2NNPA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant i84v with a inhibitor saquinavir
Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGATLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)EMPTYS6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Atomic resolution crystal structures of HIV-1 protease and mutants V82A and I84V with saquinavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nnpA00
2ASIA 3UF3A 1SMRA 5P6RA 1W5YA 2WEBA 1MUIA 4CPUA 5OZGA 5AHBA 1TQFA 4R91A 5P8EA 2QU2A 2I4WA 3R0WA 3SM1A 5P8QA 1FMUA 5P05A 1TSUA 3LITA 4LC7A 5AH7A 3OWNA 2PK6A 4YD6A 4OBDA 5P3VA 3OXVA 1LZQA 2PSVA 1UH8A 4F76A 3OTSA 5P6XA 4Y56A 4GJ9A 3LNKA 4R92A 2NMZA 5IE1A 1A30A 3Q3TA 2ZE1A 4X2LA 3OK9A 4NKKA 5P3PA 2QZKA 5ISKA 3EBZA 2XFKA 2IKUA 2VIJA 4NPUA 5P6KA 4BFDA 3SLZA 1BVGA 2FS4A 4QJ6A 1D4KA 3EM4A 1HVLA 2VIZA 3D1XA 1SDVA 1W6IA 2B7FA 3ER3E 4J1IA 3S2OA 3JVYA 5P6YA 4J5JA 4FAEA 2UPJA 3CKTA 1FGCC 3LZYA 3LZUA 5OZ2A 1CMSA 2O4NA 5P5XA 2AODA 4HEGA 1HPSA 1DPJA 3Q5HA 3PSGA 3U7SA 3UDKA 1YX9A 4XXSA 3L5CA 5P7MA 5CONA 3FV3A 3VFAA 3S8IA 2AOCA 5P0BA 4ZPGA 3EKWA 2AVOA 1MTRA 3MWSA 4PEPA 5P59A 2HS2A 4DJUA 5P5NA 1XL2A 4CPXA 4OBKA 5DR0A 5DQ2A 5ER1E 3GI0A 3KMXA 3QP0A 5P8OA 4I8ZA 3TNEA 1ZPAA 4Y3XA 5P76A 2QI7A 5HCOA 4RVIA 3DCKA 2P3BA 2IEOA 1K6VA 2O4KA 4FLGA 5P6QA 4LXAA 5P74A 2G1NA 3EL5A 1CZIE 2QNNA 5C9DA 5P5HA 2BB9A 4S1GA 5P1TA 4EJDA 3K5FA 5P2IA 3TKGA 3UFNA 3CIDA 2PYNA 3UTLA 1B5FA 3KN0A 4PZWA 5P2BA 5P8MA 3U6AA 1B6JA 4FSLA 2NNPA 5P5UA 3BVBA 5KR2A 5SXNA 3NUOA 5OZLA 4Z4XA 1PFZA 5KQFA 3OQAA 2QZXA 1T3RA 2ZHUA 5P8CA 3UPJA 5P6OA 3RTHA 1GVUA 1BILA 5P5ZA 4Y43A 4MC2A 4Y5EA 5P2RA 5I3WA 3MXDA 5P38A 3NYGA 4DUSA 4ZSPA 1EPNE 2VA7A 5P80A 5AH6A 3GGUA 3RU1A 3KMYA 3EKPA 3OU1B 1EC3A 3EM3A 3SABA 1OHRA 1XDHA 4APEA 5P3NA 3EL0A 5P6WA 1RV7A 3ZKNA 4GB2A 1SP5A 3OTYA 4CPQA 1EPOE 4J0ZA 1EC0A 1E80E 5P4TA 3SA8A 1B11A 1J71A 3O9GA 5P1JA 1HPXA 3IVIA 3SAAA 1M4HA 1AM5A 5ISJA 1MRXA 2G1SA 2OF0A 3L5FA 3SPKA 2BKSA 3GGVA 5P5MA 2RENA 3NSHA 2G94A 5P0IA 4Y3DA 4CPTA 2H6TA 4EWOA 3CICA 5KAOA 5P0KA 4OBZB 1M0BA 2OHRA 1QRPE 1K6CA 3IN4A 4LAPA 3LIVA 1HVJA 2BKTA 5P6DA 4Z2ZA 4K4QA 4YOBA 3IGBA 5CLMA 2AZ8A 4RRNA 5P40A 3EL9A 4EYRA 1PPLE 2VA6A 3VF3A 3QS1A 1DIFA 4OBJA 5P8GA 5P36A 5P7ZA 4B1DA 5P60A 4B1EA 4OBHA 3FX5A 4JPCA 5OZEA 5P7QA 4CPRA 3INEA 4PYVA 3QROA 5KQZA 2G22A 1NPAA 2OHQA 2P8HA 4YCYA 2QI5A 3VV6A 4XX4A 1SIVA 3PCWA 1LF3A 1FMBA 2I4DA 5P8VA 3ST5A 1OEWA 2WEDA 3KFNA 3R1GB 2B60A 4Y3MA 2V11C 3KFRA 5P7NA 5P82A 5P70A 3S56A 1E5OE 4L7HA 3CYXA 1ZTZA 3O9CA 2ZHSA 5P81A 3PLLA 1G0VA 5DR8A 5P4RA 2G69A 4Y48A 4A4QA 1W6HA 3O9LB 4EJKA 5P20A 2QI6A 2QD7A 5P5DA 4E43A 5P0NA 5P3HA 1IIQA 2H6SA 2J9KA 3DUYA 5P3LA 2BBBA 1ODYA 1UPJA 5KOSA 3OU3A 2NXDA 1OEXA 4YBIA 3BXSA 4LXMA 1K6PA 5P1KA 5BRYA 4FL8A 5HE7A 4D83A 2IQGA 1W5VA 2P3AA 2QK5A 4KE1A 5P0MA 2R38A 4R95A 5P66A 2B7ZA 2QNPA 3FNSA 4Y9WA 2IENA 4K8SA 2NTRA 2P3CA 3OADB 2O4LA 1BDQA 5P0HA 4L1AB 4ER2E 3S7MA 1HEFE 1TW7A 4Y5MA 3SM2A 5P12A 1E81E 2F8GA 3FNUA 2Q64A 3O9DA 2G1RA 3F9QA 1FQ8A 5ENMA 1QBTA 1U8GA 2FGUA 4Y5BA 4JECA 5P39A 1YG9A 2OHTA 3BXRA 5COKA 5P62A 5P3RA 5P7LA 4OC6B 1PROA 5OZ6A 5P37A 1K1TA 1HTEA 4FRKA 5P0PA 5AGZA 5P6EA 2APRA 3TPJA 3OUCA 1B6KA 3ZKMA 3UQXA 3I25A 1XE6A 1DW6C 1NPWA 5P49A 5P6LA 1HOSA 2HB2A 4J1HA 1HVHA 5P1ZA 4L7JA 5P5OA 5P64A 1MT9A 1HVKA 4MC1A 4EQJA 5KOQA 4Y5LA 3UDQA 3T6IA 1MESA 2QI0A 5P22A 5P2HA 5P3BA 2PK5A 5HCTA 3OXXA 2R3TA 5P56A 1G6LA 3OXWA 5P25A 3FKTA 1FIVA 9HVPA 5P7UA 2NNKA 3MXEA 4F74A 2ZJKA 2I4UA 5P1AA 2QZWA 4Y3GA 3OU1A 2FNSA 1FF0C 3RTNA 5P7IA 2G1YA 5DQCA 5P8SA 3VF7A 3KFSA 5P1IA 2F3EA 3UDHA 1MERA 1IZEA 4Y53A 5P2AA 2QAKA 5FIVA 2Q15A 4YHQA 5P55A 5I3YA 5P4PA 4ACXA 5P5RA 3BGCA 2I4XA 4FIVA 5P88A 4ZIPA 3PI0A 2HAHA 4Y4DA 4J54A 4RRSA 5P7KA 1OD1A 5P2QA 3VCMA 2FGVA 3EM6A 2F3FA 4Y4UA 1BAIA 4ZPEA 5COPA 2G1OA 3HVGA 3S43A 5P0RA 4N00A 5OZOA 5I70A 5P4NA 4Y4WA 3OAGB 5P00A 1TCXA 3ZPSA 4I0FA 2MIPA 3PI5A 4QGIA 1PSNA 3UDNA 1GVXA 3VFBA 1KJ7A 5P3ZA 1C6ZA 2ZHVA 5OZFA 1BVEA 5P77A 5P1BA 4DJWA 3GI6A 1UH7A 4Y5NA 2JXRA 5P2FA 4GMIA 5AHAA 5P6NA 3CKRA 1AJVA 6FIVA 4EQ0A 4Y50A 2WL0A 2A4FA 5P1RA 3DM6A 2QU3A 3NU3A 1C6YA 3CMSA 4GJ6A 5B18A 3S7LA 2JE4A 2AIDA 2B8VA 5P42A 1KJ4A 4Q1WA 2PYMA 5P30A 2HB3A 7UPJA 3WB5A 4TRYA 4WY1A 3OQDA 3Q4BA 3EL1A 4CMSA 5JODA 5P18A 1HTGA 1B6LA 2V16C 3DK1A 5P2YA 4I0ZA 3B7VA 5HD0A 3HDKA 3KA2A 4Y51A 1K2BA 1YTGA 4B00A 4RGHA 4J55A 2A1EA 5P5JA 1EBZA 3EKXA 3KDCA 2VJ9A 2QNQA 1WKRA 1SGZA 3D3TA 5P79A 2FXDA 2OHNA 5P3FA 1F34A 4Y54A 1C6XA 2FDDA 3MSLA 2G21A 4HDPA 4HE9A 5BWYA 4MC6A 5F01A 2CENA 5P4QA 5P5IA 5P23A 3GW5A 4MC9A 1HIIA 5P1VA 1ZSFA 4M8YA 5P4XA 3KM4A 2VNNA 5DQ4A 4DQGA 2B8LA 4H3JA 5P8DA 5OYQA 3NXEA 1FLHA 1A94A 3QBHA 4HVPA 3RTMA 1MVPA 5JFUA 3OQFA 3TPLA 4I0HA 4CPSA 5T4SA 5P1PA 5OZIA 5P8BA 5DPZA 4Y5GA 2WF3A 5OZ3A 1HIHA 3L5BA 5P09A 4Y5AA 4NJUA 4J17A 3MSKA 1B6PA 2NPHA 3G72A 5P0FA 5P3YA 2AVQA 5P7JA 1YTHA 3A2OA 5P2OA 2AOFA 4OC6A 5P0TA 4ZSMA 5OYSA 5P1SA 3WZ7A 2PWCA 3ZOVA 4Y4ZA 3O9HA 1HSHA 3SQFA 4KB9A 4WY6A 5P7VA 4I1CA 4A6BA 5P0XA 2P3DA 4FM8A 1UH9A 1T6GA 5P3EA 2Q55A 2OHLA 5P29A 6APRE 1MRWA 3K4VA 5HDXA 5P4WA 2IGXA 1LYWB 2NMYA 5P1LA 3HZCA 2FXEA 5HVPA 3KF0A 5P45A 3O9IA 5P06A 4DJOA 3BUGA 5P02A 3URIA 4ACUA 3HAUA 4ZSQA 5P6GA 2R9BA 1BDLA 4FS4A 5P0QA 5P8UA 4HLAA 2AVSA 5P8KA 3PHVA 3OHFA 5P5LA 5P1OA 4DJQA 4B72A 3INFA 5P3SA 3RVIA 4D89A 3APRE 5EZZA 5P54A 3HW1A 1HVRA 2ZGAA 2J9JB 3KDDA 5P7WA 1Q9PA 3LZSA 5P19A 2QP8A 1AZ5A 5P2EA 5P6VA 4B0QA 5P1XA 4ZPFA 5OZZA 5P26A 3VYFA 4DJYA 4YDFA 4LL3A 5E5KA 3LHGA 4ZLSA 5P4EA 1BIMA 1GNNA 3ZPUA 3GGXA 5AH8A 1HSGA 5P1UA 5DR3A 3T7XA 2IS0A 3PEPA 5P35A 5P48A 2Q63A 3KT2A 4QJ9A 3VG1A 2R5QA 3QIHA 3WSJA 4QLHA 3LIQA 1DP5A 5P89A 3PLDA 3SA6A 1A8GA 3OXCA 3TOHA 5HDUA 2F80A 3EKQA 3PMUA 2FMBA 3HVPA 4DQFA 4TRWA 1K2CA 4M8XA 1IZDA 3OOZA 5IVTA 2NXLA 5P7HA 4Y47A 3VYDA 3UQUA 4IVTA 1E82E 5P0DA 4H3IA 4Y3PA 1GVWA 5P3AA 4B77A 4RCEA 3G6ZA 1META 1WBMA 2QI4A 5P1QA 5P2LA 1IVPA 5OZMA 5HTZA 1QBSA 1KJFA 3ZKQA 1G35A 4K4RA 4UPJA 1RPIA 4GJ7A 3QI1A 5P58A 3K1WA 4LHHA 3K5DA 3TOFA 5P04A 1SGUA 4Y3SA 3PWWA 5P0UA 1F7AA 4EXHA 1Z1RA 5P2MA 1W50A 5OZRA 3I6OA 5P4MA 2F3KA 5OZ4A 3L58A 5DGWA 1ZPKA 1K1UA 1YM4A 2ER0E 4Y44A 3LIYA 4Y3RA 5P8LA 4FAFA 1FB7A 5P0GA 5KR8A 4Y38A 4GJCA 4DH6A 5P11A 2VNMA 1MT7A 4Y5KA 3QRVA 3QVCA 4B05A 3BGBA 3QN8A 3PSYA 1FQ6A 3VEUA 5TOLA 4Z50A 3AUPA 3VLBA 3SA5A 2ER9E 2PWRA 4Y39A 1MTBA 4XKXA 5P5EA 5P85A 5P0VA 1EPQE 4Y4XA 4XX3A 5P13A 3SKGA 4BELA 4DJRA 2AZCA 2VJ7A 3ZKGA 3LPKA 4EPJA 1PPKE 2QHCA 1D4SA 1D4JA 3R4BA 3QAAA 5OZ1A 4TVHA 2QMPA 2HS1A 4I0GA 4KUPA 2V00A 4RLDA 5P1YA 5P4KA 1B6MA 5DR4A 4B70A 2QMDA 5P6AA 1FKNA 5P3GA 3BUHA 3VSWA 5P5CA 3SA4A 4AA8A 5P1EA 5P1GA 3UCBA 3NU4A 2ER7E 5P2GA 1N49A 2HPEA 4Y57A 2PQZA 2QHZA 4FRIA 3IAWA 3OGPA 1G2KA 1HVIA 4RVXA 3B80A 4J0VA 3UDPA 2ZYEA 2I4VA 5P8RA 5KR0A 1GNOA 2SAMA 5P08A 5KQYA 2VJ6A 1ODWA 1BV7A 3LINA 3ECGA 1Z1HA 4Y3JA 2Z4OA 5P8FA 5OZAA 1LYAB 4Q1XA 7HVPA 4Q5MA 3PCZA 4WTUA 2I1AA 1BWBA 1W51A 3H0BA 5P53A 3GI5A 1FQ5A 3OOTA 5OZ7A 2OHUA 2P4JA 4YBFA 3FSMA 3L38A 4ZSRA 4Y4JA 3ZLQA 2QI3A 3O9BA 1ER8E 4OBGA 2WKZA 5P4YA 5DQ5A 2RMPA 3LZVA 3ZKIA 1M43A 5P72A 1BXOA 3L3AA 3WZ6A 5OZVA 5P46A 3T11A 8HVPA 3OUAA 1T7IA 3HBOA 1NPVA 5P14A 1MPPA 3EMYA 3ER5E 1XL5A 5OZJA 5EZXA 3KT5A 5P0LA 3K5GA 3EL4A 5P7DA 3UDRA 1HBVA 2QZLA 4NJTA 1IDAA 4GZFA 5P3OA 1XS7D 1ZAPA 1HRNA 3MSJA 4EJLA 4YE3A 1EPLE 2AOHA 3NU5A 4GYEA 2VKMA 3OQ7A 5AHCA 5P87A 2QCIA 3IA9A 3FIVA 3PB5A 5P1FA 5P7PA 4F75A 1LYBB 5OZQA 5P86A 4YD3A 3VUCA 4DJPA 4L6BA 4FE6A 5P5FA 1HVSA 2RKFA 2B42A 4I12A 3EKYA 4J1EA 4R5NA 1IVQA 1ZSRA 4OBFA 4DFGA 5P8IA 2Q3KA 5HU1A 4H3FA 5P07A 3NWXA 4K9HA 2WHHA 4Y3HA 3UDMA 2VIYA 2XYEA 4LBTA 2WEZA 5KR1A 2P3BB 3ZKXA 3RSVA 4GJ8A 1YT9A 4AMTA 5C9BA 5P4HA 4Y4TA 1GVTA 1LEEA 4ER1E 1C70A 4OBZA 5SZ9A 1BBSA 3TOGA 3NR6A 3NUJA 4NJVA 5P7YA 3EC0A 3BVAA 3C9XA 4GJBA 3NDUA 3TLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ASI A;  3UF3 A;  1SMR A;  5P6R A;  1W5Y A;  2WEB A;  1MUI A;  4CPU A;  5OZG A;  5AHB A;  1TQF A;  4R91 A;  5P8E A;  2QU2 A;  2I4W A;  3R0W A;  3SM1 A;  5P8Q A;  1FMU A;  5P05 A;  1TSU A;  3LIT A;  4LC7 A;  5AH7 A;  3OWN A;  2PK6 A;  4YD6 A;  4OBD A;  5P3V A;  3OXV A;  1LZQ A;  2PSV A;  1UH8 A;  4F76 A;  3OTS A;  5P6X A;  4Y56 A;  4GJ9 A;  3LNK A;  4R92 A;  2NMZ A;  5IE1 A;  1A30 A;  3Q3T A;  2ZE1 A;  4X2L A;  3OK9 A;  4NKK A;  5P3P A;  2QZK A;  5ISK A;  3EBZ A;  2XFK A;  2IKU A;  2VIJ A;  4NPU A;  5P6K A;  4BFD A;  3SLZ A;  1BVG A;  2FS4 A;  4QJ6 A;  1D4K A;  3EM4 A;  1HVL A;  2VIZ A;  3D1X A;  1SDV A;  1W6I A;  2B7F A;  3ER3 E;  4J1I A;  3S2O A;  3JVY A;  5P6Y A;  4J5J A;  4FAE A;  2UPJ A;  3CKT A;  1FGC C;  3LZY A;  3LZU A;  5OZ2 A;  1CMS A;  2O4N A;  5P5X A;  2AOD A;  4HEG A;  1HPS A;  1DPJ A;  3Q5H A;  3PSG A;  3U7S A;  3UDK A;  1YX9 A;  4XXS A;  3L5C A;  5P7M A;  5CON A;  3FV3 A;  3VFA A;  3S8I A;  2AOC A;  5P0B A;  4ZPG A;  3EKW A;  2AVO A;  1MTR A;  3MWS A;  4PEP A;  5P59 A;  2HS2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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