2I4XA

Hiv-1 protease i84v, l90m with gs-8374
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLMTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Suppression of HIV-1 Protease Inhibitor Resistance by Phosphonate-mediated Solvent Anchoring.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2i4xA00
4H1EA 4R92A 4CKUA 3UTLA 4OD9B 1EPPE 2BBBA 2QZWA 3OQFA 3KT2A 3OTSA 3F9QA 4L6BA 4X7IA 4Y3MA 3SACA 3BVAA 3NR6A 3NYGA 2VS2A 2ZJKA 4WY6A 5P1OA 3GI6A 5OYTA 4KE1A 4NJTA 5BWYA 4Y5LA 1KZKA 4DQHA 3C9XA 1HBVA 4FAFA 1QS8A 3K1WA 5OZ7A 5P0MA 1LEEA 4TRWA 2G94A 3PSUA 4F76A 5OYUA 1HTEA 3NDWA 4Y51A 5P0QA 3ZPSA 3BUFA 2JXRA 2WF3A 1PSAA 3BVBA 1VIJA 4B00A 4QJ7A 5OZJA 5P5RA 4Y53A 1BWBA 3EXOA 1TCWA 2F8GA 3UDYA 5P0EA 4Y44A 2B7ZA 5P74A 1EC1A 4RVXA 5C9FA 2HC0A 2R9BA 1SIVA 5OYYA 1B6JA 4ZPFA 1CPIA 2PYMA 1MSMA 4TVHA 3OQDA 4GJ9A 3PI5A 3AIDA 3TOGA 5KQYA 3EKVA 3LIVA 4GJBA 4J1CA 1EC3A 1A8KA 5DR1A 5OZHA 4Q1NA 3BGBA 3OXWA 4AA9A 4F73A 1HVIA 2PH6A 3OUDB 2F3EA 3QN8A 1NPAA 3HW1A 3CYWA 4LAPA 5P2UA 5HE4A 1B5FA 3K4VA 3LZYA 3QRSA 1SGZA 3CIBA 3O9CA 3SO9A 5AHCA 3HAWA 5HTZA 5IS4A 2OHPA 1G6LA 5P7GA 3SFCA 3OUCA 1TW7A 2AQUA 4Y4EA 2AOJA 4JPEA 3PLLA 4FRSA 5KQXA 3OU3A 3CKRA 5FIVA 2PYNA 5P6ZA 1ME6A 3UDNA 1XE6A 4FS4A 1BAIA 5HDZA 5P2DA 5CLMA 3L5DA 4IVTA 1SIPA 2VJ6A 1LF3A 3SKFA 2WEZA 5OZKA 2QI6A 4I10A 5P75A 4GJ7A 5OYXA 2I4UA 4RLDA 4RYCA 2MIPA 4Y4ZA 3LZVA 3HDKA 3PHVA 3FKTA 3VSWA 3O9FA 1E82E 2Q64A 4L1AB 4Z4XA 2NMYA 5P2JA 4OBKA 4ZSMA 1AIDA 3INFA 1C6XA 2Q55A 1B11A 5HD0A 1IVPA 3EM3A 4Y37A 5P1UA 4ACUA 5P0TA 4K4RA 1W50A 2J9KA 5J25A 1HXBA 4Y56A 4M8XA 5KR8A 1MRWA 4R91A 4Y36A 2WF2A 1RL8A 3KDDA 3OQAA 3TNEA 1D4YA 4GYEA 3K5FA 5P10A 4ZSQA 3L3AA 3EM4A 4Y3ZA 5P6HA 5P1DA 5I3XA 1F34A 1BDQA 5P3DA 3LINA 3PM4A 4LHHA 1C70A 5P3PA 2AOFA 4CPXA 2FGUA 3I8WA 3PWMA 5P36A 3O9LA 5P2LA 2A1EA 4Y6MA 4RZ1A 1PSOE 1MERA 1YTHA 2QI1A 3WZ7A 5P09A 5P69A 2AIDA 3KFRA 4R8YA 5P25A 4Y5GA 4Y3HA 4NKKA 3NDUA 3LIQA 1QBSA 5P1PA 4RCDA 2IKOA 3L58A 3OQKA 1HSIA 3MSJA 5CONA 3FNTA 1RNEA 1DP5A 4ZSRA 1DAZC 1TCXA 3S54A 4JECA 2AVSA 2G1SA 1K1TA 2QMDA 3HLOA 3VYFA 1E80E 5P44A 2P8HA 3D20A 5P8EA 5P5BA 5P39A 5IE1A 1FLHA 3T3CA 2A4FA 2FDPA 4XKXA 3OOZA 2Q5KA 3TL9A 3H0BA 2ZHRA 3PCWA 1G0VA 5P5PA 1LV1A 5P0BA 5P5DA 3L5EA 2G1YA 2PSVA 5I3YA 5P8NA 3S56A 4Y38A 5AGZA 3NU6A 3VV6A 2BQVA 3T7XA 5P01A 3HZCA 3KA2A 5P4YA 3UDPA 3PCZA 2RENA 1HIVA 4Y48A 4GJ8A 5BS4A 2WEBA 5OYSA 4OBFA 5P66A 1SH9A 3ER3E 5P1SA 3OOTA 5DR8A 1TZSA 5P4GA 5P35A 5P04A 4OC6A 5P0CA 3OHFA 4DJPA 2ANLA 5P45A 1HXWA 3OQ7A 5OYZA 5P6KA 4DJWA 5KAOA 3NU5A 4I1CA 5P5NA 2VIYA 2QZKA 5P3UA 5P3XA 5P43A 1T7IA 1M4HA 5COKA 3ZKGA 1OHRA 4FLGA 4Z50A 2APRA 1LYBA 2O4KA 3LNKA 5OZMA 4Y4DA 5P1MA 3MXEA 2I0DA 1HVHA 5P7XA 5SY3A 3DOXA 1AJXA 3HVGA 3CICA 4Y5MA 3VV7A 5P2GA 1YM4A 5P4NA 5HDVA 4Y5EA 2HB4A 5P0FA 5OZIA 3QROA 5KR0A 4L7HA 1EPQE 3SA6A 4HA5A 4R95A 1GVVA 5P3GA 5P5WA 5OZ8A 1K6TA 3Q3TA 2F81A 2PK6A 2AOEA 5P59A 2OF0A 5P6JA 2XYEA 4Y3YA 5P6TA 2AZ9A 4ZPEA 4Y9WA 3S43A 1CMSA 2HPFA 5P3QA 5E5KA 3JW2A 4J0PA 4DJOA 5P2IA 5OZVA 5P4EA 5P38A 1BDRA 4FL8A 3O99A 5ER2E 2NR6A 1GNMA 5P64A 5OYWA 5P46A 4Q1WA 4I0FA 2ZGAA 1FMBA 3LZSA 5P0KA 4Y3DA 4Y57A 3GGUA 1NPWA 5P7ZA 1W5VA 4HDBA 5AH7A 3IAWA 4DH6A 2P3BA 1SDVA 1XN2A 2I4VA 5P58A 5P1FA 2CEMA 4I0JA 1W5WA 4FIVA 4DQBA 5P2WA 4N00A 5P5VA 4H3IA 4J5JA 1MPPA 1IDBA 4ACXA 5P3VA 4GJAA 2HM1A 5KOSA 2Z54A 4WY1A 2WECA 3PWRA 2ZE1A 5P8RA 5P3EA 4K4PA 1T7KA 2ZJHA 4TRZA 1A94A 2FMBA 5OZNA 3ZKIA 3T7QA 1ZPAA 4LXAA 3LPKA 5P15A 2VJ9A 1ZAPA 3QVIA 5P84A 4ER4E 2QD8A 3HBOA 3BXSA 3TKWA 3SA4A 5P00A 3NU9A 2P4JA 5IVTA 1APTE 1QBUA 2JJJA 3O9LB 1YTJA 4L7JA 3VF3A 5P8UA 1RQ9A 1E81E 1T6EX 1B6LA 1CZIE 4FE6A 4B72A 1XN3A 5P4MA 1QRPE 3VF5A 1SDUA 3O9AA 3NDTA 1MTBA 1TQFA 3SKGA 1YTIA 5P7QA 2O4NA 3TPPA 2O4LA 1HVKA 5P5SA 4DJVA 5P79A 5P5FA 5P13A 3EKXA 2RKGA 5C9DA 4Q1XA 4CPSA 5P6NA 2QP8A 2QK5A 3IN4A 1HVJA 3TPJA 5DQCA 4PZWA 3MXDA 2ASIA 5P3CA 1PPLE 5HCTA 4Q5MA 3QPJA 1PPKE 3BUHA 3UDRA 4DQFA 3BGCA 5HCOA 5P27A 3PEPA 1XDHA 2J9JA 5P6UA 3EL9A 4J17A 3URLA 2ZJNA 4KB9A 4Y3RA 1FQ5A 1FGCC 2PSGA 3ECGA 2QZLA 5P3HA 3PRSA 2PQZA 5P6PA 4Y4UA 3QIHA 5P3FA 2CEJA 5P2QA 5P1RA 3EBZA 2Q15A 4OBZA 5P7PA 1META 3BUGA 4TVGA 4XX4A 4Y5PA 4LXKA 2G21A 5JFUA 2R3WA 2AVVA 5COOA 5P3LA 5SXNA 2ZJIA 1LYAA 5P3AA 2FDDA 1BV9A 3S8IA 1GNOA 5P5QA 3PMYA 5P2TA 2QI5A 2R43A 2B8VA 1W5XA 2B8LA 5AHAA 4JP9A 1GKTA 2FLEA 2V0ZC 5P62A 3WZ8A 3FV3A 1FQ6A 2OHLA 5P83A 4I8WA 1LYBB 3O9EA 1A9MA 3VFAA 1HRNA 2ZHSA 2WKZA 2PSUA 3SM1A 5P8SA 5OYVA 4ZLSA 1K2CA 4QJAA 3IN3A 4UPJA 3ZKQA 5P51A 5P86A 1BWAA 3B7VA 1IZHA 2JYSA 3OTYA 1HSGA 3G70A 5HDXA 4EHCA 1N49A 2HB3A 3OU1A 1GVTA 1MVPA 5P82A 3GI5A 5AH6A 3OXVA 5P3NA 5OZLA 5UPJA 4NJVA 2QU3A 5P87A 1PROA 4YBIA 5P24A 4RYGA 1MSNA 2O4PA 4LP9A 1FKNA 2IL2A 3S43B 5ENKA 5EZZA 3KT5A 5P06A 3GW5A 3SLZA 4ER2E 3QVCA 5P89A 3DM6A 3SQFA 3LPJA 2ZHUA 3UHLA 5P6XA 2IS0A 4EXHA 5P68A 1EC2A 2EWYA 3EKQA 5P1BA 3TTPA 5P6MA 2PH8A 5OZQA 3SM2A 4YHQA 3PMUA 1EBKC 2JJIA 2OHQA 4EYRA 5ER1E 5P3JA 2P3BB 4EJ8A 1AZ5A 4YOAA 4I0HA 3NXNA 2AZ8A 2PK5A 5P2VA 3N3IA 5P78A 3KFSA 3OXXA 3SA5A 1FFIC 3APPA 2CENA 5DR3A 5P28A 2OHKA 5P6EA 4GJ5A 1HWRA 1SMEA 5T4SA 3ZMGA 3RSVA 5P6SA 5P1YA 1AVFA 5P52A 2G69A 3U6AA 2R8NA 5OZ6A 5E5JA 3NUJA 1FEJC 1HIIA 5P8AA 2WEDA 1B6PA 2AOHA 5P5HA 4Z22A 3TLHA 5TOLA 4U7QA 1APVE 1LYWA 1ZJ7A 4E43A 4I0ZA 5P6YA 3OU4B 5P7SA 3QBHA 1HVCA 5P7WA 3RTMA 5I3VA 1GNNA 3UDKA 1ZBGA 2V12C 3D1XA 5OZ2A 4HDPA 4AUCA 5P6IA 4PZXA 5P8DA 3S53A 5P8BA 5P7MA 3O9IA 1HEFE 2V13A 4DI2A 5P1HA 5P8CA 5SY2A 4A6BA 1IDAA 1T6GA 5P2NA 3PBZA 2QNQA 4YDGA 5KR2A 4KUPA 5P8OA 1KJ4A 5P73A 4RRNA 5APRE 3PSGA 5ISJA 2WL0A 4OBDA 5P1QA 5AH9A 4J0ZA 5P8HA 5P03A 4QLHA 1ODWA 3TOFA 5P7LA 4Z2ZA 4Y39A 5P2KA 4Y4AA 1DPJA 1M0BA 4I11A 2ZHVA 4Y5KA 1SBGA 2V11C 3OXCA 1SGUA 2J9JB 2PWRA 5P4UA 5P5XA 2AOIA 4HLAA 5OZBA 1KJFA 4U8WA 2Q3KA 2G22A 5BRYA 5P6AA 5OZ5A 3KYRA 3S7LA 5P5JA 1W6IA 5HE7A 5HU0A 3VCMA 2FGVA 2I4WA 5P2BA 5P4LA 2QHCA 3TPLA 1JLDA 5P4JA 4B0QA 4FSEA 3G72A 4H3GA 5P2OA 2ER0E 4APEA 5P4CA 4I0EA 3U7SA 5P20A 1HPVA 4MC9A 4I8ZA 4J1IA 6APRE 5P23A 2OHTA 3L38A 1MESA 1T7JA 3IVHA 5P6OA 3AUPA 1ENTE 4JPCA 1WBKA 3UF3A 4S1GA 5JFPA 4Y45A 5P1GA 3VG1A 2QNPA 4QGIA 5P4RA 1AXAA 5P8JA 1XL2A 5P7HA 5DR0A 2OHNA 4AZYA 5P0HA 5P5ZA 5P07A 3INEA 4EWOA 6FIVA 5P1XA 3TKGA 1YT9A 4CPQA 5P2ZA 3PI0A 3PB5A 3N4LA 4ZIPA 5OZDA 4DJRA 2ZYEA 4Y4TA 5P7VA 2R5PA 1ZSRA 2HS2A 3CYXA 3VEUA 5P56A 2IDWA 3HD8A 4Y3FA 5P3RA 3PWWA 2NNPA 2QI4A 3OWNA 4Y47A 3EL0A 2F3FA 3QAAA 3VSXA 1TSQA 5P7JA 4QJ6A 3VYEA 3U71A 2Q11A 5HVPA 5P40A 3ZPTA 4D85A 2O40A 2WHHA 4NJSA 4OD9A 5P6CA 7UPJA 2FNTA 3URJA 5P63A 3WZ6A 1FQ8A 2ZJLA 2IGYA 5P4SA 5P5OA 5P3KA 5AH8A 2VIJA 4COEA 4Y5NA 2B60A 5P4WA 4A4QA 3PGIA 1Z1HA 1LZQA 2G26A 5P7UA 3R1GB 4U7VA 1NH0A 4FM7A 5I70A 3KFPA 3DK1A 5P47A 4Y4GA 2IENA 5OZUA 3EL5A 3QBFA 4CPUA 1B5FB 5P2SA 2V00A 4LXMA 5P2FA 5OZZA 4Y3QA 3KDCA 4PYVA 5P7IA 2VNMA 4TRYA 2B7FA 3GGAA 4YCKA 5P3MA 5P6BA 1SMRA 5P8QA 4YD6A 1FQXA 1K1UA 1DMPA 3NSHA 4ZE6A 1BBSA 5OZGA 2R3TA 3D3TA 3I25A 5P2XA 5F00A 5P50A 1AAQA 4APRE 1HTRB 4B77A 1RV7A 1NPVA 2FIVA 2G27A 2VA5A 1EPNE 5C9BA 5DGUA 2QI3A 3GGVA 4ZPGA 3OUDA 2AOCA 5JG1A 1LYWB 3T7PA 5P4HA 1IBQA 4J1EA 1EEDP 5P4FA 5P65A 3GGXA 3S7MA 3UFLA 4K9HA 5P5GA 3L5FA 1PPME 3OY4A 4EJDA 5P14A 1UH7A 4YCYA 4H3JA 5P30A 1D4IA 4B78A 5P32A 1EBYA 2ZDZA 2I0AA 3OHHA 3OGPA 3NLSA 4FRJA 2G20A 4DQEA 3WB5A 2AOGA 1HSHA 5P48A 2BPYA 3IVIA 3EL4A 1FQ4A 5P16A 4B1EA 5P6RA 5HU1A 2BKSA 4J1KA 2OHSA 5P3ZA 4QJ8A 1PSNA 5P7EA 3VYDA 1HTFA 4DPFA 4RVIA 4LL3A 2NXDA 2I1AA 3KFNA 5P05A 5DQ1A 3ZKMA 5P6VA 3VFBA 5P7YA 3Q70A 4DJUA 1BILA 4ZSPA 1EAGA 2QCIA 1FB7A 5COPA 5P02A 5P88A 1FG6C 4Y3GA 3ZKXA 1F7AA 3R4BA 2HS1A 4YBFA 3UQPA 5P7FA 2FS4A 5KOQA 3OUBA 5P1TA 1B6KA 2F80A 3O9BA 4I0IA 4FCOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H1E A;  4R92 A;  4CKU A;  3UTL A;  4OD9 B;  1EPP E;  2BBB A;  2QZW A;  3OQF A;  3KT2 A;  3OTS A;  3F9Q A;  4L6B A;  4X7I A;  4Y3M A;  3SAC A;  3BVA A;  3NR6 A;  3NYG A;  2VS2 A;  2ZJK A;  4WY6 A;  5P1O A;  3GI6 A;  5OYT A;  4KE1 A;  4NJT A;  5BWY A;  4Y5L A;  1KZK A;  4DQH A;  3C9X A;  1HBV A;  4FAF A;  1QS8 A;  3K1W A;  5OZ7 A;  5P0M A;  1LEE A;  4TRW A;  2G94 A;  3PSU A;  4F76 A;  5OYU A;  1HTE A;  3NDW A;  4Y51 A;  5P0Q A;  3ZPS A;  3BUF A;  2JXR A;  2WF3 A;  1PSA A;  3BVB A;  1VIJ A;  4B00 A;  4QJ7 A;  5OZJ A;  5P5R A;  4Y53 A;  1BWB A;  3EXO A;  1TCW A;  2F8G A;  3UDY A;  5P0E A;  4Y44 A;  2B7Z A;  5P74 A;  1EC1 A;  4RVX A;  5C9F A;  2HC0 A;  2R9B A;  1SIV A;  5OYY A;  1B6J A;  4ZPF A;  1CPI A;  2PYM A;  1MSM A;  4TVH A;  3OQD A;  4GJ9 A;  3PI5 A;  3AID A;  3TOG A;  5KQY A;  3EKV A;  3LIV A;  4GJB A;  4J1C A;  1EC3 A;  1A8K A;  5DR1 A;  5OZH A;  4Q1N A;  3BGB A;  3OXW A;  4AA9 A;  4F73 A;  1HVI A;  2PH6 A;  3OUD B;  2F3E A;  3QN8 A;  1NPA A;  3HW1 A;  3CYW A;  4LAP A;  5P2U A;  5HE4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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