2I4DA

Crystal structure of wt hiv-1 protease with gs-8373
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Suppression of HIV-1 Protease Inhibitor Resistance by Phosphonate-mediated Solvent Anchoring.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2i4dA00
4NPUA 3T7XA 4ZSMA 3UDPA 5P4EA 4ER1E 5P7VA 5P62A 4Y58A 5OYWA 5P8EA 3DCKA 5P6YA 3NU9A 3S8IA 3PSUA 2OHLA 4I0IA 1AJXA 5P4FA 5P7GA 2WECA 3EL9A 1MUIA 5P0NA 5EZXA 5P50A 3HZCA 2RKGA 5P6ZA 4XKXA 1EEDP 3PSGA 4JPCA 5P1NA 2B7ZA 3QBHA 5P1YA 1TSUA 3FIVA 1EPQE 1HEGE 4YD5A 2G1RA 1YTHA 4GZFA 1BXQA 1GNOA 2I4VA 5DQCA 2PYMA 2WHHA 3JVYA 4OD9A 6UPJA 5OZCA 1EAGA 5KQFA 5P0RA 4I10A 3ZKIA 1W50A 4J1FA 5P55A 2CENA 1N49A 3PI5A 3OQFA 3RVIA 5P1ZA 1E5OE 4Q5MA 2FXDA 2BKTA 3VV7A 1Z8CA 3DV5A 5AHAA 5OZ0A 2SAMA 3G72A 3K4VA 3BGCA 1G2KA 1HVJA 3URIA 3OUDB 4Y5MA 2OHSA 3APPA 1QBUA 5P41A 5P2ZA 5P1MA 1FGCC 5P0OA 1SIPA 1EC0A 5IVTA 4DQBA 4PZWA 4FM7A 5P0SA 2FLEA 2NR6A 5F00A 5P2YA 1XL2A 3ECGA 5FIVA 5IVRA 2HM1A 5UPJA 3UDMA 5P75A 1SDTA 5P71A 1FQ6A 5IVQA 1ZSRA 4EXGA 5P6HA 4D88A 1E81E 4J0VA 5I3YA 5KQYA 1SBGA 1ZLFA 4ZEAA 3EKYA 3PJ6A 2A1EA 1TSQA 1APWE 1K6TA 3FV3A 2WF4A 3OK9A 4D83A 3OADB 2ZGAA 2R5PA 4NJTA 2P3BA 5P3IA 3QAAA 1W5WA 5P2CA 1T7JA 5P6QA 1IVPA 2OAHA 3OHFA 5P0VA 3LPJA 5AH6A 2ASIA 4DVFA 5P6NA 5P5RA 5P6JA 3BVAA 4K4PA 4Y47A 5P7IA 3OAGA 1D4YA 3AIDA 4FIVA 4JPEA 5OZKA 5P04A 1HPOA 4JECA 2PH8A 2QZLA 3OU3A 5P0FA 5DGWA 2FIVA 3BGBA 2ZHUA 5JFUA 5P1EA 5P1XA 4RGHA 1UPJA 2PSVA 2QHYA 4FCOA 1ZAPA 3JVWA 4Y45A 5P6WA 2QZKA 2UXZA 4DQGA 2AOJA 2VJ6A 5I3WA 1HVHA 5P2WA 2J9JA 5DR1A 5C9BA 4GB2A 5OZYA 5OZUA 4K4QA 3KFRA 3KDCA 1RNEA 2IGXA 4OBGA 3OXCA 5P2OA 4XX3A 5P4OA 1HTGA 3KDDA 4TRWA 1KZKA 4Y3TA 2Q15A 4HA5A 5HDZA 4EJLA 1GNMA 3L38A 1LYBB 5P8FA 2P4JA 1PFZA 4OBHA 5P46A 3ZPTA 5P5SA 2BJUA 3L5CA 1HPVA 5P36A 5P3ZA 4B0QA 3PLLA 4Q1NA 3MSLA 5P32A 3LIYA 5P83A 5HCTA 5P0PA 1MT7A 5KR1A 1Q9PA 2OHRA 1DP5A 2ER9E 3NDTA 1EBYA 3ER5E 5OZ5A 4DJWA 3CIBA 4OBDA 1G35A 4WY1A 3VSXA 5P09A 4B70A 4I0GA 5P87A 1UH7A 5EZZA 2R3TA 5P1TA 5HDUA 2UPJA 3T11A 4OBJA 5P7OA 4K9HA 3D1XA 3EL5A 4CMSA 4F75A 4F73A 3SA4A 3SM1A 2IEOA 3SLZA 3OUBA 3N4LA 3BUHA 4D85A 1LF3A 2ZHSA 5APRE 3WB4A 4ZSQA 5P2DA 4Y4EA 3UHLA 5P5AA 5P8AA 2VIEA 1U8GA 3OUCA 4CPUA 4FLGA 4FE6A 3HD8A 5P1CA 1CMSA 1BDLA 1GNNA 1NPVA 2QI1A 5P2MA 2VIJA 4YHQA 5P89A 7HVPA 3FSMA 4Y3YA 2AOHA 4YDFA 2RSPA 5P3QA 4FRSA 4PEPA 5P2HA 5P8DA 3U7SA 3EKXA 5P7LA 3FX5A 5COKA 5P85A 2PSUA 4ER4E 3OGQA 1MIQA 3URJA 4XX4A 5P43A 1FQ7A 5P8IA 1ZPKA 5P1UA 3TPLA 1PSOE 4EYRA 3O9GA 2OHTA 2AIDA 4Y3JA 4Y3SA 3DK1A 3KT2A 5P45A 2NMZA 1LEEA 5OZ3A 5P0HA 3BVBA 5P17A 3NWXA 5P3YA 2IKOA 1C6XA 3AUPA 5OZSA 3NLSA 5P5BA 3U71A 1RL8A 4Y44A 5IE1A 3NR6A 5P6VA 1BVGA 1IZHA 1G6LA 1ZPAA 4GJDA 5P16A 2O40A 5P2AA 4GJAA 4K4RA 3HAUA 5P7SA 1SGUA 3PWMA 4EPJA 3IN3A 1NPAA 1T7IA 5P2NA 3UQPA 4B72A 2QK5A 5C9DA 5P6BA 5P8SA 5P8VA 1QS8A 2AODA 2O4KA 2BQVA 1EPME 2R3WA 5P7YA 3S85A 4YOAA 3EM6A 4GJ8A 1HVSA 2AOCA 3GW5A 9HVPA 2JE4A 2PWCA 1BV7A 5HE7A 3I6OA 4F74A 4NKKA 2OHMA 4JP9A 5B18A 4K8SA 2V13A 1HBVA 5P3UA 5P2SA 4LC7A 1A8GA 4Y3FA 3Q6YA 3FKTA 5P15A 4Y3HA 2NXDA 4Y5EA 3QIHA 3ZPUA 3G70A 1B6PA 4GJ5A 5P8TA 4YA8A 3GGXA 1FMXA 1LV1A 4LBTA 3ZKGA 2AOEA 4OD9B 5P4VA 2FDDA 5P7XA 3NDWA 4Y4AA 3EM3A 3NU5A 5P2BA 2OF0A 3OU1A 4KE0A 5JFPA 1EBZA 1B6MA 4ZPEA 2ZE1A 3KDBA 5PEPA 3KFPA 4J0TA 1NPWA 1FG8C 2FS4A 4Y3AA 3UFLA 3LINA 3S54A 5P3VA 4Y48A 2QZXA 1FQ8A 4Y3EA 4PYVA 4LAPA 2BPWA 1OD1A 3WSJA 2AVMA 5KAOA 5P2TA 1LF2A 1DMPA 3EC0A 4J1EA 2ZJMA 4J1KA 2QI6A 3Q3TA 4OBZA 5P1BA 5P7ZA 4R93A 1HIIA 2VS2A 4KE1A 1FQ4A 3TH9A 2WF3A 4Y3DA 5P0EA 3OOZA 5P4IA 2VKMA 3SA6A 1SDUA 1SMEA 4E43A 4A6BA 2V0ZC 2PWRA 3CYWA 4U8WA 4DI2A 3D1YA 4HE9A 4DQHA 1YTJA 5OYZA 3SACA 4Y4BA 2BPZA 4Y56A 5P61A 1FFIC 2P3BB 3VV6A 5P2VA 5IVSA 4R91A 4J0ZA 1J71A 3O9HA 5P7AA 3T3CA 4J1IA 1AVFA 4FSEA 5P1JA 2HS2A 3INDA 5P27A 2B8VA 2HB4A 3TPRA 4Y4WA 3SA8A 4Y41A 1HRNA 3OAGB 1MESA 5OZFA 2Z4OA 3HLOA 3EMYA 2FNSA 3SA7A 5P68A 2OHUA 3FNUA 4DQFA 5DR4A 4DV9A 3S7LA 3VUCA 5P88A 1FMUA 4ER2E 3KF0A 3O9CA 4X7IA 4TVHA 5HU0A 3EKTA 3O9EA 1EPOE 5P51A 3L59A 4APRE 1B6LA 2I4XA 3TKGA 3B7VA 3R4BA 1BAIA 3I7EA 3VF5A 5P7QA 1TCXA 5P5JA 5P78A 1ER8E 8HVPA 3EKWA 2R9BA 4FRKA 3NWQA 5P3MA 5P57A 2AOIA 2QD6A 3QP0A 2QNNA 4EJKA 5P5OA 3ZPSA 3PRSA 1VIJA 5P12A 4KUPA 4FGXA 3NXNA 2G20A 1GVWA 3GGAA 4I0ZA 4Y36A 5OYXA 2PYNA 3L5FA 5P63A 5P0WA 4Y37A 1SDVA 5P01A 3OTYA 1KJ4A 2O4SA 4FS4A 2ZJHA 3OU4B 2NNKA 3EM4A 3UF3A 3OQKA 5P4ZA 1D4LA 2Q11A 1FLHA 3LPIA 4Y5KA 2FGVA 1BILA 5OZZA 1EC2A 4L1AB 1B5FA 2QCIA 5HVPA 2V16C 5P2GA 3IVHA 3PWRA 3TPPA 5P06A 5P7UA 4LXKA 3PWWA 3KFSA 3URLA 5P5MA 1BDRA 3GI5A 1BVEA 5I70A 2VNNA 2PQZA 3WZ8A 4Y3NA 5P8RA 2I4WA 5P6TA 3ZOVA 1C70A 2I4DA 4LHHA 5P4BA 2OHNA 3TOHA 3Q4BA 4COEA 1BBSA 5P8UA 5OZIA 1EBKC 2Q64A 1WKRA 3NUOA 1JLDA 2F3EA 4R95A 5P8QA 4B1EA 4B1DA 1EPLE 4ZE6A 1BWBA 5AH7A 2G21A 5P38A 2BB9A 5P6MA 3HW1A 4J1CA 3RTNA 5P3BA 5P48A 3O9LA 3KT5A 5P08A 5P5IA 4RYGA 2AZ8A 4OC6B 1MRWA 4Y5CA 1CPIA 3LITA 4Y4TA 2Z54A 1XE6A 5P66A 5P49A 1PSNA 1HVLA 2IGYA 5P7RA 3PHVA 2PSGA 2I1AA 5P5EA 1TW7A 3KMXA 3IN4A 4Y4JA 2XFKA 4RCEA 3L5DA 5P07A 5P1OA 3IAWA 2BPVA 5P1VA 3VEUA 2I4UA 4BFBA 3D91A 2G1SA 1E82E 3PM4A 3PI0A 4RCFA 3C9XA 4DJUA 5P73A 5P80A 1IBQA 3NDUA 5P3HA 3VCMA 5P7CA 1K6VA 4Y53A 5P5WA 2QU2A 3PBZA 5P2UA 1MVPA 1DPJA 3SA3A 3B80A 4MC9A 3DCRA 1M43A 5OYRA 5DR3A 4YCKA 4LL3A 5P3NA 2IENA 4PPHA 3T7PA 3O9DA 2JJJA 4I11A 5DR7A 4EP3A 3ZKQA 4YCTA 3PSYA 1MT9A 2G1OA 3A2OA 5OZAA 3HVGA 2ZHRA 2HPFA 1XS7D 4QJ8A 1LYAA 1YT9A 3MXDA 5DQ5A 4ZIPA 5P26A 1PPLE 4YDGA 3EL4A 3UFNA 1FG6C 4M8XA 3EKVA 3NU3A 3PMYA 5P79A 1YM4A 5P7DA 1BDQA 5ENKA 1IDBA 4A4QA 3NDXA 1ENTE 4F76A 5P14A 4I8WA 4RRSA 4BELA 2QNQA 1XDHA 5P0KA 5HDVA 2MIPA 3R1GB 4DPIA 4CPXA 4S1GA 2A4FA 1PPME 4YD3A 5P05A 4J0PA 1T3RA 2AVOA 2WF2A 5P3TA 1HXBA 3UDQA 1LS5A 1OHRA 1IZIA 2O4LA 2B42A 3VLAA 1F7AA 5P6FA 1IDAA 3OU1B 5BWYA 1SH9A 2QI4A 3H0BA 5P13A 3VLBA 1MSMA 5P2KA 3QN8A 1HVKA 3GGUA 4FM6A 1HTEA 5P6PA 5P76A 4YBFA 4HZTA 1ODXA 5DGUA 3LZUA 1T7KA 2UY0A 5P1AA 1PROA 4U7VA 2HC0A 2QD8A 4FAFA 5HE4A 3QRSA 4H3JA 1E80E 5KR0A 5DQ1A 1C6YA 2AQUA 5P0LA 4RYCA 1KJ7A 4WY6A 2HIZA 4J5JA 2G27A 5P82A 4R5NA 1APTE 5P7KA 2QU3A 3VG1A 5OZVA 5P8GA 3IXKA 5J25A 5P6KA 4DJQA 4MC6A 4CP7A 2FGUA 5JODA 3SKFA 1M4HA 3GI4A 5C9FA 4DJVA 2QNPA 1MERA 5P4QA 2QMGA 5P3WA 4GYEA 2ZHTA 3L3AA 5E5KA 5P39A 5P10A 5BRYA 5P5PA 4I1CA 4B1CA 2AVSA 4NJSA 4ZLSA 2ZJIA 3UDRA 4HDFA 5P5XA 2HS1A 5P23A 2VA5A 1HIVA 5OYSA 4ZSRA 2QP8A 3CKPA 4DUSA 4Y50A 5OZJA 5P19A 3VFAA 2NTRA 5SXNA 3ER3E 2ZJNA 3QRMA 5P3XA 5P86A 3ZKMA 3ZKSA 3S7MA 4UPJA 5OZ8A 1DIFA 5P74A 4TRZA 3SQFA 2AOFA 5P5NA 1LYWA 4QGIA 1EC1A 5P8PA 3MSJA 2F80A 1FB7A 4CKUA 2PC0A 2VA6A 3SA5A 4Z50A 1G0VA 4GJ9A 5P0DA 3U6AA 2ER7E 3RSVA 1BWAA 3G6ZA 3VF7A 4J17A 3CICA 2VNMA 4L7HA 3UQUA 1WBMA 5P3SA 5AH8A 4AZYA 1EPRE 4YOBA 5IS4A 4EQJA 1AAQA 5P3EA 1AIDA 3SO9A 4A6CA 2RKFA 1FIVA 2Q63A 5P72A 5DQ4A 4I0DA 3APRE 2XYEA 2HAHA 4H1EA 3WZ7A 5TOLA 1B6KA 2FMBA 2QAKA 2BBBA 2JJIA 1LF4A 3INHA 3K5DA 1XN3A 4DH6A 5P30A 4CPSA 4HEGA 3TOGA 2AVQA 2WEZA 5P6DA 2QHZA 3KMYA 4YE3A 5P58A 3OY4A 5P7MA 1ODYA 1K1UA 5P2JA 1LYBA 4LXAA 5OZBA 5P6IA 4I8ZA 4LP9A 1W5XA 2WKZA 3TNEA 5P5DA 4Y4ZA 1B5FB 5BS4A 5P6XA 2V00A 4ACXA 1IVQA 4BFDA 4Y5BA 5P5UA 4Y5AA 4DJPA 4Q1WA 3UDHA 4GJ6A 2P83A 4NJUA 2AZBA 3O9FA 5OZ9A 2XFJA 2RMPA 3EL0A 5P3LA 5P2RA 1AM5A 2BKSA 5P0ZA 2AZCA 5P4XA 5P6GA 4OBKA 3PGIA 2OHPA 4DJYA 2ZJJA 3TL9A 3IGBA 4PHVA 3K5CA 4PZXA 3INFA 4HDBA 3K1WA 3LZYA 1YG9A 4IVSA 5P4PA 4EHCA 1GVTA 1APVE 2JXRA 3LIZA 4Y3MA 1KJFA 3O9LB 2PK5A 5OYTA 4AUCA 1XE5A 3K5GA 5P3GA 2NXMA 2VA7A 3EXOA 5OZMA 6FIVA 2VIYA 2G69A 2P3CA 3CYXA 4EXHA 1D4HA 2VJ7A 5P4HA 4FRIA 3NSHA 4L6BA 3L5EA 3OWNA 5I3XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NPU A;  3T7X A;  4ZSM A;  3UDP A;  5P4E A;  4ER1 E;  5P7V A;  5P62 A;  4Y58 A;  5OYW A;  5P8E A;  3DCK A;  5P6Y A;  3NU9 A;  3S8I A;  3PSU A;  2OHL A;  4I0I A;  1AJX A;  5P4F A;  5P7G A;  2WEC A;  3EL9 A;  1MUI A;  5P0N A;  5EZX A;  5P50 A;  3HZC A;  2RKG A;  5P6Z A;  4XKX A;  1EED P;  3PSG A;  4JPC A;  5P1N A;  2B7Z A;  3QBH A;  5P1Y A;  1TSU A;  3FIV A;  1EPQ E;  1HEG E;  4YD5 A;  2G1R A;  1YTH A;  4GZF A;  1BXQ A;  1GNO A;  2I4V A;  5DQC A;  2PYM A;  2WHH A;  3JVY A;  4OD9 A;  6UPJ A;  5OZC A;  1EAG A;  5KQF A;  5P0R A;  4I10 A;  3ZKI A;  1W50 A;  4J1F A;  5P55 A;  2CEN A;  1N49 A;  3PI5 A;  3OQF A;  3RVI A;  5P1Z A;  1E5O E;  4Q5M A;  2FXD A;  2BKT A;  3VV7 A;  1Z8C A;  3DV5 A;  5AHA A;  5OZ0 A;  2SAM A;  3G72 A;  3K4V A;  3BGC A;  1G2K A;  1HVJ A;  3URI A;  3OUD B;  4Y5M A;  2OHS A;  3APP A;  1QBU A;  5P41 A;  5P2Z A;  5P1M A;  1FGC C;  5P0O A;  1SIP A;  1EC0 A;  5IVT A;  4DQB A;  4PZW A;  4FM7 A;  5P0S A;  2FLE A;  2NR6 A;  5F00 A;  5P2Y A;  1XL2 A;  3ECG A;  5FIV A;  5IVR A;  2HM1 A;  5UPJ A;  3UDM A;  5P75 A;  1SDT A;  5P71 A;  1FQ6 A;  5IVQ A;  1ZSR A;  4EXG A;  5P6H A;  4D88 A;  1E81 E;  4J0V A;  5I3Y A;  5KQY A;  1SBG A;  1ZLF A;  4ZEA A;  3EKY A;  3PJ6 A;  2A1E A;  1TSQ A;  1APW E;  1K6T A;  3FV3 A;  2WF4 A;  3OK9 A;  4D83 A;  3OAD B;  2ZGA A;  2R5P A;  4NJT A;  2P3B A;  5P3I A;  3QAA A;  1W5W A;  5P2C A;  1T7J A;  5P6Q A;  1IVP A;  2OAH A;  3OHF A;  5P0V A;  3LPJ A;  5AH6 A;  2ASI A;  4DVF A;  5P6N A;  5P5R A;  5P6J A;  3BVA A;  4K4P A;  4Y47 A;  5P7I A;  3OAG A;  1D4Y A;  3AID A;  4FIV A;  4JPE A;  5OZK A;  5P04 A;  1HPO A;  4JEC A;  2PH8 A;  2QZL A;  3OU3 A;  5P0F A;  5DGW A;  2FIV A;  3BGB A;  2ZHU A;  5JFU A;  5P1E A;  5P1X A;  4RGH A;  1UPJ A;  2PSV A;  2QHY A;  4FCO A;  1ZAP A;  3JVW A;  4Y45 A;  5P6W A;  2QZK A;  2UXZ A;  4DQG A;  2AOJ A;  2VJ6 A;  5I3W A;  1HVH A;  5P2W A;  2J9J A;  5DR1 A;  5C9B A;  4GB2 A;  5OZY A;  5OZU A;  4K4Q A;  3KFR A;  3KDC A;  1RNE A;  2IGX A;  4OBG A;  3OXC A;  5P2O A;  4XX3 A;  5P4O A;  1HTG A;  3KDD A;  4TRW A;  1KZK A;  4Y3T A; 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 3FX5 A;  5COK A;  5P85 A;  2PSU A;  4ER4 E;  3OGQ A;  1MIQ A;  3URJ A;  4XX4 A;  5P43 A;  1FQ7 A;  5P8I A;  1ZPK A;  5P1U A;  3TPL A;  1PSO E;  4EYR A;  3O9G A;  2OHT A;  2AID A;  4Y3J A;  4Y3S A;  3DK1 A;  3KT2 A;  5P45 A;  2NMZ A;  1LEE A;  5OZ3 A;  5P0H A;  3BVB A;  5P17 A;  3NWX A;  5P3Y A;  2IKO A;  1C6X A;  3AUP A;  5OZS A;  3NLS A;  5P5B A;  3U71 A;  1RL8 A;  4Y44 A;  5IE1 A;  3NR6 A;  5P6V A;  1BVG A;  1IZH A;  1G6L A;  1ZPA A;  4GJD A;  5P16 A;  2O40 A;  5P2A A;  4GJA A;  4K4R A;  3HAU A;  5P7S A;  1SGU A;  3PWM A;  4EPJ A;  3IN3 A;  1NPA A;  1T7I A;  5P2N A;  3UQP A;  4B72 A;  2QK5 A;  5C9D A;  5P6B A;  5P8S A;  5P8V A;  1QS8 A;  2AOD A;  2O4K A;  2BQV A;  1EPM E;  2R3W A;  5P7Y A;  3S85 A;  4YOA A;  3EM6 A;  4GJ8 A;  1HVS A;  2AOC A;  3GW5 A;  9HVP A;  2JE4 A;  2PWC A;  1BV7 A;  5HE7 A;  3I6O A;  4F74 A;  4NKK A;  2OHM A;  4JP9 A;  5B18 A;  4K8S A;  2V13 A;  1HBV A;  5P3U A;  5P2S A;  4LC7 A;  1A8G A;  4Y3F A;  3Q6Y A;  3FKT A;  5P15 A;  4Y3H A;  2NXD A;  4Y5E A;  3QIH A;  3ZPU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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