2I4XA

Hiv-1 protease i84v, l90m with gs-8374
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLMTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Suppression of HIV-1 Protease Inhibitor Resistance by Phosphonate-mediated Solvent Anchoring.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2i4xA00
5AH8A 4PZWA 2NNKA 3NR6A 1BV7A 5AH7A 5P0OA 3BHEA 3MWSA 5DR4A 5P4SA 3QP0A 3HAWA 3L38A 2VA7A 5OZ2A 1BXOA 4DPIA 2HB3A 2RKFA 3TH9A 2VJ7A 3M9FA 2QNNA 1HWRA 1GVWA 1PFZA 1VIKA 4FCOA 5P0DA 4B70A 5P7KA 1QS8A 3VLAA 4OBZB 5P51A 3WZ8A 2ZJIA 2QHZA 1W5WA 1FQ7A 3SM1A 3QBHA 4EPJA 4U7VA 4EJLA 4J17A 5P76A 2R5PA 2VIYA 5P8KA 5OYXA 4HA5A 5OZTA 4A6CA 1E80E 5P38A 5P3VA 5P7TA 1QBUA 4E43A 4Y38A 5P1DA 5P4HA 4J0VA 3EL0A 3CKTA 3R2FA 4FLGA 3EKYA 3TPPA 3O9GA 5ER1E 5P2EA 5KR2A 4Y5AA 3IXKA 2QI7A 3EM6A 3O9BA 4EHCA 3UHLA 3CKPA 3G70A 2BPZA 5DPZA 5P0ZA 5P1ZA 5P85A 3Q4BA 2VKMA 5HE4A 4HLAA 4Y4XA 5P2RA 2UPJA 4B77A 4Y5CA 1UPJA 3SQFA 1RV7A 4B05A 1G35A 5P3SA 3U6AA 1EC0A 2PK5A 5OZ1A 5HVPA 2WHHA 3VV6A 4FM7A 3OGQA 1NPAA 3PI5A 3PI0A 3T7PA 3TPRA 4GMIA 5P7XA 4PPHA 5P0YA 5COOA 3KMXA 2HB4A 5DR0A 4RYGA 3NXNA 3EM4A 4R92A 1WBMA 4J1HA 2JJIA 5P1KA 4DQGA 5P13A 2WF2A 1T3RA 4PZXA 1LF4A 1XDHA 5P5MA 5P82A 5OZNA 2IGXA 5P0HA 1OHRA 1PPLE 1DP5A 5ISJA 5P7HA 4Y3JA 4ZPFA 3CMSA 3URIA 3PM4A 2Z4OA 5KR1A 2ZJHA 5P22A 2BQVA 3GW5A 3I7EA 5HU0A 3FV3A 3ZKGA 3OHHA 2APRA 1EPPE 1SIPA 1BDLA 1MT8A 3UF3A 5SY3A 3VV7A 5P29A 5P5SA 3IN4A 1HEFE 3PVKA 5P4YA 4B1CA 3EKTA 4QJ6A 5KR8A 3UCBA 1LYWB 1Q9PA 1KJGA 2V12C 4Y3RA 1ZLFA 3NSHA 2QZXA 5OZLA 4ER4E 4OD9A 5AHCA 5OZ9A 4ER1E 4K4QA 2ANLA 3TTPA 4ACXA 5FIVA 3N3IA 2WJOA 1QRPE 4OBHA 4B00A 1G6LA 3EXOA 3FX5A 5P2QA 4GJ5A 5P0RA 4Y3GA 4YOAA 3PCZA 5P1VA 3TOGA 3FKTA 2WEZA 3TNEA 4LBTA 2JE4A 5P4KA 2Q63A 5P2LA 5P2SA 5P87A 3PSGA 5B18A 2FDEA 1MT9A 6APRE 4I8WA 1SDTA 2QZLA 4AUCA 2F3FA 2BPWA 3SM2A 4YCKA 2QK5A 4GJDA 4ZSRA 5OZPA 5P3QA 5IS4A 5P25A 3D1XA 5P52A 4RVJA 4L7JA 3LPJA 2V11C 3VV8A 3ZLQA 5P5YA 4RGHA 4D89A 4HDFA 1B6KA 4GZFA 4Y58A 3NU4A 1D4IA 1IVPA 5OYUA 3VF3A 4EXHA 5P15A 1A94A 4JPEA 4YD3A 3EKWA 3VCMA 1KJHA 2AVVA 2QHYA 1BDRA 3KDBA 4I10A 4Y3TA 2V13A 1ER8E 5AGZA 5P27A 5P8FA 4M8XA 5OZWA 2O4NA 4CPQA 3ZPUA 5P00A 1NPWA 2QD8A 4KE1A 3LIYA 2PYMA 5P6PA 1HVHA 4R8YA 5P2WA 3UPJA 4EQ0A 4L7GA 3OOZA 3ER3E 4WY1A 5P03A 4Y36A 4B0QA 1A30A 3VUCA 1RNEA 2A4FA 3D20A 1K2BA 2WEBA 1D4JA 7HVPA 2ZHTA 3KMYA 5P62A 1K6VA 4Y41A 5KAOA 5P3EA 4GJ7A 1KZKA 1HPXA 2R38A 4FRIA 2R8NA 3WSJA 2P8HA 1SGUA 1SBGA 5P7WA 2OHUA 2A1EA 3KDDA 5P0KA 5P0TA 1MSMA 2IGYA 3OQFA 1AJXA 5P6QA 5HCOA 2PMAA 4Y3QA 3O9LB 2HM1A 5OZKA 5DQ5A 5F01A 3BVBA 3F9QA 3S43B 2XYFA 2AOGA 4RVIA 4YD5A 4BFBA 3GI6A 1GNMA 4CPWA 5P7PA 3PLLA 2F8GA 5COKA 4H3IA 5IE1A 4F73A 2EWYA 5P6GA 1ODXA 5P1UA 4QLHA 2CENA 3INDA 1ZPAA 1MT7A 5P18A 4RCDA 5P28A 4D83A 1HIHA 4Y53A 2P4JA 4DVFA 4Y57A 4DPFA 2ZHVA 5OZ5A 3EKQA 3D1ZA 5BS4A 4U8WA 1MIQA 4I0IA 5P46A 3JVYA 5P75A 3GGAA 5I3XA 5P0SA 5P6KA 4QJ9A 3TPJA 3WB5A 3L5DA 3K5DA 3INEA 4HEGA 4NPUA 4K8SA 2Q55A 4Z2ZA 1W5YA 2WECA 2AOEA 3S7LA 3NXEA 5T4SA 4F75A 4I0FA 4Q1WA 5DR1A 3HZCA 3QIHA 5P5PA 2V0ZC 1FEJC 2R5QA 4N00A 5KOSA 3BXRA 5P3LA 2MIPA 5P8AA 2IQGA 5JFPA 2BKTA 1GVUA 3ZKSA 3NYGA 3QRVA 1BVGA 1N49A 3LNKA 5P8JA 2G94A 4Y4TA 5CLMA 3D91A 4ZE6A 5P7QA 5DR8A 3QPJA 4CP7A 2WEAA 2XFIA 5P8RA 3LITA 3OQAA 5P3AA 4OBDA 5P42A 4YD7A 2NXLA 3VFBA 1B6JA 5P65A 5AH6A 2BJUA 5P3MA 2AZ8A 4J1KA 5P3CA 3GI0A 1HIVA 3DV1A 5P58A 4J0ZA 1NPVA 3ZKNA 3S8IA 2QU3A 5COPA 5P1QA 5P6DA 2NMZA 3L5FA 2ZHUA 5KQFA 2I4VA 4IVSA 2BPXA 2PWCA 3FNTA 3LPKA 1NH0A 5P1AA 5OZIA 4EXGA 2ZHRA 2Z54A 5HDUA 5JODA 1M4HA 3Q6YA 5P0PA 2P3BA 3HAUA 5P31A 4EYRA 2B8VA 1ZAPA 4XXSA 4K4RA 2OF0A 2J9JB 1ZPKA 5P6TA 5P4UA 1YTGA 5ER2E 4YCYA 4Y5LA 3EMYA 5P6OA 4Y48A 5P6CA 2FGVA 4IVTA 1B6LA 4RRSA 5P7MA 4LAPA 3NDWA 1HRNA 2UY0A 3SPKA 1GVTA 5P4VA 5P55A 3URLA 5AHBA 1SGZA 1EEDP 1PSNA 2FDDA 5P67A 5IVTA 1ZTZA 1BBSA 5P01A 5P5LA 1APTE 1AXAA 2F80A 4YBFA 1G0VA 5P4XA 1BIMA 2F81A 3LZSA 4FE6A 3UDQA 3KFNA 5P6UA 5P07A 5ISKA 4FSEA 1FMBA 5P74A 1LYAA 3HVGA 2ZE1A 5HDXA 3APPA 1IZHA 1CZIE 3PWRA 4X7IA 3DK1A 3K1WA 1AZ5A 9HVPA 5P8VA 1TW7A 3EBZA 3PEPA 4AA9A 3INFA 2AVSA 1W6IA 4OD9B 3CYWA 5P1FA 4DV9A 4DJYA 5OZJA 2WL0A 3K5FA 4FSLA 3QN8A 5P36A 3KDCA 1TSQA 2OHKA 1OD1A 4Y3EA 3O9EA 4I1CA 5OZFA 1W5XA 2R9BA 5P0NA 3QVCA 5P50A 1APWE 5OZEA 3HVPA 1MERA 1AM5A 5E5KA 3IN3A 2NNPA 1HTGA 1SMEA 2FS4A 4Y50A 3PJ6A 1HVJA 4EQJA 3A2OA 1EPQE 5AHAA 4TRWA 5P19A 5P4ZA 3S2OA 2ZHSA 3KFRA 5P5KA 2PH8A 5P4CA 3GGUA 1MUIA 2AOFA 5TOLA 1EBWA 3K4VA 2G69A 1BILA 2R3TA 5EZXA 2VIJA 4ZLSA 1HXBA 3PB5A 4LC7A 1K1UA 2QP8A 5SZ9A 4QJ7A 1MTRA 3HBOA 3MSJA 5OZQA 4DJVA 4DQHA 5P7FA 1WKRA 3QAAA 5P40A 1DW6C 4Y45A 5P1LA 5OZBA 4D88A 2OAHA 4L1AA 2HS2A 3PSUA 1DMPA 5HD0A 1MVPA 4NJVA 5P08A 1EC3A 4WY6A 2BKSA 1A8GA 2G1NA 3K5CA 8HVPA 1ZP8A 1YM2A 4Q1NA 2IL2A 3OXCA 2WF3A 5OZGA 5BRYA 4Q1YA 7UPJA 1OEWA 2AVQA 3PWMA 4Y3FA 2QMDA 5P0LA 4Y3NA 3L59A 5P8QA 1SDUA 3B80A 4AZYA 3BVAA 4AMTA 3FNSA 2I0AA 5P1NA 1W51A 1XN3A 1PSAA 2AOJA 5P2UA 2QMFA 2J9JA 3APRE 5P44A 5P7UA 2QAKA 1HSGA 2R3WA 5OYWA 4NJUA 4Y39A 4RZ1A 5P3YA 5C9BA 2CEMA 5P3OA 4RRNA 5P6RA 5P4RA 3AUPA 1IZEA 2FXDA 1HTEA 3B7VA 1FQ5A 3S7MA 2AOHA 5P6YA 5DGWA 5OZDA 3IGBA 3NU3A 4Y3WA 2QI0A 5P2AA 4OBFA 5DR3A 2IDWA 5P1OA 4Z50A 3OADA 4B72A 4Q1XA 3K5GA 3ZPSA 3VSXA 3WZ6A 3OWNA 5P5EA 1FIVA 2ZJJA 5P5RA 3NDTA 1AIDA 5P5FA 3OUDB 4YBIA 3G6ZA 3BC4A 5DQCA 5P49A 2IKOA 1KJ4A 3KN0A 2G1OA 3S56A 4J54A 4Y37A 1ME6A 1NSOA 1J71A 5HE5A 5P2DA 3K4VC 3QRMA 2I4UA 1OEXA 4ZSQA 4Y4EA 3RSXA 5P8GA 3WB4A 4APRE 5P16A 3C9XA 1ZSRA 2G26A 4JOOA 4Y9WA 5P4IA 1LEEA 3DUYA 4ZIPA 3R4BA 1VIJA 3NWQA 1M0BA 2HPFA 4CMSA 5OZHA 2O4LA 1EBYA 2VJ6A 3GI5A 3LZYA 1FMXA 3QI1A 5P6XA 5OZMA 4Y4WA 2QCIA 5P5WA 5P20A 2P3DA 2ASIA 3UDYA 4FL8A 3N4LA 2PSUA 4RYCA 5P47A 1BWBA 5P8SA 5P34A 1K1TA 1UH9A 3UQXA 5P8LA 2ER6E 1FQ6A 3PBZA 5KQYA 5P8IA 5P1PA 2OHTA 3UDPA 3SA7A 3SA8A 4Y5BA 2B8LA 3UQPA 1DPJA 3S45A 1YTHA 2BPVA 5P0IA 3UTLA 5P39A 3KFPA 5IVRA 2QI5A 3PMUA 1LZQA 4JP9A 3EKXA 2B42A 5P2TA 4I0GA 3QRSA 1GNNA 1IVQA 5P37A 2P3BB 4ZSMA 2VNMA 4Y4BA 1AVFA 1XS7D 4QGIA 4I12A 4FRKA 5P6MA 4Y4GA 1T7KA 3IXJA 1HVSA 5J25A 3OU1A 1HTRB 5OZ0A 1KJ7A 5P26A 4Y5KA 3GGVA 5P61A 4TVGA 5P63A 5IVQA 3I6OA 3AIDA 3QBFA 3NDXA 3UDJA 4J1IA 2WF1A 4R95A 4QJAA 5P2XA 4A4QA 3TKGA 3LIZA 4K9HA 3INHA 2ER7E 5HDVA 5P59A 5P02A 3S54A 5P1MA 4EWOA 5P5JA 5P3GA 4Y5EA 4DUSA 1D4LA 2QI6A 5P0QA 3BUGA 3FSMA 4WTUA 2F3KA 4Y35A 4GJBA 4FRSA 1QBRA 1UH7A 4YHQA 3TL9A 1K6CA 1LYAB 4KB9A 4DH6A 3UFLA 3HDKA 2AQUA 3G72A 3OTYA 5P2HA 1WBKA 1PROA 4MC1A 4K4PA 3IVIA 2PQZA 2O4SA 2XFJA 3NDUA 3QROA 4RCEA 5P7YA 4DJXA 5P3UA 1C6ZA 5P5DA 2I4XA 2IRZA 4RROA 1B11A 2SAMA 5P7SA 5OZOA 2PSGA 4Y3AA 5P60A 3OUDA 5P2KA 2OHMA 2J9KA 4H3FA 4OC6B 5CONA 1YTIA 5P0EA 1LV1A 2HC0A 5HTZA 3NUJA 4GJ6A 3VLBA 1YG9A 5APRE 3EL9A 5BWYA 2QNPA 1EPOE 1HSHA 1HVKA 2FLEA 2H6TA 5P2OA 5P7AA 3U71A 3JVWA 1HEGE 4R5NA 4PEPA 5P2VA 5P8TA 5P43A 1TCXA 1ZJ7A 2NR6A 4Y5PA 2O40A 1FF0C 5HE7A 3VF7A 5P8HA 4NPTA 4GYEA 1CMSA 5P11A 5P0VA 4B78A 5P3HA 3SKFA 4DJOA 4L1AB 5P5OA 1Z8CA 4S1GA 4ZPEA 3O99A 2Q64A 1K6PA 3KA2A 3OU3A 2PK6A 4HDBA 5P84A 4APEA 3PRSA 5P2YA 1ODYA 5P24A 1QBSA 2ZDZA 3VYDA 5P12A 1HVLA 4NKKA 1FQXA 2AVMA 4J1EA 4COEA 5KQZA 3SABA 5P4TA 3OQ7A 4DJUA 2RKGA 1YT9A 4I0DA 4J55A 4L6BA 3LHGA 5KOQA 2NMYA 5P7BA 3UQWA 5I70A 3BXSA 1FFFC 3OAGA 3NLSA 4BELA 1G2KA 1RQ9A 2ER9E 3KF0A 5OYTA 3SFCA 3SO9A 1HIIA 2ZJKA 1C70A 3PBDA 5P23A 4YE3A 3NU5A 2G21A 5P71A 4OBGA 2VIEA 3JW2A 5HCTA 4BFDA 1HOSA 5P3FA 4Z4XA 2AZBA 4LXMA 1MPPA 5P1SA 5OZZA 2WF4A 4LHHA 3GGXA 1W6HA 5P6VA 3OXXA 3OXVA 4I0JA 5P1BA 1PSOE 1QDMA 4CKUA 1MSNA 4Y5NA 4EJDA 1LS5A 3OADB 3EL5A 5DQ2A 3ZKIA 4Y3HA 5P8UA 2Q54A 4Y43A 4FIVA 1W50A 3LPIA 2OHPA 5P3BA 4ZPGA 4F74A 4L7HA 3RTHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AH8 A;  4PZW A;  2NNK A;  3NR6 A;  1BV7 A;  5AH7 A;  5P0O A;  3BHE A;  3MWS A;  5DR4 A;  5P4S A;  3QP0 A;  3HAW A;  3L38 A;  2VA7 A;  5OZ2 A;  1BXO A;  4DPI A;  2HB3 A;  2RKF A;  3TH9 A;  2VJ7 A;  3M9F A;  2QNN A;  1HWR A;  1GVW A;  1PFZ A;  1VIK A;  4FCO A;  5P0D A;  4B70 A;  5P7K A;  1QS8 A;  3VLA A;  4OBZ B;  5P51 A;  3WZ8 A;  2ZJI A;  2QHZ A;  1W5W A;  1FQ7 A;  3SM1 A;  3QBH A;  4EPJ A;  4U7V A;  4EJL A;  4J17 A;  5P76 A;  2R5P A;  2VIY A;  5P8K A;  5OYX A;  4HA5 A;  5OZT A;  4A6C A;  1E80 E;  5P38 A;  5P3V A;  5P7T A;  1QBU A;  4E43 A;  4Y38 A;  5P1D A;  5P4H A;  4J0V A;  3EL0 A;  3CKT A;  3R2F A;  4FLG A;  3EKY A;  3TPP A;  3O9G A;  5ER1 E;  5P2E A;  5KR2 A;  4Y5A A;  3IXK A;  2QI7 A;  3EM6 A;  3O9B A;  4EHC A;  3UHL A;  3CKP A;  3G70 A;  2BPZ A;  5DPZ A;  5P0Z A;  5P1Z A;  5P85 A;  3Q4B A;  2VKM A;  5HE4 A;  4HLA A;  4Y4X A;  5P2R A;  2UPJ A;  4B77 A;  4Y5C A;  1UPJ A;  3SQF A;  1RV7 A;  4B05 A;  1G35 A;  5P3S A;  3U6A A;  1EC0 A;  2PK5 A;  5OZ1 A;  5HVP A;  2WHH A;  3VV6 A;  4FM7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5OZR A;  5P0G A;  3L3A A;  5P1E A;  3S53 A;  5P3N A;  3EL1 A;  2I4Q A;  3KT2 A;  1HXW A;  1IZI A;  4X2L A;  5P89 A;  4DQE A;  4B1D A;  4OBJ A;  1DIF A;  5P7N A;  3D1Y A;  4Y3S A;  3CKR A;  5P4J A;  2AID A;  1FFI C;  5P5H A;  2B7Z A;  1MTB A;  5P5C A;  4CPT A;  5E5J A;  4HVP A;  1APV E;  3ZL7 A;  4Y51 A;  4D85 A;  4MC9 A;  4J1C A;  3O9A A;  4YDF A;  4DQF A;  4Y4A A;  5P72 A;  5OYQ A;  1EPL E;  5P3J A;  5I3Y A;  1T6E X;  2HAH A;  5P4W A;  5P06 A;  3OU1 B;  4HZT A;  2QZW A;  1FGC C;  2VJ9 A;  5P4G A;  1T6G A;  3OUA A;  4Y4J A;  1BV9 A;  4Y3L A;  1E5O E;  4ER2 E;  5P4N A;  5AH9 A;  5P6A A;  1SIV A;  1PPM E;  4UPJ A;  5P7J A;  2QMP A;  3R0W A;  2OHS A;  4J5J A;  1HVI A;  1U8G A;  2B60 A;  3OU4 B;  3T6I A;  5P5A A;  3VEU A;  2BPY A;  3BGC A;  5P7L A;  3KM4 A;  5P5T A;  4DJR A;  5P0A A;  3ZPT A;  1RL8 A;  3H5B A;  3GI4 A;  2WED A;  5P1Y A;  5P0F A;  3UDH A;  2JYS A;  4ZEA A;  3OHF A;  4Y4Z A;  3PCW A;  5P1W A;  3LIV A;  2IS0 A;  3Q70 A;  5P8M A;  4YD6 A;  5OZX A;  1B5F A;  1D4K A;  4Q5M A;  4TRY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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