2MIPA

Crystal structure of human immunodeficiency virus (hiv) type 2 protease in complex with a reduced amide inhibitor and comparison with hiv-1 protease structures
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of human immunodeficiency virus (HIV) type 2 protease in complex with a reduced amide inhibitor and comparison with HIV-1 protease structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2mipA00
1HWRA 3OUBA 2F80A 1LV1A 4K4RA 5P3WA 1B6LA 1SBGA 4DUSA 4J0VA 4LC7A 1GKTA 3KM4A 1LYBB 4PYVA 3S8IA 1D4IA 4Y3MA 5P24A 5P5SA 5P6AA 2QZLA 1MRWA 4RGHA 3RTMA 1HVSA 4CP7A 3HAWA 3SM1A 5P6NA 3QRSA 2AOFA 5P0FA 5P1UA 1FQXA 3NWXA 5P5WA 2G69A 4Y56A 1GVWA 4Y45A 3N3IA 5P7DA 3LZVA 4J0YA 4Y35A 6UPJA 5KOQA 5P2BA 3T6IA 3CYWA 5ER1E 1ODWA 1IDBA 3HZCA 4QJ2A 3PSYA 2ZJNA 2QU3A 4D83A 1HSHA 5P7EA 1CPIA 3K4VA 2NXDA 4EQ0A 4RYGA 4ZPEA 2ZDZA 2HB2A 5P8FA 3FX5A 2WF4A 5DQ1A 2NTRA 3JW2A 3LPJA 2R5PA 3JVYA 5P7SA 4AMTA 3WB4A 3NLSA 3UF3A 3OY4A 4B70A 3WB5A 4QJAA 4EP2A 4EWOA 4GJ6A 5P12A 4I0IA 4Y3TA 5P47A 3UFLA 3G70A 3BGCA 4I8ZA 3QVIA 5P23A 2G24A 5P41A 1HTEA 4A6CA 2JJIA 2I4DA 1B6PA 2IGYA 5P04A 3RSVA 4CPWA 5P87A 4Y37A 1W50A 3FV3A 1DAZC 2WF0A 5P2CA 5IVQA 3KA2A 5P86A 5P1QA 5JODA 2HIZA 1TW7A 2FDPA 3FNSA 1D4JA 3R4BA 4RCDA 3EL0A 1YM4A 3OXWA 3ZKMA 5P8UA 3BUGA 3QN8A 2HPFA 5OYYA 5P8DA 1BBSA 3UQPA 1QRPE 4GJCA 5P2RA 2BPVA 5P4KA 4NPTA 1IDAA 2V00A 4Y5CA 5P4NA 4Y3JA 5P1GA 2QI1A 3VSXA 5P68A 5P5QA 4DQEA 2QI3A 4EYRA 3MXEA 1HOSA 5P14A 2AZCA 3BXSA 5P8KA 4GMIA 5DQ5A 4Y5MA 2QMDA 3WZ6A 3UFNA 3LZSA 1HPOA 2AOCA 3GI5A 5P7ZA 3S45A 5P5ZA 2QHYA 2Q63A 4GJ9A 5OZNA 1U8GA 1HVRA 2QMGA 4R93A 2G27A 1KJHA 4AA9A 2HAHA 5P2XA 4IVSA 3OWNA 5P75A 4OBGA 3BUFA 5P37A 5P15A 3LIZA 5P81A 3PBDA 3K4VC 4NJUA 3NWQA 4DJQA 1APTE 4F74A 1XN3A 5OZJA 5P64A 1E80E 1DPJA 1W6HA 1LYAA 2OHUA 1EPLE 1C6XA 5P7HA 3KDDA 3ZKXA 3UDRA 3NDWA 1FIVA 3OU1B 4QJ7A 3OADB 2IL2A 5HVPA 1A30A 3SA7A 3B80A 5P3FA 3HLOA 1A8KA 2RKGA 1W5WA 5P2MA 4YBFA 2B42A 2CEJA 3DCRA 2QP8A 5P8AA 5KOSA 5OYXA 1Z1HA 3OAGA 5P6VA 4Z2ZA 5P3GA 2BPZA 5EZZA 5P5IA 2VIYA 3PM4A 2ZYEA 2JE4A 3BRAA 3QIHA 5JG1A 5P73A 2P3BB 2FGUA 5OYWA 3EXOA 1SDUA 4ACXA 5P1VA 3BUHA 5P0CA 4XKXA 1EPOE 3IXOA 4R95A 3OQDA 3OOZA 5KAOA 2FXEA 2SAMA 3EC0A 5P5EA 3UDMA 3TL9A 3EL1A 5P36A 2PWCA 3EKQA 3WZ8A 4FRJA 4I0EA 4OBKA 4BFDA 2AIDA 1AZ5A 4CKUA 4Y4GA 4NJTA 1ER8E 3PCWA 1FQ8A 3DM6A 3CKPA 2PSGA 1MTRA 3IN3A 4LAPA 5OYVA 8HVPA 3PB5A 4J1IA 5P84A 4Y3LA 2OHPA 3VEUA 3LINA 5OZYA 1HTFA 4ER1E 3H0BA 4BFBA 3UDQA 2G20A 3OUAA 3A2OA 4YA8A 1YX9A 4Y3DA 1HPVA 4Y41A 4A4QA 3QPJA 3PWWA 3ZKSA 1C70A 1DIFA 4J1FA 3OQKA 4Y3RA 3K5GA 5P25A 3TTPA 3UQWA 4J0PA 3U71A 5P4ZA 3MSLA 1QBRA 3VF5A 1EC2A 3ECGA 2ZJKA 2APRA 3EM4A 1G0VA 3OXVA 5KQFA 3KF0A 5OZPA 5P3YA 1UH8A 5P1RA 5P56A 5P42A 5P0WA 1YTGA 2IDWA 5DR1A 6FIVA 5OZMA 3UQUA 2PYNA 5OZ3A 1KJ7A 4RYCA 4Y54A 1K2BA 3I2LA 1HSIA 2G26A 2QZKA 3DCKA 4TRWA 5P6XA 3TKWA 3QP0A 2NXLA 2OHRA 3PVKA 1HIVA 4I0JA 4BEKA 4FGXA 4B05A 1WKRA 1T6EX 3NYGA 5P0EA 4B78A 3VSWA 4F76A 1APUE 4D88A 3NUJA 1GNOA 5P3EA 4OBZB 2AODA 3UDNA 5P4MA 4B1EA 4GJBA 2VJ6A 5P01A 4FSEA 2QAKA 5P62A 1WBKA 5UPJA 2O4KA 2O4SA 2VNMA 5P3JA 3PWRA 3TOHA 3VV8A 3EKVA 3O9CA 4YD6A 4Y4WA 3D91A 1MT8A 1FQ7A 4OD9A 2P8HA 5P0SA 2PH8A 3KT5A 3WZ7A 5P66A 3KMXA 4L1AA 2JXRA 2HC0A 4ER2E 3CICA 4ZSPA 5DGWA 4E43A 4LXAA 1ZJ7A 1IZDA 2J9JB 3S54A 5P6OA 2JJJA 4QJ6A 5P8IA 5P11A 5HU1A 5I3WA 1GNMA 3CMSA 5P2ZA 4DJPA 3PLDA 2R8NA 5P6IA 2R43A 5P2AA 2WECA 5P6PA 1M4HA 2OAHA 5OYSA 1RV7A 3PEPA 1OEWA 4K8SA 5P2TA 1GNNA 9HVPA 2UXZA 4HLAA 5OZ2A 4ZEAA 5P6TA 7UPJA 5P3RA 2I4QA 5P5UA 3VUCA 1MEUA 3EL9A 4Y39A 5P8BA 3PSUA 1D4LA 1Q9PA 1W6IA 5P1KA 5SZ9A 2AOGA 4Y3XA 3R0YA 3F9QA 4K4PA 3SFCA 5P58A 1FQ6A 1FMXA 4J17A 4PZWA 4HDPA 1T7IA 2QNPA 3FIVA 2I4UA 3O9GA 1TZSA 5P7TA 3NU9A 2AVSA 1LYWA 1AJXA 5P3IA 5P7IA 5P3VA 4DJVA 2OHQA 2Q54A 3LPIA 5HDVA 4GIDA 5P1HA 5P4VA 4EXHA 1ZSFA 3KN0A 5OZFA 5P13A 4Y50A 1IVQA 4FCOA 4A6BA 1BILA 2B7ZA 2ZHSA 4Y3EA 3PMYA 1MESA 1SIVA 3BVAA 1NH0A 2RKFA 4YD3A 5DQCA 3OU1A 5P0TA 4YCKA 2OHKA 5P1OA 3UTLA 5P3AA 5P5VA 3L5BA 3RVIA 5P3UA 1FGCC 2OHNA 5P8GA 3PWMA 3OTSA 3PJ6A 1YT9A 4S1GA 5E5JA 5P8QA 4APRE 3TPPA 5P0KA 3HVPA 1SMRA 4J1HA 3HD8A 5P51A 3LZYA 3R1GB 4Y53A 5P28A 1RQ9A 5P0HA 3O9EA 4B1CA 2BPWA 3TKGA 5P4RA 3LPKA 3PRSA 5OZCA 1B6KA 4FM7A 5P2SA 1MUIA 4BELA 4R5NA 1TSUA 3T7PA 3ZPSA 1VIJA 2A4FA 3LHGA 3HDKA 3SA3A 1G35A 3S56A 2HS1A 1YM2A 4D85A 3OTYA 2WF1A 3NDTA 4Y4UA 4FAFA 5P6QA 5P5NA 5P2JA 2V16C 3L58A 4DPFA 1K2CA 5P4LA 3DOXA 1HVLA 3R0WA 2PSVA 4Q1YA 5P63A 2IEOA 5P8PA 4Z4XA 5ENMA 2PK5A 5P19A 1KJ4A 4Y43A 3GGVA 2B8LA 3IVHA 4YCTA 5I3YA 5P3CA 5P1BA 2FNTA 5P57A 4QLHA 3HAUA 1MVPA 5P2GA 1DW6C 1FLHA 3KFRA 3RTHA 4MC1A 3EM6A 2QI6A 3KDCA 4FS4A 5OZDA 4COEA 5HDXA 3Q4BA 4H3GA 1GVTA 2ZGAA 5P09A 2H6TA 2BPYA 5P3ZA 2OHTA 4CMSA 1C6ZA 2FDEA 4Y4JA 5P44A 4L7JA 5P39A 3L5FA 4APEA 5SY2A 4PEPA 2R3TA 4Y4ZA 5P4QA 4F73A 3NUOA 3EKYA 2FXDA 4HDBA 4XX3A 4YDGA 4YD4A 2J9KA 2NNKA 4DJWA 4Q1WA 5P18A 5P7PA 1E82E 4OBZA 3PI5A 2IRZA 2QI5A 4GJDA 1FMBA 1HTRB 1TSQA 1VIKA 5P80A 1BVEA 3INHA 2VA7A 5P0ZA 5P3BA 3VFAA 5OZ4A 2I1AA 4X7IA 4DJXA 4DV9A 3LZUA 5P50A 4CPQA 1J71A 1UH7A 5P2UA 5P4HA 5P6KA 1K6VA 3NU6A 1EBZA 5P6FA 3SO9A 2XFKA 4I0HA 4U7VA 5P5BA 3EMYA 2QI0A 4J1CA 3TPJA 4Y48A 4HDFA 4I1CA 5DR0A 3S43A 3H5BA 5P0NA 4FM6A 4DJRA 3SACA 1BV9A 1ZPKA 4Y5LA 5P4FA 4EJKA 5P7WA 4QGIA 1MERA 5CONA 1QDMA 2P83A 5P6BA 5OYUA 5DQ4A 2ANLA 1SP5A 1K6PA 3D3TA 4FAEA 5ISKA 1DP5A 4Q1NA 5P7MA 5P7CA 3UDPA 4K9HA 5P3XA 1B6JA 3NXNA 2VIJA 2V13A 1AXAA 4CPRA 5P8HA 5P2VA 5C9DA 4JP9A 5P72A 2Q5KA 5P05A 1W5VA 2WHHA 5P7GA 3O99A 5P0UA 1B5FB 5P71A 4RLDA 3O9LB 3TLHA 2NMYA 1FQ4A 2VJ9A 4CPXA 5P7AA 1HVCA 2G1RA 4DJUA 2NPHA 3GW5A 5P79A 3ER5E 2F3KA 3QAAA 2QMFA 2R38A 1D4KA 7HVPA 2WEZA 2WF2A 5P6WA 2V10C 1XL5A 5P7RA 1RL8A 2EWYA 5OZ5A 3UCBA 1GVXA 1N49A 2V12C 4D8CA 1EBYA 1MT7A 4Z50A 2ER6E 5P89A 5P70A 3OU4B 3LIXA 1HXWA 1FFFC 4L7HA 4B0QA 2PSUA 2PC0A 4L6BA 3T7XA 3URIA 2AOIA 4IVTA 5P4SA 4M8XA 3S7LA 1HVHA 1EPNE 2ASIA 3C9XA 4I12A 1MRXA 1FMUA 4Y3ZA 1NPVA 2P3CA 4RVJA 4YCYA 3IXKA 3T11A 5OZQA 1QS8A 2PK6A 1ODYA 2O40A 2IKOA 3JVWA 4ZPFA 5JFUA 3NU5A 4XXSA 3UDKA 3Q70A 4Y4DA 3GGUA 2CENA 2VA6A 2XFIA 3INEA 2VS2A 4FLGA 5P8LA 3S85A 1G2KA 3LITA 1LYBA 4K4QA 2VNNA 1XDHA 1RNEA 1LF3A 5HE4A 5P0QA 5P3HA 5IVTA 5ER2E 4FRKA 3RSXA 1K6CA 4YE3A 2XFJA 3OUCA 5P6GA 4M8YA 1QBTA 2AOEA 5P4AA 5HE7A 2RMPA 3ST5A 3R2FA 2CEMA 2NR6A 3I8WA 4Y38A 5P7FA 5P4PA 5P29A 4DQGA 4ZIPA 3CKRA 5OZVA 3SA5A 3ZPUA 5P6LA 4DPIA 4J5JA 3ZKIA 3UQXA 5P1PA 2XYEA 1BAIA 3AIDA 5OZ6A 5DR4A 2QHCA 5P0RA 5I3VA 3VCMA 1ZP8A 4FL8A 5P74A 2ZHTA 1FG6C 4YBIA 3ER3E 4KE0A 5OZGA 4B00A 5P6RA 4HZTA 4KB9A 5P17A 1NPAA 2Q64A 4EJLA 3IXJA 5P78A 5P2YA 2G1YA 3EL5A 4Y3QA 2R9BA 2QNNA 4Y3AA 4R92A 4I10A 2G1OA 1FQ5A 5OZAA 5HCOA 5P4DA 3D1ZA 1A9MA 5AGZA 4LL3A 4TRYA 4EXGA 5P1ZA 5P5MA 5OZWA 2ZJLA 5P6CA 4H3IA 5P0BA 4LXKA 1ZPAA 5P0YA 5P53A 5P8OA 2ZHVA 3NU4A 5P4JA 4DVFA 1AAQA 3VYDA 1SGZA 2VIEA 1K1TA 1MSNA 3ZKNA 5P2NA 2ZJIA 5P32A 4Y3PA 5DR3A 5KQZA 5P02A 5DGUA 1EPME 1BXOA 3TH9A 3ZL7A 1ZAPA 3INFA 2WJOA 2A1EA 2G21A 4FSLA 5BRYA 4Y5KA 1EAGA 2PWRA 2HM1A 4Y5GA 5P3MA 5P0OA 1W5YA 2P3DA 3ZLQA 3MWSA 5P3TA 1F7AA 1W5XA 5P49A 4WY6A 5P1SA 5P3QA 2HB3A 2G22A 5F01A 2QCIA 1UH9A 2MIPA 3LIQA 4RROA 5FIVA 5P52A 2AVOA 5I70A 3K5CA 5P4WA 5P0LA 5P6MA 5P46A 1YTJA 2FNSA 3ZOVA 3OOTA 5P1LA 5P7YA 4ZE6A 3CYXA 4RCFA 1SH9A 3G6ZA 2QI7A 4EJ8A 3INDA 1EPPE 5P0PA 1BDLA 4JOOA 4OC6B 3VF3A 3KMYA 3PI0A 1G6LA 5HU0A 1MSMA 2ZJMA 1HXBA 5P1WA 4RVXA 5P5YA 1LF2A 4DH6A 5OYRA 4YD7A 3TPRA 5P1IA 5IS4A 1GVUA 5SXNA 3UPJA 3OQAA 2IQGA 4YDFA 2FIVA 2FDDA 3U7SA 1FF0C 5P07A 2WKZA 3TOFA 5P31A 5P5HA 4DQBA 1SGUA 4Y4TA 5P1JA 5DR8A 2RENA 5OYZA 5P5CA 1E5OE 3QBFA 1IZEA 2FLEA 1UPJA 4Y3HA 3VYEA 5P27A 3EBZA 3OADA 3Q5HA 4GJ8A 3BGBA 4Y3YA 1HIHA 5CLMA 5P8RA 3ZKQA 4EHCA 4CPUA 4ZLSA 4I8WA 2I4WA 4Y5NA 4JPCA 2AVVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HWR A;  3OUB A;  2F80 A;  1LV1 A;  4K4R A;  5P3W A;  1B6L A;  1SBG A;  4DUS A;  4J0V A;  4LC7 A;  1GKT A;  3KM4 A;  1LYB B;  4PYV A;  3S8I A;  1D4I A;  4Y3M A;  5P24 A;  5P5S A;  5P6A A;  2QZL A;  1MRW A;  4RGH A;  3RTM A;  1HVS A;  4CP7 A;  3HAW A;  3SM1 A;  5P6N A;  3QRS A;  2AOF A;  5P0F A;  5P1U A;  1FQX A;  3NWX A;  5P5W A;  2G69 A;  4Y56 A;  1GVW A;  4Y45 A;  3N3I A;  5P7D A;  3LZV A;  4J0Y A;  4Y35 A;  6UPJ A;  5KOQ A;  5P2B A;  3T6I A;  3CYW A;  5ER1 E;  1ODW A;  1IDB A;  3HZC A;  4QJ2 A;  3PSY A;  2ZJN A;  2QU3 A;  4D83 A;  1HSH A;  5P7E A;  1CPI A;  3K4V A;  2NXD A;  4EQ0 A;  4RYG A;  4ZPE A;  2ZDZ A;  2HB2 A;  5P8F A;  3FX5 A;  2WF4 A;  5DQ1 A;  2NTR A;  3JW2 A;  3LPJ A;  2R5P A;  3JVY A;  5P7S A;  4AMT A;  3WB4 A;  3NLS A;  3UF3 A;  3OY4 A;  4B70 A;  3WB5 A;  4QJA A;  4EP2 A;  4EWO A;  4GJ6 A;  5P12 A;  4I0I A;  4Y3T A;  5P47 A;  3UFL A;  3G70 A;  3BGC A;  4I8Z A;  3QVI A;  5P23 A;  2G24 A;  5P41 A;  1HTE A;  4A6C A;  2JJI A;  2I4D A;  1B6P A;  2IGY A;  5P04 A;  3RSV A;  4CPW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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