2J9JA

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease complexed with inhibitor jg-365
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights from Atomic-Resolution X-Ray Structures of Chemically Synthesized HIV-1 Protease in Complex with Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 15
structure length 94
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2j9jA00
4Z50A 5P4UA 2HB3A 3SM2A 4ZPEA 5ER2E 5AHCA 1EPPE 2AZBA 3LIQA 1D4SA 3KN0A 3QPJA 1HTEA 4Y5LA 4Y5KA 4U7VA 5OZTA 4RRNA 5P45A 5P8CA 1T3RA 1SMRA 2ZGAA 5OZAA 3UTLA 1HVSA 5P07A 5P7WA 3EL1A 3TL9A 3NU5A 5P69A 1SGZA 3KDDA 1APWE 5P8EA 3IVHA 3VSWA 3UDKA 3EC0A 3PM4A 5P5HA 3D20A 5P01A 1RQ9A 5OZFA 5P6PA 5P6NA 3URJA 1D4LA 4Y4XA 3RTMA 1GVWA 4YD3A 4Y4TA 3OUAA 4B77A 1SGUA 5DR4A 4EP2A 2V0ZC 2QZLA 1E80E 4Y37A 3ZKNA 1ZPAA 2G27A 3VUCA 5P6SA 1BDQA 3D91A 2XFJA 2FXEA 2OHKA 5P39A 1DAZC 2HS1A 5P0GA 1TQFA 5OZXA 1HIHA 2V13A 1BBSA 5HDXA 1ZJ7A 5P0LA 3CMSA 3S43B 5P34A 2HAHA 4GJAA 1FGCC 1LV1A 1UH7A 4OC6B 2QK5A 4Y3ZA 1RPIA 2Q5KA 2ZJJA 1MPPA 1HPVA 5P1ZA 2UPJA 5P67A 5P8JA 5PEPA 2QHYA 1JLDA 5P2CA 5P6FA 4N00A 5P6RA 4NJUA 5P1KA 2QNNA 1EC1A 1LYAA 4RCDA 2AZCA 5OYRA 1K6PA 3TKWA 5P8SA 2AVOA 5ISKA 3VYFA 2V11C 3UFLA 4GMIA 4Y4AA 5P72A 2AOCA 3BXRA 5P6EA 3UDHA 5P0VA 3G72A 5P4ZA 2RSPA 3NU9A 5OZ7A 4DJPA 5DQ5A 3EM6A 5KOQA 3D3TA 3VEUA 5P7JA 3PMYA 5EZXA 3S45A 3OQFA 3L5FA 3PB5A 5EZZA 3WB4A 2HC0A 1HVHA 4K9HA 2AZ9A 5OZ5A 5P76A 5HU1A 5P3OA 4JP9A 5OZ3A 4B78A 1FMUA 3QROA 5P46A 5P2MA 3ZPSA 1U8GA 4RVIA 1MERA 3OK9A 4GJ6A 3MXEA 5P1BA 2V10C 5P8QA 3KDBA 5P16A 4Y47A 5P0EA 2QI4A 1BV7A 1GNNA 3K4VC 5OZOA 3SPKA 5P4KA 5C9FA 1C6XA 3OADB 4J55A 3O9EA 4Y5GA 4CPSA 5P0TA 1WBKA 1IIQA 1XE5A 5P4HA 5P8RA 2QI5A 1DIFA 2PK6A 3EL5A 3UDJA 1B6LA 3R4BA 5P5VA 3NWQA 3LZUA 5OYUA 3BUHA 5HVPA 5P48A 2Q3KA 1YM2A 1IBQA 3GI4A 5AHAA 2QP8A 3EKQA 3OY4A 1RV7A 2PSUA 1EPQE 5P4GA 3M9FA 5P7HA 1TSUA 1AXAA 3C9XA 2ZJNA 3WZ7A 1ZLFA 2I4WA 3SABA 1FB7A 1EPME 4B05A 5P8KA 2AOIA 5P6QA 1GNOA 5P14A 4L1AA 4D83A 5P03A 4B00A 5P2BA 4FL8A 4FLGA 1W5XA 3WZ8A 4I10A 2A1EA 4H1EA 4I12A 5P18A 3GW5A 4OD9A 5P5PA 5HU0A 5DPZA 1YG9A 2V16C 4HLAA 2CEJA 4YDFA 2WF0A 2G69A 1T6GA 4PPHA 5OZMA 1EBKC 1YTJA 4ER4E 2IGXA 1IVQA 3OGPA 5P5MA 3R0YA 2VJ7A 4EXHA 3NSHA 2UXZA 4RRSA 4Y3RA 4DJRA 3TPJA 1F34A 3BUGA 3ST5A 5OZ2A 5OZNA 1XE6A 2FDPA 4GYEA 5P5JA 4H3JA 2ANLA 4U7QA 5P5CA 2B7ZA 3DOXA 5P5AA 4J1EA 3APRE 2VA6A 3TOGA 5P43A 5TOLA 2QU2A 2ZE1A 1YTGA 4QJAA 5P02A 2FNTA 5COOA 4MC6A 5SXNA 3O9GA 2FLEA 4J0VA 5P8IA 5P2RA 5P3JA 5OZEA 5P5TA 2ZJIA 3HBOA 5P2EA 2VIYA 3NDXA 5P61A 5ENKA 4GJ9A 1LF2A 5SZ9A 5P0WA 1K6VA 3ZPTA 1G2KA 4ZLSA 3WZ6A 5P38A 3ZKQA 3K5CA 2FMBA 4GJBA 2O4KA 5DR0A 2OAHA 3EM4A 5KOSA 4Y39A 4ZSPA 5P2VA 5P2GA 1PPLE 4YDGA 1E5OE 4Y35A 4Y4JA 5P2IA 2HIZA 5P19A 4F76A 4PZXA 5P5XA 3AIDA 5P6XA 5KR8A 3ER3E 3O9BA 5P04A 3PBZA 5P3AA 3D1XA 5P1OA 5P1SA 2IDWA 3PLLA 2P83A 2APRA 2G1RA 3ER5E 3GGAA 3L3AA 5P1VA 3VF5A 4Y5EA 4Z4XA 1HPXA 1T6EX 2RKFA 4Q1WA 3SA4A 2IEOA 3EMYA 3WB5A 1B5FA 4X7IA 4Y3SA 5OYTA 4DFGA 2FXDA 2QHZA 2P3AA 1W5WA 5AGZA 3QN8A 4D89A 5DQ4A 3EKTA 5P6WA 3HDKA 4A6BA 2QNQA 3OUDB 5P1EA 2F8GA 1LYWB 3I25A 2QCIA 4FIVA 5P7XA 4Y5CA 1QBTA 5P5ZA 5P59A 5P7YA 5P5EA 3IAWA 5I3YA 3S7LA 5P7MA 1HTRB 2IRZA 3QBHA 5P29A 1AJVA 3RU1A 4Y6MA 5P5GA 2AOEA 2FDEA 4GJDA 2G26A 5P2SA 5P7QA 5OYYA 1A9MA 1PFZA 5P1MA 5P1RA 5P25A 5I3XA 2WL0A 5P79A 2QI6A 4AA8A 1BDRA 1G6LA 1XS7D 5OZKA 2P3DA 2ZDZA 3QVCA 5P62A 5P5OA 4I8ZA 5OZIA 5P22A 5P5SA 1NSOA 4FRSA 1FF0C 5DQ1A 2IL2A 4HEGA 4CKUA 3AUPA 1MSNA 2BPYA 4I8WA 1RNEA 4I1CA 5P3DA 5P5LA 3BRAA 3OAGA 2FGVA 2XYFA 5OYWA 3DV5A 3UQRA 5P49A 6UPJA 5HE5A 3IA9A 5P3MA 1APVE 3KT5A 2ZHUA 2F3FA 2AOHA 1K2BA 2BQVA 3CICA 1EC0A 5P6AA 3S54A 1B6KA 5P7PA 5P8UA 3RSXA 4EXGA 1MT7A 5KQZA 3JW2A 5P8PA 1GVTA 1HPOA 4DJXA 2P4JA 2F3EA 1N49A 4F73A 5P30A 2Z54A 3KFNA 4RCFA 3FNSA 4DQBA 5P23A 1KZKA 4I11A 2P3BA 3SO9A 5P17A 4YOBA 3PWRA 5P7EA 5OZDA 1SH9A 4DJVA 1OHRA 5CONA 3OXXA 3CKTA 4GB2A 3L5DA 3OQAA 1QS8A 5AH7A 2F81A 4PHVA 3UQXA 1FMBA 1K6CA 3U7SA 3IVIA 1PPME 3TOHA 5OZPA 3QI1A 1W6HA 2JJIA 5P8LA 3NDWA 5OZGA 4DV9A 5P78A 1YT9A 3O9FA 4NPUA 2VA7A 5P0HA 4ACXA 1C70A 2B8LA 5OZHA 4EQ0A 4WTUA 5P3LA 1HVIA 4AZYA 4DH6A 3NUJA 5COPA 5P15A 4RGHA 5P74A 4RYCA 3TPRA 3OXWA 1EPOE 4Y56A 4EJLA 4XX4A 5P2OA 3NU3A 4XX3A 3OUBA 2IENA 4Y3HA 5P65A 3UDQA 4HDPA 5P0UA 3R2FA 3RSVA 7HVPA 5P4NA 2WECA 2NPHA 4BFBA 1HVKA 1TCWA 5DGWA 5OZVA 5P87A 1META 3DK1A 4Q5MA 1MIQA 2WEDA 3L38A 3TPLA 3S43A 3OQDA 2QD8A 5P27A 4NJVA 3QVIA 3Q6YA 4YCKA 2NTRA 3MSKA 3S85A 1ODXA 1QBSA 4ER2E 5P7GA 5KQYA 5P4LA 3I7EA 2BPXA 2RKGA 3L5BA 4EHCA 4I0FA 1BIMA 4R8YA 4Y53A 4Y58A 5P12A 2ER9E 1LF4A 2V12C 2QZKA 8HVPA 5P5WA 5P7FA 3PSUA 3VLBA 3SAAA 5IVRA 2OHQA 5DR3A 3IXKA 3LZYA 2PWCA 4YBIA 1AM5A 1MVPA 3EL9A 3PCWA 5P2QA 2G1SA 4YHQA 5P7OA 5P56A 4Y4WA 1FQXA 1BILA 3CKRA 1BWBA 1ZTZA 4QJ9A 3PEPA 4Q1XA 5BS4A 3FV3A 3OXVA 2QI3A 2AOJA 5JFUA 5P3EA 1GVUA 4ZPFA 2OHTA 4FM7A 3BGBA 1EPLE 5E5KA 4YE3A 3EKYA 2WF2A 5P3RA 4Y3AA 3ZL7A 2UY0A 4Y3FA 2R43A 4J5JA 3TKGA 4Y3DA 2WF3A 2WF1A 3LPJA 4M8YA 5FIVA 4PZWA 3K5DA 1TW7A 5F01A 3QRSA 1NPVA 3PMUA 3KMXA 5P0DA 2F80A 5P3VA 4FSEA 1HBVA 4EJDA 5IS4A 5P0MA 3SACA 3S8IA 1D4HA 1FG8C 3OU1B 2EWYA 3UDYA 3OADA 5KQXA 5T4SA 5P40A 1DMPA 2BPVA 5P8NA 5P6DA 1FQ7A 5P70A 2BJUA 4Z2ZA 2XYEA 1FG6C 3ECGA 2VNMA 2AOGA 5HCOA 5P82A 5P6OA 4XKXA 2Q15A 3EL0A 1W51A 1C6ZA 3BC4A 5P3XA 1LF3A 4HDBA 5P20A 1VIKA 2BBBA 1IZIA 2QI0A 1HVRA 1HSHA 3HW1A 3D1YA 3UQUA 4MC1A 4Y4GA 1FLHA 2QMFA 1AZ5A 4Y36A 4CP7A 4IVTA 3VLAA 1ODWA 3NUOA 5P2XA 3TH9A 2AVMA 4Y38A 5P5KA 5P6JA 3DCKA 1EBZA 5P50A 1G0VA 5P6BA 4Y9WA 5P2HA 4R92A 2G94A 5P8GA 3L59A 3BGCA 2HM1A 3QIHA 3QP0A 3HD8A 3VV8A 3SA3A 3L5EA 3Q3TA 3PJ6A 1A94A 3TOFA 4HE9A 4EPJA 3LINA 5P0OA 2I4VA 5P4EA 1SDUA 2J9JB 5P1PA 2BKTA 4YCTA 1IDAA 2FS4A 3S7MA 1EEDP 1BDLA 2ZHTA 4ER1E 1PSOE 5P8AA 3HZCA 5ISJA 3D1ZA 3T3CA 3PVKA 5P55A 4COEA 1HXBA 5APRE 2NNPA 5P2KA 5P6ZA 3IXOA 4ZEAA 5P6IA 4LHHA 5KAOA 4L7JA 5AH8A 3TPPA 1FQ4A 4YCYA 3CYXA 2XFIA 2WHHA 4J17A 2FGUA 1HIVA 4Y3XA 5HTZA 1TZSA 5P2NA 5OYQA 5P5QA 1HEFE 3UF3A 4Q1YA 5SY3A 4YD7A 2ZJKA 2SAMA 3FIVA 5P4SA 4HZTA 4DJWA 4J0YA 3QRVA 3PI5A 5P1IA 1WKRA 1HHPA 4Y45A 5P75A 4FSLA 3K1WA 1QBRA 4K4PA 4EYRA 5HDUA 2AIDA 4CPWA 2WKZA 3EXOA 3KFRA 1ZAPA 3TNEA 5IVTA 1BWAA 3EKXA 5P2JA 3ZKIA 5P1HA 4KB9A 2VS2A 1HTFA 3UDPA 3ZKGA 4Y3NA 3K5FA 5P6GA 1T7IA 3U6AA 3PWMA 3FNTA 2WF4A 3PHVA 1GKTA 5DR1A 2AZ8A 3H5BA 1EC3A 5P7DA 3BVBA 9HVPA 2PC0A 5P4OA 2FDDA 5P84A 4QJ8A 3Q4BA 4Y4EA 5P4AA 1YTHA 5JG1A 2ZJLA 4J0ZA 5HDVA 2HPEA 3BUFA 5P6CA 3UHLA 6APRE 3LZSA 2PSGA 5P6YA 3OUDA 3I2LA 3S2OA 4APRE 5P5FA 4EJKA 5P2FA 4I0JA 1LYWA 5P1LA 4OD9B 5P05A 1ZPKA 3FSMA 3T11A 5P8MA 4AA9A 4RVXA 1TSQA 5I3VA 3GI5A 3OHHA 2NXDA 2OHNA 5P13A 1FIVA 1EPNE 1UH8A 3T7QA 3SQFA 2IS0A 2NMZA 2NNKA 4TRYA 4IVSA 3NWXA 3ZOVA 3UDRA 5P0SA 4FRJA 3PCZA 5OZCA 5P85A 1NPWA 5P3GA 1GNMA 4J0PA 3ZKMA 3GGVA 3CYWA 3I8WA 3ZMGA 3Q70A 4Y3MA 4ACUA 1PSAA 1RL8A 4Y5PA 3OU4B 3UQPA 3INEA 2O40A 5OYXA 4CMSA 5P6MA 4Y3QA 5P4BA 3ZKSA 4Y51A 1QBUA 2G20A 4RYGA 5KR2A 1FEJC 5P53A 4GIDA 5OYSA 4FAEA 1KJHA 3KA2A 5IE1A 4L7HA 2I0AA 2MIPA 1XN2A 4I0IA 4TVHA 3LHGA 2QMGA 2IGYA 5OZQA 3UDNA 5P3UA 2R8NA 1SBGA 5B18A 5E5JA 1SP5A 5P3CA 2B8VA 5P7ZA 3DM6A 3IGBA 5P2YA 5P80A 4UPJA 4Y5BA 3VYEA 2QAKA 1A8KA 1LYBB 5F00A 2VJ6A 4J1CA 5P44A 5P5BA 3KFSA 1T7JA 4FRKA 4OBZB 3TLHA 2AODA 1FQ5A 4RCEA 4B1EA 1ZSFA 4Y3LA 4Z22A 1XL5A 4TRWA 2OHMA 4Y57A 3KYRA 2AVQA 2NR6A 3VF7A 4GJCA 3GI6A 5P3KA 4LAPA 1K2CA 2QD6A 5P0AA 3JVWA 4A4QA 3OUCA 3EM3A 2I4QA 2CENA 3RTHA 4DJQA 1MT8A 4ZPGA 5P63A 1BVGA 1FQ6A 2IKUA 1HPSA 1WBMA 5OZSA 1LZQA 5P0YA 3PRSA 3T7XA 5P4IA 4CPUA 3UCBA 5I3WA 3LITA 5J25A 3O9LB 4DQCA 5AH9A 1HOSA 3BXSA 1EC2A 3VCMA 3N4LA 4J1HA 2XFKA 1BV9A 6FIVA 3MSJA 2R5PA 2R3TA 3VG1A 4HDFA 2HPFA 1W5YA 5IVSA 5OZ1A 2OHLA 3ZKXA 1YTIA 1QRPE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z50 A;  5P4U A;  2HB3 A;  3SM2 A;  4ZPE A;  5ER2 E;  5AHC A;  1EPP E;  2AZB A;  3LIQ A;  1D4S A;  3KN0 A;  3QPJ A;  1HTE A;  4Y5L A;  4Y5K A;  4U7V A;  5OZT A;  4RRN A;  5P45 A;  5P8C A;  1T3R A;  1SMR A;  2ZGA A;  5OZA A;  3UTL A;  1HVS A;  5P07 A;  5P7W A;  3EL1 A;  3TL9 A;  3NU5 A;  5P69 A;  1SGZ A;  3KDD A;  1APW E;  5P8E A;  3IVH A;  3VSW A;  3UDK A;  3EC0 A;  3PM4 A;  5P5H A;  3D20 A;  5P01 A;  1RQ9 A;  5OZF A;  5P6P A;  5P6N A;  3URJ A;  1D4L A;  4Y4X A;  3RTM A;  1GVW A;  4YD3 A;  4Y4T A;  3OUA A;  4B77 A;  1SGU A;  5DR4 A;  4EP2 A;  2V0Z C;  2QZL A;  1E80 E;  4Y37 A;  3ZKN A;  1ZPA A;  2G27 A;  3VUC A;  5P6S A;  1BDQ A;  3D91 A;  2XFJ A;  2FXE A;  2OHK A;  5P39 A;  1DAZ C;  2HS1 A;  5P0G A;  1TQF A;  5OZX A;  1HIH A;  2V13 A;  1BBS A;  5HDX A;  1ZJ7 A;  5P0L A;  3CMS A;  3S43 B;  5P34 A;  2HAH A;  4GJA A;  1FGC C;  1LV1 A;  1UH7 A;  4OC6 B;  2QK5 A;  4Y3Z A;  1RPI A;  2Q5K A;  2ZJJ A;  1MPP A;  1HPV A;  5P1Z A;  2UPJ A;  5P67 A;  5P8J A;  5PEP A;  2QHY A;  1JLD A;  5P2C A;  5P6F A;  4N00 A;  5P6R A;  4NJU A;  5P1K A;  2QNN A;  1EC1 A;  1LYA A;  4RCD A;  2AZC A;  5OYR A;  1K6P A;  3TKW A;  5P8S A;  2AVO A;  5ISK A;  3VYF A;  2V11 C;  3UFL A;  4GMI A;  4Y4A A;  5P72 A;  2AOC A;  3BXR A;  5P6E A;  3UDH A;  5P0V A;  3G72 A;  5P4Z A;  2RSP A;  3NU9 A;  5OZ7 A;  4DJP A;  5DQ5 A;  3EM6 A;  5KOQ A;  3D3T A;  3VEU A;  5P7J A;  3PMY A;  5EZX A;  3S45 A;  3OQF A;  3L5F A;  3PB5 A;  5EZZ A;  3WB4 A;  2HC0 A;  1HVH A;  4K9H A;  2AZ9 A;  5OZ5 A;  5P76 A;  5HU1 A;  5P3O A;  4JP9 A;  5OZ3 A;  4B78 A;  1FMU A;  3QRO A;  5P46 A;  5P2M A;  3ZPS A;  1U8G A;  4RVI A;  1MER A;  3OK9 A;  4GJ6 A;  3MXE A;  5P1B A;  2V10 C;  5P8Q A;  3KDB A;  5P16 A;  4Y47 A;  5P0E A;  2QI4 A;  1BV7 A;  1GNN A;  3K4V C;  5OZO A;  3SPK A;  5P4K A;  5C9F A;  1C6X A;  3OAD B;  4J55 A;  3O9E A;  4Y5G A;  4CPS A;  5P0T A;  1WBK A;  1IIQ A;  1XE5 A;  5P4H A;  5P8R A;  2QI5 A;  1DIF A;  2PK6 A;  3EL5 A;  3UDJ A;  1B6L A;  3R4B A;  5P5V A;  3NWQ A;  3LZU A;  5OYU A;  3BUH A;  5HVP A;  5P48 A;  2Q3K A;  1YM2 A;  1IBQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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