2HB2A

Structure of hiv protease 6x mutant in apo form
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALIDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKIIIGGLIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLIGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational flexibility in the flap domains of ligand-free HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 13
structure length 97
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hb2A00
4L1AA 2ZHTA 1EPPE 5I3XA 2P3BB 3UDNA 3L5CA 2Q15A 5P6TA 4RZ1A 3KM4A 5SY2A 1TQFA 1G2KA 2FDEA 3I2LA 4CPWA 4J0YA 4CPUA 4ER1E 4LHHA 4Y4GA 4Y5EA 4YBFA 5OZBA 4ER2E 5P88A 2AOHA 3QBFA 4TRZA 5EZZA 4M8YA 1DMPA 2V10C 3ER5E 3NYGA 4Y3AA 4PZWA 1HEFE 5P4EA 3R0WA 3S8IA 5P1EA 5P0FA 5DGUA 3NUJA 2JXRA 3C9XA 2RENA 2QHYA 1W5VA 3RTMA 3UQPA 4Y57A 3INDA 3RU1A 1YM4A 2PSGA 1HRNA 4DJVA 3L58A 5OZAA 1MVPA 5P7DA 4FRJA 4R8YA 1PSOE 1B5FA 1ME6A 1UPJA 1XN3A 1D4SA 5KR1A 5OYUA 5P58A 1ODYA 3O9AA 1JLDA 4YD7A 4EQ0A 5P48A 5P1UA 4Y56A 2JE4A 3O9DA 5DQ2A 4CPRA 3LIYA 3PBZA 2AZ8A 3OAGB 4KE1A 3GGVA 4HZTA 4Y39A 5IE1A 1KJGA 4FRKA 5P0VA 5P1NA 1K1TA 2B7FA 1LYWB 4GJ7A 4J0ZA 4TVGA 3IAWA 5P2FA 1HVJA 3I8WA 1XS7D 1GVWA 4OBKA 2RKFA 1HVIA 4H3IA 2XFKA 5OYXA 5JFUA 3PMYA 4FM7A 4UPJA 5SY3A 3BUHA 1EPLE 2QZXA 3Q4BA 4QJ8A 3O9CA 4Y37A 2G27A 3TKWA 1Z8CA 2F8GA 5P4LA 5P07A 2FLEA 5OZPA 3DV1A 1FQ7A 2ZJNA 3URIA 3ZPUA 5P3KA 2WEZA 2ZJLA 5P86A 4HEGA 4DH6A 3QN8A 3CICA 4L6BA 5P2WA 3ECGA 2BPXA 2HM1A 3UDRA 2QI3A 1NSOA 4Y3PA 1K6CA 5P7GA 4FGXA 1HWRA 3PI5A 1T6GA 1LYBA 3S54A 1EC3A 5P7WA 4LBTA 4Y45A 4EJLA 5OZ0A 1QBSA 1KZKA 1MRXA 5P22A 2UY0A 5P80A 3OHHA 1GNNA 3URJA 2FIVA 3UQUA 1TW7A 4HLAA 4DQCA 3L5BA 4MC9A 2IQGA 5C9FA 1ZPKA 2AVSA 3PLDA 4EP2A 3BVAA 1Q9PA 5OZ3A 5P1JA 4Y48A 5P1OA 3PM4A 1MERA 5KOSA 2NPHA 3VFAA 5P1KA 5CONA 5P6RA 4I10A 5AH7A 5P47A 4B00A 5P69A 1A30A 4WY6A 5P7UA 3ZKIA 2FDDA 3TPLA 3PEPA 5P1YA 3DCKA 1XE6A 1MPPA 4FM6A 3KFRA 4OBHA 5P4SA 3VLBA 5KAOA 1BVGA 3KT2A 5BS4A 4EHCA 1AIDA 3LIVA 2G22A 1UH9A 2AVQA 1FB7A 5P0XA 1FLHA 3EKVA 3INEA 4Q1WA 3PMUA 1ODXA 3OQ7A 4GIDA 4ZEAA 2QI4A 6FIVA 3A2OA 2VIYA 2HC0A 5P20A 4CP7A 3NU4A 4DJXA 5P82A 4ZPEA 1EC0A 5APRE 5OZMA 3JW2A 1IZDA 5I3WA 3INFA 1K6TA 5P8LA 1A8KA 1FEJC 3DK1A 4L7HA 3RSXA 3OWNA 4U8WA 2RSPA 3ZKMA 5P74A 4F75A 4F73A 4GMIA 5FIVA 2AOCA 8HVPA 1KJ7A 4YD5A 4I0HA 5HE4A 5OZIA 2ASIA 5OZ4A 2QCIA 4EP3A 2ER9E 5P4GA 3KDDA 3SM2A 5P4QA 4Y3HA 2IENA 4OBJA 5HDUA 3G70A 3NDWA 5P3WA 3SKFA 3RSVA 1AXAA 2Q11A 4I0EA 5HVPA 5P8KA 1HPOA 3NXEA 4BELA 1C70A 3PSGA 1RNEA 3T7XA 2ZDZA 4WTUA 5F00A 3IVHA 2OHLA 1T3RA 1PROA 4M8XA 3EL1A 3GI4A 5P6EA 3WB5A 2ZYEA 5OYZA 1K6PA 3CIDA 5P0YA 2AOEA 4ZE6A 4Y53A 3APPA 3PWRA 3H5BA 1MESA 5P41A 4RGHA 2OHNA 3KFNA 5OZJA 2R5PA 4YD6A 5P1QA 4FAEA 1FKNA 5P87A 1HVLA 1FFFC 2F3EA 3NSHA 3OQKA 4J1IA 1UH8A 5P2VA 2H6SA 3TLHA 4I0GA 3KDBA 4ZPGA 3R0YA 5P00A 4YCTA 1ER8E 5P7ZA 1APWE 5P78A 1AVFA 2QHCA 3FNTA 3LZUA 5P8NA 4HA5A 5P05A 2WEBA 4Z4XA 3K4VA 1HBVA 5OYWA 2OHQA 3FX5A 4RCDA 5DPZA 3OQFA 5IVQA 7HVPA 1IDBA 2FGVA 5P2UA 4B05A 1SMRA 3S85A 5P89A 2AVOA 2PSVA 1C6XA 1BIMA 2F3KA 3O9FA 3Q70A 2P3BA 3TTPA 1A9MA 2PQZA 3QVCA 5OZTA 5P4AA 5OYRA 3AUPA 5OZ8A 3UFNA 5P67A 2VA7A 4Y5AA 4Y3EA 3UDKA 1GVVA 1D4KA 2AZBA 2NXLA 3K4VC 5OZWA 1B6PA 2PSUA 5P8FA 5OZKA 1GVXA 1M0BA 5KQZA 4H3JA 5P5XA 3PWWA 5OZNA 3FIVA 2WHHA 3NU3A 3HD8A 4HDBA 5P4OA 3LPKA 5P19A 4Y4XA 3IXKA 1FQ8A 1U8GA 2QMGA 3UDYA 4GB2A 5P0PA 2QD7A 5P7NA 4U7QA 5P2CA 4GJ5A 2A1EA 5OZHA 1HPVA 3EC0A 2PH6A 4FLGA 1PPME 1YTJA 4EJKA 5P7SA 3OAGA 4MC1A 1D4IA 3NU5A 3L38A 4FRSA 4DQGA 5P61A 1LYWA 5P5GA 4XKXA 2V12C 4EXGA 5P7XA 1AJXA 3EKWA 4BEKA 1AJVA 2VKMA 4RVJA 4BFDA 1HVKA 5P8RA 5P7KA 5P4KA 4Q1XA 1MT9A 3PI0A 3CKRA 3UQXA 1MTBA 5P30A 5P2KA 4E43A 4QJ6A 5OZUA 1HVRA 1MIQA 4Y51A 3S53A 5P16A 1BV7A 1GVUA 4YA8A 5AHCA 1XL2A 5P2XA 3KMXA 2MIPA 3ZOVA 4QGIA 3KN0A 3EKQA 3TOGA 2RKGA 5E5JA 1CMSA 4GJ9A 3L5FA 5P2JA 5P42A 5P1IA 3BRAA 1LF2A 2XFIA 1YTHA 5P3YA 2BPWA 3S43B 3OU1B 1HXWA 5P60A 2VIJA 5P2BA 1MTRA 5P4CA 1KJFA 3VLAA 1BXOA 2HPFA 5P5PA 5P3OA 1D4LA 4AA9A 3UQRA 3SA4A 2BKTA 5P5RA 5P6PA 3KF0A 4Y47A 4J0TA 5P3RA 2QI0A 3NLSA 5P45A 4Q1NA 1XL5A 3Q5HA 3PVKA 2WF0A 4DV9A 1BDRA 3NWXA 5P1FA 3I7EA 3GGUA 2G94A 5P5EA 5P6KA 3QPJA 4K4QA 3NUOA 3HVGA 3D1XA 1J71A 3DUYA 5OYTA 1SH9A 5ISJA 3F9QA 4RRNA 5P7VA 3OOZA 3AIDA 2IGXA 4YCKA 2HB4A 1BDLA 3TPRA 1HPSA 4HVPA 1UH7A 4YBIA 1QS8A 5I70A 4ER4E 4LXMA 2Q55A 2Z54A 1WBMA 1SIPA 5P1LA 5P85A 4DVFA 4MC2A 4B70A 5P6MA 2FS4A 4QJ7A 4EQJA 3SACA 2ZHUA 5DR1A 5P1XA 1TZSA 4QJ2A 4RVXA 4B0QA 1HTRB 5P18A 5P1VA 1PSAA 2G1SA 4Y38A 2QNPA 2ZGAA 2BB9A 4ZSMA 1F7AA 5EZXA 4OBZB 2HB3A 5P0JA 4JOOA 4Y4UA 3O9LB 3VUCA 3OOTA 5P0QA 1W51A 4K4RA 1ZSRA 4Y3LA 5P36A 5P2TA 5UPJA 4TRYA 3OUCA 4J0VA 4Y43A 5OZQA 5P0NA 1HVCA 3KA2A 2VA6A 5P54A 5P75A 3T11A 1B6JA 4RLDA 5IVSA 5P8AA 3GGAA 3N3IA 5P6JA 4RYCA 1SDUA 5P0RA 5P2SA 4HDFA 4GJ8A 3RVIA 3QIHA 4CPSA 3O9GA 1LEEA 3O9BA 2G20A 4WY1A 3JVYA 3VV8A 3QVIA 1C6ZA 1RQ9A 1ZP8A 3PB5A 5P3LA 4I8WA 5P6AA 2OF0A 4YDFA 5P6FA 1D4JA 4B72A 5ENKA 1B6LA 4DJOA 3UDJA 1HPXA 3OTSA 5P7BA 4FL8A 2WF3A 2R3TA 3PBDA 2AQUA 1G35A 4ZSRA 1K2CA 4YHQA 5P08A 3VEUA 3Q3TA 1YG9A 4GJAA 3QRVA 5P6GA 2ER0E 3KFSA 5P6VA 1TSUA 5DR0A 2WECA 4AZYA 5P2EA 3SA7A 4HDPA 3CKPA 5CLMA 3WZ6A 3UFLA 2QI6A 3CIBA 1BVEA 5P10A 1MEUA 5P0EA 4FRIA 3SA3A 5P34A 3SKGA 4A4QA 2AVVA 5P59A 5B18A 3KMYA 4Y36A 3SA8A 2I0AA 4DJWA 4Y5LA 5J25A 4RVIA 3DJKA 2IGYA 5OZZA 1NPAA 3LZVA 2QI1A 4CPQA 3EKXA 5P1WA 4YD3A 4Y54A 3VG1A 1IVQA 2QZKA 5P84A 5KQXA 4OD9B 3DOXA 4F76A 1NPVA 1PPLE 4I1CA 1W6HA 2G69A 5P2YA 3D91A 5P5FA 3QI1A 5OZEA 2BPZA 4TVHA 4J5JA 2I1AA 2Q5KA 1K6VA 4OBFA 3IXJA 5P3NA 3ZMGA 3OU4B 3CYXA 1IZEA 2P4JA 2APRA 3PCWA 3T3CA 3R2FA 4OC6B 5P4JA 5P3CA 5DR3A 4LP9A 5P2MA 1HHPA 2V11C 1IVPA 5P29A 2BJUA 5COPA 1FQ4A 2B8VA 2VIZA 2Q64A 1BWAA 5HU1A 1EEDP 3HAUA 2I0DA 4DQEA 3OU3A 4KE0A 4XXSA 4GJBA 5HE5A 5P3JA 5P4NA 4I12A 2AIDA 4Y5PA 1HSIA 5HDXA 5P4YA 2AZ9A 2NMYA 2VNMA 5P1PA 4Y3MA 5P2QA 3CYWA 3EKTA 1MUIA 3JVWA 4Y3QA 3TNEA 1W6IA 5P83A 5P8EA 3HAWA 4QLHA 4APEA 5P03A 4Y5BA 2QU3A 1SGUA 3EL0A 5P0AA 2AVMA 2NXMA 2AZCA 3PGIA 5P6DA 3OXVA 5OYSA 5ISKA 2V0ZC 3ZLQA 4ZSQA 3IXOA 4OBDA 2QI7A 5P1RA 5ER1E 5P40A 2HPEA 2VJ6A 5P1BA 5P3BA 3HVPA 5PEPA 2R5QA 3TOHA 3QRSA 1IIQA 4EPJA 2IKUA 3R1GB 2HS1A 1IBQA 1T7KA 1OEXA 4JPCA 5P3GA 4AUCA 5P2HA 1GVTA 5OZGA 5P35A 5P71A 4B78A 3HW1A 5P11A 3MSJA 5AH9A 5P1AA 4IVTA 3H0BA 5I3YA 2G24A 1W50A 2P83A 1MT7A 1BBSA 4D8CA 5P0IA 5AHBA 4PZXA 5OYYA 2J9JA 2HS2A 2PWCA 2BBBA 3GI6A 1TCXA 2IKOA 5JG1A 3UTLA 3L59A 1EC2A 5F01A 5P2AA 1G6LA 5P7IA 3VSXA 3LINA 1IDAA 1APVE 4Y9WA 4DI2A 5P25A 4NKKA 2Q63A 3T7PA 4EXHA 1D4YA 1T7JA 3S43A 5AGZA 3OU1A 2I4UA 1DAZC 4GYEA 4TRWA 4Y5MA 3TPPA 3PWMA 5P32A 3M9FA 2IRZA 2CENA 2NNKA 5P3SA 5P3DA 5P6NA 1VIKA 3DM6A 1HXBA 5P8BA 1FQ6A 1KJHA 1HSHA 1PPKE 4FE6A 5ER2E 3OK9A 4FSEA 4Y50A 3U71A 5P0HA 5P8JA 3EM3A 5KOQA 5P2GA 5P5MA 1QBRA 2ANLA 4Y4EA 1ZAPA 3VYFA 4A6CA 5P24A 5HU0A 2WL0A 5OZVA 3HLOA 1HIHA 5P0TA 2F80A 5P4ZA 2FGUA 5BWYA 5P5VA 3FV3A 4Y5NA 1XDHA 1K1UA 2QMPA 5P4XA 1HTGA 4DJYA 1PSNA 2VIEA 4B1DA 3UCBA 1SBGA 5P8TA 5P0WA 5P38A 1YM2A 3U7SA 5P6LA 3EKYA 2FMBA 2IL2A 5P0GA 1N49A 5P46A 3SABA 2VS2A 4YD4A 4D85A 2WKZA 2I4XA 5DQ5A 1MSMA 5HCTA 3OUBA 3NU6A 4H3FA 4GJDA 4Y3WA 3OUAA 3VF3A 5E5KA 4OBZA 3EM6A 3ER3E 4J0PA 2ZHVA 1YTIA 2JJIA 3O9LA 5P4RA 3NU9A 5P39A 3SA6A 5P5OA 4J1CA 5P1CA 2QU2A 3UF3A 2BKSA 2G1NA 2A4FA 4R91A 5P33A 2QMDA 4I0JA 2G1OA 4QJ9A 1NPWA 5P7CA 3IA9A 3L5DA 4EWOA 5DR8A 1FMBA 5P1GA 5P79A 3LITA 2WF4A 1EPRE 3B7VA 4D88A 3QROA 1DP5A 5HE7A 2AODA 2NTRA 3I25A 5P5BA 3EL4A 3SFCA 1T7IA 5P12A 4ACXA 4PPHA 5P17A 5P3TA 3OUDB 3LIQA 3IN4A 2ZJHA 2AOJA 5P6SA 4Y3DA 2P3AA 4I0ZA 5P8OA 2O4SA 1WKRA 2QAKA 2P8HA 1TSQA 2RMPA 5P3EA 1B11A 2R38A 1W5WA 3NWQA 3INHA 3RTNA 5AHAA 3BHEA 3VYEA 3UDHA 3K1WA 5IS4A 2J9JB 5P76A 3KFPA 4K9HA 5P0UA 5IVRA 5P5YA 3GGXA 5P1TA 1EBZA 1A94A 3S7MA 1AZ5A 2G26A 4Q5MA 5P8CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4L1A A;  2ZHT A;  1EPP E;  5I3X A;  2P3B B;  3UDN A;  3L5C A;  2Q15 A;  5P6T A;  4RZ1 A;  3KM4 A;  5SY2 A;  1TQF A;  1G2K A;  2FDE A;  3I2L A;  4CPW A;  4J0Y A;  4CPU A;  4ER1 E;  4LHH A;  4Y4G A;  4Y5E A;  4YBF A;  5OZB A;  4ER2 E;  5P88 A;  2AOH A;  3QBF A;  4TRZ A;  5EZZ A;  4M8Y A;  1DMP A;  2V10 C;  3ER5 E;  3NYG A;  4Y3A A;  4PZW A;  1HEF E;  5P4E A;  3R0W A;  3S8I A;  5P1E A;  5P0F A;  5DGU A;  3NUJ A;  2JXR A;  3C9X A;  2REN A;  2QHY A;  1W5V A;  3RTM A;  3UQP A;  4Y57 A;  3IND A;  3RU1 A;  1YM4 A;  2PSG A;  1HRN A;  4DJV A;  3L58 A;  5OZA A;  1MVP A;  5P7D A;  4FRJ A;  4R8Y A;  1PSO E;  1B5F A;  1ME6 A;  1UPJ A;  1XN3 A;  1D4S A;  5KR1 A;  5OYU A;  5P58 A;  1ODY A;  3O9A A;  1JLD A;  4YD7 A;  4EQ0 A;  5P48 A;  5P1U A;  4Y56 A;  2JE4 A;  3O9D A;  5DQ2 A;  4CPR A;  3LIY A;  3PBZ A;  2AZ8 A;  3OAG B;  4KE1 A;  3GGV A;  4HZT A;  4Y39 A;  5IE1 A;  1KJG A;  4FRK A;  5P0V A;  5P1N A;  1K1T A;  2B7F A;  1LYW B;  4GJ7 A;  4J0Z A;  4TVG A;  3IAW A;  5P2F A;  1HVJ A;  3I8W A;  1XS7 D;  1GVW A;  4OBK A;  2RKF A;  1HVI A;  4H3I A;  2XFK A;  5OYX A;  5JFU A;  3PMY A;  4FM7 A;  4UPJ A;  5SY3 A;  3BUH A;  1EPL E;  2QZX A;  3Q4B A;  4QJ8 A;  3O9C A;  4Y37 A;  2G27 A;  3TKW A;  1Z8C A;  2F8G A;  5P4L A;  5P07 A;  2FLE A;  5OZP A;  3DV1 A;  1FQ7 A;  2ZJN A;  3URI A;  3ZPU A;  5P3K A;  2WEZ A;  2ZJL A;  5P86 A;  4HEG A;  4DH6 A;  3QN8 A;  3CIC A;  4L6B A;  5P2W A;  3ECG A;  2BPX A;  2HM1 A;  3UDR A;  2QI3 A;  1NSO A;  4Y3P A;  1K6C A;  5P7G A;  4FGX A;  1HWR A;  3PI5 A;  1T6G A;  1LYB A;  3S54 A;  1EC3 A;  5P7W A;  4LBT A;  4Y45 A;  4EJL A;  5OZ0 A;  1QBS A;  1KZK A;  1MRX A;  5P22 A;  2UY0 A;  5P80 A;  3OHH A;  1GNN A;  3URJ A;  2FIV A;  3UQU A;  1TW7 A;  4HLA A;  4DQC A;  3L5B A;  4MC9 A;  2IQG A;  5C9F A;  1ZPK A;  2AVS A;  3PLD A;  4EP2 A;  3BVA A;  1Q9P A;  5OZ3 A;  5P1J A;  4Y48 A;  5P1O A;  3PM4 A;  1MER A;  5KOS A;  2NPH A;  3VFA A;  5P1K A;  5CON A;  5P6R A;  4I10 A;  5AH7 A;  5P47 A;  4B00 A;  5P69 A;  1A30 A;  4WY6 A;  5P7U A;  3ZKI A;  2FDD A;  3TPL A;  3PEP A;  5P1Y A;  3DCK A; 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 5OYZ A;  1K6P A;  3CID A;  5P0Y A;  2AOE A;  4ZE6 A;  4Y53 A;  3APP A;  3PWR A;  3H5B A;  1MES A;  5P41 A;  4RGH A;  2OHN A;  3KFN A;  5OZJ A;  2R5P A;  4YD6 A;  5P1Q A;  4FAE A;  1FKN A;  5P87 A;  1HVL A;  1FFF C;  2F3E A;  3NSH A;  3OQK A;  4J1I A;  1UH8 A;  5P2V A;  2H6S A;  3TLH A;  4I0G A;  3KDB A;  4ZPG A;  3R0Y A;  5P00 A;  4YCT A;  1ER8 E;  5P7Z A;  1APW E;  5P78 A;  1AVF A;  2QHC A;  3FNT A;  3LZU A;  5P8N A;  4HA5 A;  5P05 A;  2WEB A;  4Z4X A;  3K4V A;  1HBV A;  5OYW A;  2OHQ A;  3FX5 A;  4RCD A;  5DPZ A;  3OQF A;  5IVQ A;  7HVP A;  1IDB A;  2FGV A;  5P2U A;  4B05 A;  1SMR A;  3S85 A;  5P89 A;  2AVO A;  2PSV A;  1C6X A;  1BIM A;  2F3K A;  3O9F A;  3Q70 A;  2P3B A;  3TTP A;  1A9M A;  2PQZ A;  3QVC A;  5OZT A;  5P4A A;  5OYR A;  3AUP A;  5OZ8 A;  3UFN A;  5P67 A;  2VA7 A;  4Y5A A;  4Y3E A;  3UDK A;  1GVV A;  1D4K A;  2AZB A;  2NXL A;  3K4V C;  5OZW A;  1B6P A;  2PSU A;  5P8F A;  5OZK A;  1GVX A;  1M0B A;  5KQZ A;  4H3J A;  5P5X A;  3PWW A;  5OZN A;  3FIV A;  2WHH A;  3NU3 A;  3HD8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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