2HIZA

Crystal structure of human beta-secretase (bace) in the presence of an inhibitor
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
388
structure length
371
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of potent inhibitors of human beta-secretase. Part 1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 371
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2006-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hizA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hizA02
5P4AA 5P5SA 5P3CA 5C9DA 4ER4E 2IDWA 2P3AA 3PSYA 3B7VA 5P50A 4Y3XA 5P4SA 4LL3A 2RSPA 5P0YA 2B8VA 4CKUA 1DP5A 5P8AA 2JJJA 5P0BA 3NXEA 4I1CA 4YOAA 1KJ4A 4OBFA 1AAQA 3NDWA 4FM7A 5P0KA 3O9CA 2NPHA 3HBOA 4ZPEA 3VF3A 3IXOA 3FV3A 5P38A 1D4SA 5P3OA 5P2QA 1FMBA 4Y51A 3FIVA 3NLSA 5P8VA 4Y4GA 5P67A 3DV5A 2UXZA 4Y3HA 5OZRA 1HVJA 5P25A 3CYWA 2OHRA 4Y4TA 3BVAA 3IA9A 5BWYA 3HDKA 1BILA 4Y3DA 5OZ6A 2VJ6A 2PQZA 3RSVA 5J25A 2O4KA 5P2MA 1BDRA 1A94A 3RSXA 2BJUA 5FIVA 5P2EA 1XN2A 2AZ9A 3VLBA 1FIVA 1G35A 3L5DA 4MC2A 3EL4A 5P4NA 5AH9A 4Y3LA 1EPME 5IVQA 5P4OA 3GI6A 1BV9A 4PPHA 5P7FA 3NR6A 3KDDA 5P3RA 4Y3NA 3NU4A 2AOJA 5AHBA 5P3WA 5P7NA 5T4SA 2QU2A 3LPIA 3MSLA 5P71A 6FIVA 3IN4A 4K4RA 1MT8A 2G21A 5HE7A 2WF4A 3UDQA 1KJ7A 4GJ6A 3PRSA 2FGUA 4YOBA 5P58A 2VA7A 2QAKA 5P01A 3TOGA 3OHFA 3HVGA 3PBZA 5P55A 2HAHA 5P6UA 5P0HA 1D4JA 2VIZA 1YM4A 4GJ7A 2ZJIA 1F34A 5P4BA 5OYVA 4ZE6A 4GJ9A 2FDDA 2ZHRA 3DCKA 3UDMA 1XDHA 5P3XA 5P7VA 1QBRA 2VIEA 5P1IA 3FNUA 4HEGA 1HVHA 5P4IA 4CPWA 5P6DA 4PHVA 5P26A 3I2LA 5P2GA 2AZBA 3K1WA 2WL0A 3O99A 3VFAA 5P2OA 4Y4BA 3EKYA 5P2AA 5P2XA 5P5NA 5P2DA 2ZHVA 1EBYA 4ZPGA 5P33A 3BC4A 2XFKA 4J1FA 5HE4A 1EBKC 1HPVA 1MT7A 4Y3MA 2B60A 4QJ7A 1FQ7A 5P2CA 4AMTA 3EKTA 5OZKA 3PSGA 4I0HA 5P8DA 5P6EA 5P29A 3WZ8A 5ISKA 5P2FA 4RCDA 4L6BA 5BRYA 4Y35A 2V16C 4RRNA 1NH0A 2AVQA 5P5FA 2G24A 5P69A 5C9FA 2PSGA 5P5IA 2IGXA 4HDBA 5DR1A 4Y3WA 3INDA 5P1FA 2RENA 9HVPA 5OYUA 4EQJA 5P1VA 3LIZA 1EC2A 3VV8A 2V0ZC 4D85A 5P7MA 4BFDA 5P7QA 4L1AA 3LIQA 3PJ6A 4J1EA 3HAWA 2MIPA 2VKMA 4RVIA 5P2VA 5B18A 5DGUA 5P20A 2CEJA 1MPPA 4CPQA 4Y4UA 5P7BA 4OBKA 2P83A 4FRIA 3CKPA 3O9BA 1EC0A 1RQ9A 4Q5MA 2B8LA 4KE1A 4FRJA 3G72A 4J1HA 5P05A 5P7UA 5P3PA 4F74A 4K4PA 4J55A 2IENA 2FDEA 1RV7A 4YCYA 3D20A 4B05A 5P3HA 4L7GA 5P68A 3PLLA 5P4WA 1U8GA 2FIVA 3O9LB 4Y4ZA 4FM6A 5P22A 1ZSRA 2AOEA 3BUGA 1GVUA 5P4FA 3FNSA 1HTFA 3OQFA 5KQFA 1HTEA 2WEAA 5P56A 5P4TA 3O9DA 5KR2A 2HB4A 1CPIA 4GYEA 4Y47A 3SA3A 5P5LA 4Y5NA 5OZ5A 3IN3A 4K9HA 5P3QA 1OD1A 3UQXA 4DVFA 4QJ8A 4Y43A 5DR3A 5P1CA 3UDJA 2JYSA 1OHRA 5P6VA 2Q5KA 4DQHA 2JJIA 1PFZA 3OTYA 1FFFC 1LV1A 4Y53A 5P7LA 1PSOE 5P6QA 5OZQA 4H3FA 5ENMA 3O9LA 2VS2A 4ER2E 5P8IA 1CMSA 5P75A 2Z54A 4Y5LA 5P57A 3GGXA 1FGCC 2F3EA 4Y3FA 5P1RA 5HCOA 5P0QA 3NSHA 4Y41A 2AOCA 5P6KA 2QI3A 3T3CA 5P5DA 1XL5A 5OZ4A 3OXCA 5P30A 5ER2E 3SA7A 1AZ5A 4Y4DA 5OYWA 3VG1A 3T7PA 2BPYA 3OOTA 3MXEA 2IQGA 1RPIA 5P2BA 2IKOA 3AUPA 4DJPA 4F73A 2J9KA 5P3SA 2ZHTA 4U7QA 1MRWA 1KJGA 5OZAA 3ZOVA 3UCBA 3PCWA 3SKGA 5P11A 4I0DA 4FAFA 5OZ9A 5DR0A 3EC0A 3PSUA 4B78A 2WF0A 4Y6MA 5P4KA 5OZFA 1HTGA 1MTRA 4DJWA 1J71A 3PVKA 4IVSA 5I3XA 5P13A 1UH8A 5HCTA 4GZFA 1MUIA 1OEXA 2AOFA 3KFSA 5AHCA 3SKFA 3ZKSA 2OHKA 3NU3A 5P6BA 3DUYA 1EPPE 4I0ZA 5P5CA 5KQYA 1HVIA 2Z4OA 4GB2A 1RNEA 1Z1RA 3I6OA 3UFLA 3G6ZA 4Y44A 1HXWA 4JP9A 5P3VA 5P1MA 1SDTA 2OHNA 4RYGA 3Q5HA 2F3KA 1ER8E 3K5FA 4J0YA 3R0WA 4DH6A 4CPTA 5P6FA 4J1CA 2VIJA 1YTJA 5P7CA 4DJQA 1LYWB 4Q1NA 4WTUA 5P3EA 4R93A 5P07A 5P5XA 4RCFA 2O4NA 4GJDA 2P3BB 3MSJA 3NU9A 3NUJA 1LF3A 5P1ZA 4APRE 1GVXA 2FLEA 4Y56A 4L7JA 5P35A 5P7KA 6APRE 1GNOA 3KMXA 3NU5A 1FKNA 1QDMA 3CIDA 5P66A 4Y9WA 2O4SA 5P3GA 5P7HA 3UDRA 5P0OA 5P3UA 1D4LA 3UQUA 3PHVA 5IVTA 5P2NA 4K4QA 1HIIA 5OZUA 4YDGA 5P62A 3JVYA 3LZUA 2R38A 1AM5A 5P5KA 4H3GA 5P85A 1EBZA 3S2OA 3RTHA 3UF3A 4LXKA 1LYWA 5P3IA 4Y36A 1B5FB 5P6HA 2G1OA 4J54A 4YD5A 4MC6A 2P3BA 3O9IA 5P5TA 3RTNA 2PSUA 3S7LA 3D1YA 3BVBA 2IKUA 3SM2A 5P7ZA 3K4VC 4A6CA 3UQWA 3FKTA 3FNTA 5AH7A 3DM6A 5P39A 5P12A 1AXAA 2G20A 4Y38A 1K2CA 2R8NA 3S56A 4LXMA 3WZ7A 2HS1A 1ZJ7A 5AHAA 3TPJA 2BKTA 5P0SA 3L5EA 4YA8A 3UPJA 3Q4BA 5P6IA 3I25A 5DQ2A 2Q3KA 4BFBA 3LNKA 4FIVA 1K6PA 3PCZA 4BELA 4OBHA 1B5FA 3S54A 1HRNA 3Q3TA 3PWRA 4Y45A 5OZYA 3EKWA 1ME6A 1FQ6A 3O9FA 3IGBA 4APEA 2XFIA 3GGAA 4PZXA 1NPVA 3QROA 4NJVA 3UFNA 4CPXA 1A8KA 4OBZB 4B72A 1Z1HA 4EJKA 3KMYA 4Y5PA 1XS7D 4KB9A 1LF2A 5P6PA 3OU1B 4J0PA 5P1DA 1APTE 5P40A 2NNPA 4DPIA 4F75A 2QK5A 3QBHA 2ZDZA 5P48A 3LZVA 3OU3A 2QD8A 4J0ZA 5P6TA 5EZZA 1MIQA 3LZYA 2OHPA 5KR8A 2SAMA 3RU1A 1E81E 3OAGB 4LHHA 1FLHA 3D1ZA 5P6AA 4LC7A 3K5DA 5DPZA 3ZKIA 5P8MA 1E82E 3TH9A 2IS0A 3SA5A 4F76A 3HZCA 5P34A 5OYYA 2AVSA 4Y4EA 2WEDA 2G27A 3TPRA 2CENA 1QBSA 1W5YA 4Y3TA 2I4DA 5P1KA 1ODWA 5P1SA 4ZSPA 5P8FA 4OBGA 1HVLA 3EKVA 1HXBA 4I0IA 5P0FA 3LIVA 3QBFA 3K5GA 2AZCA 3O9GA 5P60A 5P49A 4Y4XA 3VF7A 4KE0A 2JE4A 3OU1A 3UDNA 2QZXA 3QVIA 5P6YA 2ER6E 1HVCA 1SGZA 3CIBA 4Z22A 2PMAA 2J9JB 5P74A 1HSIA 4YD4A 2ER7E 3VYDA 3QRVA 1W50A 3I7EA 3APPA 2XYEA 1MRXA 1ENTE 2OF0A 4CMSA 3D91A 1YTIA 5P2WA 5JFUA 5P7WA 3SM1A 5P70A 1BWBA 4R8YA 3TKGA 4J1KA 5DGWA 5P1AA 4YE3A 3SPKA 5OZWA 3SABA 1EPNE 4DQFA 5P0NA 5P89A 4I0EA 3TTPA 3SAAA 4AZYA 4WY6A 5P65A 3VF5A 3SA4A 4LXAA 1MSNA 5P4ZA 4QLHA 1SDVA 4EP2A 5P87A 4I11A 3VSWA 2AOIA 4K8SA 4ZEAA 2Q11A 5P1PA 3KDBA 2J9JA 5P7PA 1DAZC 1TQFA 1HVKA 7HVPA 2ZJKA 2WJOA 2I0AA 4Y4AA 3NWXA 3Q70A 8HVPA 1SMEA 4B0QA 3IXJA 5P5OA 3D3TA 3T7QA 4YD3A 3UDKA 2WECA 4HVPA 4Y3YA 4Y3QA 2OHSA 1FQ4A 4DJRA 5ER1E 3SQFA 5I70A 4B70A 2V13A 4H3IA 1IIQA 1FQ8A 5OZDA 3ZLQA 2QU3A 4Y3SA 3ER5E 5DR4A 2QMPA 2QI0A 3WB5A 3VFBA 5P0WA 3URLA 2IRZA 1IDAA 2QD6A 3NWQA 5P6XA 5HDVA 4D88A 5P6OA 4I8WA 5P3DA 5OYTA 3PMYA 2R43A 1B6LA 1HVRA 5TOLA 4PEPA 1HWRA 5P2HA 2QI7A 4Q1YA 1AJVA 3EKPA 5P0EA 5P6WA 5OYRA 3ZPSA 1PPKE 5P4MA 1MVPA 3UQRA 2Q64A 5KOSA 5P1TA 5P6RA 3EM6A 1ZPKA 3QRMA 5P42A 4ACUA 1TW7A 3S8IA 2PYMA 1AJXA 5P4QA 3QAAA 2JXRA 5P19A 3KT5A 3K4VA 5OYXA 3BGCA 1NPAA 4Y5KA 5P5ZA 2H6TA 5P47A 1PSAA 2B7ZA 4Y5CA 5P17A 5ENKA 1DW6C 3IAWA 2QCIA 5P04A 4Q1XA 2AOHA 5P4PA 1MESA 1SIPA 5P0ZA 2BPWA 4YHQA 4HLAA 2VJ7A 1E80E 1W5VA 1IVPA 4AA8A 1DPJA 5P7XA 4EJ8A 2APRA 5OYSA 1D4KA 3IXKA 1WKRA 1B6MA 4DJOA 5OZ1A 1DIFA 3OQDA 5HE5A 2WKZA 3NUOA 1SIVA 5P5VA 5P79A 5P7YA 3DCRA 5P8NA 3WZ6A 3CICA 1EPRE 4NKKA 3ZKXA 4MC1A 2AOGA 4RRSA 1ZAPA 1ZSFA 5P4XA 5P7DA 4ZPFA 3FSMA 5P2ZA 2NMYA 5P3FA 1FMUA 2VIYA 1T6GA 5P24A 5P4YA 4FS4A 4EJDA 1BDLA 4EYRA 1QBUA 1GVVA 4TRZA 5P8UA 3ZMGA 2PWRA 3OUAA 1SDUA 2HM1A 5E5JA 4X2LA 3O9HA 3L5BA 3U71A 3VCMA 3WSJA 4N00A 1MERA 2WF3A 4Y3RA 3IVIA 5P63A 4ZSMA 3H0BA 2AZ8A 4DPFA 4Y3AA 1APWE 3GGUA 1UH7A 5APRE 3DOXA 5P73A 3B80A 5OZZA 5P46A 1KZKA 2I4UA 1BDQA 3PGIA 3S45A 3ZPUA 5P61A 1JLDA 5HDUA 2IGYA 1XL2A 4RYCA 5P10A 4NJSA 5P2IA 3OUDB 5P81A 2B42A 5P2UA 4DQCA 1HTRB 5OZ0A 4X7IA 5P0JA 3UDHA 3D1XA 5P4CA 5P00A 5KAOA 3OTSA 4CPUA 2Q54A 4I12A 5P77A 4E43A 5OZ2A 1GNMA 4FL8A 2QMGA 1YX9A 5DQ5A 3OUBA 3LIYA 3OADB 5P5RA 1EC3A 5P78A 1FMXA 5P3TA 5P8RA 1BVGA 4H1EA 2I4QA 1BWAA 1G6LA 5P43A 2ZJHA 3IVHA 3RTMA 1IZDA 3OGPA 2FMBA 3GI0A 1HPXA 1GVTA 4RVJA 1HSHA 4B00A 4J1IA 4J0TA 5IE1A 3VV6A 5P0GA 5P82A 3OUDA 5P8GA 4NJUA 1VIJA 3GGVA 1KJHA 3JW2A 3MWSA 4XX3A 1NSOA 2P8HA 2QZKA 5HU1A 2IEOA 4OC6B 5OZ3A 2QZLA 2H6SA 4DJVA 3QRSA 5P0XA 1ODXA 4YBFA 5F00A 4S1GA 4FE6A 5P4HA 3PBDA 1META 2R5QA 3BRAA 5P6NA 3INEA 5P6JA 1XE5A 3M9FA 4R91A 5P8CA 5P8HA 5P2TA 5CONA 3OADA 5P6ZA 4YCKA 2VJ9A 1PPLE 5P5AA 4Z50A 5P18A 3A2OA 5P7EA 4BEKA 1BXQA 3L5FA 4Z4XA 1NPWA 5P5HA 5OZIA 2P3DA 2UPJA 5P5QA 1ZP8A 4CPSA 3OXXA 1FEJC 1HEFE 5P36A 2HB3A 1EPOE 2CEMA 2QZWA 3BGBA 2BB9A 1ZPAA 5P8PA 1C6XA 4FM8A 4HE9A 3KA2A 4JPEA 5SXNA 3H5BA 3KT2A 4YCTA 1LZQA 4AA9A 3S53A 3BHEA 5DQ4A 1BIMA 3L58A 4ZSQA 2WF1A 1M4HA 1SGUA 3RVIA 2VA5A 3MXDA 4NJTA 5P76A 1MSMA 5P54A 5KQZA 1FB7A 5P80A 3L5CA 5P8TA 5KOQA 3LIXA 1M43A 3GI5A 4HDFA 4UPJA 5COOA 3S85A 5P3LA 5OZMA 6UPJA 1FQ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4A A;  5P5S A;  5P3C A;  5C9D A;  4ER4 E;  2IDW A;  2P3A A;  3PSY A;  3B7V A;  5P50 A;  4Y3X A;  5P4S A;  4LL3 A;  2RSP A;  5P0Y A;  2B8V A;  4CKU A;  1DP5 A;  5P8A A;  2JJJ A;  5P0B A;  3NXE A;  4I1C A;  4YOA A;  1KJ4 A;  4OBF A;  1AAQ A;  3NDW A;  4FM7 A;  5P0K A;  3O9C A;  2NPH A;  3HBO A;  4ZPE A;  3VF3 A;  3IXO A;  3FV3 A;  5P38 A;  1D4S A;  5P3O A;  5P2Q A;  1FMB A;  4Y51 A;  3FIV A;  3NLS A;  5P8V A;  4Y4G A;  5P67 A;  3DV5 A;  2UXZ A;  4Y3H A;  5OZR A;  1HVJ A;  5P25 A;  3CYW A;  2OHR A;  4Y4T A;  3BVA A;  3IA9 A;  5BWY A;  3HDK A;  1BIL A;  4Y3D A;  5OZ6 A;  2VJ6 A;  2PQZ A;  3RSV A;  5J25 A;  2O4K A;  5P2M A;  1BDR A;  1A94 A;  3RSX A;  2BJU A;  5FIV A;  5P2E A;  1XN2 A;  2AZ9 A;  3VLB A;  1FIV A;  1G35 A;  3L5D A;  4MC2 A;  3EL4 A;  5P4N A;  5AH9 A;  4Y3L A;  1EPM E;  5IVQ A;  5P4O A;  3GI6 A;  1BV9 A;  4PPH A;  5P7F A;  3NR6 A;  3KDD A;  5P3R A;  4Y3N A;  3NU4 A;  2AOJ A;  5AHB A;  5P3W A;  5P7N A;  5T4S A;  2QU2 A;  3LPI A;  3MSL A;  5P71 A;  6FIV A;  3IN4 A;  4K4R A;  1MT8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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