2HS2A

Crystal structure of m46l mutant of hiv-1 protease complexed with tmc114 (darunavir)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKLIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ultra-high Resolution Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant Reveals Two Binding Sites for Clinical Inhibitor TMC114.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hs2A00
1TSQA 5P0UA 3L5FA 3VFBA 5P5VA 3QVCA 5P0FA 2WHHA 4GJBA 2BB9A 3LIZA 4FRJA 1EAGA 5IE1A 1EPOE 3UDNA 5P56A 3Q5HA 4R93A 3L58A 5P2GA 4F73A 3KYRA 4Y4AA 5P30A 4DQEA 4Y9WA 3BUFA 4I0IA 1ZPKA 5P87A 5P4IA 4Y3TA 5P83A 2QP8A 2UY0A 3H5BA 3LNKA 2OHKA 3K5FA 3HDKA 4Y4WA 1FFFC 3GGAA 5B18A 2AVSA 5P4HA 4APEA 3HD8A 5P1VA 1IDAA 5P48A 4WY6A 2CEMA 4GJDA 3CIDA 3TPJA 5P3UA 5P5TA 5P41A 2G1SA 4ZPEA 4U8WA 5P3VA 1LF3A 2NXMA 3INEA 3OUAA 2NXLA 5P3EA 4L1AB 5P4AA 1GVUA 1D4LA 4QJ7A 5P81A 1CZIE 2RKFA 5P4NA 5P5SA 3A2OA 3GI4A 5DQ1A 5P8RA 3CYWA 4I0DA 1FG8C 5P3BA 3ZPUA 2OHUA 5P67A 5P86A 3TOFA 2HAHA 4ZSRA 5P1SA 3KDDA 5IVQA 4Y53A 1M43A 5P3JA 5I3WA 4Y4TA 3IN4A 4HZTA 1K2CA 3RTHA 1EC3A 4Y3HA 4PYVA 4YDFA 3H0BA 2O4KA 5P1ZA 4J0VA 4PPHA 5AHCA 3IVHA 2PWRA 5P0XA 5OZDA 5P1IA 2B8LA 1ZSFA 2BKSA 4JECA 1EEDP 2XYEA 3MSKA 5P75A 5P49A 4GJ5A 5P3KA 5HE7A 5OYUA 3UDKA 3VFAA 4Y6MA 5I3XA 3SA7A 5P59A 1HTGA 1TSUA 1W50A 2VIZA 3PGIA 2R3TA 1EC2A 4QGIA 5P3GA 5P4LA 5P62A 1RNEA 5P0KA 1BDLA 2QD6A 3OU4A 2IDWA 5OZ9A 5P55A 1HVIA 4ZPGA 8HVPA 5P7TA 5KQZA 3LIYA 3SM2A 4R91A 5P8QA 3NU6A 4Y3WA 2B8VA 3PBDA 4MC9A 5P2ZA 5P0BA 4FE6A 3KMXA 3MXDA 3PM4A 3ZPTA 4DQHA 1E81E 5P7CA 1APWE 5P6KA 4OD9B 1SIVA 1HWRA 1HEFE 4I0FA 5P73A 2AQUA 3NU9A 4Y5EA 3O9GA 2HC0A 4FL8A 5P5UA 4ER4E 3T3CA 3VYDA 5P22A 3MSJA 3QBFA 1IZHA 5COKA 5P13A 5P8JA 2VNNA 2PSGA 3UDPA 4Y5GA 2IKUA 1A9MA 3OADA 5P3DA 3VF7A 5P5OA 1FMUA 4D8CA 5ENKA 3OU1B 5P1AA 5P68A 5P18A 1ER8E 5P7ZA 4EYRA 1A94A 5OZMA 1KJFA 1K1TA 2BJUA 1BWBA 2R5PA 5OYQA 5P8OA 3LZYA 5EZXA 4L7HA 3VSXA 1XDHA 5P6GA 5P0VA 4H3JA 2OHNA 4DQFA 1MPPA 5HU1A 4DJRA 5P8SA 2AZ8A 3OTYA 2WF3A 5P5JA 5P39A 4RCEA 3JW2A 3VLBA 5P7NA 1B6JA 3EL9A 5P74A 1G6LA 4LHHA 1EPRE 2P3DA 4DJUA 4RGHA 5P6MA 2QI0A 2AZBA 5P2YA 1FIVA 3VF3A 2IENA 3CKPA 4J1EA 5P37A 1FQ8A 5P6CA 2ER6E 1EC1A 1BVEA 2AOEA 1M0BA 5P0RA 1FFIC 4ZEAA 5OZHA 5P44A 5P6BA 5P1BA 4GJ7A 4Q1WA 1HEGE 5OZFA 3IAWA 1B6KA 5P31A 1D4HA 5P17A 1HTEA 2QZKA 1NPVA 3QRVA 4HVPA 3PSYA 4RYCA 5OYTA 3BHEA 3KFRA 1BV7A 4FRSA 5P53A 5P0PA 1ZPAA 1E5OE 2Q5KA 4KB9A 1FQ7A 2NXDA 3L38A 5OZPA 4R5NA 3CYXA 5P0WA 3K1WA 3OXVA 4Y4UA 2ER7E 1HIHA 1W6IA 7HVPA 4Y37A 4YE3A 2AOHA 5P06A 5P2LA 2HM1A 5P61A 4OBFA 2Q55A 2FNSA 5DQ5A 5P0LA 5P08A 5P1CA 5P2VA 3N3IA 2ZDZA 4EQJA 2V13A 1EBYA 3G70A 3WB4A 1PPLE 2B42A 4Y44A 2F81A 2O4NA 5P7OA 3DJKA 2V10C 1ZAPA 1F7AA 3LPIA 5OZXA 5P4WA 4RZ1A 1BWAA 3NDWA 1HBVA 3T7PA 2ZJNA 5P2WA 5OZWA 5P89A 5P25A 4CPTA 5OZVA 3DCRA 3FNTA 5P6NA 5P1GA 3Q70A 1HRNA 5P60A 1HVLA 3OQFA 5P1DA 3NYGA 1HSGA 3OGQA 1EBKC 3OQ7A 3TPLA 5P4DA 3PI5A 5P02A 5P0YA 5P46A 5P4ZA 4DPFA 4R8YA 5P36A 3FSMA 2ZHSA 3RVIA 3EL4A 1G35A 2HIZA 2WL0A 1DW6C 2IEOA 2Z54A 3SA4A 5P27A 1Z8CA 1ZBGA 5P23A 1C6ZA 3EC0A 5IVRA 4UPJA 4Y5CA 1FQ6A 3EL1A 2RKGA 2P3CA 5P2EA 2O4PA 5OZKA 3O9DA 2WJOA 3SABA 1YTHA 5OZLA 2XYFA 3CICA 2FGUA 1SMEA 4FM8A 3UPJA 5KOSA 4L6BA 4K4PA 5P66A 4Y4JA 5P3SA 4QLHA 4H1EA 1T7IA 4TVGA 4FM7A 3NDXA 5P4RA 1NPWA 3DV1A 1KJGA 5P5KA 4EPJA 4QJAA 3ZKNA 4Y5MA 3BGBA 3U71A 5UPJA 1DP5A 1GNNA 5P1EA 2WF4A 5DGUA 3QVIA 2I4VA 3OUCA 4Y57A 5COOA 3OQDA 9HVPA 1BV9A 3LIVA 5P3MA 5P0HA 2JXRA 2QU3A 3D1YA 5AH9A 5P7SA 4X7IA 1JLDA 3NXEA 5E5JA 5P24A 5P4UA 2FLEA 5P0SA 3Q6YA 3L5EA 2VKMA 3OU4B 1IDBA 3CKTA 3NSHA 3QRSA 2AOFA 3PWMA 1GKTA 3ST5A 3O99A 3O9AA 4RRSA 4DJPA 3K5CA 4Y5NA 1SDUA 5I70A 3UQUA 3URJA 1BAIA 3INFA 1DMPA 1AIDA 1XE6A 4EJKA 2G1YA 5P72A 3PEPA 5SY3A 5P7UA 4U7QA 5OYVA 2FIVA 4YHQA 2BKTA 5P64A 5P5PA 2QMFA 2SAMA 5P1XA 5P7LA 1SGZA 4PEPA 4BFBA 5P6UA 1MRXA 3VCMA 2OHPA 3OADB 1ZLFA 5DPZA 3GI6A 2QZLA 5P2TA 2VA6A 2QHCA 5P1UA 4RYGA 4HDBA 4COEA 5E5KA 4Y3LA 2P3BA 3C9XA 5J25A 1B5FB 2ZHTA 4K4RA 3K5GA 1E80E 1FQ4A 2V16C 3D3TA 5P0JA 1PSAA 5P3QA 4H3FA 2OHQA 2G21A 5OZ4A 5P7MA 3JVWA 1Z1RA 2IQGA 3OHFA 5HTZA 3IN3A 4GB2A 2QNNA 1XN3A 3HVGA 5P85A 2UXZA 4GJ9A 3K4VA 5OZJA 3LHGA 3KA2A 1EPNE 4DJWA 1GNMA 5P12A 3DOXA 3SKGA 3URLA 3URIA 1MUIA 2FXEA 1UH9A 5P6TA 5P2OA 1HVHA 4JPEA 3DM6A 1FG6C 1WBKA 5P7QA 3PCWA 2H6TA 5P71A 5P3ZA 3PSUA 5T4SA 5P4OA 5P2FA 5P6RA 6APRE 2PK6A 1PROA 5P6OA 4DJOA 4B1CA 2OHRA 5P7PA 1K6TA 3BVBA 4JPCA 5P33A 5JFUA 2NR6A 1PSNA 4QJ8A 5P5CA 1A8GA 3VV8A 4TRZA 5P6IA 4Z4XA 1MEUA 1PPKE 2R9BA 5OZ8A 3TNEA 3ECGA 2HB2A 1IZDA 4CKUA 3PJ6A 3OXXA 1QBSA 4WTUA 4I0JA 1B6LA 3BRAA 1FQXA 1EPME 4I0HA 5P0ZA 2EWYA 2P8HA 5P2JA 4Y47A 3R0YA 3IXOA 4OBZB 1DAZC 1YTJA 4GJ8A 3INHA 2HS1A 2I4QA 5P80A 1B6MA 2WECA 5P0NA 4YCKA 2FDEA 5P1HA 1AXAA 1MT9A 4DJYA 3R2FA 5HE5A 5P1MA 3FV3A 3TTPA 5P3RA 5OZUA 4J17A 1MTBA 5AGZA 3SA9A 1SIPA 4J0ZA 3KFNA 5KAOA 3S2OA 3AIDA 3SACA 4GJ6A 1AJXA 1FGCC 1G2KA 5F01A 5JODA 3VSWA 4RCFA 3LITA 4Y3FA 4PZXA 2WEBA 5P88A 4A6BA 3BXSA 2JJIA 4QJ9A 5P6EA 4CPUA 5P8GA 4KE0A 5P76A 1D4JA 1HPSA 3PVKA 4K9HA 1GVVA 3GGVA 5OZZA 4CMSA 2F80A 3B7VA 1NH0A 1EC0A 5P1YA 2Q63A 4LAPA 4FGXA 1ZTZA 2CENA 1YTGA 3UQRA 2VA7A 1EPQE 5HE4A 5PEPA 5P2HA 4YD5A 4D85A 5OZBA 4YDGA 1FKNA 2V11C 4XKXA 4MC2A 4NJUA 3VV6A 5P4MA 2PMAA 4B0QA 5KR8A 4ZSQA 3WSJA 1LF4A 2G24A 1SBGA 5HCOA 2VA5A 2V12C 3I6OA 4RVJA 5DQCA 2MIPA 2VS2A 3VEUA 2QI7A 2I0AA 5P8EA 1QDMA 3Q3TA 5P6YA 4KE1A 3UDJA 4MC1A 4EJDA 3UDRA 2NNKA 5P0EA 3HW1A 4NJSA 2QMGA 3SAAA 5IS4A 4I0GA 4Y3XA 2QI4A 1ODXA 5OZRA 5P7DA 5P11A 5P5BA 3S45A 4Y58A 1BIMA 3PLDA 5TOLA 3SA5A 3DUYA 7UPJA 2IS0A 5P7WA 2R8NA 2ER0E 5P2RA 1LYBB 3KM4A 5AH7A 4M8XA 5HDUA 3ZKXA 1PSOE 3GGUA 2B7ZA 3UFLA 5P42A 4BFDA 3PB5A 1B5FA 4Y3NA 2XFJA 4CPWA 4EP3A 1QRPE 3S85A 3K5DA 4GZFA 3RTMA 3SQFA 5P4QA 1ZP8A 1ME6A 6UPJA 2Q64A 5P47A 3UDYA 2A1EA 2RSPA 3QS1A 1ENTE 4FSLA 5P4EA 5P8IA 2F3FA 2WEZA 5P3WA 4B1DA 4I11A 3D91A 4Y3QA 4NJVA 4Y45A 2XFIA 5ENMA 5P5EA 3UDHA 4L7JA 2PH6A 4B70A 4B72A 3UQXA 2HPEA 1N49A 3G6ZA 3OGPA 5AHBA 4FIVA 5P26A 2CEJA 4YD4A 1HPVA 4QJ2A 1HOSA 2VIJA 4Y35A 3UDMA 1W5YA 2RMPA 4GMIA 5OZGA 5KR1A 2P3BB 3ZKGA 5IVTA 3UF3A 5OZ3A 1BBSA 2BPYA 5P0GA 3KN0A 4D88A 1U8GA 3APRE 4EJ8A 4FCOA 1LV1A 1HSHA 4LC7A 3UQPA 2I4WA 2QI5A 1MIQA 4FRKA 5OZ5A 4OBZA 5OZ0A 3GI0A 5P2MA 5ISJA 3WZ8A 4D83A 5P8CA 2AOCA 2J9KA 5P5QA 4ZIPA 4RRNA 2QD7A 4OBJA 3ZLQA 1K1UA 3O9FA 4HDPA 1MERA 1HVSA 4Y5AA 1T7KA 5IVSA 3VYEA 1APTE 5P2BA 4I8WA 5P19A 5P1LA 3OHHA 4F76A 5P2UA 4FM6A 2VNMA 4YD7A 1SP5A 3OU3A 5OZIA 5P0OA 1HVKA 3T6IA 3KT2A 1NSOA 4TVHA 5FIVA 5OZ6A 4YD6A 5JG1A 5P0CA 5P3YA 4J0PA 1SH9A 4EXHA 5P6LA 5OZNA 2IL2A 5P1KA 5P7AA 5P00A 1SMRA 1RQ9A 3EKYA 3S56A 4NJTA 1QBUA 3DCKA 3EM6A 3OWNA 4A6CA 4DFGA 3NXNA 1VIJA 2QAKA 5P8KA 1HHPA 4Y51A 5P1TA 4BEKA 2NNPA 2WEDA 5P77A 3R1GB 2QHZA 4EQ0A 5P6QA 2OF0A 5HCTA 2QZWA 3TPRA 1PFZA 5P16A 4OC6B 2BBBA 4DPIA 4IVTA 3PMYA 2ZJIA 5OZAA 1CMSA 4AMTA 2ZHRA 1YM2A 1LS5A 3ER3E 5P84A 3EKVA 2FXDA 2IGXA 3EKWA 3TKWA 5P7JA 5KQXA 1IZEA 4GJCA 3NUJA 4B78A 3O9CA 5OZYA 2HS2A 4DQGA 2PH8A 4DI2A 5OZOA 3I8WA 5DR8A 1FEJC 2QMPA 1HIVA 1TW7A 4E43A 4Q5MA 4L7GA 5P03A 1W6HA 3BUGA 5P15A 5P1PA 1TCWA 4YD3A 3ER5E 5DR4A 5HVPA 1WBMA 1HTFA 5P2XA 1GVWA 3S7LA 5P45A 1LYBA 3BC4A 2AOGA 3OXWA 2I4XA 4B77A 5KQFA 5HD0A 5SXNA 5OYSA 5HDZA 5P8MA 1M4HA 5P0QA 3UFNA 1TZSA 3QI1A 2J9JB 4YCYA 4XXSA 3EKQA 3VLAA 4KUPA 4I10A 4RCDA 1RPIA 5P69A 5P7HA 5P7KA 5P2SA 4TRWA 1XN2A 1GNOA 5P7FA 3ZL7A 3PSGA 1D4IA 5OYZA 4Y56A 3EBZA 3PRSA 2P83A 3UQWA 5P70A 5P6PA 3RSXA 2NMYA 5P1NA 1LYWA 1ZSRA 5P04A 3O9LA 2QMDA 4J1IA 3OQKA 4Y3RA 4H3GA 5AH6A 1B11A 1W51A 4ER1E 1RV7A 5P3PA 1HXWA 4RVIA 3SPKA 3VYFA 4LXMA 5AHAA 1OHRA 3ZMGA 4FRIA 5P8NA 3EM4A 3I25A 5P3IA 4GIDA 1OEWA 2HPFA 4OBDA 2Q11A 4Y36A 2R3WA 1RL8A 2AZ9A 4FAFA 5P0AA 4J1KA 4LP9A 5P5RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TSQ A;  5P0U A;  3L5F A;  3VFB A;  5P5V A;  3QVC A;  5P0F A;  2WHH A;  4GJB A;  2BB9 A;  3LIZ A;  4FRJ A;  1EAG A;  5IE1 A;  1EPO E;  3UDN A;  5P56 A;  3Q5H A;  4R93 A;  3L58 A;  5P2G A;  4F73 A;  3KYR A;  4Y4A A;  5P30 A;  4DQE A;  4Y9W A;  3BUF A;  4I0I A;  1ZPK A;  5P87 A;  5P4I A;  4Y3T A;  5P83 A;  2QP8 A;  2UY0 A;  3H5B A;  3LNK A;  2OHK A;  3K5F A;  3HDK A;  4Y4W A;  1FFF C;  3GGA A;  5B18 A;  2AVS A;  5P4H A;  4APE A;  3HD8 A;  5P1V A;  1IDA A;  5P48 A;  4WY6 A;  2CEM A;  4GJD A;  3CID A;  3TPJ A;  5P3U A;  5P5T A;  5P41 A;  2G1S A;  4ZPE A;  4U8W A;  5P3V A;  1LF3 A;  2NXM A;  3INE A;  3OUA A;  2NXL A;  5P3E A;  4L1A B;  5P4A A;  1GVU A;  1D4L A;  4QJ7 A;  5P81 A;  1CZI E;  2RKF A;  5P4N A;  5P5S A;  3A2O A;  3GI4 A;  5DQ1 A;  5P8R A;  3CYW A;  4I0D A;  1FG8 C;  5P3B A;  3ZPU A;  2OHU A;  5P67 A;  5P86 A;  3TOF A;  2HAH A;  4ZSR A;  5P1S A;  3KDD A;  5IVQ A;  4Y53 A;  1M43 A;  5P3J A;  5I3W A;  4Y4T A;  3IN4 A;  4HZT A;  1K2C A;  3RTH A;  1EC3 A;  4Y3H A;  4PYV A;  4YDF A;  3H0B A;  2O4K A;  5P1Z A;  4J0V A;  4PPH A;  5AHC A;  3IVH A;  2PWR A;  5P0X A;  5OZD A;  5P1I A;  2B8L A;  1ZSF A;  2BKS A;  4JEC A;  1EED P;  2XYE A;  3MSK A;  5P75 A;  5P49 A;  4GJ5 A;  5P3K A;  5HE7 A;  5OYU A;  3UDK A;  3VFA A;  4Y6M A;  5I3X A;  3SA7 A;  5P59 A;  1HTG A;  1TSU A;  1W50 A;  2VIZ A;  3PGI A;  2R3T A;  1EC2 A;  4QGI A;  5P3G A;  5P4L A;  5P62 A;  1RNE A;  5P0K A;  1BDL A;  2QD6 A;  3OU4 A;  2IDW A;  5OZ9 A;  5P55 A;  1HVI A;  4ZPG A;  8HVP A;  5P7T A;  5KQZ A;  3LIY A;  3SM2 A;  4R91 A;  5P8Q A;  3NU6 A;  4Y3W A;  2B8V A;  3PBD A;  4MC9 A;  5P2Z A;  5P0B A;  4FE6 A;  3KMX A;  3MXD A;  3PM4 A;  3ZPT A;  4DQH A;  1E81 E;  5P7C A;  1APW E;  5P6K A;  4OD9 B;  1SIV A;  1HWR A;  1HEF E;  4I0F A;  5P73 A;  2AQU A;  3NU9 A;  4Y5E A;  3O9G A;  2HC0 A;  4FL8 A;  5P5U A;  4ER4 E;  3T3C A;  3VYD A;  5P22 A;  3MSJ A;  3QBF A;  1IZH A;  5COK A;  5P13 A;  5P8J A;  2VNN A;  2PSG A;  3UDP A;  4Y5G A;  2IKU A;  1A9M A;  3OAD A;  5P3D A;  3VF7 A;  5P5O A;  1FMU A;  4D8C A;  5ENK A;  3OU1 B;  5P1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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