2J9JB

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease complexed with inhibitor jg-365
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGNLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights from Atomic-Resolution X-Ray Structures of Chemically Synthesized HIV-1 Protease in Complex with Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 16
structure length 94
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2j9jB00
1GVXA 2ASIA 3MSJA 2R5PA 1FQ6A 1A9MA 5P3NA 5P5CA 4AA8A 5P2GA 1KJ7A 5B18A 3FNTA 3PM4A 4EJDA 5P0GA 5IVSA 5P0OA 4I0EA 5P6OA 5ISJA 4EWOA 2PK6A 2I4XA 2I4QA 5P5RA 4YHQA 3ZPSA 3DOXA 1SDVA 4APEA 4DJXA 5P37A 3QROA 2G26A 3VLBA 3BGBA 2J9JA 5P5FA 1UH7A 5P3MA 2VA6A 3ZPUA 5P7MA 3URLA 4K8SA 5P6YA 4ZSMA 4U8WA 4Y4WA 1W6HA 5P0BA 1EBKC 2ZGAA 5OZ7A 5P5VA 1ZSRA 1M0BA 5P3PA 5P0MA 5P3DA 5OYSA 3OHHA 2P3CA 3SA9A 5P5OA 4RVXA 3GI6A 2HB3A 5P10A 2QHZA 2ZE1A 3IXJA 1XN2A 3UFLA 3PCWA 3ER3E 4YD6A 4B00A 5P45A 4Y3TA 1LF4A 4NKKA 3DK1A 4FSLA 4B78A 2PMAA 3EM3A 4GJ8A 1LF3A 5P55A 4EXHA 2HAHA 2R43A 5P00A 3S7MA 1XS7D 2FNTA 5P8FA 5P7FA 5P8GA 3I2LA 4HLAA 5P7IA 1N49A 5P1BA 2ZHUA 1HVHA 1DW6C 5OZ6A 2J9KA 3IVIA 3OUDB 4H3FA 2O4SA 3I7EA 1MEUA 4OBZB 3LITA 4Y3YA 2P8HA 3B7VA 4DQGA 5P7EA 3PBZA 1LYBB 4J5JA 5P7KA 4FS4A 3S43B 5P69A 3VFAA 1WBMA 1QBRA 3TH9A 2BB9A 1FIVA 5P0NA 5P77A 3VCMA 3UCBA 4YBFA 5P1QA 3NDXA 2UXZA 4DV9A 2QNQA 3ZOVA 1HWRA 4BFBA 2O4KA 4U7VA 5P36A 3OXXA 5P6GA 4YBIA 2IENA 5P1PA 3R0YA 3DCKA 2P3AA 1EC0A 2ZJIA 4DFGA 4Y6MA 2G69A 3KT2A 3NUJA 3HBOA 5P84A 1Z1HA 2NMYA 5P8OA 4DH6A 2O4LA 3UDRA 1SBGA 5P15A 4OBGA 5HCOA 5P79A 5OZFA 1YTHA 5P7AA 4RVIA 3GGVA 2QHCA 1KJFA 4OBJA 5P3RA 5P2HA 5P3KA 4RRNA 4Y56A 3G6ZA 5P1EA 1ZLFA 4LHHA 4KE0A 3NU6A 4J0TA 5P1VA 3WZ6A 3JVYA 5SXNA 3WB4A 1W5WA 4J1EA 3EKQA 2Q55A 5P6IA 1K2CA 4RZ1A 2P3BA 2WEBA 3OAGA 2G1YA 3ER5E 2J9JB 4YE3A 5P6LA 5P5UA 2P3DA 1MTRA 2HPFA 2O4NA 2OHUA 4Y3NA 3LIVA 5I3VA 2Q54A 1MT7A 5P2LA 2JJJA 3ZPTA 4Y3WA 1MPPA 3KFRA 5P08A 1BILA 1QBTA 5P0IA 5P44A 4PYVA 1NPWA 1E5OE 2VIZA 3UFNA 5P3SA 2WEDA 5P2KA 5P1TA 4CPWA 4QJ9A 5IS4A 2BKTA 5P35A 3IGBA 1SMRA 5P2OA 1M4HA 4FRSA 5P0RA 5P7WA 4ZSRA 5P2RA 4DJWA 3NDWA 4Y36A 5P40A 2WKZA 4Q1NA 4Z22A 5OZNA 2PYMA 4DPIA 4A4QA 2R38A 4Y4EA 1AJXA 5P2FA 3UQUA 1HBVA 3H0BA 1B6MA 5P68A 1EEDP 3R0WA 2ZJHA 5P6XA 5P73A 4WTUA 4DJPA 6APRE 1PPKE 3CKRA 4RLDA 1W51A 3OXCA 2QZLA 3KFSA 4YD3A 5BS4A 3NWQA 5OZSA 5IE1A 1Q9PA 1MRXA 1BXQA 5P6KA 3ZKIA 5P1NA 5P4MA 3TPJA 5P83A 2XFKA 5P3HA 3VLAA 1MSMA 5P78A 5P29A 1FEJC 4CPTA 1E81E 1IDAA 5HE4A 4XKXA 4XX3A 4Y37A 5P8KA 1HSGA 2AVVA 1BXOA 2ER0E 4I10A 5P66A 5P5TA 2AOJA 2ER9E 5E5JA 1A30A 2AOCA 1HPVA 1TSQA 4DQFA 5P4EA 2QMDA 5P6TA 3T6IA 5P7GA 3QRVA 1SGZA 3CICA 1YTIA 2B7ZA 3OXWA 4FRIA 1CPIA 3LINA 1ZSFA 4Y5LA 3SKFA 5P6SA 5OZJA 3D3TA 4GJ5A 4Y5NA 5F00A 5P1CA 3ZLQA 2AOIA 3Q3TA 4FRKA 5AH9A 2QD6A 4DI2A 2WF1A 2AOGA 2IDWA 2QZXA 3UQXA 1ODWA 4KB9A 2JYSA 1LV1A 3PRSA 1XDHA 3L5DA 1FQ4A 2G27A 2JJIA 3KM4A 4FLGA 4RCFA 1HHPA 4Q1WA 3EL5A 4Y50A 5P4KA 2PWCA 2ZJLA 3RTHA 5P5WA 4J55A 4B0QA 5P7JA 2P3BB 5P74A 4Y44A 4CPSA 4L7JA 2WECA 3OAGB 5HTZA 5P46A 4EP3A 2HB4A 2F3KA 2AZBA 3VUCA 5OZZA 4I1CA 3N3IA 1HTGA 3R2FA 1HPSA 4ZIPA 1W5YA 2VJ6A 3OQ7A 3UDNA 1T6EX 4I8ZA 2Q64A 5P7TA 4FAEA 4B1EA 1YTJA 5P11A 3O9DA 3FNSA 3T7XA 1LS5A 1WKRA 5P2BA 5P5YA 4MC2A 5DR3A 2VIJA 1YT9A 1F34A 5P4OA 5P09A 2BPZA 5P32A 1IDBA 3CYWA 4I0FA 5P5HA 5P41A 4ZSQA 2BPWA 3IA9A 3APPA 2FMBA 1IIQA 5P0ZA 4FAFA 3KYRA 4Q1YA 3NU5A 3KMXA 5P8MA 2QU3A 4R8YA 3JW2A 4I11A 3UHLA 4OBFA 5P2NA 5P13A 4UPJA 3UTLA 3O9CA 4XXSA 4Y3JA 3SA5A 1EC1A 5P5QA 3TLHA 3PLLA 5P6RA 1HPOA 4FIVA 5P7RA 1DPJA 1ER8E 5DQ4A 4PEPA 2Q15A 3PMYA 3QIHA 1IZHA 2AVQA 3BUFA 4ZLSA 5P87A 5P71A 3EL4A 1SP5A 2OHPA 2I4VA 4DQEA 4Y5KA 2OHMA 3KDCA 4YA8A 5P42A 1BAIA 4CMSA 3BVBA 3S85A 5P4IA 1BDQA 3FV3A 3PB5A 3LIQA 3QVIA 1DMPA 4OC6A 2B7FA 3LNKA 1K6PA 5P1UA 5PEPA 5OZOA 1META 5KQZA 4ER2E 4OBZA 7UPJA 3PWRA 3HAUA 4Y54A 2FXDA 5ER1E 5OZHA 1B11A 3U71A 3OGPA 5FIVA 2AIDA 3VF3A 4PPHA 3FX5A 1PPME 4Y39A 4Y51A 3TOFA 5HU0A 5P4GA 5P3LA 3B80A 1NSOA 3HD8A 3N4LA 5P19A 2QCIA 4PZWA 1GVVA 5APRE 1ZBGA 5P3XA 1HXWA 5P6UA 5HE5A 4Y5BA 4K4PA 1K6TA 5P4PA 1B5FA 5HCTA 3NU9A 3FIVA 4HZTA 3PCZA 5P3BA 3UDKA 5P20A 5P48A 1OHRA 4LAPA 3HAWA 5OZAA 3RTMA 1FQ5A 5P43A 5JFPA 2B60A 1C70A 3SA4A 1XE5A 4GJCA 4L7HA 1MVPA 1HIHA 5P25A 9HVPA 3SQFA 4ZE6A 1MT9A 3ZKQA 3NU3A 4HEGA 4Y57A 2PQZA 3EM4A 2QI0A 3ECGA 1ZP8A 2G22A 2PK5A 2XYFA 2BPVA 4DJOA 1MTBA 1C6XA 1T7KA 5P2YA 3UDHA 1VIKA 3SA7A 2I0AA 5HDUA 5P8SA 5P7DA 1ME6A 5P4SA 2EWYA 5P3CA 2QZWA 4QJ8A 4J0VA 5T4SA 3UF3A 1EC3A 1WBKA 5OYRA 3NDUA 5P5AA 5P80A 3QVCA 4Y5CA 3TPPA 5P0KA 5P7SA 3A2OA 4D88A 5P51A 3PSYA 2R3WA 1G35A 2AQUA 5P8AA 3WZ7A 4HVPA 3O9FA 3LIYA 1APWE 2OHKA 4MC1A 3VEUA 5P04A 4Y4UA 5P14A 1W5XA 4RGHA 4S1GA 2VIYA 3QI1A 5P4LA 5P82A 4EJLA 3BXRA 4FM6A 3CYXA 5KOQA 3UDMA 3SO9A 1ZPKA 5COKA 5P8CA 4AMTA 3QRSA 2PH8A 3UPJA 5P2QA 1RV7A 4F75A 5P81A 5P75A 3QAAA 3L5EA 5P4TA 4JPEA 4OC6B 5DR0A 5P05A 3Q6YA 1RQ9A 2IGYA 4FE6A 3WZ8A 5OYVA 4Y4TA 4DQHA 1K6CA 3S8IA 1SDUA 2HB2A 4K4RA 2WL0A 3FSMA 5DGWA 1LYAA 3OY4A 3OUCA 3VYFA 5KAOA 1Z1RA 1MSNA 2BJUA 1M43A 3LPJA 3JVWA 3SA6A 4IVSA 3RU1A 3OU4A 4FM7A 2WF0A 3GI4A 3TOGA 5KQFA 4Y5AA 4HDBA 2CENA 3KFPA 5P3TA 4FCOA 3LZYA 3D20A 4GJDA 3LZUA 1D4LA 1BDLA 2PSGA 1FGCC 1G6LA 1B5FB 3KMYA 5E5KA 4NJUA 4Y5PA 1LYWA 5P70A 4J0YA 2VIEA 2V12C 5P6JA 4N00A 5AH8A 2NMZA 5P3FA 5I70A 4YCTA 1PPLE 3QP0A 4K4QA 1FG6C 3IN4A 4YD5A 5C9FA 3G70A 1KJGA 4KUPA 5P5NA 3O9BA 2F8GA 4GJAA 5P31A 1QDMA 4CPXA 1SIPA 3AIDA 4YD4A 2VS2A 3TNEA 1OEWA 2O40A 1HVCA 4L1AB 1XL5A 3QBHA 5P1MA 3S45A 1BWBA 4Q1XA 4AA9A 1UH8A 5P86A 4BFDA 2QI1A 5AH7A 2PSVA 5P2UA 3EM6A 3T7PA 4B1DA 3NUOA 1D4YA 4Y3GA 1TCWA 5P0WA 4WY6A 1QBSA 5P8JA 4APRE 4Y3FA 4LXKA 5P5GA 3VG1A 3CMSA 2PH6A 4M8XA 4AZYA 5P62A 5OZEA 4Y47A 3QRMA 4I0IA 5OYYA 1FQXA 4ER1E 1MIQA 1D4SA 4Y4BA 4QJ7A 5P8UA 3SM1A 2I4DA 5P89A 3SLZA 2IKUA 3VYDA 5SZ9A 2HPEA 3OTYA 5KR2A 1TZSA 5P2JA 3INFA 2OHRA 5P1IA 2ZHVA 3K1WA 5P1KA 4Z2ZA 1EPNE 4Y38A 3IXKA 3NDTA 1OEXA 5P64A 4EP2A 1AM5A 2ZHRA 2QI5A 3GI0A 4LXAA 5P1AA 1RPIA 5P6FA 2QNPA 4J1KA 5P8QA 5P22A 4CPQA 5P67A 1GVUA 4Y5MA 1AJVA 5P3YA 5P49A 3DV5A 5OZYA 1EPQE 4KE1A 5P85A 5P3JA 2R5QA 2G1OA 4Y3ZA 3OADA 5P1HA 1PSOE 4Y3XA 5P16A 5KQXA 4LC7A 5P7UA 5IVRA 3EL9A 2IKOA 3S7LA 5P2IA 5P0HA 1APTE 4QGIA 2OHLA 2OHSA 4DJUA 1LYAB 2NNKA 3TKWA 3WB5A 5P2DA 2FIVA 1A8GA 5P5PA 1BVEA 4K9HA 1PSNA 2WF3A 4ZEAA 1ODXA 1YTGA 4TRZA 1HTRB 2WJOA 5OYWA 5P38A 5P5LA 3OU4B 1SGUA 5P4CA 2HS1A 1EPME 5P2TA 1GNNA 1APVE 2QMGA 2WEZA 3LZSA 3ZL7A 3PHVA 4Y41A 3UDQA 1DIFA 7HVPA 1FLHA 5P8PA 4Z4XA 1LYWB 5P34A 4Y4DA 3GGUA 1A94A 3R4BA 1YM2A 1FKNA 2FNSA 5P0VA 3SABA 2HC0A 3KN0A 5P8DA 2OAHA 2FS4A 3KDDA 3U6AA 1MRWA 5P06A 5P6BA 1SIVA 4RCDA 5OZWA 4RCEA 2QI6A 2G1SA 4TRWA 1FQ7A 4Y3HA 1IBQA 1APUE 3EKVA 4RVJA 5P4HA 4CKUA 1YM4A 2AVMA 5P4WA 5IVTA 3URIA 2XFJA 3D91A 3QBFA 5P4DA 3O9GA 5P3UA 2PC0A 4ER4E 5P3GA 4YDGA 3LZVA 3EKTA 3MSLA 1HVSA 2FXEA 5P65A 5P4NA 2QHYA 2HS2A 2V10C 1AVFA 4BELA 5P8VA 3L5BA 4J0ZA 4DQCA 4GB2A 3SKGA 2QU2A 4OD9A 4I0ZA 3CKTA 1SMEA 2I4UA 2QK5A 1KZKA 5AGZA 5P0JA 2MIPA 4Z50A 5JFUA 4J1CA 1HIIA 3K4VC 1HXBA 2F80A 3F9QA 3Q70A 2G1RA 4J17A 3RTNA 8HVPA 4B77A 4RRSA 1ZJ7A 3SACA 4OBKA 3TOHA 4MC6A 1NPAA 3OQDA 5OZ5A 4Y3MA 5HDXA 2NTRA 1EBWA 3EC0A 3Q5HA 4Y48A 4JPCA 5P24A 3K4VA 1TSUA 3LIZA 5P5ZA 5P12A 1GKTA 5OZBA 3KFNA 4J1HA 5P59A 3OADB 3IN3A 4JECA 5BWYA 3KDBA 5I3WA 3TTPA 2ANLA 5DQ2A 2SAMA 2B8VA 5P8NA 4EJKA 3I6OA 4Y4ZA 4CPUA 5OZ4A 4CPRA 1NH0A 2IRZA 2JE4A 5COOA 5P5SA 4Y3EA 5P1LA 3UDJA 4A6CA 2VNNA 2R8NA 4YOAA 1K1TA 3OWNA 1F7AA 1K6VA 1AIDA 4I8WA 1KJ4A 1FB7A 1QBUA 2G21A 5P6ZA 1HEGE 3TPRA 3L59A 1W50A 1CZIE 1PROA 3L3AA 3L38A 3SFCA 5P7VA 5P7XA 3EKWA 4J1IA 5P2VA 1MERA 5P3ZA 5BRYA 3Q4BA 2R9BA 4U7QA 5OZRA 3KF0A 2IL2A 5P4JA 5ER2E 4GJBA 4DPFA 3UDPA 3NR6A 4R93A 4R92A 6FIVA 3UQPA 5OZUA 3NXEA 3OTSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GVX A;  2ASI A;  3MSJ A;  2R5P A;  1FQ6 A;  1A9M A;  5P3N A;  5P5C A;  4AA8 A;  5P2G A;  1KJ7 A;  5B18 A;  3FNT A;  3PM4 A;  4EJD A;  5P0G A;  5IVS A;  5P0O A;  4I0E A;  5P6O A;  5ISJ A;  4EWO A;  2PK6 A;  2I4X A;  2I4Q A;  5P5R A;  4YHQ A;  3ZPS A;  3DOX A;  1SDV A;  4APE A;  4DJX A;  5P37 A;  3QRO A;  2G26 A;  3VLB A;  3BGB A;  2J9J A;  5P5F A;  1UH7 A;  5P3M A;  2VA6 A;  3ZPU A;  5P7M A;  3URL A;  4K8S A;  5P6Y A;  4ZSM A;  4U8W A;  4Y4W A;  1W6H A;  5P0B A;  1EBK C;  2ZGA A;  5OZ7 A;  5P5V A;  1ZSR A;  1M0B A;  5P3P A;  5P0M A;  5P3D A;  5OYS A;  3OHH A;  2P3C A;  3SA9 A;  5P5O A;  4RVX A;  3GI6 A;  2HB3 A;  5P10 A;  2QHZ A;  2ZE1 A;  3IXJ A;  1XN2 A;  3UFL A;  3PCW A;  3ER3 E;  4YD6 A;  4B00 A;  5P45 A;  4Y3T A;  1LF4 A;  4NKK A;  3DK1 A;  4FSL A;  4B78 A;  2PMA A;  3EM3 A;  4GJ8 A;  1LF3 A;  5P55 A;  4EXH A;  2HAH A;  2R43 A;  5P00 A;  3S7M A;  1XS7 D;  2FNT A;  5P8F A;  5P7F A;  5P8G A;  3I2L A;  4HLA A;  5P7I A;  1N49 A;  5P1B A;  2ZHU A;  1HVH A;  1DW6 C;  5OZ6 A;  2J9K A;  3IVI A;  3OUD B;  4H3F A;  2O4S A;  3I7E A;  1MEU A;  4OBZ B;  3LIT A;  4Y3Y A;  2P8H A;  3B7V A;  4DQG A;  5P7E A;  3PBZ A;  1LYB B;  4J5J A;  5P7K A;  4FS4 A;  3S43 B;  5P69 A;  3VFA A;  1WBM A;  1QBR A;  3TH9 A;  2BB9 A;  1FIV A;  5P0N A;  5P77 A;  3VCM A;  3UCB A;  4YBF A;  5P1Q A;  3NDX A;  2UXZ A;  4DV9 A;  2QNQ A;  3ZOV A;  1HWR A;  4BFB A;  2O4K A;  4U7V A;  5P36 A;  3OXX A;  5P6G A;  4YBI A;  2IEN A;  5P1P A;  3R0Y A;  3DCK A;  2P3A A;  1EC0 A;  2ZJI A;  4DFG A;  4Y6M A;  2G69 A;  3KT2 A;  3NUJ A;  3HBO A;  5P84 A;  1Z1H A;  2NMY A;  5P8O A;  4DH6 A;  2O4L A;  3UDR A;  1SBG A;  5P15 A;  4OBG A;  5HCO A;  5P79 A;  5OZF A;  1YTH A;  5P7A A;  4RVI A;  3GGV A;  2QHC A;  1KJF A;  4OBJ A;  5P3R A;  5P2H A;  5P3K A;  4RRN A;  4Y56 A;  3G6Z A;  5P1E A;  1ZLF A;  4LHH A;  4KE0 A;  3NU6 A;  4J0T A;  5P1V A;  3WZ6 A;  3JVY A;  5SXN A;  3WB4 A;  1W5W A;  4J1E A;  3EKQ A;  2Q55 A;  5P6I A;  1K2C A;  4RZ1 A;  2P3B A;  2WEB A;  3OAG A;  2G1Y A;  3ER5 E;  2J9J B;  4YE3 A;  5P6L A;  5P5U A;  2P3D A;  1MTR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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