2HM1A

Crystal structure of human beta-secretase (bace) in the presence of an inhibitor (2)
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
389
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of potent inhibitors of human beta-secretase. Part 2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 375
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2006-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hm1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hm1A02
5P2GA 1FGCC 4Y3RA 1MRXA 5COPA 5SY2A 4J1FA 3VSWA 1D4KA 4Y5MA 5ENKA 4Y4ZA 2AVQA 5I70A 2ZHRA 4H3GA 4Y4AA 3UF3A 5P4GA 1SBGA 3VV7A 1K6VA 2IKOA 3L38A 2V16C 1EC2A 2HS1A 3PWMA 3O9LA 1VIJA 3ZPTA 4EXGA 5AH6A 5SXNA 4R91A 5P1OA 5P18A 2UY0A 3HLOA 5P70A 3L5FA 3OUDB 2CENA 4ZIPA 4Y41A 5P3MA 5P6MA 5P71A 3S7LA 2PSUA 4Q1YA 1Z1HA 3OADA 2P8HA 5P66A 1LF4A 5HCTA 5P3SA 3G6ZA 3PMYA 5C9DA 2I4VA 5P8VA 5P5VA 2APRA 3KDCA 2PC0A 1OEWA 2OHKA 3EL1A 3KT5A 5OYRA 5OZ4A 2WEDA 2OHUA 2HPFA 1ZJ7A 1MSNA 5P0YA 3RTNA 4Z2ZA 4EJLA 4YOBA 1HTRB 4EQ0A 5P0PA 5P5XA 3VFBA 5KR0A 4D88A 3OU3A 1PPLE 4B0QA 4TVGA 2Q54A 2QD6A 5OZ7A 5P84A 3UQXA 3N4LA 4CPTA 4TRWA 5HVPA 3SACA 5P68A 1Z8CA 4I0IA 5P75A 3LPJA 1D4JA 4YCKA 5P6RA 3VF5A 3EKVA 2A4FA 1DP5A 5I3WA 5P3WA 5DQ4A 5OZJA 2QD8A 5P0MA 4Y5KA 4DJVA 2HPEA 3OTSA 5DGUA 3UDNA 3LIXA 3PSYA 3IAWA 4Y5NA 1IDAA 1K1UA 3QP0A 4Y3YA 3QBFA 3PSUA 2B60A 1HTGA 4YBFA 3S2OA 2R9BA 4A4QA 2O4NA 3LINA 2RKGA 2OHLA 3PBZA 5P8EA 3OXCA 2WF0A 2QNPA 4J1HA 4AA8A 5P3CA 5P4UA 4L1AB 4GJAA 4CPWA 5OZCA 4OBKA 5P61A 5P6SA 5OZ2A 3SA8A 1GVXA 4I8ZA 4DQEA 4PEPA 5OYXA 4Y3XA 2A1EA 4Q1XA 5KQYA 5P06A 3UDJA 5OZ0A 2OHPA 5P6QA 1SP5A 1HTFA 3NUOA 2AZBA 4EXHA 5DQCA 3R0WA 1KJHA 2AZ8A 2F3KA 1PSNA 5I3YA 4FAFA 5P1TA 3L59A 5OZ9A 3VFAA 4L7JA 5P89A 4AMTA 5OZQA 1EC1A 1TZSA 3IN4A 3PGIA 3JVYA 5P6HA 4PPHA 5P3PA 3OUAA 4DQBA 5AH7A 4OBFA 1NSOA 3GI5A 4RROA 2QI0A 1U8GA 1BWAA 1UPJA 3RTMA 3Q3TA 1EPNE 1XN2A 4Q5MA 2AOEA 5I3VA 5OYWA 3EKTA 3FX5A 5AHAA 3O9DA 2VIZA 4APRE 2AOHA 2I4UA 3KN0A 5OZRA 5P8HA 1K2CA 4DFGA 3EL9A 1MVPA 4OBJA 5JG1A 4J55A 4H3FA 1B6KA 3LIQA 4JPEA 3OTYA 3DJKA 3K5FA 5P7VA 2IEOA 3QRSA 5OZXA 3GGXA 3UDRA 5P4LA 1HVCA 2CEJA 5P59A 1J71A 4I1CA 2AOFA 3VYFA 3WSJA 1T7IA 5HE4A 2G22A 2IENA 5P1GA 1IZHA 2IQGA 3HAUA 3INHA 5BRYA 4ZLSA 3UCBA 2I0AA 5P30A 3KT2A 2AOGA 2XYEA 1PSOE 1A94A 2Q64A 1IZDA 3RU1A 5P4HA 1FMXA 4HA5A 5P1PA 5P0WA 3ZKGA 4Y3QA 5P8GA 2PSVA 5HDVA 5P6YA 5P49A 3EKWA 4ZPEA 4Y36A 4F76A 5IVQA 3D1YA 2PK6A 3NU4A 5P6VA 1HSGA 4XX4A 3FIVA 5P5ZA 4YCYA 4MC9A 4D85A 3RSVA 1XDHA 1ZAPA 3PCWA 4YCTA 5P54A 3JW2A 4COEA 2JJIA 5P26A 1FG8C 3QVCA 5P2OA 4I12A 5P76A 3OQKA 1E80E 2P3DA 2I4DA 5P69A 5P0ZA 4ZSQA 1FIVA 3QRMA 3K5DA 3SQFA 2FGUA 2H6SA 1DPJA 5P1DA 5P23A 3UHLA 1ZSRA 3BGBA 3BXSA 5P3YA 1ODWA 1IDBA 4WTUA 3I7EA 5P7KA 1W51A 5P2LA 3OADB 2ZGAA 4OD9A 5HDXA 5P5HA 1APVE 4Y5PA 3UQUA 2R8NA 3APRE 4ZSMA 4OBHA 5P02A 5P2MA 4DJOA 4YD3A 4J54A 4Y4XA 3GGUA 2JE4A 3LPIA 3SM1A 5P55A 3HBOA 3HDKA 4CMSA 5P1SA 5P2ZA 5OZFA 4RGHA 2PYNA 2ZHTA 1NPWA 1TSQA 5P3EA 2ZJKA 2CEMA 3UTLA 3L5CA 4RCFA 5EZXA 1FQ8A 2R5PA 4GJ6A 2HIZA 5P63A 1AIDA 1D4IA 2QMDA 4CP7A 3BXRA 3EM3A 4D89A 5P2RA 4U8WA 1W5VA 3HVPA 3CICA 5P1NA 1BV7A 1D4HA 4Y3JA 2R3WA 3PBDA 1HXBA 3NXEA 3H5BA 3K4VA 5P1IA 3UFLA 5P04A 3TOGA 3TNEA 4PZWA 2AOIA 3MSJA 2NMYA 3CIDA 4JECA 2WKZA 1YTHA 2V00A 2VA6A 3TPPA 5P7CA 5P57A 1EBYA 4QJ9A 4Y4WA 4D8CA 1YM2A 3PCZA 5P8MA 4IVSA 2QI3A 5B18A 3INEA 4Y3FA 1NPAA 5P5OA 2R5QA 5KQZA 3WZ7A 4FRSA 3VLAA 2QU2A 4HDFA 5P15A 5P6NA 5BS4A 4Y37A 4OBGA 5OZ1A 1YTGA 1A8KA 1EAGA 1MEUA 2G20A 2G26A 5P2DA 2NMZA 2P83A 3KFNA 1FKNA 3T3CA 2G69A 2G1YA 2J9KA 2ZJIA 1CPIA 1CMSA 5P2NA 1HSIA 1W5XA 4TVHA 2BPZA 5P88A 5P4OA 4CPRA 3BGCA 1Q9PA 1FB7A 4F75A 2I1AA 4Y3NA 2FMBA 3BUFA 4R93A 4ZE6A 5P0JA 2V0ZC 1HPXA 5P5NA 5P7ZA 3ZLQA 4FM7A 3VYDA 5IVSA 2FNTA 4D83A 1BVGA 3QIHA 4JPCA 5P0TA 3PI5A 5P8CA 1GVWA 3H0BA 5P7RA 5P5DA 3OXVA 1SIPA 1HVLA 4FCOA 3DK1A 3CKRA 5P3RA 5P0SA 5P2FA 3MXEA 2BPYA 3MWSA 3PMUA 1GNMA 3VUCA 5P8RA 1MT7A 2AVSA 3D20A 2WHHA 2I0DA 5P7AA 3UDMA 1EPLE 3L3AA 5HU1A 5P3HA 2AVMA 5P5WA 5OZMA 5P2IA 5ISKA 1FQ7A 1LYWB 2QCIA 3U7SA 2ZYEA 1B11A 3ER3E 2QMPA 3KYRA 3WZ6A 4H3JA 3IVIA 3MXDA 1YM4A 4GJBA 4QLHA 5P0CA 4QJ6A 5P6GA 3UDHA 5CONA 3AUPA 3NDUA 3EMYA 1KJFA 3SPKA 2AQUA 2F3FA 5OZAA 5HE5A 3VG1A 1W6IA 3S43A 2Q55A 3DOXA 5P4AA 5P2CA 4B77A 4Y3WA 1XN3A 4RVXA 3OOZA 5P0IA 3UQWA 2WF4A 4FL8A 5P22A 3INFA 1TW7A 3HW1A 4KB9A 1EPQE 4Y3DA 5P1RA 3O99A 1B6JA 2WF1A 2FLEA 2AODA 5P2UA 5AGZA 3FNSA 2QU3A 3IN3A 4H1EA 4I0JA 4RZ1A 4ACUA 1HVJA 3D91A 3DCRA 4GJDA 1ODXA 2FNSA 3IXKA 3TTPA 5P46A 3NDWA 4L7GA 5P0KA 5P4RA 3O9GA 1EC3A 3SO9A 4EYRA 1FQ6A 4GMIA 2OHMA 2BBBA 1BXQA 4Y58A 2IRZA 3O9FA 4K4RA 3T11A 4DQFA 1T6GA 1FLHA 2VIEA 4Z22A 3ZKSA 4J1CA 5P6PA 5DR7A 3QI1A 2OHRA 4Y43A 1AJXA 4PZXA 1WBMA 5P00A 4RCDA 3RVIA 4AUCA 4MC2A 1A9MA 4B78A 1W50A 2QMGA 5P5YA 4NJSA 7HVPA 3TOHA 4J5JA 3TH9A 1FQ5A 5P3KA 5P7LA 5KR8A 1FQXA 1RQ9A 4B1CA 5P47A 4YE3A 5P4VA 1HXWA 3RSXA 2NR6A 4B05A 5DR0A 3SA9A 3NDXA 3IVHA 1YTJA 5P3AA 2PH6A 1MT8A 1MSMA 2JYSA 4NKKA 3PI0A 2AZ9A 2QZXA 4X2LA 2AVOA 3TKGA 5P6OA 1QBSA 3HAWA 3S85A 2J9JA 1QBUA 4FM8A 3IA9A 1HRNA 2UXZA 5OZDA 1B6MA 2P4JA 2WF2A 4FRIA 3OQAA 3SABA 3GI6A 2OHTA 4DH6A 1ZBGA 5P3OA 1BXOA 1SGZA 3TPLA 2BKTA 3NU5A 5P3GA 3NLSA 5P62A 4M8XA 1M0BA 3SA3A 4Y45A 1EBKC 5P5IA 5E5JA 4Y39A 2ASIA 3QRVA 2H6TA 5OYYA 5P32A 2BJUA 3PB5A 1T6EX 1BAIA 4Y54A 5P07A 4Y3LA 4J0PA 5P7WA 3S45A 1XS7D 1T3RA 2NXLA 4YA8A 3I8WA 2AIDA 3MSKA 4I8WA 3R0YA 5KR1A 2O4PA 5OZKA 5P50A 5P82A 5P2HA 3VCMA 4Y5GA 4ER1E 2FS4A 2QZLA 4Y5BA 2IGYA 5P87A 5P12A 1APUE 3QAAA 3ECGA 5P14A 1K2BA 1B6PA 1G2KA 4FLGA 2ZJJA 1PFZA 2BB9A 1RL8A 3NR6A 4J0YA 5P4BA 8HVPA 5OZIA 2G27A 5P1YA 5P65A 3K4VC 3LZSA 4ER4E 4CPQA 2VJ9A 5P53A 2BPXA 5P7SA 1EPME 3UPJA 1ER8E 5HCOA 2P3BA 4AZYA 1G35A 4HZTA 3BVAA 5P4SA 5P0XA 5P6BA 4OC6B 2AOJA 1B5FB 1HVKA 2NNKA 2O4SA 1YT9A 4HLAA 5P7XA 2ANLA 1HIIA 2P3AA 1NH0A 1FQ4A 1TCXA 3K5GA 1EPRE 4L7HA 4BELA 1EPOE 5P8FA 2FDPA 4EP2A 5P1BA 2BQVA 3OU4B 4J1KA 1RPIA 1ME6A 4WY1A 3S54A 2ZHSA 1HOSA 1GNNA 2XYFA 1N49A 5P4FA 4Y50A 4JOOA 2QHZA 3OU1B 4KE1A 5P4ZA 4K8SA 3OUCA 3ZKMA 3TKWA 4Q1NA 3LPKA 2QMFA 3S43B 5P4TA 4EHCA 4RRSA 5P35A 4KUPA 4GZFA 1BVEA 1IBQA 2ZJLA 5P7MA 2I4WA 4Y3GA 5P2EA 4HVPA 3SAAA 2PK5A 4EJKA 2F81A 5P17A 4ZPGA 1FMUA 5DGWA 5CLMA 5P1QA 4Y57A 2HB2A 1HBVA 1ZPAA 1HTEA 1MT9A 1F7AA 1MRWA 1TSUA 9HVPA 4Q1WA 3PSGA 4LP9A 3UDQA 1LYBA 4LBTA 4RYCA 3S56A 1LV1A 2FXEA 4ZSPA 3O9IA 5OYZA 4R95A 5P2XA 5P3DA 1W6HA 5P2BA 3OWNA 4R5NA 5P8DA 3UQPA 2QI4A 1C70A 5P0BA 3CYWA 5P36A 2NPHA 2QHCA 1HVHA 5P5CA 3NXNA 3WB4A 5P8SA 3PRSA 5P39A 5P73A 3O9LB 3EM6A 3LHGA 1MIQA 4Y5EA 4GJ9A 1SIVA 1DIFA 4EJ8A 5P0FA 2QI1A 2VIYA 5P8KA 3Q70A 5P8NA 5J25A 5P7DA 2FIVA 4GJ5A 2FXDA 2VNMA 5P51A 3VF7A 3G70A 5P1JA 4BFDA 3U6AA 5UPJA 1IIQA 2G1NA 1WBKA 2P3CA 1W5YA 5P24A 5HU0A 1QBTA 1XE5A 5P3BA 4DQHA 3L5EA 4OBZA 4Y48A 1AAQA 4MC1A 5P8OA 4N00A 1G0VA 2J9JB 5P6EA 5P7YA 3ZOVA 3UDYA 1IZEA 3DCKA 5P3FA 2AVVA 2QHYA 4Y51A 5DR3A 3S53A 2XFKA 1UH9A 3JVWA 3OK9A 4I0ZA 1UH8A 4LAPA 2QI6A 5P5PA 3ZPSA 2VA7A 5P0RA 1GVVA 2WEBA 5P6ZA 1G6LA 5OZUA 5P6TA 1XL5A 2ZJMA 4Y3TA 5P5UA 4EJDA 2G1RA 3NUJA 4DQGA 3OY4A 5P8AA 3INDA 4YD5A 5P4MA 3TPJA 3ZKXA 3DUYA 5P5EA 3I2LA 4Y35A 4I0FA 1C6ZA 2HB3A 2QD7A 5P45A 5P41A 6FIVA 1HEGE 3I25A 3QBHA 2PH8A 3BUGA 1BV9A 3IGBA 2G1SA 4GB2A 4B1DA 5APRE 3L58A 3Q5HA 4YDFA 5P7TA 4XXSA 5P1EA 4BFBA 5P1KA 3GI0A 4EPJA 3CYXA 3NDTA 5P3XA 1F34A 5ER1E 1GVTA 1HHPA 2SAMA 5DPZA 4RLDA 1E5OE 3OAGA 5P2QA 4Y53A 3Q6YA 4K4QA 3FSMA 2RKFA 5P8UA 5KQFA 1BIMA 1HEFE 2V13A 1T7JA 1GVUA 5F01A 3I6OA 5AHCA 4R92A 3FV3A 5OYUA 2WECA 4RCEA 2I4QA 5P43A 3OGPA 4I10A 1AZ5A 2JXRA 5OZWA 5P4YA 4K4PA 1HPVA 2QZWA 1MTRA 5OYQA 4E43A 4YDGA 3BVBA 4DQCA 1FEJC 1XL2A 4L1AA 1FFIC 3CIBA 3EL4A 2G21A 5OZ8A 4Y4UA 2G1OA 5P0DA 4KE0A 1IZIA 1MUIA 1EBWA 2NXMA 3TLHA 2B8LA 1BWBA 4Y4DA 3K1WA 3WZ8A 2JJJA 3NU9A 2R38A 5P13A 5P29A 5P7UA 4CPUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2G A;  1FGC C;  4Y3R A;  1MRX A;  5COP A;  5SY2 A;  4J1F A;  3VSW A;  1D4K A;  4Y5M A;  5ENK A;  4Y4Z A;  2AVQ A;  5I70 A;  2ZHR A;  4H3G A;  4Y4A A;  3UF3 A;  5P4G A;  1SBG A;  3VV7 A;  1K6V A;  2IKO A;  3L38 A;  2V16 C;  1EC2 A;  2HS1 A;  3PWM A;  3O9L A;  1VIJ A;  3ZPT A;  4EXG A;  5AH6 A;  5SXN A;  4R91 A;  5P1O A;  5P18 A;  2UY0 A;  3HLO A;  5P70 A;  3L5F A;  3OUD B;  2CEN A;  4ZIP A;  4Y41 A;  5P3M A;  5P6M A;  5P71 A;  3S7L A;  2PSU A;  4Q1Y A;  1Z1H A;  3OAD A;  2P8H A;  5P66 A;  1LF4 A;  5HCT A;  5P3S A;  3G6Z A;  3PMY A;  5C9D A;  2I4V A;  5P8V A;  5P5V A;  2APR A;  3KDC A;  2PC0 A;  1OEW A;  2OHK A;  3EL1 A;  3KT5 A;  5OYR A;  5OZ4 A;  2WED A;  2OHU A;  2HPF A;  1ZJ7 A;  1MSN A;  5P0Y A;  3RTN A;  4Z2Z A;  4EJL A;  4YOB A;  1HTR B;  4EQ0 A;  5P0P A;  5P5X A;  3VFB A;  5KR0 A;  4D88 A;  3OU3 A;  1PPL E;  4B0Q A;  4TVG A;  2Q54 A;  2QD6 A;  5OZ7 A;  5P84 A;  3UQX A;  3N4L A;  4CPT A;  4TRW A;  5HVP A;  3SAC A;  5P68 A;  1Z8C A;  4I0I A;  5P75 A;  3LPJ A;  1D4J A;  4YCK A;  5P6R A;  3VF5 A;  3EKV A;  2A4F A;  1DP5 A;  5I3W A;  5P3W A;  5DQ4 A;  5OZJ A;  2QD8 A;  5P0M A;  4Y5K A;  4DJV A;  2HPE A;  3OTS A;  5DGU A;  3UDN A;  3LIX A;  3PSY A;  3IAW A;  4Y5N A;  1IDA A;  1K1U A;  3QP0 A;  4Y3Y A;  3QBF A;  3PSU A;  2B60 A;  1HTG A;  4YBF A;  3S2O A;  2R9B A;  4A4Q A;  2O4N A;  3LIN A;  2RKG A;  2OHL A;  3PBZ A;  5P8E A;  3OXC A;  2WF0 A;  2QNP A;  4J1H A;  4AA8 A;  5P3C A;  5P4U A;  4L1A B;  4GJA A;  4CPW A;  5OZC A;  4OBK A;  5P61 A;  5P6S A;  5OZ2 A;  3SA8 A;  1GVX A;  4I8Z A;  4DQE A;  4PEP A;  5OYX A;  4Y3X A;  2A1E A;  4Q1X A;  5KQY A;  5P06 A;  3UDJ A;  5OZ0 A;  2OHP A;  5P6Q A;  1SP5 A;  1HTF A;  3NUO A;  2AZB A;  4EXH A;  5DQC A;  3R0W A;  1KJH A;  2AZ8 A;  2F3K A;  1PSN A;  5I3Y A;  4FAF A;  5P1T A;  3L59 A;  5OZ9 A;  3VFA A;  4L7J A;  5P89 A;  4AMT A;  5OZQ A;  1EC1 A;  1TZS A;  3IN4 A;  3PGI A;  3JVY A;  5P6H A;  4PPH A;  5P3P A;  3OUA A;  4DQB A;  5AH7 A;  4OBF A;  1NSO A;  3GI5 A;  4RRO A;  2QI0 A;  1U8G A;  1BWA A;  1UPJ A;  3RTM A;  3Q3T A;  1EPN E;  1XN2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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