2IQG | Genus

Total Genus 101

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	389
structure length	375
Chain Sequence	SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__289650497494215__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__289650497494215__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2IQG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__289650497494215__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"289650497494215","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2IQG/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__289650497494215__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Design, Synthesis, and Crystal Structure of Hydroxyethyl Secondary Amine-Based Peptidomimetic Inhibitors of Human beta-Secretase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-secretase 1
total genus	101
structure length	375
sequence length	389
ec nomenclature	ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date	2006-10-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2iqgA01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2iqgA02

2CENA 5KQYA 3L59A 2ZJIA 3OGQA 5P79A 5P18A 5P4WA 3FNUA 2Q3KA 1HHPA 4J55A 3GGUA 5P4QA 1APTE 3S43B 5P0QA 5P2SA 1CZIE 2AVOA 4Y3RA 4FAEA 5P0WA 2Q55A 4OD9A 3NDWA 5P8JA 2XFJA 5P1DA 3ZKXA 5P0PA 1C70A 5P8DA 2Q15A 3CKRA 5SY3A 2R38A 4DV9A 2J9KA 1XS7D 2BPZA 1EBZA 4HDPA 4D89A 4ZE6A 4K9HA 3TNEA 3UDNA 3ZKMA 4BELA 4YDGA 1FGCC 3PCWA 4DJWA 3VUCA 4YOBA 1KJGA 5P1XA 1EPME 1XL5A 2PWRA 1AZ5A 1UH7A 4CPTA 3OQKA 4OBZA 5KR0A 1HEFE 5AHAA 1AAQA 3HDKA 5P1AA 4Y50A 3PSYA 5P0LA 2P3BA 5P25A 4YE3A 1AM5A 1SIPA 3SA9A 5P7SA 3BVAA 5AH6A 5P2TA 1EC1A 4Y3ZA 3Q6YA 2PQZA 3JVWA 3APRE 5P74A 4Y5PA 1FLHA 1HVIA 2IKUA 3PWMA 3KT2A 4R93A 3IXJA 5DQ5A 3QRMA 5P4MA 5P0SA 5P6WA 2XFKA 5P16A 4AUCA 5P6IA 4J1IA 4GYEA 2BPVA 4H3GA 1IIQA 2AQUA 5C9BA 3IN3A 1A9MA 5P57A 3QBFA 3TL9A 4Y4AA 3T7QA 4Y4ZA 2RSPA 5P1MA 3EL0A 2QMFA 3NU5A 4HE9A 3SLZA 5KQFA 4BFDA 5P7WA 5OYWA 4RYCA 1LYWA 5P1HA 1LF4A 1RNEA 3DK1A 5P1JA 3EXOA 3PHVA 3KFPA 5DQ1A 5J25A 1LF3A 3SAAA 1LYBA 1KJFA 3SKFA 4M8YA 2Z54A 5P2YA 4Y4TA 1QBRA 3KMXA 1EBWA 1FFIC 4A6BA 2VA6A 1TSUA 5P6MA 5P10A 4COEA 3URJA 1FKNA 1LYAB 3B80A 3OUAA 4TVHA 5P7OA 5P85A 2G26A 4GJ7A 3NDTA 1HRNA 3VEUA 5P0YA 1Z8CA 4J5JA 4RVIA 2OHMA 3NSHA 2WF2A 1EEDP 3K4VA 3UQRA 3QVIA 5OZEA 5HDUA 1BBSA 1GVUA 1DMPA 4YA8A 4L7GA 4YCKA 2PSVA 4DJXA 5P2WA 4TRZA 5HD0A 3FIVA 4MC2A 3KYRA 2IDWA 5P7LA 3QBHA 5P56A 2I0AA 2IENA 2G22A 3UDPA 4APEA 4Y3FA 1HVKA 3RU1A 5P3BA 2V13A 5P8PA 4Q1XA 2V11C 4CPRA 5P3RA 5BRYA 2JYSA 3EKYA 2BPXA 1BIMA 4YD7A 2BKSA 2ZHVA 5AHCA 1NPAA 3H5BA 2ZJLA 2NNPA 2BB9A 4WY6A 1EAGA 1W51A 3IGBA 5P3QA 5P1LA 2P3BB 1ENTE 1HVHA 5P4JA 2CEJA 2G1SA 5IVRA 5P0AA 3IAWA 1YM2A 5OZWA 3PLLA 5P5WA 5P5EA 5OZBA 1OD1A 1ZPKA 4Y4EA 3EL9A 3O9HA 5P86A 5P0JA 1MRXA 4Y36A 5P2OA 3OTYA 2IS0A 2V00A 3SA6A 3RTNA 3OAGA 3D1XA 5P0MA 5P1FA 2NTRA 5P44A 2FGVA 4A4QA 5OZCA 1MPPA 4DH6A 1GVTA 3K4VC 3DCRA 4L1AA 3PMYA 5P5GA 2AVSA 5OYZA 1HPOA 5SY2A 1NPWA 3UDJA 3D1YA 1M0BA 4Q5MA 4Y3TA 3S53A 5P84A 2PC0A 1LYBB 4K4QA 5FIVA 4Y6MA 4YBIA 3NDXA 4I0GA 2PK6A 1W5XA 4YBFA 3O9AA 4K4PA 2ZJJA 3WZ6A 4Y35A 1LS5A 4OC6A 4QJ7A 4OBKA 4EQJA 4QGIA 5P33A 3RVIA 4MC6A 1ZTZA 4K8SA 2F80A 4J0YA 3OXCA 2V12C 5OZZA 1GVWA 1ZAPA 5P2ZA 4LP9A 2WF1A 5P2IA 3G6ZA 4Y48A 2QNPA 3NLSA 3SA5A 4Y3QA 3VYDA 5P7TA 2WL0A 4L6BA 5KQZA 1W5YA 1BDLA 3SM1A 5ISJA 3PLDA 4Y58A 3JW2A 5I70A 2IRZA 4X2LA 5P12A 3L58A 5P02A 2P8HA 5IVTA 5P01A 4DQGA 3OTSA 5P2GA 5P05A 3F9QA 2FDDA 1UPJA 3L5BA 5P54A 4FRIA 5P1OA 5P6CA 3O9IA 3MXDA 5P8QA 5P3YA 3UDMA 3KFSA 5KR1A 1UH8A 1ZSFA 3UQPA 3UCBA 2ZJMA 5DR7A 5P7ZA 5P7XA 4ZEAA 5P7PA 3O9EA 3MXEA 3OU1A 2R5PA 5I3VA 5P4SA 4JPCA 1OHRA 3QS1A 1DW6C 5P2DA 5P5RA 4J0PA 1HIIA 1FQ4A 1MIQA 1E80E 1HEGE 3T7XA 3NWQA 5P7RA 5P1YA 4Y3DA 1G0VA 5P7MA 4I0EA 4DVFA 5P8KA 5P5UA 3BXSA 5OZRA 2QAKA 5P04A 2QMGA 5P52A 4DUSA 4L1AB 3EKPA 5P1EA 2Z4OA 5P2EA 3UFNA 5P3WA 2ZJHA 1NH0A 4HEGA 4Y45A 1A8KA 4CPSA 2I0DA 5P1WA 3DUYA 4OBFA 3VV6A 1K1TA 4EP2A 3QPJA 5P4GA 5T4SA 3OXVA 4GJ5A 3PSUA 3M9FA 1SDUA 4Y54A 3UPJA 1MT7A 3KFRA 5P2UA 4HVPA 2OHQA 3EL4A 4OC6B 1AJVA 4RCFA 3OOZA 2HM1A 5P3DA 3HW1A 4B1DA 3HVPA 3UQXA 2VJ9A 1YG9A 3L5DA 5P3HA 3FSMA 1XL2A 5OZUA 4GJAA 5P0VA 3PWRA 5CONA 1HTGA 4Y3AA 3I8WA 1PSOE 3KT5A 1XDHA 1EC0A 5COOA 5P4FA 5P8IA 5P6KA 3PRSA 3TH9A 3UTLA 1HVJA 5KAOA 5P2MA 5P6SA 5P67A 2QHCA 4RRSA 5P6UA 2APRA 3TOFA 5P8CA 1PSAA 2AOGA 2JE4A 1B11A 3PI5A 1C6XA 4FM7A 2G1NA 3L5CA 2F8GA 5P8AA 3ZKGA 1OEWA 2XFIA 4NJUA 1HOSA 3NWXA 3TTPA 3ZKSA 3LZYA 5P6TA 3TPPA 3TOHA 1B6JA 3LIVA 5P2AA 3UDYA 5DQ4A 1QRPE 3VG1A 5P3PA 4Y3NA 3ZMGA 7HVPA 4DJPA 2FS4A 4MC1A 2RMPA 4DJRA 4I0ZA 1DIFA 5P5IA 5PEPA 3K5CA 2QK5A 3LIQA 3KDBA 3SFCA 2VNMA 5P1TA 5E5KA 4J54A 1ZP8A 4B1CA 5OZLA 2ZJNA 3OUCA 3BGBA 4Y3SA 5ENKA 1PSNA 2AZBA 5P4PA 4Y4JA 1KJ4A 3PMUA 5P6YA 3OU1B 5TOLA 3OHHA 5AH8A 5P5MA 1B6KA 3ZL7A 4Y4WA 3VYFA 2V10C 3L5EA 4RYGA 1SP5A 1SMRA 4TRWA 4GZFA 3EL1A 5P3TA 2AOCA 4GJ9A 3QN8A 1ER8E 2QMDA 4TVGA 1APUE 5P6BA 1IZHA 2QI1A 3O9CA 5OYUA 3OQFA 1SBGA 2QU3A 1F34A 1SMEA 2FMBA 1GNNA 5BS4A 3BXRA 5OZNA 5P31A 4EJ8A 3NXNA 5P3VA 5P8EA 4D83A 2ZHRA 4R92A 4LC7A 2VS2A 3CIDA 4NJSA 1JLDA 4GJ6A 2OHNA 1AIDA 5COKA 5KOQA 5P38A 5P2LA 1EBKC 3O9BA 1M4HA 3VF7A 5OYRA 1XE5A 3SKGA 2I4QA 5P8VA 5P80A 3KA2A 2ASIA 4HZTA 3DV1A 5P35A 3L3AA 5P4UA 2BBBA 2R5QA 2IGXA 3VV7A 2HB3A 4RRNA 5P4AA 1T7KA 5DR0A 4YD4A 4Y5LA 1Q9PA 1GKTA 3NU4A 4RZ1A 3S54A 5P4OA 4QJ2A 3R2FA 5P6GA 1BXOA 4FAFA 1MSNA 5AHBA 4YOAA 1A8GA 4YCTA 3Q70A 1HTRB 9HVPA 5DQCA 3S8IA 1QBSA 3NYGA 4B78A 2VJ6A 3GGXA 3QAAA 1HXBA 2A4FA 5HDVA 5P5VA 3KN0A 3FNSA 3N4LA 1FMBA 3L5FA 3WB5A 2NXDA 2AIDA 5P6QA 3GGAA 2BPWA 5P26A 3ST5A 4B0QA 1WKRA 4DPIA 1HSIA 4Y3LA 2WKZA 6UPJA 5P4RA 3OXXA 5P66A 4AA8A 1T7JA 5P8OA 1D4JA 2WHHA 5P7UA 1FQ7A 2QI6A 3INDA 4EHCA 4Z50A 5HU0A 5P4YA 3IVIA 5P6VA 2QZXA 4MC9A 3NU6A 3QIHA 2R43A 4LHHA 1D4KA 1MESA 5SZ9A 5P2NA 4IVTA 3GW5A 3UDRA 2G20A 5P34A 3EKXA 2ER9E 2Q54A 3CIBA 4FLGA 2HS1A 5DPZA 3VLAA 1ZBGA 1SDVA 1MEUA 2NPHA 5HVPA 2OHRA 4R5NA 3A2OA 3IVHA 2BJUA 2G1OA 2J9JA 2QHZA 3MSKA 3S7LA 1QBUA 5P82A 5P1ZA 4ZSQA 5ISKA 4Y4UA 5P4XA 3U71A 2G94A 4EXGA 5P28A 4Y3JA 2WEDA 5P7HA 4CPXA 3VCMA 3I6OA 5P6LA 4ZPGA 5OZ6A 4U7VA 5P41A 2SAMA 4IVSA 5COPA 5OZ3A 5P0TA 4DQEA 1IDAA 1A30A 5HU1A 2ZYEA 1HPVA 5P8HA 4CPUA 4DJQA 2P83A 2R8NA 1FG6C 5P0OA 3OHFA 5DR4A 4FS4A 3U6AA 5HE5A 4OBGA 5P06A 5P0DA 2JJIA 4AA9A 5P1VA 1G35A 3TPRA 3FKTA 4QJ8A 1EPQE 4DJUA 3K5DA 5P3SA 4GJCA 4Y3EA 4Y44A 4RGHA 1MTRA 4FCOA 5P7AA 5P20A 3K1WA 4J1EA 4XX3A 4PEPA 2I4VA 5P8NA 4Y5GA 2OHSA 4LAPA 3PGIA 3D20A 4FM6A 5P1BA 3O9FA 5EZXA 2F81A 3AIDA 2FDEA 1APWE 5OZAA 4APRE 3DM6A 5HE4A 4YD3A 2VJ7A 5P6JA 4NJVA 5SXNA 3R1GB 4RVJA 4YDFA 4I0JA 4XX4A 3SM2A 4XXSA 8HVPA 1D4YA 3I2LA 5P7KA 4EPJA 1EPPE 2QMPA 3C9XA 4NPUA 5P32A 4CMSA 1UH9A 4ZSMA 3LPKA 1YX9A 3OXWA 5P7NA 1YTGA 5P3KA 2AZ8A 3VLBA 5P0HA 3S56A 2MIPA 5P08A 1RL8A 2AOHA 5P7QA 2UXZA 3LIYA 3KMYA 4J1FA 4J1CA 1KZKA 2ZDZA 3T3CA 2QNQA 2RENA 3NR6A 5P87A 2G1RA 1HTEA 5P45A 2FXEA 5P4TA 4ZLSA 5OZOA 5P4IA 4DQBA 2B8LA 3QRSA 1T6EX 2V0ZC 3LITA 3OWNA 5P73A 2J9JB 2AVVA 2QI5A 4Y56A 5P4KA 3EKQA 3IXOA 5I3YA 1W5VA 1LZQA 1XN2A 3I7EA 3EKVA 1RV7A 5P14A 3MWSA 1FMUA 3EM3A 5JFUA 4JOOA 5P62A 1PROA 3GI0A 3BUGA 4J17A 2QI4A 3O9DA 3SACA 1Z1RA 3CICA 4PZXA 1HTFA 3HLOA 5F01A 4F76A 5P1UA 1FF0C 1BVGA 3RTMA 2G24A 5P77A 5P2BA 1A94A 4Y4XA 4M8XA 1ZSRA 5P11A 5P40A 1ZJ7A 2G69A 3GI5A 1MSMA 5P8TA 3LINA 2HB4A 3O9LA 4DFGA 4KUPA 4LXMA 1AXAA 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3O9LB 5P47A 4R8YA 4I0FA 5P8LA 5DR3A 5P89A 2VIJA 5AH9A 1APVE 1LV1A 3EBZA 4H3IA 5P6FA 5OZHA 1ODXA 5P42A 4PYVA 2OF0A 4RCDA 5AGZA 4YD6A 1HBVA 3IXKA 1CMSA 5P6NA 4D8CA 2AOEA 1AVFA 3GI6A 5P0EA 2VA5A 5P1QA 5P5PA 4E43A 2P3AA 4GJ8A 5DR1A 1FQ8A 2QI7A 3NU9A 2QZLA 2PSUA 5P07A 4Y5EA 5P2FA 1HVSA 5HTZA 4ZPEA 1Z1HA 2FLEA 4Z4XA 3NUJA 5P7BA 3EMYA 5P7VA 2VA7A 4HDFA 3ZPSA 3TKGA 4FRKA 3VFAA 3UHLA 5P37A 3WSJA 3HVGA 4Q1WA 3TPLA 1MT9A 1VIKA 1M43A 4S1GA 4ZPFA 4AZYA 4N00A 5I3XA 5KOSA 2R9BA 2BQVA 2QU2A 5P70A 4DPFA 5P2XA 4FE6A 4L7JA 5P8FA 5P39A 1XN3A 4FGXA 3N3IA 1HVLA 2WF4A 4DJYA 3OUDA 1T6GA 4DJOA 3EM6A 4PPHA 1SIVA 2B7ZA 3PB5A 2OAHA 2QCIA 3CYXA 1KJHA 4ZSPA 1IBQA 2ANLA 3AUPA 1BXQA 4RROA 5DR8A 1D4HA 3TPJA 3DJKA 2NXMA 5P8MA 2I4DA 1FQ6A 4I10A 5P5NA 3OUBA 5P4EA 3T6IA 1BVEA 4Y3WA 4HLAA 5OYXA 4D85A 1YM4A 3PM4A 3HBOA 3SA3A 2NMYA 4OBDA 4EXHA 5P3FA 2WF0A 5P3MA 5P88A 5P2JA 5P4BA 1T7IA 5OZ9A 4Y3YA 2F3EA 4OBJA 4B05A 5P3CA 5P49A 1GNOA 5OZYA 2QZKA 5OZSA 3S45A 1ME6A 2QHYA 4LBTA 1PPLE 5P63A 5DGWA 5P8RA 2HB2A 5P6AA 4DJVA 1HWRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CEN A;  5KQY A;  3L59 A;  2ZJI A;  3OGQ A;  5P79 A;  5P18 A;  5P4W A;  3FNU A;  2Q3K A;  1HHP A;  4J55 A;  3GGU A;  5P4Q A;  1APT E;  3S43 B;  5P0Q A;  5P2S A;  1CZI E;  2AVO A;  4Y3R A;  4FAE A;  5P0W A;  2Q55 A;  4OD9 A;  3NDW A;  5P8J A;  2XFJ A;  5P1D A;  3ZKX A;  5P0P A;  1C70 A;  5P8D A;  2Q15 A;  3CKR A;  5SY3 A;  2R38 A;  4DV9 A;  2J9K A;  1XS7 D;  2BPZ A;  1EBZ A;  4HDP A;  4D89 A;  4ZE6 A;  4K9H A;  3TNE A;  3UDN A;  3ZKM A;  4BEL A;  4YDG A;  1FGC C;  3PCW A;  4DJW A;  3VUC A;  4YOB A;  1KJG A;  5P1X A;  1EPM E;  1XL5 A;  2PWR A;  1AZ5 A;  1UH7 A;  4CPT A;  3OQK A;  4OBZ A;  5KR0 A;  1HEF E;  5AHA A;  1AAQ A;  3HDK A;  5P1A A;  4Y50 A;  3PSY A;  5P0L A;  2P3B A;  5P25 A;  4YE3 A;  1AM5 A;  1SIP A;  3SA9 A;  5P7S A;  3BVA A;  5AH6 A;  5P2T A;  1EC1 A;  4Y3Z A;  3Q6Y A;  2PQZ A;  3JVW A;  3APR E;  5P74 A;  4Y5P A;  1FLH A;  1HVI A;  2IKU A;  3PWM A;  3KT2 A;  4R93 A;  3IXJ A;  5DQ5 A;  3QRM A;  5P4M A;  5P0S A;  5P6W A;  2XFK A;  5P16 A;  4AUC A;  5P6I A;  4J1I A;  4GYE A;  2BPV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2IQGA

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