2IS0A

Crystal structure of human beta-secretase complexed with inhibitor
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
391
structure length
379
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of oxadiazoyl tertiary carbinamine inhibitors of beta-secretase (BACE-1).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 379
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2006-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2is0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2is0A02
2IENA 3OXVA 5P33A 2QI5A 1YM2A 3NU3A 3APPA 5DR8A 1K2CA 4Y38A 3EXOA 5P73A 1FFFC 3H0BA 5P43A 3L3AA 4EQ0A 4K9HA 5P0SA 5P6ZA 3OAGA 1AJXA 2WKZA 4MC2A 3DOXA 2APRA 1B6LA 5OZ1A 2VA6A 3KFSA 3APRE 2WF2A 1MT9A 5KOSA 1HIVA 4J17A 1CMSA 1GVTA 4JECA 1OD1A 2BPVA 1HEGE 4AUCA 5I3XA 3OU1B 3GI6A 4Y9WA 4L7GA 2AOHA 5P7PA 4FCOA 4GJ5A 5OZRA 1OEWA 1MUIA 5DR1A 1QBUA 5P81A 4F76A 4Y35A 2I4WA 2QI4A 3NDUA 3EKWA 1Z1RA 3GI5A 1LYBA 3S2OA 1TSUA 2I4QA 5TOLA 2BPXA 2R9BA 1SIPA 5P56A 4OBDA 5P4HA 5HDUA 1A8GA 1EBZA 5OZLA 1W5VA 2QZXA 3K5CA 3O9IA 2V10C 4DJUA 3SQFA 2RMPA 3OUDB 3HVPA 2WF0A 5P5VA 1T7IA 5OZUA 5HCOA 5IVTA 5P0BA 4XX3A 2ZJLA 1IZHA 2RKGA 2J9JA 2B60A 4DQCA 5P2KA 1C70A 3URLA 4H3GA 3QROA 2PYNA 2MIPA 3QIHA 1IIQA 2FGUA 1CZIE 2I4XA 3UDPA 5P6MA 1C6YA 1AIDA 5P7QA 5P1LA 3CIBA 3HBOA 3TPRA 2QMDA 3AIDA 3NU5A 3WSJA 2PSUA 4DJRA 2XYEA 5P3ZA 3K5DA 3VG1A 2FS4A 5P8IA 3ST5A 4LXAA 3CKRA 2I0DA 3I7EA 5P6KA 5IVQA 1META 5P5MA 1FQ6A 3KYRA 3NDXA 2WF4A 1SIVA 5P5BA 3GGAA 3O9EA 3PCWA 1IDAA 4R95A 3RSVA 4OBHA 5P3OA 5P4VA 5P24A 5P3YA 1EC1A 2BKSA 5P4WA 2B8VA 5P7WA 5OZBA 5P3WA 5SY2A 2VS2A 3GI0A 3T11A 2ZJHA 3NU4A 5ER2E 4HDFA 6UPJA 1ER8E 5AH9A 5P87A 4YCYA 1YTHA 3NXNA 3D1ZA 1B6KA 4Q1XA 4QLHA 3IA9A 2QHCA 2P3AA 5P49A 1ZTZA 3SPKA 5T4SA 5P2OA 5P0HA 3JVYA 4Y3QA 1EC2A 5AH7A 2G27A 1FIVA 4RYCA 3N4LA 5P6DA 2G1SA 5OZCA 1SBGA 5OZVA 5P6BA 4J0YA 5P5AA 5P2EA 1SDUA 2ASIA 5P8GA 4DJQA 3QBHA 4HA5A 4Y54A 5P6VA 4KE0A 4X2LA 1K6VA 5DPZA 3EC0A 5P25A 1OEXA 2HB3A 1QBSA 5P5IA 1YG9A 3BC4A 5P7VA 5P4OA 4B77A 5P1SA 3FNTA 5P8RA 5OZ3A 3SO9A 5P54A 2HB2A 3O9CA 4LAPA 5P69A 5P26A 3ZKNA 4YDFA 3NSHA 5P18A 5P4TA 2H6TA 4QJAA 3SLZA 1BVEA 4EXHA 1ZPKA 4TVGA 2I4UA 4CPSA 3UCBA 3MSLA 1PSOE 2AZCA 5P1VA 2AOEA 3UQPA 3T3CA 3KM4A 5P5DA 5P3RA 3IVIA 5P3AA 5APRE 4KE1A 3OGPA 5P2GA 5P1JA 5P5ZA 4D85A 3QVCA 3DV5A 1QRPE 5HE4A 5P2IA 2Q15A 3UDQA 2F3FA 4B0QA 3I25A 4ZSPA 2Z4OA 5P53A 1XL5A 5P4DA 4Y3WA 5KR8A 5P15A 3S43A 4RVXA 4QJ6A 5OZWA 4HEGA 4B72A 2IKOA 5P2YA 4R93A 1K6CA 1T3RA 3SA4A 4GYEA 4Y3TA 4E43A 3L5DA 1UH8A 1XDHA 5P1WA 2AZ8A 4YD3A 4ZSRA 3OXCA 3SA6A 5HCTA 1LZQA 5P8SA 5HE5A 1D4YA 4L6BA 4Y3FA 2VJ6A 3PM4A 1FQ5A 1EBKC 4GZFA 3ZKQA 2G21A 4I1CA 4FM7A 4COEA 2QZWA 4LHHA 3PWWA 4DQGA 4GIDA 5OYWA 1E81E 2QZKA 2WF3A 1RNEA 4F73A 5P40A 4NJTA 4OBZA 1FQ4A 3LZUA 4OBJA 2JXRA 5DGWA 3EL1A 5P6JA 2BJUA 3O9HA 2QI0A 1B6MA 4GJ7A 5P3QA 2I0AA 4X7IA 4J0TA 3UDKA 3U6AA 4YOBA 5OZGA 3OHFA 4S1GA 5B18A 5OZ2A 5P3DA 2G24A 4RROA 4Q1YA 4PYVA 5ENKA 1SDTA 1ODXA 3NDWA 5P41A 5P5GA 4OBKA 3GGXA 5OZNA 4Y4XA 5P7GA 4B00A 2P4JA 4J1HA 2FNSA 2NNPA 5OZ9A 3WB4A 3EKVA 3LIQA 5IVSA 3BVAA 2P8HA 1BBSA 3DUYA 3U7SA 1LF3A 2ZGAA 3DK1A 3VLAA 1B5FB 2ER0E 2J9KA 5P6GA 5P1TA 2R3WA 5P2LA 4RCDA 3NWQA 2OAHA 3LITA 1Q9PA 5P5PA 3WZ8A 4I0ZA 3OXXA 5OZ4A 1NPVA 5P83A 1G35A 3TKGA 5P51A 3PLDA 4L1AA 2OHUA 1HEFE 5P3TA 2NMZA 5P7BA 1BDRA 3D1YA 2BPZA 3LINA 3S53A 4DQHA 1MERA 5KAOA 4ZPEA 5P55A 3PSGA 4QJ8A 3BUFA 4J1KA 5AHAA 5ER1E 4DJYA 5P2HA 2ANLA 2QAKA 4H3JA 2AOGA 1IZEA 2R8NA 5P1NA 1CPIA 5C9FA 1MIQA 3EMYA 3KT2A 4FRKA 2BBBA 3LIVA 5P4NA 2G1NA 1QDMA 3BXSA 4ACXA 2I1AA 2FDDA 1BAIA 5DQ4A 2WF1A 3OTSA 2B7ZA 3IXOA 1LYWB 4FRIA 5P85A 1EC3A 1BDLA 5F00A 1HVSA 1DP5A 5P2SA 5P8JA 1KJHA 5P2QA 3KDDA 4A6BA 2Q3KA 3SKGA 4IVTA 3PSYA 5JG1A 5P74A 4Y3HA 4A4QA 5P3GA 1GVVA 3D20A 5KQXA 5CLMA 1UPJA 1T7JA 3EKPA 4Y45A 5COKA 4BFDA 2NMYA 2R38A 4U8WA 4DQBA 2PWCA 3HVGA 5P32A 3K4VA 3HLOA 1EPRE 4R8YA 3PSUA 2I4DA 4OD9B 5P6QA 1MPPA 4LL3A 4DQEA 2IGYA 5DQCA 5DR4A 5P3UA 2WHHA 4Y3DA 3RTNA 3EBZA 4AA8A 3AUPA 5P70A 4GJ9A 2P83A 3WB5A 5OYSA 1ODWA 3ZPUA 4R91A 1W5XA 3S54A 2WJOA 5P1RA 4A6CA 4RGHA 4YD4A 1APVE 3OOZA 4YD6A 5P7IA 5P0OA 4Q1WA 1HRNA 5P7YA 1ZP8A 4EJKA 4WTUA 3G72A 1WBKA 5P04A 4OC6A 5P5JA 4Y3MA 5OZTA 3NR6A 5P63A 4D8CA 5P3NA 5P5TA 3S8IA 3N3IA 1HSGA 4YBFA 5P75A 5P84A 4NPTA 2PMAA 4TRWA 3UQRA 1HBVA 3WZ7A 3KA2A 2FDPA 4J0ZA 5P1XA 4ZSQA 4EP3A 3PJ6A 1BV9A 2AVOA 5OZAA 2XYFA 2XFKA 3PWRA 5P1KA 4GJCA 4Y56A 3NUOA 2ZDZA 1YT9A 1MVPA 5P8VA 1T6GA 5P88A 2BKTA 2R5QA 3NU6A 4NJUA 2VJ7A 2I4VA 4NJVA 2OHNA 4I0JA 2B7FA 2V11C 5I3WA 1WKRA 1RL8A 4APEA 3URJA 3BGBA 4LP9A 3EM3A 4CPUA 3Q6YA 1FB7A 2ER9E 3MXEA 4Y47A 2H6SA 4Y4JA 3SM2A 3LIXA 5P6TA 5P7CA 5P3MA 1HPVA 3VEUA 5P77A 1B6PA 2Z54A 3O99A 1TW7A 5OZQA 5P7JA 2HPEA 5P4KA 3ZKXA 1M0BA 1BILA 2JYSA 1D4KA 4LC7A 4XX4A 2ZJIA 3NYGA 4Y4AA 5P5HA 5P46A 1HTEA 5KQFA 2QMPA 4I12A 5P1DA 3FIVA 1MESA 3D1XA 3KMXA 4R5NA 4RRNA 1HVRA 4LBTA 5P00A 1W6IA 5P4UA 3QI1A 1MSMA 5P5CA 1LYAA 2QP8A 4Y5LA 3MXDA 1EPOE 5AH6A 4D88A 3M9FA 5PEPA 1T7KA 2WL0A 3DM6A 4TRYA 3SFCA 2P3CA 4K4QA 4Y5AA 3PB5A 4DPFA 3NXEA 4FM8A 2VA5A 5P0ZA 5P39A 3VSWA 4ZEAA 5P3EA 1NPWA 1IZDA 1SMRA 1QS8A 5P6IA 1D4JA 2ZJKA 2V00A 3ER5E 1EPPE 5P44A 1TQFA 3UTLA 1HVHA 3GGUA 3EL0A 5P17A 5P0GA 2QI6A 5P4JA 2EWYA 1E82E 1HIHA 1MT7A 4GJ8A 3QN8A 3DCRA 3PGIA 4Z50A 5P7AA 3LZSA 5P8HA 1FFIC 3LIYA 5P3SA 1B6JA 1HWRA 1J71A 2IGXA 3MSKA 5OZYA 4Y41A 4ER4E 1PROA 3VV7A 4WY6A 5C9DA 3R4BA 5E5JA 3O9LB 4ZSMA 5P0UA 3L5BA 3VUCA 4DPIA 5OZHA 2PWRA 5P20A 2QHYA 3TOGA 4GJ6A 3RU1A 2HAHA 2F3EA 2FDEA 5P5NA 5P2TA 4EJ8A 5OZMA 1DPJA 1ODYA 3OADB 3OUAA 4CMSA 1UH9A 2RSPA 4FAEA 4Y39A 3OQAA 5P8AA 4TVHA 5P65A 5P89A 5P7OA 5P2WA 2R3TA 5P4LA 5P3CA 4Z22A 4I8ZA 3JW2A 2P3DA 3PBDA 2P3BA 3LIZA 2ER7E 3SM1A 5P16A 2PYMA 5P6RA 5P3LA 5I70A 5P48A 2WEDA 3FNUA 5I3VA 2QNQA 5OYQA 3CKPA 4BFBA 1YM4A 4PZWA 4K8SA 2HM1A 3KFNA 3EKQA 1EEDP 3R0WA 1PSAA 4Y3JA 5OZSA 1PFZA 3HW1A 4YE3A 4WY1A 5P1FA 1AVFA 3VV6A 5P3PA 1TZSA 4K4PA 2QI7A 5P1UA 3BUHA 5KQYA 1HTGA 5P7ZA 2WECA 3FKTA 5HDXA 5P58A 3VYEA 3UDMA 1ZLFA 1HVCA 3IXJA 4TRZA 4FIVA 4NJSA 5OZXA 5P5FA 5P0YA 3OHHA 2ZHVA 3OAGB 1HXWA 2NPHA 2Q5KA 4J5JA 2NXLA 2AODA 3TPLA 2HB4A 3S7LA 3DV1A 1K6PA 2B8LA 3KMYA 4DJPA 5P50A 5P4ZA 5P09A 4OBGA 1GKTA 5P1IA 3MWSA 1JLDA 2XFIA 2IRZA 4Y4GA 5EZZA 1IVQA 3SA8A 2QI1A 3L5EA 1AXAA 5P7UA 5P0CA 4FRSA 4RYGA 1A94A 1BWAA 4Y3SA 2V12C 5P8OA 4GMIA 3BRAA 2CEJA 1LYBB 1YTJA 1PPKE 5OZZA 3EL9A 5P2XA 3PRSA 3TKWA 4F75A 4FLGA 1GVWA 4Z2ZA 3ECGA 1PPME 3D3TA 5DQ2A 1ME6A 4DJVA 3VV8A 3PI0A 1MSNA 4I11A 1HHPA 1OHRA 5P29A 4MC1A 1BVGA 2O4KA 3KF0A 4K4RA 4RCFA 3VF5A 3GGVA 2QNNA 2V0ZC 4B1CA 4DI2A 4I0EA 1RPIA 3BHEA 4B70A 4J0VA 2IS0A 2J9JB 4ZE6A 4EXGA 4FSEA 1HVLA 3ZKIA 1E5OE 1T6EX 3QRMA 3UFNA 1SGZA 2BPWA 3PLLA 4QJ9A 3VYFA 4YBIA 4Y51A 4YCTA 1EPQE 3OQ7A 3PHVA 1SGUA 3RSXA 4OBFA 5P80A 1APUE 5P68A 5P27A 4Y3GA 3EKYA 5DR3A 4ZPFA 3Q4BA 1LF4A 3EM4A 2ZJMA 3UDJA 4EP2A 1XS7D 5P2DA 1GVUA 5P4RA 3OU1A 5P4MA 2HC0A 3F9QA 1A30A 5JFUA 4DUSA 3UDRA 1G6LA 4I0HA 4N00A 5P0FA 3IXKA 5P4YA 5P5KA 1MEUA 4KUPA 2O40A 3OU3A 1FG8C 5P0NA 5HE7A 1W5YA 3T7XA 3B7VA 4UPJA 5P62A 1BV7A 2G22A 3VFAA 2G1RA 4DJXA 3B80A 5P5SA 4FL8A 3ZLQA 4M8XA 1FMXA 2O4NA 5P19A 3QAAA 3K4VC 2BQVA 3OUDA 5ISJA 3UPJA 5HVPA 1AM5A 3RVIA 5P8PA 3WZ6A 3FX5A 1D4LA 2ZHTA 3TPJA 4BELA 2IEOA 3DJKA 4JP9A 5KR2A 4B78A 2QCIA 4U7VA 3SACA 1DW6C 2BB9A 1U8GA 5P7NA 5P86A 2FLEA 3TLHA 4BEKA 4JPEA 3UHLA 4Y3NA 3L38A 5C9BA 5KQZA 2V13A 1HSIA 5P8TA 3NWXA 3OWNA 3Q3TA 2XFJA 4ER2E 5P1BA 3SAAA 4NKKA 3TNEA 3C9XA 3MSJA 1MRWA 5P0XA 4GJDA 4EJLA 1LS5A 4H3FA 3VSXA 2FMBA 2FIVA 4YD5A 4RLDA 5P1YA 3CMSA 1EAGA 1BWBA 4EYRA 4HVPA 5P6PA 1XL2A 4Z4XA 5P8FA 3INHA 4ZIPA 3KN0A 5P76A 1RV7A 4YA8A 3UQXA 5P1GA 5P0JA 3IAWA 1FMBA 4QGIA 3UDYA 3A2OA 3OTYA 4RVIA 2AVVA 5P31A 2VNNA 3R0YA 4RCEA 2OHLA 4PPHA 5DQ1A 4Y50A 4CPQA 2AOJA 3OOTA 4B05A 3QPJA 5KOQA 3SA9A 3EKXA 4Y4ZA 2HS1A 3SA5A 5P45A 4Y3PA 3LPIA 4HE9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IEN A;  3OXV A;  5P33 A;  2QI5 A;  1YM2 A;  3NU3 A;  3APP A;  5DR8 A;  1K2C A;  4Y38 A;  3EXO A;  5P73 A;  1FFF C;  3H0B A;  5P43 A;  3L3A A;  4EQ0 A;  4K9H A;  5P0S A;  5P6Z A;  3OAG A;  1AJX A;  2WKZ A;  4MC2 A;  3DOX A;  2APR A;  1B6L A;  5OZ1 A;  2VA6 A;  3KFS A;  3APR E;  2WF2 A;  1MT9 A;  5KOS A;  1HIV A;  4J17 A;  1CMS A;  1GVT A;  4JEC A;  1OD1 A;  2BPV A;  1HEG E;  4AUC A;  5I3X A;  3OU1 B;  3GI6 A;  4Y9W A;  4L7G A;  2AOH A;  5P7P A;  4FCO A;  4GJ5 A;  5OZR A;  1OEW A;  1MUI A;  5DR1 A;  1QBU A;  5P81 A;  4F76 A;  4Y35 A;  2I4W A;  2QI4 A;  3NDU A;  3EKW A;  1Z1R A;  3GI5 A;  1LYB A;  3S2O A;  1TSU A;  2I4Q A;  5TOL A;  2BPX A;  2R9B A;  1SIP A;  5P56 A;  4OBD A;  5P4H A;  5HDU A;  1A8G A;  1EBZ A;  5OZL A;  1W5V A;  2QZX A;  3K5C A;  3O9I A;  2V10 C;  4DJU A;  3SQF A;  2RMP A;  3OUD B;  3HVP A;  2WF0 A;  5P5V A;  1T7I A;  5OZU A;  5HCO A;  5IVT A;  5P0B A;  4XX3 A;  2ZJL A;  1IZH A;  2RKG A;  2J9J A;  2B60 A;  4DQC A;  5P2K A;  1C70 A;  3URL A;  4H3G A;  3QRO A;  2PYN A;  2MIP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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