2J9KA

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease complexed with inhibitor mvt-101
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights from Atomic-Resolution X-Ray Structures of Chemically Synthesized HIV-1 Protease in Complex with Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 15
structure length 94
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2j9kA00
1GNOA 2OHKA 5KQZA 3HZCA 4CP7A 2QHCA 1T6EX 5P2DA 1HVLA 5P25A 1RPIA 3B7VA 3BGCA 2F3FA 1HTRB 3NXNA 3EMYA 2F80A 5P69A 2PSGA 2B8LA 1EPOE 3I25A 2QNNA 3Q3TA 5IVRA 1HEFE 2OHQA 5P77A 5P72A 4Y35A 3VF7A 2UPJA 4Y43A 1SH9A 5P2XA 4D85A 2ZHUA 5P0QA 4GJ7A 2ZJNA 2QMDA 4ZEAA 2QZLA 4OD9A 3PSUA 1ZSFA 3ZPUA 3OQFA 3INDA 1G0VA 5P1TA 5T4SA 5P38A 2OHRA 1GVVA 2FNSA 3CMSA 5P30A 1HEGE 5P7DA 5P1NA 4TVHA 2G1NA 3ZKSA 3S53A 3CYWA 3R2FA 3NSHA 1W5WA 5KQFA 5P1UA 5P39A 3FNUA 1TCWA 3LIVA 5P2HA 4Y3PA 5P4YA 3KFRA 4AUCA 5P73A 4MC1A 4Y5PA 5P6NA 3R0WA 3VV7A 5P1QA 5DR7A 2QU2A 3APPA 5P1RA 4HEGA 1APUE 4I0HA 3D3TA 5P2OA 3OU4B 1NSOA 2QI1A 2V00A 1BXOA 3KF0A 3PCZA 3TLHA 5P8BA 4ZPGA 4Y3QA 1WBMA 5P5BA 3DM6A 1FMBA 5P70A 2QI4A 2P3BA 4ACUA 5COPA 5DR4A 5P1VA 4NJUA 2Q5KA 1SP5A 3L5CA 5P86A 2FXDA 1HVRA 1HVSA 3BGBA 2Q15A 3FSMA 5P3VA 2F81A 3DCKA 4Y5BA 3I8WA 2NMZA 3NDWA 4RRNA 4EPJA 5OZ2A 4HE9A 2F8GA 3OADB 2HS2A 5P6BA 5OYZA 5P4JA 4B1DA 4I10A 3QROA 1UH7A 2P3CA 3F9QA 3FIVA 1U8GA 2IS0A 1QS8A 5P0UA 2JXRA 4L7JA 5P04A 1AJVA 3QRSA 3O9LB 4RZ1A 5P7TA 3DJKA 1E80E 2RKFA 3PSGA 1CPIA 2ASIA 5P84A 1DAZC 3ZPSA 1CZIE 3L5EA 3O9DA 5P48A 1XL2A 5P4QA 3VV6A 5P3ZA 4Y3NA 1KJGA 4CPWA 5OZLA 4CPUA 2AOFA 3VSWA 1K6VA 3L5FA 2AODA 3QAAA 1PROA 3EKYA 4FAEA 3SLZA 5P7JA 1KJ4A 2VS2A 4LAPA 1N49A 4YD3A 1HXBA 4EYRA 4CMSA 4L6BA 4D83A 5AH7A 1HPOA 4ER1E 5IS4A 2J9JA 4RVXA 4JP9A 3ECGA 5P5MA 3EKVA 3EKTA 2RKGA 2ZJHA 1TW7A 2ANLA 3EKWA 4L7HA 2WF0A 2IGXA 4Q1YA 1W51A 4HDFA 4LC7A 2R9BA 3PI5A 1D4JA 3UFLA 5P20A 4EJ8A 4Y4XA 4DH6A 3A2OA 1LV1A 2R38A 1XE5A 2PK6A 3SKGA 3U6AA 1XS7D 5IVQA 2PQZA 1FEJC 4Q1WA 4FSEA 2VKMA 1W6IA 5P3UA 3OY4A 4DJQA 4J1HA 3OAGA 1FGCC 4GJBA 3UQRA 5P15A 3B80A 5P35A 3INHA 5P3KA 1YM4A 3R0YA 3PWWA 2QZKA 5DQCA 1FLHA 4YCTA 2JJIA 4FLGA 4Y3EA 5P10A 1AVFA 3PCWA 2Q3KA 3MSLA 1YG9A 1UPJA 5HDZA 1BIMA 2Q64A 5P0BA 3UDHA 5P6CA 3UDNA 4Y3LA 1FIVA 3ZMGA 3HD8A 4XXSA 1W50A 3U7SA 5OZHA 4ZSMA 5P45A 4Y3JA 5P0NA 2QMPA 4FCOA 5P8QA 3LZSA 1ODWA 4EHCA 2I0AA 5P6HA 1MVPA 1LEEA 5J25A 2V0ZC 4CPQA 3LZYA 5P8UA 4BFDA 2AVSA 4DPFA 1FMUA 1HIIA 5P1CA 3LIXA 3OTYA 5P0PA 4Y5CA 1B6LA 4B78A 4LXAA 3I6OA 3T7QA 1HWRA 5P24A 3INEA 1BILA 3NR6A 5P3NA 3PGIA 5P81A 5OZ8A 1LYWA 5P33A 2AQUA 1GNMA 3OU3A 5P3EA 4JPCA 4LHHA 2BBBA 5P59A 2ZHSA 1J71A 5P89A 1UH9A 1IZDA 2R3WA 5P8NA 5BRYA 1ME6A 4HA5A 5P51A 1TQFA 1T6GA 4IVSA 5AHAA 1FQ6A 5P23A 3QBFA 1SDUA 2I4XA 5P28A 1DIFA 1QBRA 5P0XA 4DJRA 4GJ5A 5P4SA 3NU3A 3L59A 3VSXA 6FIVA 1C6ZA 5ER2E 4Y38A 5P0LA 2UY0A 5P4HA 4OBZA 2B7ZA 4FRSA 4Q5MA 5P7IA 5P7FA 2FXEA 1C6YA 4U8WA 1HXWA 2R43A 2I4WA 3SA6A 5P6LA 2Q63A 3OU1B 3UPJA 2BPVA 5P5OA 3ZKGA 1NPAA 4Y47A 2XFIA 3U71A 1AM5A 3TPPA 5OZUA 4Y4UA 4DJOA 3EL1A 5P49A 4APRE 3ER5E 3AUPA 2G1RA 2RSPA 3IGBA 1B6MA 2AVVA 2HB2A 4AA9A 2H6SA 4CPTA 1IVPA 3KMYA 3OQKA 3K5DA 3N4LA 5P80A 1CMSA 2AOCA 5P16A 2BKSA 2G69A 3KT5A 1EC0A 1Z1RA 2OHTA 2XYFA 4Y56A 3O9GA 3TKWA 1SMEA 5P6TA 4B1EA 3INFA 5P42A 2IENA 2VJ6A 4J0PA 5OZVA 3HBOA 3KFNA 3WB4A 5P6PA 5P46A 5P5NA 1BV7A 4DQHA 4OD9B 1PPME 5P37A 5P41A 1K6CA 3VYFA 3N3IA 5P76A 1BDLA 3IXOA 5P2AA 2HM1A 5P4LA 2ER6E 4DUSA 3OK9A 2OHPA 5P5HA 2I4DA 3C9XA 5P2VA 4QJ6A 2QI7A 1ENTE 2ER7E 4Z22A 2SAMA 2WF4A 5P2TA 1D4YA 3ST5A 4YDFA 1LF4A 2B60A 3KYRA 2XYEA 5P6IA 5IE1A 3DK1A 4Y5AA 5P4RA 2PWRA 2QHZA 5P2NA 2AIDA 5P7MA 5P79A 5I3YA 4I0FA 1ODYA 2HB3A 4GJDA 2WEZA 1AIDA 2A4FA 2ZJLA 2VNMA 3O99A 4H3FA 5P19A 5P8TA 1K6TA 5OZPA 1K2CA 1HTEA 2OHMA 2HIZA 3D1ZA 3LZUA 4I8ZA 1GNNA 3OHHA 2PSUA 4J0ZA 5P7KA 5P0KA 4K4QA 1APWE 3QS1A 3QRVA 2I0DA 3VG1A 5P43A 4GMIA 5P4EA 2I1AA 5JFPA 4YCYA 3BUFA 4Y3RA 2FMBA 3GGUA 3EKPA 3OWNA 4EJLA 2V16C 1HTGA 3MSKA 3NLSA 2VA6A 5P40A 2AZ9A 3JVWA 2WF1A 4I12A 5DR3A 1MT7A 5P3YA 4J54A 5P6UA 1ZAPA 2P8HA 2IKOA 4JECA 1MRWA 3EC0A 1FF0C 5OZ3A 5HVPA 2IQGA 4ZLSA 1MT8A 2ZHRA 3IVHA 4RCFA 2G94A 2QMFA 2IL2A 4H3IA 1B5FB 3H0BA 5DGUA 3UF3A 5P5KA 2WF2A 1VIKA 5DQ4A 2NMYA 4U7QA 5P7WA 1IBQA 4OBDA 2IKUA 2FGUA 4J1IA 1ZBGA 4KB9A 4Y5EA 3OQDA 5P4XA 5P0RA 1BDQA 1BWAA 2O4LA 1LYAB 5P3TA 4NJSA 3LHGA 1HPVA 3ZKIA 2BPXA 5HE7A 1W5VA 1XN2A 3R4BA 1M4HA 4A6BA 1OEWA 1D4KA 4X2LA 2QK5A 5DR1A 5P34A 4EQ0A 5P6ZA 5KAOA 5P0VA 3G72A 1HVKA 5P5PA 5P1WA 5P02A 4R93A 3MWSA 2VA7A 3BUGA 5P60A 5P7HA 1D4IA 4YCKA 3FKTA 2XFKA 4YOAA 1RV7A 5P1ZA 1IIQA 3K4VC 4Y51A 2OHUA 2NPHA 3O9HA 5P11A 5P8VA 3BUHA 2VJ7A 2VIJA 2J9JB 3VFAA 2ER0E 5KR1A 4RVIA 2WEDA 4IVTA 5KQXA 5P2EA 2QZXA 1ZP8A 4Y5GA 2XFJA 1Q9PA 4Y45A 5P3RA 3PWRA 4RYCA 4J0TA 1A94A 5P7XA 1GVWA 2G21A 3LIQA 3SPKA 5SY3A 1E82E 5P7OA 5P1AA 3QI1A 5P4NA 2AOJA 1G2KA 3OAGB 3QPJA 3PSYA 5P7YA 1ZLFA 5P8PA 3L5DA 3OXVA 1TSQA 4B72A 3FNSA 4DVFA 2PYNA 3I2LA 1AXAA 3RTMA 2RMPA 2OHSA 5OYSA 1YX9A 1EPLE 3O9AA 3QVIA 4BFBA 1XE6A 5P8CA 5P4CA 2QCIA 4NPTA 4K4PA 5AHCA 1LF2A 3PJ6A 2AZCA 3UFNA 3WZ8A 5HU0A 5P61A 5P6GA 5BS4A 1BWBA 1BBSA 3Q6YA 5P6QA 2ZGAA 2V11C 5DR8A 1SIPA 3S7MA 3EKQA 4GJ6A 1FQ8A 1YT9A 2VIYA 4BEKA 2QP8A 1HSIA 3T11A 4B70A 3SM1A 3GI5A 5P0TA 5P2LA 3LIYA 3O9IA 3RVIA 4RCDA 5P74A 4FRKA 3OUDB 3RSXA 5P8JA 4R95A 1ZSRA 4KUPA 1JLDA 5P7VA 2BPZA 3T3CA 4NKKA 3EL9A 3D1YA 4YD6A 5P5CA 1K1TA 1KJHA 4EQJA 4D89A 3ZKMA 3WB5A 4B00A 5HDUA 4FM6A 5P3DA 1DP5A 3S54A 3VCMA 1PPKE 4GYEA 5I3WA 3ZKQA 4LBTA 5P4MA 5DQ5A 5P5DA 2VJ9A 3MXDA 1MRXA 4Y5NA 3IN3A 4FM7A 5P0JA 3SA3A 1QBTA 3AIDA 5P5WA 5P1DA 4YBFA 1GKTA 5EZZA 5P1FA 2IDWA 5B18A 4Y4ZA 2R3TA 5P2KA 4MC6A 5P5LA 2G1OA 2OF0A 5P64A 5P3OA 5JG1A 1LYBB 5P5IA 2QU3A 4YA8A 4L1AA 3FNTA 2AOGA 1G35A 5P03A 5C9FA 3VF3A 1HVIA 5P1MA 2PWCA 2BKTA 5OZ9A 3RSVA 4A6CA 4CPSA 4EXGA 4B77A 3OU4A 7HVPA 4QJ2A 4H3GA 3SA8A 4DJWA 5P0DA 5P7ZA 3I7EA 1KJ7A 3CIDA 3SKFA 4APEA 1SDTA 2I4UA 3PLLA 5P3GA 1FKNA 1WBKA 4CPRA 2PH6A 4F74A 1MIQA 4M8YA 2AVQA 1EAGA 1GVTA 4PZXA 5P4BA 1W5YA 3PHVA 4AA8A 1F34A 4U7VA 2NNKA 5P5YA 3S43A 2P4JA 1FMXA 2WEBA 4X7IA 3ER3E 1E5OE 4KE1A 2NXMA 1TSUA 3OADA 5HDXA 5ER1E 5OZYA 5P4FA 5C9DA 1AJXA 3VV8A 6UPJA 5P0MA 5P1EA 4Y3ZA 3NU6A 3WZ6A 4S1GA 5P4TA 3O9LA 4EJKA 2Z54A 4PYVA 1RQ9A 3M9FA 2FS4A 5P1SA 5P4UA 4DFGA 4M8XA 1BV9A 1MT9A 2HPFA 4FL8A 3OXWA 5UPJA 1HHPA 5P56A 5P82A 5P6OA 3SA5A 5APRE 4GB2A 2NNPA 5OZ0A 3UDKA 2Q55A 2NR6A 3UQWA 5AH8A 2NXLA 3URLA 4Y5MA 1QRPE 2H6TA 1B6JA 4FRJA 5P2JA 2BQVA 5SY2A 4DJPA 1SDVA 3OGQA 2ZJMA 5P22A 3IN4A 3NUOA 2FDPA 4LXKA 1EPQE 5P4DA 2FNTA 2IEOA 5P53A 5OZCA 2G1YA 5P3FA 5P08A 2AZ8A 3HVGA 5F01A 3CIBA 3TKGA 5HE4A 4FIVA 5P6XA 3WZ7A 3NU4A 4I0ZA 3VF5A 2P83A 4Y57A 1GVUA 3EXOA 3IXJA 4J1KA 4N00A 3PVKA 1SGZA 3BRAA 5AGZA 3SAAA 4J0YA 4FRIA 5DQ2A 3OUCA 1IZHA 3BXRA 2HAHA 4H1EA 1LF3A 5OZBA 5OZFA 3VYEA 4ZPEA 4RVJA 2F3EA 4GJ9A 4PHVA 5P0OA 4RLDA 1EPPE 4Y3YA 4UPJA 4LP9A 5OZRA 1MERA 4Y4EA 3SACA 5OZXA 5P3IA 4Z50A 2QNPA 1C6XA 4EXHA 5P3AA 3L38A 5P5FA 5F00A 5JODA 5P85A 1QDMA 5P5TA 4OC6A 2G27A 5P31A 5AH9A 5P0YA 5P5EA 4ZE6A 4TRYA 2QD8A 5P6YA 2G22A 1BXQA 1F7AA 1SBGA 1EPME 3T7XA 1M43A 4ZSRA 1EPRE 4HVPA 5P65A 4Z2ZA 4J55A 2WL0A 5I3XA 5HD0A 4B0QA 4K8SA 4Y4TA 4DJUA 1BVGA 1MPPA 3O9BA 4Z4XA 5P3WA 3DV5A 5P7CA 5P3MA 5OZMA 5OYTA 2VIEA 3BXSA 3DV1A 4CPXA 4OBGA 2R5PA 5P7AA 4FE6A 2G24A 5SZ9A 4Y50A 1QBUA 1YTJA 3NUJA 3G70A 1YTGA 5P1GA 3DOXA 3GI0A 5P14A 4EP3A 5OZIA 5P8DA 2QZWA 4WTUA 2WEAA 3NDTA 5P57A 2O4NA 1PFZA 4QJ8A 5OYUA 4Y44A 1ZJ7A 4FAFA 3RTNA 3HLOA 3K5GA 5P1KA 2V12C 5HTZA 4Y41A 4DV9A 2I4VA 5P3LA 1HVCA 2QI0A 5P5VA 5P6MA 4ZIPA 2HS1A 3EL4A 3HVPA 2WF3A 3UDJA 1FQ7A 1ER8E 5P7EA 4XKXA 4BELA 2P3BB 4DJVA 1HIHA 1MESA 4HDPA 5P5ZA 4TRWA 1IDAA 3FX5A 3QBHA 5P8IA 2AOIA 5OZQA 2QD6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GNO A;  2OHK A;  5KQZ A;  3HZC A;  4CP7 A;  2QHC A;  1T6E X;  5P2D A;  1HVL A;  5P25 A;  1RPI A;  3B7V A;  3BGC A;  2F3F A;  1HTR B;  3NXN A;  3EMY A;  2F80 A;  5P69 A;  2PSG A;  2B8L A;  1EPO E;  3I25 A;  2QNN A;  3Q3T A;  5IVR A;  1HEF E;  2OHQ A;  5P77 A;  5P72 A;  4Y35 A;  3VF7 A;  2UPJ A;  4Y43 A;  1SH9 A;  5P2X A;  4D85 A;  2ZHU A;  5P0Q A;  4GJ7 A;  2ZJN A;  2QMD A;  4ZEA A;  2QZL A;  4OD9 A;  3PSU A;  1ZSF A;  3ZPU A;  3OQF A;  3IND A;  1G0V A;  5P1T A;  5T4S A;  5P38 A;  2OHR A;  1GVV A;  2FNS A;  3CMS A;  5P30 A;  1HEG E;  5P7D A;  5P1N A;  4TVH A;  2G1N A;  3ZKS A;  3S53 A;  3CYW A;  3R2F A;  3NSH A;  1W5W A;  5KQF A;  5P1U A;  5P39 A;  3FNU A;  1TCW A;  3LIV A;  5P2H A;  4Y3P A;  5P4Y A;  3KFR A;  4AUC A;  5P73 A;  4MC1 A;  4Y5P A;  5P6N A;  3R0W A;  3VV7 A;  5P1Q A;  5DR7 A;  2QU2 A;  3APP A;  5P1R A;  4HEG A;  1APU E;  4I0H A;  3D3T A;  5P2O A;  3OU4 B;  1NSO A;  2QI1 A;  2V00 A;  1BXO A;  3KF0 A;  3PCZ A;  3TLH A;  5P8B A;  4ZPG A;  4Y3Q A;  1WBM A;  5P5B A;  3DM6 A;  1FMB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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