2HS1A

Ultra-high resolution x-ray crystal structure of hiv-1 protease v32i mutant with tmc114 (darunavir) inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ultra-high Resolution Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant Reveals Two Binding Sites for Clinical Inhibitor TMC114.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hs1A00
4Y5EA 4FM8A 3CMSA 4LC7A 2QCIA 3CYWA 2HIZA 5ENMA 3BGCA 5P80A 5OZLA 4EHCA 5P01A 5P5SA 5P66A 5P0CA 5P6VA 1MVPA 1HVCA 3VSXA 3HD8A 3KT5A 2I4DA 4EXGA 4Y4UA 5P5EA 3UFLA 3WB5A 4J1KA 1YM2A 5P8HA 3BGBA 4Y4DA 5CLMA 3T7QA 3CIBA 5P5WA 1DMPA 5T4SA 1SDVA 3MSLA 5P69A 1QS8A 3TL9A 5P6QA 4Y3GA 4TRYA 4EJKA 2G26A 5C9DA 2O4SA 4CPQA 1MSMA 2QMPA 4HE9A 2IKOA 3GI6A 2AVQA 5P89A 4EYRA 1IIQA 1FFFC 2I0AA 1A9MA 5OZAA 2PH6A 4GJ6A 1PPKE 5P28A 4EP2A 2R3TA 1IVPA 3WZ6A 2WF4A 1E81E 1G35A 5P2RA 1EC0A 4U8WA 1HVRA 5P40A 3URLA 4Y38A 5HU0A 4FM6A 4FLGA 5P3LA 4RRSA 4FGXA 3LPJA 5OZXA 3BRAA 4L1AA 1D4YA 3L3AA 1NH0A 1EBWA 4R93A 4TVHA 2QD6A 5P6MA 3PLLA 3N3IA 4DI2A 2CEJA 5AGZA 2IGXA 5P6FA 5P2KA 5P8LA 3PCWA 4APEA 2QI0A 3K5GA 2PC0A 4I8ZA 2BPYA 4BELA 4S1GA 5P51A 1MUIA 3O9GA 5IE1A 3OHHA 1LYBB 5HTZA 5P1SA 5P27A 4J1HA 1A8KA 4EPJA 1ER8E 5HE4A 4ZEAA 5P41A 4BFDA 5P39A 3AUPA 1FKNA 4R8YA 5P8UA 3Q6YA 2XYEA 2OHTA 1IZHA 3TPRA 5P5FA 1AM5A 1LS5A 2IGYA 5BS4A 1M4HA 3VF3A 2Q64A 4Y3PA 2JJIA 5P0TA 1SIPA 3LIYA 1D4JA 2IQGA 5SXNA 5P1OA 1HPVA 5P1YA 1W5WA 5P7MA 1NSOA 2Q3KA 4I0GA 3QP0A 4Y6MA 1G6LA 5P58A 2O4NA 5EZXA 3OU4B 2ZJHA 5P7ZA 2V00A 4DJQA 3Q5HA 3VSWA 5P4TA 2B8LA 5P1LA 1C6ZA 1KZKA 5P1UA 4GB2A 5P0RA 5P71A 4ER4E 5P2GA 4Y3ZA 5P2HA 1HTFA 5P8KA 1FMXA 4LXMA 4RVJA 5P37A 5P5DA 3EMYA 4HA5A 5JODA 2APRA 3OXCA 5HDXA 1XN3A 3UDPA 3EKTA 1UH9A 3HW1A 5P4KA 5P4ZA 2UY0A 3RU1A 4FM7A 5SY3A 5IVRA 4Y54A 1PSNA 4YD6A 5P72A 3VYFA 2NXLA 4NJSA 4CPSA 5P3ZA 1RL8A 2QI3A 4Y3LA 4NPUA 2B60A 4JPEA 2AZCA 3IVHA 3PI5A 3BXRA 4CKUA 5P62A 4DQHA 1HXWA 5P3EA 3KMYA 2WHHA 3U7SA 3KDCA 1K2BA 2AIDA 5P0VA 3OU1A 5DGUA 1G0VA 2QD7A 1GKTA 2AOEA 5P1PA 5P6TA 5HCOA 3IGBA 3O9EA 4F74A 3AIDA 3UDYA 2ZDZA 4IVTA 3TNEA 5KOSA 4Y3EA 1BXOA 2BPWA 2OF0A 1N49A 4MC1A 3VF5A 4B78A 2PQZA 3NDXA 3OQAA 3HZCA 4RYGA 2ANLA 5KQXA 3S53A 1J71A 2JYSA 1K6VA 4HZTA 5JFUA 1MERA 4L1AB 5P3OA 5ISKA 2J9KA 2G1OA 4FCOA 2HB4A 3PJ6A 5P7TA 2ER6E 2BKTA 1YG9A 2HPEA 2OHKA 3TTPA 5OZYA 2AZ8A 1IDAA 1W6IA 3FNTA 4OBDA 5P84A 4LP9A 3IXJA 4WTUA 5AHBA 3GW5A 2G1YA 4NJVA 5OZQA 4A4QA 1MRXA 3VYEA 5P07A 5OZRA 1B5FA 5P0JA 3QROA 1MTBA 1W5VA 3HVPA 4B0QA 2RKFA 4YBFA 4F76A 4RRNA 4KE0A 4TRZA 1D4LA 3KDDA 3VUCA 5P20A 5HU1A 3NXNA 2AOJA 5AH9A 3O9HA 5I3WA 2HAHA 1RPIA 3K1WA 5P57A 5P24A 3R1GB 2NXDA 3OXXA 4ZPEA 5P8EA 1W5XA 4JPCA 4Y4WA 1Q9PA 5P55A 2RMPA 5P08A 2WJOA 2VIEA 1KJ4A 5AHAA 5IS4A 5P7OA 2ZE1A 1QBSA 4YOAA 1M43A 2FIVA 5P3NA 3O9DA 3S43A 2XFKA 4RCDA 5P04A 5P6YA 4AZYA 4CMSA 4AMTA 2XFIA 2G94A 1HIHA 1KJHA 2ZGAA 3L5BA 4Y36A 4YA8A 3OK9A 1QBTA 5I3VA 5P1IA 4Y5PA 3TLHA 3QRSA 5P7HA 1JLDA 2OHUA 3ZKXA 1TCWA 5P00A 5P46A 2O4KA 2PYMA 4RVIA 4FRSA 4B72A 3NDTA 2V11C 4QJ7A 1HSHA 1LF2A 1T7JA 3WZ7A 2WF0A 3PSUA 2HPFA 5P2OA 5P6WA 3PCZA 5DR3A 5P3HA 1OHRA 2R43A 5P4VA 3NDUA 3VFAA 1IVQA 3MWSA 1EPOE 3URJA 4I1CA 1FLHA 2OHSA 1LZQA 3RTMA 4GJAA 4I0IA 3OQFA 5P7IA 3OU1B 3KT2A 3ZOVA 3EBZA 1HTGA 5P4CA 3O9AA 3GGXA 2WECA 2VIYA 1EBYA 2NR6A 2NMYA 5P3XA 5HDZA 4FE6A 4XKXA 5P8NA 1FIVA 5P10A 5P63A 3SO9A 5ER1E 5OYTA 5OZCA 3LITA 1MRWA 5DPZA 1T7KA 3OUAA 2ER9E 5P74A 5COPA 3L5CA 2CENA 5P73A 4Y4XA 5P3VA 1UH7A 4R92A 1GVWA 3DCRA 2QI4A 3NWXA 3BUHA 5HE7A 1T7IA 6UPJA 3QRVA 2ZJKA 1ZSFA 5DR1A 4OBHA 3CIDA 5P1KA 5KQYA 1HEGE 4Y51A 5P6ZA 3IAWA 3UDRA 1SDTA 2MIPA 3BC4A 3PWRA 4Y3MA 4ZSMA 1MT7A 5P6RA 5P7EA 3T6IA 2IS0A 5P7NA 1FQ4A 5APRE 1B5FB 5C9BA 3SQFA 4YD7A 2AOCA 4QGIA 3VV6A 5P5UA 5P4AA 5OZEA 1XL2A 3D3TA 3U6AA 3S54A 2PYNA 2RKGA 1HIVA 1TSUA 4GZFA 2VA7A 3N4LA 3NWQA 4Y3WA 2HS2A 3ZLQA 6APRE 4Y3AA 4I8WA 4RYCA 5P43A 1HPSA 3PWWA 4J17A 1GVVA 5P8OA 4APRE 4Y3NA 3OU4A 5P33A 3VV8A 4YD3A 4L7GA 3O9FA 1IDBA 3O9LA 2FXDA 3EL9A 1BVGA 2ER7E 4RCEA 5P3KA 5PEPA 1EC3A 1OEXA 4GJCA 4J0TA 5P48A 3NR6A 4Y39A 5FIVA 3S43B 3MXEA 4ZLSA 4J1FA 5P49A 1TCXA 4Y4AA 1SP5A 3SA3A 3F9QA 1C6XA 1AVFA 1E5OE 1YTIA 2VNMA 2ZHRA 5P77A 1SH9A 5P4FA 5P5IA 4DJYA 4PZXA 1YTGA 4Y4JA 5P5MA 4RROA 5P79A 4A6CA 2QK5A 4EP3A 5P16A 2HM1A 5IVQA 4J1IA 4WY1A 5KR1A 1T3RA 5P54A 2I1AA 5P5KA 3RVIA 2QMFA 5P06A 5J25A 2VJ6A 5P7PA 2B7ZA 3GI0A 4DQEA 4ZSRA 2O4LA 4JP9A 7UPJA 4Q1WA 1B6JA 2IEOA 3PSGA 5P5HA 3D20A 4LAPA 1WBKA 3QBHA 2Q55A 5P8BA 5P7YA 5P7AA 2OHNA 3S2OA 3O9BA 3PLDA 5OZVA 4Y3DA 3VG1A 4J5JA 5OZ2A 2B7FA 3JVYA 4MC2A 5P0OA 5P7SA 5P64A 5P7FA 2OAHA 1LYAA 5P3TA 4ZSQA 3G72A 1VIKA 1A94A 1GNMA 1K6CA 3GI4A 1PSOE 3EL1A 1MTRA 5OZBA 5P1HA 5P12A 1QRPE 5P4BA 4H3FA 5P0DA 4F75A 3TKGA 3WSJA 4RVXA 1AXAA 4HDBA 5P5OA 5P6UA 5P1CA 5P6NA 3I7EA 5P4LA 4OBGA 4GMIA 3Q70A 5P0UA 4A6BA 4PPHA 2WEAA 1WBMA 5DQ4A 5P0KA 1YX9A 5KOQA 5P5YA 5P3DA 4COEA 4RZ1A 1HSGA 5DGWA 5DR7A 4DJRA 5OYQA 3EKVA 1DW6C 1GVUA 5AH6A 2AOHA 1CZIE 3PBZA 5P4PA 2IRZA 5P8MA 5OZIA 1HOSA 5P4WA 5P42A 3SABA 4RLDA 1YT9A 3INHA 5P78A 3GGUA 3FNSA 2AZBA 2AZ9A 3SA7A 4BFBA 3OUCA 4QJAA 3O9CA 5P1JA 5P4NA 2ZYEA 3EL5A 4N00A 1A30A 5P3WA 5OYVA 4AA8A 4I12A 1XE5A 5P6LA 1NPVA 4R5NA 4GJDA 5DQ1A 5OYRA 1U8GA 2QZKA 9HVPA 5P7DA 5P0YA 3U71A 1D4SA 4Y4TA 2QNPA 4D85A 4YCKA 5P5VA 1GVXA 1T6GA 5P2FA 1IZIA 4CPXA 3UHLA 4DJOA 4DJVA 3LHGA 4QJ9A 4NJTA 3D1YA 5HD0A 4Y5MA 3O9LB 4Y3SA 1LYWA 5P4DA 2B8VA 1QBRA 5P1FA 5P8GA 1TQFA 3SM1A 2VS2A 2ZJIA 5P8QA 4Y48A 2V13A 5TOLA 5OZ3A 4DJPA 2Q11A 3IVIA 5P5QA 3OADA 2R5PA 5P25A 4OC6A 5JG1A 5P4UA 1K6PA 2QU2A 1T6EX 5P7VA 3LZSA 4Y4BA 5DQ2A 3RSVA 4J1CA 4Y37A 5P2WA 4OBFA 2QI6A 1APWE 2VA5A 3NU3A 2FGVA 4HVPA 2WF3A 5P09A 2F3KA 4Y3QA 5P50A 5OZZA 4YCYA 4OBZA 1LF3A 2EWYA 2G24A 1LEEA 4EJDA 5P4OA 3QIHA 4FRIA 2PSVA 3PVKA 1GNOA 5P70A 2WF2A 3SA8A 3SACA 1SDUA 5COKA 1D4IA 4FAFA 1FB7A 4Q5MA 5F01A 4LHHA 5P6OA 4DQFA 1TW7A 4Y45A 1YTJA 4ZSPA 5P44A 3UFNA 4FRKA 3UDHA 3LZVA 5P35A 4Y5GA 2IL2A 5P1AA 3NUJA 2I4VA 5P52A 3TPJA 1FQ7A 3TH9A 2WEZA 4Y56A 5P13A 2WEBA 2VJ7A 4HDFA 6FIVA 5OZNA 1LYAB 3DM6A 4MC9A 1HXBA 3UDKA 4KB9A 5P3YA 5P53A 4GJ9A 1BBSA 4CPRA 5P3IA 5P22A 5P36A 3S56A 2QZWA 1ENTE 4H1EA 4J55A 5P67A 1W6HA 4Y3HA 2FMBA 1HWRA 3QAAA 5P31A 2PK5A 3R0YA 4HDPA 4DVFA 1MIQA 3QBFA 2F3EA 3MXDA 2FS4A 5P8SA 3EL4A 3DOXA 1PFZA 4I0FA 1EPQE 5P17A 1ODYA 2OHQA 4J0YA 1PPME 5P0PA 4FSEA 1B6LA 5P7CA 1ZSRA 4EWOA 1HVHA 3TOFA 4B1CA 5KR2A 5P7RA 3TPLA 4Y5LA 1DAZC 5DQ5A 3O99A 3BVBA 1HTRB 3Q4BA 1EPPE 1D4HA 4X7IA 3ZKIA 3JW2A 2WEDA 3FX5A 5P8TA 2IKUA 3ZMGA 4DV9A 1ZLFA 5P2SA 3FIVA 3D91A 4UPJA 1XE6A 4Z22A 1BVEA 2NNKA 2WKZA 1HIIA 3KFNA 4H3JA 4R95A 3K5CA 1META 5EZZA 5I70A 5P2XA 2NPHA 4L7JA 3LZYA 4QJ6A 5DR0A 2I4UA 5OZKA 5OYYA 2IENA 3SA6A 1HTEA 5OZFA 4D88A 1PROA 1FMBA 4Y50A 3LIQA 3LIVA 1LYWB 3SM2A 5P5JA 3LIZA 4EQJA 2P8HA 1BDLA 2XYFA 3HBOA 5AHCA 3FSMA 1APVE 5P2BA 2Q54A 2QZXA 1G2KA 1ODWA 3ZPSA 1ZP8A 5P7LA 3OXWA 3NU6A 5P2UA 4I0DA 5P7KA 3K5FA 3OADB 3EL0A 4OC6B 4FS4A 2ZHSA 4PHVA 4OD9A 5P3QA 5P5CA 4JECA 3I8WA 1BWAA 2R38A 5P4GA 3NXEA 2FXEA 2BPZA 3NLSA 5P8PA 5P1ZA 5SY2A 2PH8A 2QMDA 5P8CA 4I0HA 1HVKA 2J9JA 1K1UA 4YOBA 1DP5A 3ZKNA 1APUE 4OBZB 3OTSA 2QNQA 2HS1A 4DPIA 1BDQA 2P3CA 2F3FA 4EJ8A 3OQDA 3ZPTA 3NYGA 1ZBGA 3L5FA 1KJFA 5P8RA 5BRYA 2JXRA 1IZDA 2NMZA 2ZJLA 2VIZA 1FMUA 5P6CA 1M0BA 3OGPA 1IBQA 3SA5A 4DJUA 3K4VC 5P82A 1C70A 2G20A 1FG6C 2P3DA 1HBVA 1APTE 1BAIA 5OYXA 2AVMA 5P65A 4ACUA 4YD4A 3R4BA 3QRMA 3H5BA 3ECGA 4Y3XA 5P3FA 3RTNA 4H3GA 5P6EA 4DPFA 4DJWA 5KQFA 2F81A 3GI5A 1NPWA 4YBIA 4YDFA 5P05A 5IVSA 5KR8A 2G1NA 2QMGA 3KF0A 1NPAA 5P7GA 3T11A 5P6XA 1FFIC 1SMEA 3UPJA 5P0SA 5OZHA 1B6KA 3DV1A 3PEPA 5E5JA 5DR8A 5P4XA 1HPOA 5P03A 1FQ6A 5P8JA 3EKYA 3OTYA 1C6YA 2H6SA 2BJUA 1B11A 1HVLA 4DFGA 2QHCA 2V10C 5P4IA 2R9BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5E A;  4FM8 A;  3CMS A;  4LC7 A;  2QCI A;  3CYW A;  2HIZ A;  5ENM A;  3BGC A;  5P80 A;  5OZL A;  4EHC A;  5P01 A;  5P5S A;  5P66 A;  5P0C A;  5P6V A;  1MVP A;  1HVC A;  3VSX A;  3HD8 A;  3KT5 A;  2I4D A;  4EXG A;  4Y4U A;  5P5E A;  3UFL A;  3WB5 A;  4J1K A;  1YM2 A;  5P8H A;  3BGB A;  4Y4D A;  5CLM A;  3T7Q A;  3CIB A;  5P5W A;  1DMP A;  5T4S A;  1SDV A;  3MSL A;  5P69 A;  1QS8 A;  3TL9 A;  5P6Q A;  4Y3G A;  4TRY A;  4EJK A;  2G26 A;  5C9D A;  2O4S A;  4CPQ A;  1MSM A;  2QMP A;  4HE9 A;  2IKO A;  3GI6 A;  2AVQ A;  5P89 A;  4EYR A;  1IIQ A;  1FFF C;  2I0A A;  1A9M A;  5OZA A;  2PH6 A;  4GJ6 A;  1PPK E;  5P28 A;  4EP2 A;  2R3T A;  1IVP A;  3WZ6 A;  2WF4 A;  1E81 E;  1G35 A;  5P2R A;  1EC0 A;  4U8W A;  1HVR A;  5P40 A;  3URL A;  4Y38 A;  5HU0 A;  4FM6 A;  4FLG A;  5P3L A;  4RRS A;  4FGX A;  3LPJ A;  5OZX A;  3BRA A;  4L1A A;  1D4Y A;  3L3A A;  1NH0 A;  1EBW A;  4R93 A;  4TVH A;  2QD6 A;  5P6M A;  3PLL A;  3N3I A;  4DI2 A;  2CEJ A;  5AGZ A;  2IGX A;  5P6F A;  5P2K A;  5P8L A;  3PCW A;  4APE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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