2J9JA

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease complexed with inhibitor jg-365
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights from Atomic-Resolution X-Ray Structures of Chemically Synthesized HIV-1 Protease in Complex with Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 15
structure length 94
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2j9jA00
5P0ZA 4ZPEA 3VYDA 1HVRA 3OQAA 5OZ4A 5KQFA 4EYRA 1C6YA 4OBFA 2CENA 3BXRA 5P4YA 5P78A 4ZSMA 4D85A 5P0VA 4GYEA 5I3WA 3FKTA 4WTUA 3O9HA 2VA7A 5P3SA 1XS7D 1W5YA 5P4PA 2WEBA 4YD4A 1B11A 1T6EX 2QP8A 3FNTA 1EAGA 2UPJA 2BPWA 2WEDA 5P1YA 5I3XA 1BDQA 5P4SA 3PHVA 3K4VC 5AHAA 4Y41A 5P5WA 1E80E 3EL1A 1LYWB 4YBIA 5P84A 1K1UA 4WY6A 4D88A 5P4XA 5DQ5A 2QMDA 5P0KA 3INEA 5P14A 4EJ8A 2R3WA 5P59A 4OBDA 1ZP8A 1QBUA 5P77A 4Y5PA 4Y5NA 2ZHRA 2F3EA 3CIDA 3OOTA 1HHPA 4RGHA 3UF3A 1D4HA 4M8XA 1EBZA 3U6AA 3UQWA 5P19A 4DI2A 3TLHA 4K8SA 2BKSA 2BPZA 3KFPA 2OHNA 2AZBA 5P3LA 2AOJA 3OQKA 3GGAA 2PYMA 5P85A 5P6DA 1FB7A 4DH6A 1T7JA 3KMYA 1GKTA 1XE6A 5P1LA 5HE4A 3FX5A 1FQ5A 4LHHA 5P3ZA 2QHZA 4J0ZA 4GJ6A 1APWE 3EL5A 5P3DA 2XYFA 3BUGA 1PPKE 5P87A 5P2RA 5P72A 4OBHA 5OYVA 1ENTE 1HTGA 3OAGB 3RSVA 1C6XA 2G22A 3KFSA 5SZ9A 5P2AA 5P17A 2QZKA 4Y3RA 4JOOA 5P5LA 4J0YA 4F75A 2B42A 3QVIA 5UPJA 3KYRA 3CKPA 1DMPA 2QI6A 4D89A 4HE9A 3PMYA 2QMPA 1FIVA 2FIVA 4Y39A 3UQXA 1JLDA 5KOQA 5OZVA 3R0YA 5P6YA 5SY3A 4GZFA 2H6TA 5P1JA 4GB2A 3INHA 4RYCA 7UPJA 3CKTA 3R4BA 2NNPA 3NDTA 5DR4A 5P0WA 3EM3A 5P8CA 2G27A 3K5CA 5P07A 1IZEA 3UFNA 4Y4GA 6APRE 1ODWA 2P3AA 5P3VA 4Y3LA 3OOZA 2G1YA 1YTJA 2ANLA 4FIVA 5P1HA 5P5VA 4I0FA 2O40A 1GNOA 2PH6A 5P1FA 5P38A 1GVVA 4XKXA 5P03A 1EPPE 3DCRA 3UQUA 4AA8A 5IVQA 1FQ7A 1LF3A 3I8WA 3VV7A 1HTRB 1B6KA 5DQCA 1W6HA 3SA7A 3OU4A 3SA6A 4Y4UA 5P41A 3WZ7A 3LPJA 4RRSA 4EJDA 1FMBA 5P2FA 5DR0A 1D4IA 5P3IA 4DPIA 2I0AA 5E5JA 3QI1A 3IXKA 1TCXA 4Y5MA 5TOLA 3OADB 3IAWA 3FNUA 2IENA 3O9CA 4LC7A 4Y36A 3UDPA 2VJ9A 1LYBA 5OZYA 4X2LA 5P7ZA 4R8YA 3OXWA 5OZLA 3PMUA 3ZOVA 5P3NA 2FS4A 4Y54A 2QZLA 3GGUA 4Y3XA 4TVGA 5P7UA 3KA2A 5IVRA 5OZMA 4DPFA 5P3MA 5P06A 4HDBA 1FFFC 5P1NA 3TOHA 1HVKA 5P8QA 5P4IA 1B5FB 2BKTA 3DK1A 5OZ0A 5C9FA 2V13A 2WF3A 4HA5A 3NR6A 4ZE6A 4M8YA 1B6MA 2XFKA 3NDXA 1FG6C 4CPXA 1D4YA 2QI5A 4Y47A 5P2QA 2P83A 3HAWA 2VJ7A 2G1SA 3NU4A 4E43A 1YTHA 1NSOA 2OHUA 4NKKA 3OXXA 5KR8A 5P7FA 3UDNA 1EBWA 3TKWA 3L5CA 4Z22A 1YT9A 4HVPA 3BVBA 5P8KA 5P1MA 1SIPA 3HLOA 4GJDA 2G24A 1CZIE 4HDPA 3RTNA 3OTYA 3D1ZA 5P1XA 3PRSA 1DW6C 3TOFA 1MTBA 5P6VA 4MC9A 5OZFA 2Q15A 5P51A 4QJ9A 1G35A 3ZL7A 4PPHA 4J0VA 5P18A 4J1CA 3LINA 5P0XA 4GJAA 5P5YA 4CPQA 4GJ8A 2OHQA 4YDGA 1C6ZA 4Y38A 3PBDA 5OZUA 5P5BA 5AH6A 1A9MA 3NYGA 1GVUA 2QMGA 5P54A 2PK5A 4DJPA 3S54A 4FRIA 2G1RA 3T6IA 1RNEA 5OZEA 3SM2A 5P0TA 5DPZA 3ZPSA 4DV9A 4FRJA 2VKMA 5P6SA 2QK5A 2O4NA 3SQFA 4ACXA 1IDBA 3GGXA 1BXOA 1FF0C 3BXSA 5P5KA 2IS0A 2ZHUA 5P35A 4HDFA 5OZXA 1GNNA 5P1GA 1DPJA 3T7XA 3HVGA 3SA4A 3QVCA 1D4LA 3ZKXA 4Y3MA 5P2NA 1IZIA 1QBSA 3WZ6A 5P2YA 4DJUA 5P8AA 3QIHA 5P6KA 2NXDA 3VV6A 2QAKA 2NMYA 5P82A 3WZ8A 5F01A 3S85A 2Q5KA 9HVPA 5P58A 5P81A 2VS2A 2ZJHA 5P0QA 2BBBA 5P12A 2I4UA 1SMEA 2JE4A 3N3IA 5P5IA 1MT7A 1HIIA 1W51A 2Q54A 2WKZA 3AUPA 5P0HA 1FQ6A 2RENA 1BV7A 1HWRA 4PZWA 1RV7A 1C70A 1FGCC 1ZSRA 5P3TA 3LITA 1FQ8A 4Q1NA 5P0SA 5P3FA 1QBTA 5P8IA 3ZKIA 4WY1A 3LPIA 5P56A 1ZPKA 4F74A 5HDZA 3O9BA 3ST5A 4B78A 1XL2A 4FGXA 5P6FA 1FLHA 2RKFA 3QN8A 1NH0A 5P11A 3OGQA 3QBFA 5P6QA 4J0PA 4Y5EA 5ER2E 3EKPA 5OZRA 4RROA 1MIQA 1DIFA 2OHLA 3VYEA 5DR8A 1MESA 5P0OA 3H5BA 4OBZA 3IN3A 2VIJA 3VSXA 5AH9A 5P1QA 2BPXA 4D8CA 4MC6A 3T7QA 3IN4A 1OEWA 2R5PA 3OQ7A 4Y3GA 2V16C 5P09A 2FNSA 3L38A 4YCTA 5HU0A 5P32A 3HVPA 4I0EA 3BHEA 5P66A 4YD3A 1PPME 4MC1A 1IVPA 2QNQA 1EEDP 4AA9A 3UDJA 3PM4A 4DJXA 1PSAA 5P3RA 5P6JA 5F00A 3BVAA 1HPSA 4I0GA 2B8VA 3UHLA 3SKFA 2QI7A 3TNEA 1FMUA 4TRWA 2PWCA 3L5BA 3IXJA 4R5NA 1HEGE 2FGVA 4ZEAA 4ZSQA 3Q5HA 1HVCA 2FLEA 3CYWA 5P2MA 5IVSA 5P52A 5P3UA 2HAHA 5P57A 5P68A 3A2OA 4YOAA 2VA6A 5P2HA 4OC6B 3O9DA 3QRMA 4CPSA 4EQJA 1BWAA 1BDRA 1GVTA 4ZLSA 3JVWA 3UQRA 2I4WA 3KT5A 1T3RA 3G72A 3I25A 4D83A 2I4DA 4Y56A 5P1WA 3OU3A 2WF2A 5ENKA 1K6VA 3OUDA 3TH9A 2VIYA 2Q63A 2HIZA 5P0UA 3S45A 1EC0A 2XFIA 4DVFA 3S43A 5OZJA 1PFZA 1MSMA 1G6LA 2P8HA 4I1CA 5P4ZA 5P4OA 5ER1E 4ER1E 5P25A 1KJ7A 3G6ZA 1MT9A 4U8WA 5APRE 2O4KA 1LYAA 4S1GA 5P8EA 5P7MA 1KJFA 2AOCA 4ZPFA 5P4GA 4OBJA 3I6OA 5P49A 5OZCA 5P6CA 4Z50A 5P50A 4EWOA 1AVFA 4DJQA 5P7VA 4B1EA 5AGZA 3HAUA 5P7WA 5P6GA 4HEGA 5E5KA 5P5PA 5P3AA 5P2UA 3D20A 5OZHA 3O9LB 1SDTA 1BXQA 5C9BA 5OZOA 3EL4A 2P3BA 5OZ3A 1WBMA 4Y53A 2ZGAA 4EJKA 2AIDA 3R0WA 5P5JA 2F8GA 1J71A 1B6LA 5P16A 1TZSA 3LZUA 3VF7A 5P5SA 5P7NA 3S7LA 3CIBA 3OQDA 4Y5BA 3GI0A 3D3TA 1QS8A 1F34A 3NUOA 1MVPA 2F3KA 3QPJA 4B77A 5P76A 3SLZA 5P1EA 5P7OA 5P8TA 3QAAA 1IVQA 1HSIA 3K5FA 3MXDA 5P60A 1HXWA 2AQUA 3NU6A 4PHVA 5HE5A 4J17A 1K1TA 1B6JA 5OYQA 5P1DA 4A6CA 3WB4A 1SDUA 3FIVA 1MERA 2VIZA 2WHHA 3URLA 4APRE 3WB5A 3SA9A 3SM1A 4ACUA 1SP5A 5BS4A 5P1TA 3PVKA 4Y4ZA 4AUCA 4GIDA 2V0ZC 5P8FA 3NXEA 1SBGA 1B6PA 4PZXA 3EM4A 1LEEA 4DQCA 3INFA 1BDLA 5P0NA 4I10A 3HW1A 5IVTA 5P0JA 1AJXA 4FRSA 2OHSA 5P0DA 5P4FA 4Y4TA 1ER8E 3K5DA 4I8ZA 5I3VA 4B05A 1EPNE 2ZJJA 2IQGA 4H1EA 3SA5A 1FG8C 4Y45A 2F3FA 5P0LA 4Y4BA 2VNMA 3OTSA 4ZPGA 2R9BA 3FNSA 3PWRA 5ISJA 1UH7A 2AVQA 2XFJA 5P4KA 3EKWA 3EKQA 4IVSA 1LS5A 1MRWA 4AMTA 1NPWA 2QI1A 3KN0A 2R38A 5DGWA 5P4UA 1SDVA 2AVOA 2Q11A 5P6PA 5I70A 2ASIA 4YA8A 5P6RA 5C9DA 5P80A 2G26A 1BIMA 2NTRA 3MWSA 4LP9A 2OHMA 5P7HA 4DQGA 1YTIA 2ER9E 4J1IA 3ER5E 1OD1A 3OUCA 3VF5A 5OZTA 5P6WA 3S53A 1ZTZA 2AVVA 5SY2A 1HVLA 5HTZA 3D1XA 5OYSA 2QZWA 5P39A 5P2VA 2BPVA 2OF0A 4DUSA 5P7YA 5KOSA 5P7QA 5OZ5A 5P4LA 2ER0E 3PGIA 4J1HA 5KQYA 5P75A 4Q1XA 4H3IA 2CEJA 5P6NA 4CPTA 3TPJA 5P3WA 3VLBA 3NXNA 3RVIA 4U7VA 3DOXA 4Y4DA 2RKGA 3ZKNA 2QNNA 3HDKA 4Y3YA 5OZPA 1M0BA 5P4DA 1BAIA 4GJ5A 1AJVA 5HDVA 3UDQA 1UPJA 3ZKGA 4Y5KA 2SAMA 5P7DA 1A8GA 5B18A 5P7BA 3ZKQA 3UDYA 5P1KA 4R91A 3DM6A 2QU3A 3SAAA 3LPKA 4DQEA 3TPRA 4ER4E 2J9JA 5P6MA 2IGXA 3IXOA 4EP2A 3EMYA 3MSKA 1PSNA 2AZCA 2RMPA 5P44A 3SA8A 4YD7A 3DV1A 3GI5A 2AOHA 5P79A 3VSWA 4QJAA 5P2XA 4Y3QA 1A94A 3LIQA 1LF4A 3PSYA 3O9EA 3GW5A 2G1OA 3UQPA 5P6LA 2WEZA 3IGBA 4BELA 4FAFA 5P7EA 5P7TA 3C9XA 1VIKA 2ZHVA 2OAHA 4YE3A 4R93A 2B60A 3CKRA 3EKYA 4FLGA 1MSNA 2AOGA 5OZ2A 3TPPA 2BQVA 4J1KA 5P6ZA 4RVJA 3SKGA 1W6IA 2QU2A 1QBRA 4QGIA 5P8DA 1PSOE 4JECA 3FSMA 4COEA 5OYXA 1D4JA 5P5NA 3LHGA 5P37A 5P0GA 4DQHA 3RU1A 1WBKA 5P22A 4GJBA 2FDEA 5P1UA 5OZKA 2QHCA 3PCWA 3VYFA 1MRXA 3DUYA 1XL5A 4YDFA 5P20A 3NWXA 3L58A 5P7JA 2NNKA 3VG1A 2EWYA 5P62A 2FXEA 5P8LA 2P3BB 5P3GA 5P7AA 5P1ZA 1SMRA 2NXLA 4L1AA 5OZQA 2PSGA 3KFNA 4Y3ZA 4EQ0A 1HTEA 1KJ4A 5OYTA 5I3YA 5COOA 1M4HA 1IZHA 4EXGA 5P65A 3SO9A 3S2OA 1W50A 5P5XA 1HSHA 1YM4A 1LYWA 1UH8A 5P31A 5KR2A 4B0QA 4RCFA 5P5RA 2HS2A 1K6CA 1QRPE 1DAZC 2ZDZA 2JYSA 5P28A 2AZ8A 4N00A 1Z8CA 3GI6A 1G2KA 5P73A 3PCZA 5P3EA 5P10A 1W5VA 2Q55A 4K4PA 5P2JA 5P71A 4GJCA 3ZMGA 5P6BA 1HIVA 3K5GA 3MSJA 4Y3AA 4Y3SA 1KZKA 4RCEA 2WF1A 2P3CA 3OK9A 4F76A 5P3CA 3LZVA 5P8HA 1OEXA 2G21A 2WL0A 3TOGA 2AOEA 3TL9A 4OD9A 4DJVA 4DJRA 5IE1A 1SGUA 4NJSA 1G0VA 2BB9A 2A4FA 4LL3A 1HOSA 4MC2A 2PH8A 5P6OA 2HS1A 4I8WA 4QJ2A 1XE5A 5HE7A 4Y50A 5P7CA 5P0EA 5P3JA 5P5OA 5OZDA 5HDUA 3SA3A 1W5XA 2WEAA 3OY4A 2PWRA 4Y3DA 3VCMA 4B72A 3LIXA 3NU3A 5CLMA 4CP7A 5P7PA 1HSGA 1BBSA 4DJOA 3O99A 4Y37A 3HZCA 3GI4A 6FIVA 1YG9A 4NJUA 3EKXA 1LV1A 3QROA 3QP0A 5P2OA 4TVHA 1D4SA 4RVIA 3S7MA 2HPEA 4Q1YA 5P5MA 4IVTA 3U7SA 4Y9WA 5P70A 2JXRA 4RCDA 5P4NA 3BUFA 5P5GA 4Q5MA 4BFDA 4QJ6A 4CMSA 3LIVA 5P8NA 1E82E 3ZKSA 2QNPA 4DJWA 5P7RA 5P5CA 5OZNA 1BV9A 3VV8A 4OBGA 2WF4A 4Y4WA 3Q70A 4CPRA 3KM4A 3OXVA 3O9FA 5OZGA 1W5WA 1HEFE 3OXCA 2ZJMA 5P8OA 3DV5A 2IRZA 1AZ5A 4K4QA 3ZLQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0Z A;  4ZPE A;  3VYD A;  1HVR A;  3OQA A;  5OZ4 A;  5KQF A;  4EYR A;  1C6Y A;  4OBF A;  2CEN A;  3BXR A;  5P4Y A;  5P78 A;  4ZSM A;  4D85 A;  5P0V A;  4GYE A;  5I3W A;  3FKT A;  4WTU A;  3O9H A;  2VA7 A;  5P3S A;  1XS7 D;  1W5Y A;  5P4P A;  2WEB A;  4YD4 A;  1B11 A;  1T6E X;  2QP8 A;  3FNT A;  1EAG A;  2UPJ A;  2BPW A;  2WED A;  5P1Y A;  5I3X A;  1BDQ A;  5P4S A;  3PHV A;  3K4V C;  5AHA A;  4Y41 A;  5P5W A;  1E80 E;  3EL1 A;  1LYW B;  4YBI A;  5P84 A;  1K1U A;  4WY6 A;  4D88 A;  5P4X A;  5DQ5 A;  2QMD A;  5P0K A;  3INE A;  5P14 A;  4EJ8 A;  2R3W A;  5P59 A;  4OBD A;  1ZP8 A;  1QBU A;  5P77 A;  4Y5P A;  4Y5N A;  2ZHR A;  2F3E A;  3CID A;  3OOT A;  1HHP A;  4RGH A;  3UF3 A;  1D4H A;  4M8X A;  1EBZ A;  3U6A A;  3UQW A;  5P19 A;  4DI2 A;  3TLH A;  4K8S A;  2BKS A;  2BPZ A;  3KFP A;  2OHN A;  2AZB A;  5P3L A;  2AOJ A;  3OQK A;  3GGA A;  2PYM A;  5P85 A;  5P6D A;  1FB7 A;  4DH6 A;  1T7J A;  3KMY A;  1GKT A;  1XE6 A;  5P1L A;  5HE4 A;  3FX5 A;  1FQ5 A;  4LHH A;  5P3Z A;  2QHZ A;  4J0Z A;  4GJ6 A;  1APW E;  3EL5 A;  5P3D A;  2XYF A;  3BUG A;  1PPK E;  5P87 A;  5P2R A;  5P72 A;  4OBH A;  5OYV A;  1ENT E;  1HTG A;  3OAG B;  3RSV A;  1C6X A;  2G22 A;  3KFS A;  5SZ9 A;  5P2A A;  5P17 A;  2QZK A;  4Y3R A;  4JOO A;  5P5L A;  4J0Y A;  4F75 A;  2B42 A;  3QVI A;  5UPJ A;  3KYR A;  3CKP A;  1DMP A;  2QI6 A;  4D89 A;  4HE9 A;  3PMY A;  2QMP A;  1FIV A;  2FIV A;  4Y39 A;  3UQX A;  1JLD A;  5KOQ A;  5OZV A;  3R0Y A;  5P6Y A;  5SY3 A;  4GZF A;  2H6T A;  5P1J A;  4GB2 A;  3INH A;  4RYC A;  7UPJ A;  3CKT A;  3R4B A;  2NNP A;  3NDT A;  5DR4 A;  5P0W A;  3EM3 A;  5P8C A;  2G27 A;  3K5C A;  5P07 A;  1IZE A;  3UFN A;  4Y4G A;  6APR E;  1ODW A;  2P3A A;  5P3V A;  4Y3L A;  3OOZ A;  2G1Y A;  1YTJ A;  2ANL A;  4FIV A;  5P1H A;  5P5V A;  4I0F A;  2O40 A;  1GNO A;  2PH6 A;  5P1F A;  5P38 A;  1GVV A;  4XKX A;  5P03 A;  1EPP E;  3DCR A;  3UQU A;  4AA8 A;  5IVQ A;  1FQ7 A;  1LF3 A;  3I8W A;  3VV7 A;  1HTR B;  1B6K A;  5DQC A;  1W6H A;  3SA7 A;  3OU4 A;  3SA6 A;  4Y4U A;  5P41 A;  3WZ7 A;  3LPJ A;  4RRS A;  4EJD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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