2NMYA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant v82a with a inhibitor saquinavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Atomic resolution crystal structures of HIV-1 protease and mutants V82A and I84V with saquinavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nmyA00
3WB5A 2BKTA 4Y3NA 5P7OA 5P3JA 5I70A 5P1SA 1EC0A 1BXOA 1AXAA 4Y36A 1HVRA 2I4DA 2FGUA 2Z4OA 5OYVA 3CKPA 3K5FA 4DFGA 5P85A 4Y3WA 4Z4XA 3LPIA 5P07A 3OK9A 4ZPFA 2AZBA 4YA8A 5P26A 1FQ8A 4GZFA 3SA4A 4FE6A 4AA9A 2OHLA 4I0JA 4MC9A 2EWYA 3HAUA 5P0MA 1LF4A 3HVGA 3TL9A 4OBKA 2NR6A 5P3PA 3GGVA 4BFBA 4B77A 5P24A 3UDPA 5P2GA 5P6RA 2V0ZC 3NU9A 1E81E 3GGXA 4EHCA 4ZIPA 2AOCA 5OZSA 5P6PA 1AVFA 5P6LA 3EL9A 1MTBA 3NU3A 2AQUA 1ZPAA 1EC1A 5OZIA 5P0GA 5JFUA 1FG8C 4YBIA 4ZSRA 4Y44A 1ENTE 5OYQA 4FRSA 1HVJA 4OBDA 3EMYA 4OC6B 5SY2A 2QMPA 3CKTA 3KFSA 3TPPA 4OC6A 1E80E 1MPPA 3OU3A 5P1DA 3ER3E 3R4BA 1OEWA 4DJRA 5DQ1A 4YOAA 4YD4A 2QD8A 1MTRA 2IRZA 3QRVA 2G1NA 2P3AA 3UDRA 5P7UA 1HSHA 4Y56A 5OYYA 3KFRA 5P5XA 5OZBA 2QI1A 5P1XA 2WEAA 2BQVA 3URJA 5P38A 4PHVA 2UY0A 1AJXA 5P4TA 4HLAA 1SMRA 5OZ6A 3S53A 3DCRA 3DCKA 2NXLA 4GB2A 2FS4A 1ZBGA 1PSOE 1LYAB 5P7RA 3ZKQA 3VV6A 5DR3A 2G24A 5P1KA 1QS8A 2A4FA 3SM2A 4Z22A 3EL0A 5P25A 3S85A 1GNOA 3Q6YA 5P82A 5OYXA 5P6UA 4RVXA 3LZSA 1FQ5A 5P0IA 4Y5MA 5OZQA 7HVPA 1ME6A 3ZPSA 5P32A 3VYFA 4PYVA 2ER6E 2NXDA 1MVPA 1EC2A 1CMSA 1SMEA 3QROA 3QP0A 3OUDB 5P2ZA 3S54A 1HWRA 5P3UA 5KR1A 5P0TA 3VCMA 3IN3A 2AVOA 3WZ6A 3RTMA 3B80A 5OYWA 4RCFA 3OUDA 5P3KA 4YCKA 1FF0C 2G1SA 3ZOVA 5OZMA 4Y58A 4RLDA 5P7JA 3DUYA 2G22A 3TPLA 1GVUA 2NNKA 2HB4A 5P12A 5P4DA 2ER0E 4Y53A 2JYSA 3OUCA 2P3DA 3R1GB 1NPVA 2P3BA 4E43A 5P14A 3GI6A 3PLLA 3T7PA 1LEEA 3LITA 2PSUA 1GNMA 3OAGB 3D3TA 5P1OA 3QAAA 1HVLA 3OGPA 5P1PA 1FLHA 5P0KA 3OAGA 3UDQA 3S7MA 1YG9A 4FM8A 1MT9A 2IQGA 1HTFA 3FNTA 4B70A 3URLA 2QMDA 5DR7A 5P5QA 3KM4A 3PMYA 2XFKA 1FIVA 3QI1A 2FLEA 1HOSA 5P5JA 4Y54A 4HE9A 4Y4TA 2P8HA 5P2NA 3HLOA 5P6NA 5P4PA 4GJCA 4CPXA 1YTIA 1IVPA 2IL2A 5P0LA 2BBBA 1HPXA 4Q5MA 4J54A 4Y4XA 1OD1A 5APRE 3INDA 2FDDA 5P3NA 5P46A 2I0AA 1W6HA 6FIVA 2ZJLA 4H3JA 5P4AA 2I4UA 4F74A 3SKGA 5P42A 5B18A 5BS4A 3ZKXA 1EPRE 1W5VA 3PI5A 3KDBA 4ZSPA 4FAFA 1M43A 4J55A 1DP5A 5P8SA 4Z50A 5P18A 3S56A 3BXRA 4B05A 1CPIA 5OYZA 5P81A 1XDHA 3UCBA 2HB2A 1VIKA 4LXMA 5P6DA 1DPJA 1EBWA 5P2VA 5DQCA 5JG1A 5P7ZA 4F76A 1BDRA 3UQXA 2IKUA 3O9DA 1PFZA 2G94A 1LF3A 3LPKA 4IVSA 3PSGA 3QPJA 4QJ6A 5P4NA 1EEDP 3KA2A 5P64A 3FV3A 3KYRA 3IXKA 4A4QA 4S1GA 3QN8A 1BV7A 5P65A 5P89A 5T4SA 4GJAA 4NJVA 4MC6A 2ANLA 4B1EA 3VLAA 1SP5A 4Y3TA 5P1QA 5P50A 1MUIA 3INFA 5P3GA 3FSMA 5P2FA 3UHLA 3EKYA 1ODXA 4QGIA 4I10A 4Y6MA 5P2OA 1APTE 5P4QA 5HCTA 3GW5A 2G69A 2H6TA 4MC2A 5P3MA 2PC0A 4COEA 4XX4A 4YDFA 5AGZA 5P33A 5P4LA 4K4RA 2JXRA 2QD7A 5P2DA 4F75A 3TTPA 5OZNA 5P6IA 3ECGA 5HU1A 3VYDA 3NU5A 2IENA 2NNPA 5DPZA 4KE0A 5P3VA 5I3VA 5P1MA 1A9MA 1IZEA 4Y3AA 4D8CA 1C6YA 3JVWA 2HPFA 5FIVA 5P20A 4Y5PA 1OEXA 1GVXA 3O9GA 5OZWA 3O9EA 3B7VA 1YM2A 2P4JA 2BB9A 5OZ1A 5P2KA 3APRE 4GJ7A 5HD0A 3VV7A 3S7LA 2VJ6A 1AZ5A 3U7SA 4FGXA 1K6VA 5P73A 4FRJA 5P3HA 5P2WA 2AOGA 4K8SA 2HC0A 2NXMA 5CONA 5P56A 2G21A 1DAZC 3GI5A 3OTSA 5P35A 1EPOE 5P1YA 5OZVA 4Y4UA 3L58A 3OGQA 2QI6A 3OU4A 1TSQA 4DJUA 1EBZA 3EC0A 1YT9A 1A8GA 2ZHRA 2JE4A 2WF4A 4Y4JA 1W5XA 3TOGA 2R5PA 5P2RA 5P8BA 1WBKA 5I3XA 4J0TA 1KZKA 5HE5A 3O9CA 4B00A 5P0YA 1HXBA 5OZEA 5P7WA 4H3GA 4B78A 2PWRA 4DJPA 5ENKA 3VG1A 3M9FA 4EPJA 1DMPA 4H3IA 3NDUA 1SDTA 3OUAA 4I0IA 5P8PA 4DJYA 4YCYA 2G26A 3WZ7A 2FXDA 5P5DA 3QBHA 2ZHTA 5HDXA 4OBFA 3DOXA 5P4EA 4DJWA 3PJ6A 5P4GA 4DQCA 1EPPE 5P5SA 3N4LA 5P8CA 3TOHA 5P7GA 3UDHA 1KJ4A 3TOFA 5P6KA 5P2BA 5P2SA 5P28A 4J1FA 4B0QA 4J1EA 4DQBA 5OZ3A 3LIXA 3S8IA 4D85A 2F80A 4Y41A 2OF0A 5P7BA 3EM6A 1EPME 5P83A 5P63A 3BC4A 2QNQA 5P11A 4BELA 4EQJA 1HIHA 5P4OA 4GJ9A 5P2XA 3EKXA 4GYEA 4EJKA 3KT2A 3L38A 4A6CA 1T7IA 5P66A 5P5IA 5P4CA 5P0HA 4DJOA 2FXEA 4J0VA 4AMTA 2O4SA 3R0YA 1HVHA 2I4XA 2AOHA 3PLDA 5P4ZA 3T6IA 4Y3QA 3UFNA 4U7VA 1ZJ7A 2P83A 5P1JA 5SY3A 1LYBB 3RSXA 3G70A 3VEUA 5P4MA 4CPSA 2V10C 4Y50A 2BKSA 5OZ8A 5P3ZA 2OAHA 3SA5A 4OD9B 5P6CA 3NXNA 3EL5A 4FAEA 2PSVA 5P1IA 2V11C 1W5WA 3T7XA 4Y4BA 5P3OA 4OD9A 4RVJA 1ZSRA 3FKTA 5P72A 4HDBA 3KDDA 1YTJA 1T6EX 2I1AA 2XYEA 3BUHA 4D83A 5P2LA 1HBVA 1FFFC 3UQRA 5P2HA 4DVFA 1XN3A 5P57A 2PK6A 1ZTZA 3LNKA 5P15A 3JVYA 5P47A 4OBGA 1ZP8A 4NPTA 3NUOA 3OXCA 2FDPA 5P04A 3INHA 4XKXA 1CZIE 4APRE 1MERA 4JP9A 4QJAA 1D4SA 1K6TA 1SBGA 2WF1A 3HZCA 3LHGA 1BVEA 5P76A 5P8JA 2RKGA 1MSNA 2F3KA 1DIFA 3MWSA 2QHZA 5P7NA 2OHRA 3UQUA 2Q15A 1E5OE 2APRA 3Q4BA 5P7KA 2VA6A 4GJBA 4J0PA 2QMGA 2ZDZA 2ZHVA 3SQFA 2ZJIA 1HEGE 3KN0A 2QCIA 4YD5A 2WHHA 3OOTA 1T7JA 4R95A 2QD6A 3U71A 4ACUA 5ISKA 1UH8A 3LIVA 5DQ4A 5P75A 1LF2A 3EKWA 3LINA 4Y5AA 2QHCA 2OHMA 3D1ZA 3S43B 3UDMA 3SACA 5TOLA 4A6BA 4NJUA 5P84A 3S43A 5P1VA 5P4WA 4HVPA 3ZKSA 5P6GA 4CMSA 2PQZA 3O9LA 2ZHSA 5P2CA 3BUFA 2PK5A 3URIA 2I0DA 3OQKA 4UPJA 3HAWA 3SA7A 5P6BA 2AVVA 1BWAA 5COPA 4CPRA 4GJ6A 2O4NA 5P2MA 3WZ8A 4H1EA 5P6EA 5P6TA 4J0ZA 3L3AA 5HCOA 2VIZA 1B6LA 3Q5HA 5P09A 3L5BA 3NDXA 6APRE 1AIDA 5JFPA 1AAQA 1BBSA 4KE1A 2FNTA 3JW2A 5OZUA 2I4VA 4TRWA 1UPJA 4TRZA 1OHRA 1HPVA 4ER1E 4KB9A 3BVAA 4ER2E 4GIDA 3SKFA 3OU1B 2VJ7A 5AHBA 5P5PA 4OBZA 4TVGA 4QJ7A 3OU1A 5KQZA 3PCZA 5P7LA 5P3IA 3BRAA 4Y3PA 4ACXA 5P7CA 4Y45A 1D4HA 5DR4A 5F01A 3LIQA 4D89A 4FRIA 4L7GA 3OXVA 5BWYA 1MESA 4Y4EA 5P5RA 2ZJKA 3CYWA 1C6ZA 5UPJA 2QI0A 5P53A 2P3BB 4FCOA 5OZJA 5P3EA 4Y9WA 4I0GA 3EM4A 1RNEA 2R5QA 9HVPA 5P1FA 1J71A 5P62A 5P22A 4FM6A 2ER7E 3U6AA 4YOBA 5AH6A 4BFDA 5EZXA 1TW7A 5I3WA 2FGVA 1RV7A 4LP9A 4YCTA 5P3XA 1K6PA 1PROA 4LHHA 5HE7A 3RTNA 5P1EA 1B6MA 2F3EA 3OXWA 1G2KA 1AM5A 4DH6A 2ZJMA 3K4VC 4RYCA 1BVGA 1EPQE 5P7DA 5P01A 1IIQA 5OZCA 2QMFA 2AVSA 5P3TA 5P74A 4PZWA 3HVPA 3MXDA 2B8LA 3EL4A 5P1NA 2RSPA 5P02A 4DUSA 1XL2A 1A94A 4X2LA 5P5ZA 4FM7A 5P0PA 2QZXA 4RCDA 1NPAA 4DQHA 5OZRA 3IVIA 3TPRA 5C9BA 2Q63A 2WECA 3K5GA 2VIJA 2OHKA 5P2EA 5E5JA 2VIEA 1W5YA 5P4JA 2Q11A 4DPFA 1WKRA 1IDAA 4RZ1A 2QZKA 3QBFA 5KOQA 5OZPA 1YTGA 5P8UA 4DPIA 3OHFA 5P4XA 5P1ZA 5P70A 2O4PA 5COKA 5P4SA 5OZ9A 5ISJA 5P8HA 3IN4A 2ZHUA 5OZXA 3CIBA 7UPJA 5P5YA 2R43A 1K6CA 4MC1A 2O40A 5OZ7A 1G0VA 5P54A 2QP8A 5P1LA 2CENA 3DV5A 3S45A 4DJQA 1FB7A 1EPNE 3N3IA 5P48A 3PWWA 5P41A 3L5FA 5HTZA 1FMUA 1BWBA 5P4KA 3QIHA 3LIYA 5DR1A 5P3FA 1RQ9A 1A30A 1SH9A 5IVRA 3HDKA 4Q1NA 3VV8A 2J9KA 3CIDA 2Q54A 4RRSA 1HTGA 1HTEA 5IVQA 5KR8A 4I1CA 3DK1A 5OZFA 3VSXA 5P16A 1XE6A 5P7QA 1SIVA 3OADA 5P5HA 5P8DA 4ZSQA 3MSLA 5P7TA 5P08A 1YM4A 1IVQA 5OYRA 2Q64A 1KJHA 5C9DA 3NDWA 3VF3A 5P4UA 4I0HA 5P58A 5ENMA 5KQFA 2WJOA 4Y5EA 1ZAPA 1LYWB 5OYUA 3L5DA 5P7IA 2J9JB 5HDZA 1SDVA 3ZKNA 2IGXA 3VYEA 1GVTA 1LYWA 3UDKA 4YHQA 4TVHA 2J9JA 1FQXA 4J1CA 4DQFA 3CMSA 2B7FA 2B8VA 3VF7A 2VJ9A 5P6FA 5P67A 4FSEA 3BVBA 4LC7A 3CKRA 1KJ7A 3HBOA 1EBYA 2XFIA 3BHEA 1W50A 1MT8A 2AOFA 4Y3LA 4Y3MA 3ZMGA 1XL5A 2B60A 4Y37A 5P40A 5P29A 4ZPGA 3VSWA 2QU3A 5P8KA 1RL8A 1G35A 4YDGA 4BEKA 5P8FA 4J1IA 4Y3YA 5P51A 5P8EA 2VNMA 1META 5P52A 3Q70A 3EM3A 4I0EA 4Y5GA 5DR0A 3OU4B 3H0BA 5P2TA 5P0CA 4Q1WA 2IGYA 1SDUA 5P6JA 1QRPE 1HEFE 4I11A 1D4LA 3T3CA 3CICA 3OQ7A 2QZLA 4AA8A 3LZYA 2OHTA 1D4YA 5OZTA 4Y35A 1A8KA 3IVHA 4RGHA 4Y3SA 3PMUA 3UF3A 1XN2A 2XFJA 1NSOA 5P05A 1EBKC 4JOOA 2WKZA 3IXJA 2IS0A 2PYNA 1IZHA 1XS7D 4YE3A 3EKTA 3SA6A 3TPJA 4M8YA 4NJTA 5SZ9A 3C9XA 5OZHA 1HPSA 2QHYA 4DI2A 3UFLA 1Z1RA 1HVSA 1PSAA 5OZ4A 3L5EA 3HW1A 3RU1A 1UH9A 4LXAA 3SABA 5P45A 5P1UA 5DGUA 2AZCA 3O9IA 3ZKIA 1FQ7A 5IVSA 2G20A 5P8NA 1GKTA 3I25A 2AVQA 1E82E 4QJ9A 5IE1A 4PPHA 4WY6A 4LAPA 3UDYA 1D4KA 3L5CA 3BGBA 4LBTA 5E5KA 4EXGA 3PGIA 1RPIA 1AJVA 4B1CA 5P0XA 5P0OA 5P0NA 2G1OA 1MRXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WB5 A;  2BKT A;  4Y3N A;  5P7O A;  5P3J A;  5I70 A;  5P1S A;  1EC0 A;  1BXO A;  1AXA A;  4Y36 A;  1HVR A;  2I4D A;  2FGU A;  2Z4O A;  5OYV A;  3CKP A;  3K5F A;  4DFG A;  5P85 A;  4Y3W A;  4Z4X A;  3LPI A;  5P07 A;  3OK9 A;  4ZPF A;  2AZB A;  4YA8 A;  5P26 A;  1FQ8 A;  4GZF A;  3SA4 A;  4FE6 A;  4AA9 A;  2OHL A;  4I0J A;  4MC9 A;  2EWY A;  3HAU A;  5P0M A;  1LF4 A;  3HVG A;  3TL9 A;  4OBK A;  2NR6 A;  5P3P A;  3GGV A;  4BFB A;  4B77 A;  5P24 A;  3UDP A;  5P2G A;  5P6R A;  2V0Z C;  3NU9 A;  1E81 E;  3GGX A;  4EHC A;  4ZIP A;  2AOC A;  5OZS A;  5P6P A;  1AVF A;  5P6L A;  3EL9 A;  1MTB A;  3NU3 A;  2AQU A;  1ZPA A;  1EC1 A;  5OZI A;  5P0G A;  5JFU A;  1FG8 C;  4YBI A;  4ZSR A;  4Y44 A;  1ENT E;  5OYQ A;  4FRS A;  1HVJ A;  4OBD A;  3EMY A;  4OC6 B;  5SY2 A;  2QMP A;  3CKT A;  3KFS A;  3TPP A;  4OC6 A;  1E80 E;  1MPP A;  3OU3 A;  5P1D A;  3ER3 E;  3R4B A;  1OEW A;  4DJR A;  5DQ1 A;  4YOA A;  4YD4 A;  2QD8 A;  1MTR A;  2IRZ A;  3QRV A;  2G1N A;  2P3A A;  3UDR A;  5P7U A;  1HSH A;  4Y56 A;  5OYY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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