2IENA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease with a potent non-peptide inhibitor (uic-94017)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High Resolution Crystal Structures of HIV-1 Protease with a Potent Non-Peptide Inhibitor (Uic-94017) Active Against Multi-Drug-Resistant Clinical Strains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ienA00
1FQ8A 4Y4AA 1SP5A 3D20A 1W6IA 1RPIA 6APRE 5P2DA 3NU5A 5OZPA 5ER1E 1MTBA 3VSWA 1W5YA 4Y38A 2FLEA 4Y5LA 3NXNA 2ZJMA 1HVIA 5P4WA 2AIDA 5P6OA 3GI0A 3D1XA 2ZJJA 4Y4BA 3VEUA 1LF2A 1LYBA 3L3AA 4Y9WA 3URLA 3L5DA 3FNUA 5KOSA 2F3FA 3WB4A 1BV7A 4Y3JA 5P8AA 1HVCA 2AVVA 3S45A 4DPIA 2ZHRA 3BUFA 1ODYA 5P5DA 1GVXA 5ISKA 3MXDA 1GNMA 1YTJA 3KDBA 4FM6A 5OZYA 1SBGA 5P4TA 3EMYA 3QI1A 1E5OE 3S43B 3LIXA 3MXEA 4FS4A 5P3DA 5P72A 1KJGA 3KDDA 3M9FA 1MPPA 5P7ZA 5P27A 5JODA 5P2NA 3TTPA 5P66A 1IIQA 5P8CA 1OHRA 1KJ7A 5P7LA 5OZWA 3R2FA 3VUCA 5P8DA 5P3WA 5F01A 5OZ7A 3TKGA 1E81E 3VV8A 1FKNA 5P5HA 3PSGA 3LPJA 1TQFA 2WEBA 2QHZA 3IN4A 5P3HA 3KFSA 3LIQA 1FLHA 2R8NA 5P06A 3EBZA 1LYWA 2WEDA 5P6EA 4J0YA 4RYGA 2FGVA 4KE0A 2HB3A 3O9CA 3NU4A 4DJXA 5P44A 2NR6A 3KFPA 4QJ2A 1YX9A 1AJVA 4FRSA 1NSOA 4Y5PA 1GNNA 1SH9A 3DK1A 2QAKA 3EL4A 2UPJA 3OAGA 5KR1A 1HTEA 5P1AA 5P8KA 5P1NA 5P89A 5P1BA 5P0SA 2J9JA 3S85A 4R91A 2F81A 4RZ1A 4AZYA 4ACXA 2WECA 5P08A 1FG6C 2I4QA 5P65A 1YM4A 5OZOA 1LEEA 5APRE 3PMYA 5P1YA 5P55A 4FAFA 4OBKA 5P2EA 5P5YA 5DR0A 2QZXA 3NDWA 2QNNA 1KJFA 1FFIC 1MESA 5KR8A 5P3PA 3WZ8A 4RGHA 4B72A 1HPVA 3FIVA 2G27A 2I4XA 2QHCA 5P8MA 1C6XA 1LYAA 3EKXA 3KMXA 4Y6MA 4J0TA 2IKUA 5P59A 4QLHA 1MIQA 4I1CA 5P1JA 3NU9A 5P2YA 2AZ9A 1FIVA 5AH7A 4GZFA 1HTGA 5P40A 2XYEA 2B8VA 3RTHA 3QN8A 4Y4UA 5P5NA 1IZEA 5OYTA 2F3KA 4Y5AA 1KZKA 3OTYA 1PSAA 1W50A 4K8SA 4GMIA 3SA9A 1HPXA 3KT5A 1HHPA 4Y3AA 4RCFA 4FM7A 2AOCA 5P0WA 5P5EA 3C9XA 5P3KA 2Q5KA 3HW1A 3QBHA 3OUCA 4Y47A 3SM2A 4FAEA 2AOJA 5P2UA 3O9AA 5P3FA 1XE5A 5P4SA 3PGIA 4ER1E 3PHVA 4QGIA 5P41A 2QU3A 1VIJA 4ZLSA 5P0TA 5P2BA 3KFRA 2R5QA 5P0MA 3VV6A 1TW7A 3OU4B 3EL9A 4AA9A 4D8CA 1EC2A 3OU3A 1QRPE 4TRZA 5P5UA 4JPCA 4FRIA 5OZEA 4ZIPA 3EKWA 4L1AA 3PWMA 5ENMA 1EPQE 5P33A 4BFDA 2V00A 2ER0E 3OGQA 2P3DA 3UDNA 2PSUA 3HDKA 1IDBA 4Y4WA 1HVHA 5P42A 4XX4A 3R1GB 3O9IA 3FV3A 3Q3TA 1HVJA 2R9BA 4DQHA 2FDEA 2QMFA 3TPLA 3OU1B 4TRYA 2PC0A 4AUCA 3LHGA 5P1GA 5P7VA 3ZKQA 5ER2E 3EM6A 1RQ9A 3WZ7A 3K5FA 2NPHA 4DJYA 3D1ZA 5P6NA 1B6MA 5P7XA 1HTRB 1TCWA 1PROA 1LS5A 5P2ZA 5P8VA 3WZ6A 5CONA 5P0NA 1FQ6A 1G35A 7UPJA 5UPJA 1K2CA 3BGCA 2WF3A 1FFFC 1EPOE 4Y45A 3IGBA 5P52A 1A94A 2Q3KA 3ZMGA 5SY3A 3NUJA 3A2OA 3CICA 2OHRA 3EM3A 2OHUA 1FQ4A 4DJVA 5P0GA 7HVPA 5HE4A 4Y5MA 5P7YA 2WF4A 1HVRA 1GVTA 1K6CA 1AJXA 1DPJA 4CPUA 3L38A 2OHTA 3GW5A 3O9LA 4R95A 3B80A 3KYRA 2AZCA 4GJ7A 1GKTA 4OBGA 3TNEA 4LL3A 3TL9A 2FDPA 5P5TA 3NUOA 3DCKA 3KA2A 5COPA 1IBQA 5P51A 4WY1A 4GB2A 3CYWA 5CLMA 5HDVA 2VIJA 1QS8A 3VLAA 3PI0A 2JJIA 5P6GA 3OWNA 5P7BA 2HM1A 4FE6A 5J25A 5P6SA 2IKOA 3S2OA 1NPVA 5P3OA 5OYUA 4X2LA 3Q4BA 4DQFA 5IE1A 3GI6A 3S43A 3LIVA 4PYVA 4KUPA 2AODA 2VIEA 1MRXA 5BRYA 2V11C 1EPNE 1T7JA 5P7CA 5DR8A 3QBFA 4COEA 1GNOA 3BGBA 4OBFA 2IQGA 5AHCA 2QCIA 5HDXA 4J1IA 4J1KA 5P6ZA 1MTRA 4B78A 1G6LA 3OQKA 3TOHA 4BEKA 1LZQA 5SZ9A 3VYDA 2WJOA 5P3BA 5P32A 5P7PA 4Q1WA 5HTZA 4Y4JA 1B6LA 1DMPA 4Y3XA 3S54A 5P80A 1IZIA 3GGVA 5DGUA 3JVWA 1W5WA 5P6UA 5HDUA 3EL5A 4YE3A 3IVHA 5P88A 5P17A 3KN0A 5P6AA 5P09A 1XL2A 5AGZA 2ZJHA 5P12A 4Y3QA 1M4HA 5P4ZA 5P13A 3OTSA 4J1EA 9HVPA 5KQZA 2G1OA 4Y58A 5P38A 4DQBA 5E5KA 2IEOA 4F73A 5P0QA 1SDTA 1EBYA 3NR6A 4OBHA 5P0CA 3PB5A 3EC0A 4GJDA 4ZE6A 4APEA 5DR1A 4ER2E 4EWOA 4I0FA 4YDFA 1IVPA 4DUSA 4R93A 2NNKA 3NXEA 2QMPA 2I4WA 4HE9A 5P8NA 2BKSA 4L7GA 3K5DA 1YTHA 1LV1A 5P5KA 1QDMA 4A6CA 4B1DA 5P5ZA 1BV9A 3HVPA 1F7AA 5P5VA 3SA6A 1QBSA 3L58A 5P3SA 4I8WA 5P76A 3O9DA 1AXAA 3IAWA 1MSNA 1HIIA 3APRE 5P79A 5P02A 5AH6A 1EPME 3EXOA 1GVUA 3KFNA 3VSXA 4Y3RA 2OHPA 5P4DA 2RSPA 3INDA 4Y56A 3SKFA 4KB9A 5OZIA 2AQUA 2VA5A 5AHAA 2PH6A 1YM2A 4ZEAA 2P3BB 3FKTA 3L5BA 3SA8A 3SA7A 2J9KA 1KJHA 4LXKA 5P4YA 3ZKGA 4Y5CA 5OZ6A 1D4KA 2R3WA 4Y37A 5OZCA 1IVQA 3OU4A 5P3NA 1D4LA 1BVGA 5P6WA 1A8KA 4YD3A 3BVAA 2G21A 5P8QA 5P4BA 5P0DA 4DJRA 1HSIA 2WF1A 3UDJA 5DQ5A 5P6FA 5P3EA 2ZDZA 5OZVA 1SGZA 1K6VA 3RSVA 2HB4A 4ZSQA 5P0OA 5P3TA 8HVPA 1HWRA 2BPVA 5P7JA 4I0ZA 3EKVA 4DVFA 3QRSA 3N3IA 2QI5A 1Z1RA 3OUDB 2P3AA 5P61A 3PLLA 3IN3A 5DQ4A 3BRAA 3PSUA 5P5OA 5OZSA 5EZZA 1QBRA 5P1VA 3DV1A 3NLSA 4Y3EA 3OQDA 5P3VA 4PHVA 3GGUA 2ZE1A 1ZJ7A 2HAHA 1BVEA 2QK5A 4HDFA 5P3GA 4A6BA 5P0ZA 3PSYA 4J1CA 3O9FA 5P82A 5P22A 5OZBA 4Y44A 1LF4A 4YD6A 2PH8A 3UQPA 2ZJNA 1B11A 4RLDA 4Y5KA 3UPJA 1APVE 4QJ7A 2ER6E 5P84A 2G1RA 3L5FA 5P4MA 5P47A 2WKZA 5P11A 3SQFA 4TVHA 3RVIA 3U7SA 4Y3YA 5P1ZA 4YDGA 5P8EA 1U8GA 4YD5A 3RU1A 3O9BA 1OD1A 4IVSA 3UFNA 4Q1YA 3NDUA 5P43A 3SAAA 5P2SA 5P6DA 2AOGA 5P1XA 4OBDA 4Y36A 5P6MA 4I12A 2WEZA 3BUHA 1EBZA 4LBTA 5SXNA 4RRSA 5P6JA 2ZYEA 3OHFA 5P2GA 4J55A 5P8TA 5OZ8A 4OBZB 5P4JA 2IENA 5P54A 3AIDA 5P15A 2FNSA 5P85A 3DUYA 4U7QA 4AMTA 3FSMA 5P7UA 5BS4A 3SA4A 2BPXA 2V12C 5KAOA 3ZL7A 2R3TA 5P77A 5P64A 5P69A 5OZHA 5P2MA 2A1EA 2P3CA 3HAWA 3QP0A 5C9FA 2VJ7A 5P1RA 5P7MA 4N00A 5JG1A 2FXDA 3PBDA 2Z54A 3ZKXA 1ZSFA 3SACA 5P78A 1C6YA 2A4FA 4D89A 1EPLE 5P1IA 6UPJA 3G70A 1XDHA 5P0JA 4MC9A 4OC6B 4TVGA 3FNTA 1G0VA 1RNEA 4FLGA 2VA6A 5OZUA 5P4PA 1HSHA 5P31A 2ZHTA 3PMUA 3EL0A 2FIVA 3PBZA 2IL2A 3OADB 4XXSA 5P10A 5P2FA 2B8LA 1MUIA 4DQGA 4CPWA 3S53A 3DM6A 3UDPA 1MSMA 4EP3A 3OOTA 4DFGA 1PSOE 5P6LA 5P7SA 1B5FA 1M43A 4YOBA 3G6ZA 1HIHA 3PWWA 4Z4XA 1XN3A 3B7VA 5P1EA 4YCTA 2UY0A 1BDRA 2QHYA 5AH8A 1XN2A 2RKFA 5P5AA 2AOEA 3QRVA 4J1FA 5P2QA 3TPPA 1YTIA 5P7EA 5P2WA 5DQ2A 2CEJA 3URIA 1EBWA 5P1HA 3T7XA 1BBSA 3N4LA 4FSEA 3FNSA 4LP9A 2PWRA 4OBJA 2QI6A 4RVXA 5P24A 4CP7A 3PI5A 1NPWA 5KQFA 3T3CA 2G20A 5COKA 1BWAA 4HDPA 1K6PA 5P45A 1YT9A 4Y54A 3U6AA 3NWXA 4YD4A 2G69A 5P1PA 1UH7A 2IRZA 5P3JA 3NU6A 4Y3HA 2BKTA 3K5CA 1D4HA 5ENKA 4LAPA 3QROA 1HEFE 3OY4A 5OZRA 1B6KA 4Y4EA 4OD9A 2CENA 5JFUA 5P4HA 3VG1A 3RTMA 3UF3A 5P4NA 5OZTA 3QPJA 4RRNA 4B05A 2F8GA 5OZKA 3GI5A 1XE6A 5P1FA 2QD6A 3MSLA 2OF0A 5P68A 4Y39A 3ER5E 1EC3A 4MC1A 5P01A 1FGCC 2NXMA 3K4VC 4ZPGA 1ZBGA 3VYFA 5P30A 3RTNA 3CMSA 4ZSPA 4KE1A 5P5GA 4GJ6A 1ER8E 5P8FA 5P3CA 2FS4A 3LINA 3MWSA 4H3FA 4Y3DA 4L6BA 3PCWA 1SMRA 2OHNA 4DJQA 1A9MA 1G2KA 5P4QA 2QNQA 4YOAA 3ZKIA 4FRJA 5P4AA 1LYBB 5KQYA 3KMYA 5P1MA 4PEPA 2OHKA 4Y4TA 2I4VA 2O4NA 4I8ZA 5P7DA 5AHBA 2BJUA 3NU3A 1LF3A 2IGYA 3UDRA 3TKWA 2O4SA 4I11A 2QMGA 2HS1A 1D4JA 1SDVA 3S56A 5P3LA 5OZLA 1SMEA 3EKPA 1CMSA 5P7KA 5HU0A 5HCOA 2PSVA 5COOA 4Y5GA 1FQXA 4NJTA 2IGXA 2AVQA 1MVPA 1W6HA 4Y5EA 1IDAA 3L5CA 5P6RA 4IVTA 4ACUA 3ZPTA 2Q63A 3F9QA 1ZTZA 3BVBA 6FIVA 5P19A 3LZVA 5C9DA 5P6VA 3TPRA 5P8IA 5P3MA 3LZYA 2AZ8A 3HD8A 2NNPA 3AUPA 2WHHA 4MC2A 4NPTA 2BPZA 5P56A 4XX3A 1HBVA 1SIVA 1ZPKA 2QU2A 3OHHA 1HPOA 5P5JA 4S1GA 5P5CA 3O9EA 1APTE 5OZFA 5P5SA 5P6QA 1PPME 5P5LA 5OZ9A 5P8HA 1LYWB 5OYVA 5OZ3A 2BB9A 4QJ6A 3OQ7A 5P0EA 3K5GA 4CPTA 1TZSA 4EQ0A 5P2IA 3KM4A 3LPIA 1JLDA 5P7HA 1K1TA 5OZDA 4DJPA 3WSJA 5P25A 3VYEA 4RCEA 3KDCA 3R0WA 3OAGB 4I0GA 1T3RA 1EPRE 4FIVA 4HZTA 4YCYA 3UFLA 4JP9A 5P04A 2G24A 4Y53A 2P8HA 2QNPA 2J9JB 3BXRA 4F76A 3ER3E 4J54A 3VF7A 5P7AA 3D1YA 5P34A 3OQFA 2QI0A 3H0BA 1B6PA 2P4JA 4Y51A 5P74A 2ER9E 4EJKA 4CPRA 2AOHA 1Z8CA 4Q5MA 2I0DA 3GGXA 4K4RA 4WTUA 3IVIA 1HTFA 3L5EA 3INEA 4QJ8A 4H3IA 1LYAB 1SIPA 5P35A 2Q11A 3R4BA 2AVSA 4Y3PA 1T6EX 3UQXA 1OEWA 4CPXA 1CZIE 3LZUA 4YBIA 3UCBA 5OZMA 4JPEA 5DPZA 4LHHA 2FXEA 4B1CA 4L7HA 5P2HA 1APWE 2AVOA 5P4IA 5HCTA 5P4FA 4F74A 4R5NA 4YD7A 1YG9A 3HZCA 3LNKA 3OADA 1ME6A 2Q15A 2QI1A 3CKTA 2G22A 4HEGA 5P2VA 1NPAA 4Y41A 4I0IA 5P8PA 1FB7A 5P4CA 3NDTA 4Y3SA 4L7JA 1APUE 4Z22A 3BXSA 5I3WA 5P6CA 4DPFA 2B7ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FQ8 A;  4Y4A A;  1SP5 A;  3D20 A;  1W6I A;  1RPI A;  6APR E;  5P2D A;  3NU5 A;  5OZP A;  5ER1 E;  1MTB A;  3VSW A;  1W5Y A;  4Y38 A;  2FLE A;  4Y5L A;  3NXN A;  2ZJM A;  1HVI A;  5P4W A;  2AID A;  5P6O A;  3GI0 A;  3D1X A;  2ZJJ A;  4Y4B A;  3VEU A;  1LF2 A;  1LYB A;  3L3A A;  4Y9W A;  3URL A;  3L5D A;  3FNU A;  5KOS A;  2F3F A;  3WB4 A;  1BV7 A;  4Y3J A;  5P8A A;  1HVC A;  2AVV A;  3S45 A;  4DPI A;  2ZHR A;  3BUF A;  1ODY A;  5P5D A;  1GVX A;  5ISK A;  3MXD A;  1GNM A;  1YTJ A;  3KDB A;  4FM6 A;  5OZY A;  1SBG A;  5P4T A;  3EMY A;  3QI1 A;  1E5O E;  3S43 B;  3LIX A;  3MXE A;  4FS4 A;  5P3D A;  5P72 A;  1KJG A;  3KDD A;  3M9F A;  1MPP A;  5P7Z A;  5P27 A;  5JOD A;  5P2N A;  3TTP A;  5P66 A;  1IIQ A;  5P8C A;  1OHR A;  1KJ7 A;  5P7L A;  5OZW A;  3R2F A;  3VUC A;  5P8D A;  5P3W A;  5F01 A;  5OZ7 A;  3TKG A;  1E81 E;  3VV8 A;  1FKN A;  5P5H A;  3PSG A;  3LPJ A;  1TQF A;  2WEB A;  2QHZ A;  3IN4 A;  5P3H A;  3KFS A;  3LIQ A;  1FLH A;  2R8N A;  5P06 A;  3EBZ A;  1LYW A;  2WED A;  5P6E A;  4J0Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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