2LA 1K6VA 3KF0A 3RVIA 5SZ9A 2AVMA 1HVSA 3B80A 3ZKNA 3I6OA 2QAKA 3HZCA 2ASIA 4FSEA 4Q5MA 4Y3XA 5P6DA 5P61A 5P4TA 3HVPA 1LF3A 5HDUA 3IGBA 2WECA 5OZNA 5T4SA 1BV9A 5APRE 4J0VA 5P8UA 4GJ8A 5OZUA 4D8CA 4LXMA 3OXVA 2QMGA 2XFKA 4PEPA 3DV5A 1MPPA 5P51A 5F01A 1A8KA 4RCEA 4CPTA 3QN8A 5P4CA 1LYBA 5P36A 5C9FA 4YD5A 5KR8A 2V11C 2J9JB 3SAAA 3FNTA 4Y5BA 4EJLA 4Y50A 3CKRA 1NPAA 1AJXA 5P1BA 3OK9A 3UCBA 3TNEA 4DPFA 4EQ0A 4DQGA 3PSUA 7UPJA 1AAQA 1APTE 4Y3ZA 4Y44A 5P6CA 3T6IA 1T7KA 3LNKA 3UDJA 1HSHA 5OYUA 5P2SA 3ER3E 5P4GA 1EPQE 3BVBA 1MTBA 3ZKIA 1HSIA 3VV8A 5P8EA 1AVFA 1YG9A 5P4AA 1BWBA 3S8IA 5P18A 5P6MA 2BKTA 3OQKA 2QD6A 3APRE 4ER1E 4F73A 4Y5AA 3DM6A 5P1RA 5P5ZA 3VFAA 5P60A 4OBHA 3FSMA 5P59A 3UF3A 3CYXA 5P1AA 2HPFA 1BVGA 5OZ5A 1FMXA 5AH7A 5P8SA 5COOA 2CEMA 5DQ2A 2G69A 2JYSA 3NR6A 3EL9A 1KJ7A 5P3TA 4J1CA 2QMFA 2AZCA 4J1KA 5P1UA 3IN3A 3TL9A 5P4LA 3EXOA 7HVPA 5P4QA 4PPHA 2PSGA 2ZHUA 3FIVA 5P5XA 5P3MA 5P53A 2AVSA 2ZHTA 3EC0A 4OBKA 2WF2A 3L5DA 5KQZA 2WKZA 5P4EA 1LYBB 1G2KA 4R8YA 3Q70A 3OQDA 1ZPAA 2AIDA 5P0FA 1AXAA 4J0TA 1C6ZA 3IXJA 1CPIA 5P5HA 2QD7A 5SXNA 5P4DA 4Y3AA 2AQUA 1K1TA 1AIDA 2B42A 5P7CA 5P77A 2A4FA 4GJBA 3SA5A 5P1CA 2AVVA 3MXDA 2F81A 3NDWA 2ZJMA 3NDXA 1XE5A 5P25A 3WB5A 2B7ZA 2HB2A 1D4KA 3RSXA 5P08A 5P2FA 4EJKA 2WF0A 4AA8A 5P7RA 3ZPTA 2P3CA 1APWE 5JG1A 4I8WA 1GVVA 5P6FA 2VA7A 4CP7A 3SKGA 1D4LA 5P6BA 5HE4A 2IQGA 4Q1XA 2I4WA 4QLHA 1FF0C 3HAUA 4B1CA 5P4MA 5P0XA 5P3WA 4APRE 1PFZA 3TOFA 1YTHA 5P6PA 3LZUA 5P1KA 3S43B 3KT2A 2J9KA 5P73A 3NWQA 1PSAA 1UH8A 1GKTA 3OHHA 5KOSA 1FKNA 1QBTA 5P44A 5P0YA 4YCKA 3RTNA 5P15A 5P6VA 4Y5CA 3TKWA 2OHLA 3S85A 2FIVA 3VYFA 5F00A 1IVQA 2NNKA 1KJHA 2HM1A 1LYWB 5IVTA 4X2LA 5P31A 5P8JA 2P8HA 5P5GA 1W5XA 1EC1A 5P49A 4A4QA 4B1EA 4GJ5A 4DQEA 1XS7D 3PVKA 3MXEA 2QI5A 3GGAA 4J17A 5P7TA 4MC6A 4DQBA 3N3IA 3PSGA 5P0AA 4YD4A 1BBSA 3O9AA 5DR8A 5DR7A 3KN0A 3OY4A 4DVFA 2ZYEA 5TOLA 2SAMA 5P3OA 5OZEA 4Y43A 2OHKA 1FLHA 4Y51A 4ACXA 3UQRA 3OWNA 5P8CA 4FL8A 1PPLE 4MC1A 1MSNA 5P0LA 5P71A 1K6CA 3QBFA 3Q4BA 4Y56A 5P19A 4J54A 3VLAA 5P5JA 2PWCA 3SPKA 1B5FB 3UDMA 2VIEA 1ZJ7A 5DQ1A 4PYVA 5OYSA 3LPJA 4YBFA 5SY2A 5P0UA 3EKTA 1QBSA 2H6TA 3PB5A 5P2QA 1KJFA 4GJCA 4Y3HA 5P42A 4Y5NA 3S56A 2XYFA 2ER0E 4ZLSA 5J25A 5P1OA 3QROA 4B00A 5P7WA 4I0FA 5P5LA 5P3LA 2QHYA 2IGYA 3MWSA 5OZZA 5P1SA 1PSNA 3I8WA 2R3TA 3PHVA 2FNTA 3UPJA 2UPJA 3NYGA 2FXEA 4RCFA 2P83A 4WY6A 5SY3A 5ER1E 2Q64A 3ZKQA 1DW6C 3EKWA 1DMPA 4HA5A 4NJUA 3NXNA 4Y41A 2Q55A 3JVYA 1FMUA 2BJUA 3U7SA 2ER9E 5P3AA 5E5JA 5P8KA 2H6SA 3PMYA 5CONA 1SBGA 1D4JA 3UDKA 1A30A 4BFBA 4DJYA 5OZMA 4Y5EA 3INDA 1ER8E 1B6MA 5P86A 5ENKA 2FXDA 5P8IA 1LF2A 2AOCA 3KDDA 3NU5A 4E43A 3OU4B 2I0DA 5P3UA 1IZDA 3KT5A 1D4IA 4OBGA 5P7JA 3VSWA 1FFFC 5P2OA 5P45A 5P4IA 4CPUA 3WZ6A 1HIIA 1BDQA 4WY1A 3VUCA 1OD1A 4Y5KA 3KA2A 4OBZB 3FNUA 3DOXA 4Y4WA 3KFRA 5OYRA 5HVPA 1EC3A 2ER6E 3VG1A 2QU2A 2PSUA 3Q6YA 3GI4A 2VIJA 3UFLA 4EXGA 5P6GA 1FG6C 5ENMA 2AVQA 5P40A 1K1UA 2AVOA 2ZJKA 3PWWA 5OZ1A 5P4FA 3EL4A 4I11A 5HE5A 3OGQA 5DR4A 5P3HA 1TSUA 3EKQA 4OD9A 2Q3KA 3NSHA 2G26A 4U7VA 1XDHA 2G1OA 1EPOE 3BRAA 5P65A 2NPHA 4Y6MA 1GVXA 3CMSA 4GIDA 4ZPFA 3SA6A 2I1AA 2MIPA 3EL1A 2G24A 2IRZA 4LAPA 4RCDA 1HEGE 3S7LA 2I4VA 3O9GA 3DUYA 1MT7A 3IXOA 2APRA 2G1SA 5P8QA 5OZ4A 4Z2ZA 3NDUA 4LXAA 3R2FA 1GNOA 4JP9A 1EC0A 2HIZA 4EXHA 3PM4A 5OZIA 5P12A 4U8WA 3HW1A 5JFUA 5P75A 3D20A 1M43A 5P6HA 3BUHA 5EZZA 4HZTA 1ODWA 4OC6A 4J5JA 5P0DA 2G1RA 2OHPA 3PLDA 4Y47A 2G1YA 3SQFA 1AJVA 4K4RA 1SDVA 2O4KA 1ZBGA 5C9DA 4Y58A 4DFGA 2QNNA 5P5KA 5P4VA 3OADB 3OUDB 1LF4A 1OEXA 4TRZA 4QJ6A 5FIVA 5P7KA 5HE7A 2RSPA 5P6OA 2VJ6A 3O9EA 1D4SA 3LPKA 1EPLE 1MEUA 2F3FA 4B0QA 4Y37A 5P5NA 4DJVA 1XE6A 1RL8A 2HS2A 4U7QA 5OZDA 2QD8A 5P7PA 5P0ZA 3NDTA 5P7AA 2HB4A 3I2LA 5P1HA 1ZSRA 3QS1A 1D4YA 3QIHA 3APPA 5P8FA 2IEOA 1E82E 5OZRA 4YD7A 3EBZA 5P0SA 3UDRA 1HXBA 3EKYA 1E80E 1D4HA 1FMBA 2P3BA 4Y5LA 1SIPA 3DV1A 1GVWA 1BDRA 1RPIA 4RRNA 3INFA 3BXRA 3UQUA 3UQXA 1NSOA 5OZPA 3OOZA 1C70A 5I3WA 3GI5A 5P1EA 5I3XA 5P79A 4BFDA 5OYYA 2OHMA 1APVE 2BBBA 1EBYA 4RGHA 1PROA 2AODA 5P4SA 4R91A 4ZSQA 4H1EA 5P4WA 5P74A 3OAGA 2VNMA 4Y3DA 2V12C 4I0GA 5P1WA 4YDGA 3GGXA 3KMYA 5KR0A 4KE1A 1FEJC 4Y4XA 3L5FA 5P6AA 5P7NA 3VF3A 4J1HA 3ZL7A 3INHA 2QI4A 5P6EA 3PWMA 5P1GA 5P2NA 4DJRA 3MSJA 3WZ7A 4EP2A 4YHQA 5P3VA 2VA5A 1CMSA 3SACA 2OHRA 4YBIA 2QZLA 3IA9A 2WF1A 3UQPA 2HAHA 1W5WA 3VV6A 1W5YA 5P4PA 5P54A 5P4NA 4DJWA 3PWRA 5OZ2A 5P22A 2WEAA 3KYRA 1HXWA 2P3BB 4Y36A 1HVCA 4FM8A 1MESA 4OBFA 4TVGA 4F74A 5OYVA 3GGVA 2I4XA 3HBOA 3TPJA 5P1JA 5AH8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2H6TA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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