2JJJA

Endothiapepsin in complex with a gem-diol inhibitor.
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Catalytic Mechanism of an Aspartic Proteinase Explored with Neutron and X-Ray Diffraction
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 73
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2008-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2jjjA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2jjjA01
3PI5A 1FQXA 4RZ1A 2NMYA 3OOTA 3KDDA 3MWSA 1QBTA 2FLEA 1AIDA 3BUGA 3BVAA 2QNQA 4GJ5A 4YCTA 2WF4A 5P6JA 1IDAA 1W50A 5P2EA 1ZSRA 4ZIPA 1YM4A 5P68A 3G70A 3OADA 5P30A 5P72A 3B80A 3O9GA 4RCDA 1QRPE 2QHZA 2FGUA 4FM6A 5P2OA 4GJ7A 3I25A 5OZQA 1PPLE 3QAAA 3ZKNA 4D83A 4M8YA 2G94A 2AZ8A 5UPJA 2BKSA 4APEA 3OXCA 5P0RA 1FMXA 5P7XA 5ENMA 3RVIA 4HE9A 3SA8A 5P4OA 4ER4E 5DQ4A 4Y53A 3IGBA 3INEA 1G0VA 2P3DA 3SA7A 3OU1B 5OZUA 5P5ZA 5P2VA 2VJ7A 1HPOA 1EPRE 3DK1A 2P83A 2VNMA 1K2BA 1YX9A 4HZTA 2FIVA 5P04A 5P4XA 3UQWA 1GKTA 5AH8A 5P6QA 5P1KA 3PCWA 3L5EA 3TOGA 5P2ZA 1PFZA 2WF0A 3HVPA 3WB4A 4GJBA 2ZJJA 4KE0A 2VA5A 1TSQA 5OZ4A 4BEKA 5P5SA 1HVIA 4D89A 5P16A 1IVPA 1ZSFA 3DCRA 3SAAA 5P3UA 1MTBA 3CYXA 4RROA 5P2QA 3ZKIA 5P66A 5P5VA 5P82A 2PSVA 3WSJA 1WKRA 1SDUA 2FNSA 5AHCA 4KE1A 4DJWA 2QMPA 1AJXA 2H6SA 4DQHA 1IZIA 1K2CA 1BIMA 5HE4A 1HEFE 5P39A 5TOLA 4EYRA 5P7ZA 4Y57A 1SIVA 3LPJA 3GGXA 3G6ZA 3BVBA 5P2CA 1XL2A 5P7BA 4AA8A 5P4DA 4J0VA 1M4HA 5P7JA 5P1SA 3SLZA 4PZWA 1T7JA 4K9HA 4DQCA 3EL1A 9HVPA 4I11A 4EPJA 5F00A 3PHVA 5P3FA 5P6TA 5OYWA 5P54A 5IVQA 2BJUA 3QP0A 3ZKMA 5KR0A 2ZGAA 4NPTA 2G26A 4I1CA 4CPWA 5OZBA 2JE4A 3SABA 4R91A 5SY2A 1BWBA 5P64A 4YCYA 5P5LA 4AA9A 5P7WA 6UPJA 4QJAA 3SACA 5P4IA 4HVPA 2V12C 2WKZA 5P6DA 5DGWA 2ZHSA 4GJ8A 1EPOE 5DQ2A 3U71A 3UF3A 5COPA 3MXDA 5P1QA 3EL9A 3NWQA 5P3IA 2AQUA 1PSOE 2ZJKA 4YHQA 1K6PA 4ZLSA 3UDQA 2CENA 1META 1EPNE 5P29A 3ZKXA 2ASIA 5OZZA 2QMDA 5AH6A 4I0JA 5P5BA 4OBJA 1A94A 2ZJLA 1EPLE 3L5DA 5BS4A 1HSGA 5P3WA 1LV1A 4FAFA 2QP8A 3UQUA 4A4QA 4NKKA 1MRXA 4TVHA 3HBOA 2V00A 3UTLA 3VF3A 4L7HA 5P0LA 5P19A 4I8ZA 1LYWB 5P5CA 3QRSA 4GIDA 2OHTA 5P51A 5P3VA 1EPQE 2Q5KA 5P3MA 5OZAA 7UPJA 1ZJ7A 2FMBA 2JJIA 3MSJA 4ZSMA 2VIZA 4B1CA 3CKPA 2G24A 5P6UA 5P35A 5P7MA 1E5OE 5P0YA 3EM3A 3PLDA 2ER7E 5P2RA 4ZSPA 2B8VA 2VJ9A 3TH9A 3PWMA 2V13A 1A30A 2UY0A 3L5CA 4DJVA 1AAQA 4Q1WA 3BRAA 4LP9A 5P5IA 4ER1E 4GMIA 3FNSA 1MVPA 5P0ZA 4X7IA 4Y3AA 4NPUA 3OWNA 5OZ9A 1OD1A 5OZ1A 2G22A 3OAGA 5P47A 5P0OA 1T6EX 5AH9A 2QAKA 1AZ5A 4WY1A 3OQFA 3KFSA 1HSIA 2WJOA 5P0BA 2G69A 5P7TA 4DQFA 2ER0E 5OYZA 3U7SA 4JOOA 1G2KA 1XDHA 5P25A 5P80A 3OQDA 1F7AA 5P2KA 4PPHA 3RTHA 2NXDA 3SA4A 5P70A 3NU3A 3TPRA 4APRE 1EBYA 3LIQA 3VUCA 5P43A 1MT7A 5KOSA 4Y48A 1MIQA 3O99A 5P58A 2J9JB 5P8MA 4OBZA 5P20A 5P44A 4OBHA 5P6AA 2I4DA 2A1EA 3QI1A 4Y39A 3EKTA 5P6VA 5KOQA 2Z54A 2XFKA 4J54A 4RRNA 5OZHA 3PSYA 3Q4BA 5OZGA 4DFGA 5I3YA 2PWRA 3R4BA 3EL0A 5P06A 3D1ZA 2QU3A 3O9FA 4X2LA 4CMSA 1TSUA 2QMFA 5P3OA 2AVMA 2HPEA 5PEPA 2IENA 4ZPFA 1HIHA 4Y4EA 5P3HA 4GJAA 2VIYA 5P5EA 2F3FA 3S43A 1OHRA 2O40A 1ZPKA 3TPJA 5P1WA 3KDBA 1W5WA 3Q5HA 5P78A 5HE7A 5P6HA 5P89A 3APPA 1FMBA 2G1YA 4I8WA 5P1CA 2MIPA 5P85A 5OZCA 2V16C 2PYMA 1EEDP 5HE5A 4YE3A 4B77A 2HB4A 4D88A 4LL3A 4B1DA 4GZFA 3SM2A 5P79A 5OYVA 1AXAA 3INFA 2IEOA 3S2OA 5P4AA 4Y4BA 1SDVA 1LYAB 1QS8A 1ZPAA 3ECGA 2HB2A 5CLMA 4JPEA 3EMYA 2RSPA 5P76A 5AHAA 2QNPA 4EHCA 5P8CA 4Y5AA 3S56A 2R9BA 5P01A 4DQEA 5SXNA 5KR2A 3RU1A 3PSGA 5P2SA 4BELA 1GNMA 2AOEA 3UQXA 3UFLA 1HVHA 5P42A 1Q9PA 1KJGA 4F75A 2OHSA 2AOGA 5P4EA 4J1IA 5P34A 2R3WA 3RTMA 3L5BA 3TKGA 2NMZA 1B5FB 1GVXA 5OZ2A 5KR8A 5P77A 4Q1NA 1HVJA 3O9IA 4Y3GA 5IVRA 3NU4A 1HVCA 5P07A 3FX5A 1T3RA 1E81E 4RLDA 5J25A 5P02A 4XXSA 1HVRA 4XX3A 4Y4TA 4ZPEA 4KUPA 2ZJMA 5OZJA 5P37A 5P40A 3OXXA 5AGZA 5OZXA 4Y51A 3OQ7A 1HOSA 1IZHA 3QBHA 4Z4XA 3EKPA 5F01A 4Y5NA 5P1HA 2OF0A 5P0EA 4K4RA 3PWRA 2FDDA 4MC1A 4NJTA 3O9EA 3QRVA 5P6PA 3L58A 4Y5KA 3LPIA 3D3TA 3QVIA 3PB5A 5BRYA 2VKMA 5OYYA 1NPWA 3NDWA 3EKWA 3KMYA 2PC0A 4RGHA 3R0YA 5P18A 2QZKA 5P2HA 5P0PA 5P2FA 5IS4A 2FDEA 3GI0A 4Z50A 5ENKA 4EJ8A 2R8NA 2APRA 3OADB 1B5FA 4PYVA 5P5UA 1OEXA 1FF0C 4PHVA 5P88A 1MUIA 2QMGA 3WZ6A 3Q3TA 1LEEA 1PSNA 3EBZA 4J0TA 5P50A 5P36A 5P7HA 5OZOA 5P7FA 3VG1A 1B6KA 3GGUA 5P0GA 5E5KA 2I4XA 5P28A 2WECA 1EC2A 4I0IA 5P60A 2UXZA 3LIVA 3TPLA 1BDQA 5OZ0A 4FE6A 5P0QA 2I4QA 3VEUA 4RCEA 3UDPA 1K6TA 5P8NA 5P6IA 2OHNA 4COEA 1DMPA 5P1MA 3NXEA 1RQ9A 1D4HA 1YM2A 4RRSA 4AUCA 5P17A 3VYEA 4B72A 4I0GA 5EZXA 1GNNA 2QU2A 3T7XA 5P5RA 4GB2A 1HXWA 5P3JA 4Y4JA 2AZCA 3UDRA 5I3VA 5OZ7A 4YDGA 2ZJHA 1CPIA 5HU1A 4YD5A 1BDLA 4OBDA 3L59A 4EP3A 2VA6A 3DV1A 2NNKA 3IXKA 1F34A 3HD8A 3PRSA 4PZXA 1FQ7A 3ZOVA 2QHYA 1RNEA 3K5FA 5P0XA 4DUSA 2WF1A 3DCKA 1FFFC 4A6BA 5P7QA 3GGVA 4U7QA 2WL0A 3WZ8A 3K5CA 2SAMA 3N3IA 2QI6A 5P6KA 5P23A 3AUPA 5P3ZA 1C6YA 2I1AA 3ZKQA 4GJDA 1Z1RA 3M9FA 3L38A 1HVSA 3O9LA 5COKA 5P1YA 1K1TA 5P65A 1MPPA 1WBKA 1EC1A 1DAZC 5P8TA 2NXMA 5P0CA 3URIA 1U8GA 3OTYA 5KR1A 2I4WA 1B6JA 4TRZA 5P5OA 4J1EA 3QIHA 5P8AA 5OYQA 3UDMA 3KM4A 2OHQA 2FGVA 4MC6A 4QJ9A 1EC0A 4QJ8A 5P3TA 5P4RA 2I0DA 1VIKA 4LHHA 3LIZA 3DV5A 2F3EA 4A6CA 5P73A 3OXVA 5P4KA 5P4WA 2G21A 5P0UA 5P1VA 1CMSA 3MXEA 4EWOA 5P8UA 2ZYEA 4MC2A 1KJ7A 5P2DA 3DM6A 4OD9A 1FQ4A 2G1OA 3I2LA 5P3KA 3OUDA 3L3AA 3N4LA 1HIIA 2XYEA 4LC7A 4J17A 5P4QA 5P8JA 2AOHA 5P13A 5P8PA 2IRZA 5DR4A 3UDHA 2HIZA 5P2BA 5P7AA 4H3GA 1D4KA 2AZ9A 2VA7A 2O4SA 2QD6A 3FNUA 4FLGA 2ZDZA 1BXOA 3PBZA 3OUAA 4FS4A 2PH8A 4EJKA 3PVKA 5P5JA 1GNOA 1MSNA 1ZP8A 5C9FA 1IBQA 4RCFA 4Y4AA 5P2IA 2PK6A 4YDFA 1YTHA 3OAGB 4B78A 4LAPA 1HPVA 2PMAA 4DQGA 3ZMGA 4Z22A 1DP5A 1FLHA 2QI3A 5P2XA 3BHEA 5DR1A 3A2OA 1XN3A 2AVQA 3KMXA 5OZYA 5P1OA 4ACUA 1SP5A 3C9XA 5OYTA 1W6IA 5OZRA 1JLDA 1FG6C 2V11C 5KAOA 1NH0A 1EBZA 5P6FA 3VSWA 3ZLQA 2IS0A 1N49A 5HDXA 4ZSQA 5OZNA 3EKYA 3NU5A 5P0IA 5P5DA 4FRIA 5P56A 1MT8A 1APWE 4Y5LA 3NU6A 2V0ZC 1MEUA 1HIVA 3KA2A 5APRE 3UQRA 5P0TA 4Y3MA 3OUBA 5COOA 5P86A 2IGYA 4OBZB 1ENTE 5P6SA 4J0PA 5OZSA 3GI4A 5OZIA 5P0VA 4J1FA 5P1DA 1HBVA 2I4UA 5P4NA 3KT5A 3LZUA 5P7YA 1FGCC 1SIPA 1FQ8A 5JFUA 2IKUA 1HVKA 3DOXA 2CEJA 1MERA 1ME6A 2HPFA 3NSHA 5P3CA 5OYSA 5P6XA 1HTGA 4CP7A 1SBGA 4N00A 5P8GA 4Q1YA 4U7VA 3LZSA 6FIVA 3U6AA 2AVOA 2B60A 4EQ0A 2QI5A 3S7MA 4LXKA 4Y4UA 1HEGE 5P2JA 4OC6B 3S43B 2NNPA 3D1XA 2B7ZA 4RYCA 5P4SA 3ER3E 3OU3A 3MSKA 4DJYA 4DJRA 3NDTA 5OZ8A 3EXOA 5P2YA 5C9DA 5P5NA 3ZPUA 3OGQA 5P4JA 4Y47A 5P1RA 5OYUA 5FIVA 3DUYA 5P5KA 3IAWA 2ZHVA 3HVGA 4L6BA 4Y3FA 2OHUA 4L7GA 2RENA 2UPJA 3UDKA 1EPPE 2J9KA 4Y44A 1ODXA 4Y5CA 2Q63A 5P7VA 3SPKA 1BVGA 2VJ6A 1EC3A 2ZE1A 3ZPSA 2H6TA 4DPFA 4FM7A 1HTEA 4K4QA 4OBKA 5P0KA 2WEAA 4YBIA 3VYDA 4Y38A 2HM1A 4H3JA 5T4SA 4QLHA 2CEMA 3OOZA 4NJSA 4Q1XA 4EXHA 2WF2A 4K4PA 1FIVA 3NR6A 3NYGA 5P6OA 5HCTA 2AOJA 1A9MA 2F3KA 5P71A 3NLSA 3LINA 4OC6A 1BV7A 4Y50A 5P38A 3LIXA 5DQ5A 1BDRA 2WEZA 5P6ZA 4B1EA 4FRSA 1VIJA 3CKTA 3UDNA 5B18A 5P5XA 1IZEA 4Y3YA 4CPQA 1UH7A 1SGZA 3EL5A 3S54A 3WZ7A 5P5FA 1PPKE 5P75A 3JVWA 4HEGA 3EL4A 3PI0A 3VLAA 3UPJA 5P4YA 2QZLA 5P1JA 1E82E 5P1LA 2F8GA 1HSHA 5P3RA 1GVTA 1QBSA 5OZMA 1PROA 1APUE 3CKRA 3R0WA 1GVUA 1D4SA 4Y3JA 2BPZA 4J0YA 5P7SA 4D8CA 1ODYA 5P6NA 5P6CA 3UDYA 1CZIE 5P5WA 1ZBGA 1DPJA 1IVQA 5P8OA 1QBRA 5P55A 2FS4A 3CICA 5AH7A 3SKGA 5P8HA 3FIVA 2OHKA 4Y3LA 5JODA 2I0AA 1KJHA 5P5TA 5IVTA 3EKQA 4HDFA 3ZKSA 4DH6A 5DR0A 5P08A 4Y9WA 5P41A 1YT9A 5P63A 4ZPGA 2AVSA 5P14A 1TZSA 3OQKA 2FNTA 4FM8A 3UCBA 4Y3RA 2ZJNA 4Y54A 2OAHA 2BPWA 4M8XA 4RVJA 3QS1A 1AJVA 5P5AA 5P1AA 2AZBA 3PGIA 3IXJA 4EJLA 4YA8A 3ZL7A 2BBBA 3SO9A 4Y45A 4WY6A 2G1SA 3Q6YA 5P7LA 4Y5MA 1FMUA 5P27A 4L1AA 1C6XA 3FNTA 5P57A 5JG1A 2RKFA 4Y5EA 5P3AA 5EZZA 3PBDA 5HCOA 5P3QA 3INDA 5P03A 2AODA 5P7PA 4R95A 4MC9A 1E80E 3GGAA 3IVIA 3VFBA 4Y3NA 4WTUA 4XX4A 5I3WA 5P1FA 3R1GB 4Y37A 4QJ6A 2NTRA 4DJXA 3NDUA 1FFIC 4DJUA 2ZHRA 1B6PA 3KFNA 4J5JA 3VYFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PI5 A;  1FQX A;  4RZ1 A;  2NMY A;  3OOT A;  3KDD A;  3MWS A;  1QBT A;  2FLE A;  1AID A;  3BUG A;  3BVA A;  2QNQ A;  4GJ5 A;  4YCT A;  2WF4 A;  5P6J A;  1IDA A;  1W50 A;  5P2E A;  1ZSR A;  4ZIP A;  1YM4 A;  5P68 A;  3G70 A;  3OAD A;  5P30 A;  5P72 A;  3B80 A;  3O9G A;  4RCD A;  1QRP E;  2QHZ A;  2FGU A;  4FM6 A;  5P2O A;  4GJ7 A;  3I25 A;  5OZQ A;  1PPL E;  3QAA A;  3ZKN A;  4D83 A;  4M8Y A;  2G94 A;  2AZ8 A;  5UPJ A;  2BKS A;  4APE A;  3OXC A;  5P0R A;  1FMX A;  5P7X A;  5ENM A;  3RVI A;  4HE9 A;  3SA8 A;  5P4O A;  4ER4 E;  5DQ4 A;  4Y53 A;  3IGB A;  3INE A;  1G0V A;  2P3D A;  3SA7 A;  3OU1 B;  5OZU A;  5P5Z A;  5P2V A;  2VJ7 A;  1HPO A;  1EPR E;  3DK1 A;  2P83 A;  2VNM A;  1K2B A;  1YX9 A;  4HZT A;  2FIV A;  5P04 A;  5P4X A;  3UQW A;  1GKT A;  5AH8 A;  5P6Q A;  5P1K A;  3PCW A;  3L5E A;  3TOG A;  5P2Z A;  1PFZ A;  2WF0 A;  3HVP A;  3WB4 A;  4GJB A;  2ZJJ A;  4KE0 A;  2VA5 A;  1TSQ A;  5OZ4 A;  4BEK A;  5P5S A;  1HVI A;  4D89 A;  5P16 A;  1IVP A;  1ZSF A;  3DCR A;  3SAA A;  5P3U A;  1MTB A; 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 4A6B A;  5P7Q A;  3GGV A;  4U7Q A;  2WL0 A;  3WZ8 A;  3K5C A;  2SAM A;  3N3I A;  2QI6 A;  5P6K A;  5P23 A;  3AUP A;  5P3Z A;  1C6Y A;  2I1A A;  3ZKQ A;  4GJD A;  1Z1R A;  3M9F A;  3L38 A;  1HVS A;  3O9L A;  5COK A;  5P1Y A;  1K1T A;  5P65 A;  1MPP A;  1WBK A;  1EC1 A;  1DAZ C;  5P8T A;  2NXM A;  5P0C A;  3URI A;  1U8G A;  3OTY A;  5KR1 A;  2I4W A;  1B6J A;  4TRZ A;  5P5O A;  4J1E A;  3QIH A;  5P8A A;  5OYQ A;  3UDM A;  3KM4 A;  2OHQ A;  2FGV A;  4MC6 A;  4QJ9 A;  1EC0 A;  4QJ8 A;  5P3T A;  5P4R A;  2I0D A;  1VIK A;  4LHH A;  3LIZ A;  3DV5 A;  2F3E A;  4A6C A;  5P73 A;  3OXV A;  5P4K A;  5P4W A;  2G21 A;  5P0U A;  5P1V A;  1CMS A;  3MXE A;  4EWO A;  5P8U A;  2ZYE A;  4MC2 A;  1KJ7 A;  5P2D A;  3DM6 A;  4OD9 A;  1FQ4 A;  2G1O A;  3I2L A;  5P3K A;  3OUD A;  3L3A A;  3N4L A;  1HII A;  2XYE A;  4LC7 A;  4J17 A;  5P4Q A;  5P8J A;  2AOH A;  5P13 A;  5P8P A;  2IRZ A;  5DR4 A;  3UDH A;  2HIZ A;  5P2B A;  5P7A A;  4H3G A;  1D4K A;  2AZ9 A;  2VA7 A;  2O4S A;  2QD6 A;  3FNU A;  4FLG A;  2ZDZ A;  1BXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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